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    立枯絲核菌不同融合群G蛋白β亞基基因克隆與分子進(jìn)化分析

    2017-11-04 07:12:08舒燦偉曹琦琦江紹鋒周而勛
    華北農(nóng)學(xué)報(bào) 2017年5期
    關(guān)鍵詞:核菌亞基亞群

    舒燦偉,曹琦琦,趙 美,江紹鋒,周而勛

    (1.華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,植物病理學(xué)系,廣東省微生物信號(hào)與作物病害防控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣東 廣州 510642;2.貴州省出入境檢驗(yàn)檢疫局,貴州 貴陽(yáng) 550081)

    立枯絲核菌不同融合群G蛋白β亞基基因克隆與分子進(jìn)化分析

    舒燦偉1,曹琦琦2,趙 美1,江紹鋒1,周而勛1

    (1.華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,植物病理學(xué)系,廣東省微生物信號(hào)與作物病害防控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣東 廣州 510642;2.貴州省出入境檢驗(yàn)檢疫局,貴州 貴陽(yáng) 550081)

    為了揭示立枯絲核菌不同融合群菌株G蛋白β亞基基因的差異,利用同源克隆的方法,克隆了立枯絲核菌8個(gè)融合群共13個(gè)菌株的G蛋白β亞基基因,并進(jìn)行分子進(jìn)化分析。序列分析結(jié)果發(fā)現(xiàn),不同融合群的立枯絲核菌的G蛋白β亞基基因的內(nèi)含子和開(kāi)放閱讀框數(shù)目一致,編碼氨基酸均為347個(gè)。但氨基酸序列存在14個(gè)位點(diǎn)的突變。同源性分析表明,立枯絲核菌各個(gè)融合群G蛋白β亞基基因之間的同源性較高,同一亞群的菌株同源性達(dá)到100%,不同融合群之間存在差異。分子進(jìn)化分析表明,不同物種的G蛋白β亞基基因在進(jìn)化上仍具有一定的保守性,不同融合群菌株的G蛋白β亞基基因序列聚為一個(gè)分枝且與同屬擔(dān)子菌門的物種同源性最高。該研究揭示了立枯絲核菌不同融合群G蛋白β亞基基因的特征,為該菌基因功能和分子檢測(cè)研究奠定了基礎(chǔ)。

    立枯絲核菌;融合群;G蛋白;基因克?。环肿舆M(jìn)化

    絲核菌(Rhizoctoniasolani)在自然界中廣泛存在于土壤及各種不同類型的寄主植物上,引起多種植物的嚴(yán)重病害[1]。但它們?cè)谥虏⌒?、形態(tài)學(xué)、培養(yǎng)性狀及生理特征等諸多方面均有所不同。目前國(guó)際上普遍采用Ogoshi的融合群標(biāo)準(zhǔn)菌株對(duì)立枯絲核菌進(jìn)行分類[2]。到目前為止,立枯絲核菌的融合群已有14個(gè);同一個(gè)融合群內(nèi)的菌株由于相互之間融合頻率不同,或具有獨(dú)特特性(如特異的寄主范圍、營(yíng)養(yǎng)要求或分子標(biāo)記在遺傳上的不同)而劃分為融合亞群[3-4]。

    近年來(lái),隨著分子生物學(xué)及相關(guān)技術(shù)方法的迅速發(fā)展,結(jié)合菌絲融合群與分子生物學(xué)手段對(duì)絲核菌進(jìn)行研究已是主要方向[5]。G蛋白β亞基編碼的蛋白作為重要的信號(hào)傳導(dǎo)蛋白,對(duì)致病機(jī)理起著非常重要的作用[6]。目前,全世界已利用同源克隆的方法成功地對(duì)30多個(gè)物種G蛋白β亞基基因進(jìn)行了克隆,其中哺乳動(dòng)物G蛋白β亞基基因4個(gè),植物G蛋白β亞基基因5個(gè),真菌G蛋白β亞基基因20個(gè),其他類型G蛋白β亞基基因7個(gè),并研究了這些基因的功能[7]。在真核生物中,G蛋白β亞基基因參與信號(hào)傳導(dǎo)途徑,導(dǎo)致基因表達(dá)、細(xì)胞功能受到影響[5-8]。在植物病原真菌中,G蛋白β亞基參與了病原菌的致病過(guò)程[9-12]。Kasahara等[13]對(duì)板栗疫病菌(Cryphonectriaparasitica)的研究發(fā)現(xiàn),喪失β亞基基因功能導(dǎo)致菌絲缺乏明顯分叉,對(duì)寄主植物的侵染和致病力明顯降低,并影響孢子的形成。但目前對(duì)水稻紋枯病菌(R.solaniAG-1 IA)G蛋白β亞基基因功能分析的有關(guān)報(bào)道還比較少。

    本研究利用同源克隆的方法,克隆立枯絲核菌8個(gè)融合群及其亞群菌株的G蛋白β亞基基因,分析不同融合群之間以及與其他物種的G蛋白β亞基基因之間在分子進(jìn)化上的關(guān)系,為G蛋白β亞基基因在立枯絲核菌不同融合群中的功能分析和分子檢測(cè)奠定基礎(chǔ)。

    1 材料和方法

    1.1供試菌株

    供試菌株為立枯絲核菌8個(gè)融合群11個(gè)融合亞群的11個(gè)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)融合群菌株(AG-1 IA、AG-1 IB、AG-1 IC、AG-2-1、AG-2-2ⅢB、AG-4、AG-5、AG-6、AG-8、AG-9和AG-BI)以及國(guó)內(nèi)分離鑒定的屬于AG-1 IA的強(qiáng)致病力菌株GD-118和C-30,共13個(gè)菌株。其中AG-1 IA(GD-118)和AG-1 IA(C-30)菌株由廣東省微生物信號(hào)與作物病害防控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保存,其余菌株由日本北海道大學(xué)Ogoshi教授惠贈(zèng)。

    1.2主要試劑和儀器

    真菌核酸提取試劑盒(貨號(hào)9765、9108)、高保真酶、克隆載體pMD20-T、大腸桿菌JM109、反轉(zhuǎn)錄試劑盒等均購(gòu)自TaKaRa公司;引物合成和測(cè)序由奧科生物公司完成。PCR擴(kuò)增儀veriti 96-well Thermal cycle 9902購(gòu)自美國(guó)Torrey Pines Scientific公司;凝膠成像系統(tǒng)Alpha Imager EP購(gòu)自美國(guó)Alpha Innotech 公司。

    1.3菌株純化及菌絲收集

    將保存于斜面上的菌種移到水瓊脂平板活化后,在PDA上生長(zhǎng)2 d。用內(nèi)徑5 mm的打孔器在菌落邊沿打取菌餅,將5塊菌餅接入到100 mL PDB培養(yǎng)基中,在28 ℃下振蕩培養(yǎng)3~4 d。菌絲體用無(wú)菌濾紙過(guò)濾后,用ddH2O洗滌2~3次,吸干水分后馬上用液氮冷凍,放入-80 ℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

    1.4核酸提取和PCR擴(kuò)增

    核酸提取的具體步驟詳見(jiàn)產(chǎn)品說(shuō)明書(shū)。以DNA為模板,用高保真酶進(jìn)行PCR擴(kuò)增,所用引物序列為:F:5′-TGGCTTGTTGGGTTGA-3′;R:5′-TGACCACGACCAAATGAA-3′。擴(kuò)增程序?yàn)椋?5 ℃預(yù)變性2 min;94 ℃變性30 s,退火溫度下復(fù)性40 s,72 ℃延伸1 min(35個(gè)循環(huán));72 ℃延伸10 min;4 ℃保存。同樣以RNA為模板,用一步法反轉(zhuǎn)錄試劑盒進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,所用引物序列為:F:5′-ATG

    TCGAACCAAGGAGATATT-3′;R:5′-TTACGCCCAGA

    CCTTGAG-3′。擴(kuò)增程序?yàn)椋?0 ℃ 30 min;94 ℃ 2 min;94 ℃ 30 s,退火溫度下30 s,72 ℃ 1 min(30個(gè)循環(huán));72 ℃延伸10 min;4 ℃保存。分別將PCR與RT-PCR的產(chǎn)物切膠回收,連接到克隆載體pMD20-T,再轉(zhuǎn)化到大腸桿菌(Escherichiacoli)JM109感受態(tài)細(xì)胞。通過(guò)藍(lán)白斑篩選和PCR驗(yàn)證,將陽(yáng)性克隆子送往奧科公司測(cè)序。

    1.5序列分析

    1.5.1 分子進(jìn)化分析 利用DNAStar軟件分析13個(gè)菌株G蛋白β亞基基因DNA序列的相似度,并利用MEGA 7軟件和iIOL網(wǎng)站(http://itol.embl.de/)構(gòu)建13個(gè)菌株以及與其他植物病原真菌G蛋白β亞基基因的分子進(jìn)化樹(shù)。

    1.5.2 開(kāi)放閱讀框和內(nèi)含子分析 用DNAMAN軟件將13個(gè)菌株的gDNA序列和cDNA序列進(jìn)行比對(duì),分析內(nèi)含子的位置并進(jìn)行氨基酸比對(duì)。用DNAStar軟件查找13個(gè)菌株G蛋白β亞基基因cDNA全長(zhǎng)序列的開(kāi)放閱讀框(Open reading frame,ORF)。

    2 結(jié)果與分析

    2.1核酸的提取結(jié)果

    立枯絲核菌13個(gè)菌株的DNA(圖1-A)和RNA(圖1-B)電泳結(jié)果表明,所提取的核酸條帶完整,沒(méi)有降解現(xiàn)象,電泳背景干凈,沒(méi)有雜質(zhì)殘留。通過(guò)微量紫外分光光度檢測(cè),所有樣品的濃度和純度都能滿足后續(xù)的研究。

    A.DNA;B.RNA。M.DL10000、DL2000;1.AG-1 IA;2.AG-1 IB;3.AG-1 IC;4.AG-2-1;5.AG-2-2ⅢB;6.AG-4;7.AG-5;8.AG-6;9.AG-8;10.AG-9;11.AG-BI;12.AG-1 IA(GD-118);13.AG-1 IA(C-30)。圖2,4同。M.DL10000,DL2000;1.AG-1 IA;2.AG-1 IB;3.AG-1 IC;4.AG-2-1;5.AG-2-2ⅢB;6.AG-4;7.AG-5;8.AG-6;9.AG-8;10.AG-9;11.AG-BI;12.AG-1 IA(GD-118);13.AG-1 IA(C-30).The same as Fig.2,4。

    2.2PCR擴(kuò)增結(jié)果

    PCR的擴(kuò)增產(chǎn)物電泳結(jié)果表明,AG-1 IA、AG-1 IB、AG-1 IC、AG-2-1、AG-2-2ⅢB、AG-4、AG-6、AG-8、AG-9、AG-BI融合群標(biāo)準(zhǔn)菌株和GD-118、C-30這12個(gè)菌株擴(kuò)增條帶大約為1 800 bp,而融合群AG-5標(biāo)準(zhǔn)菌株擴(kuò)增條帶大約為1 500 bp(圖2-A);RT-PCR的擴(kuò)增產(chǎn)物電泳結(jié)果表明,13個(gè)菌株均擴(kuò)增出大約1 000 bp的目的條帶(圖2-B)。

    A.PCR;B. RT-PCR;M.DL2000。

    2.3序列比對(duì)結(jié)果分析

    將PCR和RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序,序列分析結(jié)果表明,13個(gè)菌株G蛋白β亞基基因序列的總體相似性為88.93%,具有較高的同源性;其中AG-1 IA亞群的標(biāo)準(zhǔn)菌株與從我國(guó)分離到的同一個(gè)融合亞群的菌株AG-1 IA(GD-118)和AG-1 IA(C-30)(均分離自水稻)的相似度達(dá)到100%。融合群/亞群AG-1 IA、AG-1 IB、 AG-1 IA(GD-118)、AG-1 IA(C-30)、AG-2-1、AG-2-2ⅢB、AG-6、AG-8和AG-9的序列相似性達(dá)到99.55%,也表現(xiàn)出了很高的同源性。融合群AG-6、AG-8、AG-9的G蛋白β亞基基因序列的相似性達(dá)到99.74%,也具有很高的同源性。融合群AG-4和AG-5、AG-4和AG-6、AG-5和AG-6的相似性分別為69.48%,70.63%和64.85%,同源性較低。橋梁菌株AG-BI與AG-1 IA、AG-4、AG-5、AG-6和AG-1 IC的序列相似性分別81.75%,70.15%,64.44%,81.34%和79.58%。

    2.4分子進(jìn)化分析

    本研究采用MEGA 7軟件和iTOL網(wǎng)站分析了立枯絲核菌不同融合群菌株的G蛋白β亞基基因與其他真菌G蛋白β亞基基因的親緣關(guān)系。結(jié)果表明(圖3),立枯絲核菌的13個(gè)菌株與同屬于擔(dān)子菌門(Basidiomycota)的玉米黑粉菌(Ustilagomaydis)聚在一個(gè)大的分枝,其分子進(jìn)化關(guān)系較其他真菌門的菌較近,并且同屬一門不同屬之間真菌之間表現(xiàn)出較近的親緣關(guān)系,因而可知不同物種之間G蛋白β亞基基因在進(jìn)化上具有保守性。從圖3還可看出,AG-BI、AG-1 IC、AG-4、AG-5這4個(gè)融合群/亞群菌株的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。AG-6、AG-8、AG-9這3個(gè)融合群可聚在一個(gè)分支,AG-1 IA、AG-1 IB、AG-2-1、AG-2-2ⅢB、AG-1 IA(GD-118)、AG-1 IA(C-30)可分布成一支,因此它們的分子進(jìn)化關(guān)系較近。

    玉米黑粉菌.基因庫(kù)編號(hào):AF536325.1;粗糙脈孢菌.基因庫(kù)編號(hào):AF491286.1;大麗輪枝菌.基因庫(kù)編號(hào):JQ665433.1;尖孢鐮刀菌.基因庫(kù)編號(hào):AY219172.2;裂殖酵母.基因庫(kù)編號(hào):L28061;異旋孢腔菌.基因庫(kù)編號(hào):AY211190.2。Ustilago maydis.GenBank:AF536325.1; Neurospora crassa .GenBank:AF491286.1;Verticillium dahliae.GenBank:JQ665433.1;Fusarium oxysporum.GenBank:AY219172.2;Schizosaccharomyces pombe.GenBank:L28061;Cochliobolus heterostrophus.GenBank:AY211190.2.

    2.5G蛋白β亞基基因全長(zhǎng)序列和內(nèi)含子分析

    用DNAStar軟件查找開(kāi)放閱讀框(ORF),得到一個(gè)完整的ORF,說(shuō)明此序列是一個(gè)G蛋白β亞基基因的全長(zhǎng)序列。 用DNAMAN軟件分析13個(gè)菌株G蛋白β亞基基因的gDNA序列和cDNA序列,發(fā)現(xiàn)G蛋白β亞基基因均存在4個(gè)內(nèi)含子。

    2.6氨基酸序列分析比對(duì)

    把8個(gè)融合群13個(gè)菌株的G蛋白β亞基基因的cDNA全長(zhǎng)序列翻譯成氨基酸序列再用DNAMAN軟件進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)該基因編碼347個(gè)氨基酸,比對(duì)結(jié)果表明,存在14個(gè)氨基酸的差異,其中第27,37,83,182,222,225,233,264,270,272,320,329位氨基酸存在1個(gè)位點(diǎn)的差異,而第31和35位存在2個(gè)氨基酸位點(diǎn)差異(圖4)。同屬一個(gè)融合亞群的序列沒(méi)有發(fā)生突變,序列保守性比較強(qiáng);而發(fā)生氨基酸位點(diǎn)差異主要是AG-4、AG-5和AG-BI這3個(gè)融合亞群。

    3 結(jié)論與討論

    G蛋白是細(xì)胞內(nèi)一類重要的信號(hào)傳導(dǎo)蛋白,在高等動(dòng)物、簡(jiǎn)單真核生物、昆蟲(chóng)及植物中普遍存在[14]。目前的研究表明,G蛋白的轉(zhuǎn)膜信號(hào)的中介作用,并且對(duì)該系統(tǒng)各組分的不斷研究已成為生物化學(xué)和分子生物學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)[6,13,15]。G蛋白β亞基編碼的蛋白作為重要的信號(hào)傳導(dǎo)蛋白,在致病機(jī)理方面起著非常重要的作用[13,16-18]。

    關(guān)于植物病原真菌G蛋白β亞基基因的克隆與功能已有較多報(bào)道,這些研究發(fā)現(xiàn),真菌G蛋白β亞基主要是在病菌交配過(guò)程中起作用,也發(fā)現(xiàn) G蛋白β亞基功能缺失后的菌株毒性喪失[19]。Nishimura等[20]研究發(fā)現(xiàn),稻瘟菌(Magnaporthegrisea) G蛋白β亞基基因MGB1 缺失突變體會(huì)表現(xiàn)出產(chǎn)孢量下降,致病力減弱。在尖孢鐮刀菌(Fusariumoxysporum)和玉米赤霉(Gibberellazeae)中,G蛋白β亞基基因可影響真菌毒素產(chǎn)生和致病力[21]。Delgado-Jarana 等[22]發(fā)現(xiàn),尖孢鐮刀菌(Fusariumoxysporum)的 G蛋白β亞基通過(guò)參與 cAMP或獨(dú)立于 cAMP 的代謝途徑控制病菌的生長(zhǎng)、發(fā)育和致病過(guò)程。

    圖4 立枯絲核菌G蛋白β亞基氨基酸序列比對(duì)Fig.4 Alignment of the amino acid sequences of G protein β subunit of Rhizoctonia solani

    本研究比較了立枯絲核菌8個(gè)融合群13個(gè)菌株的G蛋白β亞基基因序列,發(fā)現(xiàn)它們之間相似度較高,但有些融合群的G蛋白β亞基基因之間存在一些差異。不同融合群菌株的G蛋白β亞基基因的同源性的高低與是否為同一融合群并沒(méi)有太大的聯(lián)系。融合群是根據(jù)菌絲融合測(cè)定的方法來(lái)劃分的,是在生物學(xué)水平上的分類,并不能代表其在分子水平的差異。但同一亞群菌株的G蛋白β亞基基因同源性達(dá)到100%,說(shuō)明同一融合亞群菌株之間的G蛋白β亞基基因沒(méi)有出現(xiàn)遺傳分化[2-3]。為進(jìn)一步直觀揭示這些差異,本研究構(gòu)建了立枯絲核菌G蛋白β亞基基因序列的分子進(jìn)化樹(shù),發(fā)現(xiàn)了AG-1 IA、AG-1 IB、AG-1 IA(GD-118)、AG-1 IA(C-30)、AG-2-1、AG-2-2ⅢB為一支,進(jìn)化關(guān)系比較近。AG-6、AG-8和AG-9為一支,其進(jìn)化關(guān)系最近。而AG-1 IC、AG-4、AG-5和AG-BI聚為一支,親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。比較立枯絲核菌不同融合群菌株與其他近緣真菌G蛋白β亞基基因的相似性及親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,結(jié)果發(fā)現(xiàn)立枯絲核菌和玉米黑粉菌同屬于擔(dān)子菌門,表現(xiàn)出的親緣關(guān)系較其他真菌門的真菌較近,并且同門真菌的屬之間也表現(xiàn)出較近的親緣關(guān)系,因而可知不同物種之間G蛋白β亞基基因在進(jìn)化上具有保守性,這可能提示其功能的保守性。本研究找出了立枯絲核菌G蛋白β亞基基因的4個(gè)內(nèi)含子,對(duì)立枯絲核菌不同融合群G蛋白β亞基基因的相關(guān)功能表達(dá)研究具有指導(dǎo)意義。同時(shí),本研究比較了立枯絲核菌不同融合群G蛋白β亞基基因翻譯蛋白(氨基酸)全長(zhǎng)序列的差異,對(duì)研究立枯絲核菌不同融合群G蛋白β亞基基因的分化和分子檢測(cè)具有重要意義。

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    [21] Yu H Y,Seo J A,Kim J E,et al. Functional analyses of heterotrimeric G protein G alpha and G beta subunits inGibberellazeae[J]. Microbiology,2008,154(2):392-401.

    [22] Delgado-Jarana J,Martínez-Rocha A L,Roldán-Rodriguez R,et al.FusariumoxysporumG-protein beta subunit Fgb1 regulates hyphal growth,development,and virulence through multiple signalling pathways[J]. Fungal Genetics and Biology,2005,42(1):61-72.

    CloningandSequenceAnalysisofG-proteinBeta-subunitGenesinDifferentAnastomosisGroupsofRhizoctoniasolani

    SHU Canwei1,CAO Qiqi2,ZHAO Mei1,JIANG Shaofeng1,ZHOU Erxun1

    (1.College of Agriculture,South China Agricultural University,Department of Plant Pathology,Guangdong Province Key Laboratory of Microbial Signals and Disease Control,Guangzhou 510642,China;2.Guizhou Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau of the People′s Republic of China,Guiyang 550081,China)

    To study the genetic difference and molecular evolution of G protein beta-subunit gene ofRhizoctoniasolani. Full length of gDNA and cDNA sequences of G protein beta-subunit gene of 13 strains from 8 anastomosis groups (AGs) ofRhizoctoniasolaniwere cloned and analyzed by homology-based cloning method. It showed that the number of intron and open reading frames were consistent in different isolates,which encoded 347 amino acids with 14 point mutations. Homology analysis showed that the homology between AGs ofR.solaniwas high,and the similarity percent of isolates from the same intraspecific group was 100%. But there were genetic diverse among different AGs in homology. The phylogenetic analysis indicated that the G protein beta-subunit gene could effectively distinguish different AGs,and it also could differentiate all the AGs ofR.solanifrom other fungi. It revealed the characteristic of G protein beta-subunit gene in different AGs fromR.solani,and laid the foundation for the gene functional analysis and molecular detection of this fungus.

    Rhizoctoniasolani;Anastomosis groups;G protein;Gene cloning;Molecular evolution

    2017-06-21

    廣東省自然科學(xué)基金(博士啟動(dòng))項(xiàng)目(2016A030310454);國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31470247);國(guó)家公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)項(xiàng)目(No. 201403075)

    舒燦偉(1985-),男,廣東潮安人,講師,博士,主要從事植物病原真菌及真菌病害研究。舒燦偉、曹琦琦為同等貢獻(xiàn)作者。

    周而勛(1963-),男,廣東高州人,教授,博士,主要從事植物病原真菌及真菌病害研究。

    Q78

    A

    1000-7091(2017)05-0007-06

    10.7668/hbnxb.2017.05.002

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