廣西漢族與苗族人群30個InDels的遺傳學調查

趙 蕾，袁晚紅，王雪倩，孫啟凡，歐 元，孫 敬，魏以梁，趙興春，李彩霞，*

（1. 公安部物證鑒定中心 北京市現(xiàn)場物證檢驗工程技術研究中心，北京100038；2. 瑞金市公安局，江西 瑞金342500）

·技術與應用·

廣西漢族與苗族人群30個InDels的遺傳學調查

趙 蕾1，袁晚紅2，王雪倩1，孫啟凡1，歐 元1，孫 敬1，魏以梁1，趙興春1，李彩霞1，*

（1. 公安部物證鑒定中心 北京市現(xiàn)場物證檢驗工程技術研究中心，北京100038；2. 瑞金市公安局，江西 瑞金342500）

目的 采用Investigator? DIPplex試劑盒調查廣西漢族、苗族中的群體遺傳學數據，并評估其法醫(yī)學應用價值。方法 對廣西漢族、苗族的100名無關個體的30個InDels位點進行復合擴增，統(tǒng)計分析各位點的頻率數據、群體遺傳學參數。結果 經Bonferroni校正，30個InDels位點的分布均符合Hardy-Weinberg平衡；各位點在廣西漢族、苗族人群中的累積個體識別率分別為0.999 999 999 98、0.999 999 999 97，累積非父排除率均大于 0.96。30個InDels在廣西漢族中6個位點（D111、D118、D99、D114、D64、D39）He<0.3，苗族中8個位點（D111、D118、D99、D122、D64、D81、D39、D84）He＜0.3。通過Genepop 4.2軟件計算Fst值，除D84（0.080 7）外，其余位點均小于0.06。結論 該組30個InDels位點在廣西漢族、苗族人群中具有較高的多態(tài)性，可以作為現(xiàn)有STR檢驗體系的補充。

法醫(yī)遺傳學；插入缺失多態(tài)性；個體識別；廣西漢族；苗族人群

插入/缺失（insertion/deletion，InDel）多態(tài)性遺傳標記是指基因組中插入或缺失不同大小的DNA片段所形成的多態(tài)性遺傳標記［1，2］，兼具了STR和SNP兩種遺傳標記的雙重優(yōu)點且能夠與STR分型技術平臺相兼容。由于其具備更低的突變率、較短的擴增片段長度等特點可以應用于微量DNA及高度降解檢材，是目前國內外法醫(yī)學者的研究熱點［3，4］。此外InDels基因頻率存在地域差異性，可作為祖先相關信息位點區(qū)分人群。InDels可以作為常規(guī)STR檢驗的有效補充，或者說作為獨立的一種遺傳標記將在法醫(yī)學應用中發(fā)揮著重要作用［5，6］。Investigator?DIP plex試劑盒可同時擴增30個InDels多態(tài)性位點，最大擴增片段長度僅為160 bp。本研究對該體系中的30個InDels位點在廣西漢族、苗族人群中的等位基因頻率和遺傳多態(tài)性進行調查，以建立30個InDels位點的群體遺傳學資料，評估其法醫(yī)學應用價值，為個體識別、親權鑒定和種族推斷提供基礎群體數據。

1 材料與方法

根據知情同意原則，分別采集50名廣西漢族和50名苗族無關個體的血樣。采用M48試劑盒提取血樣DNA。按照Investigator?DIPplex試劑盒的使用說明對100份樣本進行擴增及電泳檢測。樣本檢測均采用標準DNA9948和超純水作為陽性對照和陰性對照。統(tǒng)計分析各位點的頻率數據、群體遺傳學參數。

2 結果與討論

群體遺傳學參數計算結果見表1，表2。通過Haploview v4.2軟件分析Hardy-Weinberg平衡的P值，30個InDels中，在廣西漢族中D92、D125 P值為0.024 2、0.013 9，在苗族中的D83、D122、D81、D40 P值為0.004 8、0.046 3、0.013 1、0.016 2，采用 Bonferroni 法校正，將P值設為0.001 7（0.05/30），30個InDels位點的基因型頻率分布在2個群體中均達到Hardy-Weinberg平衡（P＞0.001 7）。30個位點在廣西漢族、苗族兩個人群中的累積個體識別率（TDP）分別為0.999 999 999 98、0.999 999 999 97，累積非父排除率（CPE）均大于0.96。30個InDels在廣西漢族中6個位點（D111、D118、D99、D114、D64、D39）He<0.3，苗族中8個位點 （D111、D118、D99、D122、D64、D81、D39、D84） He<0.3。 通 過Genepop 4.2軟件計算Fst值，除D84（0.080 7）外，其余位點均小于0.06。

表1 廣西漢族50份樣品的群體遺傳學參數計算結果（n=50）Table 1 Genetic parameters in Guangxi Han population（n=50）

本研究首次應用Investigator?DIPplex試劑盒30 個InDels位點對廣西漢族、苗族兩個人群進行了群體遺傳學研究，并獲得了其基因型頻率和相應法醫(yī)學參數。通過統(tǒng)計計算，在廣西漢族人群中等位基因頻率P（del）為0.085~0.926，苗族人群中為0.082~0.939；期望雜合度He在廣西漢族中為0.138~0.500，苗族中為0.115~0.500。該組位點在兩個人群中的累積個體識別率均接近13個染色體STR，累積非父排除率（CPE）均大于 0.96。等位基因頻率在群體間的分布差異性指標采用Fst值進行評價，實驗研究發(fā)現(xiàn)位點D84（0.080 7）Fst值在0.06以上，在人群間基因頻率差異大。結合多態(tài)性含量信息和雜合度的計算結果顯示，苗族中D84的雜合度與多態(tài)性信息含量均低于廣西漢族，在不同人群中基因頻率差異性小，即個體識別在法醫(yī)學應用中價值有所降低。

表2 苗族50份樣品的群體遺傳學參數計算結果（n=50）Table 2 Genetic parameters in Guangxi Miao population（n=50）

本研究首次獲得了廣西漢族、苗族群體 HLD77 等30個InDels位點的等位基因頻率及基因型分布數據，為建立兩個群體InDels位點分布數據庫、法醫(yī)學應用及遺傳關系的分析提供了良好的遺傳背景數據。

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Forensic Application of 30 InDel Loci in Guangxi Han and Miao Population

ZHAO Lei1， YUAN Wanhong2， WANG Xueqian1， SUN Qifan1， OU Yuan1， SUN Jing1， WEI Yiliang1， ZHAO Xingchun1，LI Caixia1，*
（1. Beijing Engineering Research Center of Crime Scene Evidence Examination， Institute of Forensic Science of Ministry of Public Security， Beijing 100038， China； 2. Ruijin Public Security Bureau， Jiangxi Ruijin 342500，China）

Objective To study 30 insertion/deletion polymorphisms （InDels） of Guangxi Han and Miao population and evaluate their forensic applicability. Methods 30 InDels and amelogenin were determined with Investigator?DIPplex in 50 unrelated individuals in the population of Han and Miao in Guangxi. Allele frequencies were measured along with other population genetics parameters. Results No signifi cant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium or linkage disequilibrium after Bonferroni's correction was observed in 30 InDels loci of Guangxi Han and Miao population. The total probability of discrimination power （TDP） was 0.99999999998 and 0.99999999997 for Guangxi Han and Miao population， respectively. The cumulative probability of exclusion （CPE） was greater than 0.96 for both populations. Out of the 30 InDels loci， six of He＜0.3 for Guangxi Han population localized on D111， D118， D99， D114， D64 and D39， and for Guangxi Miao population on the eight loci of D111， D118， D99， D122， D64， D81， D39 and D84. The Fst values， calculated through Genepop 4.2 software， were less than 0.06 for all loci but D84 （0.0807）. Conclusions The 30 InDels are highly polymorphic in Guangxi Han and Miao population and can be used for individual identifi cation， both supplementary and stand-alone.

forensic genetics； InDel polymorphism； individual identifi cation； Guangxi Han population； Guangxi Miao population

DF795.2

A

1008-3650（2015）06-0497-03

10.16467/j.1008-3650.2015.06.015

2015-04-16

中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務費項目（2014JB010）

趙 蕾，主檢法醫(yī)師，碩士研究生，研究方向為法醫(yī)遺傳學。 E-mail： lunzi_424@163.com

李彩霞，副主任法醫(yī)師，博士，研究方向為法醫(yī)遺傳學。 E-mail： licaixia@tsinghua.org.cn

引用本文格式：趙蕾，袁晚紅，王雪倩，等. 廣西漢族與苗族人群30個InDels的遺傳學調查. 刑事技術，2015，40（6）：497-499.