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    染色質(zhì)修飾調(diào)節(jié)植物成花機(jī)理研究

    2013-04-01 09:35:45趙榮秋劉樂承長江大學(xué)園藝園林學(xué)院湖北荊州434025
    關(guān)鍵詞:成花染色質(zhì)復(fù)合體

    趙榮秋,劉樂承 (長江大學(xué)園藝園林學(xué)院,湖北 荊州434025)

    成花轉(zhuǎn)變是植物生命周期中一個重要的發(fā)育過程。擬南芥染色質(zhì)機(jī)制通過調(diào)控成花關(guān)鍵基因表達(dá)在成花時間上起關(guān)鍵作用,各種保守的染色質(zhì)修飾因子、植物特異因子和長的非編碼RNAs都參與到FLOWERING LOCUS C (FLC)基因染色質(zhì)調(diào)節(jié)過程中,F(xiàn)LC是植物成花的負(fù)調(diào)控因子。FLC調(diào)控機(jī)制的研究已為以染色質(zhì)調(diào)控為基礎(chǔ)的其他發(fā)育基因的研究提供了一個范本。同時,染色質(zhì)修飾在FLOWERING LOCUS T (FT)的表達(dá)調(diào)控中也同樣起著重要作用;FT是編碼植物成花素的基因,在被子植物中高度保守。此外,其他植物中與FT相關(guān)的基因也可能具有與FT基因相同的調(diào)控機(jī)制從而影響植物成花時間。在此主要對擬南芥成花調(diào)控及其以染色質(zhì)修飾為基礎(chǔ)的調(diào)節(jié)機(jī)制進(jìn)行綜述。

    1 植物成花轉(zhuǎn)變的調(diào)控

    從營養(yǎng)生長向生殖生長階段轉(zhuǎn)變的時間是被子植物獲得生殖成功的關(guān)鍵,許多物種已進(jìn)化出多條途徑響應(yīng)環(huán)境信號和內(nèi)源因子的變化,從而調(diào)控其在正確時間開花。長日照植物擬南芥春化作用、光周期、寒冷的冬天、環(huán)境溫度和長日照等外因分別響應(yīng)體內(nèi)內(nèi)源因子如苗齡和赤霉素水平共同作用形成復(fù)雜的成花調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。目前,已分離出成花網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵成花基因,其表達(dá)調(diào)控機(jī)制已被深入研究。

    擬南芥FLC基因是一個主要的開花抑制因子,其表達(dá)機(jī)制復(fù)雜[1-2],F(xiàn)RIGIDA (FRI)可以激活或者上調(diào)FLC基因的表達(dá)至較高水平從而抑制開花,然而春化作用、長時間低溫誘導(dǎo)可以抵消FRI對FLC激活作用,關(guān)閉FLC的表達(dá),促進(jìn)植物開花[3-4]。有春化響應(yīng)的冬性一年生植物和無春化需求的早花植物不同的成花習(xí)性主要由FLC的表達(dá)水平不同所決定,冬性一年生植物具有顯性等位基因FRI和FLC,而無春化需求的早花植物缺乏有功能的FRI,F(xiàn)LC的表達(dá)被自主途徑基因或FLC自身抑制,不依賴于環(huán)境輸入信號所抑制[5-6]。

    FT基因是另外一個調(diào)控植物開花時間的關(guān)鍵基因,F(xiàn)T蛋白是植物開花素[7-10],其表達(dá)可被長日照下CONSTANS(CO)基因所激活,被FLC基因直接抑制[11-13]。FT在維管組織特異表達(dá),尤其在葉的韌皮部,F(xiàn)T蛋白由韌皮部被輸送到莖尖分生組織,在莖尖分生組織與具有bZIP結(jié)構(gòu)的鋅指蛋白FD結(jié)合形成復(fù)合體,激活花分生組織基因LEAFY和APETALA1(AP1)的表達(dá),導(dǎo)致花原基形成[14-15]。

    染色質(zhì)修飾參與到植物發(fā)育基因的調(diào)控中,這些修飾調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和基因表達(dá),包括核小體重塑、DNA甲基化和各種組蛋白修飾[16]。總的來說,組蛋白乙?;?、組蛋白H3K4三甲基化、組蛋白H2B單泛素化、組蛋白H3K36的二甲基化和三基化與基因表達(dá)活性有關(guān);而組蛋白去乙?;3K9甲基化、H3K27三基化、H2A單泛素化抑制基因的表達(dá)[17]。擬南芥染色質(zhì)調(diào)節(jié)FLC表達(dá)已被深入研究,表明各種修飾因子調(diào)節(jié)FLC表達(dá)與其成花有關(guān)[3-4,17]。如ATX1H3K4甲基轉(zhuǎn)移酶和EFS H3K36甲基轉(zhuǎn)移酶分別調(diào)節(jié)FLC染色質(zhì)H3K4和H3K36的甲基化,兩者都是FLC基因表達(dá)必須的,其表達(dá)抑制成花[18–20];與此相反,PRC2-like復(fù)合體使FLC染色質(zhì)H3K27三甲基化水平升高從而關(guān)閉FLC的表達(dá)[21-22]。FLC的調(diào)控機(jī)制已成為認(rèn)識植物其他發(fā)育基因表達(dá)調(diào)控的范例。

    FLC表達(dá)調(diào)控的最新進(jìn)展表明FRI是植物體內(nèi)特異的支架蛋白,是募集染色質(zhì)修飾因子至FLC位點復(fù)合體的一部分,可以激活FLC。另外,最近研究表明長的非編碼RNAs(lncRNAs)不僅可以導(dǎo)致非春化需求型植物FLC表達(dá)抑制,而且可以通過春化調(diào)節(jié)使一年生冬性植物FLC沉默。另外,近年來的研究表明染色質(zhì)修飾也部分調(diào)控FT基因表達(dá)。

    2 FRI調(diào)節(jié)FLC染色質(zhì)修飾使冬性一年生植物成花

    FRI編碼植物特異的支架蛋白,是決定擬南芥成花時間的關(guān)鍵因子[6],許多參與到FRI依賴途徑的FLC表達(dá)的激活因子,已在以FRI為背景的抑制FLC表達(dá)的突變體遺傳檢測中被驗證,包括保守的染色質(zhì)修飾因子和植物特異組分[3,5],這些組分功能缺失的突變體抑制FLC表達(dá),所以導(dǎo)致FRI為背景的植物早花。另外,其中一些因子如染色質(zhì)修飾因子調(diào)控擬南芥基因組很多基因表達(dá)。

    第一個被證實的FRI行使功能的保守成分是PAF1c復(fù)合體[23-25],它在酵母、植物和人體內(nèi)均高度保守,在轉(zhuǎn)錄過程中與Pol II結(jié)合。擬南芥PAF1c有6個亞單位,其功能缺失導(dǎo)致FLC染色質(zhì)組蛋白H3K4三甲基化、H3K36二甲基化和H3K36三甲基化水平降低,并在FRI背景下抑制FLC的表達(dá)[19,23]。另外,PAF1c也是全基因組組蛋白H2B單泛素化所需要的組分[26]。PAF1c本身不具有組蛋白修飾活性,但它為轉(zhuǎn)錄激活和延伸過程中組蛋白修飾酶活動提供平臺。

    COMPASS-like H3K4甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體使FLC染色質(zhì)H3K4三甲基化水平升高,從而 激活其表達(dá)。擬南芥COMPASS包含4個保守的核心亞單位,即含有SET結(jié)構(gòu)域的H3K4甲基轉(zhuǎn)移酶和3個結(jié)構(gòu)性核心組分 (WDR5a、RBL和ASH2R),它們組成一個穩(wěn)定的核心亞復(fù)合體,為H3K4的甲基化提供結(jié)構(gòu)平臺[27-28]。2個H3K4的甲基轉(zhuǎn)移酶ATX1和ATXR3(或者SDG2)和2個推定的稱做ATX2和 ATXR7的酶使FLC組蛋白H3K4的三甲基化[18,29-32]。ATX1已被證實與 WDR5亞單位結(jié)合[27],很可能ATX2、ATXR3和ATXR7在FLC染色質(zhì)H3K4的三甲基化過程中也是以COMPASS為背景而行使其功能。H3K4的三甲基化主要集中在FLC的轉(zhuǎn)錄起始部位[23],這個過程需要COMPASS組分的直接參與,并且激活FLC的表達(dá)[27-28]。此外,超表達(dá)ASH2R導(dǎo)致FLC染色質(zhì)H3K4三甲基化水平升高激活FLC轉(zhuǎn)錄[28],這一結(jié)果表明H3K4的三甲基化水平升高足以激活FLC表達(dá)從而抑制植物成花。

    除了組蛋白H3K4三甲基化外,依賴FRI途徑的FLC表達(dá)還分別需要EFS催化下的H3K36甲基化和H2B單泛素化復(fù)合體HUB–UBC作用下H2B單泛素化。EFS催化FLC組蛋白H3K36二甲基化和三甲基化[19-20],HUB–UBC復(fù)合體包含E3泛素連接酶HUB1和HUB2、E2泛素結(jié)合酶UBC1和UBC2,其催化全基因組組蛋白H2B的單泛素化,包括FLC位點[33–35]。利用重組的人類染色質(zhì)裝配系統(tǒng),證實H2B單泛素化通過組蛋白分子伴侶FACT調(diào)節(jié)H2A-H2B間更換和核小體重組,可以使Pol II聚合酶在基因核小體上順暢移動[36]?;蚪M蛋白H2B單泛素化可能與保守的FACT協(xié)同作用,從而促使FLC轉(zhuǎn)錄延伸,因為FACT組分的突變體SPT16和SSRP1使FLC表達(dá)受到抑制[37]。另外,H2B單泛素化在FLC位點的內(nèi)穩(wěn)定對FLC的表達(dá)是關(guān)鍵的[26]。FLC染色質(zhì)上H2B在UBP26去泛素化酶作用下的脫泛素對其表達(dá)也是必需的,表明要么維持組蛋白H2B單泛素化在一個恰當(dāng)?shù)钠胶馑剑雌涿摲核鼗瘜LC的轉(zhuǎn)錄都起著決定性的作用。

    FRI依賴途徑的FLC激活也需要FLC位點上保守SWR1復(fù)合體 (SWR1c)作用下的組蛋白變體H2A.Z的沉積[38-39]。SWR1c功能缺失阻止FLC染色質(zhì)上 H2A.Z的沉積,抑制其表達(dá)導(dǎo)致早花。SWR1c是ATP酶染色質(zhì)重塑復(fù)合體,其功能是使H2A.Z代替正常的H2A提高擬南芥體內(nèi)FLC的轉(zhuǎn)錄能力[40]。研究結(jié)果顯示進(jìn)一步乙?;揎椀慕M蛋白變體H2A.Z核小體不穩(wěn)定解體促進(jìn)FLC的轉(zhuǎn)錄[41-42]。FLC起始位點H2A.Z的沉積可能是通過這種機(jī)制促進(jìn)FLC的轉(zhuǎn)錄。

    除了染色質(zhì)修飾因子,F(xiàn)RI依賴途徑的FLC激活需要FRL1、FES1 2個植物特異因子和SUF4、FLX 2個組分[43–47],這些蛋白與FRI結(jié)合形成一個假定的轉(zhuǎn)錄增強復(fù)合體FRIc,其中SUF4識別FLC的近端啟動子順式元件[48]。任一FRIc亞單位功能缺失可以抑制FLC表達(dá),導(dǎo)致沒有任何明顯表型變化的早花,表明這一復(fù)合體是FLC特異增強子;FRIc復(fù)合體直接與染色質(zhì)修飾因子EFS和SWR1c結(jié)合[20,48]。另外,F(xiàn)LC位點上WDR5積累需要有功能的FRI,表明FRIc募集COMPASS使之參與到FLC染色質(zhì)H3K4甲基化過程中[27],同時這些結(jié)果表明FRIc募集或者吸引很多FLC染色質(zhì)修飾因子至基因位點并激活其表達(dá)。FRI依賴途徑的FLC激活需要許多有效的染色質(zhì)修飾,包括組蛋白變體H2A.Z的沉積、組白乙酰化、組白H3K4三甲基化、H2B單泛素化和H3K36二甲基化和三甲基化。這些FLC的染色質(zhì)修飾存在功能上的相互依賴,如EFS缺失不僅導(dǎo)致以FRI為背景H3K36三甲基化水平的降低,而且也降低了H3K4三甲基化水平[20,49]??傊?,結(jié)合到FLC近端啟動子后FRIc募集或吸引很多有活性染色質(zhì)修飾因子,在FLC位點形成有利于FLC表達(dá)的微環(huán)境,從而形成冬性一年生植物的開花習(xí)性。

    如上所述,F(xiàn)RIc復(fù)合體功能依賴于PAF1c,酵母中保守的Paf1c與PolⅡ和很多染色質(zhì)修飾因子結(jié)合,包括COMPASS、1個H3K36甲基轉(zhuǎn)移酶和H2B單泛素化復(fù)合體[50]。在FLC位點,PAF1c可能與FRIc直接結(jié)合行使功能,導(dǎo)致其募集或吸引有活性的染色質(zhì)修飾因子,從而提高FLC轉(zhuǎn)錄水平。

    3 染色質(zhì)修飾調(diào)節(jié)FT基因表達(dá)

    FT被長日照和外界環(huán)境溫度升高誘導(dǎo)在維管組織中特異表達(dá);各種染色質(zhì)修飾因子,包括SWR1c、PRC2、LHP1、REF6H3K27的去甲基化酶和PKDM7BH3K4的去甲基化酶,參與到FT的表達(dá)調(diào)控中。

    FT不管在長日照還是在短日條件下均可被PcG抑制,CLF纏繞在FT染色質(zhì)上,促進(jìn)FT染色質(zhì)的組蛋白H3K27三甲基化積累抑制FT表達(dá)[51]。另外,其他PRC2組分,包括SWN、EMF2和FIE也會抑制FT的表達(dá)[51-52],表明PRC2-like復(fù)合體使FT染色質(zhì)H3K27積累而抑制其在維管組織中表達(dá)。H3K27三甲基化水平被H3K27去甲基轉(zhuǎn)移酶動力調(diào)控,REF6、含JmjC結(jié)構(gòu)域的H3K27去甲基轉(zhuǎn)移酶參與FT染色質(zhì)H3K27去甲基化是其表達(dá)必須的[53]。因此,F(xiàn)T染色質(zhì)的H3K27的三甲基化水平被PRC2和REF6動態(tài)控制。如上所述,H3K27三甲基化標(biāo)記已被LHP1所識別。事實上,LHP1直接纏繞在FT染色質(zhì)上抑制其在維管組織中表達(dá)[54]。另外,另一個假定的PRC1-like組分EMF1也抑制FT的表達(dá)[55-56],同時PRC1-like復(fù)合體與PRC2協(xié)同作用抑制FT表達(dá)從而抑制植物成花。

    FT染色質(zhì)有一個二價結(jié)構(gòu),自發(fā)攜帶有活性H3K4三甲基化標(biāo)記和抑制態(tài)的H3K27三甲基化標(biāo)記[51],PRC2依賴途徑的H3K27三甲基化被抑制但沒有消除,F(xiàn)T染色質(zhì)的H3K4三甲基化處于活化狀態(tài),反之亦然。PRC2功能缺失不僅消除H3K27三甲基化,而且導(dǎo)致FT染色質(zhì)H3K4三甲基化水平增加[51]。組蛋白H3K4二甲基化和三甲基化去甲基轉(zhuǎn)移酶PKDM7B與FT染色質(zhì)結(jié)合,使FT染色質(zhì)H3K4去甲基化抑制其表達(dá)[57–59],PKDM7B功能缺失導(dǎo)致H3K4三甲基化水平升高而H3K27三甲基化水平降低[57-58],因此FT染色質(zhì)上H3K4和H3K27三甲基化具有拮抗作用,它們的相對水平在FT的表達(dá)調(diào)控中起著關(guān)鍵的作用。

    FT的表達(dá)通過溫感途徑被環(huán)境溫度升高所誘導(dǎo),F(xiàn)T染色質(zhì)上含有H2A.Z的核小體調(diào)節(jié)這一反應(yīng)[60-61],SWR1c作用使組蛋白變體H2A.Z堆積,H2A.Z核小體位于FT起始位點區(qū)域,研究已表明環(huán)境溫度從178℃升高到278℃引起H2A.Z核小體解體,使FT被PolⅡ誘導(dǎo)表達(dá)[61],SWR1c的功能破壞導(dǎo)致溫度不敏感FT表達(dá)增強和早花。

    FT在維管組織中特異表達(dá),這一空間調(diào)節(jié)不涉及上述的染色質(zhì)修飾因子,如PcG活性在大多數(shù)組織中普遍存在,其缺失導(dǎo)致FT僅在維管中脫抑制,表明它是FT表達(dá)必須的維管特異因子[52]。因此,F(xiàn)T表達(dá)的空間和環(huán)境調(diào)節(jié)不僅涉及到保守的通用染色質(zhì)修飾因子,也涉及到與FT基因的順式調(diào)節(jié)元件共同行使功能的維管特異因子。這些因素共同調(diào)控FT的表達(dá),導(dǎo)致植物開花。

    4 結(jié)語

    擬南芥染色質(zhì)修飾調(diào)控成花關(guān)鍵基因FLC和FT的表達(dá),在成花時間決定中起著決定性的作用,F(xiàn)LC染色質(zhì)修飾涉及到多種保守的染色質(zhì)修飾因子、植物特異因子和lncRNAs,其他發(fā)育基因的調(diào)節(jié)也涉及到染色質(zhì)的修飾。FLC基因在十字花科植物中高度保守,而FT基因在被子植物中作為成花誘導(dǎo)因子其結(jié)構(gòu)和功能均高度保守,在擬南芥中參與FT染色質(zhì)修飾的因子在其他開花植物中也是保守的。因此以擬南芥FT基因調(diào)控為基礎(chǔ)的染色質(zhì)修飾機(jī)制也可能參與到FT相關(guān)基因的調(diào)節(jié)和其他植物的開花時間控制中,開花時間對環(huán)境信號如溫度和光周期非常敏感,如何使內(nèi)在的染色質(zhì)修飾與外在的環(huán)境條件刺激FLC和FT表達(dá)最終導(dǎo)致成花轉(zhuǎn)變,是一個值得探討的有趣的領(lǐng)域。

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