黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因ｃＤＮＡ克隆與生物信息學(xué)分析

蔡惠芬 陳志 羅衛(wèi)星 等

摘要：選擇與羊同源性較高的牛ＲＥＲＧＬ基因組序列設(shè)計(jì)特異性引物，提取黔北麻羊脾臟總ＲＮＡ，通過(guò)ＲＴ-ＰＣＲ技術(shù)對(duì)ＲＥＲＧＬ基因進(jìn)行克隆測(cè)序及序列分析。結(jié)果表明，成功克隆了黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因，其ｃＤＮＡ序列６４６ ｂｐ，ＧｅｎＢａｎｋ登錄號(hào)ＪＮ ６７１９１９，編碼２０５個(gè)氨基酸。生物信息學(xué)分析表明，黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)α－螺旋占４０．６8％，延伸鏈占１６．１８％，無(wú)規(guī)則卷曲占４３．１４％；沒(méi)有跨膜螺旋結(jié)構(gòu)域且沒(méi)有糖基化位點(diǎn)。

關(guān)鍵詞：黔北麻羊；ＲＥＲＧＬ基因；克??；生物信息學(xué)分析

中圖分類(lèi)號(hào)：Ｓ８２７；Ｑ８１１．４文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：Ａ文章編號(hào)：0439－８114（２０12）15－3362-04

cDNA Sequence Cloning of RERGL Gene of Qianbei Ma Goat and Bioinformatics Analysis

ＣＡＩ Ｈｕｉ-ｆｅｎ，ＣＨＥＮ Ｚｈｉ，ＬＵＯ Ｗｅｉ-ｘｉｎｇ，ＬＩＵ Ｒｕｏ-ｙｕ，ＺＨＡＮＧ Ｙｉ-ｙｕ，ＳＨＩ Ｚｈａｏ-ｙｉｎｇ

（Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ａｎｉｍａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， Ｂｒｅｅｄｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ Ｐｌａｔｅａｕ Ｍｏｕｎｔａｉｎｏｕｓ Ｒｅｇｉｏｎ／Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ， Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｇｕｉｙａｎｇ ５５００２５， Ｃｈｉｎａ）

Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ ｇｏａｔ ＲＥＲＧＬ ｗｅｒｅ ｄｅｓｉｇｎ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ ｈｏｍｏｌｏｇｉｃ ｇｅｎｅ ｏｆ ｏｘ． Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ ｏｆ Ｑｉａｎｂｅｉ Ｍａ ｇｏａｔ ｗａｓ ｅｘｔｒａｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｓｐｌｅｅｎ． Ｔｈｅ ｃＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ＲＥＲＧＬ ｗａｓ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｂｙ ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ＰＣＲ （ＲＴ－ＰＣＲ） ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ． Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｃＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ＲＥＲＧＬ ｇｅｎｅ ｏｆ Ｑｉａｎｂｅｉ Ｍａ ｇｏａｔ ｗａｓ ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙ ｃｌｏｎｅｄ． Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｌｅｎｇｔｈ ｗａｓ ６４６ ｂｐ， ｅｎｃｏｄｉｎｇ ２０５ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓ； ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ ｗａｓ ＪＮ ６７１９１９． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ the ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ＲＥＲＧＬ ｗａｓ ４０．６8％ α－ｈｅｌｉｘ ＋１６．１８％ ｅｘｔｅｎｄｉｎｇ ｃｈａｉｎ＋４３．１４％ ｒａｎｄｏｍ ｃｏｉｌ． Ｎｏ ｔｒａｎｓ－ｍｅｍｂｒａｎｅ ｈｅｌｉｘ ｄｏｍａｉｎ ａｎｄ Ｏ－ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅ ｗａｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄ．

Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ： Ｑｉａｎｂｅｉ Ｍａ ｇｏａｔ； ＲＥＲＧＬ ｇｅｎｅ； ｃｌｏｎｅ； ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ

ＲＥＲＧＬ基因?qū)儆冢遥幔蟪易寤颉＃遥幔蟪易迨且活?lèi)重要的功能蛋白。它們介導(dǎo)生長(zhǎng)因子、細(xì)胞因子和多種細(xì)胞外信號(hào)的通路，對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)、分化、存活、增殖等多種功能的調(diào)節(jié)發(fā)揮重要作用［１］。Ｒａｓ超家族在細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中可作為信號(hào)轉(zhuǎn)換器或分子開(kāi)關(guān)，它們通過(guò)與ＧＴＰ結(jié)合（激活態(tài)）和ＧＤＰ結(jié)合（失活態(tài)）的轉(zhuǎn)換導(dǎo)致信號(hào)的轉(zhuǎn)導(dǎo)或終止［２］。ＲＥＲＧＬ與部分Ｒａｓ超家族成員的同源性可達(dá)４０％～５０％。其蛋白與ＲＥＲＧ（Ｒａｓ－ｒｅｌａｔｅｄ ａｎｄ ｅｓｔｒｏｇｅｎ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）蛋白功能高度相似。

黔北麻羊是貴州省三大優(yōu)良山羊品種之一。其歷史悠久，具有耐粗飼、繁殖率高、產(chǎn)肉性能良好、膻味輕、肉鮮美可口、板皮品質(zhì)優(yōu)良等優(yōu)點(diǎn)，為當(dāng)?shù)厝罕娝拆B(yǎng)［３］。羅衛(wèi)星等［４］對(duì)黔北麻羊的肉用性能和肉質(zhì)特征進(jìn)行研究，表明黔北麻羊肉用性能和肉質(zhì)性質(zhì)良好，具有很好的開(kāi)發(fā)價(jià)值。在分子水平上，關(guān)于黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因的研究國(guó)內(nèi)外尚未見(jiàn)報(bào)道。本研究以黔北麻羊?yàn)檠芯繉?duì)象，通過(guò)分子克隆技術(shù)對(duì)ＲＥＲＧＬ基因ｃＤＮＡ進(jìn)行克隆后測(cè)序，并對(duì)結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析，以期為進(jìn)一步開(kāi)展黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因的表達(dá)調(diào)控以及與生長(zhǎng)性狀相關(guān)分析研究提供一定的理論基礎(chǔ)。

１材料與方法

１．１材料

從貴州省習(xí)水縣采集成年黔北麻羊的脾臟，液氮中保存?zhèn)溆谩?/p>

１．２試劑和載體

ＲＮＡ提取試劑盒（Ｔｒｉｚｏｌ）購(gòu)自ＭＢＩ公司；ＬＢ培養(yǎng)基；氨芐青霉素（Ａｍｐ）（１００ ｇ／Ｌ）；１０×ＴＢＥ緩沖液；ＤＥＰＣ和瓊脂糖購(gòu)自ＳＩＧＭＡ公司；ｐＭＤ１８-Ｔ Ｖｅｃｔｏｒ、反轉(zhuǎn)錄試劑盒（ＤＲＲ０３７Ａ）、Ｔａｑ酶和ｄＮＴＰ購(gòu)自大連ＴａＫａＲａ公司；菌種ＴＧ１、ＤＬ ２０００ Ｍａｒｋｅｒ、去離子甲酰胺、引物及其他常用試劑均購(gòu)自上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司。

１．３提?。遥危燎暗臏?zhǔn)備工作

玻璃制品用０．１ Ｍ的ＮａＯＨ浸泡過(guò)夜，用自來(lái)水反復(fù)沖洗，再用去離子水沖洗２遍，１８０ ℃烘烤６ ｈ；研缽、電泳槽等用０．１％的ＤＥＰＣ水沖洗浸泡，由于未滅活的ＤＥＰＣ對(duì)ＰＣＲ反應(yīng)有影響，可用０．５ ％的ＳＤＳ處理；Ｔｉｐ頭、ＥＰ管用０．１ ％的ＤＥＰＣ水浸泡過(guò)夜，高壓滅菌使ＤＥＰＣ失活，烘干備用；提取前在超凈工作臺(tái)紫外照射１５ ｍｉｎ。

１．４總ＲＮＡ的提取及質(zhì)量、濃度測(cè)定

根據(jù)ＲＮＡ提取試劑盒說(shuō)明書(shū)用Ｔｒｉｚｏｌ法提取黔北麻羊脾臟總ＲＮＡ。用１％瓊脂糖凝膠檢測(cè)總ＲＮＡ的完整性，核酸蛋白測(cè)定儀測(cè)定濃度，－８０ ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

１．５引物設(shè)計(jì)

根據(jù)牛ＲＥＲＧＬ基因ｃＤＮＡ序列（ＮＭ＿００１１０５４７２．１）設(shè)計(jì)特異性引物ＲＥＲＧＬ-ＣＤＳ擴(kuò)增羊ＲＥＲＧＬ基因的ＣＤＳ區(qū)，引物序列和退火溫度見(jiàn)表１。

１．６ＲＴ-ＰＣＲ擴(kuò)增

按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒操作程序進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄。引物ＧＦＩ-１的ＰＣＲ擴(kuò)增體系：反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物２．５ μＬ，１０×ＰＣＲ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｍｇ２＋ Ｐｌｕｓ）２ μＬ，ｄＮＴＰｓ（２．５ ｍｍｏｌ／Ｌ）２．０ μＬ，上下游引物各１ μＬ，Ｔａｑ酶（５ Ｕ／μＬ）０．４ μＬ，加去離子水至總體積為２０ μＬ。擴(kuò)增程序：９５ ℃預(yù)變性５ ｍｉｎ；９４ ℃變性３０ ｓ，５５ ℃退火４０ ｓ，７２ ℃延伸６０ ｓ，３５個(gè)循環(huán)；７２ ℃延伸１０ ｍｉｎ，４ ℃ 保存，１％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

１．７克隆及重組子篩選與鑒定

ＰＣＲ產(chǎn)物經(jīng)電泳檢測(cè)后，按ＤＮＡ膠回收試劑盒說(shuō)明進(jìn)行膠回收，用ｐＭＤｌ８-Ｔ載體連接ＰＣＲ純化產(chǎn)物，常溫過(guò)夜后轉(zhuǎn)化連接產(chǎn)物到大腸桿菌ＴＧ１感受態(tài)細(xì)胞，均勻接種于含氨芐青霉素的ＬＢ瓊脂糖平板中，３７ ℃培養(yǎng)１２～１６ ｈ，挑取單個(gè)菌落，接種于１ ｍＬ含１００ ｍｇ／Ｌ氨芐青霉素的ＬＢ液體培養(yǎng)基中，３７ ℃ ２２０ ｒ／ｍｉｎ培養(yǎng)１０ ｈ。取菌液做ＰＣＲ進(jìn)行陽(yáng)性重組子鑒定。陽(yáng)性菌液送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司進(jìn)行測(cè)序。

１．８序列分析

測(cè)序結(jié)果用ＤＮＡＭＡＮ ４．０軟件進(jìn)行拼接，采用ＤＮＡＳｔａｒ、ＣＢＳ在線(xiàn)蛋白分析程序（ｈｔｔｐ：//ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ/ｓｅｒｖｉｃｅｓ/）和ＥｘＰＡＳｙ在線(xiàn)蛋白質(zhì)分析軟件（ｈｔｔｐ：//ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ/ｔｏｏｌｓ）進(jìn)行生物信息學(xué)分析。

２結(jié)果與分析

２．１黔北麻羊脾臟總ＲＮＡ質(zhì)量檢測(cè)

ＲＮＡ模板的完整性是獲得全長(zhǎng)ｃＤＮＡ及ＲＴ-ＰＣＲ擴(kuò)增成功的基礎(chǔ)，用１％的瓊脂糖凝膠電泳對(duì)所提取黔北麻羊脾臟組織總ＲＮＡ進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果見(jiàn)圖１，可見(jiàn)總ＲＮＡ的２８ Ｓ和１８ Ｓ條帶清晰，無(wú)降解。用核酸蛋白測(cè)定儀測(cè)定，其ＯＤ２６０／ＯＤ２８０均在１．８～２．０，表明所提取的總ＲＮＡ中蛋白質(zhì)和其他雜質(zhì)污染較少，純度較高，符合反轉(zhuǎn)錄的要求。

２．２ＲＴ-ＰＣＲ的擴(kuò)增結(jié)果及重組子鑒定

經(jīng)ＲＴ-ＰＣＲ擴(kuò)增，對(duì)產(chǎn)物用１％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，可見(jiàn)擴(kuò)增片段與預(yù)期片段（６４６ ｂｐ）大小相符（圖２）。將挑選好的單克隆菌落搖菌培養(yǎng)后，用ＰＣＲ法鑒定陽(yáng)性重組子，可見(jiàn)擴(kuò)增片段與預(yù)期片段大小相符，經(jīng)克隆測(cè)序獲得序列６４６ ｂｐ，初步的驗(yàn)證克隆成功。

２．３ＲＥＲＧＬ基因ｃＤＮＡ序列分析

利用ＤＮＡＭＡＮＮ ４．０對(duì)黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因測(cè)序結(jié)果進(jìn)行拼接連接得到序列片段長(zhǎng)度６４６ ｂｐ，與預(yù)期片段大小相符，包含了ＲＥＲＧＬ基因全編碼區(qū)序列（ＣＤＳ）（包含起始密碼子ＡＴＧ和終止密碼子ＴＧＡ）并提交ＧｅｎＢａｎｋ，獲得ＧｅｎＢａｎｋ登錄號(hào)為ＪＮ ６７１９１９。其ｃＤＮＡ編碼２０５個(gè)氨基酸。用ＤＮＡＭＡＮ ４．０對(duì)黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因分析可知，其堿基組成Ａ＋Ｔ＝５８．３７％，Ｃ＋Ｇ＝４１．６３％。

２．４ＲＥＲＧＬ基因蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

分別應(yīng)用ＥxＰＡＳy服務(wù)器上的ＳＯＰＭＡ［５］、ＧＯＲ［６］、ＨＮＮ［７］方法預(yù)測(cè)ＲＥＲＧＬ基因蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)。結(jié)果表明，３種方法對(duì)黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)無(wú)顯著性差異，均提示蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)中α-螺旋占４０．６8％，延伸鏈占１６．１８％，無(wú)規(guī)則卷曲占４３．１４％，無(wú)β-轉(zhuǎn)角（圖３）。ＲＥＲＧＬ基因在脊椎動(dòng)物之間是高度保守的一個(gè)基因，其氨基酸序列有家族特征［９，１０］。

２．５ＲＥＲＧＬ基因蛋白的跨膜螺旋特征

采用ＥｘＰＡＳｙ在線(xiàn)蛋白質(zhì)分析軟件（ｈｔｔｐ：//ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｔｏｏｌｓ）的ＴＭｐｒｅｄ程序?qū)η甭檠颍遥牛遥牵袒虻鞍椎目缒ぢ菪M(jìn)行預(yù)測(cè)，結(jié)果見(jiàn)圖４。按照跨膜拓?fù)鋵W(xué)分析模型的分析結(jié)果，只有當(dāng)分值大于５００時(shí)才被認(rèn)為具有跨膜螺旋，預(yù)測(cè)顯示黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白的氨基酸序列沒(méi)有明顯的跨膜螺旋。

２．６ＲＥＲＧＬ基因蛋白的糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)

采用ＮｅｔＯＧｌｙｃ ３．１（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅ／ＮｅｔＯＧｌｙｃ／）預(yù)測(cè)黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白的糖基化位點(diǎn)，結(jié)果表明黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白沒(méi)有糖基化位點(diǎn)（圖５）。

３小結(jié)與討論

３．１ＲＥＲＧＬ基因克隆

基因是細(xì)胞內(nèi)染色體上具有遺傳效應(yīng)的ＤＮＡ分子片段，高等真核生物基因組由成千上萬(wàn)個(gè)基因組成。目前人、雞、斑馬魚(yú)、大鼠、小鼠等動(dòng)物的全基因組已被測(cè)定，并已分離鑒定出大量的功能結(jié)構(gòu)基因，有一些基因已應(yīng)用于動(dòng)物育種［８-１０］。但是，仍還有大量的基因尚未被分離鑒定。ＲＥＲＧＬ基因編碼蛋白是Ｒａｓ超家族一類(lèi)重要的功能蛋白,在ＧｅｎＢａｎｋ數(shù)據(jù)庫(kù)中，還未見(jiàn)羊的ＲＥＲＧＬ基因序列。本研究利用同為反芻動(dòng)物的牛ＲＥＲＧＬ基因的ｍＲＮＡ序列設(shè)計(jì)１對(duì)特異性擴(kuò)增引物，首次成功克隆出羊的ＲＥＲＧＬ基因序列，其片段大小為６４６ ｂｐ，ＧｅｎＢａｎｋ登錄號(hào)為ＪＮ ６７１９１９，進(jìn)一步說(shuō)明采用序列的高度同源性設(shè)計(jì)ＰＣＲ引物進(jìn)行基因克隆是可行的。

３．２黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白的結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè)

蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能在很大程度上取決于其空間結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)構(gòu)象多樣性導(dǎo)致了不同的生物學(xué)功能。蛋白質(zhì)分子只有處于特定的三維空間結(jié)構(gòu)情況下才能獲得它特定的生物活性，三維空間結(jié)構(gòu)稍有破壞，就很可能會(huì)導(dǎo)致蛋白質(zhì)生物活性的降低甚至喪失。分析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、功能及其關(guān)系是蛋白質(zhì)組學(xué)計(jì)劃中的一個(gè)重要組成部分［１１-１３］。研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)有助于了解蛋白質(zhì)的生物功能，這對(duì)認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)或與ＤＮＡ以及與ＲＮＡ之間的相互作用具有非常重要的生物學(xué)意義。對(duì)于未知功能或者新發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)分子，利用ＥｘPASｙ等系統(tǒng)軟件預(yù)測(cè)其功能和結(jié)構(gòu)可提供理論性的參考，并對(duì)功能確認(rèn)的生物學(xué)實(shí)驗(yàn)有重要指導(dǎo)作用［１４-１６］。通過(guò)分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，確認(rèn)功能單位或者結(jié)構(gòu)域，可以為遺傳操作提供方向，為設(shè)計(jì)新的蛋白質(zhì)或改造已有蛋白質(zhì)提供可靠的依據(jù)。

通過(guò)跨膜螺旋結(jié)構(gòu)和信號(hào)肽分析可以推測(cè)基因在細(xì)胞中的定位；而潛在功能位點(diǎn)的分析可以在對(duì)新基因及其編碼蛋白信息一無(wú)所知的情況下初步推測(cè)基因的功能［１４］。研究結(jié)果顯示，黔北麻羊ＲＥＲＧＬ基因蛋白沒(méi)有跨膜螺旋結(jié)構(gòu)域，且分子不包含信號(hào)肽序列，表明ＲＥＲＧＬ基因在細(xì)胞中起作用。

糖基化是在酶的控制下，蛋白質(zhì)或脂質(zhì)附加上糖類(lèi)的過(guò)程。蛋白質(zhì)經(jīng)過(guò)糖基化作用之后可形成糖蛋白。蛋白質(zhì)的糖基化，也叫美拉德反應(yīng)，是在蛋白質(zhì)基團(tuán)特別是賴(lài)氨酸殘基上加上多糖，可以改善蛋白質(zhì)的很多性質(zhì)，比如提高凝膠性、乳化性、水合性等，擴(kuò)寬蛋白質(zhì)的應(yīng)用領(lǐng)域和范圍［１７］。研究結(jié)果揭示黔北麻羊ＲＥＲＧＬ沒(méi)有蛋白糖基化位點(diǎn)。

此次實(shí)驗(yàn)在黔北麻羊上成功克隆出ＲＥＲＧＬ基因序列并進(jìn)行序列分析，為今后開(kāi)展山羊ＲＥＲＧＬ基因表達(dá)、載體構(gòu)建及轉(zhuǎn)基因研究提供了基礎(chǔ)資料。但其理化性質(zhì)參數(shù)、跨膜肽段及結(jié)構(gòu)是否是預(yù)測(cè)的理論結(jié)果需進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)證實(shí)。在沒(méi)有任何信息可參考的前提下，本研究結(jié)果也可起到很好的參考作用，對(duì)正確認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能具有啟示作用。

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［１２］ ＦＲＡＳＥＲ Ｈ Ｂ， ＨＩＲＳＨ Ａ Ｅ， ＷＡＬＬ Ｄ Ｐ， ｅｔ ａl． Ｃｏｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｍｏｎｇ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎｓ［Ｊ］． ＰＮＡＳ，２００４， １０１（２４）：９０３３-９０３８．

［１３］ ＯＢＲＩＥＮ Ｋ Ｐ，ＴＡＰＩＡ-ＰＡＥＺ Ｉ， ＳＴＡＨＬＥ－ＢＡＣＫＤＡＨＬ Ｍ， ｅｔ ａl． Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｉｖｅ ｎｏｖｅｌ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎ １１ｑ１３-ｑ２２ ｒｅｇｉｏｎ［Ｊ］． Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ，２０００，２７３：９０-９４．

［１４］ ＡＲＮＯＬＤ Ｋ， ＢＯＲＤＯＬＩ Ｌ， ＫＯＰＰ Ｊ， ｅｔ ａl． Ｔｈｅ ＳＷＩＳＳ-ＭＯＤＥＬ ｗｏｒｋｓｐａｃｅ： ａ ｗｅｂ-ｂａｓｅｄ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｍｏｄｅｌｉｎｇ［Ｊ］． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００６，１５（２２）：１９５-２０１．

［１５］ ＳＣＨＷＥＤＥ Ｔ， ＫＯＰＰ Ｊ，ＧＵＥＸ Ｎ，ｅｔ ａl． ＳＷＩＳＳ·ＭＯＤＥＬ： ａｎ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｏｍｏｌｏｇｙ－ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｓｅｒｖｅｒ［Ｊ］．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２００３，３１（１３）：３３８１-３３８５．

［１６］ ＧＵＥＸ Ｎ， ＰＥＩＴＳＣＨ，Ｍ Ｃ． ＳＷＩＳＳ-ＭＯＤＥＬ，ｅｔ ａl． Ａｎ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｏｄｅｌｉｎｇ［Ｊ］． Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，１９９７， １８：２７１４-２７２３．

［１７］ ＭＡＲＣＨＡＬ Ｉ，ＧＯＬＦＩＥＲ Ｇ，ＤＵＧＡＳ Ｏ，ｅｔ ａl． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｉｎ ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ［Ｊ］． Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，２００３，８５：７５－８１．