種植密度對基因芯片表面應(yīng)力的影響

李晶晶, 譚鄒卿, 秦 巍

(1.上海大學(xué)上海市應(yīng)用數(shù)學(xué)和力學(xué)研究所,上海 200072;2.上海大學(xué)理學(xué)院,上海 200444;3.上海大學(xué) 期刊社,上海 200444)

種植密度對基因芯片表面應(yīng)力的影響

李晶晶1,2, 譚鄒卿1, 秦 巍3

(1.上海大學(xué)上海市應(yīng)用數(shù)學(xué)和力學(xué)研究所,上海 200072;2.上海大學(xué)理學(xué)院,上海 200444;3.上海大學(xué) 期刊社,上海 200444)

利用能量法分析無標(biāo)記生物檢測中基因芯片的納米力學(xué)行為.首先,考慮微懸臂梁機(jī)械能、基因?qū)屿o電能、水合能和構(gòu)型熵,建立基因芯片能量模型;其次,利用能量最小原理,得到芯片穩(wěn)態(tài)彎曲的曲率半徑與表面應(yīng)力之間的關(guān)系;最后,預(yù)測種植密度對芯片表面應(yīng)力的影響,同時將預(yù)測結(jié)果與有關(guān)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,證明該方法的可靠性.

基因芯片;生物能;納米力學(xué);種植密度;表面應(yīng)力

本工作考慮雙鏈 DNA的靜電能、水合能、構(gòu)型熵和層合梁的機(jī)械能,借助 Strey由實(shí)驗(yàn)得到的雙鏈DNA自由能的經(jīng)驗(yàn)勢和層合梁兩變量方法[1],建立了DNA芯片的總能量模型.同時,利用能量最小原理計(jì)算基因芯片的表面應(yīng)力響應(yīng),數(shù)值分析了種植密度對基因芯片表面應(yīng)力的影響.最后,將預(yù)測結(jié)果與有關(guān)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較.

1 數(shù)學(xué)模型

基因芯片一般由層合微懸臂梁和吸附在微懸臂梁上的 DNA分子生物層組成,如圖 1所示.現(xiàn)以微懸臂梁形心軸為 x軸,沿懸臂梁的厚度方向向下為y軸,建立坐標(biāo)系.設(shè)懸臂梁的長、寬、高分別為 l,b1,h,氮化硅 (SiNx)層、金 (Au)層和鉻 (Cr)層的厚度分別為 hSiNx,hAu,hCr,各層相應(yīng)的彈性模量分別為ESiNx,EAu,ECr.

圖 1 DNA芯片的簡化模型Fig.1 Sim plif ied model of DNA ch ip

基因芯片系統(tǒng)的總能量 F可分為非生物層的機(jī)械能 FM和DNA分子的生物能 FB[1,5],即

DNA分子的生物能 FB通常又可分為靜電能、水合能和構(gòu)型熵[5].Strey等[6-7]采用溶致液晶理論模擬了 dsDNA生物層,在鹽溶液中建立了 dsDNA生物層能量模型.基于 Strey液晶體 DNA的狀態(tài)方程[6-7],由半柔性的聚合 dsDNA的靜電作用和水合作用而產(chǎn)生的單位長度的生物能為

式中,λD為 Debye屏蔽距離,λH為水的關(guān)聯(lián)長度,fD和 fH為經(jīng)驗(yàn)常數(shù).

考慮到生物大分子構(gòu)型熵,根據(jù)有序聚合物的分析,dsDNA單位長度的生物能 F1(d)可表示為如下關(guān)于 dsDNA鏈間距離 d的函數(shù)形式[5-7]:

式中,c為無量綱常數(shù),kB為 Boltzmann常數(shù),T為溫度,kc為 dsDNA的彎曲強(qiáng)度 (kc=kBTlp,lp為 dsDNA的持續(xù)長度).

采用層合梁的兩變量模型[8-12]描述基因芯片的幾何變形,以ε0表示形心軸正應(yīng)變,R表示中性軸曲率半徑,則距離形心軸為 y處的軸向正應(yīng)變?yōu)?/p>

在生物層變形前后,DNA保持直鏈構(gòu)形,其統(tǒng)計(jì)長度為 Lc～Na,其中 N為 dsDNA的堿基對數(shù),a為堿基對之間的距離.若基因芯片表面處理 dsDNA鏈間距離為 d0,檢測后距離金層表面 s處的 dsDNA鏈間距離為 d(s),則由式 (4)可得

式中,d0=1/η,η為 DNA的種植密度.將式 (5)代入式 (3),并在生物層內(nèi)積分,可得系統(tǒng)的生物能為

顯然,由式 (6)無法直接積分得到生物能 FB的表達(dá)式.

芯片的機(jī)械能為

將式 (4)代入式 (7)并積分,得

式中,

將式 (6)和 (8)代入式 (1),可得芯片系統(tǒng)關(guān)于兩變量ε0和 R的總能量為 F=F(ε0,R).根據(jù)能量最小原理,利用 Mathemaica軟件數(shù)值求解,可獲得dsDNA芯片系統(tǒng)達(dá)到穩(wěn)態(tài)時的曲率半徑 R和形心軸正應(yīng)變ε0.

進(jìn)一步,考慮到氮化硅層的厚度遠(yuǎn)大于金層和鉻層,利用簡化的單層梁的 Stoney公式[13],可得到微懸臂梁表面應(yīng)力和曲率半徑 R之間的關(guān)系為

式中,ESiNx和ν分別為懸臂梁材料 SiNx的彈性模量和泊松比.

2 數(shù)值算例及討論

根據(jù) Stachowiak等[4,6-7]提供的實(shí)驗(yàn)參數(shù),當(dāng)緩沖液濃度分別為 0.1和 1.0 mol/L時,生物層經(jīng)驗(yàn)參數(shù)分別取 f0=4.1×10-10J/m,b=1.1×10-7J/m,c=0.8,λD=0.974 nm,λH=0.288 nm和 f0=0,b=1.7 ×10-7J/m,c=1.2,λD=0.308 nm,λH=0.290 nm;芯片其他參數(shù)取值為 hSiNx=0.5μm,hAu=25 nm,hCr=5 nm,h=hSiNx+hAu+hCr,l=200μm,b1=40μm;ESiNx=85 GPa,EAu=73 GPa,ECr=108 GPa;a=0.34 nm,N=10 nt,T=298 K,kB=1.38 ×10-23J/k,lp=50 nm,ν=0.25.

圖 2(a)和圖 2(b)分別為緩沖液濃度為 0.1和1.0 mol/L時,種植密度對微懸臂梁表面應(yīng)力的影響.與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,可以看到,芯片的表面應(yīng)力隨著種植密度的增大而逐漸增加.數(shù)值預(yù)測結(jié)果與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)吻合良好,說明了本研究能量模型數(shù)值方法的可靠性.

3 結(jié) 束 語

圖 2 種植密度對表面應(yīng)力的影響Fig.2 Influence of pack ing den sities on surface stress

本工作給出了連續(xù)介質(zhì)力學(xué)意義下的芯片曲率半徑、表面應(yīng)力與DNA納觀特征、緩沖鹽溶液濃度、芯片宏觀機(jī)械性質(zhì)與芯片總能量之間的關(guān)系,利用能量最小原理數(shù)值預(yù)測了基因芯片的表面應(yīng)力響應(yīng).結(jié)果表明,當(dāng) DNA雜交時,芯片表面應(yīng)力強(qiáng)烈地依賴于種植密度.該結(jié)論與有關(guān)實(shí)驗(yàn)結(jié)果相吻合.

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Influence of Pack ing Den sities on Surface Stress of Gene Chip

L IJing-jing1,2, TAN Zou-qing1, QIN Wei3
(1.Shanghai Institute of App lied Mathematics and Mechanics,Shanghai University,Shanghai200072,China;2.College of Sciences,ShanghaiUniversity,Shanghai200444,China;3.Periodicals Agency,ShanghaiUniversity,Shanghai200444,China)

Nanomechanical behavior of gene chip in label-free biodetection is studied using the energy method.Considering electrostatic energy,hydration energy and configuration fluctuationsof DNA layer as well asmechanical energy of chip,an energy formula is set up.The relation between curvature radiusof the neutral axis and surface stressof gene chip isobtained according to theminimum p rincip le of energy.Influence of packing densities on surface stress of gene chip is predicted.Theoretical predictions for surface stressof gene chip are compared w ith experimental data to validate the p resented solutions.

gene chip;bioenergy;nanomechanics;packing density;surface stress

Q 66

A

1007-2861(2011)01-0100-03

10.3969/j.issn.1007-2861.2011.01.017

2009-08-12

國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(0872121);上海市自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目 (07ZR14037);Multiscale Material Mechanics Fellowship;上海大學(xué)系統(tǒng)生物研究基金資助項(xiàng)目;國家杰出青年基金資助項(xiàng)目(10725209);上海市重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)資助項(xiàng)目 (S30106)

李晶晶 (1963～),女,副教授,博士,研究方向?yàn)檎硰椥岳碚摷捌鋺?yīng)用、非線性動力學(xué)、納米力學(xué).E-mail:jjli@shu.edu.cn

(編輯:孟慶勛)

由于具有成本低、速度快、靈敏度高等優(yōu)點(diǎn),基于微懸臂梁光學(xué)撓度方法的無標(biāo)記生物檢測技術(shù)得到了迅速發(fā)展和廣泛關(guān)注[1-5].目前,大部分工作是基于一定條件的定性研究實(shí)驗(yàn)[2-4].實(shí)驗(yàn)表明,單鏈DNA分子在微梁金層表面的吸附以及單鏈 DNA分子的雜交所產(chǎn)生的微梁表面應(yīng)力的變化,可以引起微梁的納米級彎曲,而且實(shí)測撓度與種植密度、分子鏈長、鹽溶液濃度、雜交率、時間、溫度、緩沖液流場特性等諸多因素有關(guān).然而,實(shí)驗(yàn)結(jié)果的分散性和芯片彎曲機(jī)理的懸而未決阻礙了這一技術(shù)的市場應(yīng)用前景,僅有少量研究致力于基因芯片的納米力學(xué)行為的定量研究.Hagan等[5]認(rèn)為生物層的靜電能、水合能和構(gòu)型熵是引起芯片下彎的主要原因.張能輝等借助液晶體 DNA狀態(tài)方程[6-7]和層合梁兩變量模型,建立了 DNA-微懸臂梁系統(tǒng)的新能量模型[1,8-12],利用能量最小原理數(shù)值研究了鏈間距和彈性模量隨機(jī)性對芯片納米撓度的影響.