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    基于改進(jìn)FP_Growth算法的中藥方劑配伍規(guī)律挖掘研究

    2011-10-16 05:30:30
    關(guān)鍵詞:方劑事務(wù)數(shù)據(jù)挖掘

    董 輝

    (1.合肥工業(yè)大學(xué),安徽 合肥 230001;2.亳州職業(yè)技術(shù)學(xué)院,安徽 亳州 236800)

    基于改進(jìn)FP_Growth算法的中藥方劑配伍規(guī)律挖掘研究

    董 輝1,2

    (1.合肥工業(yè)大學(xué),安徽 合肥 230001;2.亳州職業(yè)技術(shù)學(xué)院,安徽 亳州 236800)

    中藥方劑即中藥復(fù)方,在中醫(yī)藥科學(xué)中占有舉足輕重的地位,我國已積累中藥方劑達(dá)十余萬首,而如何利用這一巨大的方劑庫,開發(fā)研制新的安全有效地方劑,是一亟待解決的問題.數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)的出現(xiàn)及利用這一技術(shù)對中藥方劑配伍規(guī)律進(jìn)行發(fā)掘,既能大力推動(dòng)了我國中醫(yī)信息化建設(shè),又可快速發(fā)現(xiàn)隱含在方劑庫中的重要的知識,也能為中醫(yī)學(xué)走向世界提供強(qiáng)有力的技術(shù)支持,因此對中藥方劑進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘不僅是有必要的,更具有實(shí)際意義.

    數(shù)據(jù)挖掘;關(guān)聯(lián)規(guī)則;中藥方劑;FP-Growth算法

    中醫(yī)藥學(xué)經(jīng)數(shù)千年發(fā)展與實(shí)踐,已形成完整的醫(yī)療體系,作為中醫(yī)藥科學(xué)核心部分的中藥方劑有十多萬首,是我國中醫(yī)藥實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)和智慧的結(jié)晶,載錄了中藥組方用藥的原理、規(guī)則和經(jīng)驗(yàn)技巧,也包含已知和未知的方劑配伍規(guī)律,另外中藥方劑的本質(zhì)特征如整體性、辯證性、動(dòng)態(tài)性等過于抽象,有時(shí)也定量和具體的把握,所有這些都需我們繼續(xù)研究探索.數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)的發(fā)展與成熟,為我們研究中藥方劑配伍規(guī)律等方面提供強(qiáng)大的技術(shù)支持,發(fā)揮日益重要的作用.關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘是數(shù)據(jù)挖掘非常重要一種類型,F(xiàn)P-Growth算法是實(shí)現(xiàn)關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘經(jīng)典算法,本文在分析此算法的基礎(chǔ)上,提出FP-Growth是法改進(jìn),并用這一算法對中藥方劑配伍規(guī)律進(jìn)行分析挖掘,希望為我國中醫(yī)藥發(fā)展和方劑應(yīng)用提供一定參考.

    1 關(guān)聯(lián)規(guī)則數(shù)據(jù)挖掘

    1.1 關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘

    數(shù)據(jù)挖掘是近30年來逐步發(fā)展起來的一個(gè)新的研究領(lǐng)域,是多學(xué)科和技術(shù)相結(jié)合的產(chǎn)物,被廣泛的應(yīng)用于政府決策、企業(yè)經(jīng)營、科學(xué)探討和醫(yī)學(xué)研究等各個(gè)領(lǐng)域,為促進(jìn)社會各方面的發(fā)展發(fā)揮重要的作用.關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘作為數(shù)據(jù)挖掘的眾多知識類型中最為典型的一種,在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用.

    關(guān)聯(lián)規(guī)則用于表示OLTP數(shù)據(jù)庫中諸多屬性(項(xiàng)集)之間的關(guān)聯(lián)程度,是利用數(shù)據(jù)庫中的大量數(shù)據(jù)通過關(guān)聯(lián)算法尋找屬性間的相關(guān)性.關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘的問題描述如下:

    設(shè) I={I1,I2,…,Im}是數(shù)據(jù)項(xiàng)的集合,D={T1,T2,…,Tn}是一個(gè)事務(wù)數(shù)據(jù)庫,其中每個(gè)事務(wù)T是數(shù)據(jù)項(xiàng)集I的子集即TI,每個(gè)事務(wù)T有一個(gè)標(biāo)識符TID與之相關(guān).如果I的一個(gè)子集X滿足XT,則稱事務(wù)T包含項(xiàng)目集X.一個(gè)關(guān)聯(lián)規(guī)則就是形如 X=>Y的蘊(yùn)涵式,XI、YI、X∩Y=Φ.其意義在于一個(gè)事務(wù)中某些項(xiàng)的出現(xiàn),可推導(dǎo)出另一些項(xiàng)在同一事務(wù)中也出現(xiàn),此處,“=>”稱為“關(guān)聯(lián)”操作,X稱為關(guān)聯(lián)規(guī)則的先決條件,Y稱為關(guān)聯(lián)規(guī)則的結(jié)果.例如:中藥方劑配伍中,使用中藥A的的方劑,必然有90%以上會同時(shí)使用中藥B,則可用關(guān)聯(lián)規(guī)則R表示為:R:A=>B.支持度(Support)和置信度(Confidence)是關(guān)聯(lián)規(guī)則中重要的概念,支持度(Support)是形如在方劑中同時(shí)使用中藥A和中藥B的方劑數(shù)占總方劑數(shù)的百分比;而置信度(Confidence)是形如同時(shí)所有中藥A和B的方劑數(shù)占使用中藥A的方劑數(shù)的百分比稱為規(guī)則的置信度.前者用于衡量關(guān)聯(lián)規(guī)則在整個(gè)數(shù)據(jù)集中的統(tǒng)計(jì)重要性,后者用于衡量關(guān)聯(lián)規(guī)則的可信程度,他們的公式分別式(1)和式(2):

    在實(shí)際應(yīng)用中,支持度和置信度均較高的關(guān)聯(lián)才可作為有用的關(guān)聯(lián)規(guī)則,稱之為最小支持度閾值(min_sup)和最小置信度閾值(min_conf),min_sup表示數(shù)據(jù)項(xiàng)在統(tǒng)計(jì)意義下的最低重要性,只有滿足min_sup的數(shù)據(jù)項(xiàng)集才在關(guān)聯(lián)規(guī)則中出現(xiàn),稱之為頻繁項(xiàng)集;最小置信度則表示關(guān)聯(lián)規(guī)則的最低可靠度.滿足大于min_sup和min_conf的規(guī)則稱為強(qiáng)規(guī)則,關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘的任務(wù)就是發(fā)現(xiàn)所有頻繁項(xiàng)集,挖掘出事務(wù)數(shù)據(jù)庫D中所有的強(qiáng)規(guī)則.

    1.2 FP-Growth算法改進(jìn)

    FP-Growth算法是韓家瑋等人提出的基于FP-Tree增長樹的著名算法,該算法在不產(chǎn)生候選集的情況下,提供了良好的頻繁模式挖掘過程,性能比Apriori算法有所提高.但FP-Growth算法隨著遞歸調(diào)用的深入,產(chǎn)生的條件FP-Tree越來越多,特別是在有共享前綴的情況下,F(xiàn)P-Growth算法非常耗時(shí),為了解決這一問題,本文提出對FP-Growth算法的改進(jìn),命為FP-growth*算法.

    FP-Growth*算法的思想是:減少搜索共享前綴的時(shí)間達(dá)到減少生成FP-Tree的時(shí)間,以提高了挖掘效率,即在存在共享前綴的條件下,遍歷節(jié)點(diǎn)的第一個(gè)子女節(jié)點(diǎn)就發(fā)現(xiàn)共享前綴.其挖掘步驟如下:

    (1)頻繁1-項(xiàng)集排序:描事務(wù)數(shù)據(jù)庫D一次,生成頻繁1-項(xiàng)集及每個(gè)頻繁項(xiàng)集的支持度,按支持度降序排序,結(jié)果為L;

    (2)事務(wù)項(xiàng)重排序:按照頻繁項(xiàng)表L的次序?qū)κ聞?wù)數(shù)據(jù)庫項(xiàng)排序,生成事務(wù)數(shù)據(jù)庫D1;

    (3)事務(wù)集再排序:按照L的次序?qū)1的整個(gè)數(shù)據(jù)集再排序,即先對事務(wù)集的首列按L的次序排序,之后在此基礎(chǔ)上對事務(wù)集的次列再按L的次序排序,依次類推到數(shù)據(jù)集的終列得到排序數(shù)據(jù)集D2;

    (4)構(gòu)造FP-Tree條件:創(chuàng)建以“null”為標(biāo)記的根節(jié)點(diǎn),掃描D2,對其中每個(gè)事務(wù)調(diào)用insert_tree(P,T)過程,生成FP-Tree.

    (5)挖掘FP-Tree:遞歸調(diào)用FP-Growth算法,挖掘FP-Tree,得到頻繁項(xiàng)集.

    1.3 FP-growth*算法實(shí)驗(yàn)分析

    在相同的計(jì)算機(jī)軟硬件系統(tǒng)中,隨著數(shù)據(jù)集數(shù)目的增加,改進(jìn)后的算法生成FP-Tree時(shí)間明顯的減少,效率較高.根據(jù)實(shí)驗(yàn)分析,當(dāng)數(shù)據(jù)集數(shù)目較大時(shí),采用FP-growth*算法挖掘效率提高20%左右,如圖1所示:

    圖1 FP-growth*與FP-Growth算法生成FP-tree比較

    2 中藥方劑數(shù)據(jù)挖掘現(xiàn)狀

    當(dāng)前,回歸自然健康生活是一種潮流,中醫(yī)藥作為天然藥物的典型代表,具有廣闊的發(fā)展前景.經(jīng)過幾千年的發(fā)展,中藥方劑達(dá)數(shù)十余萬首,信息量巨大,利用價(jià)值極高,早期由于缺乏科學(xué)的信息處理技術(shù),對這一資源難以進(jìn)行系統(tǒng)深入地研究開發(fā),致使很多方劑長期處于沉睡狀態(tài).近年來,由于數(shù)據(jù)庫技術(shù)的發(fā)展,一些科研機(jī)構(gòu)和高校建成若干中醫(yī)藥相關(guān)中大型數(shù)據(jù)庫,初步滿足了中醫(yī)藥界文獻(xiàn)檢索的需要,也為建立中藥方劑數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)提供龐大的數(shù)據(jù)支持:如國家中醫(yī)藥管理局的“中國中醫(yī)藥信息網(wǎng)”,建成“中藥基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫”、“現(xiàn)代方劑數(shù)據(jù)庫”等一批中醫(yī)藥信息庫,為國內(nèi)外用戶提供全面、方便、快捷的信息查詢服務(wù).此外其他科研機(jī)構(gòu)及高校也研制出數(shù)十種中藥方劑的相關(guān)數(shù)據(jù)庫或電子型工具:如中國中醫(yī)藥信息研究所的“中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)”、北京中醫(yī)藥大學(xué)的“中藥方劑數(shù)據(jù)庫”、上海市中醫(yī)中藥數(shù)據(jù)中心“中醫(yī)方劑數(shù)據(jù)庫”等.

    中醫(yī)藥數(shù)據(jù)挖掘領(lǐng)域,已有不少專家學(xué)者對中醫(yī)方劑從不同的角度進(jìn)行研究,取得不菲的成就.其中北京中醫(yī)藥大學(xué)喬延江教授帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)在中藥數(shù)據(jù)挖掘多個(gè)領(lǐng)域研究和探討,在中藥方劑配伍規(guī)律、中藥方劑再優(yōu)化研究、中藥新劑型研究等諸多方面都做出了大量的貢獻(xiàn);浙江大學(xué)以吳朝暉教授為首的CCNT實(shí)驗(yàn)室,展開中醫(yī)藥數(shù)據(jù)挖掘的深入研究,重點(diǎn)是探索藥物高頻組配和中藥聚類的問題,并完成了中醫(yī)藥數(shù)字化的基礎(chǔ)設(shè)施的建設(shè),同時(shí)與多所高校聯(lián)合搭建了中醫(yī)藥科技數(shù)據(jù)庫群和具有17個(gè)分中心的分布式數(shù)據(jù)庫綜合訪問平臺;其他更多的科技工作者,也在做中醫(yī)藥數(shù)據(jù)挖掘方面的探討.我們有理由相信,隨著技術(shù)的進(jìn)步,中醫(yī)藥數(shù)據(jù)挖掘方面將會取得更多的研究成果,推動(dòng)中醫(yī)藥領(lǐng)域信息化水平上升到一個(gè)新的臺階.

    3 FP-Growth算在中藥方劑配伍規(guī)律挖掘研究

    面對十多萬首中藥方劑,本文選擇脾胃方劑作為關(guān)聯(lián)挖掘數(shù)據(jù)的來源,文中所有方劑均來自華佗中醫(yī)院臨床方劑和上海市中醫(yī)中藥數(shù)據(jù)中心《中醫(yī)方劑數(shù)據(jù)庫》.作為神醫(yī)華佗的故里,亳州自古就有“小黃城外芍藥花,十里五里生朝霞”之美譽(yù),是聞名于世的中藥材種植和加工集散地,被收錄到《藥典》地產(chǎn)藥材就有毫芍、毫菊、毫桑皮和毫花粉,如今亳州藥材品種已發(fā)展到數(shù)百種,種植面積達(dá)100萬畝,被譽(yù)為“中華藥都”,大量的中醫(yī)藥資源為中藥方劑的發(fā)展提供了天然條件,華佗中醫(yī)院擁有大量的臨床方劑;上海中醫(yī)中藥數(shù)據(jù)中心的“中醫(yī)方劑數(shù)據(jù)庫”收錄了中藥處方達(dá)19萬個(gè),摘錄了文獻(xiàn)中包含的方劑,數(shù)據(jù)項(xiàng)包括了方劑名、組成、劑量、主治等信息.

    3.1 中藥方劑的數(shù)據(jù)處理

    現(xiàn)有方劑庫的原始數(shù)據(jù)表述不規(guī)范,必須把方劑中描述性語言進(jìn)行信息轉(zhuǎn)化、分解為計(jì)算機(jī)能夠處理的數(shù)據(jù)信息,使之標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范,實(shí)現(xiàn)方劑數(shù)據(jù)在計(jì)算機(jī)系統(tǒng)內(nèi)的能正確表達(dá)和合理組織.用計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)來表達(dá),不僅有助于對數(shù)據(jù)的深入分析及運(yùn)算,更是實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化的重要方式.本文數(shù)據(jù)預(yù)處理方式如下:

    3.1.1 規(guī)范化數(shù)據(jù):目的是把語義含糊、表達(dá)不規(guī)范概念詞進(jìn)行規(guī)范處理,把一詞多義單義化,把多詞一義單詞化,多概念組合詞語拆分表達(dá).

    如眩暈,是指天旋地轉(zhuǎn),頭暈等癥狀,要與單純的頭昏眼花、暈血、暈車等相區(qū)別;如發(fā)熱、大熱、夜熱等,均作發(fā)熱單一概念處理;如“清熱涼血”、“清熱燥濕”、“清熱化痰”,拆分為:清熱、涼血、燥濕、化痰4個(gè)概念詞表達(dá).

    3.1.2 結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù):目的是把方劑原始數(shù)據(jù)進(jìn)行合理細(xì)化和組織,以達(dá)到符合數(shù)據(jù)挖掘要求,來實(shí)現(xiàn)重點(diǎn)概念有序排列及數(shù)據(jù)間關(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)的形成.

    方劑數(shù)據(jù)具有多種關(guān)聯(lián),如藥藥之間、藥癥之間、功效主治之間等,“證、藥、方”是核心,“藥”是核心中的重點(diǎn)要素,它們的關(guān)系是:對“證”選“藥”配“方”.“證”由證候集組成的,“藥”含有性味、量等分別,“方”有復(fù)雜的組配關(guān)系及加減方問題.

    3.1.3 數(shù)字化數(shù)據(jù):數(shù)字比較容易表示出數(shù)據(jù)間的結(jié)構(gòu)和相互的關(guān)系,而其他文字或符號描述的數(shù)據(jù)卻不易做到,因此盡可能用數(shù)字代替包含有某種知識的文字或符號.如劑量以克為單位的數(shù)字來描述,中藥性味、毒力等也采用數(shù)字來表示.如平性取值0則偏性相應(yīng)取值如圖2:

    圖2 數(shù)據(jù)的數(shù)字化表示

    3.2 基于FP-Growth*算法挖掘中藥方劑配伍規(guī)律

    在所收集的338首脾胃方中篩選出癥狀頻數(shù)大于25的共106首,把每首方劑認(rèn)為是一事務(wù)并有標(biāo)志碼TID,分別為:T001、T002、…、T106,方劑的每味中藥編碼為 Ii(i=1,2,3……).

    所收集的脾胃方劑及其成分,部分如下:

    二陳湯加味 (T001):白術(shù) 甘草 陳皮 厚樸 茯苓半夏 蘇梗

    四君子湯(T002):白術(shù) 甘草 人參 茯苓

    香砂六君子湯(T003):白術(shù) 甘草 人參 陳皮 茯苓木香 半夏 砂仁 姜

    芩連平胃湯 (T004):甘草 陳皮 厚樸 黃芩 黃連蒼術(shù)

    藿香扶脾飲 (T005):甘草 陳皮 木香 厚樸 半夏藿香 麥芽

    實(shí)脾飲(T006):白術(shù) 甘草 厚樸 茯苓 木香 木瓜草果 檳榔 姜 制附子 大棗

    歸脾湯(T007):白術(shù) 甘草 人參 木香 茯苓 當(dāng)歸黃芪 遠(yuǎn)志 龍眼肉 酸棗仁

    異功散(T008):白術(shù) 甘草 陳皮 人參 茯苓

    理中丸(T009):白術(shù) 甘草 人參 姜

    保元湯(T010):白術(shù) 人參 當(dāng)歸 桂枝 黃芪 生附子

    ……

    方劑的主要中藥編碼如下:

    白術(shù) I1、甘草 I2、陳皮 I3、人參 I4、厚樸 I5、木香I6、茯苓 I7、黨參 I8、半夏 I9、當(dāng)歸 I10、獲荃 I11、白芍 I12、姜 I13、揀參 I14、蘇梗 I15、砂仁 I16、杏仁I17、黃連 I18、黃芪 I19、肉桂 I20、大棗 I21、遠(yuǎn)志I22、山藥I23、扁豆I24 龍葵I25、半邊蓮I26、豆蔻仁I27、吳茱萸I28、黑附子I29、蒼術(shù)I30、肉豆蔻I31、木瓜 I32、草果 I33、制附子 I34、龍眼肉 I35、酸棗仁 I36、藿香 I37、揀參 I38、黃芩 I39、I40、桂枝I41、生附子 I42……

    建立脾胃劑事務(wù)數(shù)據(jù)庫(部分)D如圖3:

    圖3 事務(wù)數(shù)據(jù)庫D(部分)

    根據(jù)事務(wù)數(shù)據(jù)庫D:構(gòu)造FP-tree樹(因限于篇幅,F(xiàn)P-Tree略去),同時(shí)用中藥的在方劑中出現(xiàn)的頻率對應(yīng)支持度,設(shè)最小為30,運(yùn)用FP-growth改進(jìn)算法,通過建立條件模式庫得到頻繁集,挖掘所有頻繁項(xiàng)集,發(fā)現(xiàn)脾胃方劑配伍規(guī)律如下:

    3.2.1 方劑核心藥:

    甘草(97)、陳皮(92)、白術(shù)(93)、人參(78)、厚樸(56)、木香(48)、當(dāng)歸(36),此7味中藥在方劑中出現(xiàn)頻率遠(yuǎn)高于其它藥物,而且還可得出這幾味藥是構(gòu)成:四君子湯、異功散及香砂六君湯的主藥,即是脾胃方劑的主藥.

    3.2.2 方劑結(jié)構(gòu):

    經(jīng)以上分析,結(jié)果證明,脾胃方方劑看似復(fù)雜,其實(shí)有著基本結(jié)構(gòu):

    以四君子湯為代表的補(bǔ)氣健脾方劑是最基本的用方;其次是補(bǔ)氣藥+理氣藥配伍的方劑,如香砂六君子湯、異功散等方劑;補(bǔ)氣藥十理氣藥十化疾藥(或化濕藥)配伍的方劑,如參苓白術(shù)散、六君子湯等方劑;補(bǔ)氣藥十溫里藥配伍的方劑,如保元湯、理中丸等方劑.

    4 總結(jié)與展望

    本文回顧了關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘知識,在分析FP-Growth關(guān)聯(lián)算法的基礎(chǔ)上提出改進(jìn)算法,并用之于中藥方劑數(shù)據(jù)挖掘,以求發(fā)現(xiàn)脾胃方劑遣方組藥的一些規(guī)律,這僅是本人把數(shù)據(jù)挖掘在應(yīng)用于方劑配伍規(guī)律挖掘的初步探索,希望能為為廣大的中醫(yī)醫(yī)務(wù)人員提供參考.

    隨著信息技術(shù)的發(fā)展,數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)將成為促進(jìn)中醫(yī)藥研發(fā)和現(xiàn)代化的重要工具,具有廣闊的發(fā)展前景,構(gòu)建面向方劑配伍知識發(fā)現(xiàn)的綜合數(shù)據(jù)挖掘支持系統(tǒng)必將是是方劑配伍規(guī)律研究的努力方向,在拓展中醫(yī)藥的生存空間方面將會產(chǎn)生巨大的推動(dòng)作用!

    〔1〕Jiawei Han,Micheline Kamber. 數(shù)據(jù)挖掘: 概念與技術(shù)[M].北京:機(jī)械工業(yè)出版社,2007.

    〔2〕朱明.數(shù)據(jù)挖掘[M].合肥:中國科技大學(xué)出版社,2008.

    〔3〕Pang-Ning Tan,Michael Steinbach,Vipin Kumer.數(shù)據(jù)挖掘?qū)д揫M].北京:人民郵電出版社,2007.

    〔4〕叢丹,王俊普,等.基于 FP-tree的模式分解算法[J].計(jì)算機(jī)工程,2005,31(16):77-79.

    〔5〕周忠眉.中醫(yī)方劑數(shù)據(jù)挖掘模式和算法研究[D].杭州:浙江大學(xué),2006.

    〔6〕朱金偉.數(shù)據(jù)挖掘算法及其在中藥配方系統(tǒng)中的應(yīng)用研究[D].常州:江蘇大學(xué),2006.

    〔7〕瞿融.方劑學(xué)[M].上海:上海中醫(yī)藥大學(xué)出版社,2008.

    〔8〕蔣永光,等.中醫(yī)脾胃方配伍規(guī)律的數(shù)據(jù)挖掘試驗(yàn)[J].世界科學(xué)技術(shù),2003Vol.5No3:33-37.

    TP391.1

    A

    1673-260X(2011)09-0198-03

    安徽省教育廳科研資助項(xiàng)目(KJ2011Z259)

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