豬蛔蟲(chóng)不同發(fā)育階段09G10基因的表達(dá)分析*

黃翠琴,賴(lài)芳芳,楊小燕,戴愛(ài)玲,李曉華

(1.龍巖學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院,福建龍巖 364000;2.龍巖學(xué)院預(yù)防獸醫(yī)學(xué)與生物技術(shù)福建省高等學(xué)校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,福建龍巖 364000)

豬蛔蟲(chóng)不同發(fā)育階段09G10基因的表達(dá)分析*

黃翠琴1,2,賴(lài)芳芳1,楊小燕1,2,戴愛(ài)玲1,2,李曉華1,2

(1.龍巖學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院,福建龍巖 364000;2.龍巖學(xué)院預(yù)防獸醫(yī)學(xué)與生物技術(shù)福建省高等學(xué)校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,福建龍巖 364000)

為進(jìn)一步鑒定和分析豬蛔蟲(chóng)感染相關(guān)基因,從構(gòu)建的豬蛔蟲(chóng)感染期幼蟲(chóng)消減cDNA文庫(kù)中篩選出一基因(EST編號(hào)為09G10),以肌動(dòng)蛋白(β-actin)為內(nèi)參,采用半定量RT-PCR方法分析該基因在豬蛔蟲(chóng)不同發(fā)育階段的表達(dá)情況。通過(guò)09G10基因與內(nèi)參β-actin基因的積分光密度的比值結(jié)果顯示,09G10在感染期幼蟲(chóng)中呈現(xiàn)高豐度表達(dá),在肺第3期幼蟲(chóng)和第4期幼蟲(chóng)期有微量表達(dá),在其他各期蟲(chóng)體包括肝第3期幼蟲(chóng)、雌蟲(chóng)、雄蟲(chóng)和蟲(chóng)卵均未檢測(cè)出該基因的表達(dá)量,表明09G10基因可能是豬蛔蟲(chóng)幼蟲(chóng)期所特有的基因,在幼蟲(chóng)感染宿主過(guò)程中可能扮演重要角色,為進(jìn)一步研究該基因的功能提供了依據(jù)。

豬蛔蟲(chóng);感染期幼蟲(chóng);半定量RT-PCR

豬蛔蟲(chóng)(Ascaris suum)是豬體內(nèi)常見(jiàn)的寄生蟲(chóng),它感染普遍,呈世界性流行,集約化飼養(yǎng)的豬和散養(yǎng)豬均廣泛發(fā)生。主要引起仔豬發(fā)育不良,生長(zhǎng)速度可下降30%。嚴(yán)重時(shí)發(fā)育停滯,形成“僵豬”,甚至造成死亡。我國(guó)豬群中豬蛔蟲(chóng)感染率因地區(qū)和飼養(yǎng)條件的不同而有所差距,感染率為17.3%～85.71%[1]。豬蛔蟲(chóng)病不僅對(duì)養(yǎng)豬業(yè)造成嚴(yán)重的危害,而且對(duì)人類(lèi)健康也構(gòu)成較大的危害,如幼蟲(chóng)的移行可造成人體幼蟲(chóng)移行癥。因此,對(duì)豬蛔蟲(chóng)的研究和控制勢(shì)在必行。半定量RT-PCR是近年來(lái)用來(lái)定量測(cè)定特異性mRNA豐度的一種常用方法,主要利用PCR反應(yīng)的靈敏性和特異性等特點(diǎn),通過(guò)在線(xiàn)性增長(zhǎng)期內(nèi)目的片段的擴(kuò)增強(qiáng)度與內(nèi)參強(qiáng)度相比較,判定目的基因的拷貝數(shù)。本研究從構(gòu)建的感染期幼蟲(chóng)消減cDNA文庫(kù)中篩選一基因(EST編號(hào)為09G10,基因登錄號(hào)為ES291002),應(yīng)用半定量 RTPCR方法分析該基因在不同發(fā)育期的表達(dá)情況。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 豬蛔蟲(chóng) 購(gòu)自龍巖市某屠宰場(chǎng)。

1.1.2 主要試劑 總RNA提取液Trizol;反轉(zhuǎn)錄試劑盒ReverTra Ace-α-TM,為T(mén)OYOBO公司產(chǎn)品;rTaqDNA聚合酶為寶生物工程(大連)有限公司產(chǎn)品。

1.2 方法

1.2.1 豬蛔蟲(chóng)不同發(fā)育期幼蟲(chóng)的收集 參照黃翠琴等[2]方法收集不同發(fā)育期的豬蛔蟲(chóng)幼蟲(chóng),保存在-70℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2.2 豬蛔蟲(chóng)各期蟲(chóng)體總RNA的提取 按Trizol說(shuō)明書(shū)提取蟲(chóng)體總 RNA,取5 μ L RNA 溶解液,于10 g/L瓊脂糖凝膠中電泳,取2 μ L總RNA測(cè)定其在260、280 nm處的光密度,計(jì)算A260/A280的值,估計(jì)總RNA的純度,通過(guò)A260值對(duì)總 RNA進(jìn)行定量。剩余的 RNA溶液貯存于-70℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2.3 逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng) 根據(jù)ReverTra Ace-α-TM試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。根據(jù)不同樣品RNA濃度調(diào)整加入的RNA 的體積,使RNA 初始量一致,都為1 μ g。

1.2.4 PCR反應(yīng)

1.2.4.1 引物 選用豬蛔蟲(chóng)的β-actin基因?yàn)閮?nèi)參,參照鄧艷[3]設(shè)計(jì)的引物擴(kuò)增;β-actin基因的上游引物 :5′-CTCGAAACAAGAATACGATG-3′;下游引 物 :5′-ACATGTGCCGT TGTATGATG-3′。 用Oligo軟件結(jié)合手工分析的方法設(shè)計(jì)基因09G10的一對(duì) 引物,上游引物 :5′-GAGCAGAAGCAAATGTTAGG-3′;下 游 引 物 :5′-GCAGAGACAGGCAGATACAG-3′。

以上引物由上海英駿公司合成,使用時(shí)加滅菌雙蒸水稀釋成10 pmol/μ L,分裝后于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.4.2 PCR反應(yīng)條件優(yōu)化 參照鄧艷[3]的PCR反應(yīng)體系,優(yōu)化Mg2+濃度、退火溫度及循環(huán)次數(shù),獲得適宜的實(shí)驗(yàn)參數(shù),建立能穩(wěn)定擴(kuò)增09G10和βactin基因片段的有效的半定量PCR檢測(cè)體系。

1.2.4.3 09G10基因在不同發(fā)育期的表達(dá)分析采用以上優(yōu)化好的RT-PCR條件研究09G10基因在不同發(fā)育期的表達(dá)情況。反應(yīng)在同一次PCR反應(yīng)中進(jìn)行。PCR產(chǎn)物在瓊脂糖凝膠中電泳。用凝膠成像系統(tǒng)對(duì)電泳條帶進(jìn)行光密度分析,以目的基因09G1和內(nèi)參β-actin基因的積分光密度的比值代表目的基因的mRNA含量。凝膠成像和定量分析采用英國(guó)UVITEC公司的UVIsoft圖像采集和分析軟件。

2 結(jié)果

2.1 不同發(fā)育期蟲(chóng)體總RNA提取及純度檢測(cè)

采用Trizol提取豬蛔蟲(chóng)各期蟲(chóng)體的總RNA,提取后用已加入溴化乙錠的10 g/L瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,由圖1可以看到28 S、18 S核糖體 RNA條帶較清晰,其他RNA條帶比較模糊,表明所提取的總RNA未降解。核酸蛋白測(cè)定儀檢測(cè)提取的總RNA,各期蟲(chóng)體RNA的A260/A280比值均在1.8～2.0之間。

圖1 豬蛔蟲(chóng)各發(fā)育期蟲(chóng)體總RNA瓊脂糖電泳圖Fig.1 Analysis of total RNA from different stages of Ascaris suum by agarose gel electrophoresis

2.2 半定量RT-PCR產(chǎn)物循環(huán)數(shù)的確定

本試驗(yàn)分別在 20、22、25、27、30個(gè)循環(huán)時(shí)對(duì)09G10基因片段進(jìn)行擴(kuò)增,電泳結(jié)果(圖2)經(jīng)凝膠成像系統(tǒng)掃描分析,以各電泳條帶的光密度值(光密度曲線(xiàn)峰面積)作為縱坐標(biāo),循環(huán)次數(shù)為橫坐標(biāo)作圖(圖3)。從圖3可見(jiàn),09G10到27個(gè)循環(huán),擴(kuò)增在指數(shù)增長(zhǎng)期,因此在正式試驗(yàn)中對(duì)該基因采用26個(gè)循環(huán)數(shù),內(nèi)參β-actin基因參照鄧艷[3]的論文選用25個(gè)循環(huán)。

圖2 不同擴(kuò)增循環(huán)數(shù)對(duì)09G10基因產(chǎn)物的電泳分析Fig.2 Electrophoretic analy sis for products of different cy clee numbers of 09G10 gen

圖3 09G10基因不同擴(kuò)增循環(huán)數(shù)電泳條帶IOD值分析圖 Fig.3 Analy sis of IOD for the different cycle number of 09G10 gene

2.3 09G10基因半定量RT-PCR分析

看家基因β-actin在蟲(chóng)體中穩(wěn)定表達(dá),見(jiàn)圖4。將目的基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物和內(nèi)參基因擴(kuò)增產(chǎn)物混合后,加入同一個(gè)電樣孔進(jìn)行電泳(圖5),用 UVI-soft圖像采集和分析軟件測(cè)出每條條帶的完整光密度值。以目的基因與內(nèi)參基因的光密度比值代表該基因在不同發(fā)育期的表達(dá)量。試驗(yàn)的研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),該基因在感染期幼蟲(chóng)中呈現(xiàn)高豐度表達(dá),在肺第3期幼蟲(chóng)和第4期幼蟲(chóng)期有微量表達(dá),在其他各期蟲(chóng)體包括肝第3期幼蟲(chóng)、雌蟲(chóng)、雄蟲(chóng)和蟲(chóng)卵均未檢測(cè)出該基因的表達(dá)量(表1和圖6)。

圖4 β-actin基因在不同發(fā)育期蟲(chóng)體的PCR產(chǎn)物電泳分析Fig.4 Electrophoretic analysis of β-actin gene PCR products in different developmental stages of A.suum

圖5 09G10基因在不同發(fā)育期的表達(dá)情況電泳分析Fig.5 Electrophoretic analysis of expression of 09G10 genes in different developmental stages of A.suum

表1 豬蛔蟲(chóng)感染期幼蟲(chóng)基因克隆09G10和β-actin PCR產(chǎn)物電泳相應(yīng)條帶的光密度比值Table 1 The IOD ratio of the PCR products of 09G10 gene andβ-actin gene in infective larvae of A.suum

圖6 09G10基因在不同發(fā)育期的表達(dá)情況分析Fig.6 Analysis of expressed 09G10 gene of different developmental stages

3 討論

本研究從已構(gòu)建的豬蛔蟲(chóng)感染期幼蟲(chóng)消減cDNA文庫(kù)中篩選一基因(09G10),采用RT-PCR對(duì)該基因在不同發(fā)育期蟲(chóng)體的mRNA豐度進(jìn)行了半定量分析。半定量RT-PCR是近年來(lái)用來(lái)定量測(cè)定特異性mRNA豐度的一種常用方法,主要利用PCR反應(yīng)的靈敏性和特異性等特點(diǎn),通過(guò)在線(xiàn)性增長(zhǎng)期內(nèi)目的片段的擴(kuò)增強(qiáng)度與內(nèi)參強(qiáng)度相比較,判定目的基因的拷貝數(shù)。該方法的優(yōu)點(diǎn)是mRNA經(jīng)反轉(zhuǎn)錄后PCR數(shù)次循環(huán),產(chǎn)物的量以指數(shù)形式增長(zhǎng),即使模板濃度較低也能檢測(cè)到[4],目前已被國(guó)內(nèi)外許多學(xué)者用于檢測(cè)mRNA表達(dá)豐度[5-8]。該技術(shù)的關(guān)鍵是優(yōu)化試驗(yàn)條件,尋求PCR線(xiàn)性擴(kuò)增范圍,確定最適Mg2+濃度和PCR循環(huán)次數(shù)。選擇合適的看家基因很關(guān)鍵,本試驗(yàn)選用的是豬蛔蟲(chóng)的β-actin基因,此基因在各個(gè)發(fā)育期幾乎均勻表達(dá)[9]。由于內(nèi)參的豐度一般遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于目的基因的豐度,所以使二者同時(shí)都在線(xiàn)性范圍內(nèi)擴(kuò)增,往往使內(nèi)參已飽和了而目的基因的條帶還不清晰,因此,本試驗(yàn)采用同一次PCR反應(yīng),但內(nèi)參基因在鄧艷[3]研究的基礎(chǔ)上,選用25個(gè)循環(huán),目的基因根據(jù)其循環(huán)數(shù)的光密度值,到27個(gè)循環(huán),擴(kuò)增在指數(shù)增長(zhǎng)期,因此試驗(yàn)中選擇26個(gè)循環(huán)數(shù)進(jìn)行擴(kuò)增,從而保證目的基因和內(nèi)參的擴(kuò)增都在線(xiàn)性增長(zhǎng)期。

本研究結(jié)果表明,目的基因09G10在豬蛔蟲(chóng)感染期幼蟲(chóng)中呈高豐度表達(dá),在肺第3期幼蟲(chóng)和第4期幼蟲(chóng)期有微量表達(dá),在其他各期蟲(chóng)體包括肝第3期幼蟲(chóng)、雌蟲(chóng)、雄蟲(chóng)和蟲(chóng)卵均未檢測(cè)出該基因的表達(dá)量。生物信息學(xué)分析顯示,09G10與編碼秀麗新桿線(xiàn)蟲(chóng)的Poly(A)結(jié)合蛋白(PABP)的基因有70%的相似性。PABP是一類(lèi)可以與mRNA 3′端Poly A結(jié)合的高度保守的蛋白質(zhì),參與mRNA的翻譯并調(diào)節(jié)其穩(wěn)定性,在不同的細(xì)胞類(lèi)型中存在種類(lèi)和功能各異的PABP。在早期發(fā)育過(guò)程中,卵母細(xì)胞中儲(chǔ)存大量母源性mRNA以備在合子基因激活前合成發(fā)育所需的蛋白質(zhì)。母源性mRNA的翻譯起始和沉默受到嚴(yán)格的調(diào)控,此調(diào)控過(guò)程需要PABP的參與。在爪蟾中發(fā)現(xiàn)一種新的Poly(A)結(jié)合蛋白,命名為ePAB,在爪蟾Ⅵ期卵母細(xì)胞及早期胚胎中表達(dá)[10]。Seli E等[11]利用RT-PCR和原位雜交技術(shù)檢測(cè)到ePAB的mRNA存在于小鼠PⅠ、MⅡ期卵母細(xì)胞和一、二細(xì)胞胚胎中,而在四細(xì)胞以后就檢測(cè)不到其mRNA了。而且,PAB的mRNA只特異性地表達(dá)于小鼠的卵巢、睪丸和早期胚胎。由此可見(jiàn),ePAB參與了爪蟾和小鼠配子發(fā)生以及早期胚胎發(fā)育過(guò)程中的基因表達(dá)調(diào)控,特別是母源性mRNA的翻譯激活和沉默的調(diào)控。本試驗(yàn)中09G10在感染期幼蟲(chóng)、肺第3期幼蟲(chóng)和第4期幼蟲(chóng)期中有不同程度的表達(dá),可能是豬蛔蟲(chóng)幼蟲(chóng)期所特有的,推測(cè)該基因在豬蛔蟲(chóng)幼蟲(chóng)的發(fā)育過(guò)程中可能參與前體mRNA的成熟,啟動(dòng)mRNA的翻譯,并調(diào)節(jié)其穩(wěn)定性。目前對(duì) PABP的研究還存在空白,至今還沒(méi)有發(fā)現(xiàn)PABP在翻譯起始時(shí)由PABP介導(dǎo)的復(fù)合物的所有組分,對(duì)其在發(fā)育過(guò)程中的作用還不是很清楚,因此研究PABP的功能對(duì)揭示寄生線(xiàn)蟲(chóng)的發(fā)育具有重要意義。

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Expression Analysis of 09G10 Gene in Different Developmental Stages ofAscaris suum

HUANG Cui-qin1,2,LAI Fang-fang1,YANG Xiao-yan1,2,DAI Ai-ling1,2,LI Xiao-hua1,2

(1.College of Li fe Sciences,Longyan University,Longyan,Fujian,364000,China;2.K ey Laboratory of Preventive Veterinary Medicine and Biotechnology Longyan University,Longyan,Fujian,364000,China)

To identify and analyze the gene related with infection ofAscaris suumin this study,the gene 09G10 was selecte from the suppression subtractive hybridization(SSH)of infective larvae ofA.suum.The gene expression levels were analyzed at different stage worms,using semi-quantitative RT-PCR method,with actin(β-actin)gene as internal control.Visualization of RT-PCR products of β-actin in all the stages under UV-light exposure was used to confirm equal template.The results showed that the expression level of the gene 09G10 in the infective larva is the highest and much more than L3 stage in lung and L4;no expression were tested in eggs,L3 stage in liver,male and female.T he results provide a foundation for further studying the developmental processes and infectivity ofA.suum.

Ascaris suum;infective larva;semi-quantitative RT-PCR

S852.731;Q786

A

1007-5038(2010)08-0060-04

2010-07-01

資金項(xiàng)目:福建省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(2008J0070);福建省教育廳科技計(jì)劃A類(lèi)項(xiàng)目(JA08232)

黃翠琴(1978-),女,福建人,博士,主要從事寄生蟲(chóng)功能基因組學(xué)研究。