中圖分類號:S828 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A 文章編號:1001-4330(2025)05-1286-07
0 引言
【研究意義】豬繁殖與呼吸綜合征(Porcinere-productiveandrespiratorysyndrome,PRRS)是由豬繁殖與呼吸綜合征病毒引起的,可導(dǎo)致母豬嚴(yán)重繁殖障礙和所有年齡段的豬呼吸窘迫[1]。PRRSV 的暴發(fā)是由于該病毒發(fā)病迅速,傳播速度快,仔豬發(fā)病率和死亡率高[2]。由于快速準(zhǔn)確的檢測PRRSV是預(yù)防和控制PRRS的關(guān)鍵因素之一,因此需要建立一種靈敏度高、特異性強、成本相對較低、適合現(xiàn)場的檢測方法,降低PRRSV傳播的風(fēng)險?!厩叭搜芯窟M展】PRRSV基因組的全長為 15.4kb 左右,包含有11個已知的開放閱讀框,PRRSVGP4是由ORF4所編碼的[3],ORF4編碼的結(jié)構(gòu)蛋白GP4參與病毒感染,高度糖基化,帶有4個N連接糖基化位點,是一個相對保守的高糖基化的結(jié)構(gòu)蛋白[4]GP4蛋白與 GP2a,GP3 這三個N-糖基化蛋白形成三聚體包膜蛋白復(fù)合物,參與病毒的組裝[5.6]GP4是PRRSV復(fù)制和轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵,且GP4和PRRSV的主要受體之一CD163能夠互相作用[7],在病毒組裝和釋放過程發(fā)揮重要作用[8],因此GP4蛋白對于PRRSV檢測都有著舉足輕重的作用。重組輔助擴增(recombinase-aidedisothermal amplifi-fication,RAA)作為一種等溫核酸擴增的新技術(shù),資源要求低,只需四種酶在恒溫 37~42°C 下短時間15~30min 即可完成擴增[9]。近年來,基于實時熒光技術(shù)的RAA/RT-RAA已成功用于SARS-CoV-2[10] 、鴨圓環(huán)病毒[]、豬流行性腹瀉病毒[12]、豬瘟病毒[13]等多種病毒的快速檢測?!颈狙芯壳腥朦c】PRRS是世界范圍內(nèi)最重要的豬類疾病之一,PRRSV感染也會使豬容易被其他病原體繼發(fā)感染[14]。由于目前還沒有有效的方法和藥物來防治PRRSV,因此研究出有效的防控策略是非常重要和迫切的。早期診斷對于PRRS預(yù)防和控制至關(guān)重要,所以開發(fā)一種用于PRRSV檢測的快速、簡單和準(zhǔn)確的現(xiàn)場診斷測定仍然是必要的?!緮M解決的關(guān)鍵問題】基于ORF4基因建立熒光RT-RAA檢測PRRSV的方法,為PRRSV的快速檢測提供了一種新方法。
1 材料與方法
1.1 材料
1. 1.1 病毒
豬繁殖與呼吸綜合征病毒(Porcine respiratoryandreproductive syndromesvirus,PRRSV)TJM-F92株、R98株、NADC30株、豬瘟病毒(Classicalswinefevervirus,CSFV)C株、偽狂犬病病毒(Pseudorabiesvirus,PRV)Bartha-K61株、豬流行性腹瀉病毒(Porcineepidemicdiarrheavirus,PEDV)LJX株、豬傳染性胃腸炎病毒(Transmissi-ble gastroenteritisvirus,TGEV)Purdue株均保存于海南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所海南省熱帶繁育與疫病研究重點實驗室。
1. 1.2 臨床樣本
180份血清樣本采集自海南省??谑?、臨高縣、瓊中縣等地豬場,由海南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所海南省熱帶繁育與疫病研究重點實驗室保存于 - 80°C 備用。
1. 1.3 試劑
RT-RAA核酸擴增試劑購自杭州眾測生物科技有限公司;FastPureViralDNA/RNAMiniKit試劑盒購自諾唯贊(Vazyme)公司; ExTaq(2×) :dNTPMixture、Recombinant RNase Inhibitor、Re-verse TranscriptaseM-MLVDL2,OOO DNAMark-er均為TaKaRa公司產(chǎn)品。
1.2 方法
1. 1 核酸的提取
依照病毒基因組DNA/RNA提取試劑盒的操作說明,提取病毒及臨床樣品的核酸,并于 -80°C 保存?zhèn)溆谩?/p>
1. 2 引物及探針的設(shè)計與合成
從NCBI的Genbank數(shù)據(jù)庫下載PRRSVCH-1a株(AY032626)、JXA1株(EF112445)、XH-GD 株(EU624117)、10GZ-GD 株(JX192633.1)、NADC30株(JN654459)、R98株(DQ355796.1)和GM2株(JN662424)等的GP4基因序列通過MegAlign進行對比,針對基因序列的保守區(qū)域,應(yīng)用Oligo7.0軟件設(shè)計特異性引物和探針,并在線對設(shè)計的引物和探針進行BLAST分析。設(shè)計探針時,探針長度在 46~52nt 之間,共有四個修飾位點,中部位置標(biāo)記一個dSpacer(四氫呋喃,THF),作為核酸外切酶的識別位點,THF位點的上游標(biāo)記一個熒光基團,下游標(biāo)記一個淬滅基團。送生工生物工程(上海)有限公司合成。上述引物對序列為RAA-ORF4-F:5’-TTCGGACAT-CAAAACCAACACCACCG -3’ ;RAA -ORF4 -R:5’- ACTCATCTCGGAAGCATAGAAAAGGCAAG-3';RAA-ORF4探針序列為:5’-TCCCTGGT-GGTCGACCATGTGCGGTTGC(HEX -dT) C(THF)A(BHQ1 - dT) TTCATGACACCTG - C3 Spacer - ,擴增產(chǎn)物長度為 130bp 。
1.3 RAA擴增體系的建立
按照熒光RT-RAA核酸擴增試劑盒使用說明配制反應(yīng)體系進行擴增,在反應(yīng)管中加入ABuffer 25.0μL ,上下游引物( 10μmol/L )各2μL ,探針 (10μmol/L)0.6μL ,DEPC 水 19μL 混合均勻后加至有反應(yīng)干粉的檢測單管中,加入5.0μL 模板,再向每個檢測單元管蓋上加入5μL BBuffer,蓋上管蓋,上下顛倒充分混勻5~6次,低速離心10s,將上述反應(yīng)管放置于熒光定量PCR儀中, 39°C 反應(yīng) 20min ,實時觀察檢測結(jié)果。
1.4 反應(yīng)體系優(yōu)化
為了優(yōu)化反應(yīng)體系內(nèi)引物濃度、探針濃度、樣品添加量及反應(yīng)溫度,在 50μL RAA反應(yīng)體系內(nèi)以PRRSVR98的基因組RNA為模板(濃度為52ng/μL) ,以試劑盒推薦的引物及探針濃度10μmol/L ,將引物對的終濃度配制為 0.3、0.4、0.5 10.6μmol/L 進行熒光RT-RAA反應(yīng),以確定最佳引物濃度;待確定最佳引物濃度后,將探針終濃度配制為 0.1、0.2、0.3 和 0.4μmol/L 進行熒光RT-RAA反應(yīng),以確定最佳探針濃度;待確定引物及探針濃度后,確定最適樣品添加量;全部確定后,以37、39、41和 43°C 進行熒光RT-RAA反應(yīng),確定最佳反應(yīng)溫度,以DEPC水作為陰性對照。
1.5 敏感性試驗
將PRRSVR98的基因組RNA(濃度為 54ng/ μL ),進行5倍梯度稀釋,用作熒光RT-RAA敏感性測試的模板,以DEPC水作為陰性對照,以確定熒光RT-RAA方法的最低檢測限。
1. 6 特異性試驗
以提取PRRSV、TGEV、CSFV、PEDV、PRV等病毒核酸為模板,應(yīng)用建立的RAA方法進行擴增,同時以DEPC水做為陰性對照,評價該方法的特異性。
1.3 數(shù)據(jù)處理
提取臨床樣本RNA,檢測建立的PRRSV熒光RT-RAA方法,同時將樣本RNA反轉(zhuǎn)錄得到cDNA用普通PCR方法檢測臨床樣本中PRRSV感染情況,并比較兩者的檢測結(jié)果。
2 結(jié)果與分析
1 反應(yīng)體系優(yōu)化
研究表明,探針終濃度為 0.3μmol/L 的擴增曲線最早出峰;進一步對熒光RT-RAA反應(yīng)體系的引物濃度進行篩選,引物終濃度為 0.5μmol L起峰最快,熒光值最高;進一步對樣品添加量進行優(yōu)化,樣品添加量為 364ng 起峰最早,擴增效率最高;對反應(yīng)溫度進行優(yōu)化,反應(yīng)溫度為 41°C 起峰最快,達(dá)到閾值的時間最短。圖1~4
注:1:探針終濃度為 0.lμmol/L;2 :探針終濃度為 0.2μmol L;3:探針終濃度為 0.3μmol/L;4 :探針終濃度為 0.4μmol/L;5 陰性對照
圖1 PRRSV熒光RT-RAA方法探針濃度優(yōu)化
Fig.1Optimisationofprobe concentrationforPRRSVfluorescent RT-RAAmethods
注:1:引物終濃度為 0.3μmol/L;2 :引物終濃度為 0.4μmol L;3:引物終濃度為 0.5μmol/L;4 :引物終濃度為 0.6μmol/L;5 陰性對照
圖2 PRRSV熒光RT-RAA方法引物濃度優(yōu)化
Fig. 2Optimisation of primer concentration forPRRSVfluorescentRT-RAAmethod
注:1:總RNA量為 156ng;2 :總RNA量為 260ng;3 :總RNA量為 364ng;4 :總RNA量為 :陰性對照Notes:1:156ng oftotalRNA;2: 260ng of totalRNA;3:364ng of total RNA;4:468ngof total RNA;5:negative control
圖3PRRSV熒光RT-RAA方法樣品添加量優(yōu)化
Fig.3Optimisation of sample addition forthePRRSVfluorescenceRT-RAAmethod
2 敏感性試驗
研究表明,以PRRSVR98的基因組RNA5倍梯度稀釋液為模板進行檢測熒光RT-RAA方法的靈敏度,隨著稀釋度的降低,出峰時間逐漸延長,熒光值梯度降低,最低可以檢出 0.0864ng 總RNA量,而陰性對照熒光信號無明顯變化,該方法具有較高的靈敏度。圖5
圖4 PRRSV熒光RT-RAA方法反應(yīng)溫度優(yōu)化
注:1:反應(yīng)溫度為 37% ;2:反應(yīng)溫度為 39% ;3:反應(yīng)溫度為41% ;4:反應(yīng)溫度為 43% ;5:陰性對照
Notes:1:reaction temperature was 37°C ;2:reaction temperature was 39°C ;3:reaction temperature was 41°C ;4:reaction temperature was 43°C ;5:negative control
Fig. 4Optimisation of reaction temperature forPRRSVfluorescentRT-RAAmethod
注:1:總RNA量為 54ng;2 :總RNA量為 10.8ng;3 :總RNA量為 16ng;4 :總RNA量為 0.432ng;5 :總RNA量為0.0864ng;6 :陰性對照
Notes:1:54ng of total RNA;2:1O.8ng of total RNA;3:16 ng of total RNA;4:0.432ng of total RNA;5:0.086,4ng of total RNA;6:negative control
圖5 PRRSV熒光RT-RAA方法敏感性試驗
Fig. 5 PRRSVfluorescentRT-RAA methodsensitivitytest
3 特異性試驗
研究表明,用建立的熒光RT-RAA方法對PRRSVNADC3O株、PRRSVTJM-F92株、PRRSVR98株、TGEVPurdue株、CSFVC株、PEDVLJX株、PRVBartha-K61株的核酸為模板進行特異性試驗,只有PRRSV收集到特異性熒光信號,其他病毒核酸和陰性對照均無熒光曲線,表明建立的方法特異性良好。圖6
圖6 PRRSV熒光RT-RAA方法特異性試驗結(jié)果
注:1:PRRSVNADC3O株;2:PRRSVTJM-F92株;3:PRRSVR98株;4-8:分別為:TGEVPurdue株、CSFVC株、PEDVLJX株、PRVBartha-K61株、陰性對照Notes:1:PRRSV NADC3O strain;2:PRRSV TJM-F92 strain;3:PRRSV R98 strain; 4-8:TGEV Purdue strain,CSFV C strain,PEDVLJX strain,PRV Bartha-K61 strain,negative control,respec-tively
Fig.6PRRSV fluorescent RT-RAA methodspecificitytestresults
研究表明,熒光RT-RAA方法和普通PCR的陽性/陰性樣品分別為76/104和73/107。通過熒光RT-RAA方法檢出76份樣本為陽性而普通PCR結(jié)果卻顯示僅有73份樣本為陽性,檢出104份樣本為陰性而普通PCR結(jié)果卻顯示有107份樣本為陰性。兩種方法之間的符合率為98.3% ,熒光RT-RAA方法檢測PRRSV可應(yīng)用于臨床。表1
表1熒光RT-RAA方法與PCR方法檢測臨床樣本的比較
Tab.1 ComparisonofRT-RAA-LF andPCRmethodsforthedetection of clinical samples
3討論
3.1PRRSV屬于動脈炎病毒科動脈炎病毒屬,是一種有包膜的單鏈RNA病毒,基因組大小約為15.4kb[15] 。根據(jù)其遺傳特征,PRRSV可分為兩種基因型:1型(PRRSV-1)和2型(PRRSV-2)[16]。針對 PRRSV 的商業(yè)疫苗目前提供的保護有限,變異率最高[17]。此方法有可以縮短獲得準(zhǔn)確結(jié)果所需的時間,有助于發(fā)現(xiàn)早期感染PRRSV的豬群,可以更好地制定有效的隔離措施,從而切斷傳播途徑,更好的進行治療。
3.2研究針對PRRSVORF4基因序列設(shè)計特異性引物和探針,建立了熒光RT-RAA檢測方法,進行了條件優(yōu)化以及特異性試驗和敏感性試驗。熒光RT-RAA檢測可在 41°C 下用引物和探擴增20min ,通過熒光定量PCR儀實時觀察結(jié)果,實現(xiàn)了對PRRSV的快速高效的可視化檢測。該方法具有較高的靈敏度和較強的特異性,最低可以檢出 0.0864ng 總RNA量,與其他豬病原體也無交叉反應(yīng)。
3.3近年來,開發(fā)出了基于等溫擴增技術(shù)的PRRSV快速檢測方法。與已發(fā)表的王方洲等[18]建立的實時熒光RPA檢測美洲型PRRSV方法相比熒光RT-RAA方法的溫度更低更好實現(xiàn)。與已發(fā)表的孫鳳萍等[19]建立的RT-LAMP檢測PRRSV方法相比,熒光RT-RAA方法的檢測時間更短,且不需要設(shè)計復(fù)雜的引物。與張森豪等[20]建立的LF-RPA 檢測 PEDV 相比,熒光RT-RAA方法使用病毒RNA即可直接進行檢測,不需要反轉(zhuǎn)錄成cDNA。此外,反應(yīng)條件和特異性與其他RAA研究相似[2I-23],表明RAA有望成為病原體檢測的通用技術(shù)。
4結(jié)論
建立的熒光RT-RAA法具有一定的準(zhǔn)確性、良好的特異性和較高的敏感性,其結(jié)果可通過熒光定量PCR儀進行實時觀測。
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College of Animal Medicine, Xinjiang Agricultural University, Urumqi 830ooo, China; Key Laboratory of Tropical Animal Breeding and Epidemic Disease Research / Haikou Observation Experimental Station of National Data Center of Animal Health,Hainan Province/Institute of Animal Husbandryand Veterinary Medicine,Hainan Academy of Agricultural Sciences, Haikou 5711OO, China; 3. Tarim Animal Epidemic Disease Diagnostic and Prevention and Control Engineeing Laboratory of Xinjiang Production and Construction Corps, Faculty of Animal Science and Technology, Tarim University,Aral Xinjiang 8433Oo,China; Samya Research Institute, Hainan Academy of Agricultural Sciences (Hainan Research Centre of Laboratory Animal),Sanya Hainan 572000,China)
Abstract:【Objective】 There is a need for the development of a clinically rapid,simple,and accurate method for the detection of PRRSV.【Methods】 This study aims to establish a method based on reverse transcription recombinase -mediated isothermal amplification fluorescence detection of PRRSV. The method was developed by designing specific primers and probes against the PRRSV ORF4 gene sequence. 【Results】 The fluorescent RT-RAA assay could be amplified with primers and probes at 41% for 20min ,and the results could be observed in real time bya fluorescence quantitative PCR instrument. The method had high sensitivity and strong specificity,and no cross-reactivitywith other porcine pathogens.【Conclusion】The fluorescent RT- RAA and PCR used to test 18O samples showed the compliance rate between the two methods was 98.3% (20
Key Words:porcine reproductive and respiratory syndrome virus; ORF4; RAA;rapid detection