摘要 [目的]確定銅離子和乙烯處理下抗逆境轉錄因子。[方法]采用液相色譜方法測定銅離子和乙烯不同處理下反式白藜蘆醇含量,再對相應濃度處理下的材料進行RNA轉錄組序列測定。[結果]無光照培養(yǎng)條件下的花生幼芽,0.1 mmol/L銅離子處理下花生幼芽生成反式白藜蘆醇含量為668.4 ng/g,5 mmol/L乙烯處理下花生幼芽生成反式白藜蘆醇含量為5.52 ng/g,銅離子和乙烯交互處理下反式白藜蘆醇含量為52.11 ng/g。通過表達同步法篩選出,bZIP轉錄因子6個條目,ERF轉錄因子4個條目,MYB轉錄因子3個條目,WRKY轉錄因子3個條目,bHLH轉錄因子2個條目,NAC轉錄因子2個條目。[結論]0.1 mmol/L銅離子和5 mmol/L乙烯處理調控了WRKY、AP2/ERF、NAC、MYB、bZIP、bHLH這6種轉錄因子家族20個基因。
關鍵詞 反式白藜蘆醇;轉錄因子;白藜蘆醇合成酶基因;銅;乙烯;花生
中圖分類號 S 565.2" 文獻標識碼 A
文章編號 0517-6611(2025)04-0005-06
doi:10.3969/j.issn.0517-6611.2025.04.002
開放科學(資源服務)標識碼(OSID):
Effects of Copper and Ethylene on Six Transcription Factors Related to Transresveratrol Synthesis in Peanuts
BAO Xuefeng1,DONG Xuan1,JIANG Chunji2 et al
(1.Xichang College,Xichang,Sichuan 615000;2.Shenyang Agricultural University,Shenyang,Liaoning 110000)
Abstract [Objective]To determine the stressresistant transcription factors under copper ion and ethylene treatments.[Method]Liquid chromatography was used to determine the transresveratrol content under different copper ion and ethylene treatments,and then determined the RNA transcriptome sequence of the materials under corresponding concentrations.[Result]The peanut buds were cultured without light,and the content of transresveratrol was 668.4 ng/g in the peanut buds treated with 0.1 mmol/L copper ion.The content of transresveratrol produced by peanut sprouts was 5.52 ng/g under the treatment of 5 mmol/L ethylene.Under the interaction treatment of copper ion and ethylene,the transresveratrol content was 52.11 ng/g.By expression synchronization method,6 entries of bZIP transcription factor,4 entries of ERF transcription factor,3 entries of MYB transcription factor,3 entries of WRKY transcription factor,2 entries of bHLH transcription factor and 2 entries of NAC transcription factor were selected.[Conclusion]Twenty genes of 6 transcription factor families,including WRKY family,AP2/ERF family,NAC family,MYB family,bZIP family and bHLH,were regulated by 0.1 mmol/L copper ion and 5 mmol/L ethylene treatment.
Key words Transresveratrol;Transcription factor;Resveratrol synthase gene;Copper;Ethylene;Peanut
基金項目 涼山州科技局項目(22DYYF0186);攀西特色作物研究與利用四川省重點實驗室項目(SZ22ZZ07)。
作者簡介 包學鋒(1977—),男,蒙古族,內蒙古通遼人,講師,博士,從事植物次生代謝物合成通路研究。*通信作者,教授,博士,博士生導師,從事植物營養(yǎng)學和植物次生代謝方面的研究。
收稿日期 2024-01-04;修回日期 2024-10-12
白藜蘆醇是一種植物次生代謝物,是一種植物體受到生物和非生物脅迫時產生的植物保護素[1-2]。植物在受到外界刺激,體內氧化平衡被打破,產生大量的氧化產物,例如超氧陰離子(O2-)和過氧化氫(H2O2)等自由基。植物為了保護自己的內環(huán)境,產生多種抗氧化物質來維持平衡。白藜蘆醇是一種很好的抗氧化劑,還具有良好的抗炎和抗腫瘤細胞功效[3-4]。銅、鐵、氯等元素是植物生命活動所必需的微量元素[5-7],然而過量的金屬離子會對植物體造成逆境脅迫,此時植物會生成大量的木質素加固細胞壁,過量的金屬離子會被黏附在根部,從而阻止大量金屬離子侵入[8-10]。另外過量的銅離子刺激會促使花生幼芽產生白藜蘆醇[11]。
植物激素可促進植物次生代謝產物,Chung等[12-13]研究表明水楊酸、茉莉酸使反式白藜蘆醇苷和反式白藜蘆醇含量增高。在乙烯信號轉導的過程中,胞內的銅轉運蛋白RAN1將銅離子轉運到內質網膜上的乙烯受體蛋白[14]。白藜蘆醇的生物合成由2個底物(丙二酰輔酶A、對香豆酰輔酶A)和白藜蘆醇合成酶參與完成,其中白藜蘆醇合成酶基因的啟動至關重要。白藜蘆醇的合成調節(jié),至少涉及2種MYB轉錄因子,一種是正調控因子(如MYB11、MYB12),一種是負調控因子(如MYB4)。2種MYB轉錄因子與基因結合的過程中互相競爭轉錄因子結合位點[15]。而在MYB轉錄因子家族中,MYB14和MYB15可以正調控二苯乙烯次生代謝途徑,促進白藜蘆醇的生物合成,它們與植物的抗病性有關[16]。Bao等[11]研究發(fā)現(xiàn)銅和乙烯的不同處理能夠誘導花生產生白藜蘆醇。目前有關銅和乙烯處理下能夠激活白藜蘆醇合成酶基因表達的抗逆境轉錄因子研究鮮見報道,為此,筆者通過轉錄組FPKM數(shù)據的聚類分析,初步鑒定銅離子和乙烯處理下參與調控花生白藜蘆醇合成的關鍵基因及逆境響應相關的轉錄因子,以期為深入探究銅離子和乙烯處理促進花生合成白藜蘆醇的抗逆境轉錄調控分子機制提供科學依據。
1 材料與方法
1.1 試材培養(yǎng) 以來自山東省的花生品種?;?號為試驗材料。挑選顆粒飽滿、大小均一的種子,將這些種子在35 ℃的恒溫培養(yǎng)箱中用蒸餾水浸泡8 h[17],將浸泡過的種子均勻鋪放在35 cm×27 cm的培養(yǎng)盤上,并覆蓋消毒過的毛巾,使用蒸餾水保持種子濕潤。在29 ℃的避光條件下培養(yǎng)3 d 后,選擇長度為2~3 cm的花生芽,將其放入裝有450 mL水的中型塑料杯中,并覆蓋一個種植籃,在無光照且溫度維持在25 ℃的條件下繼續(xù)培養(yǎng)7 d。選用纖維狀根的花生芽以及長度在4~5 cm、質量在4~5 g的花生芽作為試驗材料[18]。
1.2 處理試驗 試驗設4個處理,分別是空白對照處理(CK,0 mmol/L CuSO4、0 mmol/L乙烯利)、銅離子處理(Cu,0.1 mmol/L CuSO4、0 mmol/L乙烯利)、乙烯處理(ET,0 mmol/L CuSO4、5 mmol/L乙烯利)和銅離子_乙烯交互處理(Cu_ET,0.1 mmol/L CuSO4、5 mmol/L乙烯利)。每個處理設置3個生物學重復,每個生物學重復中包含6個花生幼芽。處理液浸沒花生幼芽根部,在無光條件下恒溫(25 ℃)處理48 h。
1.3 樣品提取 將經過處理的花生根部剪取后置于液氮中預冷,再利用球磨機在1 700 r/min下研磨15 s,將所得的研磨漿轉移至離心管中稱重,并加入10 mL的80%甲醇萃取液,輕輕搖動管子予以混合,將其置于280 r/min和40 ℃的恒溫搖床中振蕩60 min。然后,將振蕩液在50 ℃下超聲處理180 min,以4 000 r/min離心15 min,將離心后的樣品緩慢過濾至50 mL燒杯中,再使用0.22 μm孔徑的有機注射器過濾器將濾液進一步過濾至2 mL棕色小瓶中。最后,將濾液在-40 ℃下保存,以備后續(xù)的高效液相色譜(HPLC)分析。
1.4 高效液相色譜分析 采用Agilent 1100系列高效液相色譜儀測定反式白藜蘆醇含量,其中色譜柱為Spursil C18色譜柱(250 mm×4.6 mm,5 μm)。樣品分析采用等度洗脫法,洗脫液由去離子水、甲醇(純度≥99.9%)和乙腈(純度≥99.9%)組成,體積比分別為50%、20%和30%。洗脫過程中,流速維持在0.8 mL/min,柱溫為30 ℃,每個時間點進樣量為20 μL。
反式白藜蘆醇的定性和定量分析基于標準物質的保留時間和吸光度,保留時間在6.76~6.78 min,吸光度在306 nm波長下測量。利用HPLC測定0.1、0.5、1.0、5.0、10.0、50.0 μg/mL 標準樣品對應的峰面積積分值,以峰面積積分值為縱坐標、標準樣品濃度為橫坐標繪制標準曲線,得出一元線性回歸方程,并計算樣品中反式白藜蘆醇含量。
1.5 轉錄組樣品提取 剪取經48 h處理后的花生幼苗根部,用液氮速凍后放入50 mL容量的離心管中用于RNA-seq測試。該試驗設4個處理(CK、Cu、ET、Cu_ET),每個處理3個生物學重復,每個生物學重復包含6個花生幼苗。
1.6 RNA提取、cDNA準備和RNA-seq 使用離心柱型植物總RNA提取試劑盒從100~200 mg的冷凍樣品中獨立提取總RNA。通過1%(W/V)瓊脂糖凝膠電泳和260、280 nm的分光光度計檢測,確??俁NA的完整性和質量,僅選擇260 nm/280 nm吸光度比在1.8~2.0的RNA樣品進行后續(xù)分析。每個樣本中,取10 μg(500 ng/μL)的高質量總RNA用于深度測序和數(shù)據集生成。通過使用低聚磁珠從約5 μg總RNA中分離出mRNA,將分離得到的mRNA裂解成短片段(200 nt),并利用隨機六聚物引物合成第一鏈cDNA;使用RNase H和DNA聚合酶I合成第二鏈cDNA,并通過QIAquick PCR提取試劑盒進行純化,然后在3′末端添加堿基a尾進行末端修復。測序適配器連接到雙鏈cDNA末端進行PCR擴增。雙鏈cDNA測序通過HiSeqTM 2000設備使用雙端技術完成,原始圖像通過Illumina GA Pipeline(1.6版本)進行序列處理和堿基質量值計算,最終獲得125 bp的對端讀取數(shù)據。
2 結果與分析
2.1 銅離子和乙烯處理下花生幼苗根部反式白藜蘆醇含量的比較 從圖1可以看出,在對照組(CK)中未檢測到反式白藜蘆醇的存在。在Cu處理組中,反式白藜蘆醇含量最高,達到668.4 ng/g。相比之下,ET處理組反式白藜蘆醇含量較低,為5.52 ng/g,而Cu_ET處理組反式白藜蘆醇含量為52.11 ng/g。Cu處理組反式白藜蘆醇含量與其他3組相比有顯著差異(P<0.05),表明Cu處理顯著促進了花生幼根中反式白藜蘆醇的生物合成。
2.2 銅離子和乙烯處理下花生二苯乙烯合成酶基因序列比對 通過轉錄組測序得到68 107個基因,從中篩選出白藜蘆醇合成酶基因20個,在歐洲生物信息研究所網站(https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web_clustalo)進行同源序列比對。再對數(shù)據進行低表達基因剔除,獲得15個基因,通過TBtools v1.075軟件進行標準化并進行單向聚類分析,白藜蘆醇合成酶基因被聚類為3類(圖2)。其中,5個基因在不同處理下的表達模式與反式白藜蘆醇含量(圖1)趨勢一致,分別是Ad STS2-L(LOC112796262)、Ad STS1(LOC112796261)、Ad STS3-L(LOC112796275)、Ad STS1-L(LOC112796258)、Ad STS3-L(LOC112796278),不同處理下白藜蘆醇合成酶基因(STS)表達分為STS1、STS2、STS3。
2.3 銅離子和乙烯處理下轉錄因子家族分析 通過RNA-seq測序技術對不同處理條件下差異表達的轉錄因子家族進行深入分析,并統(tǒng)計差異表達基因(DEGs),結果如圖3~6所示。綜合分析發(fā)現(xiàn),在不同處理條件下共有58個轉錄因子家族的基因表現(xiàn)出顯著的差異表達。
從圖3可以看出,乙烯處理(ET)和銅離子處理(Cu)下有10個轉錄因子家族的差異表達基因(DEGs)數(shù)量超過500個。具體來說,轉座子酶轉錄因子FAR1類的差異表達基因數(shù)量最多,達到1 738個。植物生長與調控相關的bHLH類轉錄因子差異表達1 328個基因,MYB_related類轉錄因子差異表達949個基因,NAC類轉錄因子差異表達912個基因,ERF類轉錄因子差異表達883個基因,C2H2類轉錄因子差異表達824個基因,B3類轉錄因子差異表達783個基因,WRKY類轉錄因子差異表達639個基因,MYB類轉錄因子差異表達566個基因,bZIP類轉錄因子差異表達519個基因。另外,差異表達基因個數(shù)在300~500個的轉錄因子家族有7個,分別是耐鹽轉錄因子C3H類差異表達496個基因,轉座子酶轉錄因子ZF-HD(鋅指蛋白同源結構域)類差異表達432個基因,逆境相關轉錄因子G2-like類差異表達417個基因,轉錄因子GRAS類差異表達388個基因,轉錄因子M-type-MADS類差異表達384個基因,轉錄因子Trihelix類差異表達335個基因,轉錄因子HD-ZIP 類差異表達330個基因。
從圖4可以看出,CK處理和銅離子處理(Cu)下差異表達基因(DEGs)數(shù)量較多的前10類轉錄因子家族分別為NAC類、ERF類、bHLH類、MYB類、C2H2類、MYB_related類、WRKY類、GRAS類、Trihelix類、FAR1類,這些轉錄因子家族在銅處理下表現(xiàn)出顯著的基因表達差異,暗示它們可能在調控花生對銅脅迫響應中扮演著關鍵角色。其中,NAC類轉錄因子表現(xiàn)出56個基因上調和9個基因下調;ERF類轉錄因子有26個基因上調和6個基因下調;bHLH類轉錄因子有20個基因上調和7個基因下調;MYB類轉錄因子有17個基因上調和1個基因下調;C2H2類轉錄因子有14個基因上調和5個基因下調;MYB_related類轉錄因子有12個基因上調,沒有下調差異表達基因;WRKY類轉錄因子有11個基因上調和4個基因下調;GRAS類轉錄因子有11個基因上調和5個基因下調;Trihelix類轉錄因子有9個基因上調和3個基因下調;FAR1類轉錄因子有9個基因上調和2個基因下調。
從圖5可以看出,乙烯處理(ET)與CK處理比較,下調差異表達基因條目數(shù)高于上調差異表達基因條目數(shù)。排名前10的轉錄因子分別是bHLH類轉錄因子家族中,上調差異表達115個基因,下調差異表達151個基因;NAC類轉錄因子家族中,上調差異表達104個基因,下調差異表達128個基因;ERF類轉錄因子家族中,上調差異表達81個基因,下調差異表達133個基因;C2H2類轉錄因子家族中,上調差異表達62個基因,下調差異表達128個基因;MYB_related類轉錄因子家族中,上調差異表達82個基因,下調差異表達88個基因;WRKY類轉錄因子家族中,上調差異表達85個基因,下調差異表達62個基因;bZIP類轉錄因子家族中,上調差異表達59個基因,下調差異表達68個基因;MYB類轉錄因子家族中,上調差異表達58個基因,下調差異表達67個基因;FAR1類轉錄因子家族中,上調差異表達39個基因,下調差異表達52個基因;G2-like類轉錄因子家族中,上調差異表達44個基因,下調差異表達42個基因。
從圖6可以看出,交互處理(Cu_ET)與CK處理比較,排名前10的轉錄因子家族及其差異表達基因數(shù)目如下:bHLH類轉錄因子家族中,上調差異表達157個基因,下調差異表達250個基因;NAC類轉錄因子家族中,上調差異表達125個基因,下調差異表達157個基因;MYB_related類轉錄因子家族中,上調差異表達126個基因,下調差異表達149個基因;ERF類轉錄因子家族中,上調差異表達118個基因,下調差異表達152個基因;C2H2類轉錄因子家族中,上調差異表達114個基因,下調差異表達152個基因;WRKY類轉錄因子家族中,上調差異表達129個基因,下調差異表達92個基因;bZIP類轉錄因子家族中,上調差異表達79個基因,下調差異表達101個基因;MYB類轉錄因子家族中,上調差異表達70個基因,下調差異表達87個基因;G2-like類轉錄因子家族中,上調差異表達52個基因,下調差異表達95個基因;FAR1類轉錄因子家族中,上調差異表達52個基因,下調差異表達79個基因。
2.4 銅離子和乙烯處理下差異轉錄因子篩選 基于“銅離子處理下基因表達量最高,銅離子和乙烯組合處理下基因表達量排第二,乙烯處理下基因表達量排第三,CK對照組基因表達量排第四”的條件,對白藜蘆醇合成酶基因(STS)和1 329個轉錄因子進行聚類分析,篩選出6組與根部反式白藜蘆醇含量變化模式相匹配的編碼轉錄因子蛋白的差異表達基因共計20個,具體包括bZIP轉錄因子家族中的6個差異表達基因,ERF轉錄因子家族中的4個差異表達基因,MYB轉錄因子家族中的3個差異表達基因,WRKY轉錄因子家族中的3個差異表達基因,BHLH轉錄因子家族中的2個差異表達基因,NAC轉錄因子家族中的2個差異表達基因。這些轉錄因子的表達模式與根部反式白藜蘆醇含量的變化密切相關,可能在調控白藜蘆醇合成中起重要作用。
3 討論
反式白藜蘆醇在花生中的含量受品種和部位影響。該研究發(fā)現(xiàn),在無光照條件下,海花1號花生幼苗經0.1 mmol/L銅離子處理后可產生668.4 ng/g反式白藜蘆醇,而5 mmol/L乙烯處理下合成量極低(5.52 ng/g),銅離子和乙烯組合處理的效果(52.11 ng/g)介于兩者之間,表明光照對乙烯誘導的反式白藜蘆醇合成具有調控作用[11]。
反式白藜蘆醇在植物中的生物合成需要生物或非生物條件誘導。在反式白藜蘆醇的生物合成路徑中,4-香豆酸輔酶A和丙二酰輔酶A是2種基本的底物。2種底物只有在白藜蘆醇合成酶的參與下才能順利合成反式白藜蘆醇。白藜蘆醇合成酶基因又是白藜蘆醇合成酶合成的關鍵基因[19]。該研究對銅離子和乙烯4種處理條件下的白藜蘆醇合成酶基因進行篩選,共鑒定出15個基因。通過單向聚類分析,這些基因被分為3類,其中第二類基因的表達模式與根部反式白藜蘆醇含量的變化趨勢相一致,具體包括Ad STS2-L(LOC112796262)、Ad STS1(LOC112796261)、Ad STS3-L(LOC112796275)、Ad STS1-L(LOC112796258)、Ad STS3-L(LOC112796278),它們屬于3個亞家族(STS1、STS2、STS3)。在這些基因中,Ad STS2-L(LOC112796262)的表達模式與4種處理下的反式白藜蘆醇合成量變化最為吻合。因此,初步推斷Ad STS2-L(LOC112796262)是響應銅離子和乙烯處理的關鍵白藜蘆醇合成酶基因。
在轉錄組分析中,與對照組(CK)相比,銅離子處理(Cu)上調了26個ERF轉錄因子家族的差異表達基因;與CK相比,乙烯處理(ET)上調了81個ERF轉錄因子家族的差異表達基因;銅離子和乙烯的交互處理(Cu_ET)與CK相比,并未導致ERF轉錄因子家族編碼基因的上調;以上結果與反式白藜蘆醇含量的表達模式相一致,這可能表明銅離子抑制了乙烯誘導的ERF轉錄因子的激活[20-21]。與CK相比,銅離子處理(Cu)引起了bHLH、MYB-related、bZIP、GRAS這4類轉錄因子家族編碼基因的上調,分別有20、12、6、11個基因表達增加;乙烯處理(ET)在這4類轉錄因子家族中分別上調了157、126、79、74個基因;在銅離子和乙烯的交互處理(Cu_ET)下,這4類轉錄因子家族分別上調了115、88、68、25個基因。
銅離子和乙烯組合處理促使4類轉錄因子基因表達數(shù)量少于乙烯處理組,高于銅離子處理組,說明銅離子弱化了乙烯對bHLH、MYB_related、bZIP、GARS轉錄因子的調控。銅離子處理中NAC、MYB、WRKY轉錄因子分別上調了56、17、11個基因,然而在乙烯處理組和銅離子乙烯處理組中沒有篩選到NAC、MYB、WRKY等轉錄因子,表明NAC、MYB、WRKY轉錄因子在該試驗中只是對銅離子處理敏感。銅離子處理中C2H2轉錄因子上調了14個基因,乙烯處理組中C2H2轉錄因子上調了152個基因,在銅離子和乙烯組合處理組中沒有篩選到C2H2轉錄因子,說明銅離子和乙烯組合處理阻斷了C2H2轉錄因子的激活[22-23]。
在白藜蘆醇合成酶基因轉錄調控的研究中,Hll等[16]研究發(fā)現(xiàn)MYB14、MYB15與白藜蘆醇合成酶基因(STS)表達模式一致,并進一步證實了MYB14、MYB15是葡萄中調控白藜蘆醇合成基因的轉錄因子。Vannozzi等[24]研究提出VviWRKY24在激活VviSTS29啟動子時擔負著單一效應子的角色,而VviWRKY3通過與VviMYB14的組合,才能具有激活白藜蘆醇合成酶的作用。Jiang等[25]研究表明VvWRKY8通過與VvMYB14直接相互作用,抑制葡萄中白藜蘆醇合成酶基因。中國野生葡萄研究中發(fā)現(xiàn)乙烯響應轉錄因子ERF家族中,VqERF114不與白藜蘆醇合成酶基因的啟動子結合,而是與MYB轉錄因子家族的VqMYB35相互作用,調控白藜蘆醇合成酶基因[26]。該試驗基于“銅離子處理下基因表達量最高,銅離子和乙烯組合處理下基因表達量排第二,乙烯處理下基因表達量排第三,CK對照組基因表達量排第四”的條件,對白藜蘆醇合成酶基因STS和1 329個轉錄因子進行了聚類分析,篩選出同步性較高的6種轉錄因子。據此,推斷MYB轉錄因子(3個基因)可能直接參與了白藜蘆醇合成酶的激活,而WRKY(3個基因)和ERF(4個基因)類轉錄因子可能間接參與了白藜蘆醇合成酶基因的激活。盡管bZIP、bHLH、NAC轉錄因子的表達模式與白藜蘆醇合成酶基因高度同步,但它們是否真正參與了白藜蘆醇合成酶基因的啟動仍需進一步試驗驗證。盡管這一推斷尚需更多研究來證實,但它為探索花生白藜蘆醇合成酶基因轉錄調控的分子機制提供了新的研究方向。
4 結論
0.1 mmol/L銅離子處理可以促使花生幼芽生成反式白藜蘆醇,其含量為668.4 ng/g;5 mmol/L乙烯處理促使花生幼芽生成反式白藜蘆醇的量微少,含量為5.52 ng/g;0.1 mmol/L 銅離子和5 mmol/L乙烯組合處理生成的反式白藜蘆醇含量(52.11 ng/g)也是少量,但是多于5 mmol/L乙烯處理,少于0.1 mmol/L銅離子處理。轉錄組學聚類分析可推測0.1 mmol/L銅離子處理和5 mmol/L乙烯處理條件下花生的ERF、MYB、WRKY等轉錄因子積極參與了白藜蘆醇合成酶基因STS1、STS2、STS3的啟動。通過表達同步法篩選出,bZIP轉錄因子6個條目,ERF轉錄因子4個條目,MYB轉錄因子3個條目,WRKY轉錄因子3個條目,bHLH轉錄因子2個條目,NAC轉錄因子2個條目。
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