基于二代測(cè)序技術(shù)的胰腺癌胚系變異攜帶情況及臨床因素相關(guān)性分析

姜惠琴 張 麗 黃 斐 陳馨寧 郁 俐 沈敏娜 王蓓麗 潘柏申，3 郭 瑋，3，4△

（1復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院檢驗(yàn)科 上海 200032； 2上海市老年醫(yī)學(xué)中心檢驗(yàn)科 上海 201100；3復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院吳淞醫(yī)院檢驗(yàn)科 上海 200940； 4復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院廈門(mén)醫(yī)院檢驗(yàn)科 廈門(mén) 361015）

胰腺癌是全球最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一，其發(fā)生與多種因素相關(guān)，約3%～10%的胰腺癌病例具有家族遺傳史［1］，10%～20%的胰腺癌患者攜帶腫瘤易感基因的胚系致病性變異［2］。BRCA1/2、PALB2、ATM、CDKN2A、STK11以及錯(cuò)配修復(fù)基因（MLH1、MSH2、PMS6、PMS2）的胚系變異被證實(shí)與遺傳性胰腺癌的發(fā)病密切相關(guān)。此外，多種遺傳性腫瘤綜合征都會(huì)導(dǎo)致胰腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)顯著增加，例如遺傳性乳腺卵巢癌綜合征、Lynch 綜合征、Peutz-Jeghers 綜合征和Li-Fraumeni綜合征等［3］。

美國(guó)國(guó)家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（National Comprehensive Cancer Network，NCCN）指南推薦所有確診為胰腺癌的患者進(jìn)行遺傳腫瘤綜合征相關(guān)的胚系基因檢測(cè)［4］。美 國(guó) 胃 腸 病 學(xué) 會(huì)（American College of Gastroenterology，ACG）針對(duì)遺傳性胃腸道腫瘤綜合征的管理和基因檢測(cè)的指南中提到，所有疑似家族性胰腺癌（familial pancreatic cancer，F(xiàn)PC）患者都應(yīng)接受BRCA1/2、CDKN2A、PALB2和ATM基因檢測(cè)［5］。

隨著二代測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，多基因檢測(cè)在臨床診療中的接受度越來(lái)越高。然而，目前對(duì)于受檢者及檢測(cè)基因的選擇仍缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)，多基因檢測(cè)在評(píng)估胰腺癌遺傳風(fēng)險(xiǎn)中的價(jià)值仍需要進(jìn)一步驗(yàn)證。本研究采用二代測(cè)序多基因檢測(cè)方法，分析胰腺癌患者中胚系變異的攜帶率，并探索可能相關(guān)的臨床病理因素，旨在為胰腺癌胚系基因檢測(cè)的實(shí)施提供一定的參考價(jià)值。

資 料 和 方 法

一般資料本研究為單中心回顧性研究，經(jīng)復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)（批準(zhǔn)號(hào)：B2021-056）。篩選2021 年4 月至2022 年12 月就診于復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院的胰腺癌患者，納入標(biāo)準(zhǔn)：（1）臨床確診的胰腺癌患者；（2）接受腫瘤易感基因胚系檢測(cè)。排除標(biāo)準(zhǔn)：臨床信息不詳者。采集患者的臨床信息，包括性別、發(fā)病年齡、腫瘤類(lèi)型、腫瘤個(gè)人史及腫瘤家族史。將具備腫瘤家族史或個(gè)人史或早發(fā)性胰腺癌患者定義為遺傳高危組，不具備任一項(xiàng)因素的患者定義為遺傳低危組。

方法使用EDTA 抗凝管采集患者外周血10 mL，提取白細(xì)胞樣本基因組DNA。按標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建及質(zhì)控，隨后采用Illumina Nextseq 550 （美國(guó)Illumina 公司）測(cè)序儀進(jìn)行測(cè)序，共檢測(cè)21 個(gè)腫瘤易感基因（表1），其中同源重組修復(fù)（homologous recombination repair，HRR）通路相關(guān)的基因有17 個(gè)：ATM、ATR、BARD1、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CHEK1、CHEK2、FANCA、FANCL、MRE11、NBN、PALB2、RAD51B、RAD51C、RAD51D和RAD54L，其余4 個(gè)基因?yàn)镃DH1、PTEN、STK11和TP53。測(cè)序數(shù)據(jù)與人類(lèi)參考基因組hg19 版本進(jìn)行比對(duì)。根據(jù)美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)會(huì)（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）指南將基因變異分為5 類(lèi)：良性（benign，B）、可能良性（likely benign，LB）、意義不明（variant of uncertain significance，VUS）、可能致?。╨ikely pathogenic，LP）和致?。╬athogenic，P）。

表1 本研究中檢測(cè)的21 個(gè)腫瘤易感基因列表Tab 1 List of 21 tumor susceptibility genes detected in this study

統(tǒng)計(jì)學(xué)方法所有統(tǒng)計(jì)分析均采用SPSS 19.0軟件進(jìn)行處理。分類(lèi)資料采用χ2檢驗(yàn)或Fisher 精確檢測(cè)，P＜0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

結(jié) 果

患者臨床特征本研究共納入271例胰腺癌患者，男性占59.0%，導(dǎo)管腺癌占95.9%。6.6%的患者發(fā)病年齡早于50 歲，3.3%具有腫瘤家族史（一級(jí)親屬罹患胰腺癌、乳腺癌、胃癌、結(jié)直腸癌、前列腺癌或卵巢癌），5.5%伴有其他腫瘤個(gè)人史（既往確診乳腺癌、胃癌、結(jié)直腸癌、前列腺癌或卵巢癌）（表2）。

表2 271 例胰腺癌患者的臨床病理特征Tab 2 Clinicopathological characteristics of 271 patients with pancreatic cancer［n（%）］

胰腺癌胚系變異檢出率針對(duì)本研究檢測(cè)的21 個(gè)腫瘤易感基因，共有17 例（6.3%）患者檢出P/LP 變異，61 例（22.5%）患者檢出VUS 變異。檢測(cè)出P/LP 變異的基因包括ATM、BRCA2、BRIP1、CHEK2、FANCA、MRE11、PALB2、STK11，其中PALB2胚系變異的頻數(shù)最多，其次為BRCA2和ATM（圖1A）。若僅分析HRR 通路相關(guān)的17 個(gè)基因，則P/LP 與VUS 變異的檢出率分別為5.9%與20.7%。在所有檢測(cè)的基因中，ATM、BRCA1、BRCA2、PALB2、STK11、TP53這6 個(gè)基因是明確的遺傳性胰腺癌相關(guān)基因，也是NCCN 指南推薦胰腺癌患者檢測(cè)的基因［3］。本研究中，胰腺癌相關(guān)基因P/LP 與VUS 變異的檢出率分別為4.8% 與10.3%（表3）。

圖1 胰腺癌患者胚系P/LP 變異的分布Fig 1 Distribution of germline P/LP variants in pancreatic cancer patients

表3 胰腺癌患者中胚系變異的檢出率Tab 3 The detection rate of germline mutations in pancreatic cancer patients ［n（%）］

胚系變異相關(guān)危險(xiǎn)因素分析進(jìn)一步分析臨床病理特征與胚系變異檢出率之間的關(guān)系。發(fā)病年齡＜50 歲、有腫瘤家族史或腫瘤個(gè)人史的患者中，P/LP 變異檢出率稍高，但差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。遺傳高危組P/LP 變異的檢出率高于遺傳低危組，而兩組之間VUS 變異的檢出率相近。根據(jù)分析基因數(shù)的不同，遺傳高危組中P/LP 變異檢出率為14.6%～17.1%，VUS 變異檢出率為7.3%～22.0%；而在遺傳低危組中P/LP 變異檢出率僅為3.0%～4.3%，VUS 變異檢出率為10.9%～22.6%（表3）。此外，遺傳高危組與遺傳低危組患者的胚系P/LP變異譜也存在差異。遺傳高危組患者中，胚系BRCA2基因P/LP 變異的頻率最高；而遺傳低危組中，P/LP 變異頻率最高的基因?yàn)镻ALB2（圖1B、C）。

討 論

隨著研究的不斷深入，胚系腫瘤易感基因檢測(cè)的價(jià)值得到進(jìn)一步認(rèn)可。遺傳性胰腺癌的發(fā)生與多種胚系基因的變異相關(guān)，包括BRCA1、BRCA2、PALB2、STK11等基因［3］。通過(guò)胚系檢測(cè)，有利于篩選胰腺癌易感人群，給予個(gè)體化監(jiān)測(cè)及預(yù)防措施。此外，胚系基因變異可改變胰腺癌患者的治療決策。對(duì)于攜帶BRCA1/2胚系變異的患者，可從多腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制劑以及鉑類(lèi)藥物治療中獲益［4］。對(duì)于攜帶TP53胚系變異的患者，放療可能會(huì)增加二次腫瘤發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)。與此同時(shí)，攜帶胚系變異的患者可能會(huì)出現(xiàn)多原發(fā)腫瘤，除了針對(duì)胰腺癌的診療，還需要排查第二原發(fā)腫瘤［3］。

既往研究［6-11］顯示，胰腺癌患者中攜帶腫瘤易感基因胚系變異的比例為3.8%～20.7%。不同研究之間變異率的差異主要由于檢測(cè)基因數(shù)及受檢者納入標(biāo)準(zhǔn)的不同而導(dǎo)致。本研究采用了包含21 個(gè)腫瘤易感基因的NGS 方法對(duì)中國(guó)胰腺癌患者進(jìn)行檢測(cè)，整體胚系變異的檢出率為6.3%，與既往研究［12］結(jié)果相仿。值得注意的是，胚系變異主要集中于胰腺癌相關(guān)基因，擴(kuò)大檢測(cè)基因數(shù)量?jī)H帶來(lái)較小的檢出率增加（表3）。

針對(duì)攜帶胚系變異的胰腺癌患者是否具備特殊的臨床病理特征，目前仍無(wú)定論。既往研究［13］顯示，攜帶BRCA1/2變異的胰腺癌患者發(fā)病年齡提前10 年左右。Varghese 等［14］的研究發(fā)現(xiàn)，＜50 歲的年輕胰腺癌患者中胚系基因變異的檢出率高達(dá)31.9%。然而也有研究［15-16］顯示早發(fā)性胰腺癌（＜50歲）患者中胚系變異的攜帶率與老年患者無(wú)顯著差異。本研究中，早發(fā)性胰腺癌患者中胚系變異的檢出率更高，但并未達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（16.7%vs.5.5%，P=0.093）。

腫瘤家族史以及多發(fā)性腫瘤個(gè)人史往往是篩選遺傳性腫瘤患者的重要臨床因素。本研究發(fā)現(xiàn)具備腫瘤家族史或個(gè)人史的胰腺癌患者檢出更高比例的胚系變異，但差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。既往3 項(xiàng)研究［8，17-18］顯示，具備腫瘤家族史或個(gè)人史的胰腺癌患者中，檢測(cè)出更高比例的胚系變異攜帶（11.0%～18.4%）；而無(wú)特定腫瘤家族史或個(gè)人史的人群中檢出率僅為2.5%～10.8%。值得注意的是，綜合發(fā)病年齡、家族史及個(gè)人史，或許能夠更好地篩選出攜帶胚系變異的胰腺癌患者。本研究中，遺傳低危組患者的胚系P/LP 變異的檢出率僅為4.3%，顯著低于遺傳高危組的17.1%（表3）。

隨著二代測(cè)序技術(shù)的不斷改進(jìn)以及測(cè)序成本的逐級(jí)下降，遺傳易感基因的檢測(cè)在腫瘤臨床診療中的應(yīng)用越來(lái)越普及，多基因檢測(cè)的模式也逐漸成為主流。然而，隨著更多中低外顯率基因以及臨床意義尚不明確的基因被納入檢測(cè)，多基因檢測(cè)在腫瘤分險(xiǎn)評(píng)估中的價(jià)值仍需進(jìn)一步驗(yàn)證。隨著檢測(cè)基因數(shù)的增加，VUS 檢出率也明顯增加。本研究中，當(dāng)檢測(cè)基因數(shù)從6 個(gè)增加到21 個(gè)時(shí)，VUS 檢出率從10.3%增加至22.5%（表2）。這些額外檢出的意義不明變異可能會(huì)給患者帶來(lái)心理負(fù)擔(dān)，甚至增加不必要的醫(yī)學(xué)檢查。建議醫(yī)師給予患者充分的結(jié)果解釋及遺傳咨詢(xún)，并且通過(guò)不斷的數(shù)據(jù)積累及共享增加位點(diǎn)評(píng)估的臨床證據(jù)。

目前關(guān)于胰腺癌胚系變異的數(shù)據(jù)大部分來(lái)自國(guó)外研究隊(duì)列［6-10］，僅1 項(xiàng)來(lái)自中國(guó)南京的隊(duì)列研究［11］。該研究中，散發(fā)性胰腺癌患者攜帶胚系變異的比例為6.2%，與本研究結(jié)果相仿。然而，該研究并沒(méi)有進(jìn)一步分析腫瘤家族史及個(gè)人史等臨床因素與胚系變異檢出率的關(guān)系［11］。本研究通過(guò)二代測(cè)序多基因檢測(cè)技術(shù)，不僅評(píng)估了胰腺癌患者中胚系變異的攜帶率，也探索了胚系變異相關(guān)的臨床因素；豐富了中國(guó)人群胰腺癌的遺傳數(shù)據(jù)，同時(shí)也為胰腺癌胚系檢測(cè)的實(shí)施提供了一定的理論依據(jù)。隨著腫瘤易感基因檢測(cè)的廣泛應(yīng)用，胰腺癌患者的遺傳因素將得到更為深入的剖析，未來(lái)仍需要更多大樣本的研究來(lái)探索多基因測(cè)序帶來(lái)的臨床價(jià)值。

作者貢獻(xiàn)聲明姜惠琴，張麗 研究設(shè)計(jì)，論文撰寫(xiě)。黃斐，陳馨寧，郁俐，沈敏娜 樣本檢測(cè)，資料收集。王蓓麗，潘柏申 研究指導(dǎo)。郭瑋 研究設(shè)計(jì)，論文修改和指導(dǎo)。

利益沖突聲明所有作者均聲明不存在利益沖突。