王愛萍,姜彧宸,馮月,池田,董琦*
(1.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,山西 晉中 030801;2.黃土高原特色作物優(yōu)質(zhì)高效生產(chǎn)省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心,山西 晉中 030801)
叢枝菌根真菌(Arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)是一種在土壤中廣泛分布的真菌,屬于球囊菌門(Glomeromycota),可以侵染80%的陸生植物根系并與植物形成互利共生關(guān)系[1],擴大根系的吸收范圍和吸收表面積,給寄主植物提供氮、磷等礦質(zhì)營養(yǎng),并提高植物對逆境的抗性,同時植物為AMF 生長提供所需要的碳源[2]。AMF 對維持自然生態(tài)系統(tǒng)的功能和穩(wěn)定具有重要意義。全球AMF物種豐富度范圍在341~1600 個OTU,甚至可能多于1600 個OTU[3],?pik 等[4]報道鑒定形態(tài)的AMF約250 種,鑒定分子的為350~1000 種,Tedersoo等[5]報道共發(fā)現(xiàn)11 科25 屬250 種,Davison 等[6]報道AMF 有348種。
農(nóng)業(yè)施肥對AMF 群落組成有顯著影響,施氮影響AMF 群落組成,降低群落多樣性[7]。增施氮肥降低AMF 生物量、物種豐富度和多樣性[8-10]。還有研究表明,在磷含量有限的土壤中,施氮可增加AMF 物種的豐富度和多樣性;富磷土壤中,AMF物種減少[11-12]。也有研究表明,長期施氮對微生物生物量和群落組成沒有影響[13],關(guān)于氮肥影響植物AMF 群落組成前人有報道,但肥料驅(qū)動AMF 群落組成變化的功能也知之甚少[14]。
土地利用方式對AMF 群落組成的影響很大[15],間作與AMF 之間存在互利關(guān)系,由于間作間的相互作用,AMF 的多樣性和群落組成發(fā)生了變化[16]。Zhang 等[17]認為間作增加了大豆根際土壤AMF 多樣性,而相鄰玉米則沒有這種影響。大豆和玉米根際AMF 優(yōu)勢屬(Glomus)相對豐度隨施氮量的增加呈相反的變化趨勢。然而,也有研究表明間作不能改變AMF 的群落組成[18-20]。綜上所述,不同的研究者關(guān)于間作對AMF 群落組成影響的研究結(jié)果不一致。
小麥和豌豆間作是我國傳統(tǒng)間作方式之一,本研究通過施用不同的氮肥水平,對小麥根系土壤AMF 群落結(jié)構(gòu)和功能進行分析,探究不同施氮量和間作種植模式對AMF 生物群落結(jié)構(gòu)的影響,旨在為小麥的可持續(xù)生產(chǎn)以及農(nóng)田土壤有益微生物的發(fā)掘和利用提供理論依據(jù)。
試驗于2022 年3 月至7 月在山西農(nóng)業(yè)大學(xué)太谷校區(qū)農(nóng)作站進行,地理坐標東經(jīng)112°57′,北緯37°42′。太谷區(qū)2021 全年降雨量611.4 mm,2022年1-7 月降雨量199.7 mm。播前土壤含水量13.43%,試驗田土壤為壤土,全氮含量為0.945 g·kg-1,堿 解 氮33.88 mg·kg-1,有 效 磷10.45 mg·kg-1,速 效 鉀157.60 mg·kg-1,有 機 質(zhì)21.96 g·kg-1。供試春小麥品種為寧春5 號,豌豆品種為中豌8號。
采用隨機區(qū)組設(shè)計,設(shè)置4 個施氮量:0 kg·hm-2(N0)、90(N1)、180(N2)和270 kg·hm-2(N3),2 種種植模式:春小麥單作(SS)、春小麥和豌豆間作(SI)。施氮量以純氮計算,分別作為基肥在播種前一次性全部施入。春小麥和豌豆均于2022 年3 月1 日播種,且播量相同,均為225 kg·hm-2。間作小區(qū)為2行小麥間隔2 行豌豆,所有處理均為等行距種植,行距20 cm。小區(qū)面積5 m×5.2 m。每個處理設(shè)3 次重復(fù)。全生育期無追肥,只灌1 次水(3 月30 日),其余同當?shù)毓芾怼?/p>
春小麥成熟期,每個小區(qū)隨機選取5 株小麥植株,采集0~10 cm 深度的小麥根系,去掉大塊土壤后,輕輕抖落小麥根系附著的土壤,將混合后的土壤樣品標記后立即放入液氮中保存?zhèn)溆谩?/p>
采用SDS 法提取土壤樣品的基因組DNA,檢測質(zhì)量后以稀釋的基因組DNA 為模板,使用特異引 物(F:5′-AAGCTCGTAGTTGAATTTCG-3′和 R:5′-CCCAACTATCCCTATTAATCAT-3′)進行PCR 擴增。瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR 產(chǎn)物,對檢測合格的PCR 產(chǎn)物回收后構(gòu)建文庫。通過Illumina HiSeq 高通量測序平臺進行測序。對得到的原始序列根據(jù)QIIME 過濾后獲得高質(zhì)量的序列,并與Unite 數(shù)據(jù)庫進行比較,使用UCHIME 算法檢測嵌合體序列并去除,最終得到有效序列?;谟行蛄羞M行OTUs(Operational Taxonomic Units)聚類和物種分類。根據(jù)OTUs 聚類結(jié)果對每個OTU 的代表序列做物種注釋以及進行豐度和Venn 圖分析。選用FunGuild 進行功能注釋,通過PCA 降維分析不同樣本間的差異。
應(yīng)用Excel 2016 記錄數(shù)據(jù),用T-test 進行差異顯著性檢驗,使用Origin 2020繪圖。
物種積累箱形圖反映了連續(xù)采樣下新物種的出現(xiàn)率。在一定范圍內(nèi),隨著樣本量的增加,如果箱形圖的位置出現(xiàn)急劇上升,說明群落中發(fā)現(xiàn)了大量的物種;當箱形圖的位置趨于平坦時,說明該環(huán)境下的物種不會隨著樣本量的增加而顯著增加。從圖1 可以看出,小麥根系土壤AMF 群落OTU 組成的所有樣品中新種的出現(xiàn)趨于平緩,說明抽樣充分,數(shù)據(jù)可以用于分析。
韋恩圖可以直觀看出不同處理春小麥根系土壤AMF 群落OTU 組成之間的差異及共有物種的情況。圖2 顯示,單作春小麥根系土壤AMF 群落OTU 個數(shù)為13,而間作為10 個。單作模式中,N0特 異 性AMF 群 落OTU 為2 個,占 總OTU 數(shù) 的15.38%,N1 和N3 中特異性O(shè)TU 均為3 個,占比均為23.08%,N2 中特異性O(shè)TU 最少,為1 個,占比7.69%。N0、N1、N2 和N3 共 有 的OTU 數(shù) 量 為2個,占比15.38%。間作模式中,N0 特異性AMF 群落OTU 為1 個,占總OTU 序列數(shù)的10.00%,N2和N3 處理特異性O(shè)TU 均為2 個,占比均為20.00%,N1 沒有特異性O(shè)TU。N0、N1、N2 和N3共有的OTU 數(shù)量為3,占比30.00%。
圖2 不同施氮量和間作處理春小麥根系土壤AMF 韋恩圖Fig.2 Venn graph of AMF community of spring wheat root soil under different nitrogen application rates and intercropping treatments
2.2.1 科水平相對豐度的變化
圖3 為AMF 群落科水平的相對豐度,可以看出,AMF 科水平主要有3 種,相對豐度排名從高到低依次為球囊霉科(Glomeromyceae,95.14%)、原囊霉目未知科(unidentified Archaeosporales sp.,3.47%)和類球囊霉科(Paraglomeraceae,1.39%),分別屬于球囊菌綱(Glomeromycetes)球囊霉目(Glomerales)、原囊菌綱(Archaeosporomycetes)原囊 霉 目(Archaeosporales)和 類 球 囊 菌 綱(Paraglomeromycetes)類球囊霉目(Paraglomerales)。單作中,隨著施氮量增加,球囊霉科的相對豐度增加,至N3 最高,占據(jù)100%豐度。施氮量為N0 時,與其他施氮水平相比,原囊霉目未知科的相對豐度最高;施氮量為N1、N2 時,類球囊霉科的相對豐度最高;施氮量為N3 時,球囊霉科的相對豐度最高。在間作處理中,施氮量增加至N1 處理后,只有球囊霉科1 種。施氮量為N0 時,與其他施氮水平相比,原囊霉目未知科的相對豐度最高;施氮量為N1、N2、N3 時,球囊霉科的相對豐度最高。同樣的施氮水平,N0 處理下,間作明顯提高了原囊霉目未知科的相對豐度,降低了球囊霉科的相對豐度;當施氮量為N1、N2 時,間作處理降低了類球囊霉科的相對豐度,提高了球囊霉科的相對豐度。說明種植方式和氮肥對于AMF 科水平的群落結(jié)構(gòu)均有影響,施氮和間作二者的相互作用明顯降低了科類水平的AMF 群落結(jié)構(gòu)的豐富度,施氮導(dǎo)致AMF 群落豐度低的科水平群落有更替,高氮(N3)處理明顯降低了科類水平AMF 的群落多樣性。
圖3 春小麥根系土壤AMF 群落科水平的相對豐度Fig.3 Relative abundance of AMF community at family level in spring wheat root soils
2.2.2 屬水平的相對豐度變化
圖4 顯示AMF 群落屬水平主要有5 種不同的屬,相對豐度排名由高到低依次為管柄囊霉屬(Funneliformis,51.39%)、未 知 屬(undefined,38.89%)、根孢囊霉屬(Rhizophagus,4.86%)、其他未知原囊霉目類真菌(undefinedArchaeospora-les,3.47%)和類球囊霉屬(Paraglomus,1.38%)。管柄囊霉屬(Funneliformis)和根孢囊霉屬(Rhizophagus)均屬于球囊霉科(Glomeromyceae)。單作模式中,隨著施氮量的增加,未知球囊霉屬的相對豐度增加,在N3 達到43.2%;管柄囊霉屬相對豐度隨著施氮量增加先增加后減少,在N1 時達到最高;根孢囊霉屬相對豐度隨著施氮量的增加呈現(xiàn)先降低再增加趨勢,在N1 時相對豐度為0;其他未知原囊霉目類真菌僅在N0 時出現(xiàn);類球囊霉屬在單作N1、N2 時存在。間作所有施肥處理中,未知球囊霉屬相對豐度隨著施氮量的增加表現(xiàn)為先增加后降低再增加趨勢,在N1 處最高;管柄囊霉屬在N2時相對豐度最大;根孢囊霉屬僅存在于N3 處理下;其他未知原囊霉目類真菌同單作一樣,僅在N0 出現(xiàn)。相同的施氮水平下,N0、N1、N2 水平單作的屬豐度多樣性明顯高于間作,N3 水平二者數(shù)目持平。說明施氮量和種植模式影響植物根系土壤AMF 群落屬水平的多樣性,低氮(N1)與中氮(N2)水平下,間作明顯降低了AMF 群落屬水平的群落多樣性。
圖4 春小麥根系土壤AMF 群落屬水平的相對豐度Fig.4 Relative abundance of AMF community at genus level in spring wheat root soils
2.2.3 種水平的相對豐度及種類變化
種水平AMF 共鑒定出5種,相對豐度由高到低依次為地斗管囊霉(Funneliformis geosporum,51.39%)、球 囊 霉 科 未 知 種(Glomeraceaesp.,38.89%)、根 孢 囊 屬 未 知 種(Rhizophagussp.,4.86%)、原囊霉目未知種(Archaeosporalessp.,3.47%)和隱類球囊霉(Paraglomus laccatum,1.39%)。AMF 種在各處理中出現(xiàn)的頻度如表1 所示,地斗管囊霉和球囊科未知種出現(xiàn)的頻度最高,且所有處理均有出現(xiàn)。根孢囊屬未知種、原囊霉目未知種和隱類球囊霉在各處理的出現(xiàn)頻度不同,單作4 個施肥處理根孢囊屬未知種的出現(xiàn)頻率高于間作;單作與間作N0 處理均有原囊霉目未知種出現(xiàn),但添加氮肥處理后均消失;單作N1 和N2 處理均有隱類球囊霉出現(xiàn),間作4 個施肥處理則未出現(xiàn)。說明施氮處理降低了原囊霉目未知種的相對豐度,間作降低了隱類球囊霉的相對豐度。表明,施氮處理和間作均會影響AMF 的種群分布,從而改變AMF的群落結(jié)構(gòu)和特征,但對主要優(yōu)勢種地斗管囊霉和球囊霉科未知種的相對豐度影響不大。
表1 不同施氮量和間作下春小麥根系土壤AMF 種類分布Table 1 Distribution of arbuscular mycorrhizal fungi in root soil of spring wheat under different nitrogen application rates and intercropping
根據(jù)樣品在數(shù)據(jù)庫中的功能注釋及豐度信息繪制熱圖,并從功能差異層面進行聚類,不同的顏色梯度反映不同處理中物種功能預(yù)測的含量,越接近紅色,含量越高。由圖5 可以看出,單作中,N0 在動物病原體-內(nèi)生菌-附生植物-植物病原-未定義的腐生物(Animal_Pathogen-Endophyte-Epiphyte - Plant_Pathogen - undefined_Saprotroph)菌群上存在優(yōu)勢,N1 在動物病原體-植物病原-土壤腐生菌-未定義的腐生物(Animal_Pathogen - Plant_Pathogen - Soil_Saprotroph - undefined_Saprotroph)菌群上存在優(yōu)勢,N2 在未定義的腐生物(undefined_Saprotroph)、真菌寄生蟲-未定義的腐生物(Fungal_Parasite-undefined_Saprotroph)、動物內(nèi)共生體-未定義的腐生物(Animal_Endosymbiont-undefined_Saprotroph)、植物病原(Plant_Pathogenh)菌群上存在優(yōu)勢,N3 在動物病原體-鎖骨內(nèi)生菌-真菌寄生蟲(Animal_Pathogen-Clavicipitaceous_Endophyte-Fungal_Parasite)、腐生木(Wood_Saprotroph)、動物病原體(Animal_Pathogen)、植物病原-土壤腐生菌- 腐 生 木(Plant_Pathogen - Soil_Saprotroph -Wood_Saprotroph)、腐生類(Saprotrophic)等多種功能菌群上均存在優(yōu)勢。間作模式中,N0 在苔蘚化(Lichenized)、糞腐生物-土壤腐生菌(Dung_Saprotroph-Soil_Saprotroph)菌群上均存在優(yōu)勢,N1在內(nèi)生菌-植物病原(Endophyte-Plant_Pathogen)、糞腐生物-未定義的腐生物-腐生木及其他類型(Dung_Saprotroph-undefined_Saprotroph-Wood_Saprotroph)、其它(Others)、動物病原體-定義的腐生物(Animal_Pathogen-undefined_Saprotroph)功能菌群上均存在優(yōu)勢,N2 在植物病原-腐生木(Plant_Pathogenh-Wood_Saprotroph)菌群上存在優(yōu)勢,N3在地衣寄生蟲-苔蘚化(Lichen_Parasite- Lichenized)菌 群 上 存 在 優(yōu) 勢。SSN1 和SSN0、SIN0 和SIN2、SIN3 和SSN2 分別聚為一類。說明不同施氮量和種植方式對AMF 功能菌群豐度有明顯的影響。
圖5 FunGuild 功能注釋聚類熱圖Fig.5 FunGuild annotation clustering heat map
基于功能注釋的豐度統(tǒng)計結(jié)果進行PCA 降維分析,距離越接近,表示功能組成越相似。圖6 中每個彩色點表示1 個樣本,同一個處理的3 個重復(fù)使用同一種顏色和形狀表示。將同一處理3 個重復(fù)的點連接起來形成1 個三角形,三角形的面積越小,組內(nèi)重復(fù)性越好。紅色的點表示每個處理對應(yīng)的三角形的重心,點與點之間的距離越大,2 成分的組間的差異越大。由圖6 可以看出,主成分1(PC1)與主成分2(PC2)解釋方差分別為18.1%和15.9%,2個主成分累積貢獻率達到34.0%。除SSN3 和SIN1 外,其余處理的距離較聚集,功能組成相似。在單作中,除N3 外,其余施氮量組內(nèi)重復(fù)性強。間作中,隨著施氮量的增加,重復(fù)性先變?nèi)踉僮儚?,除N1 外,其余處理的功能性成分組內(nèi)均較為聚集。同樣的施氮水平下,N1 處理單作的重復(fù)性強于間作,N3 則間作強于單作。說明施氮量和間作對AMF功能性方面存在一定程度上的影響,間作與低氮處理二者的相互作用、單作與高氮處理二者的相互作用均會一定程度改變?nèi)郝涔δ芙M成。
圖6 FunGuild 功能注釋PCA 結(jié)果展示Fig.6 PCA result display of FunGuild function annotation
由于許多AMF 在培養(yǎng)基中不可培養(yǎng),因此鑒定環(huán)境中的AMF 分類群主要依賴于基于DNA 的方法[6]。本研究采用Illumina HiSeq 測序平臺對麥田土壤AMF 測序分析,結(jié)果表明屬于球囊菌門的AMF 科分類水平包括3 種,分別為球囊霉科(Glomeromyceae)、原囊霉目未知科(unidentified Archaeosporales sp.)和類球囊霉科(Paraglomeraceae),分別屬于球囊菌綱(Glomeromycetes)、原囊菌綱(Archaeosporomycetes)和類球囊霉綱(Paraglomeromycetes),這與儲薇等報道AMF 分為3 綱的報道一致[21]。楊文瑩等報道,我國陸地農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)土壤中AMF 種類共有20 屬、125 種,其中以球囊霉屬(Glomus)和無梗囊霉屬(Acaulospora)最多[22]。而本研究中,相對豐度在1%以上的AMF 優(yōu)勢屬為管柄囊霉屬(Funneliformis)、undefined、根孢囊霉屬(Rhizophagus)、其他未知原囊霉目類真菌(undefined-Archaeosporales)和類球囊霉屬(Paraglomus)。雖 然AMF 的 宿 主 特 異 性 較 低[23],但AMF 對宿主植物具有選擇性[24],不同地域與不同植物的AMF 種群有差異,宿主植物的種類影響AMF分布[25],這與宿主植物與AMF 間的親和力有關(guān),二者的相互作用決定親和力和共生體的建立[26],小麥根系通過自身活動改變土壤環(huán)境,進而選擇相應(yīng)的AMF 種群共生。
間作對AMF 有增殖作用,但宿主和鄰近植物對AMF 產(chǎn)生的影響不同[16],AMF 對間作物種也可能表現(xiàn)出不同的反應(yīng),這取決于鄰近效應(yīng)的強弱和土壤環(huán)境的相對變化[27-28]。本研究結(jié)果表明,間作影響小麥根系土壤AMF 群落屬水平的多樣性和種群分布,這可能與間作豌豆和麥田土壤特性有關(guān),豌豆通過增加土壤有機質(zhì)和氮的有效性增加AMF多樣性[29],此外,麥田土壤pH、礦質(zhì)營養(yǎng)等對AMF的生長、發(fā)育、侵染和繁殖均具有重要影響[30]。施氮影響AMF 群落組成,降低AMF 物種群落多樣性[7-10],本研究結(jié)果也表明施氮明顯促進球囊霉科(Glomeromyceae)相對豐度增加。N0 處理下,間作明顯提高了未確定的原囊霉目未知科(unidentified Archaeosporales sp.)的相對豐度,降低了球囊霉科的相對豐度;當施氮量為N1、N2 時,間作處理降低了類球囊霉科的相對豐度,提高了球囊霉科的相對豐度。施氮導(dǎo)致豐度低的AMF 群落更替,高氮(N3)處理明顯降低了科類水平AMF 的群落多樣性,與前人研究結(jié)果一致。說明種植方式和氮肥以及二者的互作對于AMF 科分類水平的群落結(jié)構(gòu)均有影響,施氮和間作二者的相互作用明顯降低了科類水平的AMF 群落結(jié)構(gòu)的豐富度。氮肥對AMF群落的影響可能與土壤磷素有效性有關(guān),在磷含量有限的土壤中,施氮可增加AMF 物種的豐富度和多樣性,但會導(dǎo)致富磷土壤中的AMF 物種減少[7],當土壤有效氮較高時,AMF 利用土壤氮作為自身的營養(yǎng),對碳需求增加,AMF 朝著減少互利共生的方向發(fā)展[7]。
種群的多樣性代表功能的多樣性,AMF 種群高度多樣化導(dǎo)致AMF 群落組成和多樣性對施加氮的敏感性有差異[31],尤其對低水平氮肥的響應(yīng)[7]。施用氮肥直接影響AMF 群落內(nèi)的功能變化,可能減弱植物與AMF 的共生,AMF 功能的變化可歸因于氮肥帶來的AMF 群落組成的變化[7]。FunGuild功能注釋聚類熱圖結(jié)果顯示,SSN1 和SSN0、SIN0和SIN2、SIN3 和SSN2 分別聚為一類,表明AMF功能對土壤氮化學(xué)計量和間作的響應(yīng)不同。因此,需要進一步研究氮和間作在介導(dǎo)植物-AMF 動力學(xué)中的作用,對于全面了解AMF 在農(nóng)業(yè)中的作用具有重要意義。
大 田 春 小 麥 根 系 土 壤AMF 分 為3 綱、3 目、3科、5 屬、5 種。其中科分類水平包括3 種,分別為球囊霉科(Glomeromyceae)、原囊霉目未知科(unidentified Archaeosporales sp.)和 類 球 囊 霉 科(Paraglomeraceae);屬水平為5 種,分別為管柄囊霉屬(Funneliformis)、undefined、根孢囊霉屬(Rhizophagus)、其他未知原囊霉目類真菌(undefined Ar-chaeosporales)和類球囊霉屬(Paraglomus);種類水平分為5 種,分別為地斗管囊霉(Funneliformis geosporum)、球囊霉科未知種(Glomeraceaesp.)、根孢囊屬未知種(Rhizophagussp.)、原囊霉目未知種(Archaeosporalessp.)和隱類球囊霉(Paraglomus laccatum)。施氮有利于球囊霉科(Glomeromyceae)相對豐度的增加,而低氮和中氮條件有利于單作模式類球囊霉科(Paraglomeraceae)相對豐度的增加。未施氮肥條件下,間作有利于原囊霉目未知科(unidentified Archaeosporales sp.)相對豐度的增加。施氮與間作二者的互作有利于球囊霉科(Glomeromyceae)相對豐度的增加。施氮量和間作以及二者的相互作用對AMF 科屬種分類水平的菌群結(jié)構(gòu)以及功能性方面均存在明顯的影響。