醫(yī)學(xué)論文中人類基因符號(hào)及相應(yīng)蛋白符號(hào)的正確書寫

黃靜怡， 曹 靜， 韓 丹， 鄭 芹， 沈志超

(1. 第二軍醫(yī)大學(xué)免疫學(xué)研究所 中國腫瘤生物治療雜志編輯部，上海 200433； 2. 中華醫(yī)學(xué)超聲雜志(電子版)編輯部，北京 100710)

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·科技寫作·

醫(yī)學(xué)論文中人類基因符號(hào)及相應(yīng)蛋白符號(hào)的正確書寫

黃靜怡1， 曹 靜2， 韓 丹1， 鄭 芹1， 沈志超1

(1. 第二軍醫(yī)大學(xué)免疫學(xué)研究所 中國腫瘤生物治療雜志編輯部，上海 200433； 2. 中華醫(yī)學(xué)超聲雜志(電子版)編輯部，北京 100710)

隨著生物醫(yī)學(xué)科技的高速發(fā)展，基因符號(hào)(即基因名稱的縮寫)在生物醫(yī)學(xué)研究論文中使用頻率越來越高，但由于許多作者對(duì)基因命名、書寫規(guī)則缺乏足夠的了解，目前醫(yī)學(xué)論文中基因和蛋白符號(hào)書寫不規(guī)范的現(xiàn)象頻頻出現(xiàn)，如沒寫成斜體、使用希臘字母和羅馬數(shù)字及大小寫混亂等。針對(duì)這些問題，本研究根據(jù)國際人類基因命名委員會(huì)(Human Gene Nomenclature Committee， HGNC)頒布的“人類基因命名指南”(guideline for human gene nomenclature， HGNG)最新版本(2014年2月網(wǎng)絡(luò)版)的內(nèi)容，簡要介紹人類基因及其相應(yīng)蛋白符號(hào)的書寫規(guī)則，對(duì)常見的書寫不規(guī)范現(xiàn)象做出疏理和分析，并提出改進(jìn)意見，以期幫助作者和讀者正確使用基因和蛋白符號(hào)，提高醫(yī)學(xué)論文的規(guī)范化質(zhì)量，促進(jìn)我國醫(yī)學(xué)研究成果的國際交流。

基因名稱； 基因符號(hào)； 蛋白符號(hào)； 醫(yī)學(xué)論文

隨著生物醫(yī)學(xué)科技的高速發(fā)展，基因名稱及其符號(hào)在生物醫(yī)學(xué)論文中出現(xiàn)的頻率越來越高。

基因名稱是基因的全稱，基因名稱的縮寫則是基因符號(hào)?；蚍?hào)與其他科技學(xué)術(shù)名詞和學(xué)術(shù)符號(hào)一樣，具有鮮明的專業(yè)性、規(guī)范性和國際性。在生物醫(yī)學(xué)論文中，只有規(guī)范地使用和書寫基因符號(hào)，才能提高論文規(guī)范化質(zhì)量，促進(jìn)高質(zhì)量的學(xué)術(shù)交流和我國科技創(chuàng)新成果的國際宣傳；對(duì)于學(xué)術(shù)期刊來說，正確使用基因符號(hào)是期刊規(guī)范化建設(shè)的基本要求之一[1-2]。因此，我國廣大生物醫(yī)學(xué)工作者應(yīng)熟悉、掌握和正確使用基因符號(hào)的書寫。

國際上相關(guān)學(xué)術(shù)組織歷來都十分重視基因的命名工作，把該工作視為基因相關(guān)專業(yè)和學(xué)科發(fā)展中重要的基礎(chǔ)性工作[3]。國際人類基因命名委員會(huì)(Human Gene Nomenclature Committee， HGNC)專門負(fù)責(zé)人類基因命名規(guī)則的制定和“人類基因命名指南”(quidelines for human gene nomenclature， HGNG)的發(fā)布。自1979年始，HGNC在Genomics雜志上先后發(fā)布過5個(gè)版本的HGNG[4]；2002年首次發(fā)布了網(wǎng)絡(luò)版HGNG，至2014年2月，該網(wǎng)絡(luò)版共經(jīng)歷了14次修改更新[5]。

面對(duì)當(dāng)前我國醫(yī)學(xué)論文中不規(guī)范書寫基因符號(hào)的現(xiàn)象，根據(jù)HGNG最新網(wǎng)絡(luò)版(http：∥www.genenames.org/quidelines.html)[5]的內(nèi)容，對(duì)人類基因符號(hào)及其相應(yīng)蛋白符號(hào)的書寫規(guī)則作一簡要介紹。

1 人類基因名稱的書寫規(guī)則

1.1 基本原則

基因名稱應(yīng)正體書寫、首字母小寫，但當(dāng)該基因名稱首字母涉及姓名或縮寫或在句首時(shí)應(yīng)大寫。例如，生存素基因應(yīng)寫成survivin；Allan-Herndon-Dudley綜合征基因，其基因名稱為“Allan-Herndon-Dudley syndrome”，基因符號(hào)為AHDS；ATP結(jié)合盒亞家族A1號(hào)成員基因，其名稱為“ATP binding cassette， sub-familly A， member 1”，基因符號(hào)為ABCA1。

1.2 描述、限制性詞寫法

基因名稱中描述性、限制性的形容詞應(yīng)置于名稱主干詞的后面，以逗號(hào)分開。例如可溶性順烏頭酸酶1基因，其基因名稱為“aconitase 1， soluble”，基因符號(hào)為ACO1。

1.3 別名寫法

基因名稱的別名應(yīng)置于該名稱后面的括號(hào)中。例如艾杜糖醛酸2-硫酸酯酶(Hunter綜合征)基因，其基因名稱為“iduronate 2-sulfatase(Hunter syndrome)”，基因符號(hào)為IDS。

1.4 物種名寫法

與其他物種基因同源的人類基因名稱，在需要寫出物種名時(shí)，可將該物種名置于基因名稱后面的括號(hào)中。例如，肌動(dòng)蛋白結(jié)合蛋白基因(小片段同源，果蠅)，其基因名稱為anillin，actin binding protein(scraps homolog， Drosphila)，基因符號(hào)為ANLN。

2 人類基因符號(hào)的命名和書寫總則

2.1 組成和寫法

基因符號(hào)由斜體的大寫拉丁字母和阿拉伯?dāng)?shù)字組成，符號(hào)的第一字符必須是字母，且與基因名稱首字母相同。

2．2 字符單一

基因符號(hào)不含有希臘字母和羅馬數(shù)字。早期命名的基因符號(hào)中的希臘字母應(yīng)轉(zhuǎn)換成對(duì)應(yīng)的拉丁字母，如原在基因符號(hào)前綴上的希臘字母轉(zhuǎn)換成拉丁字母后應(yīng)置于符號(hào)的末尾；早期命名的符號(hào)中的羅馬數(shù)字應(yīng)改為對(duì)應(yīng)的阿拉伯?dāng)?shù)字。

2．3 符號(hào)簡練

基因符號(hào)字符數(shù)一般不超過6個(gè)；基因符號(hào)中無標(biāo)點(diǎn)、不含上下標(biāo)、不含字母“G”(gene)或“H/h”(Human)，也不使用由某些字母或字母組合組成的前綴和后綴。

2．4 內(nèi)涵專一

基因符號(hào)僅表示基因本身的特性，不代表其他擴(kuò)展的信息，例如基因在染色體上的位置、組織特異性和分子大小等。

2．5 符號(hào)唯一

人類基因符號(hào)具有唯一性，它不與已知的其他人類基因符號(hào)重復(fù)，也不涉及其他物種。

3 某些特殊類型基因符號(hào)的書寫細(xì)則

3.1 基因家族符號(hào)

以基因符號(hào)為主干，將家庭成員以單個(gè)大寫字母或阿拉伯?dāng)?shù)字或其兩者的組合置于主干符號(hào)的后面。例如，G蛋白偶聯(lián)受體基因1，2，3，其基因名稱為“G protein-coupled receptor 1，2，3”，基因符號(hào)為GPR1、GPR2、GPR3；細(xì)胞色素P450基因超家族1A1、1A2、2A1、2A2，其基因名稱為“cytochrome P450 superfamily 1A1，1A2，2A1，2A2”，基因符號(hào)應(yīng)寫成CYP1A1、CYP1A2、CYP2A1、CYP2A2。

3．2 等位基因符號(hào)

由原基因突變后產(chǎn)生的等位基因，應(yīng)以少于3個(gè)字符的大寫字母或數(shù)字或其兩者組合來表示，并置于主干基因符號(hào)的后面，中間以“*”相隔。例如，PGM1*1；D3S22*A1。

3．3 序列相似的基因符號(hào)

通過交叉雜交方法或從數(shù)據(jù)庫中找到一新基因，它與某已知基因的序列相似，但暫時(shí)不了解其相關(guān)功能的信息，該新基因?yàn)槟骋阎虻摹靶蛄邢嗨苹颉?。該基因符?hào)可在已知基因符號(hào)的末尾加上“L”。例如，?；被崴饷?基因(aminoacylase 1，ACY1)的相似基因，其相似基因符號(hào)可寫成ACY1L。

3．4 假基因符號(hào)

某些基因與已知功能基因高度同源，但自身既不能轉(zhuǎn)錄又不能翻譯，它們被稱為假基因。假基因符號(hào)可以在已知功能的基因符號(hào)末尾加上序號(hào)和“P”(pseudo)來表示。例如，嗅覺受體家族5亞家族B第12號(hào)假基因，其基因名稱為“olfactory receptor， family 5， subfamily B， memebe 12 pseudogene”，基因符號(hào)為OR5B12P。

3．5 同源基因符號(hào)

(1) 不同脊椎動(dòng)物中的同源基因應(yīng)使用相同的名稱和基因符號(hào)，尤其人類和小鼠間存在著許多同源基因；(2) 當(dāng)有必要說明同源基因的來源物種時(shí)，可將種屬名稱或其縮寫符號(hào)放在括號(hào)中置于基因符號(hào)的前面。例如，起源于人類的同源基因ABCA1，可以寫成(HUMAN)ABCA1；起源于小鼠的同源基因Abca1，可以寫成(MOUSE)Abca1。

3．6 重組基因符號(hào)

(1) 兩個(gè)人類基因通過重組產(chǎn)生一個(gè)融合基因時(shí)，該融合基因符號(hào)應(yīng)把此兩個(gè)(或更多)的基因符號(hào)連起來，但要做一些刪節(jié)。例如，POM121基因和透明帶糖蛋白3(zona pellucida glycoprotein 3，ZP3)基因重組形成的融合基因符號(hào)應(yīng)為POMZP3；(2) 人 類基因或其DNA片段和小鼠DNA片段雜交后產(chǎn)生的重組基因符號(hào)，可在人類基因符號(hào)前加上人類縮寫符號(hào)“H”，再加上由小鼠染色體縮寫符號(hào)“C”和其序號(hào)組成的前綴。例如，人類基因D21S56和小鼠第16號(hào)染色體DNA片段雜交產(chǎn)生的重組基因，其符號(hào)可寫成C16HD21S56。

3．7 癌基因符號(hào)

癌基因分為兩大類，一類存在于逆轉(zhuǎn)錄病毒中的稱為病毒癌基因(viral oncogene， v-onc)，另一類存在于細(xì)胞中的稱為細(xì)胞癌基因(cellular oncogene， c-onc)或原癌基因(proto-oncogene)。過去命名的癌基因符號(hào)在兩類基因符號(hào)的前綴部分分別寫上“v-”或“c-”，而新的命名規(guī)則規(guī)定基因符號(hào)不應(yīng)有前綴，故癌基因符號(hào)中應(yīng)取消這兩個(gè)前綴。

3．8 疾病或癥狀相關(guān)的基因符號(hào)

3．8．1 疾病名稱有關(guān)的基因符號(hào) 臨床疾病相關(guān)基因首次發(fā)現(xiàn)時(shí)，往往以疾病或癥狀名稱命名；但在深入認(rèn)識(shí)了該基因的編碼產(chǎn)物及其功能后，HGNC根據(jù)這些功能特性重新命名其名稱和符號(hào)。最新命名規(guī)則規(guī)定，應(yīng)將確切反映該基因特性的名稱和符號(hào)作為規(guī)范的名稱和符號(hào)。例如，軟骨發(fā)育不全(achondroplasia，又稱致死性侏儒癥)基因的早期命名基因符號(hào)為ACH，后來認(rèn)識(shí)到該基因是成纖維細(xì)胞生長因子受體3(fibroblast growth factor receptor 3)基因，故將該基因符號(hào)正式改為FGFR3。

3．8．2 涉及多個(gè)基因的臨床綜合征有關(guān)的基因符號(hào) 臨床綜合征常涉及某一染色體區(qū)域的多個(gè)基因缺失或重復(fù)，故臨床綜合征相關(guān)基因名稱應(yīng)寫成“綜合征名+染色體區(qū)域(CR)+變異的候選基因序列號(hào)”。例如貓眼綜合征染色體區(qū)域候選基因1，其基因名稱為cat eye syndrome chromosome region， candidate 1，其基因符號(hào)應(yīng)寫為CECR1。

3．9 某些不遵守HGNG規(guī)則的特殊情況

(1) 編碼某些酶蛋白、血漿蛋白和一些特殊蛋白的基因符號(hào)，它們應(yīng)遵照國際生物化學(xué)和分子生物學(xué)聯(lián)盟命名委員會(huì)制定的規(guī)則書寫。例如，葉酸多聚谷氨酸合成酶(folylpolyglutamase)的基因符號(hào)寫成FPGS；血色素alpha1(hemoglobin， alpha 1)的基因符號(hào)應(yīng)寫成HBA1。

(2) HLA的基因符號(hào)遵照WHO命名委員會(huì)關(guān)于HLA系統(tǒng)的命名規(guī)則書寫，免疫球蛋白和T細(xì)胞受體基因符號(hào)遵照國際免疫遺傳學(xué)命名委員會(huì)的規(guī)則書寫。這幾類基因符號(hào)中可以有標(biāo)點(diǎn)符號(hào)。

(3) 出版物基因目錄中的基因符號(hào)不必用斜體。

4 人類基因符號(hào)對(duì)應(yīng)蛋白符號(hào)的書寫規(guī)則

人類基因的表型產(chǎn)物主要是指基因編碼的蛋白，基因符號(hào)和其對(duì)應(yīng)的蛋白符號(hào)兩者的字符組成和大小寫完全相同，不同的是蛋白符號(hào)用正體書寫。例如基因符號(hào)KRT1、TP53、CDKN2A，其對(duì)應(yīng)的蛋白符號(hào)為KRT1、TP53、CDKN2A。

但也有些特殊情況，如等位基因?qū)?yīng)的蛋白符號(hào)，書寫時(shí)應(yīng)去掉基因主干字符和等位基因字符間的“*”號(hào)，留一空隙，例如3.2中介紹的等位基因D3S22*A1，其相對(duì)應(yīng)的蛋白符號(hào)為D3S22 A1。

5 人類與其他常見物種基因與蛋白符號(hào)書寫規(guī)則的區(qū)別

基因符號(hào)及其相應(yīng)蛋白符號(hào)的書寫涉及所有生物物種，品種繁多、數(shù)量浩瀚。早期，各物種基因的命名由多個(gè)國際學(xué)術(shù)組織、各種國際命名小組和某些工作小組各自獨(dú)立進(jìn)行，后來經(jīng)過協(xié)商，各物種基因的命名工作歸由某物種所屬國際學(xué)術(shù)組織中專門的遺傳命名委員會(huì)承擔(dān)[3]。從此，各物種基因的命名工作進(jìn)入了全球化、專業(yè)化和規(guī)范化的發(fā)展階段。

全球各物種基因的命名和書寫，既必須遵循生物遺傳命名普遍性基本規(guī)則，又必須體現(xiàn)各物種相應(yīng)的特性，所以各物種的基因和蛋白符號(hào)既復(fù)雜多樣，又能保持各種基因和蛋白符號(hào)的獨(dú)特性。醫(yī)學(xué)論文中涉及最多的無疑是人類基因符號(hào)，故這里以人RAS基因[該基因與大鼠肉瘤病毒基因(rat sarcoma causing gene，Ras)同源]為例，列出了人類與醫(yī)學(xué)論文中較常見物種基因與蛋白符號(hào)書寫規(guī)則的主要區(qū)別點(diǎn)[3-7]，見表1。

表1 常見物種基因和蛋白符號(hào)書寫規(guī)則的主要區(qū)別點(diǎn)

6 基因及其蛋白符號(hào)書寫不規(guī)范的常見問題

6．1 基因名稱未寫成正體、首字母未寫成小寫

通常情況下醫(yī)學(xué)論文中使用的多為基因符號(hào)，但某些特殊基因，例如survivin、凋亡抑制因子基因livin，由于其名稱很短小，所以沒有縮寫符號(hào)，使用時(shí)直接書寫基因全稱，HGNG要求其正體書寫、首字母小寫。

6．2 基因符號(hào)未斜體書寫

基因符號(hào)應(yīng)以斜體書寫，以便于基因符號(hào)與其對(duì)應(yīng)的蛋白符號(hào)相區(qū)分。如血管內(nèi)皮生長因子(vascular endothelial growth factor)的基因符號(hào)為VEGF，蛋白符號(hào)為VEGF。

6．3 基因符號(hào)中阿拉伯?dāng)?shù)字用正體

構(gòu)成基因符號(hào)的拉丁字母與阿拉伯?dāng)?shù)字作為一個(gè)整體，均應(yīng)斜體書寫。如尾側(cè)同源盒基因CDX2(caudal type homeobox transcription factor 2)，不應(yīng)寫為CDX2。

6．4 基因符號(hào)中出現(xiàn)希臘字母和羅馬數(shù)字

基因符號(hào)中的希臘字母應(yīng)翻譯為拉丁字母，羅馬數(shù)字應(yīng)翻譯為阿拉伯?dāng)?shù)字。如銜接蛋白復(fù)合物2的α亞基(adaptor protein complex 2， alpha subunit)的基因符號(hào)應(yīng)寫為AP-2alpha，而不是AP-2α。

6．5 大小寫混亂

多見于不同物種的同源基因，如在書寫人類基因符號(hào)時(shí)使用了其他低等物種(菌類、大小鼠等)的基因符號(hào)書寫格式。早期對(duì)基因的研究多從菌類和果蠅開始，人們對(duì)菌類和果蠅基因符號(hào)的認(rèn)識(shí)最早，且記憶較為深刻，因而在書寫與其同源的人類基因符號(hào)時(shí)沒有與時(shí)俱進(jìn)，往往會(huì)把菌類基因符號(hào)誤用作人類基因符號(hào)，造成大小寫混亂；同時(shí)，大小鼠基因在醫(yī)學(xué)研究中廣泛應(yīng)用，其與人類的同源基因也最多，故在書寫時(shí)容易發(fā)生大小寫混淆(表1)。如人抑癌基因P53、P16常見寫成p53、p16，人RAS基因?qū)懗蒖as或ras的不規(guī)范形式。

6．6 人類蛋白符號(hào)未全大寫

應(yīng)注意不同物種對(duì)于基因符號(hào)和蛋白符號(hào)書寫的要求，人類蛋白符號(hào)應(yīng)采用全大寫、正體的格式，如人肺耐藥相關(guān)蛋白(lung resistance-related protein)的蛋白符號(hào)應(yīng)寫為LRP，而非Lrp或lrp。

7 常用的基因符號(hào)查詢網(wǎng)站

了解基因符號(hào)的命名和書寫規(guī)則能夠幫助廣大讀者、作者更加高效準(zhǔn)確地進(jìn)行科技論文的閱讀和寫作，提高醫(yī)學(xué)論文的國際規(guī)范水平。但要完全掌握所有基因符號(hào)的命名及書寫規(guī)則顯然是難以做到的，也沒有必要。在使用某個(gè)基因時(shí)，可以利用網(wǎng)絡(luò)工具查詢其規(guī)范的名稱及基因符號(hào)，以下提供2個(gè)權(quán)威網(wǎng)站供作者、讀者查詢： (1) 國際人類基因命名委員會(huì)網(wǎng)站，http：∥www.genenames.org；(2) Entrez Gene網(wǎng)站，http：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/gene[1]。

8 結(jié) 語

本文簡要介紹了人類基因符號(hào)及其相應(yīng)蛋白符號(hào)的書寫規(guī)則，并對(duì)常見基因及其蛋白符號(hào)書寫錯(cuò)誤進(jìn)行分析，以期幫助生物醫(yī)學(xué)論文作者在寫作中正確書寫基因、蛋白符號(hào)，增加論文的科學(xué)性、規(guī)范性、可讀性；也可幫助讀者在閱讀論文過程中快速正確地獲取相關(guān)信息，避免發(fā)生基因和蛋白誤判，有利于科研成果的傳播。同時(shí)，在生物醫(yī)學(xué)科技期刊的編校、出版過程中規(guī)范人類基因和蛋白符號(hào)的書寫規(guī)則，有利于促進(jìn)我國生物醫(yī)學(xué)科技期刊的規(guī)范化建設(shè)，推動(dòng)學(xué)術(shù)期刊的專業(yè)化、國際化發(fā)展。

[1] 劉華，李秀普.Entrez Gene數(shù)據(jù)庫及其基因書寫規(guī)范中的應(yīng)用[J].中國科技期刊研究，2010，21(4)： 539-540.

[2] 張翠英.基因及蛋白質(zhì)符號(hào)的規(guī)范編排[J].編輯學(xué)報(bào)，2004，16(4)： 262-263.DOI： 10.3969/j.issn.1001-4314.2004.04.013.

[3] 王金發(fā)，陳中健，楊琳，等譯.遺傳學(xué)進(jìn)展(英)編輯部.TIG遺傳命名指南[M].北京： 科學(xué)出版社，2002.

[4] 方福德，向若蘭，楊燕麗.如何命名和書寫基因——最新國際人類基因命名和書寫規(guī)則[J].中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報(bào)，2005，27(1)： 128-134.

[5] 方福德.人類基因的命名和書寫[J].基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床，2010，30(10)： 1010.

[6] Wain HW， Bruford EA， Lovering RC， et al. Guidelines for human gene nomenclature[J/OL]. Genomics， 2002，79(4)： 464-470.(2014-02)[2016-04-15]．http：∥www.genenames.org/quidlines.htm.

[7] International committee on standardized genetic nomencluture for mice， Rat genome and nomenclature committee. Guidelines for nomenclature of genes， genetic markers， alleles， and mutations in mouse and rat[EB/OL].(2014-08)[2016-04-15]．http：∥www.informatics.jax.org./mgihome/nomen/gene.shtm.

Correct writing of gene and corresponding protein symbols in medical articles

HUANGJing-yi1，CAOJing2，HANDan1，ZHENGQin1，SHENZhi-chao1

(1. The Editorial Office of Chinese Journal of Cancer Biotherapy， Second Military Medical University， Shanghai 200433， China； 2. Editorial Office of Chinese Journal of Medical Ultrasound(Electronic Edition)， Beijing 100710， China)

The gene and corresponding protein symbols(abbreviations of gene names) are widely used in biomedical research articles， but incorrect writing frequently appears in the literature，e.g. not using italic， using Greek letters and Rome digitals and being inappropriately case-sensitive. This article introduces theGuidelinesforHumanGeneNomenclature(HGNG， online edition， February 2014) of Human Gene Nomenclature Committee(HGNC)， and also analyzes common mistakes appearing in Chinese medical papers and makes suggestions for authors to correctly write the gene and protein names and symbols.

gene name; gene symbol; protein symbol; medical article

10.16118/j.1008-0392.2016.06.025

2016-06-02

中國科協(xié)精品科技期刊工程項(xiàng)目(2015KJQK003-1)

黃靜怡(1987—)，女，中級(jí)編輯，碩士.E-mail： cjcbhjy@126.com

沈志超.E-mail： shen_smmu@163.com

R 735.9

A

1008-0392(2016)06-0126-05