茯苓基因組中MYB轉錄因子基因家族鑒定及表達分析

陳泓宇，董樹廷，郭妙弦，羅紅梅

茯苓基因組中MYB轉錄因子基因家族鑒定及表達分析

陳泓宇，董樹廷，郭妙弦，羅紅梅*

中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)學院 藥用植物研究所，中草藥物質基礎與資源利用教育部重點實驗室，北京 100193

從全基因組水平挖掘茯苓MYB轉錄因子基因家族成員，并分析其在菌絲、菌核等部位及茉莉酸甲酯（methyl jasmonate，MeJA）誘導后菌絲中的表達模式，以期發(fā)現(xiàn)與茯苓發(fā)育及次生代謝物生物合成調控相關的MYB轉錄因子?；谲蜍呋蚪M數(shù)據(jù)，通過序列比對及保守結構域分析挖掘MYB轉錄因子基因，利用ExPASy在線工具預測分析MYB蛋白質理化性質，利用MEGA 7.0軟件構建茯苓MYB蛋白進化樹，利用MEME在線工具分析保守基序，利用Plant CARE進行啟動子區(qū)順式作用元件分析，通過MeJA誘導菌絲并采用qRT-PCR方法檢測基因相對表達量。在茯苓基因組中共鑒定到10個含有特征性保守結構域的MYB轉錄因子，其中4個屬于1R類型，4個屬于2R類型，2個屬于4R類型。進化樹及保守基序顯示，相同進化枝的MYB蛋白所含基序類型相似。啟動子區(qū)預測分析發(fā)現(xiàn)了多類激素及逆境響應順式作用元件?；虮磉_譜分析顯示有2個基因（和）在菌絲中的表達量高于菌核中的表達量，而則是在菌核中表達量相對較高。MeJA誘導后，有3個基因（和）在誘導3 h時表達量明顯上調。從茯苓全基因組中系統(tǒng)鑒定MYB轉錄因子基因家族，為進一步研究基因在調控茯苓發(fā)育及次生代謝物合成方面的生物學功能奠定基礎。

茯苓；MYB轉錄因子；全基因組鑒定；生物信息學分析；基因表達分析

茯苓為多孔菌科真菌茯苓(Schw.) Wolf的干燥菌核，其干燥菌核作為藥食兩用的傳統(tǒng)大宗藥材，在中國有上百年的商業(yè)化種植歷史。在《中國藥典》2020年版記載具有利水滲濕、健脾寧心的功效[1]，國內(nèi)市場年需求量約2萬t，被廣泛應用于中醫(yī)藥、保健食品、洗化用品等領域[2]?，F(xiàn)代研究發(fā)現(xiàn)，茯苓菌核中富含多糖類、氨基酸類、甾醇類、萜類等多種化學成分[3]，具有抗腫瘤、抗炎、免疫調節(jié)等作用[4]。

目前，對茯苓的研究多集中于化學成分、藥理作用、炮制加工、中藥復方等領域[5]。作為一種應用廣泛的藥用真菌，近年來茯苓的次生代謝產(chǎn)物生物合成、能量來源、生長發(fā)育以及轉錄調控機制的研究引起廣泛關注，例如，茯苓三萜合成途徑中的磷酸甲羥戊酸激酶基因（）[6]、鯊烯合酶基因（）[7]、羊毛甾醇合酶基因（）[8]先后被鑒定。Yang等[9]報道山梨醇脫氫酶（SORD）、α-半乳糖苷酶（galA）等是茯苓多糖合成途徑中的關鍵酶。Zhang等[10]對茯苓進行轉錄組分析發(fā)現(xiàn)基因在松木降解和菌核形成過程中發(fā)揮了重要作用。此外，也有研究表明，真菌的形態(tài)發(fā)育與次生代謝物的生物合成通常具有密切關聯(lián)[11]。例如，Velvet復合體和CBC復合體在靈芝發(fā)育與次生代謝轉錄調控中發(fā)揮著重要作用[12]；真菌特異性Zn2Cys6轉錄因子參與調控菌絲分枝生長以及色素合成[13]。目前，茯苓全基因組已測序完成[14]，共鑒定到包括GATA zinc finger、bZIP、MYB等在內(nèi)的307個轉錄因子，為茯苓發(fā)育及次生代謝調控機制的研究提供了候選基因。

MYB轉錄因子是普遍存在于真核生物中的轉錄因子基因家族之一[15]，具有廣泛的生物學功能，在生物體生長發(fā)育、次生代謝、抗病抗逆等過程中發(fā)揮重要作用[16-21]。MYB具有高度保守的DNA結合結構域，該結構域由50～55個堿基組成，含有1～3個不完全重復的R結構，并形成螺旋-轉角-螺旋（helix-turn-helix，HTH）結構，參與轉錄因子與DNA的結合過程[15,22]。根據(jù)MYB結構域的數(shù)量，MYB轉錄因子分為4種類型，即1R-MYB、2R-MYB、3R-MYB和4R-MYB[23]。在植物中，MYB轉錄因子參與黃酮、三萜等物質的合成與調控[24-25]。真菌中的MYB轉錄因子同樣廣泛參與發(fā)育及次生代謝調控等多種生理過程。例如，在構巢曲霉中MYB轉錄因子通過促進分生孢子和無性孢子的產(chǎn)生來調控有性孢子和無性孢子的發(fā)育過程[26]；在禾谷鐮刀菌中系統(tǒng)鑒定了MYB轉錄因子基因家族，并發(fā)現(xiàn)其參與調控次生代謝物合成、環(huán)境脅迫響應以及致病性過程[27]；此外，牛樟芝[28]、金針菇[29]、靈芝[30]、側耳[31]、冬蟲夏草[32]等重要大型真菌MYB轉錄因子基因家族均在全基因組水平得到鑒定，并發(fā)現(xiàn)其在真菌發(fā)育及代謝調控方面發(fā)揮重要作用。但目前，茯苓MYB轉錄因子基因家族鑒定及生物學功能尚未見報道。

本研究在茯苓基因組中系統(tǒng)鑒定了茯苓MYB（PcMYB）轉錄因子基因家族，并對其蛋白理化性質、進化關系、保守基序、啟動子中的順式作用元件等進行預測分析；基于茯苓菌絲和菌核的轉錄組數(shù)據(jù)，分析PcMYB在不同發(fā)育階段中的表達譜；同時檢測了在外源激發(fā)子茉莉酸甲酯（methyl jasmonate，MeJA）誘導下的PcMYB差異表達情況，以期為PcMYB轉錄因子的功能研究奠定基礎。

1 材料與儀器

1.1 材料

茯苓菌株(F. A. Wolf) Ryvarden & Gilb.（菌株編號CGMCC5.78）購自中國普通微生物菌種保藏管理中心（北京），超低溫保存于本實驗室菌種庫，經(jīng)ITS2序列鑒定為茯苓[14]。營養(yǎng)菌絲體于馬鈴薯葡萄糖固體培養(yǎng)基上28 ℃黑暗培養(yǎng)。茯苓全基因組序列、cDNA序列和氨基酸序列均來源于已發(fā)表的茯苓基因組。

1.2 儀器

RNAprep Pure多糖多酚植物總RNA提取試劑盒購自北京天根生化科技有限公司；PrimeScriptTM II 1st strand cDNA Synthesis Kit，TB Green?Premix Ex Taq?購自TaKaRa公司；MeJA購自Sigma公司；其他常規(guī)試劑均為國產(chǎn)分析純。本實驗所用引物由蘇州安升達生物科技有限公司合成。

2 方法

2.1 PcMYB家族基因鑒定

基于茯苓全基因組和轉錄組數(shù)據(jù)（GSA：CRA003688），利用Pfam（http://pfam.xfam.org/ search）工具，以MYB結構域（PF00249）為搜索模型，利用HMM 3.0軟件篩選茯苓中含有該結構域的MYB轉錄因子。進一步利用NCBI數(shù)據(jù)庫的CDD、SMART等在線軟件篩選并確認PcMYB蛋白序列中是否含有SANT結構域。

2.2 PcMYB蛋白特征、保守基序及啟動子順式作用元件分析

利用在線工具ExPASy protparam tool （https:// web.expasy.org/protparam/）分析PcMYB蛋白的理化性質，利用SOPMA軟件（http://npsa- pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html）分析蛋白質的脂肪系數(shù)及二級結構，利用Cell-PLoc 2.0（http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/ Cell- PLoc-2/）預測亞細胞定位情況。利用在線工具MEME（http://meme-suite.org/index.html）對PcMYB蛋白的保守基序（Motif）進行預測，Motif的查找數(shù)量設置為15，其他參數(shù)均設置為默認值。使用TBtools[33]提取ATG上游2000 bp的MYB基因啟動子序列，利用Plant CARE在線網(wǎng)站（http:// bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）分析啟動子區(qū)域順式作用元件。

2.3 PcMYB進化樹構建

使用MEGA 7.0軟件將10條WcMYB蛋白序列與赤芝(Leyss. Ex Fr.)、側耳(Jacq. ex Fr.) P. Kumm.、牛樟芝(M. Zang & C.H. Su) Sheng H. Wu, Ryvarden & T.T. Chang、稻瘟菌Couch.的MYB序列采用鄰接法（neighbor-joining，NJ）構建進化樹，Bootstrap method設置為1000，其余參數(shù)均設置為默認值。

2.4 PcMYB基因在不同部位表達量分析

以茯苓的菌絲、菌核的轉錄組測序（RNA-Seq）數(shù)據(jù)（GSA：CRA003688）為基礎，獲取PcMYB轉錄因子基因表達譜，利用TBtools軟件以FPKM值繪制基因表達量交互熱圖。

2.5 MeJA處理后基因表達量分析

MeJA作為一種信號分子，可以模擬外界環(huán)境刺激，誘導植物的應激化學防御反應以及多種次生代謝物的生物合成。選擇在固體培養(yǎng)基上生長15天的茯苓菌絲體，噴灑濃度為200 μmol/L的MeJA溶液，處理0（對照）、3、6、12 h取樣，檢測基因是否響應MeJA處理。利用RNA提取試劑盒進行總RNA提取，利用反轉錄試劑盒進行cDNA合成。使用CFX96熒光定量PCR儀和實時熒光定量PCR試劑盒進行qRT-PCR實驗。利用DNAMAN軟件設計引物，通過序列比對選擇特異性較高的序列，由蘇州金唯智生物科技有限公司合成，所用引物見表1。根據(jù)此前實驗選擇茯苓中的基因為內(nèi)參[34]，每個樣品設置3個重復。qRT-PCR的體系為：2×SYBR 7.5 μL，上下游引物1 μL，模板1 μL，ddH2O 4.5 μL；PCR反應程序：95 ℃、30 s，95 ℃、10 s，60 ℃、30 s，40個循環(huán)反應，結果采用2–ΔΔCt法進行分析，基因相對表達量利用Graphpad Prism 9.0進行方差分析。

表1 qRT-PCR引物序列

3 結果與分析

3.1 PcMYB轉錄因子鑒定和蛋白理化性質分析

基于茯苓基因組[14]數(shù)據(jù)，通過Pfam注釋篩選到10個包含MYB_DNA_binding的MYB轉錄因子基因家族成員，將其命名為～。這些基因編碼的氨基酸序列長度范圍為371 aa（PcMYB5）～1963 aa（PcMYB8），相對分子質量范圍為40.76（PcMYB5）～217.430（PcMYB8）。PcMYB蛋白的理論等電點值范圍為4.83（PcMYB6）～6.91（PcMYB7）。蛋白質二級結構表示，α-螺旋和無規(guī)卷曲在所有PcMYB蛋白中占主導，其次是延伸鏈和β-轉角。所有蛋白的GRAVY值均為負，說明PcMYB均為親水性蛋白。此外，PcMYB蛋白的脂肪系數(shù)范圍為57.84（PcMYB3）～73.94（PcMYB5），而不穩(wěn)定系數(shù)顯示，所有的PcMYB蛋白具有較高的不穩(wěn)定性（不穩(wěn)定系數(shù)＞40）。亞細胞定位預測結果顯示，有9個PcMYB轉錄因子在細胞核中定位，符合轉錄因子的亞細胞定位特點，僅PcMYB9預測定位在細胞核和細胞質中（表2）。

表2 PcMYB蛋白理化性質預測分析

3.2 PcMYB轉錄因子基因家族的保守結構分析

使用在線工具SMART對PcMYB轉錄因子結構域進行分析，結果顯示在PcMYB基因家族中全部MYB蛋白具有共同的SANT保守結構域，且保守域不只存在于蛋白質序列的N端，而且在蛋白質的中間序列或者C端區(qū)域均有分布（圖1-A）。PcMYB2、PcMYB4、PcMYB5、PcMYB6含有1個SANT結構域，屬于1R類MYB轉錄因子，其中PcMYB2和PcMYB6除SANT結構域外還分別含有HAS和ZnFZZ結構域。PcMYB1、PcMYB3、PcMYB7、PcMYB9含有2個結構域，屬于2R類的MYB轉錄因子。而PcMYB8和PcMYB10含有4個結構域，屬于4R類型。使用WebLogo3對茯苓的1R-MYB和2R-MYB轉錄因子的DNA結合結構域序列進行分析，結果顯示PcMYB轉錄因子的R1、R2結構域中有多個保守的氨基酸殘基（圖1-B），其中色氨酸殘基（W）最為保守。此外，在1R結構域中的甘氨酸（G）、谷氨酸（E）、亮氨酸（L）也相對保守；在2R結構域中異亮氨酸（I）、蘇氨酸（T）等較為保守（圖1-B）。

3.3 PcMYB轉錄因子基序分析及系統(tǒng)進化分析

為了進一步研究PcMYB基因家族各個成員間的進化關系及其進化保守性，本課題組選擇了擔子菌門以及子囊菌門部分已經(jīng)鑒定的真菌MYB基因家族成員與茯苓MYB基因家族的成員進行了進化樹分析。利用MEGA 7.0將茯苓10個MYB轉錄因子與靈芝中的11個MYB蛋白、牛樟芝中的8個MYB蛋白、側耳中的15個MYB蛋白、稻瘟菌中的8個MYB蛋白構建進化樹（圖2）。分析進化樹，發(fā)現(xiàn)茯苓的10個MYB轉錄因子基因家族成員被聚類到不同的進化枝上，表明茯苓的MYB基因家族成員可能具有不同的功能。PcMYB5、PcMYB6、PcMYB7進化關系相對較近。PcMYB1與側耳的PoMYB5、稻瘟菌的MoMYB4聚類到1個進化枝。此外，PcMYB10與PoMYB7、MoMYB1聚類到1個進化枝。

進一步使用MEME Suite進行Motif分析，發(fā)現(xiàn)PcMYB基因家族中PcMYB8、PcMYB10所含的Motif數(shù)目最多為7個，其余包含的Motif數(shù)目為4或5，Motif1、Motif2、Motif3出現(xiàn)的頻率最高。此外，不同真菌中所含基序表現(xiàn)出進化分枝間的特異性，相同進化枝的MYB蛋白序列所含的Motif的類型也較為相似，例如在GlMYB09、AcMYB04、PcMYB7、PoMYB12、PcMYB6這一進化枝中含有相同的Motif2、Motif3和Motif8。PoMYB07、PcMYB10、AcMYB1和GlMYB07這一進化枝中所含的Motif類型與位置也較為一致。

圖1 PcMYB轉錄因子保守結構域(A)及其保守氨基酸殘基(B)

圖2 PcMYB轉錄因子系統(tǒng)進化關系和保守基序

3.4 PcMYB基因啟動子區(qū)順式作用元件分析

為了分析基因潛在的生物學功能，使用Plant CARE工具鑒定了基因起始密碼子（ATG）上游2000 bp區(qū)域中的順式作用元件?；騿幼訁^(qū)中，主要包含生長發(fā)育、植物激素響應和脅迫響應相關的3類順式作用元件。其中CAAT-box在10個基因啟動子中所含數(shù)量最多。除此之外，還含有多種激素響應的順式作用元件：例如MeJA響應的順式作用元件（TGACG-motif/ CGTCA-motif）、脫落酸響應的順式作用元件（ABRE）、水楊酸響應的順式作用元件（as-1）。在、、、基因啟動子中，MeJA響應的順式作用元件數(shù)目較多。在啟動子區(qū)中，脫落酸響應的順式作用元件（ABRE）最多。在脅迫響應的順式作用元件中，發(fā)現(xiàn)10個基因中大多都含有應激響應的順式作用元件（STRE）、參與環(huán)境適應性的MYB元件和MYC元件（圖3）。這些結果表明基因可能在茯苓的非生物脅迫響應和逆境環(huán)境應答中發(fā)揮重要功能。

圖3 PcMYB基因啟動子中多種順式作用元件

3.5 PcMYB基因表達模式分析

基于茯苓基因組及轉錄組數(shù)據(jù)（GSA：CRA003688），根據(jù)10條基因的FPKM值，利用TBtools繪制不同部位的基因表達量熱圖（圖4），結果表明，茯苓中10個MYB轉錄因子基因均在菌絲和菌核中有不同程度的表達，其中、在菌絲和菌核中的表達量顯著高于其他基因的表達量。、在菌核中表達量相對較高；其中，在菌核中表達量明顯高于在菌絲中的表達量；而、在菌絲中表達量顯著高于菌核；另外，其他基因、在菌絲和菌核中的表達量差異不明顯。

圖4 PcMYB基因在菌絲和菌核中的表達量

MeJA作為一種重要的信號分子，參與生物體中多糖、萜類等多種化合物的合成與調控[35]。為研究茯苓中MYB基因是否響應MeJA誘導，本研究利用MeJA處理生長旺盛的茯苓菌絲，結果發(fā)現(xiàn)大多數(shù)基因在處理后的不同時間點響應程度不同（圖5）。其中、、3個基因表達量變化較為明顯。在MeJA處理3 h后表達量升至對照組的1.47倍；在MeJA處理3 h后表達量升至對照組的2.2倍，在MeJA處理12 h后表達量升高至對照組的2.08倍；受MeJA誘導表達量變化最為明顯，在MeJA處理3 h后表達量升高至對照組的2.8倍，在MeJA處理12 h后表達量升高至對照組的3.04倍；而且，這3個基因在系統(tǒng)發(fā)育進化樹中位于同一進化支（圖2），推測它們可能具有相似的功能。此外還發(fā)現(xiàn)，在MeJA處理6 h后，相較于3 h處理，除外的其他基因表達量均下降，但在處理12 h后，它們的表達量又有所上升，顯示出基因對MeJA誘導具有不同的響應模式。

不同小寫字母（a, b, c, d）表示組間差異顯著；相同小寫字母表示組間無顯著差異（P＜0.05）

4 討論

茯苓廣泛分布于世界各地，在中國幾個世紀以來一直用作美食和藥材，其菌核常在針葉樹和硬木樹等宿主的根部附近形成，富含多種化學成分，包括三萜類、二萜類、甾醇類、多糖類，以及氨基酸、脂肪酸、微量元素和揮發(fā)油等[4]。其中，三萜和多糖類化合物為主要的活性成分。研究表明，轉錄因子在真菌菌核發(fā)育與代謝產(chǎn)物調控過程中發(fā)揮主要作用[11]。多種轉錄因子在茯苓基因組中被發(fā)現(xiàn)，但其功能都尚未被鑒定，MYB轉錄因子基因家族是其中重要的一類[14]。

在真菌中僅有少數(shù)物種的基因家族被鑒定，例如，牛樟芝中有9個基因[28]，金針菇中有13個基因[29]，在赤芝中有12個MYB基因[30]。本研究從茯苓全基因組中篩選得到10個PcMYB轉錄因子家族成員，PcMYB數(shù)量與赤芝、牛樟芝等真菌中所鑒定到的基因數(shù)量相近。此前，有研究表明，植物基因家族的大量擴張是由于基因的串聯(lián)復制而導致的[36]，而在赤芝、茯苓等基因組中篩選到較少的基因家族成員，這可能與真菌基因組在進化過程中發(fā)生較少量的串聯(lián)復制有關。除此之外，在植物中，2R（R2R3）-MYB是主要的MYB轉錄因子類型，而在茯苓MYB基因家族中的主要類型為1R-MYB和2R-MYB，這表明可能在真菌中主要發(fā)揮功能的是1R-MYB和2R-MYB 2種類型的MYB轉錄因子。

在進化樹中，10個PcMYB轉錄因子和赤芝、側耳等其他真菌中41個MYB轉錄因子被聚類為13個進化枝。其中，PcMYB4與牛樟芝AcMYB6、側耳PoMYB16聚類到一起且具有相同的保守基序，而AcMYB6可能調控牛樟芝菌絲的生長[28]，從茯苓的基因表達譜中發(fā)現(xiàn)在菌絲和菌核中均表達，在菌絲中的表達量略高于菌核，根據(jù)結構和序列上的高度保守以及類似的表達模式，推測PcMYB4可能也具有類似AcMYB6調控菌絲發(fā)育的功能。另外，在側耳中，、基因在子實體中表達量最高，且受熱脅迫表達量顯著升高[31]，可能與子實體生長和熱脅迫響應相關。而在稻瘟菌細胞壁完整性和抑制幾丁質生物合成方面發(fā)揮重要的作用[37]，進而提升真菌對環(huán)境壓力的應對能力。本研究中的PcMYB1與PoMYB2、PoMYB17、MoMYB8的進化關系較近，且在菌絲和菌核中均有較高水平的表達量，推測PcMYB1在茯苓菌絲、菌核生長發(fā)育與環(huán)境脅迫響應中具有重要作用。另外，和在菌絲中的表達量高于菌核中的表達量，而則是在菌核中的表達量相對較高，這可能暗示這些基因在茯苓菌絲和菌核中發(fā)揮不同功能。在基因啟動子順式作用元件分析中，也同樣發(fā)現(xiàn)基因的啟動子區(qū)富含多種激素和逆境脅迫響應的順式作用元件。這些順式作用元件的類型和數(shù)量可能影響基因的表達水平和生物學功能。在真菌中，有研究表明MeJA可以調控大型真菌靈芝中的三萜類合成途徑，提高靈芝酸含量[38-39]；此外，還有報道稱MeJA可以調節(jié)靈芝菌絲分枝，增加細胞內(nèi)活性氧含量[40]。在本研究中，10條基因啟動子中均存在數(shù)目較多的MeJA響應的順式作用元件。因此，本課題組選用了MeJA對茯苓菌絲進行處理。結果表明，這些基因在MeJA處理下顯示出不同的響應模式，尤其是和在誘導3 h時表達量顯著上調，推測這2個基因可能參與茯苓對外界環(huán)境的化學防御，也可能參與次生代謝途徑的調控。在茯苓轉錄組數(shù)據(jù)中，在菌絲和菌核中的表達量相對較高，但是對于MeJA處理其表達量并未發(fā)現(xiàn)明顯變化，這可能是因為基因不直接響應MeJA信號途徑。

綜上所述，本研究基于茯苓基因組鑒定到10個PcMYB轉錄因子。利用生物信息學分析方法對PcMYB轉錄因子基因家族成員進行預測分析，并通過菌絲、菌核不同部位表達量分析及MeJA誘導表達分析，篩選到可能參與茯苓菌絲或菌核發(fā)育（、和）及MeJA信號響應途徑的候選基因（和），后者還可能參與茯苓次生代謝途徑的調控過程，后續(xù)將進一步對這些基因進行功能驗證，以期為探究茯苓生長發(fā)育與次生代謝物合成調控的分子機制提供研究基礎。

利益沖突 所有作者均聲明不存在利益沖突

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Genome-wide characterization and expression analysis of MYB transcription factor gene family in

CHEN Hong-yu, DONG Shu-ting, GUO Miao-xian, LUO Hong-mei

Engineering Research Center of Chinese Medicine Resource, Ministry of Education, Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College, Beijing 100193, China

To discover the MYB transcription factors which related to the regulation on fungal development and secondary metabolsome in, the MYB transcription factor gene family have been mined and identified in the genome of.. In this study, the expression patterns of these genes in different tissues (sclerotium and mycelium) and the relative expression level in the mycelium after treatment by methyl jasmonate (MeJA) were analyzed.Based on the.genome, the MYB gene were identified by Blast and the identification of the conserved domains. The ExPASy protparam tool was used to predict the physicochemical properties of these MYB proteins. The phylogenetictree was constructed by MEGA7.0 software, and the conserved motifs were identified by MEME method. Plant CARE was used to analyze the-acting elements in the promoter regions of these genes. The relative expression levels of these genes were detected by RT-qPCR method.A total of 10 MYB transcription factors with conserved domains were identified in the.genome, among which, four genes belonged to 1R type and 2R type, respectively, and the remaining two genes belonged to 4R type. The phylogenetic analysis and the conserved motif identification showed that the similar conserved motifs were existed in the MYB proteins belonging to the same evolutionary branch. A large number of-elements related to hormones and stress response have been discovered in the promoter regions of these MYB genes. The gene expressional profiles showed that two genes (and) were more highly expressed in mycelium than that in sclerotium, based on the transcriptome data generated from these two tissues. On the contrary,was expressed more abundantly insclerotium. Furthermore, the expression of、和was up-regulated by MeJA induction for 3 h.The MYB transcription factor gene family of.was systematically identified in.genome in this study. This study provides foundation for further identification of the biological functions ofgenes in regulating the development and secondary metabolite biosynthesis in.

(Schw.) Wolf; MYB transcription factor; gene family; bioinformatics analysis; gene expression profiles

R286.12

A

0253 - 2670(2023)01 - 0245 - 09

10.7501/j.issn.0253-2670.2023.01.026

2022-07-07

國家自然科學基金資助項目（81973422）；中國醫(yī)學科學院醫(yī)學與健康科技創(chuàng)新工程（2021-I2M-1-071）

陳泓宇，碩士研究生，主要從事藥用植物和藥用真菌次生代謝研究。Tel: 18600286727 E-mail: chenhongyu@implad.ac.cn

通信作者：羅紅梅，研究員，研究方向為藥用植物次生代謝途徑解析。Tel: (010)57833116 E-mail: hmluo@implad.ac.cn

[責任編輯 時圣明]