高通量測序診斷鸚鵡熱衣原體肺炎六例并文獻復習

任陽 沈一丹 王梅 王雷 李鋒，2

鸚鵡熱衣原體是一種胞內(nèi)寄生的革蘭陰性病原體，生物學特性介于細菌與病毒之間，也是一種動物傳染性細菌，具有宿主廣泛和傳播途徑復雜等特點[1]。其在全球許多國家和地區(qū)都有發(fā)現(xiàn)，鳥類、家禽、家畜及野生動物均可感染，經(jīng)氣溶膠吸入或密切接觸可發(fā)生人畜傳染，具有很強致病性，臨床癥狀多樣，不具有特異性。病原菌經(jīng)肺吸入后，首先入血在肝脾單核巨噬細胞系統(tǒng)內(nèi)增殖，再血行播散至全身器官，表現(xiàn)為肺、肝、脾、腎臟及中樞神經(jīng)系統(tǒng)累及，可引起非典型性肺炎、敗血癥、心內(nèi)膜炎和腦膜炎等[2]，臨床癥狀變異較大，可以長期無癥狀，或以肺部受累為主要表現(xiàn)。肺部受累有時也可僅表現(xiàn)為不明原因發(fā)熱，更甚者出現(xiàn)呼吸窘迫和呼吸衰竭，因而臨床快速確診對指導治療具有重要意義。

目前，鸚鵡熱衣原體檢測方法有以下幾種：病原分離鑒定、免疫熒光法、間接血凝抑制試驗、補體結(jié)合試驗、酶聯(lián)免疫吸附試驗、常規(guī)PCR，以及熒光定量PCR等[3]。高通量測序(high-throughput sequencing)又名下一代測序(next generation sequencing，NGS)，是一種新型的微生物檢測技術，具有通量高和成本低的特點。其通過序列比對能夠快速、準確地鑒定出微生物種屬特點，廣泛應用于宏基因組檢測未知病原的研究領域[4]。筆者對6例鸚鵡熱衣原體肺炎患者肺泡灌洗液送檢NGS，以快速診斷，并為臨床抗感染治療提供了明確方向，最終患者均獲得良好轉(zhuǎn)歸，現(xiàn)報道如下。

臨床資料

一、病史資料

例1患者，男，60歲，因“間斷發(fā)熱3 d”于2020年12月30日收治入院?；颊? d前受涼后出現(xiàn)咳嗽、咳痰，病程初期主要表現(xiàn)為白痰，體溫最高38.5 ℃。外院予以對癥治療(具體用藥不詳)，癥狀不能緩解，進一步加重，表現(xiàn)為咳黃痰，量多，伴活動耐量下降、喘息、氣短，體溫達39 ℃，發(fā)熱時伴肌肉酸痛，遂于我院門診就診。胸部CT掃描提示右肺大片滲出斑片影，白細胞計數(shù)、C反應蛋白(C-reactive protein，CRP)、降鈣素原(procalcitonin，PCT)明顯升高。起病以來，患者精神略差，胃納略差。入院后積極完善支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液行宏基因組二代測序(mNGS)，先后使用利奈唑胺、莫西沙星、替加環(huán)素、多西環(huán)素抗感染治療2周，癥狀緩解；復查胸部CT掃描，顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

例2患者，男，42歲，因“反復發(fā)熱1周，咳嗽咳痰4 d”于2021年1月11日收治入院。患者1周前無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱，體溫最高39.8 ℃，伴畏寒，4 d前出現(xiàn)咳嗽、咳痰，黃色黏痰，伴頭痛、流涕，無明顯胸悶氣急。于外院予莫西沙星聯(lián)合頭孢米諾抗感染，奧司他韋抗病毒及化痰等對癥治療?；颊哂?021年1月11日凌晨3時出現(xiàn)頭痛，后出現(xiàn)煩躁，意識障礙，急行頭顱MRI未見明顯異常。后患者意識轉(zhuǎn)清，對答切題。復查炎癥指標較前降低，胸部CT掃描顯示左下肺炎癥較前加重，左側(cè)胸腔積液較前增多；入院后征得家屬及患者本人同意排除禁忌后積極完善支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液行mNGS，繼續(xù)予以莫西沙星抗感染治療10 d，癥狀緩解；復查胸部CT掃描，顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

例3患者，男，69歲，因“發(fā)熱、咳嗽1周”于2020年12月 2日收治入院?；颊?周前無明確誘因出現(xiàn)畏寒、發(fā)熱，體溫高達39.8 ℃，伴有咳嗽，咳痰，痰少不易咳出；有惡心，嘔吐胃內(nèi)容物。于外院行胸部CT掃描，提示左肺炎癥，給予莫西沙星抗感染治療后仍有反復發(fā)熱，出現(xiàn)痰中帶血。2020年12月2日于我院復查胸部CT掃描，提示左肺病灶較前增大。起病以來，患者精神略差，胃納略差，不易入睡，入院后積極完善支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予以莫西沙星、比阿培南、阿奇霉素抗感染治療，癥狀好轉(zhuǎn)；復查胸部CT掃描，顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

例4患者，女，69歲，因“間斷發(fā)熱6 d”于2022年1月9日收治入院?；颊? d前無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱，伴食欲下降、惡心、厭油，畏寒、寒顫、出汗，伴有乏力，未監(jiān)測體溫，無腹痛腹瀉，無明顯咳嗽咳痰，未予以重視。病程中患者納差、乏力癥狀加重，遂于外院就診。經(jīng)查血生化指標存在肝功能異常，遂于我院肝病科進一步診治。起病以來，患者急性病面容，精神萎靡，呼吸急促，左肺可聞及濕啰音，入院后監(jiān)測體溫達39.5～40.2 ℃，伴畏寒寒顫，炎癥指標升高，胸部CT掃描提示肺部感染性病變，遂轉(zhuǎn)至呼吸科繼續(xù)住院治療。經(jīng)積極完善支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予以美羅培南、莫西沙星、多西環(huán)素抗感染治療，癥狀好轉(zhuǎn)；復查胸部CT掃描，顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

例5患者，女，56歲，因“反復高熱伴咳嗽咳痰2周余”于2021年12月29日收治入院?；颊?周前無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱，體溫最高40 ℃，伴咳嗽，咳黃痰，偶有胸悶氣促，無胸痛、咯血，無腹痛、腹瀉。外院查血常規(guī)顯示白細胞計數(shù)為12.7×109/L、中性粒細胞百分比為86%、CRP為79.4 mg/L；新型冠狀病毒核酸檢測陰性；胸部CT掃描顯示右肺下葉團片狀影；考慮肺部感染，予頭孢噻肟抗感染及對癥支持治療。2021年12月14日復查胸部CT，顯示右肺下葉病灶較前明顯增大。2021年12月15日行支氣管鏡檢查，見右下葉氣管黏膜炎性改變；肺泡灌洗液mNGS檢出鸚鵡熱衣原體；改予莫西沙星抗感染治療。2021年12月24日復查胸部CT，顯示左肺上葉及右肺多發(fā)感染，較前部分吸收，部分新發(fā)。住院期間患者反復高熱伴咳嗽，咳黃痰，無明顯緩解。2021年12月27日加用亞胺培南-西司他丁抗感染治療，效果欠佳，遂于我院進一步診治。起病以來，患者精神萎靡，納差，乏力，入院經(jīng)積極完善支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予以高流量吸氧，以及美羅培南、莫西沙星、多西環(huán)素、伏立康唑抗感染治療，癥狀好轉(zhuǎn)；復查胸部CT掃描，顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

例6患者，男，63歲，因“反應遲鈍伴行走不穩(wěn)4 d余”于2021年12月27日收治入院。患者4 d前無明顯誘因出現(xiàn)反應遲鈍，答非所問，伴行走不穩(wěn)，持物不穩(wěn)，肢體無力；偶有發(fā)熱，體溫39.2 ℃，肢體抖動，頭暈不適；言語較少，不愛活動，食欲較差，夜間睡眠較差，夢魘明顯；無黑蒙暈厥，無言語含糊，無飲水嗆咳，無肢體麻木，癥狀持續(xù)未見好轉(zhuǎn)，遂于我院神經(jīng)內(nèi)科門診就診。起病以來，患者精神萎靡，呼吸急促，嗜睡。入院后患者仍有發(fā)熱，體溫高達40.2 ℃，心率波動在110～120次/min，呼吸頻率為20～28次/min；血氣分析提示氧合指數(shù)下降達急性呼吸窘迫綜合征，符合全身炎癥反應綜合征表現(xiàn)；完善胸部CT掃描，提示肺部感染性病變；遂轉(zhuǎn)至呼吸科進一步治療。經(jīng)完善支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予高流量吸氧，西維來司他鈉抗炎，美羅培南和莫西沙星抗感染治療3周，癥狀好轉(zhuǎn)；復查胸部CT掃描，顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

上述6例患者入院時情況、流行病學史及既往史具體見表1。

表1 六例患者臨床特征及治療轉(zhuǎn)歸情況

二、臨床檢查結(jié)果

6例患者中有4例于我院就診時均已在院外進行廣譜抗生素治療，其中，病例2和病例3癥狀反復已超過1周，病例5癥狀反復外院已治療2周，但仍存在癥狀緩解不明顯、胸部CT掃描顯示肺部病灶進展。入院完善流感病毒抗原檢測、隱球菌抗原檢測、自身抗體譜檢測、抗核抗體譜檢測、體液免疫檢測、結(jié)核分枝桿菌涂片及培養(yǎng)、結(jié)核感染T細胞檢測、血培養(yǎng)、尿培養(yǎng)，均未見明顯異常；完善腹部及心臟彩色多普勒超聲檢查，未見膿腫及心臟贅生物等。6例患者血常規(guī)、凝血功能、肝腎功能等檢查部分指標結(jié)果見表2。5例患者白細胞計數(shù)正常，1例患者白細胞計數(shù)稍升高，中性粒細胞計數(shù)、CRP、PCT、Fg、D-二聚體等指標均有升高，CD4細胞計數(shù)有輕度下降。病例1、病例5和病例6氣短癥狀明顯，據(jù)血氣分析計算氧合指數(shù)有所下降，遂予以高流量改善氧合指數(shù)。

表2 六例患者實驗室相關檢查結(jié)果

三、肺泡灌洗液mNGS結(jié)果

6例患者行支氣管鏡檢查，肺泡灌洗液(送至南京諾微因生物)行mNGS，結(jié)果回報均為鸚鵡熱衣原體(表3)。病例1、病例2和病例3雖然序列數(shù)不高，考慮到NGS對于胞內(nèi)菌和后壁微生物檢出率低，以及NGS檢測存在較高敏感度及特異度，同時結(jié)合臨床癥狀及影像學表現(xiàn)，需要考慮其為致病病原體可能。

表3 六例患者肺泡灌洗液行宏基因組二代測序結(jié)果

四、胸部CT影像學表現(xiàn)

鸚鵡熱衣原體肺炎與衣原體肺炎影像學有相似之處，胸部CT掃描常表現(xiàn)為單側(cè)病變，輕者以磨玻璃影為主，重者可出現(xiàn)大片實變，多葉段表現(xiàn)；可見支氣管充氣征及囊性改變，也可合并少許胸腔積液；有部分病例出現(xiàn)粟粒樣播散灶及引流區(qū)域淋巴結(jié)腫大等表現(xiàn)；病灶恢復期可出現(xiàn)纖維條索影等。鸚鵡熱衣原體肺炎影像學表現(xiàn)雖無明顯特異性，但仍有一些特點，比如：實變趨向于肺野外側(cè)(靠近胸膜)更嚴重；胸腔積液量一般較少；即使是危重癥也極少出現(xiàn)空洞。典型影像學表現(xiàn)見圖1～6。

圖1～6 鸚鵡熱衣原體肺炎患者發(fā)病時及治療2周后胸部CT掃描影像學表現(xiàn)。圖1為60歲男性患者，因“間斷發(fā)熱3 d”收治入院，胸部CT掃描可見右肺大片滲出斑片影。圖2為56歲女性患者，因“反復高熱伴咳嗽咳痰2周余”收治入院，胸部CT掃描可見左肺上葉及右肺多發(fā)感染。 圖3為63歲男性患者，因“反應遲鈍伴行走不穩(wěn)4 d余”收治入院，胸部CT掃描可見兩肺上葉及左肺下葉彌漫感染， 雙側(cè)少量新發(fā)胸腔積液。 圖4為圖1患者，經(jīng)治療2周后，胸部CT掃描可見右肺多發(fā)炎癥，雙側(cè)少量胸腔積液，較前稍好轉(zhuǎn)。圖5為圖2患者，經(jīng)治療2周后，胸部CT掃描可見兩肺多發(fā)感染，縱隔多發(fā)稍大淋巴結(jié)，對比前片病灶部分吸收。圖6為圖3患者，經(jīng)治療2周后，胸部CT掃描可見兩肺上葉及左肺下葉彌漫感染，雙側(cè)少量胸腔積液，較前好轉(zhuǎn)

五、治療轉(zhuǎn)歸及隨訪

6例患者起病后先后使用多種廣譜抗生素抗感染治療，患者在mNGS結(jié)果回報后均調(diào)整使用大環(huán)內(nèi)酯類抗生素繼續(xù)抗感染治療。治療14 d后復查胸部CT掃描，均顯示肺部病灶明顯好轉(zhuǎn)，轉(zhuǎn)歸良好。后期隨訪過程中未出現(xiàn)復發(fā)病例。病例4、病例5、病例6針對肺部病變，行肺組織穿刺活檢術，病理檢查提示慢性炎癥，為均一的間質(zhì)性纖維化，符合慢性非特異性間質(zhì)性肺炎，其中，病例6后續(xù)繼續(xù)予以糖皮質(zhì)激素治療，其他患者復查胸部CT掃描，顯示好轉(zhuǎn)后終止相關治療。

討 論

鸚鵡熱衣原體肺炎屬于社區(qū)獲得性肺炎的一種，通過呼吸道衣原體感染主要侵入上皮細胞、分泌多種細胞因子和趨化因子誘導中性粒細胞、單核細胞、樹突狀細胞聚集參與免疫應答[5]。其原體在細胞外，有感染性而無代謝活性，在宿主細胞外只能短時存活，網(wǎng)狀體在細胞內(nèi)有代謝活性而無感染性。衣原體可通過原體與網(wǎng)狀體間的相互轉(zhuǎn)化延續(xù)感染周期，并長期寄生于宿主體內(nèi)，引起持續(xù)性感染。臨床表現(xiàn)缺乏特異性，與其他非典型肺炎不易區(qū)分，了解患者是否接觸過鳥類、家禽也是至關重要的一點。多數(shù)患者起病表現(xiàn)為高熱、寒顫、干咳，隨著病情進展出現(xiàn)活動耐量下降，呼吸困難，常規(guī)抗感染治療效果欠佳。由于衣原體培養(yǎng)要求高，一般實驗室難以做到，因此，常規(guī)不開展相關檢測[6]；同時，又因為常用診斷方法敏感度和特異度的不同，所以鸚鵡熱準確的發(fā)病率和患病率難以確定。通常發(fā)現(xiàn)時患者胸部CT掃描已出現(xiàn)磨玻璃影，更甚者表現(xiàn)為大片實性改變。結(jié)合既往大量臨床數(shù)據(jù)研究發(fā)現(xiàn)，肺部影像學多數(shù)可出現(xiàn)氣腔實變、磨玻璃影、網(wǎng)格狀影、大片實變、多葉段表現(xiàn)，可見支氣管充氣征及囊性改變，也可合并少量胸腔積液。有部分病例出現(xiàn)粟粒樣播散病灶及引流區(qū)域淋巴結(jié)腫大等表現(xiàn)，有時多種形態(tài)并存，提示本病從細支氣管逐步發(fā)展到周圍肺小葉互相重疊的病理過程；病灶恢復期可出現(xiàn)纖維條索影等。

近年來，鸚鵡熱衣原體的診斷需要依靠以下至少1種檢測：(1)呼吸道標本分離到鸚鵡熱衣原體[7]；(2)補體結(jié)合實驗或微量免疫熒光法(micro-immunofluorescence，MIF)檢測雙份血清抗體滴度增加4倍或以上；MIF法檢測到鸚鵡熱衣原體的IgM≥1∶16[8]；(3)mNGS不依賴傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng)，直接對臨床樣本中核酸進行高通量測序[9]，再與數(shù)據(jù)庫鸚鵡熱衣原體常見15種基因型，包括A-G、WC、E/B、M56、MatⅠ16、CPX0308、6N、1V、Daruma-1981和R54型等，進行比對分析，能更快速、客觀檢測樣本的病原微生物，且無須特異性擴增，尤其適用于急危重癥和疑難感染的診斷?？紤]到NGS對于胞內(nèi)菌和厚壁微生物檢出率低，因此，NGS中該類微生物即使序列數(shù)不高，也要考慮為致病病原體的可能，尤其是當樣本類型為外周血和支氣管肺泡灌洗液等無菌體液時[10]。鸚鵡熱衣原體肺炎存在一定的檢測局限性，臨床表現(xiàn)各異、無明顯特異性，早期治療效果通常較差；若能在疾病早期明確病原學依據(jù)，對早期治療提供有意義的治療策略，對改善患者疾病預后及縮短病程有一定的意義。近年來，依靠NGS明確病原學為臨床診斷及治療提供依據(jù)尤為重要。

鸚鵡熱衣原體感染治療主要基于細胞內(nèi)活性、藥代動力學及臨床試驗的證據(jù)。目前認為鸚鵡熱衣原體肺炎治療的一線藥物選擇為四環(huán)素類藥物，國內(nèi)尚無關于鸚鵡熱衣原體體外藥物敏感性試驗的數(shù)據(jù)，根據(jù)臨床分離出的沙眼衣原體及肺炎衣原體的相關數(shù)據(jù)，提示目前從生殖系統(tǒng)樣本分離出的沙眼衣原體對四環(huán)素類藥物耐藥率較高，從呼吸道樣本分離出的肺炎衣原體對大環(huán)內(nèi)酯類藥物耐藥率較高[11]。因此，臨床多選用氟喹諾酮類藥物。臨床上藥物治療起效較慢，發(fā)熱等癥狀一般需48～72 h方可控制，重癥患者的療程可延長至10～14 d，短于該療程可能導致復發(fā)。

鸚鵡熱衣原體肺炎為鸚鵡熱衣原體引起的急性傳染性疾病，臨床不常見，有接觸鳥類病史和廣譜抗生素治療肺部病灶不吸收的特點，在新型冠狀病毒肺炎大流行期間如出現(xiàn)聚集病例，也應與其進行鑒別。首先，鸚鵡熱可能會在人與人之間傳播，但很少見，大多為環(huán)境致病，其許多檢查結(jié)果與新型冠狀病毒肺炎患者相似，存在肺部磨玻璃影、短期可出現(xiàn)大量滲出、肺部實性改變，均可進展為重癥肺炎。值得注意的是，有研究報道鸚鵡熱衣原體肺炎患者的外周血淋巴細胞計數(shù)和百分比始終在參考范圍內(nèi)，沒有低淋巴細胞血癥，不同于新型冠狀病毒肺炎常見的下降，這在臨床鑒別診斷中具有重要價值[12]。

本次報道的6例患者均出現(xiàn)非特異性癥狀(如高熱、咳嗽、不同程度的氣促)，外院廣譜抗生素治療癥狀不緩解，影像學表現(xiàn)進一步進展；臨床生化指標中基本都有白細胞計數(shù)及PCT大致正常，淋巴細胞和CD4+T淋巴細胞計數(shù)下降，患者的免疫受損狀態(tài)進一步加速了病情進展，CRP明顯升高，同時存在半數(shù)以上患者有肝功能損傷，以及低鈉、低鉀、低鈣等電解質(zhì)紊亂情況，需要注意有些病例有肺外臟器受損表現(xiàn)。其中，病例2及病例3均有鳥類接觸史，病例2種植果園，地面有大量的鳥類糞便，病例3家中飼養(yǎng)鴿子。鸚鵡熱衣原體的天然宿主主要是鳥類，尤其是鸚鵡和鴿子等，結(jié)合患者的白細胞計數(shù)不高及CRP明顯升高，影像學的實變等特點，需要高度懷疑鸚鵡熱衣原體肺炎可能，最終通過肺泡灌洗液行mNGS明確病原微生物而得以確診。同時，6例患者均使用過莫西沙星。病例1當體溫及癥狀出現(xiàn)好轉(zhuǎn)后，影像學表現(xiàn)反而出現(xiàn)明顯進展，為安全起見，更換了抗感染藥物。病例2及病例3于院外均已使用過莫西沙星，療效不好前來就診，當通過mNGS確診后再次使用莫西沙星治療。病例2和病例6以神經(jīng)系統(tǒng)表現(xiàn)為首發(fā)癥狀，病原體直接侵犯中樞神經(jīng)系統(tǒng)，自身免疫功能紊亂，其自身免疫功能紊亂可能參與了中樞神經(jīng)系統(tǒng)病變過程，目前發(fā)病機制不明確[13]；經(jīng)抗感染治療有效后神經(jīng)系統(tǒng)癥狀得到可逆性改善。病例1、病例5及病例6在此次感染過程中出現(xiàn)重癥肺炎表現(xiàn)，氧合指數(shù)下降，予以高流量吸氧改善氧合指數(shù)，在予以莫西沙星抗感染治療的同時，血PCT升高，需警惕合并其他病原體感染的可能，遂經(jīng)驗性加用碳青霉烯類藥物治療，待肺泡灌洗液mNGS結(jié)果回報明確診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎后停用碳青霉烯類，但繼續(xù)多西環(huán)素聯(lián)合莫西沙星抗感染治療。病例5為院外廣譜抗感染治療2周，但癥狀緩解不明顯再次于我院就診。起初予以莫西沙星等廣譜抗生素抗感染治療效果欠佳，疾病發(fā)展至重癥肺炎，氧合指數(shù)下降，病程中復查患者胸部CT，發(fā)現(xiàn)患者存在兩側(cè)肺部感染性病變，這一點與常見鸚鵡熱衣原體肺炎肺部影像學表現(xiàn)有所不同，但經(jīng)多西環(huán)素聯(lián)合莫西沙星繼續(xù)抗感染治療后肺部病灶均較前吸收。在診治過程中，病例4、病例5及病例6分別行CT引導下肺穿刺活檢術，病理結(jié)果回報考慮非特異性間質(zhì)性肺炎，遂考慮感染后機化性肺炎。病例6肺部影像學顯示吸收不理想，遂院外繼續(xù)予以糖皮質(zhì)激素口服治療；病例4和病例5未做特殊干預治療。本次報道的6例患者最終均取得了較好的治療效果，但如何評價病程中的影像學變化及藥物治療的作用需進一步探索，同時，需警惕疾病進展為重癥及多臟器功能障礙者。早期、及時、足療程干預非常重要，在患者臨床癥狀改善，但影像學檢查顯示病灶吸收不理想時可考慮行肺穿刺活檢術，以進一步明確病理變化，為下一步治療提供依據(jù)，并對于預后轉(zhuǎn)歸判斷給出提示。

利益沖突所有作者均聲明不存在利益沖突

作者貢獻任陽：采集數(shù)據(jù)、起草文章；沈一丹：采集數(shù)據(jù)、分析/解釋數(shù)據(jù)、指導；王梅：分析/解釋數(shù)據(jù)、對文章的知識性內(nèi)容作批評性審閱；王雷：實施研究、采集數(shù)據(jù)；李鋒：醞釀和設計實驗、分析/解釋數(shù)據(jù)、對文章的知識性內(nèi)容作批評性審閱、獲取研究經(jīng)費、指導、支持性貢獻