馬寒素 陳韻 劉玉琛 曾樂立 許宇智 方爍 陳昱 潘逸航
中山大學(xué)附屬第七醫(yī)院精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心(廣東深圳 518107)
癌癥是全球范圍內(nèi)人類死亡的第二大原因,晚期、轉(zhuǎn)移型及復(fù)發(fā)型癌癥的藥物敏感及耐藥問題使得癌癥治療成功率非常低[1-3],亟需運(yùn)用預(yù)后標(biāo)志物進(jìn)行精細(xì)的分子分型并開發(fā)整合治療方案以實(shí)現(xiàn)癌癥的精準(zhǔn)治療。因此,深入挖掘更加精準(zhǔn)、有效的臨床分子分型和預(yù)后預(yù)測標(biāo)志物具有非常重要的現(xiàn)實(shí)意義。泛癌分析是指通過對各種類型癌癥中轉(zhuǎn)錄本表達(dá)、蛋白表達(dá)、基因變異、基因拷貝數(shù)變化以及甲基化等表觀遺傳學(xué)修飾變化展開多組學(xué)分析,旨在闡明癌癥的共同特征、探索異質(zhì)性的產(chǎn)生機(jī)制不同癌癥中發(fā)生發(fā)展及構(gòu)建分子分型體系[4-5],對全面了解癌癥發(fā)生發(fā)展的機(jī)制以及指導(dǎo)臨床治療具有重要的作用和意義。
FAAH 基因編碼的脂肪酸酰胺水解酶(fatty acid amide hydrolase,F(xiàn)AAH)是一類能夠水解生物活性信號分子脂肪酸酰胺(FAAs),進(jìn)而終止信號傳導(dǎo)的膜結(jié)合型絲氨酸水解酶[6]。該酶屬于絲氨酸水解酶家族,參與調(diào)節(jié)多種內(nèi)源性大麻素與各種疾病相關(guān)的功能,包括疼痛、炎癥、神經(jīng)退行性變、抑郁、焦慮等因素[6]。目前,關(guān)于FAAH 的研究主要集中于應(yīng)用FAAH 抑制劑如URB597、JZL195、JNJ-1661010、PF-04457845 等提高人體內(nèi)內(nèi)源性大麻素水平以治療疼痛、炎癥和情緒障礙等多種疾?。?-10]。盡管FAAH 的抑制劑已經(jīng)廣泛應(yīng)用,但是FAAH 基因在癌癥中的表達(dá)、作用、生存預(yù)后相關(guān)性及免疫微環(huán)境調(diào)節(jié)等方面能尚不明確。
因此,本研究擬利用TCGA 癌癥數(shù)據(jù)庫聯(lián)合GTEx 正常組織數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄組及生存預(yù)后數(shù)據(jù),運(yùn)用生物信息學(xué)分析方法,探究FAAH 在人類癌癥中的表達(dá)譜及其與癌癥預(yù)后的關(guān)系。此外,運(yùn)用CIBERSORT 算法和Pearson 相關(guān)性分析FAAH 表達(dá)與腫瘤免疫微環(huán)境之間的關(guān)系,為進(jìn)一步明確FAAH 作為預(yù)后標(biāo)志物及治療靶點(diǎn)提供理論依據(jù)。
1.1 資料來源 本研究使用加州大學(xué)圣克魯茲分校(UCSC)癌癥基因組數(shù)據(jù)網(wǎng)站(https://tcga.xenahubs.net,2021年9月訪問)獲得了TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)中33 種癌癥11 160 例癌癥患者的癌和非癌樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集以及相應(yīng)的臨床病理數(shù)據(jù),同時(shí)結(jié)合GTEx(Genotype-Tissue Expression)數(shù)據(jù)庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)生前健康的人體各器官組織尸檢樣本RNA 測序數(shù)據(jù)集。(1)TCGA數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集包括:腎上腺皮質(zhì)癌(ACC)92 例,膀胱移行細(xì)胞癌(BLCA)412 例,浸潤性乳腺癌(BRCA)1 097例,宮頸鱗狀細(xì)胞癌(CESC)307例,膽管癌(CHOL)45 例,結(jié)腸癌(COAD)459 例,彌漫性大B 細(xì)胞淋巴瘤(DLBC)48 例,食管癌(ESCA)185 例,多形性成膠質(zhì)細(xì)胞瘤(GBM)596 例,頭頸部鱗狀細(xì)胞癌(HNSC)528 例,腎嫌色細(xì)胞癌(KICH)113 例,腎透明細(xì)胞癌(KIRC)537 例,腎乳頭狀細(xì)胞癌(KIRP)291 例,急性髓性白血?。↙AML)200例,腦低級別膠質(zhì)瘤(LGG)515 例,肝臟肝細(xì)胞癌(LIHC)377 例,肺腺癌(LUAD)522 例,肺鱗狀細(xì)胞癌(LUSC)504 例,間皮瘤(MESO)87 例,卵巢漿液性囊腺癌(OV)587 例,胰腺癌(PAAD)185 例,嗜鉻細(xì)胞瘤和副神經(jīng)節(jié)瘤(PCPG)179 例,前列腺腺癌(PRAD)500 例,直腸腺癌(READ)170 例,肉瘤(SARC)261例,皮膚黑色素瘤(SKCM)470例,胃腺癌(STAD)443 例,睪丸生殖細(xì)胞腫瘤(TGCT)134 例,甲狀腺癌(THCA)507 例,胸腺瘤(THYM)124 例,子宮內(nèi)膜癌(UCEC)548例,子宮癌肉瘤(UCS)57例,葡萄膜黑素瘤(UVM)80 例。(2)GTEx 數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集包括:腎上腺(AdrenalGland)161 例,膀胱(Bladder)13 例,血液(Blood)595 例,血管(Blood-Vessel)753 例,骨髓(BoneMarrow)102 例,腦(Brain)2852 例,乳房(Breast)221 例,子宮頸(CervixUteri)11 例,結(jié)腸(Colon)384 例,食管(Esophagus)805 例,輸卵管(FallopianTube)7,心臟(Heart)493 例,腎臟(Kidney)38例,肝臟(Liver)141例,肺(Lung)762例,肌肉(Muscle)478例,神經(jīng)(Nerve)335例,卵巢(Ovary)112,胰腺(Pancreas)203 例,前列腺(Prostate)122 例,唾液腺(SalivaryGland)71 例,皮膚(Skin)977 例,小腸(SmallIntestine)106 例,脾臟(Spleen)121 例,胃(Stomach)209 例,睪丸(Testis)208 例,甲狀腺(Thyroid)366 例,子宮(Uterus)93 例。本研究僅使用了開放獲取的數(shù)據(jù),無需獲得倫理委員會的批準(zhǔn)。
1.2 FAAH 的泛癌表達(dá)分析 (1)為了比較癌組織和癌旁組織基因的表達(dá)水平,本研究從33 種TCGA 癌癥類型中提取了FAAH 基因轉(zhuǎn)錄組表達(dá)數(shù)據(jù),利用R 語言環(huán)境將癌組織、癌旁組織和正常組織RNA 數(shù)據(jù)整合成一個(gè)表達(dá)矩陣。(2)為評估不同腫瘤分期中FAAH 基本表達(dá)水平的變化,對提取到的TCGA 臨床分期StageⅠ、StageⅡ及StageⅢ或StageⅣ患者的FAAH 表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較。
1.3 FAAH與生存預(yù)后的關(guān)系 以FAAH中位表達(dá)水平將患者分為FAAH 高表達(dá)組和低表達(dá)組[11-12],利用患者ID 匹配表達(dá)矩陣和臨床生存隨訪信息,比較患者總生存期(overall survival,OS)、疾病特異性生存期(disease Free survival,DSS)、無進(jìn)展間期(disease free survival,PFI)和無病間期(progression free survival,DFI)等預(yù)后指標(biāo)的差異。不同類型癌癥FAAH 中位數(shù)表達(dá)水平數(shù)值(Log2TPM)如下:ACC=3.195,BLCA=3.702,BRCA=3.679,CESC=3.013,CHOL=3.803,COAD=4.383,DLBC=1.554,ESCA=2.788,GBM=2.286,HNSC=2.490,KICH=3.058,KIRC=3.549,KIRP=4.094,LAML=3.279,LGG=3.237,LIHC=3.583,LUAD=3.306,LUSC=2.655,MESO=2.017,OV=2.944,PAAD=3.309,PCPG=2.554,PRAD=5.977,READ=4.432,SARC=1.725,SKCM=1.442,STAD=3.021,TGCT=3.055,THCA=3.932,THYM=3.319,UCEC=3.917,UCS=2.77,UVM=2.034。
1.4 FAAH 與腫瘤免疫微環(huán)境的關(guān)系
1.4.1 FAAH 與腫瘤免疫細(xì)胞的關(guān)系 首先利用CIBERSORT 網(wǎng) 站(https://cibersort.stanford.edu/)分析TCGA 數(shù)據(jù)庫33 種不同癌癥患者的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),比較FAAH 高、低表達(dá)兩組患者腫瘤組織中免疫細(xì)胞組成的差異,計(jì)算log2FC 并作圖,變化倍數(shù)(FC)=每一種免疫細(xì)胞的低表達(dá)組均值/高表達(dá)組均值。
1.4.2 FAAH 與腫瘤免疫抑制基因的關(guān)系 選取TCGA 數(shù)據(jù)庫33 種癌癥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的47 個(gè)免疫抑制基因,將其與FAAH 基因進(jìn)行相關(guān)性分析,并繪制相關(guān)性熱圖。免疫抑制基因包括:BTLA、CD200、TNFRSF14、NRP1、LAIR1、TNFSF4、CD244、LAG3、ICOS、CD40LG、CTLA4、CD48、CD28、CD200R1、HAVCR2、ADORA2A、CD276、KIR3DL1、CD80、PDCD1、LGALS9、CD160、TNFSF14、IDO2、ICOSLG、TMIGD2、VTCN1、IDO1、PDCD1LG2、HHLA2、TNFSF18、BTNL2、CD70、TNFSF9、TNFRSF8、CD27、TNFRSF25、VSIR、TNFRSF4、CD40、TNFRSF18、TNFSF15、TIGIT、CD274、CD86、CD44 和TNFRSF9。
1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 數(shù)據(jù)分析均采用R 語言(版本4.0.3)。癌組織與癌旁組織FAAH 的表達(dá)、FAAH 高表達(dá)組和低表達(dá)組免疫細(xì)胞差異比較用Wilcoxon秩和檢驗(yàn)。不同腫瘤分期癌組織中FAAH 的表達(dá)差異比較用多重t檢驗(yàn)。生存分析采用Kaplan-Meier 曲線和log-rank 檢驗(yàn)。分析基因關(guān)系采用Pearson 相關(guān)性分析。以P<0.05(雙側(cè))為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2.1 FAAH 的泛癌表達(dá)分析 (1)相對于癌旁正常組織樣本,在7 種癌癥中FAAH 顯著高表達(dá)(P<0.05),包 括BRCA、COAD、LAML、PRAD、READ、THYM 和UCEC;與此相反,在包括ACC、DLBC、ESCA、GBM、KICH、KIRP、LGG、LIHC、LUAD、LUSC、PAAD、SKCM、STAD、TGCT 及THCA在內(nèi)的15 種癌組織中,F(xiàn)AAH 基因表達(dá)顯著降低(P<0.05),見圖1A。(2)TCGA 臨床分期數(shù)據(jù)分析顯示,在BLCA、KICH 和THCA 等癌癥晚期中FAAH 表達(dá)下調(diào),在STAD 等癌癥晚期中表達(dá)穩(wěn)定(圖1B)。其中,與正常甲狀腺組織相比,THCA早、晚期腫瘤中FAAH 基因表達(dá)依次顯著下調(diào)。
圖1 FAAH 在不同癌癥和分期中的表達(dá)水平Fig.1 FAAH expression profiles in different cancers and stages
2.2 FAAH 與生存預(yù)后的關(guān)系 (1)與FAAH 低表達(dá)組相比,在KIRP、KIRC、LUAD、THYM、STAD 和UCEC 等癌癥中FAAH 高表達(dá)組OS 更長,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),STAD 和KIRC 結(jié)果見圖2A。(2)在KIRP、KIRC、LUAD、STAD(P=0.020)和UCEC(P= 0.001)等癌癥中,F(xiàn)AAH 高表達(dá)組DSS 優(yōu)于FAAH 低表達(dá)組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),STAD 和KIRC 結(jié)果見圖2B。(3)在STAD、KIRC、LUAD 和KICH 等癌癥中,F(xiàn)AAH 高表達(dá)組比低表達(dá)組比PFI 更長,預(yù)后更好(P<0.05),STAD 和KIRC結(jié)果見圖2C。(4)在STAD 中,F(xiàn)AAH 高表達(dá)組DFI優(yōu)于低表達(dá)組(P=0.008),見圖2D。
圖2 胃腺癌STAD 和腎透明細(xì)胞癌KIRC 中FAAH 表達(dá)與生存時(shí)間的關(guān)系Fig.2 Relationship between FAAH expression and survival time in gastric adenocarcinoma STAD and renal clear cell carcinoma KIRC
2.3 FAAH 與腫瘤免疫微環(huán)境的關(guān)系
2.3.1 FAAH與腫瘤免疫細(xì)胞的關(guān)系 (1)在KIRC中,F(xiàn)AAH 高表達(dá)組和低表達(dá)組CD8+T 細(xì)胞(Tcells CD8)、CD4 記憶T 細(xì)胞激活(T cells CD4 memoryactivated)、濾泡輔助性T細(xì)胞(T cell follicular helper)、γδT 細(xì)胞(T cells gamma delta)、NK 靜息細(xì)胞(NK cells resting)、NK 激活細(xì)胞(NK cell sactivated)、單核細(xì)胞(monocytes)、M0 巨噬細(xì)胞(macrophages M0)、靜息態(tài)樹突狀細(xì)胞(dendritic cells resting)、肥大細(xì)胞靜息(mast cells resting)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。其中,CD4 記憶T 細(xì)胞激活、γδT 細(xì)胞、M0 巨噬細(xì)胞在FAAH 低表達(dá)組中聚集顯著增多;NK 靜息細(xì)胞和靜息態(tài)樹突狀細(xì)胞等聚集顯著下降(圖3A)。(2)在STAD 中,F(xiàn)AAH 高表達(dá)組和低表達(dá)組的CD4 記憶T 細(xì)胞激活、NK 激活細(xì)胞、單核細(xì)胞、M0 巨噬細(xì)胞和肥大細(xì)胞靜息差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。其中,F(xiàn)AAH低表達(dá)組單核細(xì)胞和肥大細(xì)胞靜息富集顯著上調(diào);CD4 記憶T 細(xì)胞激活、NK 激活細(xì)胞和M0 巨噬細(xì)胞富集顯著減少(圖3B)。
圖3 KIRC 和STAD 中FAAH 與腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的關(guān)系Fig.3 Relationship between FAAH and tumor-infiltrating immune cells in KIRC and STAD
2.3.2 FAAH 與腫瘤免疫抑制基因的關(guān)系 在BLCA、BRCA、COAD、LGG、LIHC、LUAD 和STAD等多種腫瘤中,F(xiàn)AAH 的表達(dá)與TIGIT、BTLA、CD 244、ICOS、CD 40、CD 48、CD 28、CD 200R1、TMIGD 2 和PDCD 1 等基因表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)(圖4)。
圖4 FAAH 與腫瘤免疫抑制基因的相關(guān)性Fig.4 Correlation between FAAH and tumor immunosuppressive genes
本研究對FAAH 在各種癌癥中與預(yù)后相關(guān)性及其與免疫微環(huán)境調(diào)控的關(guān)系進(jìn)行了探討。首先,在表達(dá)水平上的分析發(fā)現(xiàn)FAAH 在癌癥中廣泛存在表達(dá)改變,并且在胰腺癌(PAAD)、肺腺癌(LUAD)、胃腺癌(STAD)等多種癌癥中的表達(dá)普遍下調(diào)。在分期差異表達(dá)分析中,膀胱移行細(xì)胞癌(BLCA)、KICH、THCA 和STAD 等少數(shù)腫瘤的分期與FAAH 的表達(dá)存在緊密聯(lián)系。在這些腫瘤的
晚期(StageⅢ或Ⅳ)中,F(xiàn)AAH 表達(dá)水平顯著下調(diào)。這些結(jié)果表明,F(xiàn)AAH 可能參與調(diào)控上述癌癥的進(jìn)展。其次,應(yīng)用Kaplan-Meier 進(jìn)行的生存分析,發(fā)現(xiàn)在KIRC、LUAD、STAD、KIRP 等癌癥中FAAH高表達(dá)的患者預(yù)后更好。該結(jié)果提示,F(xiàn)AAH在這些癌癥中可能充當(dāng)保護(hù)因子的作用。
內(nèi)源性大麻素系統(tǒng)(endocannabinoid system,ECS)是生物體內(nèi)重要的調(diào)節(jié)系統(tǒng),可以調(diào)節(jié)神經(jīng)活動(dòng)、控制心血管張力、能量代謝、免疫以及生殖等生理活動(dòng)[13]。然而,ECS 在癌癥當(dāng)中的作用尚未闡明。FAAH 是內(nèi)源性大麻素系統(tǒng)的重要組成,主要負(fù)責(zé)水解花生四烯酰乙醇酰胺(arachidonoyl ethanol amide,AEA)。大麻素是當(dāng)前被研究最多的ESC 成分。有研究顯示大麻素及其衍生物能夠緩和化療引起的惡心、嘔吐和疼痛等癌癥相關(guān)癥狀,并且抑制腫瘤惡化[14]。然而,最新的研究表明,AEA 發(fā)揮抗腫瘤免疫抑制的作用,并且血清中高AEA 水平的癌癥患者生存率較差[15]。有研究表明,F(xiàn)AAH 基因缺失或用FAAH 抑制劑處理的小鼠會導(dǎo)致內(nèi)源性AEA 水平的升高[16-17]。XIONG 等[15]最新的研究發(fā)現(xiàn),大麻素的主要成分Δ9-四氫大麻酚(THC)具有降低PD-1 阻斷的療效,AEA 可以阻礙抗腫瘤免疫,表明內(nèi)源性大麻素系統(tǒng)(ECS)具有免疫抑制作用。這些結(jié)果都表明,F(xiàn)AAH 作為AEA 的主要水解酶或通過干預(yù)免疫微環(huán)境參與調(diào)控腫瘤進(jìn)程。然而,具體的機(jī)制仍需要進(jìn)一步研究探明。
在癌癥的發(fā)生和發(fā)展過程中,腫瘤不斷進(jìn)化并可能呈現(xiàn)出各種機(jī)制來逃避腫瘤免疫監(jiān)視及抑制抗腫瘤免疫反應(yīng)。腫瘤免疫逃逸的一個(gè)主要機(jī)制就是免疫檢查點(diǎn)通路的參與[18-19]。免疫檢查點(diǎn)(immune check point)是一類由免疫細(xì)胞表達(dá)的免疫抑制分子,能夠調(diào)節(jié)免疫激活程度,對防止自身免疫作用的發(fā)生具有重要作用。免疫檢查點(diǎn)分子的表達(dá)和功能異常是很多疾病發(fā)生的重要原因[20-23]。在本研究中,相關(guān)性分析也證明了FAAH表達(dá)水平與癌癥免疫相關(guān)。CIBERSORT 是基于線性支持向量回歸(linear support vector regression)以不同免疫細(xì)胞亞型的表達(dá)矩陣對組織或細(xì)胞RNA 表達(dá)矩陣進(jìn)行去卷積后計(jì)算22 種白細(xì)胞相對比例的工具[24]。本研究利用CIBERSORT 分析發(fā)現(xiàn),在KIRC 和STAD 中FAAH 表達(dá)水平與CD4+T細(xì)胞、CD8+T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞的浸潤程度顯著相關(guān)。腎透明細(xì)胞癌中FAAH 低表達(dá)組中CD4+T 記憶細(xì)胞與γδT 細(xì)胞顯著減少(P<0.05),胃腺癌中FAAH 低表達(dá)組浸潤顯著較少的單核細(xì)胞(P<0.05),這些免疫抑制表現(xiàn)與低表達(dá)組生存預(yù)后較差相一致。此外,F(xiàn)AAH 與40 多個(gè)常見的免疫抑制相關(guān)基因的相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn),在BLCA、BRCA、COAD、LGG、LIHC、LUAD 和STAD等多種腫瘤中,F(xiàn)AAH的表達(dá)與TIGIT、BTLA、CD 244、ICOS、CD 40、CD 48、CD 28、CD 200R1、TMIGD 2 和PDCD 1 等基因表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)。在低表達(dá)預(yù)后較差的腎透明細(xì)胞癌、胃腺癌中,F(xiàn)AAH 低表達(dá)組與包含免疫檢查點(diǎn)基因在內(nèi)的多個(gè)免疫抑制相關(guān)基因的表達(dá)升高相關(guān),提示FAAH 可能通過影響免疫抑制基因表達(dá)來調(diào)控免疫微環(huán)境形成,這方面內(nèi)容需要進(jìn)一步的分子生物學(xué)及細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。腫瘤微環(huán)境的抑制性變化及異質(zhì)性對腫瘤發(fā)生發(fā)展、療效差別及耐藥性有巨大影響[25-29]。這提示,F(xiàn)AAH 可能通過調(diào)節(jié)特異性免疫檢查點(diǎn)基因的表達(dá)水平來調(diào)節(jié)腫瘤的免疫模式。
綜上所述,本研究表明FAAH 在多種腫瘤中差異表達(dá)并與預(yù)后顯著相關(guān),可作為包括膀胱移行細(xì)胞癌、腎透明細(xì)胞癌、肺腺癌及胃腺癌在內(nèi)的多種惡性癌癥的潛在預(yù)后生物標(biāo)志物,并與免疫浸潤有關(guān),可作為癌癥免疫治療的潛在靶點(diǎn)。