為什么二代測(cè)序檢測(cè)報(bào)告要等這么久

藍(lán)x洋

二代測(cè)序（Next-generation sequencing， NGS）又稱為高通量測(cè)序是一種基因測(cè)序技術(shù)，通過可逆終止末端測(cè)序法把基因序列上的核苷酸一個(gè)一個(gè)地測(cè)出來。與一代測(cè)序相比，可以一次對(duì)幾十萬到幾百萬條DNA片段進(jìn)行并行測(cè)序，降低了測(cè)序成本并縮短了檢測(cè)時(shí)間。

臨床上，腫瘤患者多需要做此項(xiàng)檢查。因?yàn)槟[瘤是一種多基因疾病，基因變異在腫瘤的發(fā)生發(fā)展、治療指導(dǎo)中的作用已經(jīng)毋庸置疑。而與傳統(tǒng)檢測(cè)方法相比，二代測(cè)序可同時(shí)對(duì)多基因多位點(diǎn)進(jìn)行突變、重排及擴(kuò)增的檢測(cè)，避免浪費(fèi)樣本、節(jié)約檢測(cè)時(shí)間及檢測(cè)費(fèi)用；可檢測(cè)到罕見突變位點(diǎn)和罕見融合，避免失去精準(zhǔn)治療機(jī)會(huì)；可檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷（TMB）和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI），幫助篩選免疫治療潛在獲益的患者；可檢測(cè)同源重組修復(fù)缺陷（HRD）狀態(tài)，篩選出更多PARP抑制劑可能獲益的患者。

做過二代測(cè)序檢測(cè)的患者常問醫(yī)生：這報(bào)告為啥要等這么久呢？這還得從檢測(cè)流程說起。二代測(cè)序要經(jīng)歷3個(gè)主要步驟，分別是二代測(cè)序?qū)嶒?yàn)操作、測(cè)序儀運(yùn)行及生信分析和數(shù)據(jù)的人工校驗(yàn)及解讀。二代測(cè)序檢測(cè)時(shí)間的長(zhǎng)短受檢測(cè)基因的數(shù)目、測(cè)序平臺(tái)的不同及上機(jī)樣本的數(shù)目影響。

從接收樣本到下機(jī)測(cè)序數(shù)據(jù)的產(chǎn)生需要經(jīng)歷樣本接收及質(zhì)控、核酸提取、預(yù)文庫構(gòu)建、終文庫構(gòu)建、文庫定量和上機(jī)6個(gè)步驟，完成檢測(cè)通常需要約4個(gè)工作日。

2.測(cè)序儀運(yùn)行及生信分析部分

從樣本上機(jī)后到下機(jī)數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，需要經(jīng)歷約26～28個(gè)小時(shí)，從下機(jī)測(cè)序數(shù)據(jù)到突變列表的生成需要經(jīng)歷質(zhì)控、比對(duì)參考基因組、排序去重、突變檢出等分析過程，這就需要約8～10小時(shí)。因此，從數(shù)據(jù)的產(chǎn)生到數(shù)據(jù)的分析完成需要約2個(gè)工作日。

這一步驟主要經(jīng)歷4個(gè)過程，質(zhì)控評(píng)估、體系變異復(fù)核、胚系變異復(fù)核及用藥解讀復(fù)核，整個(gè)過程需要經(jīng)歷約1～2個(gè)工作日。

最后，報(bào)告還需要經(jīng)副高職稱以上的有經(jīng)驗(yàn)的病理醫(yī)師對(duì)結(jié)果進(jìn)行審核，該過程需要約1個(gè)工作日。因此，二代測(cè)序檢測(cè)從樣本接收到報(bào)告的發(fā)出，一般需要約8～9個(gè)工作日。

影響二代測(cè)序報(bào)告時(shí)間還有一個(gè)很重要因素，就是測(cè)序輪次。因?yàn)闇y(cè)序儀每次檢測(cè)樣本必須在8～12個(gè)樣本，如果不夠8個(gè)樣本，即使文庫已經(jīng)構(gòu)建完成也需要等待其他樣本一起上機(jī)，而超過12個(gè)樣本則需要等待下一次上機(jī)，那么最長(zhǎng)等待時(shí)間約為3個(gè)工作日。

此外，若在檢測(cè)過程中遇到樣本質(zhì)量差、腫瘤細(xì)胞比例不足、檢測(cè)需要重新上機(jī)、檢測(cè)結(jié)果需要驗(yàn)證、有疑問樣本需要與病理醫(yī)生或臨床醫(yī)生溝通等問題，也會(huì)影響報(bào)告的發(fā)出時(shí)間。遇到這些情況，通常我們會(huì)及時(shí)和臨床醫(yī)生或患者及其家屬溝通。