基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討《溫疫論》中藥防治新型冠狀病毒肺炎分子機(jī)制

李小陽(yáng)，楊 樂(lè)，李 兵

(中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院 中醫(yī)藥信息研究所，北京，100700)

《溫疫論》[1]是中國(guó)第一部系統(tǒng)研究急性傳染病的醫(yī)學(xué)著作。作者吳又可在《溫疫論》中創(chuàng)立了“戾氣”病因?qū)W說(shuō)，強(qiáng)調(diào)瘟疫與傷寒完全不同，書(shū)中云：“夫瘟疫之為病，非風(fēng)、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一種異氣所感”，并稱(chēng)之為雜氣、戾氣、癘氣或疫氣?！稖匾哒摗诽岢鑫烈叩闹委煼▌t、辨證方藥對(duì)后世醫(yī)學(xué)影響深遠(yuǎn)，為現(xiàn)代研究傳染病病因病機(jī)、理法方藥奠定了基礎(chǔ)[2-4]。

中醫(yī)藥積極參與新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)診療[5]，取得了良好的效果。各省市、地區(qū)針對(duì)區(qū)域和人群特點(diǎn)，發(fā)布了不同方案。據(jù)統(tǒng)計(jì)，各地防疫處方中，《溫疫論》中達(dá)原飲等方劑應(yīng)用最廣[6]。另外，《溫疫論》中頻用白虎湯治療疫邪熱在氣分，此次也用于各地抗疫。仝小林院士團(tuán)隊(duì)以寒濕疫的角度，效法《溫疫論》的思路，以達(dá)原飲中的厚樸、檳榔、草果開(kāi)通膜原，祛除穢濁濕，進(jìn)而制定了“武漢抗疫方”[7-8]。在國(guó)家《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案》中，更是多次提倡、認(rèn)可了中醫(yī)藥在輔助治療和預(yù)防治療中的作用，并針對(duì)不同證型分期治療推出了不同復(fù)方。針對(duì)濕熱蘊(yùn)肺證，推薦處方以達(dá)原飲為基礎(chǔ)，加柴胡、赤芍、連翹、青蒿、蒼術(shù)、大青葉等，發(fā)揮燥濕清熱、疏利疫邪出表的作用；針對(duì)寒濕阻肺證，推薦處方為達(dá)原飲與平胃散加減方，具有順氣寬中、健脾化濕、和解表里的功效；針對(duì)疫毒閉肺證，以《溫疫論》方達(dá)原飲、桃仁承氣湯加上麻杏石甘湯、宣白承氣湯等，可清肺平喘、泄熱開(kāi)閉；針對(duì)氣營(yíng)兩燔證，處方以《溫疫論》中兩首犀角地黃湯合白虎湯為基礎(chǔ)方，加入玄參、連翹、丹皮、黃連等，可清氣涼營(yíng)、熄風(fēng)開(kāi)竅。

隨著疫情防控逐漸常態(tài)化，目前仍未發(fā)現(xiàn)治療COVID-19的特效藥。本研究擬通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)[9]探討《溫疫論》復(fù)方的作用機(jī)制，為抗新冠肺炎藥物開(kāi)發(fā)和應(yīng)用提供參考。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)規(guī)范及預(yù)處理

手工錄入《溫疫論》中33首處方，按照《中華人民共和國(guó)藥典》(2015版)[10]將中藥名稱(chēng)進(jìn)行統(tǒng)一，例如：將“白芍藥”統(tǒng)一為“白芍”，“棗仁”統(tǒng)一為“酸棗仁”，“真藿香”統(tǒng)一為“廣藿香”，“白茯苓”統(tǒng)一為“茯苓”，“廣陳皮”統(tǒng)一為“陳皮”，“生地”統(tǒng)一為“地黃”，“花粉”統(tǒng)一為“天花粉”，“草果仁”統(tǒng)一為“草果”，“山梔仁”統(tǒng)一為“梔子”，“天門(mén)冬”統(tǒng)一為“天冬”，“麥門(mén)冬”統(tǒng)一為“麥冬”，“丹皮”統(tǒng)一為“牡丹皮”，“瓜蔞實(shí)”統(tǒng)一為“瓜蔞”，“破故紙”統(tǒng)一為“補(bǔ)骨脂”，“車(chē)前”統(tǒng)一為“車(chē)前草”。并對(duì)所有用藥頻次、藥物四氣五味、歸經(jīng)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。

1.2 活性成分收集與篩選

在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)技術(shù)平臺(tái)TCMSP[11](http：//lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)依據(jù)藥物吸收、分布、代謝、排泄(Absorption、Distribution、Metabolism、Excretion，ADME)特性，設(shè)定口服生物利用度(Oral bioavailability，OB)≥30%，且類(lèi)藥性(Druglikeness，DL)≥0.18，篩選獲取活性成分。在中醫(yī)百科全書(shū)數(shù)據(jù)庫(kù)ETCM[12](http：//www.tcmip.cn/ETCM/index.php)檢索，補(bǔ)充活性成分后，構(gòu)建中藥化學(xué)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)。因礦物類(lèi)和動(dòng)物類(lèi)藥材的特殊性，故本文方法暫未將石膏、龜甲等納入分析范圍。

1.3 候選靶點(diǎn)庫(kù)的構(gòu)建

在TCMIP(http：//www.tcmip.cn/TCMIP/index.php)的中藥靶點(diǎn)預(yù)測(cè)功能模塊，通過(guò)化學(xué)成分二維結(jié)構(gòu)與美國(guó)食品藥品管理局(FDA)上市藥物相似性比對(duì)[12]，選擇相似性分?jǐn)?shù)≥0.8的靶點(diǎn)作為候選靶點(diǎn)。

1.4 COVID-19靶點(diǎn)收集

2020年3月，David E.Gordon等[13]94位專(zhuān)家在NATURE發(fā)表了一篇新冠病毒SARS-CoV-2蛋白與人蛋白相互作用篩選潛在治療靶點(diǎn)的文章，研究人員在人類(lèi)細(xì)胞中克隆、標(biāo)記和表達(dá)了SARS-CoV-2的29個(gè)蛋白中的26個(gè)，并通過(guò)親和純化質(zhì)譜法(AP-MS)共鑒定出332種高度可信的與病毒蛋白相互作用的人蛋白(PPIs)，其中有66種可藥物化的靶點(diǎn)。論文經(jīng)發(fā)表后被引用已近600次。本文中使用的COVID-19靶點(diǎn)來(lái)源于文章公布的SARS-CoV-2蛋白互作圖譜數(shù)據(jù)中332個(gè)與SARS-CoV-2關(guān)聯(lián)的人類(lèi)靶標(biāo)數(shù)據(jù)。

1.5 復(fù)方-藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

利用Cytoscape 3.7.2[14]網(wǎng)絡(luò)可視化軟件，構(gòu)建《溫疫論》“復(fù)方-藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)。

1.6 潛在靶點(diǎn)通路分析

本研究使用Metascape[15](https：//metascape.org/gp/index.html)進(jìn)行靶標(biāo)的功能富集分析和信號(hào)通路分析，并構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)篩選關(guān)鍵靶標(biāo)節(jié)點(diǎn)。GO富集分析主要涵蓋生物學(xué)的3個(gè)方面：生物過(guò)程(BP)、分子功能(MF)及細(xì)胞組分(CC)。京都基因與基因組百科全書(shū)(Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG)可對(duì)藥物作用靶點(diǎn)或差異表達(dá)基因進(jìn)行信號(hào)通路分析。

2 結(jié)果

2.1 數(shù)據(jù)規(guī)范及預(yù)處理

2.1.1 中藥頻次統(tǒng)計(jì) 納入分析的33例處方中，單味藥累計(jì)用藥195次，共包含單味中藥70種。單味藥最高使用次數(shù)16次，最低使用1次，使用頻次前十的中藥為：白芍、甘草、當(dāng)歸、大黃、知母、陳皮、地黃、厚樸、柴胡、黃芩。具體情況見(jiàn)表1。

表1 《瘟疫論》中藥頻次統(tǒng)計(jì)

2.1.2 中藥屬性統(tǒng)計(jì) 《溫疫論》方劑中所用藥物藥性主要為溫、微寒、寒、平，其中溫性藥物所占比例最高為30%，其次為微寒、寒、平，分別為22%、21%、17%；所用藥物五味主要為甘、辛、苦，其中甘味藥所占比例最大為28%，其次為辛、苦所占比例分別為26%、24%；所用藥物中歸肺經(jīng)藥物所占比例最大為20%，其次為脾、胃、肝、腎、心經(jīng)，占比分別為15%、14%、13%、11%、11%。見(jiàn)圖1。

圖1 中藥屬性統(tǒng)計(jì)

2.2 藥物活性成分及靶點(diǎn)

經(jīng)過(guò)篩選和刪除重復(fù)項(xiàng)后，以藥物為單位，涉及活性化合物來(lái)源及預(yù)測(cè)靶點(diǎn)個(gè)數(shù)見(jiàn)表2。

表2 藥物活性成分及靶點(diǎn)數(shù)

續(xù)表2

續(xù)表2

2.3 “復(fù)方-藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

由于涉及的活性化合物及靶點(diǎn)數(shù)較多，將網(wǎng)絡(luò)中不含藥物靶標(biāo)的化合物及其他靶點(diǎn)剔除，簡(jiǎn)化后的網(wǎng)絡(luò)包含480個(gè)節(jié)點(diǎn)，1 578條邊(圖2)。其中方劑節(jié)點(diǎn)33個(gè)，以圓形代替；藥物節(jié)點(diǎn)70個(gè)，以三角形代替；化合物節(jié)點(diǎn)342個(gè)，以菱形代替；病毒靶點(diǎn)節(jié)點(diǎn)34個(gè)，以方形代替；邊表示節(jié)點(diǎn)之間的相互作用關(guān)系(見(jiàn)圖5)。由圖中可以看出，中藥存在同一化合物作用于多個(gè)靶點(diǎn)和多個(gè)化合物作用于同一靶點(diǎn)的現(xiàn)象，體現(xiàn)了中藥多成分多靶點(diǎn)共同作用的內(nèi)涵。將各復(fù)方中中藥、活性成分及其作用靶點(diǎn)信息作為節(jié)點(diǎn)(node)直接導(dǎo)入，以邊(edge)作為中藥、成分和靶點(diǎn)的相互關(guān)系，每個(gè)節(jié)點(diǎn)的重要性則通過(guò)拓?fù)鋮?shù)度數(shù)進(jìn)行評(píng)估。節(jié)點(diǎn)度值為與節(jié)點(diǎn)相連邊的數(shù)量，度值越大，表明該節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中越重要(degree)，一般認(rèn)為節(jié)點(diǎn)度值大于該類(lèi)節(jié)點(diǎn)度值中位數(shù)2倍的節(jié)點(diǎn)為網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)性質(zhì)度值排序后，符合上述要求的關(guān)鍵藥物節(jié)點(diǎn)12個(gè)及其度值分別為：黃芩(52)、甘草(50)、大黃(37)、白芍(34)、瓜蔞(29)、紫蘇子(29)、柴胡(28)、檳榔(25)、茵陳(24)、大棗(23)、當(dāng)歸(20)、茯苓(20)；關(guān)鍵化合物節(jié)點(diǎn)45個(gè)，前15名及其度值分別為豆甾醇(21)、三磷酸腺苷(20)、棕櫚酸(19)、谷甾醇(18)、十八酸(15)、槲皮素(15)、亞油酸(13)、黃芩苷(13)、腺苷(12)、胡蘿卜甾醇(12)、肉豆蔻酸(11)、10，13-二十碳二烯酸(11)、鳥(niǎo)苷(10)、二十四烷酸(10)。

圖2 “復(fù)方-藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)

2.4 “靶點(diǎn)-功能-通路”網(wǎng)絡(luò)分析

由于靶點(diǎn)數(shù)較少，將minioverlap值設(shè)置為1，導(dǎo)出Metacape分析結(jié)果至Cytoscape 3.7.2軟件，構(gòu)建“靶點(diǎn)-功能-通路”關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)。Metascape中GO功能富集分析得到GO條目625個(gè)(P<0.01)，其中生物過(guò)程(BP)條目476個(gè)，細(xì)胞組成(CC)條目54個(gè)，分子功能(MF)條目95個(gè)，分別占76%、9%、15%，KEGG通路富集篩選得到56條信號(hào)通路(P<0.01)，見(jiàn)圖3。根據(jù)拓?fù)鋵W(xué)參數(shù)，篩選網(wǎng)絡(luò)中同時(shí)滿足BC、CC、degree值大于均值的10個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)，為RHOA、HMOX1、PRKACA、ACSL3、SCARB1、ARF6、PPT1、HDAC2、RAB7A、POR。

圖3 “靶點(diǎn)-功能-通路”關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)

Metascape的Mcode聚類(lèi)結(jié)果分別篩選出GO功能富集分析中三個(gè)方面及KEGG中排名靠前的功能和通路，結(jié)果見(jiàn)圖4。

注：A：細(xì)胞組成；B：分子功能；C：生物過(guò)程；D：KEGG。圖4 GO與KEGG分析

3 討論

分析《溫疫論》復(fù)方中藥物的性味歸經(jīng)發(fā)現(xiàn)，復(fù)方重點(diǎn)作用于肺經(jīng)、脾經(jīng)，辛味、苦味和甘味藥比例最大，藥物溫性、平性和寒性各有分布，該結(jié)果與《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案》推薦復(fù)方的用藥規(guī)律一致[16]。根據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示，《溫疫論》中高頻用藥包括白芍、甘草、當(dāng)歸、大黃、知母、陳皮、地黃、厚樸、柴胡、黃芩。其中黃芩、甘草、大黃、白芍、柴胡、當(dāng)歸為“復(fù)方-藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)中篩選的關(guān)鍵藥物節(jié)點(diǎn)；豆甾醇、三磷酸腺苷、棕櫚酸、谷甾醇、槲皮素、亞油酸、黃芩苷、腺苷、胡蘿卜甾醇、肉豆蔻酸、10，13-二十碳二烯酸、鳥(niǎo)苷為關(guān)鍵化合物節(jié)點(diǎn)。

黃芩為COVID-19中醫(yī)藥治療用藥組方中最常用的藥物[17]，典型應(yīng)用如清肺排毒湯、達(dá)原飲、小柴胡湯等方劑及中成藥。研究表明，黃芩苷和黃芩素是非共價(jià)、非多肽性的SARS-CoV-2 3CLpro抑制劑，它們可以有效抑制新冠病毒中一種重要的蛋白酶3CLpro的復(fù)制[18]。根據(jù)李婧等[19]的研究，柴胡、甘草、金銀花等中藥也含有較多潛在抗SARS-CoV-2活性成分。馬婧等[20]采用DS中CDOKER對(duì)TCMD數(shù)據(jù)庫(kù)中成分進(jìn)行分子對(duì)接虛擬篩選，基于PLP靶點(diǎn)篩選得到的中藥為白芍、當(dāng)歸、瓜蔞等，宗陽(yáng)[21]和龔宇晟等[22]分子對(duì)接結(jié)果顯示豆甾醇、槲皮素、谷甾醇等化合物與COVID-19推薦用藥的親和力相似。

通過(guò)“靶點(diǎn)-功能-通路”網(wǎng)絡(luò)，篩選出10個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)為RHOA、HMOX1、PRKACA、ACSL3、SCARB1、ARF6、PPT1、HDAC2、RAB7A、POR。血紅素加氧酶(HMOX1)是一種可催化血紅素降解過(guò)程中的關(guān)鍵酶，具有細(xì)胞保護(hù)作用，研究證明[23]過(guò)量的游離血紅素可誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡。HMOX1在肺中高度表達(dá)[24-25]，并且已被證明對(duì)小鼠中有介導(dǎo)白細(xì)胞介素10(IL-10)的抗炎作用，還牽涉包括心肌梗死、糖尿病、慢性阻塞性肺疾病(COPD)等多種病理狀態(tài)[26-27]。它的上調(diào)已被證明具有抵抗HIV、DENV、HCV和IAV感染產(chǎn)生的氧化應(yīng)激的保護(hù)作用[28]。由于SARS-CoV-2感染會(huì)嚴(yán)重影響呼吸道的侵襲性炎癥反應(yīng)，因此在病毒感染期間進(jìn)一步探索HMOX1功能將有助于闡明病毒的發(fā)病機(jī)理和可能的治療方法[29]；RHOA是小型GTPases Rho家族的成員，激活對(duì)于肺損傷至關(guān)重要，也是TNF信號(hào)傳導(dǎo)途徑和MAPK信號(hào)傳導(dǎo)途徑中最重要的蛋白之一。He B[30]的研究證明抑制RHOA是治療急性肺損傷有效的方法；Pinto BGG等[31-32]應(yīng)用系統(tǒng)生物學(xué)方法證實(shí)包括HDAC2等與組蛋白修飾相關(guān)的基因是人肺ACE2上調(diào)的潛在靶點(diǎn)；Ghosh S[33]研究發(fā)現(xiàn)RAB7A基因的缺失可以通過(guò)改變內(nèi)質(zhì)體的運(yùn)輸，將ACE2受體隔離在細(xì)胞內(nèi)，從而減少病毒進(jìn)入；Ackerman EE[34]利用SARS-CoV-2-宿主蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)識(shí)別在感染后驅(qū)動(dòng)細(xì)胞整體行為中具有獨(dú)特作用的蛋白質(zhì)，認(rèn)為SCARB1等預(yù)測(cè)出的8種蛋白質(zhì)有可能成為病毒特異性藥物靶點(diǎn)，并應(yīng)被優(yōu)先用于藥物再利用。

基于冠狀病毒的復(fù)制過(guò)程，目前針對(duì)ACE2抑制劑、核苷類(lèi)似物、膜融合抑制劑、蛋白酶抑制劑(HIV蛋白酶、TMPRSS2絲氨酸蛋白酶、3Clpro蛋白酶)等不同靶點(diǎn)成為研發(fā)篩選抗SARS-CoV-2潛在治療藥物的主要策略[35]。

《溫疫論》復(fù)方通過(guò)調(diào)控Ras蛋白活性、GTPase活性、GDP結(jié)合和GTP結(jié)合通路，影響ACE2在細(xì)胞中的表達(dá)。Lukassen S等[36]研究了ACE2和TMPRSS2的表達(dá)水平及其在肺組織中跨細(xì)胞類(lèi)型的分布。在節(jié)段性支氣管分支中，ACE2主要在瞬時(shí)分泌細(xì)胞中表達(dá)，這些細(xì)胞顯示出豐富的與RHO GTP酶功能和病毒過(guò)程相關(guān)的途徑。RHO-GTPase激活CIT和病毒調(diào)節(jié)途徑，即與膜重塑或免疫系統(tǒng)相關(guān)的過(guò)程，在瞬時(shí)分泌細(xì)胞中強(qiáng)烈富集。Ras蛋白也是一種gtpase，作為信號(hào)通路的分子開(kāi)關(guān)調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、存活、生長(zhǎng)、遷移、分化或細(xì)胞骨架動(dòng)力學(xué)。Ras蛋白通過(guò)在不活躍的GDP結(jié)合態(tài)和活躍的GTP結(jié)合態(tài)之間循環(huán)傳遞來(lái)自細(xì)胞外生長(zhǎng)因子的信號(hào)。

核苷酸是多種生命活動(dòng)所必須的有機(jī)小分子，除嘌呤核苷酸合成和分解代謝過(guò)程中的部分酶參與病毒感染的發(fā)生發(fā)展外，還可以通過(guò)對(duì)代謝酶的競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用干擾或抑制嘌呤核苷酸的合成[37]。目前的研究中有大量重點(diǎn)放在核苷酸抑制劑上，如Sofosbuvir，Ribavirin，Remidisvir，IDX-184等，可以競(jìng)爭(zhēng)病毒RNA依賴(lài)性RNA聚合酶(RdRp)活性位點(diǎn)，滲透到病毒新合成的RNA鏈中，從而中斷了病毒基因組的合成[38]。此外，《溫疫論》復(fù)方還參與了aminoacyl-tRNA、protein disulfide oxidoreductase、S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase等多種連接酶、轉(zhuǎn)移酶活性以及輔酶的合成等功能富集，并在嘌呤核苷酸合成與代謝功能、癌癥通路顯著富集，示意了復(fù)方通過(guò)影響核苷酸代謝、酶活性調(diào)節(jié)的抗COVID-19作用。

凝血功能(Blood Coagulation、Response to Wounding、Wound Healing)是GO分析生物過(guò)程中的重要組成，涉及GGCX、HDAC2、PLAT、PRKACA、PRKAR2B幾種基因調(diào)控。幾項(xiàng)研究報(bào)告了住院COVID-19患者的心血管并發(fā)癥和靜脈血栓形成事件的發(fā)生率增加。研究發(fā)現(xiàn)與病毒蛋白NSP7、NSP13、E、M、N、ORF9C和ORF8直接相互作用的10種宿主蛋白參與了凝血途徑，并利用這些蛋白作為CoVex的分析起點(diǎn)確定了可以由GGCX編碼的維生素K依賴(lài)的γ-谷氨酰羧化酶和由PLAT編碼的組織纖溶酶原激活劑作為潛在的藥物靶點(diǎn)[39]?；赗NA病毒可以通過(guò)與依賴(lài)于Toll樣受體7(TLR7)的機(jī)制激活內(nèi)體NADPH氧化酶的理論，研究推測(cè)與COVID-19相關(guān)的高血栓并發(fā)癥的發(fā)生率可能反映了血管內(nèi)皮細(xì)胞的病毒感染，血管內(nèi)皮細(xì)胞表達(dá)使SARS-CoV-2能夠侵襲細(xì)胞的ACE2蛋白。SARS-CoV-2整合入內(nèi)皮細(xì)胞后，各種促炎刺激可以通過(guò)誘導(dǎo)組織因子(TF)的腔內(nèi)內(nèi)皮表達(dá)來(lái)促進(jìn)血栓形成，該因子與循環(huán)凝血因子VII相互作用以觸發(fā)外源性凝血。這些刺激引起TF表達(dá)的信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制需要激活NADPH氧化酶，而不是驅(qū)動(dòng)TF基因誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄的NF-кB轉(zhuǎn)錄因子的激活。將單鏈RNA病毒吸收到細(xì)胞內(nèi)體后，它們會(huì)通過(guò)RNA響應(yīng)的Toll樣受體7刺激內(nèi)體形成和NADPH氧化酶復(fù)合物的激活。因此建議內(nèi)皮細(xì)胞SARS-CoV-2感染引起TF的表達(dá)，其取決于內(nèi)體NADPH氧化酶的活化。抑制內(nèi)體NADPH活性的藥物可能具有減輕與COVID-19相關(guān)的血栓形成風(fēng)險(xiǎn)升高的實(shí)際潛力[40]。

在關(guān)于COVID-19重癥患者血清的蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)變化研究中，由于干擾素會(huì)在病毒感染期間改變尿素循環(huán)活性，由此導(dǎo)致了多種代謝產(chǎn)物的失調(diào)，COVID-19患者血清中的氨基酸及其衍生物與健康對(duì)照相比顯著降低。Cellular amino acid metabolic process(Ammonium ion metabolic process)是其中一重要生物過(guò)程。代謝組學(xué)分析表明，SARS-CoV-2感染對(duì)血清氨基酸水平有重大影響。參與SARS-CoV-2感染的另一個(gè)重要途徑是氨?；鵷RNA生物合成。該途徑在響應(yīng)危險(xiǎn)信號(hào)中起重要作用，并調(diào)節(jié)針對(duì)病毒感染的免疫力[41]。TCA循環(huán)導(dǎo)致富馬酸和琥珀酸的顯著調(diào)節(jié)結(jié)果，與短鏈脂肪酸上調(diào)有關(guān)的丁酸酯代謝也參與其中。

此外，F(xiàn)atty acid metabolism、Fatty acid degradation是KEGG中另外的重要通路，此前已有研究表明添加花生四烯酸可抑制HCoV-229E和MERS-CoV復(fù)制[42-43]。高水平的脂肪酸可能是宿主抵抗病毒的防御機(jī)制，但同時(shí)可能引起炎癥。最近的研究發(fā)現(xiàn)COVID-19患者的血清顯示出酰基肉堿和游離脂肪酸的水平發(fā)生了顯著變化，脂質(zhì)代謝重編程在病毒復(fù)制中起著重要作用。研究結(jié)果顯示COVID-19患者甘油磷脂(PC，PE和PI)的下調(diào)和溶血磷脂(LPC和LPE)、花生四烯酸和油酸的上調(diào)[44]。GO分析顯示，protein-lipid complex subunit organization、plasma lipoprotein particle organization、regulation of plasma lipoprotein particle levels高度富集，且cellular component顯示定位集中在membrane raft、membrane region、membrane microdomain。研究驗(yàn)證了血漿脂蛋白異常是SARS-CoV-2感染的多器官病理學(xué)特征。由于鞘脂與甘油磷脂是膜細(xì)胞的重要組成部分，并調(diào)節(jié)如生長(zhǎng)調(diào)節(jié)和炎癥反應(yīng)等過(guò)程，減少的磷脂會(huì)削弱感染并限制病毒的進(jìn)入[45]。因此，磷脂代謝可能是針對(duì)COVID-19病毒感染的治療干預(yù)的潛在目標(biāo)。

綜上所述，本研究結(jié)合構(gòu)建“復(fù)方-藥物-化合物-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)，分析篩選《溫疫論》中復(fù)方防治COVID-19的關(guān)鍵藥物和關(guān)鍵成分，通過(guò)豆甾醇、三磷酸腺苷、槲皮素、黃芩苷等活性成分，作用于34個(gè)人類(lèi)靶標(biāo)，并通過(guò)多途徑發(fā)揮作用，通過(guò)若干重要信號(hào)通路調(diào)控內(nèi)分泌系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)翻譯等生物學(xué)進(jìn)程，為進(jìn)一步研究《溫疫論》中復(fù)方應(yīng)用及中藥防治COVID-19提供參考。