魯俊倩,武 舒,鐘姍辰,張偉溪,蘇曉華,張冰玉
(林木遺傳育種國家重點實驗室,國家林業(yè)和草原局林木培育重點實驗室,中國林業(yè)科學(xué)研究院林業(yè)研究所,北京 100091)
細胞分裂素是植物生長過程中的一類重要調(diào)控激素,其主要通過雙組分系統(tǒng)進行信號感知與傳遞,參與芽的分化、根的生長、種子發(fā)育等過程,且在低溫、干旱及高鹽等非生物脅迫的逆境響應(yīng)中也發(fā)揮重要作用[1-4]。
植物雙組分系統(tǒng)由組氨酸激酶(Histidine Kinase,HK)蛋白、組氨酸磷酸轉(zhuǎn)移(Histidine Phosphotransfer,HPt)蛋白和反應(yīng)調(diào)節(jié)(Response Regulator,RR)蛋白組成[5-6]。擬南芥(Arabidopsis thaliana)組氨酸激酶由AHK2、AHK3和AHK4(又名CRE1)編碼,與細胞分裂素結(jié)合對下游的AHP(Arabidopsis HPts)蛋白和ARR(Arabidopsis Response Regulators)調(diào)節(jié)蛋白進行調(diào)節(jié),進而傳遞植物激素(細胞分裂素、乙烯)和非生物脅迫信號[2,7-11]。研究表明,組氨酸激酶基因在植物的生長發(fā)育中發(fā)揮重要的調(diào)控作用,如AHK4對植物根的發(fā)育具有明顯的調(diào)控作用[12],AHK3則對植物葉片的衰老和細胞分化起主導(dǎo)作用[13-15],AHK2和AHK3共同調(diào)節(jié)擬南芥的種子萌發(fā)和芽的生長[16]。另外,組氨酸激酶基因在植物應(yīng)對低溫、干旱及高鹽等非生物脅迫過程中也發(fā)揮重要作用[3-4]。Kang 等[17]發(fā)現(xiàn),擬南芥ahk2和ahk3單突變體比野生型個體抗旱性明顯增強,并且ahk2/ahk3和ahk3/ahk4雙突變體比相應(yīng)的單突變體抗旱。低溫脅迫時,ahk2/ahk3和ahk3/ahk4雙突變體比野生型個體具有較高的抗凍性[18],ahk2和ahk3單突變體對干旱、鹽脅迫、低溫和強光等非生物脅迫的抗性比野生型植株顯著增強[3,18]。另外,通過萌發(fā)試驗發(fā)現(xiàn),ahk2、ahk3及ahk4單突變體對外源ABA 高度敏感,外源ABA 對擬南芥組氨酸激酶基因具有負調(diào)控作用[3]。通過ahk2/ahk3雙突變體和野生型植株全基因組表達分析比較發(fā)現(xiàn),組氨酸激酶基因在植物ABA 調(diào)控的抗逆反應(yīng)及非ABA 調(diào)控的抗逆反應(yīng)中均起重要作用[19]。在毛果楊(P.trichocarpaTorr.&Gray)基因組中鑒定出1 個AHK2同源基因PtHK2、2 個AHK3同源基因PtHK3a和PtHK3b,研究表明,毛果楊PtHK2、PtHK3a和PtHK3b在楊樹形成層發(fā)育過程中具有重要調(diào)控作用[20]。然而,組氨酸激酶基因是否參與林木抗逆反應(yīng)尚未見報道。
銀腺楊‘84K’(P.alba×P.glandulosa‘84K’)是我國從韓國引進的白楊派優(yōu)良品種,生長快、材質(zhì)好、抗性強、適應(yīng)性廣,是優(yōu)良的綠化樹種、生態(tài)樹種和用材樹種,且因其易于組培及遺傳轉(zhuǎn)化,成為林木基因工程的理想材料。本研究以銀腺楊‘84K’為材料,克隆了擬南芥AHK3同源基因(PaHK3b)的啟動子及全長CDS(coding sequence),對其啟動子元件及蛋白結(jié)構(gòu)域進行了分析,并對PaHK3b基因在高溫、干旱、鹽脅迫等非生物脅迫及不同植物激素處理下的表達進行了qPCR 檢測;同時,通過原核表達初步確定其生物學(xué)功能。該研究為利用組氨酸激酶基因進行楊樹抗逆分子改良奠定了基礎(chǔ)。
銀腺楊‘84K’。
1.2.1PaHK3b基因的啟動子克隆及序列分析 根據(jù)Phytozome 網(wǎng)站上公布的毛果楊基因組信息,查找基因上游啟動子序列,設(shè)計PaHK3b基因啟動子區(qū)域特異性引物PaHK3b-pro-F 和PaHK3b-pro-R(表1)。采用植物基因組DNA 提取試劑盒(TIANGEN,北京)提取‘84K’楊葉片總DNA,用常規(guī)PCR 方法進行目的片段擴增,用1.5%瓊脂糖凝膠進行電泳檢測,用膠回收試劑盒(Axygen,美國)回收并純化目的片段,并連接到克隆載體pMDTM19-T Vector(Takara,日本)轉(zhuǎn)化至大腸桿菌DH5α(TIANGEN,北京),經(jīng)過藍白斑培養(yǎng)基(Amp+)篩選,挑取陽性單克隆送至生物公司(中美泰和,北京)進行序列測定。利用在線軟件plantCARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)分析該基因啟動子中含有的順式作用元件。
1.2.2PaHK3b基因CDS 的克隆及序列分析 采用EASY spin Plus 植物RNA 快速提取試劑盒(Aidlab,北京)提取‘84K’楊葉片總RNA,并用PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser(Perfect Real Time)(takara,日本)試劑盒進行反轉(zhuǎn)錄,合成單鏈cDNA。根據(jù)Phytozome 網(wǎng)站上公布的毛果楊基因組信息,設(shè)計PaHK3b基因全長cDNA 的PCR 擴增引物PaHK3b-F 和PaHK3b-R(表1),以單鏈cDNA 為模板進行PCR 擴增,擴增程序為95℃ 5 min;95℃ 30 s,57℃ 30 s,72℃ 3 min,38 個循環(huán);72℃ 7 min;4℃保溫。用1.5%瓊脂糖凝膠進行電泳檢測,用膠回收試劑盒(Axygen,美國)回收純化目的片段,并連接到克隆載體PLB-Vector(TIANGEN,北京)轉(zhuǎn)化至大腸桿菌DH5α,涂含抗性(Amp+)平板,37℃過夜培養(yǎng)。挑取陽性單克隆送至生物公司(中美泰和,北京)進行序列測定。利用在線軟件ExpasyProtParam(http://web.expasy.org/protparam/)對PaHK3b基因序列特征進行分析,使用GOR4 在線工具(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_gor4.pl)進行蛋白的二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測,利用NCBI 在線工具(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)進行蛋白結(jié)構(gòu)域分析。
1.2.3 ‘84K’楊非生物脅迫處理和激素處理 將帶有頂端的‘84K’楊組培苗嫩莖(2~3 cm)切下,轉(zhuǎn)接到生根培養(yǎng)基 (1/2MS+0.02 mg·L?1NAA+0.05 mg·L?1IBA)中,培養(yǎng)于溫度24℃、光周期16 h/8 h(光照/黑暗)、光照強度為50 μmol·m?2·s?1人工氣候培養(yǎng)室,28 d 后,選取生長狀態(tài)一致的組培苗,轉(zhuǎn)移到裝有5 mL 1/2MS 液體培養(yǎng)基的玻璃管(直徑4 cm,高20 cm)中繼續(xù)培養(yǎng)。培養(yǎng)5 d后,進行非生物脅迫處理和植物激素處理。非生物脅迫處理分別為42℃高溫、0℃低溫、200 mmol·L?1NaCl 和5% PEG6000 處理,植物激素為脫落酸(ABA)、6-芐氨基嘌呤(6-BA)、吲哚丁酸(IBA)、赤霉素(GA3)及水楊酸(SA),濃度均為10 μmol·L?1。NaCl、PEG6000 及植物激素處理方法為將藥劑添加到1/2MS 液體培養(yǎng)基中,以培養(yǎng)于1/2MS 培養(yǎng)基中的組培苗為對照。各處理的時間均為3 h,每個處理3 個生物學(xué)重復(fù),處理后取成熟葉片,液氮速凍保存于 ?80℃超低溫冰箱。
表1 相關(guān)引物序列及產(chǎn)物大小Table 1 The sequences and PCR product size of primers used in this study
1.2.4PaHK3b基因的表達分析 提取‘84K’楊根、莖、葉以及不同處理植株葉片總RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA。設(shè)計PaHK3b基因?qū)崟r定量PCR(qRT-PCR)引物PaHK3b-q-F 和PaHK3b-q-R(表1)。將合成的cDNA 稀釋10 倍作為實時定量PCR 模板,參照TB Green TM Premix Ex TaqTMII(TliRNaseH Plus)(TaKaRa,日本)試劑盒說明配制反應(yīng)體系:TB Green Premix TaqII(TliRNaseH Plus,2 × )10 μL,Primer-F(10 μmol·L?1) 0.8 μL,Primer-R(10 μmol·L?1) 0.8 μL,cDNA 模板2 μL,ddH2O 補足至20 μL。用Roche Light Cycle 480Ⅱ型熒光定量PCR 儀(Roche,瑞士)進行qRTPCR 反應(yīng),反應(yīng)程序為:預(yù)變性95℃30 s,變性95℃ 5 s,退火60℃ 30 s,40 個循環(huán);溶解曲線為95℃ 5 s,65℃ 1 min。以Actin為內(nèi)參基因,采用2?ΔΔCT算法計算PaHK3b基因的相對表達量[21]。利用Excel2010 和Spass23.0 軟件對數(shù)據(jù)進行整理制圖和差異分析。
1.2.5PaHK3b基因原核表達載體的構(gòu)建 根據(jù)TIANGEN 公司在線無縫克隆引物設(shè)計工具(http://123.56.75.19)設(shè)計含酶切位點的原核表達載體引物pET-28a-PaHK3b-F 和pET-28a-PaHK3b-R(表1),PCR 擴增‘84K’楊PaHK3b基因的cDNA 序列,回收擴增產(chǎn)物。原核表達載體pET-28a(索萊寶,北京)經(jīng)Hind III(Thermo Fisher Scientific,美國)單酶切,膠回收純化,根據(jù)EasyGeno 快速重組克隆試劑盒(TIANGEN,北京)操作流程,將二者回收產(chǎn)物進行重組反應(yīng),將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化至大腸桿菌DH5α 感受態(tài)細胞中,經(jīng)抗性(Kan+)篩選,挑取單克隆進行PCR 驗證,并送至生物公司測序驗證,提取陽性菌株質(zhì)粒,獲得重組載體(pET-28a-PaHK3b)并轉(zhuǎn)化至表達菌株BL21(DE3)(TIANGEN,北京)。
1.2.6 重組菌E.coliBL21(pET-28a-PaHK3b)的鹽及干旱脅迫處理 將轉(zhuǎn)化后的表達菌株BL21(DE3)接種于5 mL 含有50 mg·L?1的卡那霉素的LB 液體培養(yǎng)基,37℃搖床震蕩培養(yǎng)至OD6000.6~0.8,加入終濃度為0.5 mmol·L?1的IPTG 誘導(dǎo)4 h,稀釋菌液104倍,取5 μL 至含有0、50、100、150、200 mmol·L?1NaCl LB 固體培養(yǎng)基上涂抹直徑約為1 cm的9 個點,超凈臺吹干菌液,37℃倒置過夜培養(yǎng)[22]。同時,取誘導(dǎo)后的產(chǎn)物1 mL 加入到1 mL 含有PEG6000 的LB 液體培養(yǎng)基中使PEG 終濃度為5%(W/V),放置37℃搖床震蕩培養(yǎng),0~7 h 內(nèi)每隔1 h 測1 次OD600值,每個時間點測3 個重復(fù)[23-25]。
通過PCR 擴增、克隆得到‘84K’楊PaHK3b基因全長CDS。CDS 全長為3 060 bp,編碼1 019 個氨基酸,蛋白分子量為113 564.85 kDa,等電點為6.53,蛋白不穩(wěn)定指數(shù)為37,為穩(wěn)定蛋白;脂肪族指數(shù)為92.31,蛋白疏水性平均值為?0.088。蛋白主要以無規(guī)則卷曲為主,α-螺旋與延伸鏈則散布在蛋白中,其中,無規(guī)則卷曲416 個(40.82%)、α-螺旋377 個(37%)、延伸鏈則有226 個(22.18%)。蛋白結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果表明,PaHK3b 蛋白具有典型的細胞分裂素受體結(jié)構(gòu)域,包含CHASE (Cyclaseand histidine kinase associated sensing extracellular)結(jié)構(gòu)域、HisKA (His kinase A domain)結(jié)構(gòu)域及REC(CheY-homologous receiver domain)結(jié)構(gòu)域,其中,CHASE 結(jié)構(gòu)域使細胞分裂素與其相應(yīng)的受體結(jié)合,HisKA 結(jié)構(gòu)域感知信號和His 殘基自身磷酸化,REC 結(jié)構(gòu)域與磷酸基團相結(jié)合,并向下游的信號蛋白進行傳遞。
克隆得到全長1 600 bp 的‘84K’楊PaHK3b基因啟動子序列,并采用plantCARE 對其進行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明:PaHK3b啟動子不僅具有TATA-box 和CAAT-box 核心基本元件,還包括G-box、GA-motif、TCT-motif 等光響應(yīng)元件。另外,PaHK3b啟動子區(qū)域還包含多個與逆境響應(yīng)及激素調(diào)控相關(guān)的順式作用元件,如低溫響應(yīng)元件LTR、防御與脅迫響應(yīng)元件TC-rich repeats、赤霉素響應(yīng)元件GARE-motif、水楊酸響應(yīng)元件TCAelement 等(表2),表明該基因可能參與楊樹逆境脅迫及激素信號響應(yīng)。
表2 PlantCARE 預(yù)測PaHK3b 啟動子的主要順式作用元件Table 2 The main cis-elements in PaHK3b promoter predicted by PlantCARE
采用qRT-PCR 技術(shù)對‘84K’楊PaHK3b基因在根、莖、葉的表達進行檢測。結(jié)果表明:該基因在根、莖、葉中均有表達,以根表達量作為參照,莖表達量低于根組織,為根表達量的82%,葉片的表達量高于根,為根表達量的1.63 倍(圖1)。以上結(jié)果表明,PaHK3b基因在‘84K’楊葉片表達量最高。
圖1 ‘84K’楊PaHK3b 基因在根、莖、葉片中的表達差異Fig.1 Expression difference of PaHK3b gene in root,stem and leaf of ‘84K’ poplar
高溫、低溫、鹽脅迫和干旱脅迫條件下,‘84K’楊PaHK3b基因表達量均明顯高于對照,并且溫度脅迫下PaHK3b基因表達量高于鹽脅迫和干旱脅迫下的表達量(圖2),其中,42℃高溫脅迫、0℃低溫脅迫時,PaHK3b基因表達量分別為對照的2.67、2.61 倍;200 mmol·L?1NaCl 脅迫、5%PEG6000 脅迫時,PaHK3b基因表達量分別為對照的2.28、1.87 倍。以上結(jié)果說明,PaHK3b基因參與了非生物脅迫響應(yīng),在楊樹的逆境脅迫反應(yīng)過程中起作用。
圖2 非生物脅迫處理下‘84K’楊葉片PaHK3b 基因的表達差異Fig.2 Expression difference of PaHK3b in leaf of ‘84K’poplar under abiotic stresses
圖3 表明:PaHK3b基因?qū)Σ煌参锛に氐捻憫?yīng)有差異。生長素IBA 處理時,PaHK3b基因表達量與對照相似,而其他激素處理時,PaHK3b基因表達量均不同程度的低于對照,其中,6-BA、ABA、GA3、SA 處理時,PaHK3b基因表達量分別為對照的35%、39%、61%、66%??梢?,外源赤霉素、脫落酸、細胞分裂素及水楊酸均能抑制楊樹PaHK3b基因的表達,表明PaHK3b基因參與植物激素響應(yīng)。
圖3 不同植物激素處理下‘84K’楊葉片PaHK3b 基因的表達差異Fig.3 Expression difference of ‘84K’PaHK3b under several plant hormone treatments
利用斑點法對PaHK3b基因的抗鹽性進行了檢測。結(jié)果表明:在未添加NaCl 的LB 固體培養(yǎng)基上,轉(zhuǎn)入pET-28a-PaHK3b重組質(zhì)粒的大腸桿菌BL21 菌株(重組菌株)與轉(zhuǎn)入pET-28a 空載體的菌株(對照菌株)生長速度基本一致。在含有50、100、150 mmol·L?1的NaCl LB 固體培養(yǎng)基上,重組菌株與對照菌株生長均受到抑制,且隨著NaCl 濃度的增加菌落生長減少;但重組菌生長速度較對照快,菌落多且菌斑大。當(dāng)培養(yǎng)基中NaCl 濃度為200 mmol·L?1時,2 種菌株均停止生長(圖4)。因此,PaHK3b基因通過原核表達能夠提高大腸桿菌菌株的抗鹽能力。
圖4 大腸桿菌E.coli BL21(pET-28a)和E.coli BL21(pET-28a-PaHK3b)菌株耐鹽性差異Fig.4 Difference in salt tolerance of E.coli BL21(pET-28a)and E.coli BL21(pET-28a-PaHK3b)
利用PEG 模擬干旱脅迫對PaHK3b基因的抗旱性進行評價,結(jié)果表明:在LB 液體培養(yǎng)基中,重組菌株的生長速度較對照菌株要快;在添加5%PEG6000 的LB 液體培養(yǎng)基中,重組菌株和對照菌株生長均受到抑制。培養(yǎng)1 h 時,重組菌株和對照菌株生長沒有差異,之后轉(zhuǎn)入pET-28a-PaHK3b重組質(zhì)粒的菌株較轉(zhuǎn)入pET-28a 空載的大腸桿菌生長速度快,培養(yǎng)7 h 后,含重組質(zhì)粒菌株的OD600值是初始的1.8 倍,含空載質(zhì)粒菌株的OD600值是初始的1.1 倍(圖5)。因此,PaHK3b基因原核表達不僅能夠提高大腸桿菌菌株生長速度,而且還能夠提高其抗脫水能力。
圖5 大腸桿菌E.coli BL21(pET-28a)和E.coli BL21(pET-28a-PaHK3b)菌株在LB 及LB-5%PEG6000 液體培養(yǎng)基生長曲線Fig.5 Growth curve of E.coli BL21(pET-28a)and E.coli BL21(pET-28a-PaHK3b)in LB and LB-5%PEG6000 liquid medium respectively
組氨酸激酶基因在植物激素信號響應(yīng)及非生物逆境脅迫響應(yīng)中發(fā)揮重要作用[3,26]。如擬南芥組氨酸激酶AHK3參與其對干旱、高鹽及冷脅迫的抗逆反應(yīng)[3-4],轉(zhuǎn)玉米(Zea maysL.)組氨酸激酶基因ZmHK9的擬南芥抗旱性明顯增強[27]。本研究中,在高溫、低溫、高鹽和PEG 模擬干旱等處理條件下,PaHK3b基因表達量均增加,其中,基因上調(diào)程度呈高溫>低溫>鹽脅迫>干旱脅迫的模式;在6-BA、ABA、GA3 及SA 處理條件下,PaHK3b基因表達量均下降,基因下調(diào)程度呈6-BA>ABA>GA3>SA 的模式。因此表明,PaHK3b基因能夠不同程度的參與植物激素信號響應(yīng)及非生物脅迫信號響應(yīng)。另外,SA 是植物防衛(wèi)反應(yīng)的重要內(nèi)源植物激素,作為一種信號分子,在植物生物脅迫響應(yīng)過程中發(fā)揮重要作用[28-29]。ABA 在植物抗逆脅迫反應(yīng)及在生物脅迫和非生物脅迫中均具有重要調(diào)控作用。因此,PaHK3b基因可能通過ABA 及SA 途徑的負調(diào)節(jié)提高了楊樹對逆境脅迫的耐受性。
通過分析PaHK3b基因CDS 序列發(fā)現(xiàn),‘84K’楊組氨酸激酶PaHK3b 蛋白具有典型的CHASE 細胞分裂素受體結(jié)構(gòu)域。在植物外源激素6-BA 處理下,PaHK3b基因下調(diào)表達,表明該基因能夠感知細胞分裂素信號并參與響應(yīng),這與組氨酸激酶基因具有CHASE 結(jié)構(gòu)域,通過該結(jié)構(gòu)域與細胞分裂素的結(jié)合,感知植物激素信號并進行傳導(dǎo)是一致的[7,10]。對PaHK3b基因啟動子序列分析發(fā)現(xiàn),該區(qū)域包含低溫響應(yīng)、防御與脅迫響應(yīng)、赤霉素響應(yīng)、水楊酸響應(yīng)等多個參與脅迫響應(yīng)及激素調(diào)控的順式作用元件。這與組氨酸激酶基因啟動子區(qū)域有多個植物激素信號響應(yīng)及非生物逆境脅迫相關(guān)的順式作用元件是一致的[30-31]。另外,結(jié)合在植物激素6-BA、ABA、GA3、SA 和非生物脅迫高溫、低溫、高鹽、PEG 處理下,PaHK3b基因均不同程度參與響應(yīng)的表達,表明PaHK3b基因參與植物激素信號響應(yīng)及非生物脅迫響應(yīng)與其基因結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。
已有研究表明,通過構(gòu)建基因的原核表達載體,并利用大腸桿菌表達系統(tǒng)可以對基因的功能進行初步鑒定。如將小麥(Triticum aestivumL.)脫水蛋白編碼基因——DHN14基因的原核表達載體轉(zhuǎn)入大腸桿菌后,大腸桿菌菌株對重金屬脅迫及過氧化氫脅迫的耐受性顯著增強,推測小麥脫水蛋白基因DHN14在其響應(yīng)非生物脅迫的過程中起作用[23]。轉(zhuǎn)入谷子(Setaria italicaL.)類受體蛋白激酶基因SiRLK35原核表達載體的大腸桿菌菌株生長狀態(tài)較陰性對照好,同時獲得的轉(zhuǎn)SiRLK35基因水稻植株對鹽脅迫的耐受性高于對照[22]。以上研究說明,原核表達結(jié)果能對克隆基因功能進行有效鑒定。在本研究中,轉(zhuǎn)入PaHK3b基因原核表達載體的菌株在50~150 mmol·L?1NaCl 的LB 固體培養(yǎng)基及5% PEG6000 的LB 液體培養(yǎng)基中生長狀態(tài)均好于轉(zhuǎn)入空載體的對照菌株。因此可得,楊樹PaHK3b基因能夠促進大腸桿菌的生長,同時能夠提高其耐鹽和抗旱能力,推測該基因可能在楊樹生長及抗逆境脅迫的過程中發(fā)揮作用。
本研究從‘84K’楊中克隆了組氨酸激酶基因PaHK3b及其啟動子,生物信息學(xué)分析表明,該基因編碼蛋白具有典型的細胞分裂素受體結(jié)構(gòu)域,其啟動子區(qū)域有多個參與脅迫響應(yīng)和激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的順式作用元件。在高溫、低溫、高鹽和PEG 模擬干旱等非生物脅迫下,PaHK3b基因表達量增加,而在6-BA、ABA、GA3 及水楊酸等植物激素處理條件下,其表達量下降。原核表達PaHK3b基因可以提高受體大腸桿菌的生長及抗旱耐鹽能力。初步生物學(xué)功能研究表明,該基因參與楊樹植物激素信號響應(yīng),并在其抗逆境脅迫過程中發(fā)揮重要調(diào)控作用。本研究結(jié)果為深入研究PaHK3b基因在激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)及逆境脅迫下楊樹生長發(fā)育的調(diào)控作用提供線索,為楊樹抗逆分子育種及品種改良奠定基礎(chǔ)。