組織宏基因組二代測序檢測肝膿腫病原體2例

劉苗霞 黎倍伶 李俊纓 鐘濤 程笑 李文飛 蔣秀華 周玲 李暉 陳金軍

病例1，男性，69歲，因“右上腹隱痛20余日”于2019年8月7日入住我科?；颊哂谌朐?0 d前無明顯誘因出現(xiàn)右上腹陣發(fā)性隱痛，無發(fā)熱及其他伴隨癥狀。外院查血常規(guī)：白細胞8.88×109/L，中性粒細胞百分比74.7%，血紅蛋白67 g/L，血小板622×109/L，未特殊處理?；颊呷杂疑细雇矗炀驮\于我院，行上腹增強CT提示肝右葉低密度影(75 mm×54 mm)，考慮為肝膿腫(圖1A)、右側胸腔積液。既往2010年因賁門狹窄行胃大部分切除術。否認糖尿病史。入院查體：體溫36.8 ℃，脈搏98次/min，呼吸12次/min，血壓116/71 mmHg。貧血貌，右上腹輕壓痛，無反跳痛，余查體無明顯陽性體征。完善相關檢查，2019年8月7日血常規(guī)：白細胞總數(shù)4.93×109/L，中性粒細胞百分比75%，血紅蛋白66 g/L，血小板數(shù)491×109/L；尿常規(guī)正常；大便常規(guī)：隱血試驗弱陽性，轉鐵蛋白弱陽性；全程C反應蛋白110.67 mg/L；降鈣素原 0.177 ng/mL；肝、腎功、凝血、離子、血糖均未見明顯異常。多次血培養(yǎng)陰性。因貧血、血小板升高，完善骨穿涂片：增生活躍骨髓象，紅系代償性增生，血小板呈簇狀分布/易見。

入院診斷肝膿腫，予頭孢哌酮舒巴坦聯(lián)合左氧氟沙星經驗性抗感染治療1 d。詳細追問病史，患者發(fā)病前有腹瀉，隨后出現(xiàn)右上腹痛，考慮不除外阿米巴肝膿腫，遂于2019年8月8日停用上述抗生素。為明確病原體，進一步行肝內病灶穿刺，獲取2條病灶組織，分別送檢病理和宏基因組二代測序(mNGS)。病理回報：肝臟炎癥病變組織，考慮肝膿腫(圖1C)。mNGS結果示嗜沫凝聚桿菌感染，序列數(shù)為872，覆蓋圖見圖1D。根據(jù)測序結果，證實為革蘭陰性桿菌感染的細菌性肝膿腫，再次予頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉(3g，1次/8 h)抗感染。患者右上腹疼痛較前緩解，2019年8月24日復查肝臟超聲：肝內低回聲縮小為46 mm×36 mm，遂出院。出院后繼續(xù)口服頭孢泊肟酯0.2 g，1次/12 h達總療程4周后停藥，3個月時復查CT示病灶明顯好轉(圖1B)，右側胸腔積液吸收。

A：入院時CT示肝右葉低密度病灶未液化，大小約為75 mm×54 mm。B：治療后3個月時復查CT示肝膿腫病灶明顯縮小。C：病灶病理(HE, ×10倍)示大面積橋接壞死，可見大量炎性細胞浸潤及纖維增生形成纖維間隔，考慮肝膿腫。D：膿腫組織mNGS結果示嗜沫凝聚桿菌的覆蓋圖。

病例2，男性，36歲，因“畏寒、發(fā)熱10 d”于2020年2月7日入院?；颊呔売谌朐呵?0 d無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱伴畏寒、寒戰(zhàn)，最高體溫38.5 ℃，無頭暈、乏力，無咳嗽、咳痰、呼吸困難，無胸悶、氣促，無腹痛、腹瀉、腹脹，無惡心、嘔吐，無尿頻、尿急、尿痛。外院查血常規(guī)提示：白細胞 15.92×109/L，中性粒細胞百分比 82.6%，先后予以頭孢克肟分散片口服2 d、頭孢地嗪靜滴2 d、頭孢地尼口服5 d，患者仍有高熱、畏寒。遂于2020年2月6日就診于我院，門診查血常規(guī)：白細胞 20.39×109/L，中性粒細胞百分比86%，C反應蛋白 229 mg/L。肺部CT示肝右葉見低密度影。門診以“肝占位”收入我科。入院查體：體溫38.2 ℃，脈搏103次/min，呼吸17次/min，血壓131/87 mmHg。全腹柔軟，無壓痛，無反跳痛，無腹部包塊，余查體亦無明顯陽性體征。

入院后完善上腹部CT增強示肝S6/7團片狀低密度影，邊界欠清，范圍約78 mm×64 mm，內密度不均，呈蜂窩狀，增強掃描呈“花瓣征”，未見壁結節(jié)，考慮為肝膿腫(圖2A)。經驗性使用美羅培南(1 g，1次/8 h)抗感染7 d后，仍反復高熱，體溫峰值大于39 ℃。2020年2月12日行肝膿腫穿刺尋找病原學，無法抽吸出濃汁，遂穿取2條膿腫組織，分別行病理和mNGS檢測。病理回報提示肝膿腫(圖2C)。2020年2月14日 mNGS結果回報中間鏈球菌，序列數(shù)35，覆蓋圖見圖2D。測序結果為革蘭陽性球菌，美羅培南抗感染7 d無效，遂當日停用美羅培南，更換為哌拉西林鈉他唑巴坦(4.5 g，1次/8 h)抗感染。調整抗生素后，當日體溫峰值下降，次日體溫恢復正常，血象、感染指標也逐漸下降至正常(圖2E)?；颊哂?020年2月22日出院。出院后繼續(xù)予以口服頭孢泊肟達總療程12周。12周時復查CT，病灶明顯縮小至33 mm×22 mm(圖2B)。

A：入院時CT示肝右葉肝膿腫呈蜂窩狀，大小約為78 mm×64 mm。B：抗感染治療3個月后CT示膿腫病灶明顯縮小。C：病灶病理(HE, ×10倍)示病灶壞死組織纖維增生伴炎性細胞浸潤，考慮肝膿腫。D：膿腫組織mNGS結果示中間鏈球菌覆蓋圖。E：患者發(fā)病體溫、血象隨診治干預的變化趨勢圖。

討論肝膿腫是肝臟的感染性病變，抗感染治療不及時或無效可進展為感染性休克甚至多器官功能衰竭危及生命。目前肝膿腫的病原學檢測方法主要為靜脈血血培養(yǎng)和膿汁培養(yǎng)，陽性率分別為25%、65%[1]。靜脈血培養(yǎng)陽性率低，濃汁獲取及培養(yǎng)有一定局限性。許多肝膿腫在未液化時無法獲得濃汁，而培養(yǎng)的方法耗時長，對于生長緩慢、生長條件嚴苛的特殊病原體可能無法得到陽性結果。因此，目前常規(guī)的檢測手段對肝膿腫病原體診斷，尤其是未液化的肝膿腫有較大局限性。

mNGS是一種新的病原學檢測工具，可以快速和準確地識別潛在的病原體，檢測病原體范圍包括病毒、細菌、真菌和寄生蟲等[2]，檢測的標本類型包括腦脊液、胸腔積液、腹腔積液、關節(jié)腔積液、肺泡盥洗液、痰液、濃汁、血液、組織等。近年來，諸多研究發(fā)現(xiàn)mNGS在多種部位感染的病原體診斷中發(fā)揮重要作用，研究覆蓋了中樞神經系統(tǒng)感染、肝結核、關節(jié)腔積液感染、腎上腺膿腫、特殊病原體肺炎等[3-9]。而關于mNGS檢測肝膿腫組織用于明確肝膿腫病原體的臨床應用和價值缺乏相應的報道和研究。

本文闡述了2例通過mNGS檢測膿腫組織診斷肝膿腫病原體的病例，初步探索了mNGS在明確未液化肝膿腫的病原體的臨床意義。病例一患者的mNGS由華大基因公司的BGI測序平臺檢測，病例二由微遠基因公司的illumina測序平臺檢測。病例1患者CT提示肝占位，肝膿腫臨床表現(xiàn)不典型，通過肝活檢mNGS檢測證實了肝占位為細菌感染所致的膿腫，病原體為嗜沫凝聚桿菌。嗜沫凝聚桿菌，舊稱嗜沫嗜血桿菌，是一種革蘭陰性桿菌，生長要求嚴格、生長速度緩慢，傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法難以培養(yǎng)出這種細菌[10]。該細菌是人類口腔、上呼吸道的正常共生菌，一般不引起侵襲性感染，常見引起的感染包括骨和關節(jié)的感染、亞急性感染性心內膜炎，而極少引起肝膿腫[11]。查閱相關文獻，目前關于該菌引起的肝膿腫只有4例報道[10-13]，既往報道的4例嗜沫凝聚桿菌感染的肝膿腫中，血培養(yǎng)結果均為陰性，濃汁培養(yǎng)為陽性，但濃汁培養(yǎng)耗時長，無法早期指導臨床診治。本文中病例一為首例通過mNGS檢測出嗜沫凝聚桿菌感染的肝膿腫，該檢測方法在病程初期即可進行，結果獲取快，有利于盡早明確肝膿腫的病原體，從而盡早啟動精準抗感染治療。

病例2肝膿腫患者經驗性抗感染治療無效，多次采血培養(yǎng)結果均為陰性，在治療遇到瓶頸時，進行了膿腫組織mNGS檢測，迅速明確了病原體，根據(jù)mNGS測序的結果調整抗生素后，感染迅速好轉。該患者于寒戰(zhàn)高熱時多次采血培養(yǎng)，但結果均為陰性，分析原因可能為血培養(yǎng)陽性率本來較低，且前期長期大量抗生素治療可能使得陽性率進一步降低。mNGS技術主要通過對病原體核酸進行測序，受抗生素使用的影響較小[14]，且此病例直接檢測病灶組織，病原體濃度高，可進一步提高病原體的檢出率。

本文的2例患者均采用肝膿腫組織進行mNGS檢測，突破了既往膿腫未液化時無法獲得濃汁進行培養(yǎng)的局限，為肝膿腫患者早期尋找病原體探索新的取材方式。同時行組織病理檢測可對明確病灶性質，明確臨床診斷有重要意義。對比傳統(tǒng)的病原體檢測方法，膿腫mNGS檢測比靜脈血血培養(yǎng)陽性率更高，較濃汁培養(yǎng)耗時短，效率高，在明確肝膿腫病原體方面有一定的臨床應用價值。本文初步肯定了膿腫組織mNGS對肝膿腫病原體檢測的價值，但尚需更大樣本的前瞻性隨機對照研究來進一步驗證。