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    離心微流控芯片技術(shù)用于核酸等溫?cái)U(kuò)增的研究進(jìn)展

    2020-12-28 07:01:48周新麗
    工業(yè)微生物 2020年6期
    關(guān)鍵詞:離心式微流等溫

    曹 寧, 周新麗

    上海理工大學(xué)醫(yī)療器械與食品學(xué)院,上海 200093

    食品安全在現(xiàn)代社會(huì)引發(fā)越來越廣泛的關(guān)注,出現(xiàn)許多由食源致病菌的污染食品造成頻發(fā)的食品安全事件,而早期對(duì)致病菌進(jìn)行分子診斷可有效防止后期產(chǎn)生嚴(yán)重?fù)p害。在致病菌檢測(cè)早期,標(biāo)志物的檢測(cè)水平通常非常低[1],需要采用核酸擴(kuò)增技術(shù)來擴(kuò)增脫氧核糖核酸(Deoxyribo Nucleic Acid,DNA)和核糖核酸(Ribonucleic Acid,RNA),拷貝大量目標(biāo)核酸,顯著提高反應(yīng)靈敏度[2]。核酸擴(kuò)增技術(shù)包含常規(guī)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)[3](Polymerase Chain Reaction,PCR)、核酸等溫?cái)U(kuò)增等技術(shù)。其中,核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)操作簡(jiǎn)單,僅需要一個(gè)恒溫平臺(tái),便能使樣品進(jìn)行高效、快速的核酸擴(kuò)增反應(yīng),但仍需要專業(yè)的檢測(cè)人員操作,不宜在現(xiàn)場(chǎng)及基層推廣[4]。

    微流控技術(shù)是將傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室的基本功能整合到一個(gè)只有幾平方厘米的芯片上,僅通過皮升或微升體積的微量流體,便能實(shí)現(xiàn)生化分析的各個(gè)步驟。此方法具有微型化、集成化、高通量、自動(dòng)化的優(yōu)勢(shì),為實(shí)現(xiàn)現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)、低成本的生化分析提供了一條經(jīng)濟(jì)簡(jiǎn)便的檢測(cè)技術(shù)途徑。目前微流控檢測(cè)芯片已廣泛應(yīng)用于血液檢測(cè)[5, 6]、藥物篩選[7,8]、核酸分析[9,10]、水質(zhì)分析[11,12]及食品檢測(cè)[13,14]等方面。微流控芯片的驅(qū)動(dòng)方式分為機(jī)械驅(qū)動(dòng)及非機(jī)械驅(qū)動(dòng)。機(jī)械驅(qū)動(dòng)主要是利用自身部件的運(yùn)動(dòng)來達(dá)到驅(qū)動(dòng)的目的,包括各種微泵驅(qū)動(dòng)[15]、磁珠驅(qū)動(dòng)[16]和離心力驅(qū)動(dòng)[17]等,非機(jī)械驅(qū)動(dòng)方式包括毛細(xì)管作用力驅(qū)動(dòng)[18],電動(dòng)驅(qū)動(dòng)[19]等。離心力驅(qū)動(dòng)芯片是機(jī)械驅(qū)動(dòng)中的一種,與微泵驅(qū)動(dòng)、磁珠驅(qū)動(dòng)等機(jī)械驅(qū)動(dòng)的不同在于,其不需要連接外部任何其他接口,可實(shí)現(xiàn)分析系統(tǒng)的集成性及簡(jiǎn)便性。由于離心重力場(chǎng)的作用,離心式芯片可以簡(jiǎn)便去除可能干擾測(cè)定的任何氣泡,并且通過調(diào)節(jié)通道的長(zhǎng)度及旋轉(zhuǎn)速度,實(shí)現(xiàn)不同大小的離心力,僅通過簡(jiǎn)單主軸電機(jī)即可驅(qū)動(dòng)數(shù)十或者數(shù)百個(gè)獨(dú)立的結(jié)構(gòu)單元,可在芯片上對(duì)樣品進(jìn)行分子診斷及檢測(cè)分析[20]。

    近年來,越來越多的研究表明將離心微流控芯片技術(shù)與核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)結(jié)合,具有微量化、集成化、自動(dòng)化等特點(diǎn),在食品安全、環(huán)境保護(hù)、醫(yī)療衛(wèi)生等領(lǐng)域展現(xiàn)巨大的發(fā)展?jié)摿?。本論文介紹了離心微流控芯片技術(shù)用于核酸等溫?cái)U(kuò)增的研究進(jìn)展,包括離心微流控芯片技術(shù)用于核酸提取、試劑的預(yù)存儲(chǔ),重組酶聚合酶擴(kuò)增(Recombinase Polymerase Amplification,RPA)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(Loop-mediated Isothermal Amplification,LAMP)、依賴核酸序列擴(kuò)增(Nucleic Acid Sequence-dependent Amplification,NASBA)三種核酸等溫?cái)U(kuò)增方法中的應(yīng)用。最后,對(duì)離心微流控技術(shù)用于核酸等溫?cái)U(kuò)增存在的問題和可能的發(fā)展方向進(jìn)行了分析。

    1 離心微流控芯片技術(shù)用于核酸擴(kuò)增前處理

    1.1 核酸提取

    在進(jìn)行核酸擴(kuò)增檢測(cè)之前,首先要進(jìn)行樣品中的核酸提取。提取樣品中的核酸,真核細(xì)胞或細(xì)菌需要進(jìn)行裂解,使核酸易于純化或濃縮,提取高質(zhì)量的DNA、RNA是檢測(cè)成功的關(guān)鍵[21-24]。離心式芯片上DNA的提取及純化常采用磁珠或二氧化硅珠機(jī)械裂解法。該方法需要三個(gè)主要步驟:樣品DNA與珠子相的結(jié)合、珠子洗滌以及DNA純化、DNA的洗脫。

    STUMPF F等[25]使用磁珠在芯片上進(jìn)行核酸提取,磁珠為固定相。如圖1A所示,將磁珠預(yù)存儲(chǔ)于芯片腔室(c)中,并將結(jié)合液、裂解液、洗滌液1、洗滌液2、洗脫液通過鋁復(fù)合箔棒狀包裝預(yù)存儲(chǔ)于(b)從右至左的五個(gè)不同腔室內(nèi)。樣品從進(jìn)樣腔(a)加入,在電機(jī)頻率為55 Hz的條件下將裂解液、洗滌液1、洗滌液2、洗脫液RNA提取緩沖液從棒狀包裝中釋放出并分別轉(zhuǎn)移至裂解結(jié)合腔(c)、洗滌腔1(d)和洗滌腔2(e)和洗脫腔(f)。調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)速為80 Hz將結(jié)合液包裝破裂并添加至裂解結(jié)合腔(c)裂解樣品中,使RNA與磁珠結(jié)合。通過使用外部移動(dòng)磁鐵的方法依次通過核酸提取腔室(c-f)得到純化后的RNA。最后提取出純化后的RNA驅(qū)動(dòng)到微流體通道區(qū)域(g)中,使用10 Hz的頻率使洗脫液泵送到等分結(jié)構(gòu)(h)中,然后轉(zhuǎn)移至反應(yīng)腔(i)中進(jìn)行后續(xù)擴(kuò)增檢測(cè)。

    另一方法,使用二氧化硅珠以提取核酸,硅珠為固定相。JUNG J H等[26]研究出將硅珠以低凹結(jié)構(gòu)填充在微通道中,不論旋轉(zhuǎn)速度和方向如何,這種珠床都是固定的。如圖1B所示,將樣品加入進(jìn)樣腔(a)中,由于芯片的親水性,樣品自動(dòng)流入含有硅珠的微通道(b)中,硅珠將RNA樣品及一些雜質(zhì)捕獲。洗滌液、洗脫液和RT-LAMP反應(yīng)混合液分別裝入洗滌腔(c)、洗脫腔(d)及RT-LAMP存儲(chǔ)腔(e),以5 000 r/min的速度離心10 s,先釋放洗滌液,去除殘留在硅珠上的鹽、蛋白質(zhì),通過虹吸閥的設(shè)計(jì)再釋放洗脫液,洗脫硅珠上純化后的RNA,然后以5 000 r/min的速度逆時(shí)針離心290 s完全干燥微珠中的任何殘留乙醇,核酸提取的廢棄液體由驅(qū)動(dòng)力移動(dòng)至廢液腔(g)。將驅(qū)動(dòng)設(shè)備停止30 s,在進(jìn)樣腔(a)中加入無核酸酶水,RT-LAMP存儲(chǔ)腔(e)中的反應(yīng)混合液釋放至虹吸閥,以5 000 r/min的速度順時(shí)針旋轉(zhuǎn)90 s,純化后的RNA與RT-LAMP混合液轉(zhuǎn)移至反應(yīng)腔(f)并進(jìn)行后續(xù)擴(kuò)增檢測(cè)。離心式芯片需要精密設(shè)計(jì)的微通道和腔室才能夠僅通過主軸電機(jī)進(jìn)行核酸的提取及純化。

    1.2 試劑的預(yù)存儲(chǔ)

    試劑的預(yù)存儲(chǔ)能夠有效避免來自不同生產(chǎn)批次的試劑的混合,有助于減少交叉污染,增強(qiáng)檢測(cè)效果,減少在檢測(cè)過程中手動(dòng)添加試劑。預(yù)存儲(chǔ)可細(xì)分為干燥試劑和液體試劑的存儲(chǔ),由于預(yù)存儲(chǔ)試劑(例如緩沖液和溶劑)需要低溫、隔氧、避光保存等性質(zhì),其長(zhǎng)期預(yù)存儲(chǔ)是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)。

    使用干燥形式進(jìn)行試劑的預(yù)存儲(chǔ),通常是在芯片封裝之前將預(yù)存儲(chǔ)試劑添加到聚合物芯片反應(yīng)室內(nèi),然后將試劑進(jìn)行冷凍干燥,之后再對(duì)芯片進(jìn)行封裝。通過優(yōu)化合適的冷凍干燥參數(shù),凍干試劑能夠長(zhǎng)期在室溫下穩(wěn)定存儲(chǔ)。對(duì)于液體試劑,可以預(yù)先存儲(chǔ)在單獨(dú)的容器中,也可以直接注入離心式芯片的腔室中。STUMPF F等[25]提出了由不透氣的鋁復(fù)合箔制成微型包裝,能夠在制造過程中改變微型包裝的密封參數(shù),實(shí)現(xiàn)在不同的離心力下分批次破裂釋放緩沖液,可用于PCR試劑補(bǔ)充液或緩沖液的釋放(圖1C)。LUTZ S等[27]證明了用于DNA提取的液體試劑的長(zhǎng)期穩(wěn)定預(yù)存儲(chǔ)。將RPA緩沖液封裝在玻璃包裝中進(jìn)行密封,然后將其放在芯片內(nèi)。當(dāng)進(jìn)行檢測(cè)時(shí),首先將玻璃瓶手動(dòng)壓碎將試劑釋放到微流體結(jié)構(gòu)中,再進(jìn)行后續(xù)檢測(cè)(圖1D)。

    2 離心微流控芯片技術(shù)用于核酸等溫?cái)U(kuò)增

    核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)能夠使用恒定溫度對(duì)DNA、RNA進(jìn)行擴(kuò)增,操作過程較PCR技術(shù)簡(jiǎn)單很多,在現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)的研究中展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。下面介紹離心微流控芯片技術(shù)在重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)、依賴核酸序列擴(kuò)增(NASBA)三種核酸等溫?cái)U(kuò)增方法中的應(yīng)用。

    2.1 重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)

    重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)僅需要一種能夠結(jié)合單鏈核酸(寡核苷酸引物)的重組酶,單鏈DNA結(jié)合蛋白(SSB)與被取代的 DNA 鏈結(jié)合,DNA聚合酶在室溫或37 ℃的最佳溫度下均能進(jìn)行具有活性的鏈置換反應(yīng)[28]。反應(yīng)的第一步是在重組酶和引物之間形成復(fù)合物,該復(fù)合物與雙鏈DNA中同源序列的互補(bǔ)DNA結(jié)合。一旦引物與同源序列結(jié)合,就會(huì)發(fā)生鏈交換反應(yīng),啟動(dòng)DNA合成,并以指數(shù)方式擴(kuò)增模板上的靶區(qū)域,取代的DNA鏈與SSB結(jié)合以防止進(jìn)一步取代[29]。在該系統(tǒng)中,合成反應(yīng)由兩個(gè)相對(duì)的引物引發(fā),整個(gè)過程在10 min內(nèi)獲得可檢出水平的擴(kuò)增產(chǎn)物。這種方法由于反應(yīng)溫度相對(duì)較低,不會(huì)出現(xiàn)液體蒸發(fā)的問題。

    CHOI G等[30],研發(fā)出集成性的離心式芯片及配套檢測(cè)儀器。能夠在單個(gè)離心式芯片中進(jìn)行牛奶細(xì)菌的裂解,試劑的精準(zhǔn)分裝,RPA擴(kuò)增以及實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)。單個(gè)離心式芯片包含一式三份相同功能單元,每個(gè)單元含有四個(gè)反應(yīng)腔;每部分芯片由兩層組成,包括RPA試劑注入頂層和含有食源性致病菌的加標(biāo)牛奶樣品裝入底層。芯片的操作流程如圖2A所示:首先將細(xì)菌樣品添加到芯片的樣品入口(a),RPA試劑添加至試劑入口(b),通過800 r/min轉(zhuǎn)速使細(xì)菌樣品進(jìn)入等分腔(c)將樣品等分為四份,再調(diào)節(jié)至3 000 r/min轉(zhuǎn)速,頂層的RPA試劑通過微通道流入至緩沖液腔(d)。最終以5 000 r/min的速度將等分腔(c) 中的細(xì)菌樣品和緩沖液腔(d)的RPA試劑同時(shí)加載到每個(gè)反應(yīng)腔(e)中混合,再進(jìn)行RPA擴(kuò)增后續(xù)檢測(cè)。此方法可以在39 ℃恒溫30 min,通過熒光變化同時(shí)檢測(cè)牛奶樣品中三種食源致病菌,并且可直接對(duì)樣品進(jìn)行檢測(cè)無需提取DNA。

    CHEN J等[31],研發(fā)出一種便攜式過濾移液器,可從尿液樣本中檢測(cè)出五種不同的致病菌。芯片的操作流程如圖2B所示:首先將磁力攪拌子與氧化鋯珠預(yù)封裝于芯片裂解腔(b)內(nèi),通過芯片的入口(a)將細(xì)菌懸浮液添加到裂解腔(b),RPA混合溶液添加至儲(chǔ)存腔(c)中,并將所有的進(jìn)出口都用膠帶密封。隨后把芯片放在定制的磁力攪拌器上,用芯片磁珠裂解法將細(xì)菌裂解。其次RPA混合物以100 r/min的轉(zhuǎn)速流動(dòng)到第一個(gè)虹吸閥(Ⅰ),再將細(xì)菌裂解物以3 000 r/min流動(dòng)到定量室(d)中。將轉(zhuǎn)速降低至50 r/min, RPA混合溶液流動(dòng)到第二個(gè)虹吸閥(Ⅱ)中,同時(shí)裂解物也流動(dòng)至虹吸閥(Ⅲ)中,同時(shí)進(jìn)入混合腔(e)。調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)速500 r/min至4 000 r/min使細(xì)菌裂解物與RPA混合液在混合腔進(jìn)行混合。最終調(diào)節(jié)1 000 r/min的轉(zhuǎn)速使溶液在等分腔(f)中等分,再以4 000 r/min的轉(zhuǎn)速分配到各反應(yīng)腔室(g)中進(jìn)行實(shí)時(shí)RPA擴(kuò)增及熒光檢測(cè)。此方法能夠在39 ℃下反應(yīng)30 min從尿液樣品中成功檢測(cè)到大腸桿菌,變形桿菌,銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌。

    (A) 食源性致病菌的檢測(cè)[30]

    (B) 致病菌的檢測(cè)[31]

    (C) 單病原菌檢測(cè)[35]

    (D) 病原菌的檢測(cè)[36]圖2 離心式芯片與等溫?cái)U(kuò)增相結(jié)合

    KIM T H等[32]研發(fā)出一種離心微流控驅(qū)動(dòng)檢測(cè)設(shè)備。在等溫?cái)U(kuò)增步驟中,可以通過單個(gè)激光二極管用于閥門驅(qū)動(dòng)、細(xì)胞裂解和非接觸無線控制的加熱功能,研發(fā)出緊湊而小型的系統(tǒng)。其能夠?qū)NA提取、等溫重組酶聚合酶擴(kuò)增和檢測(cè)的三個(gè)主要步驟一體化,可用于微量沙門氏菌核酸分析系統(tǒng)。

    離心式微流體平臺(tái)與RPA結(jié)合使用時(shí),RPA具有高靈敏度,故需要對(duì)于不同基因的引物和探針序列進(jìn)一步優(yōu)化防止非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增或檢測(cè)樣品被污染。由于離心式芯片添加樣品及檢測(cè)樣品的量均很小,需要考慮到擴(kuò)增、檢測(cè)方法的可行性及重復(fù)性。

    2.2 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)

    環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)使用一對(duì)設(shè)計(jì)的引物(前向和后向內(nèi)引物)來生成兩端都帶有環(huán)的模板,借助前向和后向外部引物,使該雙端環(huán)狀模板將靶DNA序列置換。通過使用前向和后向內(nèi)部引物復(fù)制并延長(zhǎng)兩端環(huán)狀模板,將其用于下游擴(kuò)增[33]。由于復(fù)制和延伸可以同時(shí)進(jìn)行,DNA擴(kuò)增的速度增加。反應(yīng)使用四種引物和具有高抑制劑耐受性的Bst DNA聚合酶,僅需在60 min內(nèi),60 ℃至70 ℃恒定溫度范圍內(nèi)下發(fā)生反應(yīng)[34],可顯著提高了擴(kuò)增效率和特異性。

    LOO J F C等[35]研究出集成的離心式核酸等溫?cái)U(kuò)增芯片,包括DNA提取、LAMP反應(yīng)和實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)。其設(shè)計(jì)創(chuàng)新點(diǎn)在于使用微球油脂被動(dòng)閥來控制流體的存儲(chǔ)和釋放。芯片的操作流程如圖2C所示:首先將微球、硅膠膜及蛋白酶K預(yù)存儲(chǔ)于芯片中(a)及加熱部分(g),依次在進(jìn)樣腔(b)、結(jié)合液添加腔(c)、洗滌液添加腔(d)、洗脫液添加腔(e)、LAMP反應(yīng)添加液腔室(f)加入對(duì)應(yīng)溶液,每個(gè)腔室均使用各種具有不同開啟壓力的微球油脂閥。其次調(diào)節(jié)300 r/min的轉(zhuǎn)速釋放樣品到(g),與預(yù)存儲(chǔ)的蛋白酶K混合并加熱到56 ℃,實(shí)現(xiàn)細(xì)菌裂解。轉(zhuǎn)速增加至600 r/min,使結(jié)合液釋放到(g)與裂解樣品混合,并流動(dòng)至硅膠膜,DNA與硅膠膜結(jié)合;轉(zhuǎn)速增加至900 r/min,釋放洗滌液洗滌純化在二氧化硅上的DNA;轉(zhuǎn)速增加至1 200 r/min釋放洗脫液,將DNA從硅膠膜洗脫;最后,轉(zhuǎn)速增加至1 500 r/min,使純化的DNA流動(dòng)到LAMP反應(yīng)位點(diǎn)(f),同時(shí)將LAMP反應(yīng)物與DNA進(jìn)行混合,在反應(yīng)腔(f)進(jìn)行LAMP擴(kuò)增及后續(xù)檢測(cè)反應(yīng),其他緩沖液進(jìn)入廢液腔(h)。此芯片能夠在2 h內(nèi)檢測(cè)到痰液和血液中結(jié)核分枝桿菌和鮑曼不動(dòng)桿菌且最小檢測(cè)線為103和102CFU。但此方法的檢測(cè)平臺(tái)在通量方面具有局限性,運(yùn)行一次只能檢測(cè)一種樣品的一種目標(biāo)細(xì)菌,并且微球和油脂被動(dòng)閥的穩(wěn)定性較差,需要在實(shí)驗(yàn)中最大程度地減少油脂對(duì)分子診斷影響。

    SAYAD A等[36]開發(fā)了適用于單病原體檢測(cè)的離心式芯片,此芯片將LAMP與自動(dòng)無線終點(diǎn)檢測(cè)系統(tǒng)相結(jié)合。該離心式芯片設(shè)計(jì)包含一式六份的相同的功能單元,每個(gè)單元含有五個(gè)反應(yīng)腔對(duì)三種不同食源性病原體檢測(cè)。芯片的操作流程如圖2D所示:首先將蠟及密封材料(如石蠟油)分別注入蠟閥及密封材料腔(e),并將DNA樣品及引物分別加入(a)的進(jìn)樣腔和緩沖液腔;以400 r/min的轉(zhuǎn)速將樣品與緩沖液通過微通道至混合腔中(b)進(jìn)行混合,再以600 r/min的轉(zhuǎn)速將混合好的試劑進(jìn)入等分腔(c)等分,過量的液體進(jìn)入廢液腔(d)。最終調(diào)節(jié)1 200 r/min轉(zhuǎn)速將液體轉(zhuǎn)移至反應(yīng)腔進(jìn)行LAMP反應(yīng)。由于LAMP反應(yīng)可能產(chǎn)生氣溶膠污染,因此采用融化蠟閥使密封材料腔(e)中液體流出,密封LAMP反應(yīng)環(huán)境。此芯片使用鈣黃綠素比色法檢測(cè),僅需60 ℃下反應(yīng)60 min便能通過藍(lán)牙無線技術(shù)將檢測(cè)結(jié)果傳輸至智能手機(jī),該檢測(cè)方法的最低檢測(cè)限為3×10-5ng/μL。

    ZHANG L等[37]報(bào)告了一種手動(dòng)離心操控的離心式芯片,通過手工拉動(dòng)一組嚙合齒輪實(shí)現(xiàn)芯片的離心旋轉(zhuǎn)。此芯片將核酸純化與LAMP方法整合在一起,該芯片分為四層,包含一式八份的相同的檢測(cè)單元,每個(gè)檢測(cè)單元由四個(gè)檢測(cè)腔組成。此芯片采用將沸石預(yù)存儲(chǔ)于芯片內(nèi)方便核酸純化,再設(shè)計(jì)毛細(xì)管閥控制樣品與各腔室的連接,最終通過離心速度的調(diào)節(jié)逐級(jí)流動(dòng)。手動(dòng)離心機(jī)可將樣品通過不同離心力旋轉(zhuǎn)進(jìn)入檢測(cè)腔,使用無電方式同時(shí)檢測(cè)六種病原體。

    離心式芯片與LAMP結(jié)合可有效實(shí)現(xiàn)集成化,小型化檢測(cè),LAMP方法可在一個(gè)離心式芯片上實(shí)現(xiàn)多目標(biāo)檢測(cè),此設(shè)計(jì)將具有重大價(jià)值,擁有很高的應(yīng)用前景。但LAMP引物多且設(shè)計(jì)復(fù)雜,需要進(jìn)一步的研究來改善引物特異性,并且其擴(kuò)增產(chǎn)物是一條長(zhǎng)DNA鏈,不適合鑒定目標(biāo)核酸的其他分子,且通用性較PCR低。

    2.3 依賴核酸序列擴(kuò)增(NASBA)

    依賴核酸序列擴(kuò)增(nucleic acid sequence-based amplification,NASBA)是一種以單鏈 RNA為模板,在恒溫條件下,通過逆轉(zhuǎn)錄酶、RNase H、T7 RNA聚合酶、正向引物和反向引物來模擬體內(nèi)逆轉(zhuǎn)錄病毒的復(fù)制機(jī)制,對(duì)目標(biāo)RNA進(jìn)行擴(kuò)增,90 min內(nèi)可以將靶標(biāo)擴(kuò)增至1012,其產(chǎn)物長(zhǎng)度為100 bp~250 bp,靈敏度可達(dá)檢測(cè)單個(gè)拷貝的靶標(biāo)分子[38],通過調(diào)整NASBA擴(kuò)增程序可以用于DNA的檢測(cè),但需要反復(fù)開管加入不同階段所需要的組分[39]。

    DEIMAN B等[40]提出了使用非接觸加熱和熒光檢測(cè)技術(shù)來實(shí)現(xiàn)核酸體外擴(kuò)增的離心式芯片。通過實(shí)施基于核酸序列的擴(kuò)增(NASBA)反應(yīng),對(duì)流感嗜血桿菌的tmRNA轉(zhuǎn)錄,證明了離心式芯片功能。該系統(tǒng)實(shí)施非接觸式紅外加熱,在變性和擴(kuò)增步驟中將NASBA反應(yīng)加熱至所需的目標(biāo)溫度。該控制系統(tǒng)使用磁場(chǎng)進(jìn)行腔室定位,在所需位置進(jìn)行加熱和熒光檢測(cè)。流感嗜血桿菌tmRNA在系統(tǒng)上執(zhí)行的NASBA測(cè)定范圍為102~104個(gè)。

    由于NASBA反應(yīng)需要兩個(gè)不同的溫度,RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的變性需要65 ℃,反應(yīng)孵育需要41 ℃,因此RPA反應(yīng)(37 ℃~42 ℃)和LAMP反應(yīng)(60 ℃~65 ℃)更常應(yīng)用于離心式芯片。且此方法擴(kuò)增步驟多,反應(yīng)體系較復(fù)雜,需要多次添加緩沖不易開發(fā)集成性離心式檢測(cè)芯片。

    3 總結(jié)及展望

    離心微流控芯片不需要其它外部連接,能夠降低了樣品檢測(cè)過程中出現(xiàn)交叉污染的風(fēng)險(xiǎn),有效避免了處理生物危害性樣品的危險(xiǎn),避免了擴(kuò)增后產(chǎn)物釋放有毒有害物質(zhì)等情況。因?yàn)殡x心微流控檢測(cè)儀體積小,方便攜帶,檢測(cè)時(shí)間短,測(cè)量精準(zhǔn)等優(yōu)勢(shì),已經(jīng)研究出在食品、醫(yī)療、環(huán)境等方面的離心式芯片。將離心微流控技術(shù)與核酸等溫?cái)U(kuò)增相結(jié)合,為現(xiàn)場(chǎng)短時(shí)間核酸檢測(cè)提供可能。

    為了實(shí)現(xiàn)離心微流控技術(shù)在核酸等溫?cái)U(kuò)增一體化系統(tǒng)集成應(yīng)用,還需要一些改進(jìn)研究。第一, 在離心式芯片樣品制備中,最新技術(shù)僅允許從少量、簡(jiǎn)單的樣品中提取核酸,但不能處理更復(fù)雜的樣品(組織等),因此,在芯片上處理復(fù)雜的樣品仍是一個(gè)緊迫的問題;第二,在檢測(cè)過程中,許多步驟仍需手動(dòng)進(jìn)行樣品及緩沖液的添加,且對(duì)于部分液體試劑,缺乏芯片上長(zhǎng)期穩(wěn)定有效的預(yù)存儲(chǔ)方法;第三,目前離心式芯片制作需要微通道,預(yù)存儲(chǔ),閥門設(shè)計(jì),珠粒填充等步驟,需要高緊密度和準(zhǔn)確性,難以確保產(chǎn)業(yè)化的可重復(fù)性;第四,離心式芯片的自動(dòng)化程度還不高,應(yīng)開發(fā)相應(yīng)檢測(cè)程序軟件幫助進(jìn)一步實(shí)現(xiàn)更便捷、快速、準(zhǔn)確的測(cè)試結(jié)果。

    未來微流控技術(shù)用于核酸檢測(cè)的發(fā)展趨勢(shì)在于:核酸檢測(cè)人員不需要經(jīng)過仔細(xì)的樣品收集和專門操作基本儀器的培訓(xùn),便能夠準(zhǔn)確檢測(cè)出結(jié)果;規(guī)?;圃炀哂械统杀尽⒏哔|(zhì)量的商業(yè)離心式芯片檢測(cè)產(chǎn)品,自動(dòng)化完成一系列測(cè)試反應(yīng),后期能夠輕松進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,報(bào)告,保存和導(dǎo)出的集成性產(chǎn)品。

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