基于16S rRNA高通量測(cè)序的鱧腸道微生物群落結(jié)構(gòu)研究

徐晟云，陳昆慈，羅青，劉海洋，歐密，上官清，趙建*

(1.中國水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部熱帶亞熱帶水產(chǎn)資源利用與養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，廣東 廣州 510380； 2.上海海洋大學(xué) 水產(chǎn)與生命學(xué)院，上海 201306)

鱧是中國重要的優(yōu)質(zhì)經(jīng)濟(jì)魚類之一，2014年全國產(chǎn)量達(dá)51萬t[1]，養(yǎng)殖品種以烏鱧Channaargus、斑鱧Channamaculata和雜交鱧為主。其中，烏鱧生長(zhǎng)快、個(gè)體大、抗寒能力強(qiáng)，主要在中國北方地區(qū)養(yǎng)殖；雜交鱧是以烏鱧和斑鱧為親本雜交獲得的養(yǎng)殖品種，表現(xiàn)出顯著的雜交優(yōu)勢(shì)，并能攝食人工配合飼料，是長(zhǎng)江流域及以南水域主要養(yǎng)殖品種。近年來，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所培育出的新品種烏斑雜交鱧C.argus♀×C.maculata♂，以烏鱧為母本、斑鱧為父本，其具有較強(qiáng)的抗寒能力，在黃河流域及以北地區(qū)得到廣泛推廣[2]。

鱧具鰓上器，能夠呼吸空氣，適合高密度養(yǎng)殖，近年來，隨著養(yǎng)殖密度的不斷提高，其養(yǎng)殖過程中病害發(fā)生率高居不下，因此，提高鱧自身免疫能力及抗病能力已成為養(yǎng)殖過程中備受關(guān)注的一個(gè)課題。腸道微生物被譽(yù)為宿主的一個(gè)附加“器官”[3-4]。在腸道群落結(jié)構(gòu)中，微生物的失衡可能會(huì)阻礙宿主生理活動(dòng)的進(jìn)行，繼而引發(fā)疾病等。在魚類腸道里，有一些微生物會(huì)在形成過程中逐漸演變成固有群落，而有一些則形成了非固有菌群[5]。腸道微生物群落結(jié)構(gòu)特征組成和多樣性會(huì)影響營養(yǎng)物質(zhì)加工、消化，維持宿主能量平衡、免疫疾病和生長(zhǎng)發(fā)育等生理活動(dòng)[6-7]，研究者通過選擇不同餌料品種及適當(dāng)?shù)酿D料添加劑，促使養(yǎng)殖對(duì)象的腸道菌落結(jié)構(gòu)特征發(fā)生變化并朝著有益的方向發(fā)展[8]，從而提高養(yǎng)殖動(dòng)物的生長(zhǎng)和健康水平。因此，研究魚類腸道微生物群落結(jié)構(gòu)對(duì)于鱧的健康生態(tài)養(yǎng)殖有著極其重要的作用[9]。

本研究中，采用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)鱧16S rRNA基因進(jìn)行測(cè)序并分析其腸道微生物組成，旨在探討不同環(huán)境下鱧腸道內(nèi)微生物群落結(jié)構(gòu)特征，為研究鱧生長(zhǎng)、疾病與腸道微生物結(jié)構(gòu)特征間的關(guān)系，以及促進(jìn)鱧的健康養(yǎng)殖提供科學(xué)依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料

2018年10—11月分別在珠海斗門(DM)、佛山南海(百容水產(chǎn)良種有限公司的水泥池BRSNC和池塘BRCT)、佛山順德杏壇(XT)、陽江(YJ)4個(gè)地區(qū)共5個(gè)點(diǎn)采集成年健康有活力的鱧樣品，無菌環(huán)境下解剖取其腸道內(nèi)容物后保存于液氮中帶回實(shí)驗(yàn)室，共31個(gè)樣品，其中，陽江的樣品為野生斑鱧(50～100 g)，其他樣品均為雜交鱧(100～150 g)。樣品信息見表1。

表1 樣品信息Tab.1 Sample information

1.2 方法

1.2.1 樣品基因組提取 采用CTAB法提取總樣品的DNA[10]：在裝有0.3 g樣品的離心管中加入1 mL 65 ℃條件下預(yù)熱的CTAB提取液和20 L蛋白酶K，65 ℃條件下烘箱溫浴30 min，之后以8000 r/min離心5 min。取上清液800L至2.0 mL無菌離心管中，加入800 L氯仿/異戊醇(24∶1)，以12 000 r/min離心20 min。吸取上清液600 L至2.0 mL無菌離心管中，加入等體積氯仿/異戊醇(24∶1)，以12 000 r/min離心20 min。再吸取上清液400 L至1.5 mL無菌離心管中，加入2/3體積的異丙醇和1/10體積的乙酸鈉，充分混勻,于-20 ℃下放置1 h。以12 000 r/min離心10 min，棄上清，瞬時(shí)離心，離心管開蓋，在37 ℃條件下烘箱晾干10 min至DNA沉淀呈半透明狀。加入100 L無菌ddH2O，溶解DNA沉淀，37 ℃下水浴鍋消化1 h后，-20 ℃條件下保存，送至北京邁克生物科技有限公司完成16S rRNA基因擴(kuò)增子測(cè)序。

1.2.2 16S rRNA 基因擴(kuò)增子測(cè)序 對(duì)DNA樣品中16S rRNA基因v3～v4區(qū)域進(jìn)行測(cè)序及信息分析。采用通用引物338F:5′ACTCCTACGGGAGGCAGCA 3′和806R:5′GGACTACHVGGGTWTCTAAT 3′用于擴(kuò)增16S rRNA基因的v3～v4區(qū)域進(jìn)行Illumina深度測(cè)序。PCR反應(yīng)體系(20L)：ddH2O 13.25 μL，DNA模板(100 ng/mL) 0.5 μL，10×PCR ExTaq Buffer 2.0 μL，Prime 1 (10 mmol/L) 1.0 μL，Prime 2 (10 mmol/L) 1.0 μL，dNTP 2.0 μL，ExTaq (5 U/mL) 0.25 μL。反應(yīng)條件為：95 ℃下預(yù)變性5 min；95 ℃下循環(huán)變性30 s，58 ℃下退火復(fù)性20 s，72 ℃下延伸6 s，共進(jìn)行30個(gè)循環(huán)；最后在72 ℃下再延伸7 min。然后取5 μL PCR產(chǎn)物使用10 g/L瓊脂糖凝膠電泳法純化和回收擴(kuò)增產(chǎn)物。使用Qubit 2.0熒光計(jì)測(cè)定濃度并連接接頭完成文庫構(gòu)建。檢測(cè)文庫片段范圍和濃度后，選擇Illumina HiSeq 2500平臺(tái)對(duì)文庫進(jìn)行測(cè)序。

1.2.3 信息分析流程 根據(jù)PE reads間的重疊關(guān)系,將測(cè)序得到的雙端序列數(shù)據(jù)組成一條序列Tags,同時(shí)過濾reads的質(zhì)量和合并效果。使用FLASH 1.2.7軟件拼接重疊各樣品的reads，獲得原始的數(shù)據(jù)(Raw Tags)；使用Trimmomatic 0.33軟件過濾不合格的原始數(shù)據(jù),得到合格的數(shù)據(jù)(Clean Tags)后，使用UCHIME 4.2軟件鑒定識(shí)別嵌合序列同時(shí)去除不合格的雜質(zhì),得到有效數(shù)據(jù)(Effective Tags)。

1.2.4 生物信息學(xué)分析

(1)OTU分析。OTU(Operational Taxonomic Units)是人為給某一個(gè)單元(品系、種、屬等)設(shè)置的分類標(biāo)志。在相似性 97% 的水平上，使用QIIME 1.8.0軟件中的 UCLUST聚類Tags，劃分操作分類單元[11]。

(2)Alpha 指數(shù)分析。 Alpha 多樣性是指一個(gè)特定區(qū)域或生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)的多樣性，是反映豐富度和均勻度的綜合指標(biāo)。群落豐富度的指數(shù)主要包括Chao1指數(shù)和ACE指數(shù)；群落多樣性指數(shù)主要包括Shannon指數(shù)和Simpson指數(shù)。其中，Chao1指數(shù)越大，表明群落的豐富度越高；ACE指數(shù)越大，表明群落的豐富度越高；Shannon指數(shù)值越高，表明群落的多樣性越高；Simpson 指數(shù)值越大，說明群落多樣性越低[12]。Alpha指數(shù)可用Mothur 1.30軟件分析得出。

(3)稀釋性曲線分析。稀釋性曲線[13]是從樣本中隨機(jī)抽取一定數(shù)量的個(gè)體，統(tǒng)計(jì)這些個(gè)體所代表的物種數(shù)目，并以個(gè)體數(shù)與物種數(shù)來構(gòu)建曲線。當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)，說明測(cè)序數(shù)據(jù)量合理。利用Mothur 1.30軟件進(jìn)行Rarefaction 分析，利用Perl 語言工具制作曲線圖。

(4)熱圖分析。 Heatmap[14]通過顏色梯度及相似程度來反映多個(gè)樣品在各分類水平上群落組成的相似性和差異性。利用R語言的Vegan 包、Vegdist和Hclust 進(jìn)行距離計(jì)算和聚類分析；用Chao算法計(jì)算距離，Complete方法聚類，將聚類后數(shù)據(jù)表示在Heatmap 圖上。

(5)PCA分析。 主成分分析 (Principal Component Analysis,PCA)[15]運(yùn)用方差分解，將多組數(shù)據(jù)的差異反映在二維坐標(biāo)圖上，兩個(gè)樣品距離越近，則表示這兩個(gè)樣品的組成越相似。使用R語言工具分別繪制PCA分析圖。

2 結(jié)果與分析

本試驗(yàn)中31個(gè)樣品測(cè)序共獲得2 636 884對(duì)reads，拼接、過濾后共產(chǎn)生1 768 461條合格序列(Clean Tags)，每個(gè)樣品至少產(chǎn)生25 112條合格序列。

2.1 鱧腸道微生物物種多樣性

從表2可見，4個(gè)地區(qū)5個(gè)采樣點(diǎn)共31個(gè)樣品之間具有的OTU數(shù)量不同，其中CA50樣品OTU數(shù)最多(359個(gè))，M8樣品OTU數(shù)最少(34個(gè))，本試驗(yàn)樣品中獲得微生物總OTU數(shù)為585個(gè)。

將4個(gè)地區(qū)樣品間共有及特有OTU數(shù)目通過Venn圖展示。從圖1可見：4個(gè)地區(qū)5種不同環(huán)境共同擁有的OTU數(shù)為119個(gè)，占4個(gè)地區(qū)總OTU數(shù)的20.34%，分別占佛山南海池塘OTU總數(shù)的23.66%(OTU總數(shù)503)、佛山南海水泥池OTU總數(shù)的28.23%(OTU總數(shù)421)、杏壇OTU總數(shù)的30.13%(OTU總數(shù)395)、陽江OTU總數(shù)的42.5%(OTU總數(shù)280)、珠海斗門OTU總數(shù)的48.77%(OTU總數(shù)244)。

2.2 鱧腸道微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性差異

2.2.1 稀釋曲線結(jié)果 從圖2可見：抽樣reads在10 000以下時(shí)，隨著測(cè)序條數(shù)的加大，每一條曲線起始時(shí)表現(xiàn)為急劇上升，這表明鱧腸道內(nèi)容物中有大量不同菌群被發(fā)現(xiàn)；在10 000～30 000時(shí)，曲線的序列數(shù)越來越趨于平緩，表示該環(huán)境的物種未檢測(cè)出來的測(cè)序數(shù)量不會(huì)再顯著增加，即此次檢測(cè)的微生物已近乎飽和，更多的測(cè)序量對(duì)發(fā)現(xiàn)新的OTU邊際貢獻(xiàn)較小，本測(cè)序數(shù)據(jù)量合理，反映出樣品多樣性的完整度；但當(dāng)抽樣reads超過30 000時(shí)曲線略微上升，可能是因?yàn)槟承┰蛑率鼓c道中殘留了少許的菌群或少數(shù)細(xì)菌死亡后未被檢測(cè)出[16]。

2.2.2 腸道微生物Alpha多樣性 從表2可見：每個(gè)樣品的Coverage值均達(dá)到了99%以上，這說明每個(gè)樣品序列幾乎全被檢測(cè)出且達(dá)到飽和狀態(tài)，OTU覆蓋率數(shù)值越高，樣本物種檢測(cè)概率則越高。Coverage值可反映此次樣品中腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)組成及多樣性的真實(shí)性，每個(gè)樣品的Coverage值均接近百分百，證實(shí)了此次試驗(yàn)數(shù)據(jù)的可靠性。

表2 OTU數(shù)及Alpha多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì)Tab.2 Statistics of OTU number and Alpha diversity index

比較31個(gè)樣品的Alpha多樣性發(fā)現(xiàn)：CA50的Chao1值最大，高達(dá)364.181 8，說明這個(gè)樣品里的微生物菌群豐富度最大；CA44的Simpson值最小，為0.018 5，Shannon值最大，為4.522 2，說明此樣品的腸道微生物群落多樣性最大。

2.3 鱧腸道微生物群落組成分析

從表3可見：佛山南海池塘養(yǎng)殖的鱧腸道內(nèi)容物中，優(yōu)勢(shì)菌群主要為紅球菌屬Rhodococcus(12%)、鯨桿菌屬Cetobacterium(7%)、梭菌屬(1.5%)、微桿菌屬Aurantimicrobium(5%)、鄰單胞菌屬Plesiomonas(0.5%)、未培養(yǎng)的細(xì)菌Mycoplasmataceae(20.5%)；佛山南海水泥池養(yǎng)殖鱧的腸道內(nèi)容物中，優(yōu)勢(shì)菌群主要為弧菌屬Vibrio(30%)、微桿菌屬(5.5%)、紅球菌屬(5.17%)、梭菌屬(1.5%)、鯨桿菌屬(0.2%)、未培養(yǎng)的細(xì)菌Mycoplasmataceae(2%)；珠海斗門池塘養(yǎng)殖鱧腸道中，優(yōu)勢(shì)菌群主要為梭菌屬(79%)、紅球菌屬(4%)、微桿菌屬(3%)、氣單胞菌屬Aeromonas(2%)；佛山順德杏壇池塘養(yǎng)殖鱧腸道中，優(yōu)勢(shì)菌群主要為鯨桿菌屬(27%)、梭菌屬(22.2%)、紅球菌屬(3%)、弧菌屬(0.5%)；陽江野生斑鱧腸道中，優(yōu)勢(shì)菌群主要為鯨桿菌屬(40.5%)、梭菌屬(22.5%)、鄰單胞菌屬(20%)、氣單胞菌屬(8%)、紅球菌屬(3.1%)。

表3 屬水平上鱧腸道微生物優(yōu)勢(shì)菌群占比Tab.3 Microbial dominant flora in intestine of snakehead at the genus level %

根據(jù)31個(gè)樣品的微生物組成和相對(duì)豐度進(jìn)行物種熱圖分析，更加詳細(xì)地表述了不同地區(qū)的優(yōu)勢(shì)菌群具有明顯差異。從圖3可見：佛山南海水泥池(BRCT)養(yǎng)殖鱧腸道的優(yōu)勢(shì)菌群主要有腸球菌屬Enterococcus、乳桿菌屬Lactobacillus、擬桿菌屬Bacteroides、Prevotella(屬于擬桿菌屬)、Bosea(屬于變形桿菌屬Proteus)、Phreatobacter(屬于變形桿菌屬)、Rhodobacter(屬于變形桿菌屬)等；而佛山南海池塘養(yǎng)殖鱧腸道中的優(yōu)勢(shì)菌群則為棒桿菌屬Corynebacterium、短桿菌屬Brevibacterium、Cloacibacterium(屬于擬桿菌屬)、梭菌屬、Massilia(屬于變形桿菌屬)、羅斯氏菌屬Rothia等；珠海斗門(DM)養(yǎng)殖鱧腸道微生物優(yōu)勢(shì)菌群相對(duì)集中，只有弧菌屬和梭菌屬；佛山順德杏壇(XT)養(yǎng)殖鱧腸道的優(yōu)勢(shì)菌群有假單胞菌屬Pseudomonas、泛菌屬Pantoea、假單胞菌屬Acinetobacter、短波單胞菌屬Brevundimonas等；陽江(YJ)采集的野生鱧腸道內(nèi)容物中，優(yōu)勢(shì)菌群有葡萄球菌Staphylococcus、梭菌屬、氣單胞菌屬等。熱圖分析發(fā)現(xiàn)，鱧腸道微生物群落中還包含了變形桿菌屬、腸球菌屬、乳桿菌屬、擬桿菌屬、棒桿菌屬等其他菌屬，但是占比不高，說明菌群數(shù)量不多。

2.4 微生物群落結(jié)構(gòu)差異分析

對(duì)菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行主成分分析，結(jié)果顯示：第三象限中有佛山南海水泥池(BRCT)、池塘(BRCT)，以及佛山順德杏壇(XT)養(yǎng)殖鱧、陽江的野生鱧、腸道微生物群落形成一個(gè)組群，說明這些地區(qū)鱧腸道微生物群落結(jié)構(gòu)差異較?。坏诙笙拗兄挥兄楹６烽T(DM)樣品；第四象限中包含佛山南海池塘的個(gè)別樣品及佛山順德杏壇的個(gè)別樣品；第一象限中全部為陽江(YJ)的野生斑鱧(圖4)。PCA分析發(fā)現(xiàn)，人工養(yǎng)殖雜交鱧的腸道微生物群落結(jié)構(gòu)比較接近，與野生鱧的群落結(jié)構(gòu)具有一定差異。

3 討論

3.1 不同環(huán)境下的微生物多樣性和豐度

本研究中不同環(huán)境中鱧腸道內(nèi)容物樣品間OTU個(gè)數(shù)具有一定的差別，總數(shù)達(dá)到585個(gè)，共同擁有的OTU數(shù)為119個(gè)。李存玉[17]分析池塘養(yǎng)殖牙鲆腸道菌群結(jié)構(gòu)及其與益生菌調(diào)控的關(guān)系時(shí)發(fā)現(xiàn)，兩種養(yǎng)殖模式下牙鲆腸道樣品OTU總數(shù)為367個(gè)，共有OTU數(shù)為270個(gè)。黃麗麗等[18]比較冷水魚樣品時(shí)發(fā)現(xiàn)，總共聚成242個(gè)OTU。秦亞玲等[19]比較3處熱泉(堿性、酸性、中性)發(fā)現(xiàn)，分別聚類形成141、79、58個(gè)OTU。與上述研究相比，本研究中OTU總數(shù)更大，表明鱧腸道中微生物物種豐度更大，這可能是魚類腸道微生物數(shù)量和群落結(jié)構(gòu)與其生存的水環(huán)境及攝食條件不同等因素相關(guān)[20-21]。厚壁菌門為大多數(shù)脊椎動(dòng)物腸道中的優(yōu)勢(shì)菌群[22]，而厚壁菌門、變形菌門、放線菌門、擬桿菌門等為魚類消化道中常見的微生物優(yōu)勢(shì)菌[23]。

3.2 不同環(huán)境下的優(yōu)勢(shì)菌群及其作用

通常情況下，淡水魚消化道中常見的微生物有氣單胞菌屬、鄰單胞菌屬、腸桿菌屬、假單胞菌屬等，而海水魚消化道中常見的則為弧菌屬、假單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬等[24]。Huber等[25]使用了分子生態(tài)學(xué)方法對(duì)虹鱒Oncorhynchusmykiss腸道微生物群落進(jìn)行研究，獲得了一些常規(guī)培養(yǎng)方法下不能發(fā)現(xiàn)的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌，如肉桿菌Carnobacteriumcollins、肉毒桿菌Clostridiumbotulinum、硫酸鹽還原菌Sulfate-Reducingbacteria等。楊桂梅等[26]對(duì)用不同飼料投喂的暗紋東方鲀Takifuguobscurus的表皮、性腺和腸道進(jìn)行研究分析，發(fā)現(xiàn)這些樣品中的菌落組成以弧菌為主。李學(xué)梅等[27]研究了3種常見養(yǎng)殖魚類的腸道微生物，其中斑點(diǎn)叉尾鮰腸道中的優(yōu)勢(shì)菌群為變形桿菌,而異育銀鯽和銀鯽腸道中優(yōu)勢(shì)菌群分別為梭桿菌屬和氣單胞菌屬。本研究樣品中優(yōu)勢(shì)菌群主要為紅球菌屬、鯨桿菌屬、梭菌屬、微桿菌屬、弧菌屬、氣單胞菌屬、鄰單胞菌屬等，其中，紅球菌屬屬于放線菌門，梭菌屬屬于厚壁菌門，這與國內(nèi)外學(xué)者研究結(jié)果相似，不同的是本研究中優(yōu)勢(shì)菌群并未出現(xiàn)腸桿菌屬、肉桿菌屬等微生物，這說明腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)會(huì)受到外界環(huán)境的影響而有所不同。

不同環(huán)境下的優(yōu)勢(shì)菌群存在顯著性差異，梭菌屬、紅球菌屬雖在所有樣品中均存在，但不同環(huán)境下所占比例不同，說明腸道微生物的組成受到環(huán)境的影響，這與Ni等[28]利用DGGE技術(shù)比對(duì)不同環(huán)境草魚的腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)不同生活環(huán)境的草魚腸道微生物群落結(jié)構(gòu)不同的結(jié)果相似，李存玉等[29]通過比較分析池塘和工廠化養(yǎng)殖牙鲆腸道菌群結(jié)構(gòu)時(shí)也發(fā)現(xiàn)，兩種養(yǎng)殖模式下牙鲆腸道中的優(yōu)勢(shì)菌種類相同，但同種優(yōu)勢(shì)菌的數(shù)量分布存在較大差異。本研究中優(yōu)勢(shì)菌群不同也可能與宿主攝食飼料不同等因素息息相關(guān)，已有研究表明，食性是影響魚類腸道微生物群落結(jié)構(gòu)的一個(gè)顯著因素[30]。Ward等[31]發(fā)現(xiàn)，食性對(duì)魚類腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)特征有顯著影響，Ingerslev等[32]和Ni等[33]的研究結(jié)果也表明，食性是影響腸道微生物菌落的主要因素之一。

此外，梭菌屬細(xì)菌可利用發(fā)酵碳水化合物和糖類為魚類提供機(jī)體生存所需能量，以促進(jìn)生長(zhǎng)、增強(qiáng)免疫功能和抗癌功能[34-35]。梭菌屬中的丁酸梭菌能促進(jìn)擬桿菌的繁殖，擬桿菌屬細(xì)菌能利用多糖和釋放抗炎物質(zhì)以增強(qiáng)機(jī)體免疫系統(tǒng)的免疫能力，目前梭菌屬細(xì)菌已作為益生菌廣泛運(yùn)用在魚類養(yǎng)殖中[36]。鯨桿菌屬可發(fā)酵多肽碳水化合物以及合成維生素B12[37]，紅球菌能夠利用有機(jī)化合物作為碳源和能源[38]，微桿菌細(xì)菌能抑制病原菌的活性，可用來生產(chǎn)抗菌劑[39]。

本研究中紅球菌屬、梭菌屬、微桿菌屬、擬桿菌屬等存在于鱧腸道中，其作為優(yōu)勢(shì)菌群可以促進(jìn)鱧對(duì)營養(yǎng)物質(zhì)的消化吸收，并抵御病原菌的入侵，對(duì)機(jī)體的生長(zhǎng)發(fā)育和健康起到重要作用，屬于有益菌。本試驗(yàn)通過對(duì)不同環(huán)境下鱧腸道微生物種群結(jié)構(gòu)分析，獲得了正常狀態(tài)下鱧腸道微生物組成，為鱧腸道菌群調(diào)節(jié)、開發(fā)相關(guān)產(chǎn)品，促進(jìn)鱧健康養(yǎng)殖提供了數(shù)據(jù)參考。

4 結(jié)論

(1)不同環(huán)境的鱧腸道微生物類群數(shù)量和種類存在顯著差異。

(2)相同環(huán)境的鱧腸道微生物群落結(jié)構(gòu)較為接近，即人工養(yǎng)殖鱧的腸道微生物群落結(jié)構(gòu)較為接近，而與野生鱧之間腸道微生物群落結(jié)構(gòu)差異明顯。