Sicinivirus 研究進展

姜利建，姜 楠，崔成都，王素春，莊青葉，王楷宬

（1.中國動物衛(wèi)生與流行病學中心，山東青島 266032；2.延邊大學，吉林延吉 133002）

Sicinivirus是微RNA病毒科Sicinivirus屬病毒。Sicinivirus屬的第一個成員由Susan Bullman 等于2014 年，首次從愛爾蘭的商品肉雞糞便中被檢測到，因sicini 是蓋爾語的“雞”一詞，故命名為Sicinivirus 1。該病毒基因組為9 243 bp 的單鏈正向RNA，是目前為止報道的基因組最大的微RNA病毒[1]。

第1 株Sicinivirus 被發(fā)現(xiàn)之后，國內(nèi)外陸續(xù)檢測到該病毒。Lau 等[2]2014 年在中國香港地區(qū)檢測到病毒株ChPV1_100C，Boros 等[3]2016 年從1 只4 周齡腹瀉肉雞中檢出病毒株P(guān)f-CHK1/SIV，Zhou 等[4]2015 年在我國江蘇省鹽城市檢到病毒株Sicinivirus JSY。目前雞感染Sicinivirus 情況和作用并不清楚。有研究[3，5-6]表明，Sicinivirus 可能與雞的腹瀉、發(fā)育遲緩綜合征（runting-stunting syndrome，RSS）和吸收不良綜合征（malabsorption syndrome，MAS）等腸道疾病有一定的關(guān)系，而禽類的腸道疾病影響肉和蛋的生產(chǎn)，因此對Sicinivirus 的研究現(xiàn)狀進行綜述具有重要意義。

1 病原學

1.1 病毒分類

國際病毒學分類委員會（International Committee on Taxonomy of Viruses，ICTV） 第十次病毒分類報告（2017 年）中，Sicinivirus 被分類為微RNA 病毒科的一個新屬，目前僅有1個“種”（species），即Sicinivirus A。根據(jù)基因序列，將其分為5 種基因型，分別是Sicinivirus A1-A5，縮寫為siv-A1-A5。

1.2 病毒基因組

Sicinivirus 不同毒株的基因組結(jié)構(gòu)基本一致，GC 含量較高[1-4]，只編碼1 個多聚蛋白的大開放閱讀框，兩端是5'UTR 和3'UTR，并且有1 個poly（A）尾連接在3'UTR 后面。多聚蛋白分為3 個前體蛋白P1、P2、P3，其中P1 分割為VP0、VP1、VP3，P2 分割為2A、2B、2C，P3 最終分割為3A、3B、3C、3D（圖1）。內(nèi)部核糖體進入位點（internal ribosome entry site，IRES）可以在多種病毒的mRNA，以及應(yīng)激反應(yīng)、細胞周期和凋亡中涉及的細胞基因中找到，當主導(dǎo)的帽子翻譯機制被抑制時，IRES 介導(dǎo)的翻譯就可能發(fā)生，病毒就可以利用這種方式來顛覆宿主的翻譯機制[7]。微RNA 病毒的IRES 有5 種類型，分別為I、II、III、IV 和V 型，每種IRES 具有不同的特征結(jié)構(gòu)，并通過不同的機制進行起始。II 型IRES需要eIF4G/eIF4A 形成48S 復(fù)合物，并且可以在沒有eIF4E 和沒有與核糖體掃描相關(guān)因素的情況下發(fā)揮作用，這需要結(jié)合各種IRES 反式作用因子（IRES trans-acting factor，ITAFs），但II 型IRES對ITAFs 的需要較少[4，8-12]。對5'UTR 區(qū)域的進一步分析表明，Sicinivirus 含有II 型IRES；對5'UTR的全長序列分析發(fā)現(xiàn)，Sicinivirus 的5'UTR 包含至少12 個莖環(huán)結(jié)構(gòu)域（AL）[4]。

圖1 Sicinivirus 基因組結(jié)構(gòu)示意圖[1]

2 致病性

Sicinivirus 的致病性和致病機理目前尚無確切結(jié)論。它可能是一種腸道中的常在病毒，并可能和其他腸道病毒共感染導(dǎo)致并發(fā)癥，如雞的RSS、MAS 等。RSS 是一種腸道疾病，可使飼料轉(zhuǎn)化率降低，導(dǎo)致生長過程中體重下降，淘汰率增高，從而給全世界家禽生產(chǎn)者造成重大經(jīng)濟損失。

Devaney 等[5]分別對具有RSS 癥狀的病雞和健康雞腸內(nèi)容物進行高通量測序，發(fā)現(xiàn)Sicinivirus的重疊群幾乎只在患RSS 的樣品中檢出，只有1個Sicinivirus 的重疊群是在健康雞樣品中檢出，并且Sicinivirus 會和chicken megrivirus，雞微RNA病毒1、4 和5 以及愛知病毒C 同時感染。Bros等[3]利用RT-PCR 和宏基因組測序技術(shù)，對1 只腹瀉雞進行檢測，檢測到6 種微RNA 病毒，而Sicinivirus 就是其中之一，并認為Sicinivirus 單獨感染可能不會引起腹瀉，但大量不同病毒共感染會導(dǎo)致腹瀉癥狀加重。

MAS 是商品肉雞的一種重要疾病，其特征是生長遲緩、羽毛發(fā)育不良和腹瀉，已證實幾種病毒可能與這種綜合征相關(guān)。Lima 等[6]研究腸道病毒與MAS 之間的潛在關(guān)聯(lián)，對從患病雞（n=35）和健康雞（n=35）收集的70 份糞便樣本中分離的病毒進行了高通量測序分析，檢出包括Sicinivirus 在內(nèi)的一些已知和未知病毒。雖然患病動物的Sicinivirus感染率高于健康動物，但經(jīng)過數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)，在病禽和健康禽中鑒定的病毒基因組序列分布沒有統(tǒng)計學上的顯著差異。這些發(fā)現(xiàn)表明，MAS 的發(fā)生與腸道病毒沒有確切的關(guān)系。這項研究檢測到的病毒和各種新型病毒可能是雞正常腸道病毒的一部分，但該研究者也強調(diào)，由于數(shù)據(jù)來源于混合樣本而不是個體樣本，降低了研究的可信度，因此這種檢測方法可能會使病毒測序數(shù)據(jù)產(chǎn)生偏倚，從而評估出不同的病毒感染率/病毒載量。所以，Sicinivirus對雞的致病力需進一步研究評估。

3 流行情況

目前的研究顯示，Sicinivirus 僅能感染雞。大部分禽的微RNA 病毒感染單一宿主，但鴨甲型肝炎病毒（duck hepatitis A virus，DHAV）、禽腦脊髓炎病毒（avian encephalomyelitis virus，AEV）等能感染不同的宿主，甚至基因遺傳距離較遠的鳥類，因而Sicinivirus 能否跨種間傳播有待研究。雖然，目前該病毒都在雞的腸道中被檢出，但還沒有關(guān)于該病毒傳播途徑的確切報道。

自Sicinivirus 于2014 年在愛爾蘭首次被發(fā)現(xiàn)以來，世界各地都有檢出該病毒的報道。Bullman等[1]對從愛爾蘭一家商品雞肉加工場獲得的30 只雞泄殖腔樣品進行了檢測，發(fā)現(xiàn)Sicinivirus 陽性率為73%。Zhou 等[4]在江蘇省鹽城市商品雞場，檢測了3 個農(nóng)場的17 份糞便樣本，結(jié)果全部呈Sicinivirus 陽性。雖然樣本量較少，但如此高的陽性率表明江蘇省鹽城市商品雞場中可能存在廣泛的Sicinivirus 感染。此外，應(yīng)用高通量測序技術(shù)，在我國香港、英國、匈牙利和巴西的雞中也檢到了該病毒[2-3，5-6]。這些研究結(jié)果顯示，該病毒的檢出率較高，推測在國內(nèi)外的雞群中可能廣泛存在Sicinivirus 感染。

4 病毒檢測

4.1 分離培養(yǎng)

迄今，還沒有研究報道Sicinivirus 分離培養(yǎng)適用的細胞系。目前在任何一種哺乳動物的細胞系中，都沒有培養(yǎng)出已知的禽微RNA 病毒。對Sicinivirus 等新發(fā)病毒也進行過分離培養(yǎng)嘗試，卻尚未成功[13]。推測應(yīng)從禽類細胞中尋找對該病毒敏感的細胞系。

4.2 檢測方法

由于目前沒有確切的病毒分離方法，所以血清學檢測方法很難用于Sicinivirus 的檢測。目前檢測方法主要有3 種：常規(guī)PCR 技術(shù)、熒光定量RT-PCR 技術(shù)和宏基因組技術(shù)（metagenomics）。

PCR 技術(shù)的優(yōu)點是敏感性高、特異性強，并且對標本的純度要求不高，能夠?qū)⒒蚱卧诙虝r間內(nèi)進行指數(shù)級擴增，所以被廣泛用于各種病原體的檢測。Bullman 等[1]對從愛爾蘭一家商業(yè)雞肉加工場宰殺的30 只約8 周齡肉雞的泄殖腔樣本，使用基于Sicinivirus3D基因3'區(qū)設(shè)計的1 對引物23F/23R 進行PCR 檢測，發(fā)現(xiàn)73%的樣本呈陽性。Zhou 等[4]使 用 基于Sicinivirus 毒株JSY 的3D編碼區(qū)設(shè)計的1 對引物S8F/S8R 擴增652 bp 的基因片段，通過RT-PCR 檢測，發(fā)現(xiàn)來自3 個養(yǎng)雞場的17 份測試糞便樣本均呈陽性。

熒光定量RT-PCR 具有高靈敏度、高特異性、高精確度的優(yōu)點，已被應(yīng)用于多領(lǐng)域。熒光定量RT-PCR 技術(shù)是將熒光基團加入到反應(yīng)體系中，通過熒光信號的增長來反映DNA 分子數(shù)量的增長，從而能夠?qū)Ξa(chǎn)物進行實時檢測。Bullman等[1]使用熒光定量RT-PCR 方法，測定雞糞便樣品中“Sicinivirus 1”基因組拷貝數(shù)，發(fā)現(xiàn)在22 份Sicinivirus 陽性樣本中，病毒基因組拷貝數(shù)范圍為每克泄殖腔內(nèi)容物中含3.9×105～5.2×108拷貝病毒基因組。

宏基因組學技術(shù)可對微生物群體進行高通量測序，從而獲得全部微生物的基因組。該技術(shù)繞開了傳統(tǒng)方法需要分離培養(yǎng)微生物的步驟，不僅大大提高了新發(fā)微生物的發(fā)現(xiàn)效率，還可對微生物之間的關(guān)系進行系統(tǒng)分析。Lau 等[2]對我國香港商品雞場中收集到的雞氣管和泄殖腔拭子樣品進行宏基因組學測序，檢到2 株Sicinivirus（ChPV1_55C 和ChPV1_100C）。Boros 等[3]采集了1 只4 周齡腹瀉肉雞的泄殖腔樣本并進行高通量測序，檢到1 株Sicinivirus（Pf-CHK1/SiV）。Devaney[5]等對英國農(nóng)場受RSS 感染和未受感染的肉雞腸內(nèi)容物進行宏基因組學測序，發(fā)現(xiàn)共有217 個重疊群與Sicinivirus 1 相似。Lima 等[6]采集70 份患病雞和健康雞糞便樣本進行高通量測序，檢 到2 株Sicinivirus（ch/RS/BR/2015/2 和ch/RS/BR/2015/1）。

5 結(jié)語

目前，Sicinivirus 的研究還處于初級階段，僅部分國家進行了該毒株檢測和基因分析等基礎(chǔ)研究，研究數(shù)據(jù)極為有限。已有研究提示，Sicinivirus 可能與雞的RSS 和MAS 有關(guān)，但與該病毒相關(guān)的諸多問題尚不明晰。Sicinivirus 的感染率、致病性、臨床癥狀、分離培養(yǎng)細胞系、與其他病毒混合感染發(fā)病機制、防治技術(shù)等，都需要進一步研究。