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    東鄉(xiāng)野生稻苗期耐冷QTL qCTS11.2位點(diǎn)候選基因LOC_Os11g35390-DX的克隆、生物信息學(xué)分析及遺傳轉(zhuǎn)化

    2020-02-22 02:54張進(jìn)兵沈春修王舸泓廖建平卻志群
    江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報 2020年6期
    關(guān)鍵詞:東鄉(xiāng)位點(diǎn)元件

    張進(jìn)兵 沈春修 王舸泓 廖建平 卻志群

    關(guān)鍵詞:東鄉(xiāng)野生稻;耐冷;數(shù)量性狀座位(Quantitative trait locus,QTL);轉(zhuǎn)錄組分析;半定量RT-PCR

    中圖分類號:S511.01文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A文章編號:1000-4440(2020)06-1612-05

    Key words:Dongxiang wild rice;cold tolerance;quantitative trait locus (QTL);transcriptome analysis;semi-quantitative RT-PCR

    低溫寒害是影響水稻生產(chǎn)的主要不利因素之一,特別是苗期對低溫脅迫尤為敏感,早春時期的水稻秧苗暴露于低溫脅迫下,幼苗發(fā)育變緩、變黃、枯萎,最終導(dǎo)致水稻產(chǎn)量下降[1]。受低溫逆境脅迫的影響,東南亞和南亞共約有7.00×106 hm2土地?zé)o法種植水稻[2]。在中國,除了緯度較高的東北水稻耕作區(qū)易受低溫影響外,長江中下游地區(qū)早春時期的“倒春寒”常導(dǎo)致水稻爛根、爛秧,對水稻產(chǎn)量產(chǎn)生了嚴(yán)重影響。據(jù)統(tǒng)計,每年中國稻作區(qū)均有低溫冷害發(fā)生,平均4~5年發(fā)生1次嚴(yán)重冷害,造成水稻災(zāi)年年均減產(chǎn)5.0×109~1.0×1010 kg[3]。挖掘水稻自身的耐冷相關(guān)基因,培育強(qiáng)耐冷性水稻品種是解決當(dāng)前生產(chǎn)上這一突出問題的重要途徑。

    據(jù)國家水稻數(shù)據(jù)中心(http://www.ricedata.cn/)統(tǒng)計,截至2020年2月1日,水稻中已被克隆的耐冷相關(guān)基因共計81個,其中占比最大的一類是轉(zhuǎn)錄因子基因,約占50%,當(dāng)遭遇冷脅迫時,植物轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)被啟動,然后激活下游一系列抗寒功能性基因的表達(dá),從而提高了植物的抗寒性[4-5]。由此可見,耐冷相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子基因在未來水稻抗寒育種中有著廣闊的應(yīng)用前景。MYB(V-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)轉(zhuǎn)錄因子基因家族是目前植物中已知基因數(shù)最為龐大的轉(zhuǎn)錄因子基因家族之一。MYB轉(zhuǎn)錄因子由其N端保守的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域而得名,根據(jù)結(jié)構(gòu)域中不完全重復(fù)的R結(jié)構(gòu)的數(shù)量,可將MYB轉(zhuǎn)錄因子分為4個亞類:單一R結(jié)構(gòu)的MYB、R2R3型MYB、3R-MYB及4R-MYB。此外,有較多研究發(fā)現(xiàn)MYB轉(zhuǎn)錄因子廣泛參與了植株耐低溫脅迫的基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[6-8]。自東鄉(xiāng)野生稻被發(fā)現(xiàn)以來,一直以耐冷性強(qiáng)而著稱,然而目前在東鄉(xiāng)野生稻中還未見關(guān)于MYB轉(zhuǎn)錄因子在低溫逆境脅迫中發(fā)揮作用的報道。

    筆者所在課題組前期通過對耐冷東鄉(xiāng)野生稻、茶陵野生稻、東鄉(xiāng)野生稻與冷敏感水稻93-11雜交所得F2代越冬群體(OOP,由20個典型的可越冬存活的F2代個體組成)及冷敏感水稻93-11苗期冷處理(4 ℃ 3 d)前后的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行比較分析,獲得了462個與水稻苗期耐冷性相關(guān)的差異表達(dá)基因(Different expressed genes, DEG)[9],結(jié)合Mao等公布的13個東鄉(xiāng)野生稻苗期耐冷數(shù)量性狀QTL信息[10],發(fā)現(xiàn)有1個差異表達(dá)基因LOC_Os11g35390剛好落于QTL的qCTS11.2位點(diǎn)區(qū)域。本研究將東鄉(xiāng)野生稻中該差異表達(dá)的基因暫命名為LOC_Os11g35390-DX,并將該基因視為耐冷QTL的qCTS11.2基因的候選基因,擬通過半定量RT-PCR技術(shù)驗(yàn)證該基因在東鄉(xiāng)野生稻冷脅迫前后表達(dá)量的變化,克隆以該基因?yàn)橹行牡纳舷掠胃餮由旒s1.2 kb的基因片段,并預(yù)測分析該基因的上游潛在功能順式元件,最后借助農(nóng)桿菌介導(dǎo)的方法轉(zhuǎn)化冷敏感水稻受體品種明恢86。本研究結(jié)果可為后續(xù)東鄉(xiāng)野生稻耐冷基因在耐低溫脅迫功能中的研究奠定基礎(chǔ)。

    1材料與方法

    1.1材料

    供試植物材料為東鄉(xiāng)野生稻,受體材料為冷敏感水稻品種明恢86,2種水稻材料均由筆者所在實(shí)驗(yàn)室保存。大腸桿菌菌株DH5α、農(nóng)桿菌菌株EHA105均購自北京全式金生物技術(shù)有限公司。植物表達(dá)載體pCAMBIA1300由筆者所在實(shí)驗(yàn)室保存。

    RNA抽提試劑盒,購自成都福際生物技術(shù)有限公司;高保真DNA聚合酶、Fast Pfu DNA聚合酶、RT-PCR試劑盒,均購自TransGen公司;質(zhì)粒抽提試劑盒,購自O(shè)MEGA公司;限制性內(nèi)切酶BamHⅠ、Kpn Ⅰ,購自Thermo公司;rTaq DNA聚合酶,購自TaKaRa公司。其余試劑均為國產(chǎn)或進(jìn)口分析純級別。

    1.2方法

    1.2.1引物的設(shè)計根據(jù)Rice Genome Annotation Project(http://rice.plantbiology.msu.edu/)中公布的水稻LOC_Os11g35390基因及其上游序列信息,使用Primer 5.0軟件設(shè)計基因擴(kuò)增引物35390-DX-F、35390-DX-R,參照外顯子序列設(shè)計半定量RT-PCR引物SQU-35390-F、SQU-35390-R,Tubulin-F、Tubulin-R為內(nèi)參基因Tubulin的擴(kuò)增引物,Hpt-F、Hpt-R為潮霉素抗性標(biāo)記基因的擴(kuò)增引物。

    1.2.2熒光定量表達(dá)分析參照TIANGEN公司的Super Real PerMix Plus(SYBR Green)試劑盒操作方法說明,以SQU-35390-F、SQU-35390-R為引物,在StepOne PlusTM熒光定量PCR儀中進(jìn)行實(shí)時熒光定量PCR擴(kuò)增,用△△Ct分析方法評估基因的表達(dá)水平。將東鄉(xiāng)野生稻幼苗在常溫條件(28 ℃左右)下培養(yǎng)至4周左右后置于4 ℃冷藏柜中進(jìn)行冷處理,以處理前的東鄉(xiāng)野生稻葉片樣本作為對照組,將東鄉(xiāng)野生稻于4 ℃冷處理1 d、2 d、3 d后的葉片樣本作為試驗(yàn)組,以微管蛋白(Tublin)編碼基因作為內(nèi)參基因,設(shè)置3次生物學(xué)重復(fù)和3次技術(shù)重復(fù)。

    1.2.3遺傳轉(zhuǎn)化用農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化方法將構(gòu)建好的植物表達(dá)載體pCAMBIA1300-35390-DX導(dǎo)入轉(zhuǎn)基因受體水稻品種明恢86中,在轉(zhuǎn)基因過程中,培養(yǎng)基的配制參照魏林艷[11]的方法。

    1.2.4耐冷性的鑒定待來源于T0代轉(zhuǎn)基因株系的T1代水稻種子發(fā)芽后,將其置于盛有50 mg/L潮霉素溶液的培養(yǎng)皿(直徑為90 mm)中,進(jìn)行約10 d的篩選培養(yǎng),選擇生長不受抑制的T1代轉(zhuǎn)基因植株與同時進(jìn)行發(fā)芽處理的受體明恢86植株(在盛有滅菌水的培養(yǎng)皿中培養(yǎng))移栽到同1個盛有泥土的塑料培養(yǎng)容器中(19 cm×13 cm×12 cm)。采用自然光照射,平均晝夜溫度為28 ℃至22 ℃,每天對幼苗澆水直至3~4葉期,而后將幼苗移栽至4 ℃的環(huán)境中,進(jìn)行2~3 d的冷處理。復(fù)活10 d后分別統(tǒng)計野生型植株、轉(zhuǎn)基因植株的復(fù)活率(復(fù)活率=處理后復(fù)活幼苗數(shù)/幼苗總數(shù)×100%),試驗(yàn)設(shè)3次重復(fù)。

    1.2.5生物信息學(xué)分析用生物信息學(xué)軟件PlantCARE分析啟動子序列,預(yù)測其中存在的順式元件;用在線分析軟件SMART對基因編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域進(jìn)行預(yù)測分析;用DNAMAN進(jìn)行氨基酸序列的多重比對和系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建。

    2結(jié)果與分析

    2.1QTL qCTS11.2位點(diǎn)候選基因LOC_Os11g35390-DX的確定

    根據(jù)Mao等[10]公開的東鄉(xiāng)野生稻苗期耐冷QTL qCTS11.2位點(diǎn)最鄰近側(cè)翼標(biāo)記的序列信息,在公共數(shù)據(jù)網(wǎng)站gramene(http://ensembl.gramene.org/Tools/Blast)上對兩端側(cè)翼標(biāo)記序列進(jìn)行BLAST,以確認(rèn)其在水稻染色體上的確切位置。隨后在Rice Genome Annotation Project網(wǎng)站(http://rice.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/rice)上輸入這2個側(cè)翼標(biāo)記序列的物理位置信息,并查閱該區(qū)段中的所有基因,與筆者所在課題組前期通過RNA-seq測序統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)的462個東鄉(xiāng)野生稻和OOP共有的與耐冷相關(guān)的差異表達(dá)基因進(jìn)行比對,最終發(fā)現(xiàn)在462個低溫誘導(dǎo)的差異表達(dá)基因中有2個基因(LOC_Os11g31190-DX、LOC_Os11g35390-DX)位于qCTS11.2位點(diǎn)所處的染色體區(qū)段中,本研究選取的候選基因LOC_Os11g35390-DX正是其中之一。

    2.2低溫脅迫下東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因的表達(dá)

    在前期的研究中,筆者用RNA-seq技術(shù)對耐冷東鄉(xiāng)野生稻苗期冷處理前后的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因的表達(dá)量在冷處理后顯著下調(diào),僅為冷處理前表達(dá)量的13.4%。這一結(jié)果顯示,在東鄉(xiāng)野生稻中,低溫脅迫會誘導(dǎo)LOC_Os11g35390-DX基因表達(dá)量的下調(diào)。為了驗(yàn)證這一結(jié)論,用實(shí)時熒光定量PCR對東鄉(xiāng)野生稻中的LOC_Os11g35390-DX基因在冷脅迫處理條件下的相對表達(dá)量進(jìn)行分析。結(jié)果顯示,在連續(xù)冷脅迫處理3 d的過程中,東鄉(xiāng)野生稻中LOC_Os11g35390-DX基因的表達(dá)量表現(xiàn)出逐漸下調(diào)的趨勢;冷處理3 d后,該基因的表達(dá)量下降至冷處理前表達(dá)量的7.8%。

    2.3東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因的克隆

    對包含LOC_Os11g35390-DX基因及其上游、下游序列在內(nèi)的共計4.5 kb的DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR擴(kuò)增結(jié)果顯示,擴(kuò)增出的特異性條帶與目的片段大小相符,約為4.5 kb。隨后用BamH I、Kpn I限制性內(nèi)切酶雙酶切PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,用0.8%瓊脂糖凝膠電泳后回收目的條帶,與同樣用BamH I、Kpn I限制性內(nèi)切酶雙酶切后的表達(dá)載體pCAMBIA1300進(jìn)行連接。通過Bam H I、Kpn I雙酶切鑒定重組克隆pCAMBIA1300-35390-DX,結(jié)果顯示,本研究獲得了1個陽性克隆,電泳所得大小約為9.0 kb的條帶是pCAMBIA1300載體片段,大小約為4.5 kb的條帶是目的基因片段。

    2.4LOC_Os11g35390-DX蛋白結(jié)構(gòu)域的分析及多重比對

    通過對陽性克隆測序結(jié)果與公共數(shù)據(jù)庫中水稻品種日本晴測序結(jié)果對應(yīng)位點(diǎn)的全長cDNA序列進(jìn)行比對,推測該基因全長cDNA大小為993 bp,編碼330個氨基酸,使用生物信息學(xué)工具SMART對LOC_Os11g35390-DX蛋白氨基酸序列的保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行分析。結(jié)果顯示,東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX蛋白的N端有2個保守結(jié)構(gòu)域SANT (SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB DNA-binding domains),分別位于氨基酸序列第14~64號位點(diǎn)及第67~155號位點(diǎn)之間的區(qū)段,這一結(jié)構(gòu)域是MYB轉(zhuǎn)錄因子典型的R2R3型保守結(jié)構(gòu)域,表明東鄉(xiāng)野生稻的LOC_Os11g35390-DX基因?qū)儆赗2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子基因。從國家水稻數(shù)據(jù)中心網(wǎng)站(www.ricedata.com)上獲取其他已克隆的水稻R2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子的氨基酸序列,使用DNAMAN將東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因編碼的蛋白質(zhì)氨基酸序列與其進(jìn)行多重比較,結(jié)果顯示,東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因編碼的蛋白質(zhì)氨基酸序列與OsJAMyb[12]、OsMYB2P-1[13]、OsMYB91[14]、OsMYB2[15]及OsMYB103[16]等R2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子基因編碼的蛋白質(zhì)氨基酸序列存在30.98%的一致性。

    2.5水稻MYB轉(zhuǎn)錄因子基因分子進(jìn)化樹的構(gòu)建

    為了對東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因的功能進(jìn)行初步預(yù)測,用DNAMAN軟件將該基因與19個已克隆的水稻MYB轉(zhuǎn)錄因子基因進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析并構(gòu)建進(jìn)化樹。結(jié)果表明,LOC_Os11g35390-DX基因與Osmyb4基因[17]、OsMYB30基因[18]同源性最高,親緣關(guān)系最近;與水稻MYB1基因[19]、OsMYB6基因[20]的同源性最低,親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。

    2.6重組質(zhì)粒 pCAMBIA1300-35390-DX的遺傳轉(zhuǎn)化及T1代轉(zhuǎn)基因植株耐冷表型的鑒定

    將轉(zhuǎn)入植物表達(dá)載體pCAMBIA1300-35390-DX的農(nóng)桿菌菌株接種在含有50 mg/L卡那霉素、50 mg/L利福平的LB固體平板上,培養(yǎng)2~3 d后侵染預(yù)備好的冷敏感水稻明恢86的愈傷組織,愈傷組織經(jīng)與農(nóng)桿菌克隆共培養(yǎng),潮霉素篩選培養(yǎng),分化培養(yǎng)基上的光照分化培養(yǎng)及幼苗生根壯苗后,最終獲得24株轉(zhuǎn)入重組載體pCAMBIA1300-35390-DX的轉(zhuǎn)基因植株(圖1)。用潮霉素抗性標(biāo)記基因部分序列的特異性引物Hpt-F、Hpt-R對經(jīng)潮霉素抗性篩選獲得的T0代轉(zhuǎn)基因水稻幼苗進(jìn)行PCR擴(kuò)增檢測。結(jié)果顯示,24個被檢測植株中都檢測到了目標(biāo)條帶,陽性率為100%,說明本研究已經(jīng)獲得轉(zhuǎn)LOC_Os11g35390-DX基因的陽性株系。部分潮霉素抗性標(biāo)記基因特異性引物的PCR檢測結(jié)果顯示,陽性樣本在900 bp左右有目標(biāo)條帶,而野生型陰性對照無條帶。本研究同時對來源于T0代轉(zhuǎn)基因株系的T1代轉(zhuǎn)基因植株與野生型水稻植株進(jìn)行了耐冷表型的比較鑒定,然而未發(fā)現(xiàn)T1代轉(zhuǎn)基因植株的耐冷性與野生型植株之間的耐冷性有明顯差異。

    2.7LOC_Os11g35390-DX基因上游啟動子主要順式作用元件的分析預(yù)測

    本研究用啟動子分析工具PlantCARE預(yù)測了LOC_Os11g3539-DX基因起始密碼子上游約1.2 kb啟動子序列中的主要順式作用功能元件。結(jié)果表明,該順式作用元件包含一些啟動子的基本元件,包括3個轉(zhuǎn)錄起始核心順式作用元件TATA-box位點(diǎn)、3個啟動子結(jié)構(gòu)以及增強(qiáng)子結(jié)構(gòu)中常見的順式作用元件CAAT-box位點(diǎn)。除了這些啟動子的基本元件外,上游啟動子序列還包含與非生物逆境脅迫有關(guān)的4個MYC轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合順式作用元件和1個MYB轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合順式作用元件,另外還攜帶一些與激素調(diào)控相關(guān)的作用元件,包括與茉莉酸信號通路相關(guān)的順式作用元件GGTCA-motif、TGACG-motif,與脫落酸響應(yīng)信號通路相關(guān)的順式作用元件ABRE以及與生長素響應(yīng)相關(guān)的順式作用元件TGA-element。

    3討論

    植物在生長發(fā)育過程中常受到各種逆境脅迫的影響,經(jīng)過漫長的進(jìn)化過程,植物受到逆境脅迫后,通過自身基因轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,形成了完整的抗逆境脅迫體系[21]。由此可見,與植物抗逆境脅迫相關(guān)的基因常為脅迫誘導(dǎo)表達(dá)基因,通過自身轉(zhuǎn)錄或翻譯的變化,參與到植物抗逆境脅迫響應(yīng)的機(jī)制中。通過QTL定位方法獲得的QTL在染色體上的長度范圍動輒達(dá)kb級,其中包含的基因數(shù)量巨大,無法實(shí)現(xiàn)基因的單獨(dú)克隆鑒定、表型分析等工作,而縮小QTL定位范圍又面臨找尋分子標(biāo)記難度逐步加大、工作量繁雜等問題。本研究結(jié)合Mao等[10]公開的東鄉(xiāng)野生稻苗期耐冷QTL染色體位置信息,將低溫處理(4 ℃處理3 d)后在東鄉(xiāng)野生稻和OOP中都出現(xiàn)下調(diào)表達(dá)且同時落在QTL qCTS11.2位點(diǎn)所在區(qū)段的差異表達(dá)基因LOC_Os11g35390-DX作為東鄉(xiāng)野生稻qCTS11.2位點(diǎn)中的1個候選基因,由于水稻耐冷相關(guān)基因往往是冷誘導(dǎo)表達(dá)基因,這種將水稻耐冷基因QTL定位與冷脅迫處理前后轉(zhuǎn)錄組分析獲得的差異表達(dá)基因結(jié)合的基因克隆研究思路在很大程度上為耐冷QTL所在染色體區(qū)段候選基因的篩選提供了便利,有助于加快水稻耐冷基因的挖掘進(jìn)程。

    SMART在線分析軟件預(yù)測結(jié)果表明,東鄉(xiāng)野生稻LOC_Os11g35390-DX基因?qū)儆诘湫偷腞2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子基因,MYB轉(zhuǎn)錄因子是植物中一類重要的轉(zhuǎn)錄因子,因其結(jié)構(gòu)中存在高度保守的DNA結(jié)合區(qū)域(myb結(jié)構(gòu)域)而得名。MYB轉(zhuǎn)錄因子家族具有廣譜作用,廣泛參與植物組織的形態(tài)建成、次生代謝、激素調(diào)控及信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程[22]。此外,在植物遭受非生物逆境脅迫時,MYB轉(zhuǎn)錄因子也通過調(diào)控下游基因的表達(dá)而參與生物應(yīng)答。Liao等[23]將大豆GmMYB177基因轉(zhuǎn)入擬南芥,提高了擬南芥的耐旱性;Zhai等[24]報道,MYBC1轉(zhuǎn)錄因子可獨(dú)立于CBF通路負(fù)調(diào)控擬南芥的耐寒性。LOC_Os11g35390-DX基因編碼的氨基酸序列與其他已克隆的水稻R2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子氨基酸序列的比對結(jié)果表明,它們之間的氨基酸序列同源性較低,表明水稻R2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子之間差異較大,推測存在多個進(jìn)化分支。通過構(gòu)建分子進(jìn)化樹發(fā)現(xiàn),LOC_Os11g35390-DX基因與水稻R2R3型MYB基因Osmyb4、OsMYB30的親緣關(guān)系最近。有研究發(fā)現(xiàn),過表達(dá)水稻Osmyb4基因顯著增強(qiáng)了擬南芥植株的抗寒性,同時,轉(zhuǎn)基因植株中部分參與低溫脅迫響應(yīng)的基因表達(dá)量也發(fā)生了變化,表明水稻Osmyb4基因在植物響應(yīng)低溫脅迫的信號傳導(dǎo)通路中起著開關(guān)作用[17],而過表達(dá)OsMYB30基因的轉(zhuǎn)基因水稻植株卻呈現(xiàn)低溫脅迫敏感的表型[18]。以上結(jié)果表明,與LOC_Os11g35390-DX基因親緣關(guān)系較近的R2R3型MYB轉(zhuǎn)錄因子基因Osmyb4、OsMYB30在水稻應(yīng)答低溫脅迫的正負(fù)調(diào)控中發(fā)揮了重要的調(diào)節(jié)作用。結(jié)合LOC_Os11g35390-DX基因受低溫誘導(dǎo)后表達(dá)量降低這一特性,推測LOC_Os11g35390-DX基因可能參與東鄉(xiāng)野生稻低溫脅迫應(yīng)答的負(fù)調(diào)控過程。

    通過在線分析軟件PlantCARE分析東鄉(xiāng)野生稻轉(zhuǎn)錄因子基因LOC_Os11g35390-DX的上游啟動子序列,結(jié)果顯示,在LOC_Os11g35390-DX基因的啟動子序列中,除了包含一些常見功能順式作用元件外,還存在MYB、MYC等兩類被廣泛報道參與植物非生物脅迫響應(yīng)的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。由此推測,在東鄉(xiāng)野生稻中,LOC_Os11g35390-DX基因作為1種MYB轉(zhuǎn)錄因子基因調(diào)節(jié)下游基因表達(dá)的同時,自身的表達(dá)也可能被上游MYB或MYC轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控,推測其在東鄉(xiāng)野生稻低溫脅迫響應(yīng)的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中起到中間信號傳遞的作用。另外,預(yù)測分析結(jié)果表明,在LOC_Os11g35390-DX基因啟動子上還分布著與脫落酸、茉莉酸及生長素等在植物響應(yīng)逆境脅迫時發(fā)揮重要作用的植物激素信號通路相關(guān)聯(lián)的順式作用元件,表明該基因可能也參與了植物激素響應(yīng)逆境脅迫的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的基因表達(dá)調(diào)控。

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    (責(zé)任編輯:徐艷)

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