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    串聯(lián)的納米傳感器用于癌細(xì)胞中miRNA的超靈敏檢測(cè)

    2020-02-06 03:48:57陳蜜岳仁葉李智王剛林馬楠
    分析化學(xué) 2020年1期

    陳蜜 岳仁葉 李智 王剛林 馬楠

    摘 要 MicroRNA(miRNA)的檢測(cè)在癌癥診斷和治療中具有重要意義。本研究設(shè)計(jì)了DNA序列,組裝了3組金納米粒子-量子點(diǎn)復(fù)合物, 基于此疊加構(gòu)建了以熵驅(qū)動(dòng)催化循環(huán)為模型的單重、雙重和多重循環(huán)放大的3種納米傳感器。疊加的傳感器中,上層復(fù)合物催化循環(huán)解組裝輸出的產(chǎn)物作為下層復(fù)合物的催化鏈,引發(fā)其解組裝,釋放更多熒光信號(hào),實(shí)現(xiàn)了多重放大。傳感器中每疊加一個(gè)核酸催化循環(huán)體系,檢測(cè)限降低一個(gè)數(shù)量級(jí),最終構(gòu)建的傳感器的檢測(cè)限達(dá)到fmol/L級(jí)。本研究通過(guò)串聯(lián)熵驅(qū)動(dòng)的核酸催化循環(huán)體系,構(gòu)建了動(dòng)態(tài)可調(diào)的、可定量檢測(cè)細(xì)胞中不同表達(dá)水平miRNA的新型納米傳感器。

    關(guān)鍵詞 miRNA; 金納米粒子; 量子點(diǎn); 核酸循環(huán); 熒光檢測(cè)

    1 引 言

    MicroRNA(miRNA)是一類(lèi)內(nèi)源性的小尺寸的非編碼RNA分子,長(zhǎng)度約為18~25個(gè)核苷酸[1~4]。miRNA主要通過(guò)與靶基因mRNA配對(duì)引導(dǎo)沉默復(fù)合體,降解mRNA或阻礙mRNA的翻譯[5]。miRNA不僅在生物調(diào)節(jié)途徑中起重要作用[6],也參與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展等病理過(guò)程[7]。miRNA的異常表達(dá)與癌癥的發(fā)生密切相關(guān),被認(rèn)為是診斷癌癥的重要生物標(biāo)志物[8~12]。然而,miRNA序列的高度同源性、尺寸小以及在生物體內(nèi)含量低等特點(diǎn)[13],使癌細(xì)胞中miRNA的精準(zhǔn)、靈敏檢測(cè)極具挑戰(zhàn)性。在過(guò)去的十幾年中,研究者開(kāi)發(fā)了很多技術(shù)以提高檢測(cè)miRNA的靈敏度[14~17],如定量逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(qRT-PCR)技術(shù)能靈敏地定量檢測(cè)低表達(dá)的miRNA[17,18],但該方法的儀器設(shè)備昂貴且耗時(shí)長(zhǎng)。

    近年來(lái),作為一種有效的信號(hào)放大策略,核酸循環(huán)為檢測(cè)低濃度目標(biāo)物提供了一個(gè)重要的技術(shù)平臺(tái)[19,20]。Yin等[21]采用雙鏈特異性核酸酶剪切與miRNA雜交的分子信標(biāo)放大熒光信號(hào),但核酸酶并不能普遍適用于復(fù)雜的生物環(huán)境體內(nèi); Wu等[22]利用兩個(gè)發(fā)夾DNA間循環(huán)催化反應(yīng)檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)低表達(dá)的mRNA,一個(gè)靶目標(biāo)分子經(jīng)過(guò)發(fā)夾DNA循環(huán)反應(yīng)后,輸出多個(gè)熒光信號(hào),但熒光染料光學(xué)性能的局限性影響了方法靈敏度。

    金納米粒子(GNP)具有比表面積大、生物相容性好和毒性低等特性,可作為載體將核酸運(yùn)輸至細(xì)胞內(nèi)[23,24],并且對(duì)熒光基團(tuán)有很好的淬滅能力[25]。與傳統(tǒng)的熒光染料相比, 量子點(diǎn)(Quantum dots, QDs)具有發(fā)射波長(zhǎng)可調(diào)節(jié)、量子產(chǎn)率高、光穩(wěn)定性好等優(yōu)點(diǎn),被廣泛應(yīng)用于生物傳感、生物成像領(lǐng)域[26~29]。 Ma等[30]以DNA為模板一步合成生物功能化的水相碲化鎘量子點(diǎn)(CdTe QDs),簡(jiǎn)化了QDs生物功能化的步驟,為構(gòu)建基于QDs的納米傳感器提供了參考。 Ma等[31]報(bào)導(dǎo)了以熵驅(qū)動(dòng)核酸催化循環(huán)[32]為模型構(gòu)建的GNP和QDs組裝的納米傳感器,檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)miRNA,檢出限達(dá)到pmol/L級(jí)。盡管對(duì)于提高檢測(cè)miRNA靈敏度的研究取得了一些進(jìn)展[33,34],但不同癌細(xì)胞中miRNA表達(dá)水平差異顯著,常規(guī)傳感器的檢測(cè)限和線性檢測(cè)區(qū)間限制了其在定量分析miRNA中的實(shí)際應(yīng)用。

    本研究通過(guò)合理設(shè)計(jì)DNA序列,組裝了3組金納米粒子-碲化鎘量子點(diǎn)復(fù)合物(GNP-QDs composite, GQC),并依次疊加構(gòu)建了以熵驅(qū)動(dòng)催化循環(huán)為模型的單重、雙重和多重循環(huán)放大的3種納米傳感器。疊加的傳感器中,上層GQC催化循環(huán)解組裝輸出的產(chǎn)物作為下層GQC的催化鏈,引發(fā)其解組裝,釋放更多熒光信號(hào),實(shí)現(xiàn)QDs熒光信號(hào)的多重放大。通過(guò)疊加多個(gè)催化循環(huán)體系[35]調(diào)控傳感器的線性檢測(cè)區(qū)間,降低檢測(cè)限,用于定量檢測(cè)不同細(xì)胞內(nèi)不同表達(dá)水平的miRNA。

    2 實(shí)驗(yàn)部分

    2.1 儀器與試劑

    FE20K酸度計(jì)(美國(guó)Mettler Toledo公司); AvaSpec-ULS2048-USB2 熒光光譜儀(荷蘭Avantes公司);? Tecnai G2 F20 S-Twin透射電鏡 (美國(guó)FEI公司);? Agilent 8453 紫外-可見(jiàn)分光光度計(jì)(美國(guó) Agilent 公司); GelDoc-It 310 UVP 凝膠成像儀(美國(guó) UVP 公司); Mini-PROTEAN Tetra 垂直電泳裝置(美國(guó) Bio-Rad 公司); DYCP-31DN瓊脂糖水平電泳儀(北京六一儀器廠); Infinite M200 PRO多功能酶標(biāo)儀(美國(guó)TECAN公司); Nano ZS90 激光粒度儀(英國(guó) Malvern 公司); Olympus IX71 倒置熒光顯微鏡(日本 Olympus公司)。

    氯化鎘(CdCl2, 99.99%)、谷胱甘肽(GSH, 98%)、碲粉(Te, 99.99%)、硼氫化鈉(NaBH4, 98%)、氯金酸(HAuCl4·3H2O, 99.9%)均購(gòu)自Sigma-Aldrich公司; 瓊脂糖(Agrose,99%)購(gòu)自Biowest公司; 檸檬酸鈉(99%)購(gòu)自百靈威公司; 三(羥甲基)氨基甲烷(Tris)、過(guò)硫酸銨(APS)、MgCl2、NaCl、NaOH、乙酸(HAc)、HNO3、無(wú)水甲醇(CH3OH)均至少為分析純,購(gòu)自國(guó)藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司;? HCl購(gòu)自強(qiáng)盛功能公司; 聚丙烯酰胺(40%)、N,N,N',N'-四甲基乙二胺(TEMED,98%)、甘油(99.0%)購(gòu)自北京索萊寶公司; 二硫蘇糖醇(DTT, 99%)、6-巰基-1-己醇(MCH, 98.0%)購(gòu)自阿拉丁試劑公司; 三(2-羧乙基)膦鹽酸鹽(TCEP,98.0%)購(gòu)自TCI公司; HeLa細(xì)胞系購(gòu)自中國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心; 22Rv1細(xì)胞系購(gòu)自上海生物科學(xué)研究院細(xì)胞資源中心; DMEM培養(yǎng)基、RPMI 1640培養(yǎng)基、1×PBS緩沖溶液、胎牛血清、胰蛋白酶均購(gòu)自Hyclone公司; miRcute miRNA分離試劑盒購(gòu)自Tiangen Biotech公司。巰基修飾(Thiolated)DNA購(gòu)自Takara公司; 熒光染料修飾的DNA購(gòu)自上海生工生物工程有限公司;硫代DNA以及其它未修飾DNA(序列見(jiàn)表1)購(gòu)自IDT公司。實(shí)驗(yàn)用水為超純水(Milli-Q Direct8 超純水系統(tǒng),美國(guó)Millipore公司)。

    2.2 實(shí)驗(yàn)方法

    2.2.1 以硫代DNA為模板一步合成CdTe QDs

    按文獻(xiàn)\[30\]的方法,用Te和NaBH4制備Te離子的前驅(qū)液; 以GSH為配體,與CdCl2配制Cd離子前驅(qū)液,與硫代DNA混合后加入Te離子前驅(qū)液, 混勻后在100℃下反應(yīng),可一步合成DNA4修飾CdTe QDs(Q1)、DNA5修飾CdTe QDs(Q2)和DNA6修飾CdTe QDs(Q3)。用30 kD離心超濾管離心超濾(12500 r/min, 3 min)兩次,重新分散于水中。根據(jù)文獻(xiàn)\[36\]方法計(jì)算濃度。

    2.2.2 GNP的合成以及表面DNA的修飾 采用檸檬酸還原法合成約13 nm的GNP[32],用 0.22 μm微孔濾膜過(guò)濾,紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)測(cè)定520 nm處吸光度, 并計(jì)算GNP的濃度(摩爾吸光系數(shù)為2.7×108 L/(cm·mol)。? 在巰基DNA1、 DNA2和DNA3中加入TCEP, 孵育2 h, 將GNP和巰基DNA按1∶80的摩爾比例混合,37℃恒溫?fù)u蕩1 h后離心,加入檸檬酸鈉-鹽酸緩沖溶液(pH 3),搖蕩1 h,12500 r/min離心7 min,分散在1×PBS中,得到GNP -DNA1(G1)、GNP-DNA2(G2)和GNP -DNA3(G3)。

    2.2.3 GQC的組裝 將G1與L1按摩爾比1∶60混合,加入NaCl(終濃度50 mmol/L)和MgCl2(終濃度2.5 mmol/L),于37℃反應(yīng)過(guò)夜,12000 r/min離心6 min,分散在1×PBS緩沖液中。將組裝好的G1-L1與Q1按照GNP與QDs摩爾比為1∶60混合,加入NaCl(終濃度50 mmol/L)和MgCl2(終濃度2.5 mmol/L) 37℃反應(yīng)3 h,緩慢降至室溫。12000 r/min離心7 min,分散于1×PBS緩沖液中,得到復(fù)合物GNP-QDs1(GQC1)。按同樣步驟,分別通過(guò)L2和L3將G2和Q2、G3和Q3組裝成GQC2和GQC3。

    2.2.4 GNP修飾DNA數(shù)量的測(cè)定 將序列與DNA1一致的FAM-DNA1按照2.2.2節(jié)的步驟修飾在GNP表面,取100 μL FAM-DNA1-GNP(36.5 nmol/L)與80 μL DTT(10 mmol/L)混合,振蕩12 h,14000 r/min離心5 min,收集上清液,酶標(biāo)儀測(cè)定熒光強(qiáng)度,激發(fā)波長(zhǎng)480 nm,發(fā)射波長(zhǎng)520 nm。酶標(biāo)儀測(cè)定濃度分別為10、20、30、40和50 nmol/L 的FAM-DNA1熒光強(qiáng)度,繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算GNP表面連接的FAM-DNA1的濃度,與GNP濃度的比值即為GNP表面修飾DNA1的數(shù)量。GNP表面修飾的DNA2和DNA3的數(shù)量按照以上方法測(cè)定。

    將與L1序列一致的FAM-L1與G1按照2.2.3節(jié)組裝,測(cè)定GNP連接的L1條數(shù)。采用同樣方法測(cè)定和計(jì)算GNP表面連接的L2和L3的數(shù)量。

    2.2.5 納米復(fù)合物特異性測(cè)試

    用1×PBS緩沖液配制一系列含5 nmol/L GNP 的GQC1溶液,并與 F1(終濃度60 nmol/L)混合,加入miR-21(終濃度為100、10、2、1、0.2、0.1和 0 nmol/L); 對(duì)照組(C' control)的GQC1中加入終濃度為100 nmol/L miR-141和 60 nmol/L F1, 37℃反應(yīng)6 h,12000 r/min離心3 min,取上清液測(cè)熒光信號(hào)。

    2.2.6 納米傳感器的構(gòu)建和循環(huán)檢測(cè)DNA 由GNP濃度為5 nmol/L GQC1構(gòu)建傳感器C1;? 由GNP濃度均為5 nmol/L GQC1和GQC2混合(即串聯(lián)),構(gòu)建傳感器C2; 由GNP濃度分別為5、5和10 nmol/L的 GQC1、GQC2和GQC3混合,構(gòu)建傳感器C3。

    在3組傳感器C1、C2和C3中加入對(duì)應(yīng)的fuel DNA(終濃度分別是60 nmol/L F1; 60 nmol/L F1和60 nmol/L F2; 60 nmol/L F1、60 nmol/L F2和120 nmol/L F3),加入靶分子C'至終濃度分別是100、10、2、1、0.5、0.2、0.1、0.05、0.02、0.01、0.005、0.002、0.001和0 nmol/L,在37℃分別反應(yīng)6、8和12 h。離心,測(cè)定上清液熒光信號(hào),下層沉淀用1×PBS緩沖液分散后,進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳分析。

    2.2.7 固定細(xì)胞成像 在48孔板中接種HeLa細(xì)胞和22Rv1細(xì)胞,每孔細(xì)胞數(shù)約2×104個(gè),在細(xì)胞培養(yǎng)箱中37℃孵育24 h。棄去培養(yǎng)液,細(xì)胞用甲醇固定,加入傳感器C1、C2和C3以及相應(yīng)的Fuel DNA,培養(yǎng)箱中37℃孵育6、8和12 h,用1×PBS緩沖液清洗細(xì)胞,采用熒光倒置顯微鏡成像。

    2.2.8 提取RNA定量檢測(cè)miRNA 在細(xì)胞培養(yǎng)瓶中分別接種HeLa細(xì)胞和22Rv1細(xì)胞,待2種細(xì)胞長(zhǎng)滿培養(yǎng)瓶后,采用試劑盒提取細(xì)胞的總RNA,測(cè)量總RNA在260 nm處的吸光度(1 OD=40 ng/μL RNA)。將提取的RNA稀釋?zhuān)c相應(yīng)FuelDNA混合后加入對(duì)應(yīng)的傳感器中,測(cè)定熒光光譜,計(jì)算熒光恢復(fù)率,并根據(jù)線性曲線計(jì)算miR-141在兩種細(xì)胞中的表達(dá)量。

    3 結(jié)果與討論

    3.1 QDs和GNP組裝和表征

    DNA功能化CdTe QDs的吸收光譜和熒光譜如圖1A所示, QDs的最大吸收峰位于571 nm(曲線a),最大發(fā)射波長(zhǎng)為627 nm(曲線b), 計(jì)算QDs的量子產(chǎn)率為17.6%[32]。采用透射電鏡和高分辨透射電鏡對(duì)QDs進(jìn)行表征(圖1B), QDs直徑為(3.43±0.18) nm。QDs進(jìn)行凝膠電泳圖譜見(jiàn)圖1C,QDs表面大多修飾了一條DNA鏈。

    GNP電鏡表征圖如圖2A所示,其直徑為(15.48±0.23) nm。使用DTT法測(cè)得每個(gè)GNP表面修飾了36條巰基DNA和20條Linker DNA。瓊脂糖電泳表征圖(圖2B)和電鏡表征圖(圖2C)都表明GNP和QDs形成了組裝體,且每個(gè)GNP表面組裝了約12個(gè)QDs[32]。

    3.2 串聯(lián)傳感器的構(gòu)建以及可行性驗(yàn)證

    本研究以熵驅(qū)動(dòng)核酸催化循環(huán)為模型構(gòu)建納米傳感器,實(shí)現(xiàn)檢測(cè)信號(hào)的放大。在傳感器C1中,Q1通過(guò)L1與G1組裝成GQC1,由于熒光共振能量轉(zhuǎn)移作用,Q1的熒光被G1猝滅,miR-141作為GQC1的靶分子,進(jìn)攻作用位點(diǎn)Toehold 1,將G1取代,由于G1與Q1距離增大,不能發(fā)生熒光共振能量轉(zhuǎn)移,Q1的熒光信號(hào)恢復(fù)。同時(shí),作用位點(diǎn)Toehold 2暴露,F(xiàn)1與之結(jié)合,將Q1從組裝中取代出來(lái),同時(shí)又置換出miR-141,miR-141繼續(xù)進(jìn)攻下一個(gè)作用位點(diǎn)Toehold 1,釋放Q1,如此循環(huán)下去,一個(gè)靶目標(biāo)循環(huán)解組裝GQC1輸出多個(gè)Q1熒光信號(hào)(圖3A)。將GQC1和GQC2按1∶1比例疊加構(gòu)建傳感器C2,miR-141作為靶向物催化解組裝GQC1中置換出的Q1作為GQC2的催化鏈,與F2通過(guò)Toehold 3和Toehold 4兩作用位點(diǎn),按照上述循環(huán)方式繼續(xù)催化解組裝GQC2,釋放Q2。如此,在傳感器C2中輸入一個(gè)靶目標(biāo)分子,能夠輸出多個(gè)Q1和Q2的熒光信號(hào);? 將GQC1、GQC2和GQC3按1∶1∶2比例疊加構(gòu)建傳感器C3,GQC2中被Q1催化解組裝輸出的Q2又作為GQC3的催化鏈,與F3通過(guò)Toehold 5和Toehold 6兩作用位點(diǎn)催化解組裝GQC3,釋放Q3,如此,在傳感器C3中,輸入一個(gè)靶目標(biāo)能夠輸出多個(gè)Q1、Q2和Q3的熒光信號(hào)(圖3B),檢測(cè)靶目標(biāo)miR-141對(duì)應(yīng)的熒光信號(hào),得到多重放大。

    采用凝膠電泳表征單鏈DNA間雜交、鏈取代反應(yīng),以驗(yàn)證該實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的可行性。如圖4所示,泳道g對(duì)應(yīng)在GQC2的單鏈組裝體加入對(duì)應(yīng)的催化鏈(DNA4)和F2后解組裝的條帶;? 泳道h對(duì)應(yīng)將GQC1和GQC2的單鏈組裝體1∶1串聯(lián),只加入了GQC1的靶目標(biāo)(0.05×C')和F1和F2的情況; 泳道h中同樣也出現(xiàn)了GQC2單鏈組裝體解組裝的條帶, 并且條帶的熒光強(qiáng)度比泳道g中的條帶的熒光強(qiáng)度高,表明將核酸循環(huán)串聯(lián)可實(shí)現(xiàn)信號(hào)的多重放大。

    考察了GQC1對(duì)miR-141的特異性響應(yīng)。將miR-21按照與L1(100 nmol/L)摩爾比分別為1、0.1、0.02、0.01、0.002、0.001和0的比例,與F1加入至C1傳感器中,與對(duì)照組(C' control)相比,GQC1的熒光強(qiáng)度基本沒(méi)有變化(圖5),即沒(méi)有QDs被miR-21從GQC1解組裝出來(lái),表明此復(fù)合物可特異性識(shí)別miR-141。

    3.3 串聯(lián)傳感器循環(huán)檢測(cè)miRNA

    探究3組傳感器C1、C2和C3對(duì)不同濃度的靶向物C'(miR-141)的響應(yīng)能力,將與L1(100 nmol/L)不同摩爾比(1、01、002、001、0005、0002、0001、00005、00002、00001、000005、000002、000001和0)的C'和對(duì)應(yīng)的Fuel加入至C1、C2和C3傳感器中,采用瓊脂糖電泳和熒光光譜表征復(fù)合物解組裝的程度。

    如圖6所示,隨著C'/L1的比例不斷增加, 復(fù)合物解組裝越完全,在泳道中遷移速率越快。傳感器C1、C2和C3分別對(duì)在0001~1、00001~1和000001~1(C'/L1摩爾比)范圍內(nèi)對(duì)靶向物有響應(yīng)。隨著核酸循環(huán)體系的疊加,對(duì)應(yīng)的傳感器的靈敏度也隨之提高,可響應(yīng)的靶向物濃度更低。因此,可通過(guò)改變疊加的循環(huán)體系的數(shù)量調(diào)控靶向物檢測(cè)范圍。

    圖7A~7C是由不同比例的C'/L1分別滴定C1、C2和C3傳感器釋放的QDs的熒光譜圖,在不同C'/L比例下傳感器解組裝釋放的QDs熒光強(qiáng)度與瓊脂糖電泳表征的解組裝結(jié)果基本一致。圖7D為3組傳感器中QDs熒光恢復(fù)率(F/F0-1)與不同比例C'/L1的關(guān)系圖, 根據(jù)圖7D將3組傳感器檢測(cè)的C'/L1摩爾比例區(qū)間轉(zhuǎn)化為C'濃度區(qū)間,其中C1為10-10~10-7 mol/L,C2為10-11~10-7?mol/L,C3為10-12~10-7mol/L,可見(jiàn)每疊加一個(gè)核酸催化循環(huán)體系,其對(duì)應(yīng)的傳感器最低檢測(cè)范圍降低一個(gè)數(shù)量級(jí)。

    根據(jù)圖8中3組傳感器的線性檢測(cè)曲線,計(jì)算C1、C2和C3的檢測(cè)限分別為47.3 pmol/L、4.23 pmol/L和552 fmol/L(3σ/k)。

    3.4 固定細(xì)胞成像

    miR-141在22Rv1細(xì)胞中表達(dá)含量高, 在HeLa細(xì)胞中表達(dá)含量較低[21,37]。將C1、C2和C3傳感器和對(duì)應(yīng)的Fuel與上述兩種固定細(xì)胞分別孵育6、8和12 h后的細(xì)胞熒光成像圖如圖9所示, 22Rv1細(xì)胞與3組傳感器孵育后均有明顯的熒光成像信號(hào), 并隨著每一次核酸循環(huán)體系的疊加, 熒光信號(hào)強(qiáng)度也隨之增強(qiáng); C1傳感器在HeLa細(xì)胞中并沒(méi)有明顯的QDs熒光成像信號(hào),這是因?yàn)镠eLa細(xì)胞中miR-141表達(dá)含量比較低[38], 其含量低于C1傳感器檢測(cè)限。選取相應(yīng)的傳感器定量檢測(cè)兩種細(xì)胞中miR -141的含量(表2),并與文獻(xiàn)對(duì)比發(fā)現(xiàn),提取RNA定量檢測(cè)miR -141的拷貝量與文獻(xiàn)報(bào)導(dǎo)的值相接近[21,37~39]。

    4 結(jié) 論

    通過(guò)將核酸循環(huán)體系疊加,開(kāi)發(fā)了新型納米傳感器,與常規(guī)的納米傳感器相比,串聯(lián)的納米傳感器具有動(dòng)態(tài)可調(diào)的線性檢測(cè)區(qū)間和檢測(cè)限,可用于靈敏檢測(cè)癌細(xì)胞中不同表達(dá)水平的miRNA分子。雖然通過(guò)串聯(lián)核酸循環(huán)能夠放大檢測(cè)信號(hào),但伴隨著信號(hào)的放大,傳感器的背景信號(hào)也隨之增大,影響串聯(lián)傳感器的靈敏度的提高。 后續(xù)研究將對(duì)傳感器背景信號(hào)增加的原因進(jìn)行分析,進(jìn)一步提高串聯(lián)傳感器的靈敏度。

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