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    合成生物學在腫瘤治療方面的應用和前景

    2019-09-29 13:47:53丁杰楊旭娟段虹宇張安琪張博雅魯佳敏符慶剛李博瑋劉曜琿
    中國醫(yī)學創(chuàng)新 2019年18期
    關(guān)鍵詞:治療腫瘤

    丁杰 楊旭娟 段虹宇 張安琪 張博雅 魯佳敏 符慶剛 李博瑋 劉曜琿

    【摘要】 合成生物學運用工程學和生物學方法工程化的合成生物系統(tǒng)、連接遺傳線路,最終獲得人們所需要的生物功能。目前合成生物學在能源、材料、健康等方面均已經(jīng)得到了很大的應用。合成生物學在腫瘤治療領(lǐng)域的關(guān)注度也不斷升溫,在藥物的遞送、免疫學系統(tǒng)攻擊腫瘤、工程設計非免疫細胞殺傷腫瘤細胞、轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平抑制腫瘤、揭示腫瘤遷移機制研究以及檢測轉(zhuǎn)移瘤等方面取得了一些突破性的進展。將合成生物學方法運用到腫瘤治療中已成為腫瘤治療的一個新的方向。本文介紹了合成生物學的概念及發(fā)展狀況,探討合成生物學在腫瘤治療方面的應用和前景。

    【關(guān)鍵詞】 合成生物學; 腫瘤; 治療

    Application and Prospect of Synthetic Biology in Tumor Therapy/DING Jie,YANG Xujuan,DUAN Hongyu,et al.//Medical Innovation of China,2019,16(18):-172

    【Abstract】 Synthetic biology uses engineering and biological methods to engineer the synthesis of biological systems and the connection of genetic circuits,and finally obtains the biological functions that people need.At present,synthetic biology has been widely used in energy,materials,health and so on.Synthetic biology is also getting more and more attention in the field of tumor therapy.Some breakthroughs have been made in drug delivery,immunological system attacks on tumors,engineering design of non-immune cells killing tumor cells,transcriptional and post-transcriptional inhibition of tumors,research on the mechanism of tumor migration,detection of metastatic tumors,and so on.The application of synthetic biological methods in tumor treatment has become a new direction of tumor treatment.In this paper,the concept and development of synthetic biology were introduced,and the application and prospect of synthetic biology in tumor therapy were discussed.

    【Key words】 Synthetic biology; Tumor; Treatment

    First-authors address:Lanzhou University Second Hospital,Lanzhou 730000,China

    doi:10.3969/j.issn.1674-4985.2019.18.044

    腫瘤嚴重影響人類健康,但其傳統(tǒng)治療方法的發(fā)展已進入瓶頸階段,近些年合成生物學在腫瘤的精確高效治療、腫瘤遷移機制的研究等方面得到了很大的應用。合成生物學作為一門新興學科在腫瘤治療方面有很大的應用前景,與此同時一些問題也有待解決。

    1 合成生物學的概念及發(fā)展狀況

    合成生物學是工程與生物學相結(jié)合的一個新興的、發(fā)展迅速的領(lǐng)域。它的目的是為特定目的設計新的或重新設計現(xiàn)有的生物系統(tǒng)。早些年,簡單的設備和部件(如開關(guān)和振蕩器)的設計已經(jīng)開始;隨著近年來成功設計的設備被用于創(chuàng)建越來越復雜的系統(tǒng),合成生物學正進入一個新的發(fā)展階段[1]。在能源、材料、醫(yī)藥健康、生命科學等多領(lǐng)域形成許多開創(chuàng)性的技術(shù)[2]。

    2 合成生物學在腫瘤治療方面的應用

    2.1 利用細菌活體遞送藥物 利用細菌對抗癌癥的想法早在1891年由McCarthy[3]提出:鏈球菌感染患者,激活免疫系統(tǒng)來治療癌癥?;诋敃r無法確定鏈球菌感染的毒性等問題,該方法飽受爭議。隨著人們逐漸對腫瘤微環(huán)境和微生物了解的深入,以及基因工程技術(shù)的成熟,不斷有研究者重拾該思路。Din等[4]利用合成生物學在鼠傷寒沙門氏菌內(nèi)構(gòu)建了基因回路,使細菌群體在腫瘤組織中同步周期性合成與釋放抗腫瘤藥物。該項設計主要包括兩個重要的部分。

    2.1.1 限制細菌數(shù)量,動態(tài)裂解細菌 研究者們使用合成生物學構(gòu)建大腸桿菌中的“群體感應”基因電路,LuxI、LuxR和?;呓z氨酸內(nèi)酯(AHL)在該回路中具有重要作用:LuxI酶催化AHL分子的合成,LuxR是AHL受體蛋白,可激活細菌群體感應轉(zhuǎn)錄效應[5]。當細菌種群密度低,LuxR表達水平較低,合成的AHL分子不會在細胞積聚,迅速擴散到胞外。當細菌密度增加時,由于胞內(nèi)外AHL濃度梯度高。一旦胞內(nèi)AHL濃度達到一定閾值,AHL分子與LuxR結(jié)合。反過來,LuxR激活PluxI啟動子,從而啟動靶基因的表達。值得注意的是,AHL可以穿過細胞膜擴散,所以群體細菌中的AHL濃度基本相同,確保了細菌群體中基因表達程序的同步執(zhí)行。

    Din等[4]將該基于AHL的群體效應作為一種工具使改造的鼠傷寒細菌實現(xiàn)同步化,同時設計了可以引起細菌溶解的“自殺”系統(tǒng)——源自細菌病毒φX174的裂解蛋白E。在鼠傷寒細菌大規(guī)模自殺之后,還會殘存一些細菌,進入了下一個細菌種群動態(tài)循環(huán)。

    2.1.2 正確有效的聯(lián)合藥物 有學者測試了3種可以使腫瘤縮小的蛋白質(zhì)治療劑[4-5]。他們在鼠傷寒桿菌中植入可以生成這些蛋白質(zhì)藥物的基因,實驗結(jié)果表明可以生成足夠用于殺死腫瘤細胞的蛋白質(zhì)藥物。遺憾的是,盡管該研究采用了更為安全的動態(tài)裂解體系來控制藥物的釋放以及將細菌群落控制在一定的范圍內(nèi),但是仍然不能根除腫瘤,需要同化療藥物聯(lián)用。

    除了利用細菌直接遞送藥物,還出現(xiàn)了腺苷酶前體藥物治療(BDEPT)這種新興的癌癥治療方法。它是基因治療的一種雙相變體,在治療的第一階段,細菌已經(jīng)裝備了一個基因編碼的酶,可以轉(zhuǎn)換惰性前藥為細胞毒性活性藥物成分(API)。被注入到體內(nèi)的細菌具有在腫瘤中選擇性增殖的先天能力,定居到腫瘤中后開始增殖。一旦腫瘤內(nèi)的細菌達到足夠的數(shù)量,酶的生產(chǎn)將被放大。第二階段通過給前藥開始。給藥后,前藥系統(tǒng)地在全身傳播,但主要在腫瘤中被局部產(chǎn)生的酶激活。API在惡性腫瘤中擴散開來,但是健康組織可以免受損傷,由于活性藥物是在腫瘤內(nèi)部局部產(chǎn)生的,這種方法可以被認為是一種局部化療方法[6]。

    2.2 免疫系統(tǒng)攻擊腫瘤細胞 Nissim等[7]設計了一套病毒遞送的基因表達體系。這套體系里的基因表達啟動子能與癌細胞特異蛋白相結(jié)合,且只有兩種啟動子同時被激活后,整個基因表達體系才能運作。這套體系會產(chǎn)生具有免疫原性的細胞表面蛋白、細胞因子、趨化因子以及免疫檢查點抑制劑抗體。在免疫系統(tǒng)看來,這簡直就是癌細胞的投案自首,它們會毫不留情地將癌細胞消滅。在細胞和動物水平,該“基因電路”能有效地激發(fā)免疫系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)并特異性攻擊腫瘤細胞,而不殺傷正常細胞。

    同時,內(nèi)源性細胞也可以用作治療劑。T細胞廣泛分布于組織和腫瘤環(huán)境中,它們在細胞介導的免疫中起著中心作用,能夠介導長壽命的、抗原特異性的效應器和免疫記憶反應。然而腫瘤可以利用多種策略來逃避宿主的免疫反應,包括靶抗原的下調(diào)或弱免疫原性,以及創(chuàng)造免疫抑制的腫瘤環(huán)境[8]。因此運用合成生物學方法將從患者體內(nèi)提取的T細胞進行基因工程改造,使其重新獲得對腫瘤的特異性識別能力,再將其植入患者體內(nèi)治療腫瘤,成為腫瘤治療的一個研究熱點。

    近年來,通過在嵌合抗原受體(CARS)中引入抗體樣識別來對T細胞進行基因修飾的策略已經(jīng)取得了實質(zhì)性的進展[8]。迄今為止,CAR T細胞在根除血液系統(tǒng)惡性腫瘤方面取得了巨大的成功[9]。尤其是CD19 CARS在急、慢性B細胞白血病中[10-11]以及在淋巴瘤[12-13]和骨髓瘤患者中的應用[14-18]。同時,越來越多的臨床試驗將CAR T療法聚焦于實體腫瘤,但是實體瘤的實驗結(jié)果并不樂觀,因為CAR T細胞向?qū)嶓w瘤的轉(zhuǎn)化一直存在著許多障礙,包括安全性、T細胞的持續(xù)和擴增、T細胞向腫瘤的轉(zhuǎn)移,以及在腫瘤內(nèi)建立的免疫耐受機制,這些機制可能決定CAR T細胞的最終命運。由于其獨特的微環(huán)境和解剖位置,這些障礙中有許多是實體腫瘤所特有的[19]。但也有復發(fā)性多灶性膠質(zhì)母細胞瘤患者接受了針對腫瘤相關(guān)抗原白細胞介素13受體α2(IL13Rα2)的CAR T后所有顱內(nèi)和脊柱腫瘤均有消退,同時腦脊液中細胞因子和免疫細胞水平也相應升高的案例[20]。此外也有將CAR T技術(shù)運用到乳腺癌、HER2陽性肉瘤、胰腺癌轉(zhuǎn)移瘤的治療研究的報道[21-23]。具體地說,利用CAR構(gòu)建的T細胞是迄今為止最有前途的基于細胞的治療方法。

    可是雖然CAR T細胞的研究很有應用前景,但是這種方法由于腫瘤特異性單一抗原的稀缺性而受到限制。而且靶向抗原也往往存在于癌旁組織中,可能會引起危及生命的不良反應。一種增強治療性T細胞靶上活性的有效方法是對其進行工程設計,使其需要組合抗原才能被激活。Roybal等[24]設計了一個組合激活的T細胞電路,其中一個抗原的合成Notch受體誘導另一個抗原的CAR的表達。這些雙受體和門T細胞只有在雙重抗原腫瘤細胞存在的情況下才能被武裝和激活。這些T細胞在體內(nèi)顯示出精確的治療識別-保留單個抗原的“旁觀者”腫瘤,同時有效地清除組合抗原“疾病”腫瘤。這種精密的雙受體電路為更廣泛的腫瘤免疫識別打開了大門。

    2.3 工程設計非免疫細胞殺傷腫瘤細胞 除了對免疫細胞的基因工程設計,也有人嘗試在非免疫細胞中開發(fā)T細胞受體樣信號轉(zhuǎn)導裝置來靶向殺傷腫瘤。Kojima等[25]在一種來自人胚胎腎細胞的常見細胞系:HEK-293T細胞,和人間充質(zhì)干細胞中構(gòu)建了癌癥檢測傳感器。該傳感器分為兩部分:一部分從細胞膜中伸出,像天線一樣,抑制內(nèi)源性信號途徑;另一部分由兩個受體組成,當它們感應到癌細胞表面的特殊蛋白時,就能激活上述的信號途徑。進而引發(fā)了一系列反應,導致一些內(nèi)源性和Kojima等[25]設計的細胞系發(fā)生變化,最終造成一種藥物活化酶的釋放。這種酶再被運到鄰近的細胞,將前藥(prodrug)轉(zhuǎn)化為活性形式,殺死腫瘤細胞及部分腫瘤細胞周圍的正常細胞。配備這種細胞接觸傳感裝置的設計細胞有望在避免與工程免疫細胞相關(guān)的風險的同時,用于基于細胞的癌癥治療。

    2.4 轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平抑制腫瘤 癌基因轉(zhuǎn)錄因子和微小RNA分別作為轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)因子在人類腫瘤中發(fā)揮重要作用。因此有學者利用合成生物學方法調(diào)控癌基因轉(zhuǎn)錄因子以及微小RNA從而在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平抑制腫瘤,這為腫瘤治療提供了新的思路[26]。

    Xie等[26]設計了一種人工長鏈非編碼RNA,通過在轉(zhuǎn)錄水平和轉(zhuǎn)錄后水平同時調(diào)節(jié)致癌信號通路來抑制膀胱癌的惡性表型。這個工具包含兩個模塊,編碼在質(zhì)粒上。第一個模塊是RNA適體,能夠捕獲包括轉(zhuǎn)錄因子(TFs)在內(nèi)的蛋白質(zhì)。第二個模塊是microRNA海綿,它通過與目的miRNAs的部分互補結(jié)合,導致miRNAs失去功能。基于此原理,他們將β-catenin適配子的兩個串聯(lián)cDNA序列與miR-183-96-182簇的6個結(jié)合位點的cDNA串聯(lián)拷貝(該簇的miRNA每個拷貝兩份)結(jié)合起來構(gòu)建了一個人工長鏈非編碼RNA。通過采用雙熒光素酶報告分析、實時熒光定量PCR(qRT-PCR)及相關(guān)表型實驗,檢測相關(guān)基因的表達及該裝置的熱效應,結(jié)果表明該裝置具有抗腫瘤的作用。

    2.5 揭示腫瘤細胞遷移機制、檢測腫瘤轉(zhuǎn)移 轉(zhuǎn)移是絕大多數(shù)癌癥相關(guān)死亡的罪魁禍首[27]。轉(zhuǎn)移性腫瘤不僅由于其在不同器官中的解剖彌散分布而難以用常規(guī)手術(shù)或放療治療,而且在大多數(shù)情況下對細胞毒藥物也是耐藥的。盡管20世紀在影像學和腫瘤細胞鑒定方面的一些技術(shù)進步極大地提高了對腫瘤轉(zhuǎn)移的認識,但腫瘤轉(zhuǎn)移和耐藥的分子機制尚不清楚導致在200多種已被批準用于臨床治療的抗癌藥物中,沒有一種能特異性和有效地抑制腫瘤轉(zhuǎn)移[28]。因此利用合成生物學的方法研究腫瘤細胞的遷移機制有望為腫瘤細胞的遷移擴散提供理想的治療靶點。

    大量的研究表明COL1A1在大腸癌組織和配對淋巴結(jié)組織中表達上調(diào),Zhang等[29]利用脂質(zhì)轉(zhuǎn)染法將設計的一段siRNA轉(zhuǎn)染大腸癌細胞,該siRNA的核酸序列能大腸癌細胞COL1A1的表達。Transwell實驗表明,COL1A1能促進大腸癌細胞的體外遷移。同時還發(fā)現(xiàn),COL1A1與WNT/平面細胞極性(PCP)信號通路相關(guān),抑制COL1A1可降低RAS相關(guān)的C3肉毒桿菌毒素底物1-GTP、磷酸化c-jun氨基末端激酶和RhoA-GTP的表達,這些基因都是WNT/PCP信號通路中的關(guān)鍵基因。因此COL1A1可能通過WNT/PCP通路促進大腸癌細胞的遷移。他們的結(jié)果表明COL1A1能促進腫瘤轉(zhuǎn)移,其抑制可能抑制CRC細胞的遷移。另外,COL1A1在大腸癌轉(zhuǎn)移中的作用可能與WNT/PCP通路的調(diào)節(jié)有關(guān)。因此COL1A1可能是一個很有前途的治療CRC的靶點。

    Yagi等[30]利用多種實驗方法,包括合成生物學方法,表明信號選擇性抑CXCR4-Gα13-Rho軸可防止基底樣乳腺癌細胞的轉(zhuǎn)移擴散。他們先用一種合成生物學方法重構(gòu)乳腺癌細胞中G蛋白調(diào)節(jié)的網(wǎng)絡,穩(wěn)定表達了一個突變GαI偶聯(lián)的GIRASSL,通過實驗來證明GαI的激活可能不足以促進轉(zhuǎn)移性乳腺癌細胞的遷移。之后又設計了一個可被人工配體激活的Gα13i5,這是Gα13的一種嵌合形式,其中C-末端5個氨基酸被GαI的氨基酸取代,使其能夠與GIRASSL偶聯(lián)并被GIRASSL激活,最終的實驗結(jié)果表明Gα13在乳腺癌細胞運動和跨血管細胞遷移中具有關(guān)鍵作用。

    同時,絕大多數(shù)轉(zhuǎn)移瘤的發(fā)現(xiàn)都是在轉(zhuǎn)移的較晚階段,這也使很多腫瘤患者難以得到根治。因此,需要設計一些高靈敏的工具來檢測現(xiàn)有診斷工具所不能企及的小轉(zhuǎn)移。這將使患者獲得最佳的治療時機。

    Danino等[31]設計了PROP-Z益生菌用于非侵襲性癌癥檢測。PROP-Z診斷平臺由轉(zhuǎn)化有雙穩(wěn)定、高表達LacZ載體的益生菌ECN細菌和一個基因集成的CDABE盒組成,該盒可在不提供外源熒光素(藍色)的情況下實現(xiàn)發(fā)光可視化。其機制為患者口服PROP-Z后,該益生菌在胃腸道內(nèi)迅速遷移(24 h內(nèi)),通過肝門靜脈直接從腸道流出到肝臟,從而導致肝臟腫瘤的優(yōu)先定植并在肝轉(zhuǎn)移瘤中特異性擴增。PROP-Z可以表達高水平的LacZ酶,使注入的可切割底物消失。底物過濾器的裂解產(chǎn)物通過腎系統(tǒng),進入尿液后可以被檢測出來。

    3 研究前景與展望

    合成生物學手段在腫瘤治療方面的應用解決了傳統(tǒng)腫瘤治療手段的很多問題,比如靶向藥物/酶的遞送在很大程度上減輕了傳統(tǒng)化療手段所難以避免的對大量健康組織的損傷,這一類似局部化療的手段將使臨床治療更精確、更敏感。又比如結(jié)合合成生物學手段揭示腫瘤的遷移機制,將更有利于對腫瘤轉(zhuǎn)移的阻礙與治療,而這對傳統(tǒng)外科手段來說幾乎是無能為力的。此外,激活自身免疫系統(tǒng)對腫瘤細胞的殺傷,也為腫瘤治療開啟的新的大門。

    但是也有很多有待解決的問題,比如動物實驗與臨床實驗之間的宿主差異要求制定和加強研發(fā)實踐,以彌合臨床和臨床前觀察之間的差距。還需要開發(fā)和改造更多更優(yōu)的腫瘤特異性生物傳感器(比如各種光控傳感器,基于腫瘤微環(huán)境的傳感器:如基于代謝產(chǎn)物尿酸、乳酸的傳感器);改造與篩選出具有特定功能的細菌和/或細胞(如改造腸道中的益生菌或人體自身的細胞——甚至干細胞和癌細胞為載體;改造特異性定殖在器官中的細菌,即改造引起該部位疾病的細菌以治病),提高質(zhì)粒穩(wěn)定性(防止基因突變),設計與篩選出更多更有效的抗癌藥物(如研發(fā)適合的細菌中合成與表達的抗腫瘤的多肽藥物和毒性肽),也可以聯(lián)合免疫療法與抗癌藥物試驗;雖然已有抗腫瘤藥物應用到臨床,但是腫瘤仍然是全人類面臨的重大挑戰(zhàn)。由于人體構(gòu)造與代謝的復雜性,現(xiàn)有藥物受到“離子障”“首關(guān)效應”等的制約,其生物利用度不高。據(jù)報道,納米制劑治療腫瘤時,其平均生物利用度也僅有0.7%。合成生物學是一門新興的學科,盡管研究還不是很成熟,體內(nèi)實驗安全性問題還未解決,但其在腫瘤治療方面有非常廣闊的應用前景。

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