福清山羊與努比亞黑山羊背最長肌比較轉(zhuǎn)錄組分析

劉遠，李文楊，吳賢鋒，黃勤樓，高承芳，陳鑫珠，張曉佩

（福建省農(nóng)業(yè)科學院畜牧獸醫(yī)研究所，福州 350013）

0 引言

【研究意義】隨著人們生活水平的提高和保健意識的增強，對肉食品的質(zhì)量有了更高的要求，畜禽肉質(zhì)性狀的遺傳改良是當前的主要研究方向[1]。我國遺傳資源豐富，地方山羊品種或資源58個，大多數(shù)品種具有肉質(zhì)優(yōu)良的優(yōu)點[2]。研究地方山羊品種優(yōu)質(zhì)肉質(zhì)性狀的分子調(diào)理機理，挖掘、鑒定和充分利用控制山羊肉質(zhì)性狀的主效基因，并與傳統(tǒng)選育方法結(jié)合共同改良山羊肉質(zhì)性狀具有重要意義[3]?！厩叭搜芯窟M展】轉(zhuǎn)錄組是特定組織或細胞在某一環(huán)境或生理條件下所轉(zhuǎn)錄表達的所有 RNA總和，既包括編碼蛋白的mRNA，也包括非編碼RNA，是連接基因組遺傳信息與蛋白質(zhì)組生物功能的紐帶[4]。高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)（RNA sequencing，RNA-Seq）的發(fā)展和成熟為系統(tǒng)研究基因表達及調(diào)控提供了重要的手段和方法，在畜禽重要經(jīng)濟性狀分子機制研究中得到了廣泛使用[5-8]?；赗NA-Seq，研究者采用不同的策略開展了不同羊品種肉質(zhì)性狀候選基因的篩選。孟憲然等研究了不同年齡和不同性別絨山羊背最長肌之間的差異表達基因，篩選到3個可能參與肉品質(zhì)重要的候選基因[9]。張春蘭分別構(gòu)建了生長性能存在顯著差異的小尾寒羊和杜泊羊臂二頭肌轉(zhuǎn)錄組文庫，兩個轉(zhuǎn)錄組文庫間發(fā)現(xiàn)有1 300個差異表達基因[10]。趙珺比較了絨山羊3個骨骼肌的差異表達情況，挖掘到631個新基因[11]。王位等選用以肉質(zhì)肌纖維密度差異較大的巴美肉羊與小尾寒羊的背最長肌進行高通量轉(zhuǎn)錄組測序，篩選了 6個與肉質(zhì)性狀相關的候選基因[3]。上述研究為轉(zhuǎn)錄組層面闡述羊肉質(zhì)性狀形成的分子機制奠定了基礎?！颈狙芯壳腥朦c】雖然利用RNA-Seq技術(shù)發(fā)現(xiàn)了大量可能影響肉質(zhì)性狀的新候選基因，但研究的對象僅局限于我國北方的少數(shù)綿、山羊品種，而鮮見南方地區(qū)特色地方肉用品種的相關研究，大量品種優(yōu)良肉質(zhì)特性的遺傳學基礎仍需開展深入研究。【擬解決的關鍵問題】本研究擬選用肉用性能存在明顯差異的福建地方山羊品種——福清山羊（中小體型肉用品種）和福建省引進的努比亞黑山羊（大體型肉用品種）為材料[12]，采用RNA-Seq技術(shù)比較兩者背最長肌的差異表達基因及新轉(zhuǎn)錄本分析，并對篩選的差異表達基因進行 GO（gene ontology）、KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）功能富集和COG（cluster of orthologous groups of proteins）分類，挖掘控制福清山羊肉質(zhì)和生長性狀的相關候選基因，為地方品種種質(zhì)資源的遺傳機制研究提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

本研究選用的福清山羊和努比亞黑山羊由福建省農(nóng)業(yè)科學院福清市漁溪肉羊試驗基地提供，試驗于2016年9月至2017年9月進行。選擇出生日期間隔不超過3天的胎產(chǎn)雙羔羔羊作為試驗羊，每個品種選4只，分別記錄初生重，根據(jù)福清山羊和努比亞黑山羊商品羊的生產(chǎn)實際進行飼養(yǎng)管理（羯羊育肥、2月齡斷奶、周歲上市）。試驗公羔于15日齡統(tǒng)一去勢，365日齡禁飼 12h后稱重，各品種隨機挑選3只個體（福清山羊分別標記為F1、F2、F3，努比亞黑山羊分別標記為 N4、N5、N6）按照國家實驗動物處理飼喂準則屠宰，取第10—12胸椎處背最長肌，用于RNA提取的樣品迅速用錫箔紙包裹后于液氮中速凍，置于-80℃超低溫冰箱備用，另取20g左右樣品用于肌內(nèi)脂肪含量（inter-muscular fat,IMF）的測定。

1.2 RNA提取、轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建及測序

利用TaKaRa MiniBEST Universal RNA Extraction Kit（TaKaRa，大連寶生物）提取每個樣品背最長肌組織的總RNA，單個建池。為了保證數(shù)據(jù)準確性，采用Nanodrop檢測RNA的純度，Agilent 2100精確檢測RNA的完整性。RNA樣品檢測合格后，送北京百邁克生物科技有限公司進行文庫構(gòu)建以及測序。文庫構(gòu)建完成后，對建成文庫的質(zhì)量進行檢測。文庫質(zhì)量合格后，不同的文庫利用 Illumina HiSeq2500平臺（Illumina，America），基于邊合成邊測序（sequencing by synthesis，SBS）技術(shù)進行高通量測序。

1.3 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)處理與分析

原始測序數(shù)據(jù)（Raw reads）經(jīng)過去除含有接頭和低質(zhì)量數(shù)據(jù)過濾后獲得高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)（clean reads）。利用TopHat2[13]軟件將獲得的Clean reads比對到山羊參考基因組（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/704/415/GCF_001704415.1_ASM170441v1/GCF_001704415.1_ASM170441v1_genomic.fna.gz）[14]，獲取序列在參考基因組或基因上的位置信息，以及樣品特有的序列特征信息。

1.4 差異表達基因的篩選、功能注釋和富集分析

參考JIANG等報道的數(shù)學模型[15]，使用Cufflinks軟件的Cuffquant和Cuffnorm組件，通過比對到的序列（Mapped Reads)在基因上的位置信息，對轉(zhuǎn)錄本和基因的表達水平進行定量。采用FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped）作為衡量轉(zhuǎn)錄本或基因表達水平的指標[16]，即每百萬個比對到的 reads中比對到外顯子的每千堿基上的片段數(shù)目。

以努比亞黑山羊為對照，利用DEseq進行2個品種間的差異表達分析[17]。在差異表達基因（differentially expressed genes，DEGs）檢測過程中，將差異倍數(shù)（Fold Change）≥2 且 FDR（False Discovery Rate，錯誤發(fā)現(xiàn)率）＜0.01作為DEGs的篩選標準。繪制2個品種DEGs火山圖（volcano plot）并進行聚類分析。利用GO數(shù)據(jù)庫對DEGs進行功能注釋[18]。COG數(shù)據(jù)庫進行DEGs分類統(tǒng)計[19]。KEGG數(shù)據(jù)庫進行DEGs的通路分析[20]。

1.5 熒光定量PCR驗證

為了進一步驗證高通量測序結(jié)果以及發(fā)現(xiàn)新基因（轉(zhuǎn)錄本）序列的準確性，以18S rRNA為內(nèi)參基因，根據(jù)差異表達基因結(jié)果，隨機挑選 6個差異表達的基因（包括3個新發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄本），2個非差異表達基因Ⅰ型肌球蛋白重鏈（Myosin heavy chainⅠ，MyHCⅠ）和Ⅱb型肌球蛋白重鏈（Myosin heavy chainⅡb ,MyHCⅡb）基因，采用實時熒光定量 PCR（qRT-PCR）驗證基因表達量。內(nèi)參基因、MyHCⅠ、MyHCⅡb基因引物參考文獻[21]設計，其余差異表達基因引物根據(jù)測序序列信息由ABI公司的Primer Express Software v2.0設計，鉑尚生物技術(shù)（上海）有限公司合成，基因名稱及引物信息見表1。以1.2中各樣品RNA池為模板，采用TAKARA PrimeScript?RT reagent Kit with gDNA Eraser（TaKaRa，大連寶生物）試劑盒逆轉(zhuǎn)錄后進行qRT-PCR擴增，擴增體系 20μL：cDNA 模板 1μL，上、下游引物各 1μL，2×SYBR? Select Master Mix 10μL，ddH2O 7μL。qRT-PCR擴增程序：95℃預變性 2 min；95℃變性10s，60℃退火 10s，72℃延伸 40s，50個循環(huán)；最后72℃延伸5min；4℃保存。采用2-ΔΔCt法計算基因的相對表達量。

1.6 數(shù)據(jù)處理與分析

EXCEL用于數(shù)據(jù)的初步統(tǒng)計以及作圖，品種間表型差異采用 SPSS17.0的“Independent-Sample T Test”程序計算分析。

表1 實時熒光定量PCR引物信息Table1 The qRT-PCR primers

2 結(jié)果

2.1 樣品的IMF、生長性狀測定

IMF是影響羊肉品質(zhì)的重要因素之一，其對羊肉大理石紋、嫩度、風味及膻味等均有重要影響。一般認為IMF含量超過3%的肌肉品質(zhì)較好，福清山羊背最長肌的平均IMF含量為3.69%，顯著高于努比亞黑山羊背最長肌的1.83%（P=0.003），表明本研究選用的2個品種樣品間肉質(zhì)表型存在明顯差異（表2）。而努比亞黑山羊個體的初生重、宰前活重和平均日增重均顯著高于福清山羊個體（P=0.000），品種間生長性狀的差異較大（表2）。

表2 各樣品IMF和生長性狀分析Table2 The IMF and growth traits of 6 samples

2.2 測序數(shù)據(jù)評估及對比分析

經(jīng)過文庫質(zhì)量檢測和測序質(zhì)量控制，各樣品均符合測序要求。6個樣品共得到44.76Gb Clean Data，各樣品Clean Data 均達到6.77Gb以上，獲得Clean reads 22737051—26944107條。測序數(shù)據(jù)堿基質(zhì)量質(zhì)Q30堿基百分比為 91.01%—92.01%，堿基 GC含量為52.36%—53.87%，各堿基質(zhì)量穩(wěn)定在 20%—30%之間，低質(zhì)量堿基比例小，測序質(zhì)量好。表明文庫構(gòu)建質(zhì)量和測序質(zhì)量高，測序數(shù)據(jù)準確可靠，滿足后續(xù)分析條件。

將獲得的Clean reads與參考山羊基因組進行對比分析，結(jié)果表明各樣品的Clean reads與參考基因組的比對效率在84.65%—86.17%之間，比對到參考基因組唯一位置的Reads占Clean Reads的百分比為79.50%—81.44%，多處位置的百分比為4.04%—5.53%（表3）。

表3 測序數(shù)據(jù)與參考山羊基因組的序列比對結(jié)果統(tǒng)計Table3 RNA-Seq and mapping to the reference genome

2.3 DEGs的篩選、功能注釋和富集分析

2.3.1 DEGs的篩選 采用FPKM作為衡量轉(zhuǎn)錄本或基因表達水平的指標，計算得到了6個樣本17 302個表達基因的FPKM值。根據(jù)差異基因篩選標準，獲得了努比亞黑山羊和福清山羊背最長肌的DEGs608個，其中上調(diào)基因61個，下調(diào)基因547個，圖1為差異表達基因火山圖。進一步的選擇與畜禽能量脂肪代謝、肌肉生長發(fā)育相關的基因，發(fā)現(xiàn)DEGs中類胰島素一號增長因子(Insulin-like growth factor 1，IGF1)、長鏈酯酰輔酶 A合成酶 5（Long-chain fatty acyl-CoA synthetases 5，ACSL5）、磷酸烯醇丙酮酸羧激酶 2（phosphoenolpyruvate carboxykinase 2，PCK2）、過氧化物酶體增殖激活受體 γ共激活因子 1α（Hepatic peroxisome proliferator-activated receptor gamma，coactivator 1 alpha，PPARGC1A）、Janus激酶2基因（Janus Kinase 2，JAK2）、信號轉(zhuǎn)導子和轉(zhuǎn)錄激活子4（signal transducer and activator of transcription 4，STAT4）、干擾素調(diào)節(jié)因子8（interferon regulatory factor 8，IRF8）、有絲分裂原激活蛋白激激激激酶1（mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1，MAP4K1）可作為控制福清山羊肉質(zhì)性狀和生長性能的候選基因。

進一步對篩選出的DEGs做層次聚類分析，將具有相同或相似表達模式的基因進行聚類，DEGs聚類結(jié)果見圖2。圖2的橫坐標表明2個品種的3個生物學重復分別聚類在一起，說明同一品種的生物學重復樣品間有很高的相關性；縱向DEGs分為明顯的上調(diào)和下調(diào)兩個基因簇，上調(diào)和下調(diào)基因簇內(nèi)分別具有較高的相關性。說明本研究選用的樣本生物學重復性好，樣本分組合理。

圖1 差異表達基因火山圖Fig.1 Volcano plot of differentially expressed genes

2.3.2 差異表達基因的GO功能富集 GO注釋系統(tǒng)是一個有向無環(huán)圖，包含3個主要分支，即：生物學過程（biological process, BP），細胞組分（cellular component, CC）和分子功能（molecular function, MF）。篩選出的608個DEGs中的518個基因能夠被GO數(shù)據(jù)庫注釋，GO分類統(tǒng)計結(jié)果見圖3。被注釋的DEGs分別參與了BP、CC和MF的22、19和20個功能亞分類。在 BP分類中，細胞過程、單一的生物過程和生物調(diào)節(jié)參與的DEGs最多，與肉質(zhì)和生長性狀相關聯(lián)的發(fā)育過程和生長的DEGs也被注釋。在CC分類中，DEGs參與細胞部分、細胞、細胞器的數(shù)量最多。在MF分類中，DEGs在結(jié)合中所占比例最高，其次為催化活性及分子傳感器活性。

圖2 差異表達基因聚類分析熱圖Fig.2 Heat map of the differentially expressed genes

2.3.3 差異表達基因的COG分類 利用COG數(shù)據(jù)庫可以對基因產(chǎn)物進行直系同源分類。篩選的 148個DEGs能夠被COG數(shù)據(jù)庫注釋，分類統(tǒng)計結(jié)果見圖4。其中一般的功能預測基因數(shù)目最多，其次為信號轉(zhuǎn)導機制，轉(zhuǎn)錄和復制、重組與修復。

2.3.4 差異表達基因的 KEGG注釋 經(jīng)過分析，可被注釋到KEGG數(shù)據(jù)庫的418個差異表達基因參與了近100個通路，將差異表達基因KEGG的注釋結(jié)果按照KEGG中通路類型進行分類，分類圖見圖5。差異表達基因參與最多的是人類疾病相關的通路，其次是生物系統(tǒng)相關通路。可能與肉質(zhì)性狀和生長發(fā)育相關的通路有肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)、Jak-STAT信號轉(zhuǎn)導通路、MAPK信號轉(zhuǎn)導通路和Ⅰ型糖尿病通路等。

以KEGG數(shù)據(jù)庫總通路為單位，應用超幾何檢驗，找出與整個基因組背景相比，在DEGs中顯著性富集的通路。圖6為DEGs的KEGG通路富集分析結(jié)果，圖中呈現(xiàn)了顯著性Q值最小的20個通路，富集顯著性最可靠的通路大部分為人類疾病相關的通路。

2.4 新基因分析

基于所選參考基因組序列，使用Cufflinks軟件對Mapped Reads進行拼接，并與原有的基因組注釋信息進行比較，尋找原來未被注釋的轉(zhuǎn)錄區(qū)，發(fā)掘該物種的新轉(zhuǎn)錄本和新基因，從而補充和完善原有的基因組注釋信息。過濾掉編碼的肽鏈過短（少于50個氨基酸殘基）或只包含單個外顯子的序列，共發(fā)掘707個新基因（轉(zhuǎn)錄本），其中15個為2個品種的差異表達基因。

圖3 差異表達基因GO注釋Fig.3 GO annotation of DEGs

圖4 差異表達基因COG注釋分類統(tǒng)計圖Fig.4 COG annotation classification statistics of DEGs

圖5 差異表達基因顯著富集的KEGG通路Fig.5 List of KEGG pathway for DEGs

圖6 差異表達基因KEGG通路富集散點圖Fig.6 Enriched scatter map of DEGs KEGG pathway

2.5 Real-time PCR驗證測序

8個基因（轉(zhuǎn)錄本）的 qRT-PCR結(jié)果見表4，選擇的目的基因在2個品種個體間表達變化模式與轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果一致，表明本研究利用轉(zhuǎn)錄組測序獲得差異表達基因以及新基因（轉(zhuǎn)錄本）序列數(shù)據(jù)較為準確。

表4 測序結(jié)果的qRT-PCR驗證Table4 Validation of sequencing results by qRT-PCR

3 討論

陳其新等應用綜合指數(shù)法結(jié)合聚類分析法，對我國22個山羊品種的肉用生產(chǎn)力進行了評價，其中努比亞黑山羊生產(chǎn)指數(shù)的擬合度高，體型大、生長速度快、生產(chǎn)效率高，肉用性能優(yōu)于波爾山羊，是適宜的雜交父本；而福清山羊的生產(chǎn)指數(shù)擬合度低，體型小、生長速度慢、生產(chǎn)效率低，屬于肉用性能較差的品種[12]。本研究證實了在相同飼養(yǎng)條件下2個品種肉用性能存在明顯差異，努比亞黑山羊的 ADG極顯著高于福清山羊（P=0.000）。

目前有關福清山羊肉質(zhì)特性的評價僅限于人們的主觀印象，缺乏客觀的科學數(shù)據(jù)。肌纖維類型和IMF含量是影響羊肉質(zhì)特性的2個主要因素[22]。MyHCⅠ型和MyHC2b型肌纖維的含量差異會造成肉質(zhì)差異，富含MyHCⅠ型肌纖維的肉品質(zhì)優(yōu)[21]，2個品種背最長肌的高通量測序和 qRT-PCR結(jié)果均未發(fā)現(xiàn)MyHCⅠ基因和MyHC2b基因的差異表達，初步表明肌纖維類型不是引起2品種肉質(zhì)差異的主要原因，而背最長肌 IMF含量的極顯著差異（P=0.003）可能是品種間肉質(zhì)差異的關鍵。

畜禽肉質(zhì)、生長性狀的表型主要取決于相互聯(lián)系的肌纖維發(fā)育和IMF沉積的2個肌肉生長過程[23]。本研究利用RNA-Seq篩選的DEGs中，IGF1是肌糖原代謝的功能基因[24]，PCK2、MAP4K1、JAK2、STAT4屬于參與成肌細胞增殖、分化和肌纖維類型轉(zhuǎn)化的功能基因[23]，這5個重要功能基因的差異表達可能影響 2個品種的生長性狀；ACSL5、PPARGC1A參與了脂肪細胞增殖、分化和脂類代謝調(diào)控[23]，可能影響2個品種骨骼肌的IMF沉積，影響肌肉的肉質(zhì)特性。

試驗材料的類型（體現(xiàn)表型的組織或者組成表型的細胞）、品種或個體本身的差異以及DEGs的篩選標準等均會影響 RNA-Seq差異表達基因的篩選結(jié)果[25]。本研究獲得的DEGs類型、數(shù)量與王位等[3]、孟憲然等[9]研究其他肉羊品種骨骼肌研究結(jié)果存在一定的差異，且本研究中DEGs參與最多的是人類疾病相關的通路。除了材料不同造成的結(jié)果差異外，可能福清山羊和努比亞黑山羊在抗病、免疫性狀方面也存在較大表型差異，有待進一步深入研究。

隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展和廣泛應用，動物遺傳學從以前候選基因、單一性狀為主的微觀研究轉(zhuǎn)向以物種進化構(gòu)架內(nèi)的全基因組水平、多性狀、組學化的宏觀研究，利用高通量測序技術(shù)研究畜禽主要經(jīng)濟性狀取得了較大的研究進展[26]?；谵D(zhuǎn)錄組測序，肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)通路、MAPK信號轉(zhuǎn)導通路、Jak-STAT信號通路等與畜禽肉質(zhì)、生長性狀相關的代謝通路也在不同物（品）種被相繼發(fā)現(xiàn)。馮小婷等[27-28]分別利用高通量芯片研究瘦肉型和脂肪型豬品種背最長肌的差異基因表達譜，均發(fā)現(xiàn)DEGs富集到肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)通路；王穎萍[29]利用RNA-Seq技術(shù)研究豬脂肪沉積相關的 miRNA，結(jié)果表明差異表達的miRNA的靶基因參與了肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)。XUE等[30]對不同生長階段京海黃雞腿肌進行RNA-Seq，發(fā)現(xiàn)肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)與生長發(fā)育相關。LIU等[31]利用蛋白質(zhì)組學技術(shù)研究了北京油雞肌內(nèi)脂肪沉積的分子機制，認為肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)通路在肌內(nèi)脂肪沉積中起到最重要的作用。利用RNA-Seq技術(shù)分別篩選小尾寒羊與巴美肉羊背最長肌組織[3]、小尾寒羊和杜泊羊臂二頭肌組織[32]的DEGs的KEGG顯著性富集分析均發(fā)現(xiàn)肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)通路，但不同年齡和不同性別絨山羊背最長肌[9]之間的 DEGs未富集到該通路。

MAPK信號轉(zhuǎn)導通路主要分為4類，第一類是胞外信號調(diào)節(jié)激酶（extracellular signal-regulated kinases，ERKs），第二類是c-Jun N端激酶（c-Jun N-terminal kinases, JNKs）,第三類為p38，第四類為ERK5通路，不同的通路分別應答不同的胞外信號，產(chǎn)生不同的效應[33]。研究證實ERK1/2通路、JNK通路和p38通路對肌發(fā)生的過程都有調(diào)控作用，其中p38正調(diào)控肌細胞分化[34]，JNKs[35-36]和ERKs[37]抑制肌細胞分化、促進肌細胞的增殖。馮小婷[27]、王穎萍[29]研究表明MAPK信號轉(zhuǎn)導通路參與了豬脂肪沉積過程；HOU等[38]研究miR-378在肌肉發(fā)育過程中的生物學功能，發(fā)現(xiàn)過表達miR-378后出現(xiàn)下調(diào)的基因涉及MAPK信號轉(zhuǎn)導通路；LUO等[39]研究表明MAPK通路活性在性連鎖矮小雞和正常雞骨骼肌中存在顯著差異是導致前者肌肉發(fā)育異常的潛在因素。孟憲然等[9]研究不同年齡和不同性別絨山羊背最長肌之間的DEGs，DEGs富集到MAPK信號轉(zhuǎn)導通路，但相應的其他羊品種研究中未發(fā)現(xiàn)該通路[3,32]。

Jak-STAT信號通路是一條涉及多種細胞因子的信號轉(zhuǎn)導途徑，主要參與細胞增殖分化、細胞凋亡、免疫調(diào)節(jié)等過程。JAKs通過和受體聚集后的磷酸化而產(chǎn)生活性，再催化STATs上相應部位的酪氨酸殘基使其磷酸化，后者再與STATs對應功能區(qū)相互作用活化STATs，具有活性的STATs進入細胞核與其他轉(zhuǎn)錄因子一起參與調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄[40]。研究表明該通路參與了豬肌肉發(fā)育過程，影響豬肉質(zhì)性狀的形成[27，38]。然而基于RNA-Seq技術(shù)篩選的不同羊品種肌肉間的 DEGs尚未發(fā)現(xiàn)富集到該通路，也未發(fā)現(xiàn)本研究富集到的與能量代謝有關的Ⅰ型糖尿病通路[3，9，32]，這2個通路對羊肌肉生長和發(fā)育的影響需要深入的研究。

4 結(jié)論

本研究通過對體型差異大的福清山羊和努比亞黑山羊的背最長肌進行RNA-Seq分析，在轉(zhuǎn)錄組水平上篩選出了與羊肉質(zhì)和生產(chǎn)性能相關的 608個DGEs，包括 15個首次發(fā)現(xiàn)的新轉(zhuǎn)錄本（基因）。并且初步明確了肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)、Jak-STAT信號轉(zhuǎn)導通路、MAPK信號轉(zhuǎn)導通路和Ⅰ型糖尿病通路等 4個可能與肉質(zhì)性狀和生長發(fā)育相關的通路。該研究為揭示福清山羊“生長速度慢”、“肉質(zhì)優(yōu)良”等種質(zhì)資源特性形成的分子機制提供了線索，為開發(fā)和利用畜禽優(yōu)良性狀分子標記提供了參考依據(jù)。