基于EndNote的文獻(xiàn)管理系統(tǒng)評價(jià)流程優(yōu)化策略

（西安交通大學(xué)圖書館 陜西西安 710061）

EndNote是美國科睿唯安公司開發(fā)的一種書目管理軟件，該軟件可以創(chuàng)建個(gè)人參考文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫，以收集貯存?zhèn)€人所需的各種參考文獻(xiàn)，包括文本、圖像、表格和方程式等，像網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫一樣管理本地資料?？梢园凑湛萍计诳瘜ν陡逭撐牡囊靡蠛蛥⒖嘉墨I(xiàn)目錄格式和內(nèi)容的要求，將引用內(nèi)容和參考文獻(xiàn)目錄插入和輸出到文字處理文件中。每天都有數(shù)百萬的研究人員、學(xué)生和圖書館員使用EndNote來搜索在線文獻(xiàn)，并且用它來組織圖片和參考資料甚至PDF格式的文檔，最后使用該軟件插入論文的參考文獻(xiàn)[1]。

生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)系統(tǒng)評價(jià)是基于臨床醫(yī)學(xué)研究產(chǎn)生證據(jù)的過程，是對已出版的文獻(xiàn)進(jìn)行系統(tǒng)的總結(jié)、評價(jià)和分析。常用生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫包括：CNKI、CBM、CMCC、VIP、WanFang Data、MEDLINE、EMbase、SCI、OVID、PQDT、The Cochrane Library等。醫(yī)學(xué)學(xué)科中的系統(tǒng)評價(jià)或Meta分析對文獻(xiàn)檢索和管理有著非常高的要求，首先在檢索文獻(xiàn)階段要求高的查全率和查準(zhǔn)率，需要對所有數(shù)據(jù)庫檢索到的文獻(xiàn)去重，系統(tǒng)評價(jià)出版前還需要再一次檢索最新發(fā)表的文獻(xiàn)。在文獻(xiàn)管理方面，需要逐條篩選納入文獻(xiàn)。本文介紹了通過EndNote去重、篩查、更新檢索策略等功能優(yōu)化系統(tǒng)評價(jià)流程，系統(tǒng)評價(jià)人員采用本文介紹的方法后明顯提高了工作效率，并保證了系統(tǒng)評價(jià)每個(gè)過程的再現(xiàn)性。

1 不同數(shù)據(jù)庫檢索結(jié)果去重

在系統(tǒng)評價(jià)過程中，為了保證查全率，需要檢索不同的數(shù)據(jù)庫，檢索結(jié)果會出現(xiàn)不同數(shù)據(jù)庫來源的重復(fù)記錄。系統(tǒng)人員在篩選文件前首先要去掉重復(fù)文獻(xiàn)，目前的去重方法非常耗時(shí)耗力，如要求將文獻(xiàn)題錄上傳到在線平臺coevidence，近來有作者對比了幾個(gè)去重軟件，去重效果都不是很滿意。去重的關(guān)鍵問題是每一篇文獻(xiàn)必須有個(gè)獨(dú)特的標(biāo)識，DOI和PMID可以作為論文的唯一標(biāo)識，但不是每個(gè)數(shù)據(jù)庫都有這個(gè)標(biāo)識。即使存在這些標(biāo)識，導(dǎo)出這些標(biāo)識也很困難，如Web of Science中存在PMID，但目前還沒有一個(gè)有效的方法導(dǎo)出PMID號。因此DOI和PMID不能作為去重的標(biāo)識，頁碼聯(lián)合其他字段可以作為文獻(xiàn)的唯一標(biāo)識，然而不同數(shù)據(jù)庫使用頁碼格式不同，大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫使用長格式（1008-1012），也有一些數(shù)據(jù)庫使用短格式（1008-12），如MEDLINE和Cochrane Library。

本文介紹利用參考文獻(xiàn)管理軟件EndNote對檢索結(jié)果去重的方法，本方法包括5個(gè)步驟：①設(shè)置顯示字段、安裝自定義過濾器和導(dǎo)出格式。在菜單欄Edit> Preferences>Display Fields選擇顯示pages，在https://pan.baidu.com/s/1YcANs6HKxSsevHbmnZlG2w下載壓縮文件后，雙擊_Correct Pages.ens文件，默認(rèn)情況下會打開EndNote，在file菜單下點(diǎn)擊save as保存該樣式，同樣的方法安裝_Import Corrected Pages.enf。②不同數(shù)據(jù)庫檢索記錄按照對應(yīng)的過濾器導(dǎo)入EndNote，導(dǎo)入的參考文獻(xiàn)按照_Correct Pages樣式導(dǎo)出，這個(gè)步驟完成后所有頁碼短格式被修改為長格式，最后將導(dǎo)出的文件按照_Import Corrected Pages.enf樣式重新導(dǎo)入EndNote。③查重和去重，在Edit>Preferences>Duplicates下設(shè)置去重條件，由于步驟二已經(jīng)將所有文獻(xiàn)的頁碼格式統(tǒng)一轉(zhuǎn)化為長格式，所以選擇title+year+pages作為區(qū)分相同文獻(xiàn)的標(biāo)準(zhǔn)。最后根據(jù)設(shè)置的去重標(biāo)準(zhǔn)去除重復(fù)的文獻(xiàn)。通過這種去重方法明顯降低了錯(cuò)誤率。

2 篩選系統(tǒng)評價(jià)中納入的文獻(xiàn)

系統(tǒng)評價(jià)一個(gè)非常重要的任務(wù)是選擇符合納入標(biāo)準(zhǔn)的參考文獻(xiàn)，通常評價(jià)人員通過閱讀檢索到的參考文獻(xiàn)標(biāo)題、摘要，然后決定包含哪些文獻(xiàn)。這是一個(gè)非常耗時(shí)耗力的過程。過去一段時(shí)間，有人采用Covidence、Reference Manager等軟件優(yōu)化選擇流程。德克薩斯大學(xué)圖書館員采用Excel軟件建立專用模版文檔幫助系統(tǒng)評價(jià)人員提升系統(tǒng)評價(jià)效率。但是隨著EndNote軟件在廣大科研工作中的普及使用，如果能用EndNote代替上述軟件，不但減輕了科研人員學(xué)習(xí)各種軟件負(fù)擔(dān)，而且將檢索文獻(xiàn)、評價(jià)文獻(xiàn)和利用文獻(xiàn)合并為一個(gè)工作流。

本節(jié)描述一種多個(gè)評價(jià)人員同步采用EndNote掃描閱讀標(biāo)題和摘要、納入或排除文獻(xiàn)和結(jié)果合并的流水線方法。這個(gè)過程對每個(gè)評價(jià)人員來說是相互獨(dú)立的，每個(gè)評價(jià)人員獨(dú)立裁決納入和排除的文獻(xiàn)，最后通過對比每個(gè)人裁決結(jié)果作出最終決定，本方法包括5個(gè)步驟：①安裝定制的輸出樣式（output style），在https://pan.baidu.com/s/1YcANs6HKxSsevHbmnZlG2w下載壓縮文件后，將下載的文件解壓縮后將_preview.ens文件復(fù)制到EndNote安裝目錄的style文件夾中，安裝成功后點(diǎn)擊output style下拉菜單激活新安裝的樣式。②增加一個(gè)用于顯示評價(jià)人員姓名的字段，當(dāng)比較不同評價(jià)人員納入的文獻(xiàn)時(shí)，增加一個(gè)特殊的字段記錄評價(jià)人員的姓名，依次進(jìn)入菜單欄Edit > Preferences > Display Fields，找到一個(gè)沒有使用的字段如custom1，在該列的右面為該字段定義表頭標(biāo)識reviewer（見圖1）。③建立自定義組，包括納入組（included groups）和排除組（excluded groups）。在第一輪評價(jià)過程中，兩個(gè)評價(jià)人員獨(dú)立閱讀標(biāo)題和摘要判斷哪篇文獻(xiàn)可能納入系統(tǒng)評價(jià)，首先建立排除（Excludes）和納入（Includes）兩個(gè)組集（Group Set），然后分別在兩個(gè)組集下建立title/abstract組（見圖2）。建好兩個(gè)組集后，為初始EndNote library建立復(fù)本，將兩個(gè)EndNote library分配給review1和review2，兩個(gè)評價(jià)人員就可以開始在不同的庫文件中獨(dú)立工作。④評價(jià)人員根據(jù)系統(tǒng)評價(jià)文獻(xiàn)納入標(biāo)準(zhǔn)選擇納入的文獻(xiàn)，剛開始時(shí)Unfiled組和All References組包含的文獻(xiàn)條目相等，每個(gè)評價(jià)人員根據(jù)標(biāo)題和摘要逐條評價(jià)相關(guān)文獻(xiàn)。根據(jù)評價(jià)結(jié)果將文獻(xiàn)分別拖至排除（Excludes）和納入（Includes）兩個(gè)組集下的title/abstract組。直到Unfiled組的結(jié)果集為零完成文獻(xiàn)評價(jià)過程。⑤對比兩個(gè)評價(jià)人員Includes組中的文獻(xiàn)條目，在Tools > Change/Move/Copy Fields彈出窗口的custom1字段添加評價(jià)人員的姓名review1，同樣的方法為另外一個(gè)評價(jià)人員的Includes組集添加review2。然后將review2的Includes組條目拷貝到review1的Includes組中。利用EndNote提供的去重功能（Edit > Preferences > Duplicates）刪除重復(fù)的條目，重復(fù)的文獻(xiàn)表示兩個(gè)評價(jià)人員都同意納入評價(jià)，在詳細(xì)的對比界面點(diǎn)擊cancel后，按鍵盤的Delete鍵刪掉重復(fù)記錄，建立新的確定包含組（Definite Includes group），將Duplicate References group所有文件條目拖至Definite Includes group組，這個(gè)組包括了已經(jīng)確定納入的文獻(xiàn)。這時(shí)候Unfiled組中的條目為兩個(gè)評價(jià)人員未達(dá)成一致意見的條目，兩個(gè)評價(jià)人員進(jìn)一步逐條討論是否納入還是排除。

Cochrane Handbook報(bào)道研究人員每小時(shí)能夠評價(jià)120篇摘要，也有研究表明每小時(shí)評價(jià)摘要的中位數(shù)為308篇，最大值為675篇。根據(jù)使用EndNote的系統(tǒng)評價(jià)人員反饋，使用EndNote軟件后明顯加快了評價(jià)人員的處理速度，特別是排除不相關(guān)文獻(xiàn)時(shí)明顯快于Covidence、Reference Manager、Excel等軟件。

圖2 建立組集

3 更新檢索策略

通常執(zhí)行、撰寫、發(fā)表一篇系統(tǒng)評價(jià)要花費(fèi)很長時(shí)間，有文獻(xiàn)報(bào)道了一篇系統(tǒng)評價(jià)從最后一次檢索日期到發(fā)表時(shí)間為61周（四分位差為3 387周）。7%的cohort 綜述在出版時(shí)已經(jīng)過時(shí)，最近Erasmus Medical Centre檢查了182篇系統(tǒng)評價(jià)發(fā)現(xiàn)第一次檢索到系統(tǒng)評價(jià)結(jié)果出現(xiàn)在PubMed時(shí)間為89周（四分位差為63 126周）。為了最大化系統(tǒng)評價(jià)范圍，在系統(tǒng)評價(jià)發(fā)表前需要更新一次檢索，以將最新的文獻(xiàn)納入系統(tǒng)評價(jià)內(nèi)。Cochrane干預(yù)評價(jià)方法學(xué)標(biāo)準(zhǔn)（MECIR）要求：“出版前重新運(yùn)行或更新12個(gè)月所有相關(guān)數(shù)據(jù)庫內(nèi)的檢索結(jié)果”。許多系統(tǒng)評價(jià)手冊和指南也規(guī)定應(yīng)該定期更新檢索策略跟蹤最新的相關(guān)文獻(xiàn)。近來，由作者、編輯、臨床醫(yī)生、統(tǒng)計(jì)學(xué)家、信息專家組成的一個(gè)國際專家組織制定的指南包括了更新綜述的各個(gè)方面，包括高效搜索，例如對初始檢索結(jié)果精煉和整合搜索先進(jìn)技術(shù)。Cochrane手冊在3.4.2.1章（Reexecuting the search）提到用原始搜索時(shí)間作為更新的開始時(shí)間，但在6.4.12（updating searches）沒有描述具體的更新方法。記錄的訪問日期（不是出版日期）是一個(gè)相關(guān)的更新字段。如主題詞日期（增加主題詞的日期）、元數(shù)據(jù)最后改變?nèi)掌凇⒓尤霐?shù)據(jù)庫的時(shí)間。國家醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）推薦在PubMed中使用創(chuàng)建日期（CRDT）字段，也可以使用MeSH增加到記錄時(shí)間（MHDA）。然而在其他數(shù)據(jù)庫（如Web of Science）沒有提供記錄創(chuàng)建日期。這種情況下，通常采用出版日期作為一個(gè)安全的重疊期，結(jié)果導(dǎo)致最后一次檢索和初始檢索結(jié)果大量重復(fù)。更為復(fù)雜的是從最后一次檢索時(shí)間后檢索表達(dá)式可能發(fā)生改變。例如，由于在原始文獻(xiàn)出現(xiàn)新的相關(guān)術(shù)語，必須將這些新出現(xiàn)的術(shù)語增加到最初的檢索策略中，新的術(shù)語需要在所有檢索數(shù)據(jù)庫中以最初檢索時(shí)間為起點(diǎn)重新檢索一次，這就要求更為復(fù)雜的檢索結(jié)構(gòu)和時(shí)間范圍。因此對于許多作者而言，更新搜索是一項(xiàng)復(fù)雜且不確定的任務(wù)。

本節(jié)描述一種采用EndNote更新系統(tǒng)評價(jià)檢索策略方法。該方法包括兩個(gè)EndNote文件，一個(gè)包括到當(dāng)前所有檢索結(jié)果（Cr），另外一個(gè)包含初始檢索結(jié)果（Or），Cr減去Or的結(jié)果就是最新更新且沒有篩選的記錄。本方法包括6個(gè)步驟：①用檢索策略重新檢索所有相關(guān)數(shù)據(jù)庫（時(shí)間限制為評價(jià)開始時(shí)間，而不是初始檢索后的時(shí)間），如果增加了新的檢索詞，把新詞加入檢索策略中。將檢索結(jié)果導(dǎo)入EndNote，采用前文介紹的去重功能去掉不同數(shù)據(jù)庫來源的重復(fù)記錄。得到的結(jié)果集合數(shù)量為Cr，Cr為出版系統(tǒng)評價(jià)論文中報(bào)告的檢索結(jié)果數(shù)量。②采用< Copy References to>命令將Or中的記錄復(fù)制到Cr中（注意，不要使用復(fù)制粘貼和導(dǎo)出命令），在Cr中新出現(xiàn)“Copied References”中包括了所有最初檢索記錄。③采用第一節(jié)介紹的去重方法去掉重復(fù)記錄（按照年、標(biāo)題和頁碼字段），在去重前先按照標(biāo)題排序，如果Cr和Or兩次檢索時(shí)間非常接近，“Copied References”中的記錄數(shù)應(yīng)該接近于零，相反如果時(shí)間差距較大，“Copied References”中的記錄數(shù)可能非常大。這一步結(jié)束后，由于不同數(shù)據(jù)庫來源的記錄著錄方式不同，可能還存在重復(fù)記錄。在頁面的列頭選擇按照頁碼排序，可以進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)重復(fù)記錄。如果頁面沒有頁碼列，可以在 Preferences > Display Fields>設(shè)置顯示。一般重復(fù)的記錄都是以白色和藍(lán)色交替出現(xiàn)，如果連續(xù)出現(xiàn)兩條白色記錄，表示標(biāo)題相同但屬于不同的文獻(xiàn)。新舊記錄的總和可能不等于Cr中的數(shù)量，這種差異主要來源于單個(gè)記錄被更新（增加了卷期頁碼、印刷版出現(xiàn)后出版年發(fā)生變化）、控制詞表發(fā)生變化、數(shù)據(jù)庫回溯了一些舊數(shù)據(jù)、Google scholar高相關(guān)等級發(fā)生變化。另外，以前檢索到的online記錄正式增加了出版年和頁碼，修改和增加檢索策略也會增加初始檢索的記錄數(shù)量，因此糾正PRISMA流圖中發(fā)表數(shù)量的最可靠方法是后向糾正。檢索到的結(jié)果數(shù)量在系統(tǒng)評價(jià)的PRISMA流圖中需要詳細(xì)說明，對于更新后的檢索結(jié)果，最合適的數(shù)量應(yīng)該是移除重復(fù)后的更新檢索結(jié)果。這個(gè)數(shù)量表示研究人員篩選的最小記錄數(shù)量，對于時(shí)間范圍只需要報(bào)告每個(gè)數(shù)據(jù)庫覆蓋的開始日期和最近的更新時(shí)間。閱讀全文的數(shù)量等于初始記錄和更新后閱讀全文的總和?；跇?biāo)題和摘要排除的文獻(xiàn)數(shù)量等于更新后總數(shù)量減去閱讀全文的數(shù)量，閱讀全文排除的記錄是初始閱讀全文排除數(shù)量加上更新后閱讀全文排除記錄。在最初檢索中能夠檢索到的記錄但是在更新后該記錄沒有出現(xiàn)，這可能是由于縮窄了檢索策略，或初始時(shí)檢索了某個(gè)數(shù)據(jù)庫但是更新時(shí)沒有檢索。如果縮窄了檢索策略應(yīng)確保當(dāng)前的檢索策略能夠包括初始檢索結(jié)果。該方法的主要優(yōu)點(diǎn)是可以省略報(bào)告更新檢索的開始日期（出版日期、主題詞日期、創(chuàng)建日期等）。

4 結(jié)語

系統(tǒng)評價(jià)中文獻(xiàn)分組、篩查、去重和檢索策略更新是最繁瑣、最耗費(fèi)評價(jià)人員時(shí)間的過程。Lorenzetti D L等[2]統(tǒng)計(jì)了系統(tǒng)評價(jià)中使用文獻(xiàn)管理軟件的種類，其中EndNote使用比例最高，達(dá)到52.6%。King R[3]等人采用EndNote進(jìn)行文獻(xiàn)篩選，但所介紹的方法非常復(fù)雜。本文編寫了一個(gè)自定義輸出樣式preview.ens用于文獻(xiàn)篩查，通過該樣式系統(tǒng)評價(jià)人員能夠方便進(jìn)行文獻(xiàn)篩查。Kwon Y等[4]對比分析了4種軟件的去重功能，認(rèn)為都不符合系統(tǒng)評價(jià)要求，其中4種軟件中包括了EndNote。作者編寫了輸出樣式_Correct Pages.ens和過濾器_Import Corrected Pages.enf提高了EndNote去重的精確性，滿足系統(tǒng)評價(jià)的要求。Cochrane手冊明確提出在系統(tǒng)評價(jià)發(fā)表前應(yīng)該檢索12個(gè)月內(nèi)出現(xiàn)的新文獻(xiàn)，但沒有說明具體的操作方法。一篇文獻(xiàn)有出版時(shí)間、online時(shí)間、主題詞更新時(shí)間等，其中PubMed、EMbase數(shù)據(jù)庫都存在一個(gè)文獻(xiàn)多個(gè)時(shí)間問題。2018年1月，科睿唯安公司宣布Web of Science也將提供論文online后立即收錄，這些問題會導(dǎo)致更新檢索時(shí)，由于時(shí)間重疊而出現(xiàn)大量重復(fù)結(jié)果，或者由于時(shí)間不連續(xù)而漏掉一些結(jié)果。作者設(shè)計(jì)了一種EndNote檢索策略更新流程，并結(jié)合本文的去重方式，降低了系統(tǒng)評價(jià)中更新檢索策略的復(fù)雜性，為系統(tǒng)評價(jià)人員節(jié)約了大量時(shí)間。