基于生物信息學(xué)的胰腺導(dǎo)管腺癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)長(zhǎng)鏈非編碼RNA篩選

張志鵬，孫維佳，陳泓西，夏華，陸曄斌

（中南大學(xué)湘雅醫(yī)院 膽胰外科，湖南 長(zhǎng)沙 410008）

胰腺導(dǎo)管腺癌是胰腺癌中最常見(jiàn)的病理類型，約占全部胰腺癌的90%以上[1]，因此通常所說(shuō)的胰腺癌主要指的是胰腺導(dǎo)管腺癌。胰腺導(dǎo)管腺癌的總體5年生存率僅為6%，在所有實(shí)體腫瘤中是預(yù)后最差的，而且這一數(shù)字在近25年間沒(méi)有大的變化[2]。據(jù)最新的統(tǒng)計(jì)資料顯示，預(yù)計(jì)2018年全美胰腺癌新發(fā)患者為55 440例，死亡44 330例，病死率在男女性別中均排第4位[3]。手術(shù)是治愈本病的唯一手段。不幸的是，絕大多數(shù)胰腺癌患者處于局部進(jìn)展期或已發(fā)生轉(zhuǎn)移，這些患者的中位生存期僅為6～10個(gè)月、3～6個(gè)月[4]。只有15%～20%的患者可能接受手術(shù)治療，然而即使完成了根治性切除，其預(yù)后依然較差。對(duì)于接受了胰十二指腸切除術(shù)的胰腺癌患者，切緣陰性的5年生存率為25%～30%，切緣陽(yáng)性的5年生存率僅為10%[5]。雖然近年來(lái)在胰腺癌的研究及患者護(hù)理方面（如更多的聯(lián)合化療方案、術(shù)前治療的新策略、更全面的圍手術(shù)期護(hù)理及手術(shù)安全系數(shù)的提高）取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步，但胰腺癌患者的總體預(yù)后并沒(méi)有發(fā)生顯著性的改善。因此，探索治療及改善胰腺癌預(yù)后的新策略顯得十分迫切。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long noncoding RNA，lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度超過(guò)200個(gè)核苷酸的RNA分子，在哺乳動(dòng)物基因組中被普遍轉(zhuǎn)錄。lncRNA是目前分子生物學(xué)領(lǐng)域的一個(gè)全新課題，它以RNA的形式在表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控3個(gè)層面發(fā)揮調(diào)控基因表達(dá)的作用。lncRNA起初被以為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪音”，是RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄的副產(chǎn)物，不具有任何生物學(xué)功能[6]。但近年來(lái)的研究[7]顯示，lncRNA在細(xì)胞正常生理及病理過(guò)程中都發(fā)揮著重要作用。截止目前，已發(fā)現(xiàn)了數(shù)萬(wàn)個(gè)lncRNA，與惡性腫瘤的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)，并可作為很好的生物標(biāo)志物[8]。如AFAP1-AS1在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中表達(dá)上調(diào)，其高表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、周圍神經(jīng)侵犯和患者的預(yù)后不良明顯相關(guān)，可作為胰腺導(dǎo)管腺癌潛在的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)志物及治療靶點(diǎn)；HOTTIP在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中高表達(dá)，它通過(guò)作用于HOXA13促進(jìn)腫瘤的增殖、侵襲及化療耐藥；而ENST00000480739在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中表達(dá)下調(diào)，通過(guò)靶向調(diào)控低氧誘導(dǎo)因子1α（hypoxiainducible factor 1α，HIF-1α）影響腫瘤的進(jìn)展及轉(zhuǎn)移，可作為抑制胰腺癌轉(zhuǎn)移的治療靶點(diǎn)[9-11]。綜上可以看出lncRNA與胰腺癌的發(fā)生發(fā)展、侵襲轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。lncRNA有望成為胰腺癌早期診斷、預(yù)后判斷的監(jiān)測(cè)指標(biāo)，以lncRNA為靶點(diǎn)的基因治療將為胰腺癌的治療開(kāi)辟新天地。本研究從癌癥和腫瘤基因圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)下載胰腺導(dǎo)管腺癌患者的mRNA、lncRNA測(cè)序數(shù)據(jù)及臨床信息，通過(guò)R軟件的edgeR包和limma包進(jìn)一步篩選出差異表達(dá)的lncRNA，并對(duì)其進(jìn)行功能預(yù)測(cè)。最后，繪制生存曲線，篩選出與胰腺導(dǎo)管腺癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)明顯相關(guān)的lncRNA，為后續(xù)的深入研究指明方向。

1 資料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源及注釋

從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載胰腺癌患者的RNA-seq Level 2數(shù)據(jù)及其臨床信息?？傆?jì)183例樣本，其中胰腺導(dǎo)管腺癌組織146例，其他類型癌組織33例，癌旁正常胰腺組織4例；胰腺導(dǎo)管腺癌又可再分為IA期3例、IB期9例、IIA期23例、IIB期105例、III期3例、IV期3例。在這146例樣本中，有61例在研究結(jié)束時(shí)仍存活，因此將他們的最后一次隨訪時(shí)間定義為生存時(shí)間。

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)提供了RNA-seq Level 2 mRNA的原始計(jì)數(shù)（raw count）和Entrze ID，結(jié)合NCBI Gene數(shù)據(jù)庫(kù)的基因注釋信息，重新注釋得到mRNA的Gene symbol。GENCODE v7數(shù)據(jù)庫(kù)收錄并分析了目前最完整的人類lncRNA的注釋，其收錄的lncRNA數(shù)據(jù)集較其他數(shù)據(jù)庫(kù)更全面[12]。根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)提供的exon的染色體位置、原始計(jì)數(shù)和每1百萬(wàn)個(gè)map上的reads中map到外顯子的每千個(gè)堿基上的reads數(shù)（reads per kilobase of exon per million mapped reads，RPKM）信息，與GENCODE v7數(shù)據(jù)庫(kù)中l(wèi)ncRNA的染色體位置進(jìn)行比對(duì)，若染色體位置信息一致，則將該exon定義為lncRNA。

1.2 篩選差異表達(dá)的mRNA和lncRNA

首先利用R軟件edgeR包中的截尾均值化M值（trimmed mean of M values，TMM）方法歸一化預(yù)處理mRNA和lncRNA的原始計(jì)數(shù)；再采用該軟件limma包中的voom方法將預(yù)處理的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為log2-count per million（log2CPM），然后通過(guò)limma包分別計(jì)算mRNA和lncRNA在癌組織與正常組織中的表達(dá)差異，并采用矯正t檢驗(yàn)計(jì)算P值[13-15]。對(duì)于每個(gè)差異表達(dá)的m R N A或l n c R N A，要求P＜0.05，log2-fold change的絕對(duì)值不小于1。最后，應(yīng)用VennPlex工具提取4個(gè)分期中差異表達(dá)mRNA和lncRNA的交集[16]。

1.3 篩選差異表達(dá)lncRNA的靶基因

根據(jù)所有差異表達(dá)lncRNA和mRNA在樣本中的表達(dá)值，結(jié)合Pearson correlation coefficient，計(jì)算l n c R N A與m R N A之間的共表達(dá)系數(shù)及Z-score，進(jìn)而得出P值（根據(jù)Z-score計(jì)算），并利用Benjamini Hochberg校正P值[17]。然后，選擇lncRNA-mRNA共表達(dá)系數(shù)絕對(duì)值＞0.7且P＜0.05的關(guān)系對(duì)作為有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的共表達(dá)關(guān)系對(duì)，并將其中的mRNA定義為該lncRNA的靶基因。

1.4 差異表達(dá)lncRNA的功能預(yù)測(cè)

根據(jù)上述得到的lncRNA及其靶基因，借助R軟件clusterProfiler包對(duì)差異表達(dá)lncRNA的靶基因進(jìn)行功能富集分析，以推測(cè)lncRNA的生物學(xué)功能[18]。P＜0.05認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

1.5 篩選預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)lncRNA

根據(jù)差異表達(dá)lncRNA在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中的表達(dá)水平及樣本的臨床信息，整理每個(gè)樣本的生存時(shí)間及存活/死亡狀態(tài)。采用Graphpad Prim 7統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件繪制lncRNA的Kaplan-Meier曲線，并通過(guò)Log-rank test確定兩組患者之間有無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，P＜0.05認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié) 果

2.1 基因注釋

本研究共包含146例胰腺導(dǎo)管腺癌組織樣本，并有4例癌旁正常胰腺組織作為對(duì)照（用于差異表達(dá)分析）。經(jīng)過(guò)基因重新注釋，最終得到19 791個(gè)mRNA及1 623個(gè)lncRNA的原始計(jì)數(shù)。

2.2 篩選差異表達(dá)的mRNA和lncRNA

經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)處理及統(tǒng)計(jì)分析，分別篩選出I、II、III、IV期中差異表達(dá)的mRNA和lncRNA。4個(gè)分期中共同差異表達(dá)的mRNA和lncRNA分別為260、15個(gè)，其中有161個(gè)mRNA和8個(gè)lncRNA表達(dá)上調(diào)，99個(gè)mRNA和7個(gè)lncRNA表達(dá)下調(diào)（圖1）。15個(gè)共同差異表達(dá)的lncRNA在癌組織與正常組織中的表達(dá)情況見(jiàn)圖2。

圖1 不同分期胰腺導(dǎo)管腺癌組織中差異表達(dá)mRNA和lncRNA的韋恩圖（藍(lán)色、黃色、綠色和紅色橢圓形分別代表I、II、III、IV期胰腺導(dǎo)管腺癌組織中差異表達(dá)的mRNA或lncRNA；斜體、紅色及帶下劃線的數(shù)字分別為表達(dá)上調(diào)、相反和下調(diào)的mRNA或lncRNA的數(shù)目） A：差異表達(dá)的mRNA；B：差異表達(dá)的lncRNAFigure 1 Venn diagram of differentially expressed mRNAs and lncRNA in different stages of PDAC (The blue,yellow,green,and red ellipses representing the differentially expressed mRNAs or lncRNAs in stage I,II,III and IV respectively; the italic,red and underlined number showing the count of up-regulated,contra-regulated and down-regulated mRNA or lncRNA respectively)A: Differentially expressed mRNAs; B: Differentially expressed lncRNAs

圖2 15個(gè)共同差異表達(dá)lncRNA在胰腺導(dǎo)管腺癌及癌旁正常組織中的熱圖（熱圖上方為胰腺導(dǎo)管腺癌及癌旁正常組織樣本，熱圖右側(cè)為15個(gè)共同差異表達(dá)lncRNA的基因名；紅色為lncRNA在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中表達(dá)上調(diào)，藍(lán)色為lncRNA在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中表達(dá)下調(diào)）Figure 2 Heat map of 15 common differentially expressed lncRNAs in PDAC and cancer adjacent pancreatic tissue (The samples of cancer and normal tissue listed above the heat map,and the gene symbols of 15 lncRNAs displayed on the right side of the map;the red color presenting the up-regulated lncRNAs in PDAC tissue and the blue presenting the down-regulated lncRNAs in PDAC tissue)

2.3 篩選差異表達(dá)lncRNA的靶基因

經(jīng)過(guò)共表達(dá)分析，共發(fā)現(xiàn)包括5個(gè)lncRNA和24個(gè)mRNA在內(nèi)的24個(gè)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的共表達(dá)關(guān)系對(duì)，并將與某個(gè)lncRNA有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義共表達(dá)的mRNA作為該lncRNA的靶基因（表1）。如LINC00857與GPRC5A、ESRP1、C1orf116、LIPH、MAL2、PLS1存在明顯共表達(dá)，則這6個(gè)mRNA被認(rèn)為是LINC00857的靶基因。然后利用Cytoscape軟件重建lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，該網(wǎng)絡(luò)由29個(gè)節(jié)點(diǎn)（代表5個(gè)lncRNA和24個(gè)mRNA）和24條邊（代表24個(gè)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的共表達(dá)關(guān)系對(duì)）組成，其中紅色/藍(lán)色菱形節(jié)點(diǎn)分別代表上調(diào)/下調(diào)表達(dá)的lncRNA，橢圓形節(jié)點(diǎn)代表差異表達(dá)的mRNA。根據(jù)lncRNA-mRNA共表達(dá)系數(shù)決定mRNA節(jié)點(diǎn)及邊的顏色，即共表達(dá)系數(shù)絕對(duì)值越大，mRNA節(jié)點(diǎn)及邊的綠色越深；反之，共表達(dá)系數(shù)絕對(duì)值越小，mRNA節(jié)點(diǎn)及邊的黃色越深（圖3）。

2.4 差異表達(dá)lncRNA的功能預(yù)測(cè)

基于上述得到的lncRNA及其靶基因，對(duì)其靶基因進(jìn)行功能富集分析，以推測(cè)lncRNA的生物學(xué)功能（表2）。

表1 差異表達(dá)lncRNA與其靶基因Table 1 The differentially expressed lncRNAs and their target mRNAs

圖3 差異表達(dá)lncRNA和mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（紅色、藍(lán)色菱形節(jié)點(diǎn)分別代表上調(diào)、下調(diào)表達(dá)的lncRNA，橢圓形節(jié)點(diǎn)代表差異表達(dá)的mRNA；根據(jù)lncRNA-mRNA共表達(dá)系數(shù)決定mRNA節(jié)點(diǎn)及邊的顏色，即共表達(dá)系數(shù)絕對(duì)值越大，mRNA節(jié)點(diǎn)及邊的綠色越深，反之，共表達(dá)系數(shù)絕對(duì)值越小，mRNA節(jié)點(diǎn)及邊的黃色越深）Figure 3 The co-expression network of differentially expressed lncRNAs and mRNAs (The red or blue diamond node representing upregulated or downregulated lncRNAs,and the ellipse node representing differentially expressed mRNAs; based on coexpression coefficient of lncRNA-mRNA,the greater the absolute value,the deeper the green color of the ellipse node and the edge,otherwise,the smaller the absolute value,the deeper the yellow color of the ellipse node and the edge)

表2 差異表達(dá)lncRNA的功能富集分析Table 2 Functional enrichment analysis of differentially expressed lncRNAs

2.5 篩選預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)lncRNA

通過(guò)對(duì)這1 5個(gè)差異表達(dá)的l n c R N A繪制Kaplan-Meier生存曲線，發(fā)現(xiàn)有2個(gè)lncRNA與胰腺導(dǎo)管腺癌的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)明顯有關(guān)，分別為CASC8（P=0.0052）和LINC00857（P=0.027），它們?cè)诎┙M織中均為高表達(dá)，生存分析提示低表達(dá)預(yù)后較好（圖4）。

圖4 CASC8和LINC00857在146例胰腺導(dǎo)管腺癌患者中的Kaplan-Meier分析（基于CASC8和LINC00857的表達(dá)平均值，將所有患者分為低表達(dá)組和高表達(dá)組） A：CASC8；B：LINC00857Figure 4 Kaplan-Meier analysis of CASC8 and LINC00857 in the 146 PDAC patients (Patients divided into low and high expression group according to the mean expression value of lncRNA) A：CASC8；B：LINC00857

此外，本研究發(fā)現(xiàn)LINC00857的靶基因?yàn)镃1orf116（chromosome 1 open reading frame 116）、ESRP1（epithelial splicing regulatory protein 1）、GPRC5A（G protein-coupled receptor class C group 5 member A）、LIPH（lipase H）、MAL2（mal T-cell differentiation protein 2）、PLS1（plastin 1）（圖5），未發(fā)現(xiàn)CASC8的靶基因。LINC00857靶基因的功能富集分析詳見(jiàn)表3。

圖5 LINC00857與其靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（菱形節(jié)點(diǎn)代表LINC00857，橢圓形節(jié)點(diǎn)代表LINC00857的靶基因；箭頭上的數(shù)字為L(zhǎng)INC00857與其靶基因的共表達(dá)系數(shù)，共表達(dá)系數(shù)越大，箭頭越粗；紅色代表在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中表達(dá)上調(diào)）Figure 5 The regulatory network of LINC00857 and target mRNAs (The diamond node representing lncRNA LINC00857,and the ellipse node representing the target mRNAs of LINC00857; the blue number above the arrow showing the co-expression coefficient between LINC00857 and target mRNAs,and the greater the value,the thicker the arrow; the red color presenting up-regulation in PDAC tissue)

表3 LINC00857靶基因的功能富集分析Table 3 Function enrichment analysis of target genes of LINC00857

3 討 論

隨著基因芯片及二代測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，在腫瘤研究過(guò)程中產(chǎn)生了大量的數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)可能蘊(yùn)含著腫瘤發(fā)生發(fā)展的重要信息。TCGA項(xiàng)目是迄今為止世界范圍內(nèi)最大、最成功的癌癥基因組研究項(xiàng)目，它試圖通過(guò)基因組分析技術(shù)，特別是采用大規(guī)模的基因組測(cè)序，將人類全部癌癥的基因組變異圖譜繪制出來(lái)，并進(jìn)行系統(tǒng)分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小變異，了解癌細(xì)胞發(fā)生、發(fā)展的機(jī)制，并在此基礎(chǔ)上探索新的診斷和治療方法，最后總結(jié)出新型的“癌癥預(yù)防策略”。目前，TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)已收錄了11 000例患者的基因組序列、表達(dá)水平、甲基化和拷貝數(shù)變化在內(nèi)的30多種癌癥的數(shù)據(jù)及臨床信息，并且允許科研人員免費(fèi)下載[19]。lncRNA作為分子生物學(xué)一個(gè)全新領(lǐng)域，可通過(guò)多種途徑調(diào)控基因的表達(dá)，如在細(xì)胞核中以順式或反式作用方式調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄[20-21]，作為蛋白質(zhì)誘餌進(jìn)行間接調(diào)控[22]；在細(xì)胞質(zhì)中作用于mRNA影響其穩(wěn)定性及翻譯過(guò)程[23]，作為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA參與microRNA調(diào)控[24]，與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合影響其功能發(fā)揮[25]等，為腫瘤的研究提供了新的視角。越來(lái)越多的研究表明，lncRNA參與了細(xì)胞正常生理及病理過(guò)程，包括腫瘤的發(fā)生和進(jìn)展。但是，關(guān)于lncRNA在胰腺導(dǎo)管腺癌中的作用研究仍然較少，它們?cè)谝认賹?dǎo)管腺癌中的表達(dá)模式及作用機(jī)制還有待進(jìn)一步的探索。因此，本研究從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載胰腺導(dǎo)管腺癌患者的mRNA、lncRNA測(cè)序數(shù)據(jù)及臨床信息。通過(guò)R軟件的edgeR包和limma包篩選出15個(gè)差異表達(dá)的lncRNA和260個(gè)差異表達(dá)的mRNA；經(jīng)過(guò)共表達(dá)分析，篩選出24個(gè)lncRNA-mRNA顯著共表達(dá)關(guān)系對(duì)，將其中的mRNA定義為lncRNA的靶基因，并通過(guò)對(duì)靶基因進(jìn)行功能富集分析以預(yù)測(cè)lncRNA的功能。最后，對(duì)差異表達(dá)lncRNA進(jìn)行生存分析，篩選出兩個(gè)與胰腺導(dǎo)管腺癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)明顯相關(guān)的lncRNA，為CASC8和LINC00857，為接下來(lái)的功能研究指明方向。

本研究發(fā)現(xiàn)了2個(gè)新的潛在的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)lncRNA，其中1個(gè)是CASC8，它在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中高表達(dá)，低表達(dá)組有較好的預(yù)后。CASC8位于8q24.21。眾多研究發(fā)現(xiàn)，CASC8基因的單核苷酸多態(tài)性與許多腫瘤的發(fā)生和化療抵抗相關(guān)。Yao等[26]進(jìn)行的一項(xiàng)Meta分析顯示，CASC8基因上rs7837328和rs6983267位點(diǎn)的多態(tài)性是歐洲及亞洲人患結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)因素，而rs7014346和rs10505477只與歐洲人患結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。Ma等[27]發(fā)現(xiàn)攜帶CASC8 rs10505477 GG基因型的中國(guó)胃癌患者有更長(zhǎng)的生存期，在腫瘤≤5 cm、彌漫性胃癌、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、III及IV期的患者中尤為明顯，從而推測(cè)rs10505477多態(tài)性可作為潛在的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)志。此外，還有研究發(fā)現(xiàn)CASC8 rs10505477多態(tài)性不僅與卵巢癌的進(jìn)展有關(guān)，還可被用于肺癌的診斷、確定鉑類化療藥物的反應(yīng)和毒性等[28-29]。目前對(duì)CASC8的研究主要集中在其基因位點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性上，但尚缺乏在胰腺導(dǎo)管腺癌中的研究。

此外，另一個(gè)潛在的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)l n c R N A LINC00857也被發(fā)現(xiàn)在胰腺導(dǎo)管腺癌組織中高表達(dá)，并與其預(yù)后不良密切相關(guān)，而目前尚無(wú)LINC00857在胰腺導(dǎo)管腺癌中的研究報(bào)道。來(lái)自MiTranscriptome的6 220個(gè)腫瘤RNA-Seq結(jié)果顯示，LINC00857在膀胱癌、胃癌、肺腺癌、宮頸癌和胰腺癌中高表達(dá)（log2FRKM＞0.5）[30]，與本研究結(jié)果一致。此外，Wang等[31]應(yīng)用二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)肺腺癌和正常肺組織中l(wèi)ncRNA的表達(dá)水平，發(fā)現(xiàn)LINC00857在肺腺癌組織中高表達(dá)，并與肺腺癌較差的預(yù)后明顯相關(guān)。而且，干擾LINC00857的表達(dá)會(huì)抑制肺癌細(xì)胞的增殖、遷移與侵襲能力；反之，LINC00857的過(guò)表達(dá)會(huì)促進(jìn)肺癌細(xì)胞的增殖和侵襲，并在動(dòng)物實(shí)驗(yàn)中得到了進(jìn)一步證實(shí)。研究[31]還發(fā)現(xiàn)LINC00857是通過(guò)調(diào)控細(xì)胞周期而發(fā)揮促癌作用的，與本研究中LINC00857的表達(dá)模式相符。不同的是，本研究發(fā)現(xiàn)LINC00857的作用機(jī)制主要是影響酶的活性、細(xì)胞骨架構(gòu)成和結(jié)合肌動(dòng)蛋白等。Zhang等[32]首次通過(guò)全基因組lncRNA測(cè)序分析胃癌患者血漿及癌組織標(biāo)本中l(wèi)ncRNA的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)LINC00857在術(shù)前的血漿及胃癌組織中均為高表達(dá)，并可穩(wěn)定存在于不同溫度、pH值、核糖核酸酶A的環(huán)境中。通過(guò)與另外4個(gè)lncRNA聯(lián)合應(yīng)用，在對(duì)胃癌的診斷和預(yù)后監(jiān)測(cè)上，具有較癌組織抗原更高的敏感性和特異性。因此，本研究結(jié)果對(duì)于LINC00857在胰腺導(dǎo)管腺癌診斷和治療上的探索，具有非常重要的指導(dǎo)意義。

在本研究中，LINC00857被發(fā)現(xiàn)有6個(gè)靶基因，分別為C1orf116、ESRP1、GPRC5A、LIPH、MAL2、PLS1。C1orf116是一種蛋白編碼基因，它的別名是SARG（specifically androgenregulated gene）。SARG基因是在前列腺細(xì)胞亞系LNCaP-1F5中被首次發(fā)現(xiàn)的，該細(xì)胞系能夠表達(dá)內(nèi)源性的雄激素受體（A R）和糖皮質(zhì)激素受體（GR）[33]。GeneNote數(shù)據(jù)庫(kù)（http://bioinformatics/weizmann.ac.il/cards）中的表達(dá)譜數(shù)據(jù)顯示SARG僅僅在前列腺和肺組織中高表達(dá)。目前尚無(wú)SAGR在胰腺中的相關(guān)報(bào)道。Ueda等[34]報(bào)道ESRP1作為一種RNA結(jié)合蛋白，能調(diào)控成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體2（fibroblast growth factor receptor 2，F(xiàn)GFR-2）亞型的表達(dá)模式，減少上皮細(xì)胞向間質(zhì)轉(zhuǎn)化，從而抑制胰腺導(dǎo)管腺癌細(xì)胞的生長(zhǎng)、遷移與侵襲能力，且其高表達(dá)與PDAC較長(zhǎng)的生存期相關(guān)。該研究提示ESRP1可作為PDAC的腫瘤抑制因子，與本研究結(jié)果不相符。Zhou等[35]發(fā)現(xiàn)無(wú)論在胰腺癌細(xì)胞系或者胰腺癌組織中，GPRC5A均為高表達(dá)，并且GPRC5A的表達(dá)上調(diào)能促進(jìn)胰腺癌細(xì)胞的增殖、遷移和對(duì)吉西他濱的化療抵抗，從而認(rèn)為GPRC5A在胰腺癌中發(fā)揮的是促癌基因的作用，與本研究結(jié)果一致。Cui等[36]研究報(bào)道LIPH在乳腺癌組織中呈高表達(dá)，并與腫瘤大小、病理分級(jí)、淋巴結(jié)和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。而且，LIPH高表達(dá)的患者預(yù)后不良。相反，LIPH在食管癌和肺癌組織的高表達(dá)提示有更好的預(yù)后，推測(cè)可能與LIPH僅僅引起腫瘤的發(fā)生，而不影響腫瘤的轉(zhuǎn)移有關(guān)[37-38]。目前尚無(wú)LIPH在胰腺癌中的相關(guān)報(bào)道。Arumugam等[39]研究發(fā)現(xiàn)MAL2作為上皮細(xì)胞的標(biāo)志物，在胰腺癌中表達(dá)下調(diào)；當(dāng)上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化被抑制時(shí)其表達(dá)增加，并可恢復(fù)胰腺癌對(duì)吉西他濱等化療藥物的敏感性。Protein kinase Ciota（PKCiota）是非小細(xì)胞肺癌的癌基因。Erdogan等[40]通過(guò)Meta分析發(fā)現(xiàn)在肺腺癌中PLS1與PKCiota的表達(dá)相關(guān)，進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)證實(shí)了它們?cè)诜蜗侔┲芯鶠楦弑磉_(dá)，且PLS1作為PKCiota的靶基因在肺腺癌細(xì)胞的增殖和侵襲中發(fā)揮重要作用。目前尚無(wú)PLS1在胰腺癌和其他癌癥中研究報(bào)道。

通過(guò)以上對(duì)LINC00857靶基因的相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行挖掘發(fā)現(xiàn)，LINC00857的靶基因ESRP1和MAL2均可作為上皮細(xì)胞的標(biāo)志物，都參與了胰腺癌的上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化過(guò)程，由此推測(cè)LINC00857可能通過(guò)調(diào)控上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化而影響胰腺癌的發(fā)生發(fā)展。但是，這需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)證實(shí)。