學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)研究*
——兼論圖書(shū)館科學(xué)文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的途徑

衛(wèi)軍朝 宋婧婷

（1.上海大學(xué)圖書(shū)情報(bào)檔案系 上海 200444）

近年來(lái)，隨著數(shù)據(jù)密集型科研活動(dòng)的蓬勃發(fā)展，越來(lái)越多的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)被建立，以滿足科學(xué)數(shù)據(jù)保存和管理的需要。據(jù)Re3data.org的統(tǒng)計(jì)，截至2017年9月，已經(jīng)有1900余個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)在Re3data.ORG注冊(cè)，體現(xiàn)了科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的迅速發(fā)展。而圖書(shū)館保存著海量的科學(xué)文獻(xiàn)，這些科學(xué)文獻(xiàn)往往被獨(dú)立的保存在文獻(xiàn)管理系統(tǒng)中。微軟研究院科學(xué)家Jim Gray指出，科學(xué)研究的素材實(shí)際包含呈金字塔型的三個(gè)層面：處于塔尖的科學(xué)文獻(xiàn)、中間層是派生數(shù)據(jù)和重組數(shù)據(jù)、基礎(chǔ)層是大量的原始數(shù)據(jù)，科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)共同構(gòu)成科學(xué)研究的總體。如何將圖書(shū)館的科學(xué)文獻(xiàn)和目前蓬勃發(fā)展的科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)起來(lái)，將二者構(gòu)成科研成果的全體，讓用戶置身于完全的科研成果環(huán)境中，使科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)共同來(lái)支撐科學(xué)發(fā)現(xiàn)，成為科研新范式下，圖書(shū)館面臨的重要問(wèn)題。

在傳統(tǒng)的學(xué)術(shù)交流體系中，學(xué)術(shù)期刊也以科學(xué)文獻(xiàn)為主要報(bào)道內(nèi)容。隨著數(shù)據(jù)密集型科研范式的興起，越來(lái)越多的學(xué)術(shù)期刊出臺(tái)期刊數(shù)據(jù)政策，要求作者在提交學(xué)術(shù)論文的同時(shí)，必須在學(xué)術(shù)期刊或在第三方科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)提交相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。學(xué)術(shù)期刊通過(guò)和科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，為用戶提供集文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)于一體的信息服務(wù)。目前看來(lái)，學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)實(shí)踐成為研究科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的典型范例和最活躍研究對(duì)象，本文以學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的關(guān)聯(lián)為研究對(duì)象，希望通過(guò)本文的努力，為我國(guó)圖書(shū)館開(kāi)展科學(xué)文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)提供參考。

1 學(xué)術(shù)期刊的期刊數(shù)據(jù)政策

期刊數(shù)據(jù)政策是數(shù)據(jù)密集型科研范式下，學(xué)術(shù)期刊制定的提交數(shù)據(jù)、保存數(shù)據(jù)、開(kāi)放數(shù)據(jù)、共享數(shù)據(jù)的重要措施，它對(duì)數(shù)據(jù)的提交方式，數(shù)據(jù)的內(nèi)容、共享范圍、有效期、版權(quán)、保存方式等具體信息進(jìn)行了規(guī)定。對(duì)期刊數(shù)據(jù)政策的分析可以加強(qiáng)我們對(duì)學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)的認(rèn)識(shí)。如期刊PLoS One要求所有論文中涉及到的數(shù)據(jù)都必須無(wú)限制的開(kāi)放，要求作者在提交論文時(shí)，同時(shí)提供一份“數(shù)據(jù)可用性說(shuō)明”，以描述論文涉及到科學(xué)數(shù)據(jù)的使用和訪問(wèn)方法。PLoS One推薦幾種數(shù)據(jù)存儲(chǔ)的途徑，其中強(qiáng)烈推薦將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在公開(kāi)的數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)中。BioMed Central鼓勵(lì)所有作者將數(shù)據(jù)以一種可機(jī)讀的方式存儲(chǔ)在公共數(shù)據(jù)庫(kù)中，并且在“數(shù)據(jù)可用性說(shuō)明”中提交數(shù)據(jù) DOI或 Accession Numbers。

從期刊數(shù)據(jù)政策可以看出，學(xué)術(shù)期刊往往要求作者將與論文相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)，提交至學(xué)術(shù)期刊或公共科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)。如Wiley、Springer等出版商要求作者將科學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在PANGAEA等數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫(kù)；Science、PNAS、Nature、BMC等國(guó)外學(xué)術(shù)出版社和期刊出臺(tái)相關(guān)的數(shù)據(jù)政策，要求作者提交論文的同時(shí)，也要提交相應(yīng)的科學(xué)數(shù)據(jù)；PubMed中的文章可以與GenBank、Dryad等數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)等。

JISC資助的旨在調(diào)研學(xué)術(shù)期刊數(shù)據(jù)政策的項(xiàng)目Journal Research Data Policy Bank針對(duì)400種期刊的科學(xué)數(shù)據(jù)政策調(diào)查發(fā)現(xiàn)，其中約一半的期刊對(duì)其所發(fā)表文獻(xiàn)的支撐數(shù)據(jù)提出定向存儲(chǔ)的要求，要求作者在提交學(xué)術(shù)論文時(shí)，必須同時(shí)或在第三方科學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫(kù)提交相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。特別是地理科學(xué)、基因?qū)W、生物學(xué)等學(xué)科數(shù)據(jù)量較大的學(xué)術(shù)期刊，往往會(huì)為作者提供用以存儲(chǔ)與期刊文獻(xiàn)關(guān)聯(lián)的科學(xué)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)。如美國(guó)地理協(xié)會(huì) （The Geological Society of America,GSA）的 GSA Data Repository專(zhuān)門(mén)用以存儲(chǔ)其出版的科學(xué)期刊的支撐數(shù)據(jù)。

Dryad于2011年提出聯(lián)合數(shù)據(jù)保存政策（The Joint Data Archiving Policy，JDAP）提出支撐學(xué)術(shù)論文的科學(xué)數(shù)據(jù)也應(yīng)該被保存在合適的公共存儲(chǔ)中，以被讀者獲取和訪問(wèn)。JDAP最先被生態(tài)和進(jìn)化學(xué)領(lǐng)域的期刊提出，目前已成為大多數(shù)學(xué)術(shù)期刊制定數(shù)據(jù)政策的主要參考標(biāo)準(zhǔn)。采用該政策的期刊多推薦使用Dryad作為定向存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)。

2 學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)現(xiàn)狀

數(shù)據(jù)密集型科研范式下，越來(lái)越多的學(xué)術(shù)期刊開(kāi)始嘗試與科學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)，實(shí)現(xiàn)論文和數(shù)據(jù)的互操作，為用戶提供集文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)于一體的信息服務(wù)，實(shí)現(xiàn)科學(xué)數(shù)據(jù)的增值再利用。本文通過(guò)對(duì)國(guó)外有代表性的期刊數(shù)據(jù)政策、學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)實(shí)踐、以及部分代表性的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的調(diào)研和分析，來(lái)了解學(xué)術(shù)期刊和科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系。

表1 部分學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)情況

國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)實(shí)踐才剛起步?！冬F(xiàn)代圖書(shū)情報(bào)技術(shù)》從2016年第2期起，要求所有發(fā)表論文提交支撐論文結(jié)論的數(shù)據(jù)，編輯部將對(duì)論文和數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)和出版；《圖書(shū)館雜志》也開(kāi)通了數(shù)據(jù)管理平臺(tái)，鼓勵(lì)作者在提交數(shù)據(jù)論文的同時(shí)，提交數(shù)據(jù)全文或數(shù)據(jù)引用方法。傅天珍、陳妙貞于2014年對(duì)我國(guó)學(xué)術(shù)期刊數(shù)據(jù)出版政策的調(diào)查發(fā)現(xiàn)，即使在我國(guó)最具國(guó)際影響力的期刊中，擁有數(shù)據(jù)政策的期刊數(shù)量仍非常有限，且主要是自然科學(xué)與工程技術(shù)類(lèi)期刊。

國(guó)內(nèi)關(guān)于學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)的研究尚且不多，主要集中在兩個(gè)方面：一是對(duì)學(xué)術(shù)期刊科學(xué)數(shù)據(jù)政策的研究。 吳蓉等調(diào)研了 Science、Pans、Nature、BMC的期刊數(shù)據(jù)政策，從數(shù)據(jù)提交規(guī)范、數(shù)據(jù)審查政策、數(shù)據(jù)權(quán)益政策等方面進(jìn)行了論述；陳秀娟等對(duì)美國(guó)化學(xué)學(xué)會(huì)期刊的數(shù)據(jù)政策進(jìn)行了剖析；雷秋雨等對(duì)進(jìn)化生物學(xué)領(lǐng)域期刊的數(shù)據(jù)政策進(jìn)行了綜述；陳全平從主體、客體與主要內(nèi)容的角度分析了期刊數(shù)據(jù)政策；二是對(duì)科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)性研究。黃筱瑾基于元數(shù)據(jù)描述的角度，分析了科學(xué)數(shù)據(jù)和科學(xué)文獻(xiàn)關(guān)聯(lián)的幾種模式；邱春艷在2014年和2015年的兩篇論文中對(duì)期刊文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)服務(wù)及其實(shí)現(xiàn)進(jìn)行了比較全面的研究；郭學(xué)武總結(jié)分析了科技數(shù)據(jù)與科技文獻(xiàn)相互關(guān)聯(lián)的三種主要模式：基于引用的直接關(guān)聯(lián)、基于同被引關(guān)聯(lián)和基于引文網(wǎng)絡(luò)的擴(kuò)展并聯(lián)。

3 學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)實(shí)現(xiàn)方式

3.1 與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)建立合作關(guān)系

學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)建立合作關(guān)系，可以根據(jù)二者的實(shí)際情況，最大可能的合作實(shí)現(xiàn)學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，增強(qiáng)文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的廣度和深度，促進(jìn)科學(xué)數(shù)據(jù)的開(kāi)放共享。如Elsevier希望通過(guò)與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，完善論文的上下文環(huán)境，為用戶提供更完善的科研產(chǎn)出，構(gòu)建完整的論文產(chǎn)出成果，盡可能地提高數(shù)據(jù)集的可獲取性來(lái)支持科研人員的研究。已與包括Protein Data Bank、Encyclopedia of Life、Cambridge Crystallographic Data Center、PANGAEA、SIMBAD Astronomical Database、Dryad 在內(nèi)的50多個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)建立了合作關(guān)系，通過(guò)Elsevier開(kāi)發(fā)的Science Direct平臺(tái)與這些科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)進(jìn)行關(guān)聯(lián)和互操作。

目前學(xué)術(shù)期刊已與一些大型公共科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)之間建立合作關(guān)系。Dryad鼓勵(lì)學(xué)術(shù)期刊成為Dryad的合作伙伴，構(gòu)建學(xué)術(shù)期刊與Dryad的集成系統(tǒng)，使用戶在提交學(xué)術(shù)論文時(shí)，可以同時(shí)在學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)提交相應(yīng)的科學(xué)數(shù)據(jù)至Dryad,實(shí)現(xiàn)學(xué)術(shù)期刊和科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的無(wú)縫關(guān)聯(lián),目前已與130余種期刊之間實(shí)現(xiàn)了合作關(guān)系，如PLoS的全部期刊已與Dryad實(shí)現(xiàn)集成，作者在提交論文的同時(shí)，相關(guān)數(shù)據(jù)可同步至Dryad。Dataverse科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)系統(tǒng)則提供了與學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)的集成插件，學(xué)術(shù)期刊利用Dataverse的數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)插件，建設(shè)與自身系統(tǒng)集成的Dataverse數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，集成期刊論文與科學(xué)數(shù)據(jù)的提交、管理、編輯、評(píng)審等過(guò)程。FigShare作為一種新的分享開(kāi)放科學(xué)數(shù)據(jù)的方式，研究人員可以在FigShare上,以可引述、搜尋、共享的方式發(fā)表他們的數(shù)據(jù)。FigShare也是學(xué)術(shù)期刊的主要合作對(duì)象，如與300多種BioMed Centra、SpringerOpen、Wily期刊合作，將 FigShare集成到學(xué)術(shù)期刊的工作流和論文出版過(guò)程中。

表2 科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)與學(xué)術(shù)期刊關(guān)聯(lián)情況（部分）

一些專(zhuān)業(yè)的學(xué)科數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)也是學(xué)術(shù)期刊的主要合作對(duì)象，學(xué)術(shù)期刊要求作者將相應(yīng)的科學(xué)數(shù)據(jù)提交到學(xué)科數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，而數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)為學(xué)術(shù)期刊提供可訪問(wèn)的數(shù)據(jù)DOI或Accession Number。如SCIENCE要求和論文相關(guān)的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)提交到Worldwide Protein Data Bank，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)提交到GenBank，氣候數(shù)據(jù)提交到NOAA氣候資源庫(kù)，微陣列數(shù)據(jù)提交到 Gene Expression Omnibus 等。 PLoS要求數(shù)據(jù)應(yīng)該滿足各學(xué)科標(biāo)準(zhǔn)，并且提交到相應(yīng)學(xué)科的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，并在其數(shù)據(jù)政策中羅列出了不同學(xué)科推薦的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)。如生物化學(xué)領(lǐng)域的caNanoLab、PubChem等，生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的The Cancer Imaging Archive (TCIA)、Influenza Research Database等，神經(jīng)系統(tǒng)科學(xué)領(lǐng)域的NeuroMorpho.org、OpenfMRI等，基因序列領(lǐng)域的 DDBJ、ENA、Genbank等科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)。

3.2 學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的無(wú)縫集成

（1）學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)無(wú)縫集成概況。數(shù)據(jù)密集型科研范式下，學(xué)術(shù)期刊積極謀劃與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)更緊密的合作和關(guān)聯(lián)，通過(guò)將學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的集成，在學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)嵌入科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)插件，使學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)具備科學(xué)數(shù)據(jù)管理功能，實(shí)現(xiàn)在提交科技論文的同時(shí)，能夠同時(shí)對(duì)相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)提交、描述、管理、存儲(chǔ)等功能，科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)同時(shí)接受從學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)傳遞過(guò)來(lái)的科學(xué)數(shù)據(jù)與元數(shù)據(jù)。實(shí)現(xiàn)科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)在提交、管理、發(fā)布等流程中的無(wú)縫集成，最終在學(xué)術(shù)期刊的訪問(wèn)頁(yè)面，為使用者提供訪問(wèn)科學(xué)文獻(xiàn)的同時(shí)，提供科學(xué)數(shù)據(jù)的閱讀、引用、分析等體驗(yàn)。

目前一些大型的公共科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，如Dryad、Dataverse、FigShare等正在積極與學(xué)術(shù)期刊進(jìn)行集成，Dryad提出免費(fèi)為學(xué)術(shù)期刊提供與Dryad集成的接口，Dataverse 開(kāi)發(fā)了 OJS（Open Journal System）Dataverse Plugin來(lái)實(shí)現(xiàn)學(xué)術(shù)期刊與Dataverse的集成，F(xiàn)igShare也開(kāi)發(fā)了相關(guān)的學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)插件，來(lái)實(shí)現(xiàn)學(xué)術(shù)期刊系統(tǒng)與FigShare的集成。PKPDataverse項(xiàng)目通過(guò)對(duì)開(kāi)放期刊系統(tǒng) （Open Journal System,OJS）與哈佛大學(xué)的Dataverse科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)集成，在開(kāi)放期刊系統(tǒng)OJS中加入OJS Dataverse插件，文獻(xiàn)作者可以在期刊文獻(xiàn)提交系統(tǒng)提交文獻(xiàn)的同時(shí)，提交相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)至Dataverse,提交的數(shù)據(jù)集通過(guò)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)API自動(dòng)存儲(chǔ)到Dataverse中，由OJS Dataverse為科學(xué)數(shù)據(jù)生成數(shù)據(jù)DOI，并與文獻(xiàn)進(jìn)行關(guān)聯(lián)，實(shí)現(xiàn)文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)之間的雙向鏈接。

學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的無(wú)縫集成，對(duì)于作者、期刊編輯、評(píng)審人員以及文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)的主要作用表現(xiàn)在：①簡(jiǎn)化作者的數(shù)據(jù)提交流程；②可以使作者更多的將科學(xué)數(shù)據(jù)提交到統(tǒng)一的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)；③期刊編輯和評(píng)審人員可以同時(shí)看到論文和數(shù)據(jù)，使評(píng)審工作更科學(xué)；④將對(duì)科學(xué)數(shù)據(jù)的元數(shù)據(jù)描述和對(duì)期刊論文的元數(shù)據(jù)描述統(tǒng)一起來(lái)，增強(qiáng)二者關(guān)聯(lián)性；⑤實(shí)現(xiàn)期刊論文和科學(xué)數(shù)據(jù)之間的雙向鏈接；⑥保證期刊論文可公開(kāi)訪問(wèn)時(shí)，科學(xué)數(shù)據(jù)也可以訪問(wèn)。

（2）學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)無(wú)縫集成的工作流。在學(xué)術(shù)期刊出版中集成科學(xué)數(shù)據(jù)的提交和發(fā)布，體現(xiàn)在學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)提交、編輯、描述、存儲(chǔ)、評(píng)審、發(fā)布等工作流的重構(gòu)與集成。傳統(tǒng)學(xué)術(shù)期刊的工作流以文獻(xiàn)為中心，將科學(xué)數(shù)據(jù)加入進(jìn)來(lái)，需要對(duì)以往的工作流進(jìn)行重構(gòu)，把對(duì)科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)操作的工作流集成，形成統(tǒng)一的工作流，在統(tǒng)一的界面、步驟中完成科學(xué)文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)的提交、出版等操作。這種工作流的集成使用戶在提交、編輯、描述論文的上下文環(huán)境中同時(shí)提交、編輯、描述科學(xué)數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)了文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)的集成操作，避免了二者割裂的提交，使用戶能更及時(shí)、準(zhǔn)確的對(duì)支撐論文的科學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行組織和描述，增強(qiáng)了文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，提升用戶的體驗(yàn)。

PKP-Dataverse通過(guò)對(duì)學(xué)術(shù)期刊工作流的重構(gòu)與集成，使作者、編輯、評(píng)審人員可以同時(shí)完成對(duì)科學(xué)論文和科學(xué)數(shù)據(jù)的操作，提高工作效率，加強(qiáng)文獻(xiàn)與數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)強(qiáng)度（工作流見(jiàn)圖 1）。

圖1 學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)出版的集成工作流

學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)出版的工作流首先由期刊工作人員安裝Dataverse數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，并安裝基于Dataverse的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)API，在OJS系統(tǒng)安裝OJS Dataverse插件，完成基礎(chǔ)設(shè)施準(zhǔn)備工作。然后由作者在OJS中同時(shí)提交、編輯、描述論文與數(shù)據(jù)，論文被保存在OJS系統(tǒng)中，數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)的元數(shù)據(jù)描述提交至Dataverse,Dataverse接收數(shù)據(jù)并生成數(shù)據(jù)引用和DOI反饋給OJS系統(tǒng)。作者提交完成后，編輯和評(píng)審人員對(duì)文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)進(jìn)行評(píng)審，如果評(píng)審?fù)ㄟ^(guò)，將文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)在OJS系統(tǒng)進(jìn)行發(fā)布，同時(shí)科學(xué)數(shù)據(jù)與描述元數(shù)據(jù)在Dataverse中也進(jìn)行發(fā)布，發(fā)布以后，可以實(shí)現(xiàn)從文獻(xiàn)（OJS）到數(shù)據(jù)（Dataverse）的，和從數(shù)據(jù)（Dataverse）到文獻(xiàn)（OJS）的雙向鏈接，并且在 OJS 中可以實(shí)時(shí)查看科學(xué)數(shù)據(jù)的引用、編輯等狀態(tài)。如果評(píng)審未通過(guò)，作者可以選擇將相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)從Dataverse中移除或繼續(xù)保存在Dataverse中。

3.3 基于作者提交數(shù)據(jù)DOI構(gòu)建關(guān)聯(lián)

當(dāng)用戶將科學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)到數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)時(shí)，科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)會(huì)生成數(shù)據(jù)DOI，用戶在提交期刊論文時(shí)，將數(shù)據(jù)DOI同時(shí)提交給學(xué)術(shù)期刊，方便實(shí)現(xiàn)論文與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的關(guān)聯(lián)。從目前的調(diào)研來(lái)看，學(xué)術(shù)期刊要求作者提供數(shù)據(jù)DOI,基于作者提交數(shù)據(jù)DOI來(lái)構(gòu)建期刊論文和科學(xué)數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)，成為構(gòu)建期刊論文和科學(xué)數(shù)據(jù)之間關(guān)聯(lián)的主要方式。

（1）科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)產(chǎn)生數(shù)據(jù)DOI。大多數(shù)科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)會(huì)為用戶提交的科學(xué)數(shù)據(jù)產(chǎn)生數(shù)據(jù)DOI或Accession Number。Dryad提供DOI Services為用戶提交的科學(xué)數(shù)據(jù)產(chǎn)生DOI，并提供DOI解析服務(wù)。PANGAEA提供PANGAEA DOI Name Resolver來(lái)進(jìn)行 DOI的產(chǎn)生和解析服務(wù)；GenBank為用戶提交的DNA或其他序列數(shù)據(jù)生成Accession Number，Accession Number是數(shù)據(jù)的唯一標(biāo)識(shí)符，學(xué)術(shù)期刊可以通過(guò)Accession Number實(shí)現(xiàn)期刊論文和相應(yīng)科學(xué)數(shù)據(jù)的鏈接，用戶可以通過(guò)Accession Number訪問(wèn)到科學(xué)數(shù)據(jù)的具體內(nèi)容?？茖W(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)通過(guò)數(shù)據(jù)DOI，可以實(shí)現(xiàn)科學(xué)數(shù)據(jù)的發(fā)現(xiàn)和再利用。

（2）作者提交數(shù)據(jù)DOI。期刊數(shù)據(jù)政策要求，作者在提交數(shù)據(jù)的同時(shí)，需要提供一份“數(shù)據(jù)可用性說(shuō)明”，以描述論文涉及到科學(xué)數(shù)據(jù)的使用和訪問(wèn)方法。如PLoS One要求“數(shù)據(jù)可用性說(shuō)明”必須包含存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)名稱(chēng)以及數(shù)據(jù)DOI或Accession Numbers， 以方便 PLoS One實(shí)現(xiàn)與數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)；SCIENCE要求在文獻(xiàn)出版前，Accession Numbers或一個(gè)可訪問(wèn)的地址必須被包含在文獻(xiàn)提交中。

（3）學(xué)術(shù)期刊基于數(shù)據(jù)DOI構(gòu)建關(guān)聯(lián)。學(xué)術(shù)期刊基于作者提交的數(shù)據(jù)DOI或Accession Numbers構(gòu)建與科學(xué)數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)，關(guān)聯(lián)實(shí)現(xiàn)方式多樣。以Dryad為例，學(xué)術(shù)期刊與Dryad的關(guān)聯(lián)方式主要包括：①通過(guò)Banner Widgets（旗幟窗體）的方式，嵌入在論文展示頁(yè)面。這種Banner Widgets既可以是簡(jiǎn)單的鏈接圖標(biāo)，也可以是更多功能的數(shù)據(jù)快照；②論文正文中包含的圖表、數(shù)據(jù)等通過(guò)數(shù)據(jù)DOI直接與Dryad關(guān)聯(lián)，讀者通過(guò)點(diǎn)擊這些圖表、數(shù)據(jù)，可以直接訪問(wèn)Dryad中存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)；③在論文展示頁(yè)面，可以在論文的開(kāi)頭或附錄，通過(guò)“數(shù)據(jù)可用性說(shuō)明”，明確數(shù)據(jù)的來(lái)源和引用方式；④同時(shí)在參考文獻(xiàn)中，以全標(biāo)識(shí)的方式，一般以數(shù)據(jù)DOI的方式，對(duì)論文中提到的科學(xué)數(shù)據(jù)，進(jìn)行參考文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)。

3.4 學(xué)術(shù)期刊識(shí)別與構(gòu)建與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)

通過(guò)作者提交數(shù)據(jù)DOI來(lái)實(shí)現(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，是最簡(jiǎn)單、易于實(shí)現(xiàn)的方式。然而作者提交的數(shù)據(jù)DOI并不能代表與該文獻(xiàn)內(nèi)容相關(guān)的所有科學(xué)數(shù)據(jù)，除了作者提交的數(shù)據(jù)DOI，該文獻(xiàn)還可能與其他科學(xué)數(shù)據(jù)存在主題相似或其他關(guān)聯(lián)關(guān)系。學(xué)術(shù)期刊也在積極通過(guò)各種方式，來(lái)實(shí)現(xiàn)與這些科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)。

（1）通過(guò)識(shí)別文本中的語(yǔ)義實(shí)體來(lái)進(jìn)行關(guān)聯(lián)。一般而言，作者在文中涉及到的一些重要概念、術(shù)語(yǔ)、詞組等，也具有一定的科學(xué)意義，通過(guò)識(shí)別這些語(yǔ)義實(shí)體，在后臺(tái)的數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)中，發(fā)現(xiàn)并構(gòu)建與這些語(yǔ)義實(shí)體關(guān)聯(lián)的科學(xué)數(shù)據(jù)，可以更全面的實(shí)現(xiàn)文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)。如Elsevier通過(guò)人工識(shí)別和自動(dòng)文本挖掘的方式，對(duì)作者行文中的語(yǔ)義實(shí)體進(jìn)行識(shí)別，通過(guò)Science Direct構(gòu)建這些語(yǔ)義實(shí)體與相關(guān)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，為用戶提供更全面的閱讀體驗(yàn)。

（2）與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)合作開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)APP。學(xué)術(shù)期刊與可信任的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)合作開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)APP，通過(guò)數(shù)據(jù)APP，可以更大程度的發(fā)現(xiàn)與識(shí)別文獻(xiàn)中涉及的與該科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)有關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)，并通過(guò)集成展示的方式，在文章頁(yè)面展示相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。Elsevier與可信賴(lài)的數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)之間建立了緊密的合作，已經(jīng)開(kāi)發(fā)了許多數(shù)據(jù)APP，例如Protein Viewer（PDB）、PANGAEA Relate d Data、GenomeViewer（NCBI）等。這些數(shù)據(jù)APP保證了文獻(xiàn)與這些科學(xué)數(shù)據(jù)的發(fā)現(xiàn)、識(shí)別與關(guān)聯(lián)。

（3）構(gòu)建科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)中心。雖然，學(xué)術(shù)期刊識(shí)別了論文中的科學(xué)數(shù)據(jù)語(yǔ)義實(shí)體，但是不知道與哪些科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)進(jìn)行關(guān)聯(lián)，以及有哪些與該文獻(xiàn)相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。通過(guò)構(gòu)建科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)中心的方式，科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)在科學(xué)數(shù)據(jù)注冊(cè)中心進(jìn)行注冊(cè)，學(xué)術(shù)期刊在科學(xué)數(shù)據(jù)注冊(cè)中心進(jìn)行搜索與發(fā)現(xiàn)與之關(guān)聯(lián)的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)。

目前國(guó)際上比較著名的科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)中心包括Re3data.ORG與DataCite。Re3data.ORG是一個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)注冊(cè)中心，主要目標(biāo)是提供科學(xué)數(shù)據(jù)的全景地圖，鼓勵(lì)科學(xué)數(shù)據(jù)開(kāi)放共享。科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)在Re3data.ORG注冊(cè)時(shí)，需要的主要注冊(cè)信息包括：數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的簡(jiǎn)短描述、內(nèi)容類(lèi)型、關(guān)鍵詞、科學(xué)數(shù)據(jù)的受資助機(jī)構(gòu)、數(shù)據(jù)集的許可證、數(shù)據(jù)集版本、數(shù)據(jù)DOI等。截至2017年9月，已經(jīng)有1900余個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)在Re3data.ORG注冊(cè)。DataCite是一個(gè)為科學(xué)數(shù)據(jù)提供數(shù)據(jù)DOI的非盈利組織，科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)DOI,通過(guò)在DataCite進(jìn)行注冊(cè)，為科研組織定位、識(shí)別和引用科學(xué)數(shù)據(jù)提供幫助。如，Dryad提供的數(shù)據(jù)DOI就會(huì)在DataCite進(jìn)行注冊(cè)，以方便第三方的查找和識(shí)別。

4 對(duì)我國(guó)圖書(shū)館開(kāi)展與科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)的參考

科研大數(shù)據(jù)時(shí)代，我國(guó)已經(jīng)建設(shè)和正在積極開(kāi)展科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)和科學(xué)數(shù)據(jù)平臺(tái)的建設(shè)。如由科技部牽頭的我國(guó)科學(xué)數(shù)據(jù)共享工程，在資源環(huán)境、農(nóng)業(yè)、人口與健康、基礎(chǔ)與前沿等領(lǐng)域開(kāi)展科學(xué)數(shù)據(jù)共享工作，已經(jīng)形成了50余個(gè)不同學(xué)科領(lǐng)域的科學(xué)數(shù)據(jù)共享中心。中國(guó)科學(xué)院建設(shè)的國(guó)家基礎(chǔ)科學(xué)數(shù)據(jù)共享服務(wù)平臺(tái)，重點(diǎn)對(duì)中科院各院所的科學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合和存儲(chǔ)，形成不同學(xué)科的科學(xué)數(shù)據(jù)專(zhuān)題庫(kù)。我國(guó)高校圖書(shū)館也積極開(kāi)展科學(xué)數(shù)據(jù)平臺(tái)的建設(shè)。包括復(fù)旦大學(xué)社會(huì)科學(xué)數(shù)據(jù)管理平臺(tái)、武漢大學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)管理平臺(tái)、北京大學(xué)開(kāi)放研究數(shù)據(jù)平臺(tái)等。

從調(diào)研來(lái)看，這些科學(xué)數(shù)據(jù)管理平臺(tái)主要實(shí)現(xiàn)科學(xué)數(shù)據(jù)的匯交、保存和管理功能，提供的服務(wù)以科學(xué)數(shù)據(jù)的檢索、發(fā)現(xiàn)和下載服務(wù)為主，通過(guò)數(shù)據(jù)DOI和數(shù)據(jù)使用說(shuō)明來(lái)實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的引用。而其他功能，如與科學(xué)文獻(xiàn)的關(guān)聯(lián)，與學(xué)術(shù)期刊或圖書(shū)館開(kāi)展合作，共同提供集文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)于一體的服務(wù)則較少。

我國(guó)圖書(shū)館保存和管理著海量的科學(xué)文獻(xiàn)，如何實(shí)現(xiàn)這些科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的關(guān)聯(lián)，為用戶提供集科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)于一體的服務(wù)，成為圖書(shū)館、學(xué)術(shù)期刊、科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)都在關(guān)心和期望解決的主要問(wèn)題。通過(guò)研究國(guó)外學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)關(guān)聯(lián)的實(shí)現(xiàn)方式，可以為我國(guó)圖書(shū)館開(kāi)展科學(xué)文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)提供參考。

（1）積極與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)合作。目前國(guó)內(nèi)外已經(jīng)建設(shè)一些成熟的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，這些科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)保存著海量的科學(xué)數(shù)據(jù)，圖書(shū)館與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)建立信任和合作關(guān)系，可以更好的實(shí)現(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的關(guān)聯(lián)。如國(guó)外主要的幾個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，Dataverse、Dryad、FigShare 等已經(jīng)和諸如 Nature、Plos One等期刊深度合作，構(gòu)建學(xué)術(shù)期刊與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)集成關(guān)聯(lián)系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)提交科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)的集成與統(tǒng)一。學(xué)術(shù)期刊還可以通過(guò)與科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)的合作，在學(xué)術(shù)期刊的論文展示頁(yè)面，展現(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，這既可以實(shí)現(xiàn)科學(xué)數(shù)據(jù)的開(kāi)放共享，又可以為用戶提供更全面的使用體驗(yàn)。

（2）重構(gòu)科學(xué)文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)提交與管理工作流。傳統(tǒng)的學(xué)術(shù)期刊或圖書(shū)館，對(duì)科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)的提交、管理是兩個(gè)不同的平臺(tái)，由不同的工作流來(lái)實(shí)現(xiàn)。數(shù)據(jù)密集型科研范式下，學(xué)術(shù)期刊與圖書(shū)館都開(kāi)始重視科學(xué)數(shù)據(jù)的提交、發(fā)布、管理，如果將對(duì)科學(xué)文獻(xiàn)的提交、發(fā)布、管理與科學(xué)數(shù)據(jù)的提交、發(fā)布、管理集成起來(lái)，重構(gòu)科學(xué)文獻(xiàn)與科學(xué)數(shù)據(jù)提交與管理工作流，使二者合二為一，有機(jī)聯(lián)系，共同構(gòu)成科學(xué)研究?jī)?nèi)容的總體，將能更好的實(shí)現(xiàn)文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)，提升數(shù)字資源的檢索與發(fā)現(xiàn)效率，更好的為用戶服務(wù)。如PKP-Dataverse項(xiàng)目就實(shí)現(xiàn)了期刊論文提交、評(píng)審、出版工作流和科學(xué)數(shù)據(jù)提交、管理工作流的集成。

（3）要求作者同時(shí)提交數(shù)據(jù)DOI。作者在提交科學(xué)文獻(xiàn)時(shí)，同時(shí)提交的數(shù)據(jù)DOI成為進(jìn)行科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)最主要、最易于實(shí)現(xiàn)的方式。作者提交的數(shù)據(jù)DOI，就像學(xué)術(shù)論文中作者自行標(biāo)注的關(guān)鍵詞，最能準(zhǔn)確反映學(xué)術(shù)論文的具體特征。因此，圖書(shū)館可以要求作者在提交論文時(shí)，同時(shí)提交相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)DOI，以方便實(shí)現(xiàn)二者的關(guān)聯(lián)。國(guó)內(nèi)已有學(xué)術(shù)期刊開(kāi)始要求作者同時(shí)提交相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。如國(guó)內(nèi)的《現(xiàn)代圖書(shū)情報(bào)技術(shù)》（后改名為《數(shù)據(jù)分析與知識(shí)發(fā)現(xiàn)》）、《圖書(shū)館雜志》等期刊已經(jīng)開(kāi)始要求作者在提交論文的同時(shí)，提交相應(yīng)的科學(xué)數(shù)據(jù)至編輯部。

（4）圖書(shū)館自動(dòng)識(shí)別與科學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)。除了作者提交數(shù)據(jù)DOI，科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)之間還存在其他諸如主題相關(guān)、研究相似的關(guān)聯(lián)關(guān)系，這些關(guān)聯(lián)關(guān)系作者沒(méi)有自主標(biāo)出，而讀者則希望能看到與某研究主題相關(guān)的所有科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)。圖書(shū)館可以通過(guò)自動(dòng)文本挖掘、語(yǔ)義實(shí)體識(shí)別、開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)APP等方式，建立科學(xué)文獻(xiàn)和科學(xué)數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系。

（5）建設(shè)科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)中心。目前國(guó)內(nèi)外已有較多的科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)，通過(guò)科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)機(jī)制，可以發(fā)現(xiàn)和識(shí)別與科學(xué)文獻(xiàn)相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。例如國(guó)際上比較著名的科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)中心Re3data.ORG與DataCite，Dryad、FigShare等科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)都在這些登記中心進(jìn)行注冊(cè)，以方便用戶的檢索和發(fā)現(xiàn)。我國(guó)也可以建設(shè)科學(xué)數(shù)據(jù)登記注冊(cè)中心，科學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)在其上進(jìn)行注冊(cè)，圖書(shū)館通過(guò)注冊(cè)中心查找和識(shí)別與自己相關(guān)的科學(xué)數(shù)據(jù)。

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