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    InDel遺傳標(biāo)記在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究進展

    2018-03-30 22:50:53張家碩李亞男徐倩男張素華李成濤
    法醫(yī)學(xué)雜志 2018年4期
    關(guān)鍵詞:等位基因分型多態(tài)性

    盛 翔 ,包 云 ,張家碩 ,李 敏 ,李亞男 ,徐倩男 ,張素華 ,李成濤

    (1.蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部法醫(yī)學(xué)系,江蘇 蘇州 215123;2.司法鑒定科學(xué)研究院 上海市法醫(yī)學(xué)重點實驗室 上海市司法鑒定專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺,上海 200063;3.內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010030;4.溫州醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)系,浙江 溫州 325035)

    遺傳標(biāo)記是法醫(yī)遺傳學(xué)中進行個體識別和親子鑒定的主要依據(jù),尋找人類基因組中分布廣泛、具有高鑒定能力、易于檢測分析的遺傳標(biāo)記是獲得法醫(yī)物證檢驗高概率認(rèn)定結(jié)論的基礎(chǔ)。目前,用于法醫(yī)遺傳學(xué)實驗室的主要遺傳標(biāo)記為短串聯(lián)重復(fù)(short tandem repeat,STR)序列[1-2],是 2~6 bp 重復(fù)的長度多態(tài)性遺傳標(biāo)記。STR多態(tài)性較高,但在實踐中發(fā)現(xiàn)其存在突變率高[3]、PCR擴增片段長、數(shù)量有限等缺陷。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)作為第三代遺傳標(biāo)記,是在基因組水平上由單個核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性,與STR相比,其優(yōu)勢表現(xiàn)為突變率更低[4-5]、擴增子短、容易實現(xiàn)多個位點的復(fù)合擴增[6-7],有利于降解檢材的分型[7]。然而,檢測SNP位點的技術(shù)復(fù)雜多樣[8-9],難以在各法醫(yī)實驗室間普及。綜上所述,尋找一種合適的新型遺傳標(biāo)記具有重要意義。 插入/缺失(insertion/deletion,InDel)遺傳標(biāo)記表現(xiàn)為DNA片段的插入或缺失形成的二等位基因長度多態(tài)性,在一定程度上彌補了STR和SNP的應(yīng)用缺陷,受到國內(nèi)外學(xué)者的關(guān)注。本文主要從InDel遺傳標(biāo)記的特性和遺傳學(xué)基礎(chǔ)、法庭科學(xué)中的應(yīng)用以及InDel的研究方法等方面進行綜述,以期為后續(xù)研究提供參考。

    1 InDel的特點及分子遺傳學(xué)機制

    2002年,WEBER等[10]指出了人類基因組范圍內(nèi)存在約2000個InDel遺傳標(biāo)記,占人類多態(tài)性標(biāo)記的8%。2006年,MILLS等[11]應(yīng)用全基因組重測序及計算機技術(shù)繪制了第一張人類基因組InDel遺傳標(biāo)記的分型圖譜,該圖譜包括415436個InDel遺傳標(biāo)記,平均密度為每7.2kb堿基即可發(fā)現(xiàn)一個InDel。2010年,千人基因組計劃聯(lián)合工作組[12]描繪了人類遺傳變異圖,其中包括1500萬個SNP、100萬個InDel和2萬個結(jié)構(gòu)變異的染色體定位、等位基因頻率及單倍型結(jié)構(gòu)。2015年,該工作組提供了更加全面的人類全基因組測序結(jié)果,在26個人群共2 504名個體的全基因組序列中發(fā)現(xiàn)了8 470萬個SNP、360萬個InDel和6萬個結(jié)構(gòu)變異[13]。上述研究表明,InDel是人類基因組中廣泛分布的一種遺傳標(biāo)記,具有研究價值。

    InDel按照表現(xiàn)形式可以分為以下五類[11]:(1)單個堿基對的插入/缺失;(2)單堿基對重復(fù)插入;(3)多堿基對(2~15 個)重復(fù)插入;(4)轉(zhuǎn)座子的插入;(5)隨機DNA序列的插入/缺失。目前,法庭科學(xué)領(lǐng)域主要關(guān)注的是第五類InDel遺傳標(biāo)記,本文亦主要討論該類型。作為一種表現(xiàn)為插入和缺失兩種狀態(tài)的長度多態(tài)性遺傳標(biāo)記,產(chǎn)生InDel的分子遺傳學(xué)機制與很多因素相關(guān)。2003年,BRITTEN等[14]認(rèn)為InDel的產(chǎn)生可能與轉(zhuǎn)座子復(fù)制或插入、移動元件插入、序列異常重組和同類重復(fù)拷貝不等交換等因素有關(guān)。2004年,KONDRASHOV等[15]在研究人類編碼區(qū)外顯子序列時發(fā)現(xiàn),InDel的產(chǎn)生頻率與所在序列的堿基類型有一定關(guān)系。2005年,BHANGALE等[16]提出一種能夠從目的基因中全面識別InDel變異的方法,并從330個備選基因中找到2393個突變點,指出人類基因組中缺失的發(fā)生高于插入的發(fā)生,并且認(rèn)為InDel的產(chǎn)生機制不同于替換。另外,SJ?DIN等[17-18]的研究表明,InDel變異與復(fù)制錯誤、復(fù)制滑移及點突變也有一定的關(guān)系。截至目前,仍有大量InDel的產(chǎn)生機制有待進一步研究。

    2 InDel在法庭科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用

    由單個或多個堿基的插入或缺失造成的、表現(xiàn)為DNA長度差異的InDel遺傳標(biāo)記,適用于目前STR分型常用的復(fù)合熒光多重聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)聯(lián)合毛細(xì)管電泳(capillary electrophoresis,CE)分型平臺,易于在不同實驗室間普及[10-11]。同時,由于InDel遺傳標(biāo)記僅表現(xiàn)為二等位基因,易于分析。在人類基因組超過2000個InDel遺傳標(biāo)記中,約71%是2~4個核苷酸長度的差異[19],使得PCR擴增片段小,有助于降解檢材的DNA分型。而且,InDel具有與SNP相近的突變率,約10-8[5],明顯低于STR的突變率[4](10-5~10-3),具有較高的穩(wěn)定性。在過去的十幾年,國內(nèi)外學(xué)者建立了一些適用于法醫(yī)學(xué)檢驗的InDel分型體系并對其群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)進行了報道。

    2.1 常染色體InDel

    2009年,PEREIRA等[20]選取常染色體非編碼區(qū)的38個InDel遺傳標(biāo)記建立了一套用于個體識別的多重PCR分型系統(tǒng),擴增片段均小于160 bp,0.3 ng的DNA模板便可獲得完整分型,對部分STR分型出現(xiàn)丟峰的降解DNA樣本也可獲得完整分型。該體系在非洲、歐洲及亞洲的人群中多態(tài)性好,隨機匹配概率達到了10-15~10-14,可以有效地用于人群個體識別。同年,該課題組還證實了上述系統(tǒng)能夠提高實際案件中高度降解的骨骼樣本和石蠟包埋組織的檢測成功率[21]。 2012年,ROMANINI等[22]聯(lián)合應(yīng)用上述 38個InDel和50個SNP分析35年前的遺骨,再次證實了該系統(tǒng)適用于降解檢材的分析。PINTO等[23]使用15個STR和38個InDel分析100對叔侄和祖孫二聯(lián)體,結(jié)果表明,在二聯(lián)體中兩個個體檢測結(jié)果均相符的情況下,使用InDel遺傳標(biāo)記計算似然率更容易獲得正確結(jié)果,從而降低了錯判率。2016年,F(xiàn)ERRAGUT等[24-25]用該系統(tǒng)分別分析同為猶太祖先的6個人群和伊比利亞半島北部邊緣6個人群的遺傳結(jié)構(gòu),結(jié)果證實,該系統(tǒng)可以有效區(qū)分不同大洲的人群,對遺傳距離很近的人群區(qū)分也有一定的價值。綜上所述,PEREIRA等建立的38個InDel復(fù)合擴增體系具有廣泛的法醫(yī)遺傳學(xué)實際應(yīng)用價值。PIMENTA等[26]選取了常染色體上不連鎖的40個InDel構(gòu)建復(fù)合擴增體系用于親權(quán)關(guān)系鑒定,這些位點在歐洲人群中等位基因頻率均接近0.5,應(yīng)用該體系分析360例巴西無關(guān)個體及50例標(biāo)準(zhǔn)母-子-可疑父三聯(lián)體,40個InDel遺傳標(biāo)記的平均雜合度達到0.48,隨機匹配概率達3.48×10-17,在法醫(yī)學(xué)親權(quán)關(guān)系鑒定中的系統(tǒng)效能與13個CODIS STR基因座相當(dāng)。

    2011年,LI等[27]在常染色體上選取29個高信息量不連鎖的InDel遺傳標(biāo)記,建立了一套適合于中國漢族人群個體識別的多重PCR體系,并用該系統(tǒng)檢測上海漢族無關(guān)個體的等位基因頻率及遺傳學(xué)參數(shù),累積個體識別率在0.999 9以上,為中國漢族人群的InDel多態(tài)性研究提供了寶貴的數(shù)據(jù)。同年該團隊又建立了包含30個常染色體InDel位點的多重復(fù)合擴增系統(tǒng)——InDel_typer30,所有位點擴增片段均小于260bp,并對中國5個民族(漢族、回族、藏族、維吾爾族、蒙古族)419名無關(guān)個體進行檢測并評估了該系統(tǒng)效能,30個InDel位點在5個民族中的等位基因頻率分布平衡,所有位點處于連鎖平衡狀態(tài),匹配概率均達到 10-11[28]。

    Investigator?DIPplex試劑盒是第一款針對常染色體InDel位點開發(fā)的商品化試劑盒,該試劑盒包含30個常染色體InDel遺傳標(biāo)記和性別鑒定基因(Amelogenin),擴增片段長度均在160bp內(nèi)。2012年,LARUE等[29]對Investigator?DIPplex試劑盒進行了系統(tǒng)效能研究。該試劑盒可以分析多種類型的檢材,并且在DNA模板量為62 pg時就能獲得完整分型圖譜,混合樣本比例在6∶1~19∶1范圍內(nèi)可清楚檢見低比例提供者。對30個InDel位點的人群研究表明,所有位點均符合連鎖平衡,隨機匹配概率達1.43×10-11,非父排除率在0.999999999以上。隨后,國內(nèi)外學(xué)者相繼證實了該試劑盒在法醫(yī)學(xué)個體識別和親權(quán)鑒定中作為輔助檢測工具的應(yīng)用價值,同時也為法醫(yī)遺傳學(xué)研究提供了大量的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)[30-34]。HOLLARD等[35]嘗試應(yīng)用該試劑盒分析古DNA樣本,結(jié)果表明,試劑盒適用于降解檢材的分析。CARVALHO等[36]嘗試將該試劑盒中的30個InDel位點用于模擬法醫(yī)學(xué)案件中混合樣本的研究:取男女性樣本標(biāo)準(zhǔn)品各0.5 ng/μL進行混合,分型結(jié)果表明,混合樣本的兩個個體組分可清晰識別,相對于STR分型結(jié)果,避免了影子峰的干擾,使結(jié)果更容易判讀。SHEN等[37]亦利用該試劑盒分析檢測了中國土家族人群并與其他15個人群數(shù)據(jù)進行比對,結(jié)果顯示這些位點具有高多態(tài)性,在法醫(yī)學(xué)案件中可以作為STR檢測的有效補充。這30個InDel位點在不同人群中存在遺傳差異,可以作為人群結(jié)構(gòu)和始祖信息研究的遺傳標(biāo)記。

    近年來,InDel位點也開始被用于法醫(yī)人類學(xué)的研究。早在2006年,國外學(xué)者BASTOS-RODRIGUES等[38]首次依據(jù)40個低突變率的小片段InDel位點研究人類基因組多樣性計劃-人類多態(tài)性研究中心(Human Genome Diversity Project-Centre d’étude du Polymorphisme Humain,HGDP-CEPH)多樣性體系[39],將世界范圍內(nèi)的人群進行分類并描述了人群間和人群內(nèi)的差異。2010年,SANTOS等[40]選取與血統(tǒng)信息相關(guān)的48個始祖多態(tài)性位點(ancestry informative marker,AIM)構(gòu)建復(fù)合擴增體系,分析三個已知混合血統(tǒng)的巴西人群,結(jié)果證實,該體系可以準(zhǔn)確評估混合人群中個體和總體的祖先成分。MANTA等[41]選取在不同地理起源的人群中等位基因頻率存在顯著性差異的46個常染色體InDel位點作為AIM,對巴西413名無關(guān)個體進行祖先信息研究,證明該系統(tǒng)對巴西個體和群體水平祖先信息研究快速、有效。2016年,SUN等[42]提出將幾個在物理位置上相距很近的InDel遺傳標(biāo)記看成一個位點,即multi-InDel遺傳標(biāo)記,用以提高二態(tài)遺傳標(biāo)記的祖先推斷能力,可以很好地區(qū)分人群結(jié)構(gòu)和推斷祖先信息。

    2.2 X染色體InDel

    X染色體全長150 Mb,擁有1 100個基因,約占人類基因組的5%,2005年由ROSS等[43]完成了其測序工作,為X染色體遺傳標(biāo)記的研究奠定了基礎(chǔ)。近年來,隨著常染色體InDel遺傳標(biāo)記被學(xué)者們發(fā)掘和應(yīng)用,針對X-InDel位點也有了系列研究。2009年,EDELMANN等[44]構(gòu)建了包含26個X-InDel的體系用于親權(quán)關(guān)系鑒定,并證實了其在混合人群中可以獲得準(zhǔn)確的親權(quán)鑒定結(jié)果,在三聯(lián)體研究中位點突變率低、遺傳穩(wěn)定。2012年,PEREIRA等[45]從 dbSNP和Marshfield二等位基因InDel數(shù)據(jù)庫中獲得非洲、歐洲和亞洲主要人群中多態(tài)性程度高的32個X-InDel,建立多重復(fù)合擴增體系檢測撒哈拉以南的非洲、歐洲和東亞人群樣本的遺傳數(shù)據(jù),將位點中連鎖的部分按照單倍型計算,在男性及女性中的累積個體識別率均在0.999 9以上,二聯(lián)體平均非父排除率在0.998~0.9996,三聯(lián)體平均非父排除率在0.99997~0.999998。CAPUTO等[46]用33個X-InDel的多重復(fù)合擴增體系在阿根廷人群中也做了類似的研究。2014年,孫寬等[47]建立了三種熒光染料標(biāo)記的18個InDel的擴增體系——X-18PLEX,用于中國漢族人群法醫(yī)DNA鑒定的輔助分型檢測。

    X-InDel可用于人類進化研究。2009年,RIBEIRORODRIGUES等[48]同時分析13個X-InDel的多重擴增體系,評估巴西混合人群X染色體的組成,結(jié)果與基于mtDNA和Y染色體信息的分析[49]吻合。2010年,F(xiàn)REITAS等[50]在上述13個X-InDel基礎(chǔ)上增加了20個多態(tài)性高的X-InDel,構(gòu)建了新的多重復(fù)合擴增體系,新增加位點在歐洲、非洲和亞洲人群中的平均雜合度均在0.3以上,用其對巴西混合人群進行分型,在男性和女性的累積個體識別率均達0.999 9以上,三聯(lián)體累積非父排除率達0.9999以上,二聯(lián)體累積非父排除率為0.999 2,體系中33個InDel位點在實驗中表現(xiàn)出的系統(tǒng)效能與文獻[51]報道的10個XSTR的效能相當(dāng),并且可以作為父女關(guān)系鑒定中XSTR突變情況下的補充鑒定標(biāo)記。

    女性的兩條X染色體在減數(shù)分裂時容易發(fā)生鄰近染色體的片段交換,導(dǎo)致等位基因緊密連鎖的單倍型傳遞[52]。有研究[53]報道,穩(wěn)定的緊密連鎖X-STR在解決親權(quán)鑒定時,通過單倍型頻率能夠獲得更高的法醫(yī)學(xué)應(yīng)用效能。據(jù)此,為了提高二等位基因InDel遺傳標(biāo)記的個體識別能力,F(xiàn)AN等[54]開始研究緊密連鎖的X-InDel在法醫(yī)遺傳學(xué)中的應(yīng)用潛能,將多于兩個物理位置緊密連鎖的InDel作為一個新位點,能通過一對PCR引物擴增,這種新位點至少有三種單倍型形式,共選取10個緊密連鎖的X-InDel用千人基因組數(shù)據(jù)庫分析其潛能并在中國人群中調(diào)查單倍型頻率,多態(tài)信息含量在0.415~0.566,所有位點經(jīng)Bonferroni校正后均符合Hardy-Weinberg平衡。該研究中選取的這些位點被證明相對于傳統(tǒng)的單個InDel位點擁有更高的多態(tài)性,可以作為個體識別和親權(quán)關(guān)系研究的一種有力檢測工具。同年,F(xiàn)AN等[55]將緊密連鎖的X-InDel增至13個,為復(fù)雜親緣關(guān)系鑒定提供了新的補充手段。

    2.3 Y染色體InDel

    Y染色體僅存在于男性體細(xì)胞中,約95%的區(qū)域為非重組區(qū),具有在減數(shù)分裂中不發(fā)生交換重組,單倍型傳遞和父系伴性遺傳等特點。早在1997年,JOBLING等[56]就綜合論述了Y染色體在法醫(yī)學(xué)和親權(quán)關(guān)系鑒定中的研究價值。1999年,SU等[57]采用Y染色體二等位基因遺傳標(biāo)記觀察東亞人群的遺傳結(jié)構(gòu),用存在于目前東亞人群中的Y染色體單倍型重建該區(qū)域古代移民模式。2001年,KARAFET等[58]檢測位于亞洲東南部、東北部、中部地區(qū)的25個群體1383名無關(guān)男性Y染色體非重組區(qū)的52個多態(tài)性位點來闡釋東亞人群的父系人群歷史。2002年,Y染色體聯(lián)合工作組[59]公布了一個簡約的Y染色體單倍群樹,應(yīng)用245個二等位基因遺傳標(biāo)記將全球具有代表性的樣本劃分為153個單倍群,首次修訂了標(biāo)準(zhǔn)的命名系統(tǒng),并用標(biāo)準(zhǔn)命名系統(tǒng)對現(xiàn)有的突變情況和Y染色體單倍群進行命名,為父系人群的溯源研究提供基礎(chǔ)支撐。2003年,JOBLING等[60]補充和發(fā)展了Y染色體單倍群樹,應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)的命名系統(tǒng)整合來自不同研究的多態(tài)性數(shù)據(jù),將Y染色體DNA變異數(shù)據(jù)應(yīng)用于人類進化研究。2008年,KARAFET等[61]在JOBLING等研究的基礎(chǔ)上補充了Y染色體單倍群樹,主要介紹S和T兩個主要的新單倍群,并且按照2002年Y染色體聯(lián)合工作組給出的命名系統(tǒng)進行命名,對原有的幾處進行了修改并對新Y染色體樹的主要分支進行描述。2008年至今,研究者相繼增加Y染色體二等位基因遺傳標(biāo)記來補充和修訂已有的單倍群樹[62-64]。

    2010年,MIZUNO等[65]從日本四個主要群島和沖繩收集1 346名男性個體同時檢測7個Y染色體二等位基因遺傳標(biāo)記并根據(jù)檢測結(jié)果將其分為7個單倍群,結(jié)果表明,這些數(shù)據(jù)對基于Y-STR單倍型的單倍群的預(yù)測是有用的,可以作為始祖和地理起源研究的輔助遺傳標(biāo)記,Y染色體二等位基因遺傳標(biāo)記為人類遺傳歷史剖析提供了新的視野。2015年,LI等[6]應(yīng)用71個Y染色體二等位基因遺傳標(biāo)記的復(fù)合擴增體系分析中國新疆漢族人群無關(guān)個體,單倍型多樣性達到0.9930,具有法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價值。

    綜上所述,學(xué)者們利用大量的Y染色體二等位基因遺傳標(biāo)記建立了較為系統(tǒng)的人類Y染色體單倍群樹,為家系溯源及系譜重建等研究提供了線索。

    3 InDel遺傳標(biāo)記的研究方法

    InDel遺傳標(biāo)記是基于基因組中插入或缺失位點兩側(cè)的序列設(shè)計特異性引物進行PCR擴增,目前標(biāo)準(zhǔn)的檢測手段是電泳分型技術(shù),包括瓊脂糖凝膠電泳、變性或非變性聚丙烯酰氨凝膠電泳以及毛細(xì)管電泳,其中DNA實驗室主要使用的是基于PCR和毛細(xì)管電泳技術(shù)分型,該平臺操作簡單、快捷,結(jié)果分析準(zhǔn)確[10],但是隨著法醫(yī)遺傳學(xué)技術(shù)的不斷優(yōu)化和發(fā)展,使InDel遺傳標(biāo)記的研究方法不僅局限于此,國內(nèi)外學(xué)者逐漸開始探索InDel遺傳標(biāo)記的不同研究方法。

    2016年,BUS等[66]用焦磷酸測序的方法檢測8個存在于Investigator?DIPplex試劑盒中的位點,研究焦磷酸測序技術(shù)用于遺傳標(biāo)記研究的使用價值,檢測結(jié)果與Investigator?DIPplex試劑盒的毛細(xì)管電泳結(jié)果進行比對,兩種分型方法得出的結(jié)果一致,經(jīng)最優(yōu)化標(biāo)記處理,焦磷酸測序技術(shù)復(fù)合體系可同時擴增5個InDel位點得到最佳效果,相對于STR分型,焦磷酸測序可以得到位點的序列信息,為一些實際應(yīng)用提供了低成本、高收益的替代方法,但對于混合樣本的檢測效能還有待進一步研究。2017年,LIU等[67]采用InDel位點的兩對特異性引物進行擴增,利用實時熒光定量技術(shù)檢測,探討法醫(yī)學(xué)案件中遇到的混合檢材的分析方法。該研究選取最小等位基因頻率在0.2以上的10個InDel位點,用上述方法定量分析兩個反應(yīng)的Ct值并進行比較,此方法可成功檢測1∶1 000~1∶50范圍內(nèi)的混合樣本中較小DNA貢獻者,實驗表明,基于實時熒光定量PCR技術(shù)的分離擴增策略為混合樣本的檢測提供了一種有力的方法。2017年,SANTURTUN等[68]應(yīng)用微滴式數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)分析檢測造血干細(xì)胞移植的嵌合體樣本和模擬混合樣本來評估該方法的識別效能及靈敏度。實驗證明,使用ddPCR分析單個InDel位點來評估嵌合體的概率與擴增15個STR基因座和38個InDel位點得到的計算結(jié)果相似,同時,ddPCR檢測單個InDel位點擴增結(jié)果的靈敏度很高,檢測混合樣本的效能可以達到200∶1以上,該方法可以作為檢測法醫(yī)學(xué)混合樣本和臨床嵌合體樣本的有力工具。

    隨著二代測序技術(shù)的出現(xiàn)和迅猛發(fā)展,測序過程的低成本和高通量極大地促進了生物信息學(xué)的研究。如何在海量的測序數(shù)據(jù)中進行InDel遺傳標(biāo)記與結(jié)構(gòu)變異的識別和分析為生物信息學(xué)研究提出了新的挑戰(zhàn)。2017年,KIM等[69]針對如何從二代測序結(jié)果中準(zhǔn)確分辨出InDel數(shù)據(jù),提出應(yīng)用四種識別算法[Genome Analysis Toolkit(GATK)、SAMtools、Dindel和 Freebayes]分析經(jīng)二代測序技術(shù)獲得的全基因組序列中的InDel位點,并用Sanger測序法對四種算法得出的結(jié)果進行確認(rèn)。研究表明,四種方法結(jié)合使用對InDel位點的陽性預(yù)測率可高達98.7%,這項研究可以作為準(zhǔn)確和完整識別InDel位點的基礎(chǔ)。2017年,AU等[70]針對二代測序中的復(fù)雜InDel容易被漏檢的特點,提出并評估了INDELseek的方法,用于從二代測序數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)復(fù)雜的InDel位點,實踐證實,INDELseek對復(fù)雜InDel的檢測有100%的敏感度,可以作為準(zhǔn)確而通用的工具。以上研究起到了優(yōu)化實驗方法的作用,為遺傳標(biāo)記的研究提供了有力的技術(shù)支持。

    4 小 結(jié)

    綜上所述,InDel遺傳標(biāo)記作為一種新型遺傳標(biāo)記已經(jīng)引起各個領(lǐng)域的關(guān)注,彌補了STR和SNP遺傳標(biāo)記的不足,兼容于目前標(biāo)準(zhǔn)的法醫(yī)DNA實驗室分型平臺,為法醫(yī)遺傳學(xué)的個體識別和親子鑒定提供了一種有力的補充檢測手段,并且為法醫(yī)人類學(xué)的群體結(jié)構(gòu)和祖先信息研究提供了一種有效的輔助工具[71]。盡管如此,InDel位點作為二等位基因遺傳標(biāo)記所攜帶的信息量有限,要達到足夠的系統(tǒng)效能需要聯(lián)合應(yīng)用的位點數(shù)量較多,也增加了構(gòu)建多重復(fù)合擴增體系的難度。鑒于此,目前已有緊密連鎖multi-InDel遺傳標(biāo)記的研究,進一步提高了遺傳分析效能。人類基因組InDel遺傳標(biāo)記在不同人群中的法醫(yī)DNA基礎(chǔ)遺傳數(shù)據(jù)需要進一步補充,為實際案件的應(yīng)用提供理論支撐。DNA實驗室新技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展,也將為InDel的研究及應(yīng)用帶來新的機遇,在法醫(yī)遺傳學(xué)、人類學(xué)等領(lǐng)域發(fā)揮更大的作用。

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