延邊地區(qū)朝鮮族15個(gè)常染色體STR基因座的遺傳多態(tài)性

（延邊大學(xué)醫(yī)學(xué)院，吉林 延吉 133002）

短串聯(lián)重復(fù)（short tandem repeat，STR）序列是繼限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）之后的第二代遺傳標(biāo)記，廣泛存在于人類(lèi)基因組中[1]，目前已廣泛應(yīng)用于法醫(yī)遺傳學(xué)、法醫(yī)物證學(xué)、人類(lèi)學(xué)等各個(gè)領(lǐng)域。本研究采用AmpF?STR?Identifiler?Plus熒光標(biāo)記復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)對(duì)吉林省延邊地區(qū)朝鮮族人群的15個(gè)常染色體STR基因座進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)和基因頻率調(diào)查，獲得的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)可為法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別、親子鑒定和遺傳學(xué)研究提供依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣本

延邊大學(xué)附屬醫(yī)院提供的224份延邊地區(qū)朝鮮族無(wú)血緣關(guān)系個(gè)體的靜脈抗凝血樣（均知情同意）。Chelex?100螯合樹(shù)脂購(gòu)自美國(guó)BIO-RAD公司，AmpF?STR? Identifiler? Plus PCR擴(kuò)增試劑盒、VeritiTM熱循環(huán)儀、310基因分析儀購(gòu)自美國(guó)AB公司。

1.2 方法

采用Chelex-100法[2]提取DNA。按照AmpF?STR?Identifiler?Plus PCR擴(kuò)增試劑盒使用手冊(cè)中的方法對(duì)15個(gè)常染色體STR基因座進(jìn)行PCR復(fù)合擴(kuò)增，并配置電泳體系，然后在310基因分析儀上進(jìn)行電泳和分型，應(yīng)用Genetyper 3.7軟件分析所有樣本15個(gè)常染色體STR基因座的基因型。

1.3 數(shù)據(jù)處理

應(yīng)用 Modified-Powerstates、GenAlEx 6.502 軟件計(jì)算15個(gè)常染色體STR基因座的等位基因頻率、基因型頻率以及雜合度（heterozygosity，H）、個(gè)體識(shí)別率（discrimination power，DP）、多態(tài)信息含量（polymorphic information content，PIC）、二聯(lián)體非父排除率（probability of exclusion of duo-testing，PEduo）、三聯(lián)體非父排除率（probability of exclusion of trios-testing，PEtrio）等群體遺傳學(xué)參數(shù)[3]，用χ2檢驗(yàn)觀察基因型的觀察值和期望值是否符合Hardy-Weinberg平衡定律。

利用在線(xiàn)軟件SHEsis對(duì)基因座進(jìn)行配對(duì)連鎖不平衡（linkage disequilibrium，LD）分析，計(jì)算15個(gè)常染色體STR基因座兩兩之間的D’值及r2數(shù)據(jù)[4-7]。

2 結(jié) 果

224例延邊地區(qū)朝鮮族無(wú)關(guān)個(gè)體15個(gè)常染色體STR基因座中共檢出157種等位基因，等位基因頻率分布見(jiàn)表1。15個(gè)常染色體STR基因座的H、DP、PIC、PE等群體遺傳學(xué)參數(shù)見(jiàn)表2。

表1 15個(gè)常染色體STR基因座在延邊地區(qū)朝鮮族人群中的等位基因頻率分布 （n=224）

續(xù)表1

表2 15個(gè)常染色體STR基因座在延邊地區(qū)朝鮮族人群中的群體遺傳學(xué)參數(shù)（n=224）

經(jīng)連鎖不平衡檢驗(yàn)，15個(gè)常染色體STR基因座相互之間的D’值為0.131～0.275，r2為0.003～0.013，說(shuō)明基因座之間連鎖平衡，在累積概率的計(jì)算中可以使用概率乘法定律進(jìn)行計(jì)算。15個(gè)常染色體STR基因座的累積個(gè)體識(shí)別率大于0.999999999，累積二聯(lián)體非父排除率為0.999999541，累積三聯(lián)體非父排除率為0.999999999。

經(jīng)χ2檢驗(yàn)，15個(gè)常染色體STR基因座中，除D7S820外的等位基因頻率分布均符合Hardy-Weinberg平衡（P＞0.05）。

3 討 論

遺傳標(biāo)記的多態(tài)性程度及其應(yīng)用價(jià)值通常用H、DP、PIC、PE等指標(biāo)來(lái)衡量[8-10]。本研究中15個(gè)常染色體STR基因座的遺傳多態(tài)性結(jié)果顯示：H為0.625～0.866，除了D7S820、TH01、TPOX之外，均具有較高的遺傳特性（H＞0.7）[11]；PIC為0.574～0.853；DP為0.800～0.966，累積個(gè)體識(shí)別率大于 0.999 999 999；PEduo為0.198～0.577，累積二聯(lián)體非父排除率為0.999999541；PEtrio為0.359～0.734，累積三聯(lián)體非父排除率為0.999 999 999。D7S820基因座的等位基因頻率分布不符合Hardy-Weinberg平衡（P＜0.05），考慮主要與該基因座等位基因在朝鮮族群體中分布不均勻有關(guān)。

與其他中國(guó)朝鮮族群體的研究報(bào)道[12-13]進(jìn)行比較，本研究中D16S539的等位基因16、17，D18S51的等位基因12.2、13.2，D2S1338的等位基因28，D7S820的等位基因5，D3S1358的等位基因10，D8S1179的19、20，在上述報(bào)道中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)，說(shuō)明本研究結(jié)果可為中國(guó)朝鮮族15個(gè)常染色體STR基因座遺傳多態(tài)性數(shù)據(jù)的完善提供數(shù)據(jù)資料，在法醫(yī)學(xué)鑒定實(shí)踐中具有一定的意義。