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    微小核糖核酸在肺部感染性疾病診斷中的研究進(jìn)展

    2018-02-11 00:04:19蔣國路李奉玲陳小菊
    關(guān)鍵詞:肺結(jié)核調(diào)控小鼠

    蔣國路,李奉玲,寧 東,張 靜,陳小菊

    (1.川北醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院呼吸內(nèi)科,四川 南充 637000;2.川北醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院護(hù)理部,四川 南充 637000;3.川北醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院胸心外科,四川 南充 637000;4.川北醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院骨外科,四川 南充 637000)

    微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一類長度約21~25個核苷酸的小型非編碼核糖核酸[1-3]。miRNA在轉(zhuǎn)錄后水平作用于信使核糖核酸(messenger RNA,mRNA),通過裂解或抑制mRNA翻譯來調(diào)控蛋白質(zhì)表達(dá)水平,miRNA參與人類生命活動中一系列重要的生物學(xué)過程,不僅在細(xì)胞分化、增殖、器官發(fā)育過程中起著重要作用,也在疾病的發(fā)生、發(fā)展過程中扮演著重要角色,為人類疾病的診斷和治療提供了重要的生物學(xué)標(biāo)志物[4]。研究表明,miRNA在感染性疾病的免疫調(diào)控及腫瘤細(xì)胞分化、浸潤、轉(zhuǎn)移等生理病理過程中發(fā)揮著重要作用[5-6]。miRNA與肺部感染的發(fā)生、發(fā)展及預(yù)后有密切的關(guān)系[7],雖然目前仍有許多問題需要進(jìn)一步探索,但可以肯定的是,miRNA將會對肺部感染性疾病的發(fā)病機(jī)制、臨床診斷、治療及預(yù)后評估產(chǎn)生重大影響,具有很好的應(yīng)用前景。本文就miRNA的發(fā)現(xiàn)、生物學(xué)特征與功能以及miRNA與不同病原體引起的肺部感染性疾病的研究進(jìn)展作一綜述。

    1 miRNA的生物學(xué)特征與功能

    1.1 miRNA的發(fā)現(xiàn)1993年 LEE等[8]首次在秀麗隱桿線蟲體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了非編碼蛋白的lin-4,直至有研究者在線蟲體內(nèi)發(fā)現(xiàn)第2個miRNA let-7,發(fā)現(xiàn)二者可以調(diào)節(jié)線蟲的生長發(fā)育,隨后的研究在動物、植物及微生物中也發(fā)現(xiàn)了miRNA的存在,miRNA通過調(diào)節(jié)其靶基因mRNA轉(zhuǎn)錄后表達(dá),從而實(shí)現(xiàn)對生物生命活動的調(diào)節(jié)[9]。研究顯示,miRNA-155可介導(dǎo)早期炎癥反應(yīng),通過作用于多個靶點(diǎn),在不同的時機(jī)發(fā)揮調(diào)控T細(xì)胞亞群的作用[10]。截至2015年,已發(fā)現(xiàn)2 800多種miRNA,其中2 500多種為成熟的人編碼miRNA。miRNA主要通過與靶mRNA分子3′端非編碼區(qū)域進(jìn)行不完全或完全配對,對靶mRNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,在細(xì)胞的發(fā)育、增殖、凋亡以及腫瘤、感染等多種病理生理過程中起重要作用[11-15]。

    1.2 miRNA的生物學(xué)特征miRNA具有細(xì)胞和組織特異性、高度保守性、表達(dá)時序性等顯著特征,特定的miRNA表達(dá)在特定的組織細(xì)胞中,通過作用于特定的mRNA使蛋白質(zhì)表達(dá)發(fā)生變化,從而調(diào)控基因表達(dá)。PETROVIC等[16]研究發(fā)現(xiàn),miRNA-21在侵襲性乳腺癌中高表達(dá);王云生等[17]研究發(fā)現(xiàn),miRNA-221/222在甲狀腺癌中高度表達(dá);閆攀登等[18]研究發(fā)現(xiàn),14q32 miRNA基因簇在肝炎病毒感染、肝癌發(fā)生及發(fā)展過程中發(fā)揮重要作用。miRNA具有高度保守性,故針對不同的生物,miRNA具有相同的調(diào)節(jié)機(jī)制。研究顯示,let-7在不同生物之間具有高度保守性[19]。TESFAYE等[20]通過對牛卵母細(xì)胞miRNA的研究發(fā)現(xiàn),其在不成熟和成熟的卵母細(xì)胞中的表達(dá)有顯著差異,且胚胎發(fā)育的不同時期miRNA的表達(dá)有顯著差異,體現(xiàn)了miRNA表達(dá)的時序性特點(diǎn)。由此可見,在生物發(fā)育的不同時期,miRNA通過作用于不同的基因片段,調(diào)節(jié)相應(yīng)功能蛋白的表達(dá),從而調(diào)節(jié)生物的生長發(fā)育。通過對miRNA的進(jìn)一步研究,有望為治療遺傳相關(guān)性疾病提供重要的思路。

    1.3 miRNA的功能miRNA在早期胚胎發(fā)育、細(xì)胞增殖、凋亡和壞死等過程中發(fā)揮著重要的作用。最早LEE等[8]發(fā)現(xiàn),miRNA可以通過與靶 mRNA的一個3′端非翻譯區(qū)序列進(jìn)行互補(bǔ),來調(diào)節(jié)線蟲后期的胚胎發(fā)育。ZHU等[21]對秀麗隱桿線蟲的研究發(fā)現(xiàn),含有l(wèi)in-4突變體的蠕蟲比不含有l(wèi)in-4突變體的蠕蟲壽命顯著縮短;進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),lin-4可以調(diào)節(jié)秀麗隱桿線蟲的脂肪積累和運(yùn)動,通過介導(dǎo)活性氧族的活性來控制線蟲的壽命。劉燕等[22]研究發(fā)現(xiàn),通過抑制miRNA-101表達(dá)可促進(jìn)結(jié)直腸癌SW480細(xì)胞增殖,將細(xì)胞生長周期阻滯于S期,抑制細(xì)胞凋亡,從而參與結(jié)直腸癌的發(fā)生和進(jìn)展。CHEN等[23]研究顯示,miRNA-145可以抑制癌細(xì)胞的發(fā)生。徐馳等[24]進(jìn)一步證實(shí),上調(diào)肺癌細(xì)胞系A(chǔ)549細(xì)胞中miRNA-145的表達(dá),可將A549細(xì)胞生長周期阻滯于S期,使細(xì)胞凋亡增加,增殖減緩,提示miRNA-145有望成為肺癌靶向治療的調(diào)控效應(yīng)靶點(diǎn)。此外,一些研究表明,miRNA在感染性疾病的生理、病理過程中同樣發(fā)揮著重要作用,其參與了炎癥反應(yīng)及免疫調(diào)控過程,針對不同病原菌的感染,miRNA表達(dá)譜有明顯差異[25]。由此可見,對于感染性疾病,有望通過對miRNA表達(dá)譜的分析,為臨床鑒別病原體種類提供重要參考,從而指導(dǎo)臨床醫(yī)生進(jìn)行針對性抗感染治療。

    2 miRNA與肺炎

    2.1 miRNA與細(xì)菌性肺炎ABD-EL-FATTAH等[26]通過對25例細(xì)菌性肺炎患者與健康人群對比發(fā)現(xiàn),肺炎患者血清中miRNA-21、miRNA-155、miRNA-197表達(dá)水平明顯升高。王慧娟[27]通過對118例膿毒癥患者的血清miRNA進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),在膿毒癥階段,miRNA-5774-5p與急性生理和慢性健康評分聯(lián)合對預(yù)測膿毒癥患者的病死率有較高的敏感性和特異性,miRNA-122在膿毒癥感染過程中與凝血功能紊亂相關(guān),其中與抗凝血酶Ⅲ高度負(fù)相關(guān)。GRISS等[28]研究發(fā)現(xiàn),miRNA-146a作為一個調(diào)節(jié)因子,參與了肺炎球菌誘導(dǎo)宿主巨噬細(xì)胞激活的過程,它的誘導(dǎo)依賴于細(xì)菌結(jié)構(gòu)的完整性,通過完全抑制阻斷 Toll樣受體 2(toll-like receptor 2,TLR-2)或消耗自身的中介因子myD88,從而抑制TLR-2的下游介質(zhì)白細(xì)胞介素-1受體相關(guān)激酶和白細(xì)胞介素-6受體相關(guān)激酶以及炎癥因子環(huán)氧合酶-2和白細(xì)胞介素-1β,誘導(dǎo)了一個負(fù)反饋通路,抑制過度炎癥反應(yīng)。炎癥反應(yīng)可促進(jìn)機(jī)體對入侵病原微生物的清除以及組織細(xì)胞的修復(fù),然而過度的炎癥反應(yīng)會加重組織損傷。上述研究提示,miRNA在感染性疾病中對炎癥反應(yīng)調(diào)節(jié)有重要意義,對感染性疾病的早期診斷、治療及預(yù)后評估有一定的研究價值。

    2.2 miRNA與病毒性肺炎的關(guān)系WANG等[29]研究發(fā)現(xiàn),呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus pneumonia,RSV)感染人體后會引起轉(zhuǎn)運(yùn)核糖核酸(transfer ribonucleic acid,tRNA)裂解,導(dǎo)致大量的轉(zhuǎn)運(yùn)核糖核酸源性小片段(transfer ribonucleic acidderived fragments,tRFs)產(chǎn)生,進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),tRFs是重要的生物分子,調(diào)控RSV的復(fù)制,該研究首次報道了tRFs在病毒復(fù)制中的作用。這項(xiàng)研究還提供了一個潛在的治療靶點(diǎn),即通過調(diào)控tRNA的表達(dá)來控制RSV的復(fù)制。TAN等[30]通過建立小鼠流行性感冒(簡稱流感)病毒性肺炎的模型,研究小鼠患流感病毒性肺炎后肺損傷及組織再生過程中miRNA的表達(dá)變化,通過給予亞致死劑量流感病毒感染小鼠肺部后,分別在感染后第7天和第15天取小鼠的肺組織,研究結(jié)果顯示,與小鼠正常肺組織提取液比較,感染第7天小鼠肺組織提取液中miRNA-290和miRNA-505的表達(dá)明顯升高,感染第15天小鼠肺組織提取液中l(wèi)et-7、miRNA-21及miRNA-30的表達(dá)明顯升高,提示特異性miRNA與修復(fù)相關(guān)基因功能高度相關(guān)。miRNA不僅參與了組織細(xì)胞損傷修復(fù)過程,還參與了組織細(xì)胞增殖和維持干細(xì)胞的激活與抑制狀態(tài),在肺損傷修復(fù)過程中有重要意義,為流感病毒致肺損傷提供了修復(fù)策略。NUR等[31]對中東冠狀病毒的研究表明,開放閱讀框編碼的復(fù)制酶蛋白基因在病毒感染中起重要作用,病毒的活性可以通過 RNA干擾(RNA interference,RNAi)技術(shù)控制(一種主要以序列特異性方式使轉(zhuǎn)錄后基因沉默的方法),因此,有望通過進(jìn)一步研究設(shè)計一個潛在的RNAi[miRNA和小干擾RNA(small interfering RNA,siRNA)]分子模型,去沉默各自的靶基因,抑制病毒復(fù)制,從而治療冠狀病毒感染。張少波[32]對甲型流感病毒H7N9的研究表明,miRNA let-7e可能作為炎癥抑制因子調(diào)控甲型流感病毒血凝素誘導(dǎo)的炎癥應(yīng)激反應(yīng)。薛文仲[33]建立了2個甲型H1N1流感病毒小鼠模型,發(fā)現(xiàn)miRNA數(shù)量及表達(dá)情況隨著小鼠肺部炎癥程度的增加均發(fā)生變化,不同毒株引起的miRNA變化情況也不相同,研究結(jié)果證實(shí)了宿主miRNA的表達(dá)變化參與了流感病毒介導(dǎo)的肺部炎癥的免疫損傷;對取得關(guān)聯(lián)miRNA的靶基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),它們主要通過抑制或激活細(xì)胞信號通路來調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)。這些研究顯示,miRNA在病毒的侵襲感染、復(fù)制、機(jī)體對病毒的免疫應(yīng)答等方面有重要調(diào)控作用,不同的miRNA通過作用于不同的基因片段,調(diào)控感染后的炎癥應(yīng)激反應(yīng)。故在以后的研究過程中,有望通過針對性調(diào)節(jié)miRNA的表達(dá)來調(diào)控病毒介導(dǎo)的肺部炎癥的免疫損傷,以及通過對病毒靶向基因片段的研究,為以后臨床基因靶向治療提供較可靠的靶miRNA。

    2.3 miRNA與真菌性肺炎陳菲[34]通過誘導(dǎo)小鼠免疫缺陷建立煙曲霉菌肺炎模型,通過高通量深度測序的方法,分析3對免疫缺陷小鼠侵襲性肺曲霉?。╥nvasive pulmonary aspergillosis,IPA)肺組織中和配對的免疫缺陷小鼠非IPA肺組織中miRNA的表達(dá)情況,發(fā)現(xiàn)有23個miRNA的表達(dá)差異有統(tǒng)計學(xué)意義,其中8個miRNA的差別大于2倍,包括6個表達(dá)上調(diào)的 miRNA(mmu-miRNA124-3p、mmumiRNA21a-3p、 mmu-miRNA29c-5p、 mmu-miRNA3473b、mmu-miRNA3473e、mmu-let-7b-3p)和 2個表達(dá)下調(diào)的 miRNA(mmu-miRNA150-3p、mmu-miRNA5.3-5p),該研究進(jìn)一步闡明了IPA感染過程中的分子機(jī)制,為IPA的早期診斷及評估病情變化提供了依據(jù)。MUHAMMAD等[35]對感染了白色念珠菌的患者在治療前提取呼吸道上皮組織,研究發(fā)現(xiàn),與正常呼吸道上皮組織比較,被白色念珠菌感染的呼吸道上皮組織miRNA-16-1表達(dá)水平明顯增加,而miRNA-17-3p表達(dá)水平明顯下降;進(jìn)一步對miRNA的靶基因分析表明,念珠菌感染機(jī)體后,機(jī)體許多重要的生物學(xué)途徑均受到了影響。馬寧[36]通過對煙曲霉菌活化的CD4+T細(xì)胞miRNA表達(dá)譜的檢測及功能研究發(fā)現(xiàn),在煙曲霉菌提取物活化的CD4+T細(xì)胞中miRNA-142-3P表達(dá)下調(diào),其可以通過上調(diào)西羅莫司不敏感靶向蛋白的表達(dá),引起γ干擾素分泌增多,從而可以增強(qiáng)機(jī)體對抗真菌的防御反應(yīng)。目前,用于檢測侵襲性真菌感染的分子標(biāo)志物主要有1,3-β-D-葡聚糖抗原和半乳甘露聚糖抗原,但這2種標(biāo)志物缺乏特異性、敏感性。目前臨床診斷肺真菌病必須綜合考慮宿主因素、臨床特征、影像學(xué)、微生物學(xué)檢查及組織病理學(xué)資料。上述研究結(jié)果顯示,miRNA在真菌性肺炎的診斷方面可能提供幫助,通過測定miRNA表達(dá)水平的差異協(xié)助判斷真菌的種類,為臨床靶向治療提供依據(jù),并有望通過調(diào)控相應(yīng)miRNA的表達(dá)水平而調(diào)節(jié)機(jī)體對真菌感染的防御能力,提高治愈率,為進(jìn)一步探尋真菌感染的發(fā)病機(jī)制及感染后病理生理改變提供重要參考價值。

    3 miRNA與肺結(jié)核

    3.1 miRNA在潛伏性肺結(jié)核疾病診斷中的價值MENG等[37]對結(jié)核分枝桿菌感染的U937巨噬細(xì)胞進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),miRNA可以通過調(diào)控?zé)嵝菘说鞍?6.3的表達(dá)來影響巨噬細(xì)胞對結(jié)核分枝桿菌的免疫應(yīng)答,使結(jié)核分枝桿菌能夠持續(xù)存在于巨噬細(xì)胞內(nèi)。WANG等[38]通過對比潛伏性肺結(jié)核患者與健康人的血清樣本發(fā)現(xiàn),hsa-miRNA-130a*、hsa-miRNA-493*、hsa-miRNA-520d-3p、hsa-miRNA-661在潛伏性肺結(jié)核患者血清中表達(dá)明顯增高,hsa-miRNA-296-5p在健康人血清中表達(dá)明顯升高。CHEN等[39]研究發(fā)現(xiàn),結(jié)核分枝桿菌能通過誘導(dǎo)miRNA-30a抑制自噬來抑制結(jié)核分枝桿菌在巨噬細(xì)胞內(nèi)的清除,逃避巨噬細(xì)胞的免疫監(jiān)視。此外,肺結(jié)核患者血清miRNA的表達(dá)水平與痰涂片陽性程度呈正相關(guān),痰涂片陽性的肺結(jié)核患者在抗結(jié)核治療之后,血清miRNA-30a表達(dá)下降。因此,miRNA-30a有望成為早期診斷肺結(jié)核的分子標(biāo)志物,為發(fā)現(xiàn)抗結(jié)核治療的新靶點(diǎn)以及監(jiān)測抗結(jié)核治療的有效性提供新的方法。

    3.2 miRNA在活動性肺結(jié)核疾病診斷中的價值ZHANG等[40]研究發(fā)現(xiàn),肺結(jié)核患者與健康人相比血清miRNA-155表達(dá)明顯下降,進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),miRNA-155能夠抑制自然殺傷細(xì)胞(natural killer cell,NK)的活性,在肺結(jié)核患者中,miRNA-155的表達(dá)水平與NK細(xì)胞分泌的腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor,TNF)-α水平呈負(fù)相關(guān),miRNA-155可能作為未來抗結(jié)核治療的潛在靶點(diǎn)。WANG等[41]對65個兒童肺結(jié)核患者篩查發(fā)現(xiàn),與未患有肺結(jié)核的兒童比較,患有肺結(jié)核的兒童血清中miRNA-31表達(dá)明顯下降,白細(xì)胞介素-6、TNF-α、TNF-γ及細(xì)胞核因子蛋白表達(dá)明顯升高,在診斷兒童肺結(jié)核miRNA-31以0.835為截點(diǎn)時,敏感性、特異性分別為98.5%、86.9%。同時,ZHANG等[42]對肺結(jié)核、肺炎、肺癌和慢性阻塞性肺疾病患者以及健康人的研究發(fā)現(xiàn),肺結(jié)核組有6個血清miRNA(hsa-miRNA-378、hsa-miRNA-483-5p、hsa-miRNA-22、hsa-miRNA-29c、hsa-miRNA-101和 hsa-miRNA-320b)表達(dá)明顯升高,logistic回歸分析顯示,聯(lián)合這6個miRNA診斷肺結(jié)核的靈敏度和特異性分別為95.0%、91.8%。肺結(jié)核患者miRNA的表達(dá)受結(jié)核感染時患者的體質(zhì)、種族、生活環(huán)境等因素影響很大。BARRY等[43]對中國和澳大利亞新診斷的肺結(jié)核患者的血清樣本分析發(fā)現(xiàn),miRNA-93和miRNA-425在中國肺結(jié)核患者血清中表達(dá)高度穩(wěn)定,miRNA-93、miRNA-221、miRNA-22和 let在澳大利亞肺結(jié)核患者血清中表達(dá)穩(wěn)定,表明miRNA-93最適合用于肺結(jié)核的診斷。同時,ZHANG等[44]對我國維吾爾族和哈薩克族肺結(jié)核患者血清樣本的研究發(fā)現(xiàn),miRNA-499表達(dá)水平在維吾爾族肺結(jié)核患者血清中明顯升高,miRNA-146a和miRNA-196a2在哈薩克族肺結(jié)核患者血清中顯著升高。miRNA不僅在肺結(jié)核患者的血清中表達(dá)有差異,而且在痰液中的表達(dá)也存在差異。YI等[45]研究發(fā)現(xiàn),肺結(jié)核患者痰液中miRNA表達(dá)存在差異性,在與處于穩(wěn)定期的慢性支氣管炎患者痰液的對比發(fā)現(xiàn),miRNA-3179和miRNA-147在肺結(jié)核患者痰液中的表達(dá)明顯升高,miRNA-19b-2*在肺結(jié)核患者痰液中的表達(dá)明顯降低。WU等[46]研究發(fā)現(xiàn),與健康人的血清標(biāo)本比較,miRNA-155和miRNA-155*在活動性肺結(jié)核患者血清中的表達(dá)明顯升高,在接種結(jié)核菌素純蛋白衍生物4 h后健康人血清miRNA-155*表達(dá)水平明顯高于肺結(jié)核患者;在結(jié)核特異性抗原的刺激下,健康人血清miRNA-155*表達(dá)水平明顯升高;故miRNA-155和miRNA-155*有望成為早期診斷活動性肺結(jié)核的生物學(xué)標(biāo)志物。此外,LATORRE等[47]研究發(fā)現(xiàn),與潛伏性肺結(jié)核患者比較,活動性肺結(jié)核患者血清hsa-miRNA-150表達(dá)明顯下降,hsa-miRNA-21、hsa-miRNA-29c表達(dá)明顯增高,這對快速診斷活動性肺結(jié)核有重要價值?;顒有苑谓Y(jié)核患者是結(jié)核傳播的主要來源,早期診斷、早期治療是控制結(jié)核傳播的關(guān)鍵,但目前仍缺乏特異性、敏感性高的檢測方法,進(jìn)一步探尋特異性更高的檢測方法是目前研究的主要方向。

    4 展望

    研究表明,miRNA通過激活或抑制基因轉(zhuǎn)錄來調(diào)控基因表達(dá),其不僅參與了人類生命活動中一系列重要生物學(xué)過程,在多種疾病的病理生理變化發(fā)展中同樣發(fā)揮著十分重要的作用[48-50]。因此,有望通過對血清miRNA表達(dá)譜的分析,發(fā)現(xiàn)血清miRNA表達(dá)水平的變化與疾病之間的關(guān)系,為進(jìn)一步明確疾病發(fā)病機(jī)制及靶向治療提供新的方法[51]。血清miRNA檢測作為一種分子生物學(xué)檢測手段,相比傳統(tǒng)血清相關(guān)指標(biāo)檢測而言具有快速、高效、敏感的優(yōu)點(diǎn),對于提高疾病診斷的準(zhǔn)確性有重要幫助,尤其是對于感染性疾病而言,miRNA的檢測對于確定病原菌、顯示疾病發(fā)展的不同階段、優(yōu)化藥物選擇有重要意義。此外,在疾病治療過程中,通過檢測患者血清miRNA表達(dá)水平的變化,對評估病情進(jìn)展程度及預(yù)后有一定參考價值。然而,雖然大量研究顯示miRNA對于許多疾病的診斷及治療有重要意義,但關(guān)于miRNA參與疾病發(fā)病過程中的病理生理機(jī)制仍有待進(jìn)一步明確,目前仍難以應(yīng)用于臨床實(shí)踐,還需進(jìn)一步探索。

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