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    大白菜花發(fā)育不同時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組研究

    2017-10-10 01:55:23李改珍齊仙惠李梅蘭趙軍良王秀英巫東堂
    關(guān)鍵詞:苯丙成花苯丙氨酸

    李改珍,齊仙惠,李梅蘭,趙軍良,王秀英,巫東堂*

    (1.山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 蔬菜研究所,山西 太原 030031;2.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 園藝學(xué)院,山西 太谷 030801)

    大白菜花發(fā)育不同時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組研究

    李改珍1,2,齊仙惠1,李梅蘭2,趙軍良1,王秀英1,巫東堂1*

    (1.山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 蔬菜研究所,山西 太原 030031;2.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 園藝學(xué)院,山西 太谷 030801)

    [目的]研究大白菜花發(fā)育不同時(shí)期的基因表達(dá)變化,為進(jìn)一步完善成花調(diào)控分子機(jī)理提供依據(jù)。[方法]利用Illumina HiSeq4000測(cè)序平臺(tái)對(duì)大白菜花芽分化1級(jí)和5級(jí)的莖尖生長(zhǎng)點(diǎn)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,比較花發(fā)育過(guò)程基因表達(dá)的差異。[結(jié)果]發(fā)現(xiàn)2 859個(gè)差異表達(dá)基因,且差異表達(dá)基因顯著富集在苯丙素生物合成、苯丙氨酸代謝、黃酮類(lèi)化合物生物合成、脂肪酸延長(zhǎng)和植物晝夜節(jié)律這5條代謝通路上;研究表達(dá)差異倍數(shù)在10倍以上的基因功能,篩選出14個(gè)可能影響大白菜花發(fā)育的新基因。[結(jié)論]大白菜花發(fā)育過(guò)程苯丙素生物合成和苯丙氨酸代謝活動(dòng)有所減弱,而黃酮類(lèi)化合物生物合成、脂肪酸延長(zhǎng)和植物晝夜節(jié)律活動(dòng)有所增強(qiáng);篩選出的14個(gè)基因可能在大白菜花發(fā)育過(guò)程有重要作用,可進(jìn)一步研究。

    大白菜;花發(fā)育;轉(zhuǎn)錄組;成花調(diào)控

    Abstract:[Objective] Studying on the changes of gene expression of flower development at different stages in Chinese cabbage in order to provide the basis for improving the molecular mechanism of flower regulation. [Methods] In order to compare the differences in gene expression during flower development, the transcriptome of shoot apex in flower bud differentiation stage 1 and 5 were sequenced by Illumina HiSeq4000. [Results] 2 859 differentially expressed genes(DEGs) were found, and they were enriched significantly in 5 KEGG pathways such as Phenylpropanoid biosynthesis, Phenylalanine metabolism, Flavonoid biosynthesis, Fatty acid elongation and Circadian rhythm-plant. 14 new genes which maybe have influences on the flower development were selected by studying the function of genes that FC>10. [Conclusion] During the flower development of Chinese cabbage, the metabolic activity of Phenylpropanoid biosynthesis and Phenylalanine metabolism were declined, while Flavonoid biosynthesis, Fatty acid elongation and Circadian rhythm-plant were increased. The 14 selected genes may play an important role in the flower development of Chinese cabbage, which for further study.

    Keywords:Brassicarapasubsp.Pekinensis, Flower development, Transcriptome, Flowering regulation

    大白菜(Brassicarapasubsp.pekinensis)是重要的蔬菜作物之一,以營(yíng)養(yǎng)器官為產(chǎn)品,在晚秋及早春栽培中,先期抽薹會(huì)嚴(yán)重影響產(chǎn)量和品質(zhì),而制種工作則要求植株順利抽薹開(kāi)花,因此,研究大白菜的成花機(jī)理具有重要的理論和實(shí)踐意義。目前對(duì)植物開(kāi)花時(shí)間調(diào)控的理解主要是通過(guò)對(duì)模式植物擬南芥成花的生理學(xué)和遺傳學(xué)研究獲得的,已探明春化、光周期、赤霉素、自主、溫敏和年齡6條成花調(diào)控途徑,克隆到超過(guò)110個(gè)成花基因[1]。近年來(lái)隨著大白菜基因組測(cè)序的完成,成花基因的研究也取得了很大進(jìn)展,大白菜數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)公布的成花基因已有136個(gè),但這些基因多數(shù)為預(yù)測(cè)基因,功能并未得到驗(yàn)證,大白菜成花基因的克隆及功能研究的重點(diǎn)仍只集中在少數(shù)幾個(gè)關(guān)鍵基因上,如延遲開(kāi)花的BrFLC1、BrFLC2、BrFLC3和促進(jìn)開(kāi)花的BrpLFY等[2,3],可見(jiàn)大白菜成花調(diào)控的分子機(jī)理還有待進(jìn)一步研究。

    RNA-Seq技術(shù)能快速檢測(cè)生物組織在特定狀態(tài)下的所有mRNA轉(zhuǎn)錄本,比較不同生長(zhǎng)狀態(tài)下的基因表達(dá)變化[4],從而在差異表達(dá)基因中挖掘到可能導(dǎo)致生長(zhǎng)狀態(tài)不同的關(guān)鍵基因。該技術(shù)已成功應(yīng)用于菊花、龍眼、仁用杏、大巖桐、普通白菜等植物的成花研究[5~9]。大白菜中也有應(yīng)用RNA-Seq技術(shù)的研究[10,11],但將其用于花發(fā)育基因挖掘還未見(jiàn)報(bào)道。本研究擬對(duì)大白菜花發(fā)育不同階段的莖尖生長(zhǎng)點(diǎn)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,比較不同樣品間基因表達(dá)的差異,分析差異表達(dá)基因富集的代謝通路,篩選出與花發(fā)育相關(guān)的基因,以期進(jìn)一步完善大白菜成花調(diào)控的分子機(jī)理。

    1 材料與方法

    1.1 試驗(yàn)材料

    試驗(yàn)材料由山西省農(nóng)科院蔬菜研究所大白菜課題組提供,材料編號(hào)68S,為自交不親和系。分別在花芽分化1級(jí)(V1)和5級(jí)(V2)時(shí)取樣,取樣部位為莖尖生長(zhǎng)點(diǎn),約0.1 g,液氮凍存。花芽分化的分級(jí)標(biāo)準(zhǔn)參照Song[12]對(duì)普通白菜的描述,細(xì)分為0~5級(jí)6個(gè)階段,依次為營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)期、營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)向生殖生長(zhǎng)過(guò)渡期、花原基分化初期、花原基分化盛期、花柄伸長(zhǎng)期和花萼原基分化期,莖端經(jīng)此過(guò)程完成從葉原基到單花器官的分化。

    1.2 RNA提取及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

    將樣品用干冰凍存寄送至北京百邁客生物科技有限公司進(jìn)行RNA提取及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。采用Trizol Reagent提取樣品總RNA,對(duì)質(zhì)檢合格的RNA樣品,用帶有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA;合成第一條cDNA鏈后,加入緩沖液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二條cDNA鏈;純化cDNA,進(jìn)行末端修復(fù)、加A尾并連接測(cè)序接頭;最后通過(guò)PCR富集得到cDNA文庫(kù)。用HiSeq4000進(jìn)行高通量測(cè)序,得到大量原始數(shù)據(jù)(Raw reads)。

    1.3測(cè)序數(shù)據(jù)分析

    過(guò)濾Raw reads后得到Clean reads,利用TopHat2軟件將這些Clean reads與大白菜基因組進(jìn)行序列比對(duì),得到Mapped reads。使用Cufflinks對(duì)基因的表達(dá)水平進(jìn)行定量,以FPKM表示。以表達(dá)差異倍數(shù)FC≥2且錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率FDR<0.01為標(biāo)準(zhǔn),篩選出2份樣品間的差異表達(dá)基因(DEGs),并對(duì)DEGs進(jìn)行統(tǒng)計(jì)及代謝通路分析。通過(guò)GO數(shù)據(jù)庫(kù)和擬南芥數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因功能注釋?zhuān)Y選與花發(fā)育相關(guān)的基因。

    1.4熒光定量PCR驗(yàn)證

    從篩選出的大白菜花發(fā)育相關(guān)基因中選取幾個(gè)基因進(jìn)行熒光定量PCR驗(yàn)證,內(nèi)參基因?yàn)榇蟀撞薃CTIN,用Primer3軟件設(shè)計(jì)特異引物。確保各樣品總RNA為500 ng·μL-1,采用PrimeScript?RT reagent kit (Perfect Real Time) (TaKaRa,DRR037A) 試劑盒合成單鏈cDNA。qRT-PCR使用SYBR?Premix Ex TaqTMⅡ(Tli RNaseH Plus) (TaKaRa,RR820A)試劑盒進(jìn)行,25 μL反應(yīng)體系包含20 ng cDNA。反應(yīng)條件為94 ℃ 3 min;94 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min,35個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min。PCR反應(yīng)在ABI 7500 real-time PCR儀上進(jìn)行,相對(duì)定量采用ΔΔCt法進(jìn)行計(jì)算。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 花發(fā)育過(guò)程差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)

    大白菜花芽分化1級(jí)和5級(jí)樣品測(cè)序得到的Clean reads數(shù)分別為51 790 824條和62 200 282條,Q30堿基百分比均超過(guò)95%,測(cè)序質(zhì)量較好。對(duì)花芽分化1級(jí)和5級(jí)樣品的基因進(jìn)行差異表達(dá)分析(V1_vs_V2),統(tǒng)計(jì)結(jié)果見(jiàn)圖1?;ㄑ糠只?級(jí)與1級(jí)相比,共有2 859個(gè)差異表達(dá)基因,其中表達(dá)上調(diào)的有977個(gè),下調(diào)的有1 882個(gè)。統(tǒng)計(jì)這些差異表達(dá)基因的表達(dá)變化倍數(shù)發(fā)現(xiàn),大部分基因的FC為2~5,有1 575個(gè),占55.1%,其中表達(dá)上調(diào)的有624個(gè),下調(diào)的有951個(gè);FC為5~10和10~100的基因個(gè)數(shù)接近,分別為670個(gè)和588個(gè);FC>100的基因只有26個(gè),不到1%。

    圖1 V1_vs_V2差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)Fig.1 Statistics of DEGs in V1_vs_V2

    2.2 花發(fā)育過(guò)程差異表達(dá)基因代謝通路分析

    為進(jìn)一步解讀基因功能,對(duì)2 859個(gè)大白菜花發(fā)育過(guò)程的DEGs進(jìn)行KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)注釋?zhuān)灿?98個(gè)DEGs注釋到KEGG數(shù)據(jù)庫(kù),其中有615個(gè)能注釋到116條代謝通路上。以Qvalue≤0.05為標(biāo)準(zhǔn),篩選DEGs顯著富集的代謝通路,共5條,統(tǒng)計(jì)見(jiàn)表1。

    排在前3位的代謝通路分別是“苯丙素生物合成”、“苯丙氨酸代謝”和“黃酮類(lèi)化合物生物合成”。苯丙素是具有C6-C3芳香核骨架的一類(lèi)天然化合物的統(tǒng)稱(chēng),包括簡(jiǎn)單苯丙素類(lèi)(如苯丙酸類(lèi)的阿魏酸、苯丙烯類(lèi)的丁香酚、苯丙醛類(lèi)的桂皮醛、苯丙醇類(lèi)的松柏醇等)、香豆素、木質(zhì)素和黃酮類(lèi)等芳香族化合物[13]。苯丙素可由苯丙氨酸和酪氨酸經(jīng)脫氨、羥基化反應(yīng)生成,在植物生長(zhǎng)發(fā)育、花香、著色及逆境抗性等活動(dòng)中有重要作用[14]。

    表1 V1_vs_V2差異表達(dá)基因顯著富集的代謝通路Table 1 Significantly enriched KEGG pathway with DEGs in V1_vs_V2

    注:Q-value為多重假設(shè)檢驗(yàn)校正之后的P-value,Q-value值越大表示DEGs的富集顯著性越可靠。
    Note: Q-value is the P-value after multiple hypothesis testing. The larger the Q-value, the more reliable the enrichment of DEGs.

    本試驗(yàn)中“苯丙氨酸代謝”為下調(diào)基因富集通路,下調(diào)基因占82.0%,其中“苯丙氨酸——苯丙酸”支路包含2個(gè)下調(diào)基因。在“苯丙素生物合成”通路中詳細(xì)介紹了“苯丙氨酸——簡(jiǎn)單苯丙素類(lèi)/香豆素/木質(zhì)素/黃酮類(lèi)化合物”的代謝過(guò)程。其中“苯丙氨酸——香豆素”支路包含1個(gè)上調(diào)基因和9個(gè)下調(diào)基因;“苯丙氨酸——木質(zhì)素”支路包含10個(gè)上調(diào)基因和31個(gè)下調(diào)基因;“苯丙氨酸——黃酮類(lèi)化合物”支路包含1個(gè)上調(diào)基因和2個(gè)下調(diào)基因;此外,“苯丙氨酸——阿魏酸/丁香酚/桂皮醛/松柏醇”等支路也以下調(diào)基因居多??梢?jiàn)在大白菜花發(fā)育時(shí)期苯丙氨酸代謝和苯丙素生物合成過(guò)程都有所減弱。

    “黃酮類(lèi)化合物生物合成”通路以“苯丙素生物合成”為起始,經(jīng)一系列反應(yīng)后生成柑橘素、槲皮素、楊梅素等眾多黃酮類(lèi)化合物,并進(jìn)一步連接“異黃酮生物合成”、“黃酮和黃酮醇生物合成”及“花青素生物合成”等通路。該通路富集的14個(gè)DEGs中有9個(gè)上調(diào)基因,占64.3%,可見(jiàn)在大白菜花發(fā)育時(shí)期黃酮類(lèi)化合物的合成代謝有所增強(qiáng)。

    脂肪酸是植物的基本組份,它們既是細(xì)胞膜脂的主要成分又是重要的能源物質(zhì),還是一些信號(hào)分子的前體,此外還與細(xì)胞識(shí)別和組織免疫等有密切關(guān)系[15]。大白菜花發(fā)育時(shí)期的“脂肪酸延長(zhǎng)”為上調(diào)基因富集的通路,13個(gè)DEGs均發(fā)生上調(diào),說(shuō)明該時(shí)期脂肪酸大量合成。

    晝夜節(jié)律對(duì)調(diào)控植物生理進(jìn)程、環(huán)境響應(yīng)和發(fā)育起著重要作用[16],其中包括對(duì)開(kāi)花進(jìn)程的調(diào)控?!爸参飼円构?jié)律”通路中表達(dá)上調(diào)的DEGs占66.7%,其中包括構(gòu)成生物鐘反饋環(huán)的假應(yīng)答調(diào)節(jié)因子TOC1和PRR5??梢?jiàn)在大白菜花發(fā)育過(guò)程中,晝夜節(jié)律發(fā)揮了重要作用。

    2.3 花發(fā)育相關(guān)基因篩選

    對(duì)2 859個(gè)大白菜花發(fā)育過(guò)程的DEGs進(jìn)行GO數(shù)據(jù)庫(kù)(Gene Ontology)功能注釋?zhuān)灿? 604個(gè)DEGs注釋到2 273個(gè)GO功能節(jié)點(diǎn)。對(duì)這些DEGs進(jìn)行分析,在FC>10的607個(gè)高差異表達(dá)基因中篩選功能描述與花發(fā)育相關(guān)的基因,共151個(gè),包括48個(gè)上調(diào)基因和103個(gè)下調(diào)基因。研究這些基因的擬南芥同源基因的功能(https://www.arabidopsis.org/),有29個(gè)基因的同源基因功能描述與擬南芥成花相關(guān),除去1個(gè)大白菜基因組已公布的開(kāi)花基因Bra007123外,其余28個(gè)基因中有11個(gè)只顯示了在花發(fā)育過(guò)程的表達(dá)時(shí)期,而另17個(gè)則注明了在成花過(guò)程中的具體功能。

    這17個(gè)基因的表達(dá)情況及功能描述統(tǒng)計(jì)見(jiàn)表2。從表中可以看出,Bra013364等前12個(gè)基因的同源基因在擬南芥中參與花器官發(fā)育或促進(jìn)開(kāi)花,本試驗(yàn)中它們?cè)诨òl(fā)育過(guò)程表達(dá)上調(diào),與功能一致;Bra034100的同源基因促進(jìn)擬南芥營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng),延遲開(kāi)花,Bra012010的同源基因抑制擬南芥花芽分化,本試驗(yàn)中這2個(gè)基因在花發(fā)育過(guò)程表達(dá)下調(diào),與功能一致;Bra034640、Bra004509和Bra003478這3個(gè)基因也參與花器官發(fā)育,但本試驗(yàn)中它們?cè)诨òl(fā)育過(guò)程表達(dá)下調(diào),與功能描述不符。推測(cè)Bra013364等14個(gè)基因在大白菜中具有與擬南芥相似的功能,可進(jìn)一步研究。

    表2 花發(fā)育過(guò)程高差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)Table 2 Statistics of high expression change DEGs related to flower development

    2.4 熒光定量PCR驗(yàn)證

    選擇Bra030284、Bra021374和Bra034100基因進(jìn)行熒光定量PCR,結(jié)果見(jiàn)圖2。比較各基因的PCR結(jié)果與表2中的測(cè)序FPKM值,可以看出,二者的變化趨勢(shì)一致且變化倍數(shù)基本相似,表明測(cè)序結(jié)果真實(shí)可靠,也再次說(shuō)明這些基因可能在大白菜花發(fā)育中有著與擬南芥同源基因相似的功能,可深入研究。

    圖2 熒光定量PCRFig.2 qRT-PCR

    3 討論與結(jié)論

    對(duì)大白菜花芽分化1級(jí)和5級(jí)的莖尖生長(zhǎng)點(diǎn)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,比較花發(fā)育前后基因表達(dá)的差異,共發(fā)現(xiàn)2 859個(gè)DEGs,其中表達(dá)上調(diào)的有977個(gè),下調(diào)的有1 882個(gè)。這些DEGs中能注釋到KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的有998個(gè),能注釋到GO數(shù)據(jù)庫(kù)的有2 604個(gè)。

    在大白菜成花轉(zhuǎn)變時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組分析中[17],DEGs顯著富集的前3條KEGG代謝通路為苯丙素生物合成、黃酮類(lèi)化合物生物合成和苯丙氨酸代謝,與本試驗(yàn)一致。苯丙素是花香的主要成分,而黃酮類(lèi)化合物是花、果實(shí)和種子的主要顯色物質(zhì),此外它還能影響花瓣的伸長(zhǎng),促進(jìn)花粉的萌發(fā)[18]。在大白菜花發(fā)育時(shí)期,苯丙氨酸代謝和苯丙素生物合成過(guò)程都有所減弱,而黃酮類(lèi)化合物的合成則有所增強(qiáng),說(shuō)明黃酮類(lèi)化合物雖然作用于花瓣和花粉,但其代謝過(guò)程在花芽分化時(shí)期就已經(jīng)有明顯變化。此外,大白菜花發(fā)育過(guò)程還大量合成脂肪酸,并受到晝夜節(jié)律的調(diào)控,這些在普通白菜、水稻、仁用杏[19~21]等的花發(fā)育過(guò)程中都有相同表現(xiàn)。

    在FC>10的607個(gè)高差異表達(dá)基因中篩選與花發(fā)育相關(guān)的基因,進(jìn)而通過(guò)研究擬南芥同源基因的功能及在大白菜花發(fā)育過(guò)程中的表達(dá)變化趨勢(shì),最終篩選出14個(gè)可能影響大白菜花發(fā)育的新基因。熒光定量PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示,Bra030284、Bra021374和Bra034100基因在大白菜花芽分化1級(jí)和5級(jí)表現(xiàn)出與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相同的表達(dá)變化趨勢(shì),說(shuō)明測(cè)序結(jié)果可靠,也說(shuō)明這些基因極有可能在大白菜花發(fā)育中有著與擬南芥同源基因相似的功能,可進(jìn)行進(jìn)一步研究。

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    (編輯:張莉)

    ResearchontranscriptomeofBrassicarapasubsp.pekinensisflowerbudsatdifferentdevelopmentstages

    Li Gaizhen1,2, Qi Xianhui1, Li Meilan2, Zhao Junliang1, Wang Xiuying1, Wu Dongtang1*

    (1.InstituteofVegetables,ShanxiAcademyofAgricultureSciences,Taiyuan030031,China;2.CollegeofHorticulture,ShanxiAgriculturalUniversity,Taigu030801,China)

    S634.1

    A

    1671-8151(2017)10-0701-06

    2017-05-23

    2017-06-20

    李改珍(1979-),女(漢),山西離石人,副研究員,博士研究生,研究方向:大白菜新品種選育及生物技術(shù)應(yīng)用

    *通信作者:巫東堂,研究員,碩士生導(dǎo)師,Tel: 13803430336; E-mail: wudongtangwu@sina.com.

    國(guó)家大宗蔬菜太原綜合試驗(yàn)站(CARS-25);大白菜種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用山西省科技創(chuàng)新重點(diǎn)團(tuán)隊(duì)(2014131016);山西省財(cái)政支農(nóng)種業(yè)發(fā)展專(zhuān)項(xiàng)(2016zyzx53);山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院育種工程(17yzgc095)

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