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    兩種麻山藥典型病害根際土壤微生物多樣性的研究

    2017-07-12 18:05:57康捷章淑艷韓韜孫志梅羅同陽
    生物技術(shù)通報 2017年7期
    關(guān)鍵詞:根莖群落真菌

    康捷章淑艷韓韜孫志梅羅同陽

    (1. 河北省微生物研究所,保定 071051;2. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué),保定 071000)

    兩種麻山藥典型病害根際土壤微生物多樣性的研究

    康捷1章淑艷1韓韜1孫志梅2羅同陽1

    (1. 河北省微生物研究所,保定 071051;2. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué),保定 071000)

    為了解兩種典型病害土壤根際微生物群落結(jié)構(gòu),明確土壤病害與微生物多樣性變化的關(guān)系,采用高通量測序?qū)煞N典型病害根際微生物多樣性進行對比分析,結(jié)果表明,細菌多樣性和豐度值表現(xiàn)為糊頭病的土壤>對照組>根莖腐病組;而真菌變化更明顯,兩種病害土壤真菌多樣性和豐富度均高于對照組。物種分類注釋表明,不同處理土壤細菌種類與對照組基本一致,只是不同類別所占的比例各不相同,真菌中含有一些與病害發(fā)生有關(guān)的特有屬,且比例變化較大,說明土壤微生物群落結(jié)構(gòu)變化在一定程度上影響病害的發(fā)生。

    土壤;微生物多樣性;高通量測序;病害

    麻山藥屬薯蕷科多年生草質(zhì)藤本植物,根莖營養(yǎng)豐富,兼有食、藥功能,具有健脾、補肺、益精等功效?,F(xiàn)代研究表明,麻山藥中的多糖具有降低血糖、提高及調(diào)節(jié)免疫、防止高血脂、調(diào)整胃腸、防止衰老的功能,尿囊素有抗刺激物、麻醉鎮(zhèn)靜、促進上皮生長、消炎抑菌等作用[1]。但隨著種植面積的擴大和不平衡施肥現(xiàn)象日益嚴重,土壤狀況持續(xù)下降,土壤微生物環(huán)境遭到破壞,病蟲害時有發(fā)生,重茬現(xiàn)象嚴重,造成減產(chǎn)或絕收。河北保定蠡縣麻山藥已有3 000年種植歷史[2],根莖腐病和糊頭病是危害該地區(qū)生產(chǎn)的重要兩種病害,前者在發(fā)病初期,形成深褐色的中部凹陷的長形病斑,表面常有不明顯的淡褐色絲狀霉,植株葉色不正,葉脈附近褪綠或葉緣壞死,發(fā)病嚴重時莖蔓的基部出現(xiàn)干縮,逐漸枯死[3];后者癥狀為塊莖生長點前端表皮似火燒狀,病部表皮變黑,生長點停止伸長,內(nèi)部無明顯變化,有時中部表皮也變黑,發(fā)病隨連作逐年加重,一般連作地塊發(fā)病率可達30%-70%[4],危害嚴重。

    目前,生產(chǎn)上一般采用輪作和化學(xué)殺菌劑的方法減少病害的發(fā)生,但由于土傳病害病原菌的寄主范圍廣,有時輪作難以奏效。而農(nóng)藥的使用不僅對人體健康有損害,也造成對環(huán)境的污染,長期使用后病原菌容易產(chǎn)生抗藥性,增加防治難度,形成惡性循環(huán)。隨著生物技術(shù)的發(fā)展,人們開始認識到施用微生物菌劑是改善土壤環(huán)境,從根本上解決病害的有效措施。而研究植物根際微生物菌群的變化是采用微生物技術(shù)防治植物病害的前提,土傳病害的發(fā)生與土壤微生物區(qū)系和群落結(jié)構(gòu)密切相關(guān)[5]。譚雪蓮等[6]揭示馬鈴薯土壤微生物群體與土傳病原菌的相互關(guān)系,認為土壤真菌顯著促進鐮刀菌,而鐮刀菌抑制細菌、微生物量碳氮、蔗糖酶和脲酶活性,從而導(dǎo)致了病原菌數(shù)量增多,土壤微生物的生存環(huán)境惡化。楊瑒等[7]研究發(fā)現(xiàn)當(dāng)施氮水平一定,土壤中微生物種群數(shù)量增加,細菌群落的多樣性更復(fù)雜,放線菌的數(shù)量增加,真菌數(shù)量有所減少,改善了馬鈴薯生長發(fā)育的土壤環(huán)境,增強馬鈴薯植株的抗病性,從而降低馬鈴薯晚疫病的發(fā)生程度。群落多樣性、均勻度和優(yōu)勢種群集中度是從不同角度衡量生物群落結(jié)構(gòu)和穩(wěn)定性的重要指標(biāo)[8],隨著高通量測序技術(shù)不斷發(fā)展[9],研究者也更多的通過土壤微生物學(xué)特性來評價土壤的健康程度和質(zhì)量。本研究對兩種麻山藥典型病害土壤根際微生物進行多樣性分析,旨為緩解以及防治麻山藥重茬病害發(fā)生提供參考。

    1 材料與方法

    1.1 材料

    本研究所選地塊均為河北省蠡縣發(fā)病嚴重地塊,糊頭地塊的發(fā)病率在50%以上,根莖腐病的發(fā)病率為90%以上,農(nóng)戶放棄采收當(dāng)年山藥。土壤有機質(zhì)含量6.9-7.51 g/kg、堿解氮27.88-29.05 mg/kg、速效磷6.62-7.08 mg/kg、速效鉀61.25-65.88 mg/kg。測定方法參照中國科學(xué)院南京土壤研究所《土壤理化分析》[10]。

    樣品于2015年10月15日山藥采收季采集,從兩種病害發(fā)病嚴重的地塊中分別選取3個有代表性的地塊,在每一標(biāo)準(zhǔn)地內(nèi)選取3個取樣點,在離麻山藥根基軸表面1-5 mm處,用抖落法獲取其上粘附的土壤作為根際土壤[11],不同病害下3個土樣混合并除去較大根系等雜物后作為該典型病害土壤的一個樣品,每組3個平行。對照組選取無病害發(fā)生的地塊作為取樣點,取樣方式一致。儲存于密封牛皮紙袋中,保持低溫運輸,置-20℃冰箱冷凍備用。

    1.2 方法

    1.2.1 DNA提取與檢測 采用土壤基因組DNA提取試劑盒(離心柱型)對土壤總DNA進行提取及瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒(普通離心柱型)進行初步純化,經(jīng)1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測及微量核酸蛋白檢測儀檢測濃度后置于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

    1.2.2 基因擴增 PCR反應(yīng)體系:DNA模板1 μL,10×Buffer 5 μL,2.5 mmol/L dNTPS 4 μL,Taq DNA聚合酶0.5 μL,上、下游引物各1.5 μL,無菌超純水補充至50 μL。擴增程序:94℃預(yù)變性5 min,94℃變性50 s,50-60℃退火50 s(根據(jù)引物不同設(shè)計),72℃延伸1.5 min,30個循環(huán),72℃延伸10 min。

    1.2.3 高通量測序 高通量測序文庫的構(gòu)建和基于Illumina MiSeq平臺的測序由GENEWIZ公司(Suzhou,China)完成,并用Trimmomatic、Vsearch、Qiime、RDP Classifier等分析軟件對測序結(jié)果進行微生物多樣性的分析。

    2 結(jié)果

    2.1 細菌和真菌高通量測序數(shù)據(jù)特性

    對各樣本測序數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)量和測序質(zhì)量的統(tǒng)計,得到原始數(shù)據(jù),但由于高通量測序通常會出現(xiàn)一些突變等測序錯誤,需對測序結(jié)果優(yōu)化處理,優(yōu)化步驟及參數(shù):將兩條序列進行比對,根據(jù)比對的末端重疊區(qū)進行拼接,拼接時保證至少有20 bp的重疊區(qū),去除拼接結(jié)果中含有N的序列;去除引物和接頭序列,去除兩端質(zhì)量值低于20的堿基,去除長度小于200 bp的序列;將上面拼接過濾后的序列與數(shù)據(jù)庫進行比對,去除其中的嵌合體序列(Chimera sequence),得到最終的有效數(shù)據(jù)。各樣品過濾后細菌群落統(tǒng)計結(jié)果見表1。

    表1 細菌樣本統(tǒng)計數(shù)據(jù)

    在生物多樣性和群落調(diào)查中,稀釋曲線(Rarefaction curve)被廣泛用于判斷樣品量是否充分以及估計物種豐富度。從圖1和圖2可以看出,3組樣品對應(yīng)的稀釋曲線均基本趨于平緩,說明取樣基本合理,實際環(huán)境中細菌(或真菌)群落結(jié)構(gòu)的置信度較高,能夠比較真實的反映出樣品的細菌(或真菌)群落。各樣品過濾后真菌群落統(tǒng)計結(jié)果見表2。

    圖1 各土壤樣品細菌稀釋曲線

    圖2 各土壤樣品真菌稀釋曲線

    2.2 細菌和真菌多樣性指數(shù)分析

    多樣性指數(shù)能夠有效的反映出土壤微生物結(jié)構(gòu)的多樣性,對97%相似水平的OTU進行分類學(xué)分析,由表3和表4可以看出,各處理組的細菌和真菌的Coverage指數(shù)都超過了90%,說明在該水平上的測序結(jié)果能夠反映出所測樣本中細菌的真實情況。由表3中可以看出,糊頭病組的Shannon指數(shù)較對照組高2.46%,兩組之間有顯著性差異(P<0.05);根莖腐病組較對照組低0.21%,兩組之間沒有顯著性差異。Chao指數(shù)是用Chao1算法估計樣本中所含OTU數(shù)目的指數(shù),Chao1在生態(tài)學(xué)中常用來估計物種總數(shù),糊頭病組的Chao1指數(shù)較對照組高3.56%,根莖腐病組較對照組低9.52%,不同處理組之間差異顯著。

    由表4可以看出,不同土壤中真菌多樣性指數(shù)區(qū)別較大。其中根莖腐病組的Shannon指數(shù)和糊頭病組較對照組分別高16.45%和13.74%,兩者之間差異不明顯,但較對照組之間都有顯著性差異。從Chao1來看,糊頭病組較對照組高20.76%,根莖腐病組較對照組高16.36%。

    2.3 各處理細菌菌群分布

    為了得到OTU對應(yīng)的物種分類信息,使用RDP classifier對97%相似水平的OTU代表序列進行分類學(xué)分析,并在各個水平統(tǒng)計每個樣品的群落組成,如表5所示,所有處理的土壤樣品中檢測到9個以上細菌門(相對豐度>1%),可見這9個門的細菌在本實驗中所取的土壤細菌群落結(jié)構(gòu)組成中占主要地位。

    對比Silva數(shù)據(jù)庫,各樣品在門水平下Top30的物種分類圖(圖3)可以看出,不同處理的土壤中酸桿菌門(Acidobacteria)均為最優(yōu)菌群,所占比例分別為34.52%、31.82%和35.86%,酸桿菌門(Acidobacteria)和變形菌門(Proteobacteria)兩者之和所占的比例超過了60%,其他組分含量較低。對照組處理的優(yōu)勢菌群(所占比例超過5%)主要有酸桿菌門(Acidobacteria)、變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、放線菌門(Actinobacteria)和硝化螺菌門(Nitrospirae)。根莖腐病組的土壤中除了上述5種優(yōu)勢菌群外(擬桿菌門所占比例略有降低),綠彎菌門(Chloroflexi)、熱袍菌門(Thermotogae)和芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)所占的比例均超過了5%,其中放線菌門(Actinobacteria)、熱袍菌門(Thermotogae)、硝化螺菌門(Nitrospirae)和芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)的比例均比對照組明顯提高,分別高4.14、3.96、3.08和3.06個百分點,相對應(yīng)的擬桿菌門(Bacteroidetes)和變形菌門(Proteobacteria)的比例卻顯著降低,比對照組低6.24和5.81個百分點。表中可以看出糊頭病組的土壤中優(yōu)勢菌群所占比例與對照組之間沒有顯著性差異。

    表2 真菌樣本統(tǒng)計數(shù)據(jù)

    2.4 各處理細菌群落相似度聚類樹分析

    樣品聚類分析利用各樣品序列間的進化信息來比較在特定的進化譜系中是否具有顯著的微生物群落差異,使用非加權(quán)組平均法(Unweighted pairgroup method with arithmetic means,UPGMA)將樣品進行聚類,結(jié)果如圖4所示,各處理組細菌組成可以分為兩大類,圖4中對照第2組和第3組樣品的細菌群落組成具有很高的相似性,糊頭病第1組和第2組具有很高的相似性,并與糊頭第3組和對照第1組的樣品聚為一類,說明這6組樣品的趨同性較高,而根莖腐病土壤則被單獨聚為一類,其中第2組和第3組樣品相似性更高,并與第1組樣品聚為一類。由此可以得知,糊頭病土壤的細菌群落組成與對照組之間相似性較高,說明糊頭病相比根莖腐病,其對土壤中的細菌組成影響較小,導(dǎo)致細菌群落結(jié)構(gòu)與對照組之間存在趨同性。

    2.5 各處理真菌群落組成

    各處理的土壤樣品真菌測序結(jié)果與Silva數(shù)據(jù)庫進行對比,由圖5可以看出,所有處理的土壤樣品中檢測到8個以上的真菌門,其中最優(yōu)勢的門是子囊菌門(Ascomycota),占真菌總量的50%以上(對照組中占90%以上),其他未知序列或者無法鑒別序列的真菌門的相對豐度也比較高,接合菌門(Zygomycota)、擔(dān)子菌門(Basidiomycota)、壺菌門(Chytridiomycota)在根莖腐病和糊頭病的土壤中相對豐度遠遠高于對照組,表明這幾種真菌門可能與植株發(fā)生這兩種病害有關(guān),但仍需要進一步的實驗證明。

    表3 各處理組土壤細菌的α-多樣性指數(shù)

    表4 各處理組土壤真菌的α-多樣性指數(shù)

    表5 主要細菌門的相對豐度

    圖6結(jié)果顯示,不同處理土壤中真菌組成在屬水平下分布和變化有區(qū)別,對照組中未分類和其他未知或者未檢測到的真菌菌群之和比例最高,超過了90%,根莖腐病和糊頭病土壤為50%左右。根莖腐病土壤中毛殼霉屬(Chaetomium)和鐮孢霉屬(Fusarium)所占的比例顯著高于其他兩組,此外,小包腳菇屬(Volvopluteus)和矛束霉屬(Doratomyces)也僅在根莖腐病土壤中出現(xiàn),其余兩組中均沒有。

    圖3 各樣本在門水平前30的細菌物種分布圖

    圖4 細菌群落結(jié)構(gòu)UPGMA聚類圖

    3 討論

    本研究選取了糊頭病和根莖腐病兩種麻山藥典型病害的土壤地作為研究對象,應(yīng)用高通量測序技術(shù)對齊根際土壤細菌和真菌的群落結(jié)構(gòu)多樣性和種類進行了研究。

    圖5 各樣本在門水平前30的真菌物種分布圖

    在本研究中,對群落結(jié)構(gòu)的α-多樣性指數(shù)進行分析,其中Shannon指數(shù)反映土壤中微生物的多樣性,其值越高,說明群落多樣性越高[12],Chao[13]指數(shù)是用chao1算法估計樣本中所含OTU數(shù)目的指數(shù),chao1在生態(tài)學(xué)中常用來估計物種總數(shù),由Chao最早提出,其值越大表示樣品中細菌含量越高。所以,不同處理組土壤中細菌多樣性表現(xiàn)為糊頭病的土壤>對照組>根莖腐病組,豐富度值表現(xiàn)為糊頭病組>對照組>根莖腐病組;而土壤中真菌多樣性指數(shù)區(qū)別較大,多樣性表現(xiàn)為根莖腐病的土壤>糊頭病組>對照組,豐富度表現(xiàn)為糊頭病組>根莖腐病組>對照組。目前關(guān)于麻山藥糊頭病病害機理研究甚微,有報道稱其發(fā)生與植株中缺少鈣元素有關(guān),田間施用的鉀肥(多數(shù)為硫酸鉀)和氮肥(尿素類)與離子態(tài)的鈣相結(jié)合沉淀,植物中能吸收到的鈣元素就很少。本研究中糊頭病土壤中細菌和真菌組成與對照組之間存在差異,說明病害發(fā)生與微生物組成也有關(guān),但具體與哪種菌有關(guān),需要進一步實驗驗證。麻山藥根莖腐病屬一種典型的真菌病害,此病可由腐霉、鐮刀菌、疫霉等多種病原侵染引起,這與本研究中根莖腐病土壤中真菌多樣性指數(shù)顯著高于對照組的結(jié)果相一致,同樣根莖腐病土壤中鐮孢霉屬所占的比例也顯著高于其他兩組。

    隨著人們對微生物在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中重要作用的認識不斷加深,用土壤微生物學(xué)特性來評價土壤的健康程度和質(zhì)量逐漸被認可[14],用高通量手段測定的多樣性數(shù)據(jù)可以作為評價土壤健康程度的一種指標(biāo),與傳統(tǒng)的培養(yǎng)測數(shù)法相比,都是一種手段。土壤中某些特殊菌群組成反映在作物上可能對其生長造成很大的影響,相關(guān)研究表明,毛殼菌屬是腐生子囊菌中數(shù)量最多和意義較大的類群之一,它作為生防菌在防治植物病害方面最為突出,早在1954年,Martin和Moore[15]發(fā)現(xiàn),燕麥種子被球毛殼和螺卷毛殼侵染后,會使谷物、大麥等作物的幼苗免受鐮刀菌的再侵染[16]。采用高通量測序研究了兩種典型病害土壤的多樣性,目前僅發(fā)現(xiàn)與對照(無病害)土壤相比存在一些特定菌,推測土壤發(fā)生病害可能與這些菌屬有關(guān),但需要進一步實驗驗證。鐮孢霉屬的真菌習(xí)慣上稱為鐮刀菌,其生態(tài)適應(yīng)性強、分布廣闊,營養(yǎng)方式既能寄生,又能腐生,在田間發(fā)生萎蔫、根腐、皮腐及穗腐,在產(chǎn)品運輸貯藏中發(fā)生干腐、濕腐等?。?7]。這與本研究中根莖腐病土壤中存在這些菌群,而對照組中沒有的結(jié)果相一致,由此可以推測根莖腐病土壤中這些特殊菌群組成與其病害有關(guān)。

    微生物數(shù)量可以作為土壤肥力和生態(tài)環(huán)境的一個指標(biāo),通常情況下,土壤中細菌數(shù)量越多,其肥力越高[18],對作物越有利,而土壤中真菌和放線菌數(shù)量越高,是土壤肥力下降的表現(xiàn)[19],不利于作物的生長。試驗中兩種病害試驗田中真菌和放線菌的數(shù)量明顯高于對照組,由此推測根莖腐病和糊頭病害與土壤中真菌和放線菌的數(shù)量相關(guān)性高。群落多樣性指數(shù)是從不同角度衡量生物群落和穩(wěn)定性的重要指標(biāo),群落多樣性參數(shù)值越大,其優(yōu)勢集中度就越小,群落結(jié)構(gòu)越復(fù)雜,其應(yīng)對環(huán)境變化能力或者對群落內(nèi)部的種群波動的緩沖作用就越強,即反饋系統(tǒng)越強大,群落也就越穩(wěn)定[20]。因此,在防治根莖腐病和糊頭病害過程中,可以研發(fā)土壤菌劑調(diào)節(jié)劑,改變土壤微生物菌群的組成,使其通過細菌與細菌之間、真菌與真菌之間或細菌與真菌之間的相互作用,充分發(fā)揮拮抗菌的作用,達到抑制病原微生物的生長,提高抗病性,保持土壤生態(tài)平衡的目的。

    圖6 各樣本在屬水平前30的真菌物種分布圖

    4 結(jié)論

    本研究土壤中細菌多樣性和豐度值均表現(xiàn)為糊頭病組>對照組>根莖腐病組,而兩種病害試驗田土壤的真菌多樣性和豐度均高于對照組,進一步證明了土壤中真菌數(shù)量與根莖腐病和糊頭病發(fā)病有關(guān)。

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    (責(zé)任編輯 狄艷紅)

    Research on Rhizosphere Soil Microbial Diversity of Two Typical Kinds of Disease in Yam

    KANG Jie1ZHANG Shu-yan1HAN Tao1SUN Zhi-mei2LUO Tong-yang1
    (1.Hebei Research Institute of Microbiology,Baoding 071051;2 .Agricultural University of Hebei Province,Baoding 071000)

    For understanding the microbial community structure of soil rhizosphere with two typical diseases and clarifying the correlation between soil diseases and microbial diversity,high-throughput sequencing was applied to compare and analyze the microbial diversities of the rhizosphere with 2 typical diseases. As results,the population diversity and enrichment of bacteria in soil sample were the scab disease > CK > root-rot disease. While in fungi,the changes were more obvious,fungal diversity and enrichment in the soil with 2 diseases were higher than the control group. The species annotation showed that comparing with the control group,the bacterial species of different treatments were almost the same,but just the proportion of each were not identical. There were some specific fungal species which may be related to disease occurrence,and variation of proportion was significant,indicating that the changes of soil microbial structure affect the happening of the disease in a certain extent.

    soil;microbial diversity;high-throughput sequencing;disease

    10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017-0067

    2017-02-08

    河北省三三三人才項目(2016022577-10),河北省科技廳農(nóng)業(yè)關(guān)鍵共性技術(shù)攻關(guān)專項項目(17226912D)

    康捷,女,研究實習(xí)員,研究生,研究方向:土壤有益微生物;E-mail:kangjie925@163.com

    章淑艷,女,副研究員,研究生,研究方向:微生物肥料與高效施肥技術(shù);E-mail:zsy7602@163.com

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