單細(xì)胞分析研究進(jìn)展

石 蒙, 宋志花, 耿旭輝, 吳大朋, 關(guān)亞風(fēng)*(. 中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所, 中國科學(xué)院分離分析化學(xué)重點實驗室, 遼寧 大連 6023; 2. 中國科學(xué)院大學(xué), 北京 00049)

鄒漢法研究員紀(jì)念專輯(下)·專論與綜述

單細(xì)胞分析研究進(jìn)展

石 蒙1,2, 宋志花1,2, 耿旭輝1, 吳大朋1, 關(guān)亞風(fēng)1*
(1. 中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所, 中國科學(xué)院分離分析化學(xué)重點實驗室, 遼寧 大連 116023; 2. 中國科學(xué)院大學(xué), 北京 100049)

單細(xì)胞分析可以揭示生命基本單元——細(xì)胞物質(zhì)組成、生理行為的多樣性和差異性,是當(dāng)今生命分析的主流前沿技術(shù)。同時,也對分析技術(shù)的定量檢測極限、分辨率和精密操控能力提出了新挑戰(zhàn)。文章著重從單細(xì)胞分離、檢測、成像等幾個主要方面,綜述了單細(xì)胞技術(shù)研究的最新進(jìn)展,并對分離和檢測技術(shù)的發(fā)展作了展望。

單細(xì)胞;分離;檢測;成像;綜述

細(xì)胞是生物體形態(tài)結(jié)構(gòu)和生命活動的基本單位。細(xì)胞在增殖、分化和代謝的過程中內(nèi)因和外因共同作用,造就了細(xì)胞之間的差異性。即使是同源的兩個細(xì)胞,細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)組成和含量也會有很大差異[1]。而群體細(xì)胞分析只能給出一個穩(wěn)態(tài)的平均結(jié)果,無法表征細(xì)胞間的差異性。因此,在單細(xì)胞水平上對細(xì)胞中物質(zhì)組成及細(xì)胞形態(tài)進(jìn)行研究,對揭示細(xì)胞間的差異性和解釋某些生理行為具有重大意義。

單細(xì)胞分析技術(shù)應(yīng)具備高靈敏度、高選擇性、高時空分辨等特點,原因如下:(1)單細(xì)胞的尺寸小。一般哺乳動物細(xì)胞的直徑約為10～20 μm,體積在pL級;植物細(xì)胞的直徑在～100 μm,體積在～1 nL。如此小的尺寸給單細(xì)胞的獲取和樣品前處理操作造成極大的困難。(2)單細(xì)胞中的物質(zhì)含量極低(zmol～fmol),這就需要更加靈敏的檢測方法。(3)單細(xì)胞中組分十分復(fù)雜,組分之間的濃度差異較大,跨度達(dá)9個數(shù)量級[2],因此存在基質(zhì)干擾問題,進(jìn)一步增加了檢測難度。(4)細(xì)胞在新陳代謝的過程中一直在不斷地變化,需要具有高時空分辨的技術(shù)來反映細(xì)胞的實時變化。

近來,細(xì)胞研究已深入到亞細(xì)胞甚至單分子水平。本文著重在分離(高效液相色譜、毛細(xì)管電泳)、檢測(激光誘導(dǎo)熒光、質(zhì)譜、電化學(xué))、成像(超分辨顯微成像、拉曼光譜成像)等幾個主要方面對單細(xì)胞分析技術(shù)的進(jìn)展進(jìn)行綜述,并作簡要展望。

1 分離技術(shù)

細(xì)胞內(nèi)源物質(zhì)組成極度復(fù)雜且濃度范圍極寬,例如最簡單的血紅細(xì)胞也包含數(shù)千種物質(zhì),濃度范圍跨度達(dá)9個數(shù)量級[2]。若要檢測細(xì)胞內(nèi)痕量分子甚至數(shù)個分子,必須消除基質(zhì)干擾,而分離是實現(xiàn)復(fù)雜體系中目標(biāo)物質(zhì)定量檢測的前提。

1.1 高效液相色譜(HPLC)

高效液相色譜由于具有較高的分離效率,一直被廣泛應(yīng)用于復(fù)雜生物樣品分析。最初,Jorgenson等[3]利用毛細(xì)管開管柱液相色譜對單個神經(jīng)元細(xì)胞進(jìn)行分離,并利用電化學(xué)方法檢測其中的神經(jīng)遞質(zhì)。隨后,他們又利用微柱液相色譜技術(shù)對單個牛腎上腺骨髓細(xì)胞中的去甲腎上腺素、腎上腺素、苯乙醇胺、N-甲基轉(zhuǎn)移酶等物質(zhì)進(jìn)行分離檢測[4]。Yu等[5]采用HPLC/ESI-MS/MS技術(shù)實現(xiàn)了單細(xì)胞中谷胱甘肽的測定。超長微柱液相色譜也已用于單細(xì)胞的分離分析:Cha等[6]利用創(chuàng)建的一維和二維多孔層開管毛細(xì)管柱-電噴霧質(zhì)譜分析平臺進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析。宮頸癌細(xì)胞中的237個肽段以及163個蛋白質(zhì)被成功鑒定。此外,毛細(xì)管填充柱、整體柱、開管柱液相色譜技術(shù)等都被陸續(xù)應(yīng)用于單細(xì)胞分析。綜合色譜柱樣品容量和總分離效率,柱內(nèi)徑為50 μm甚至更小、總柱效≥3萬塔板的微柱,才可能為低濃度目標(biāo)組分的分析提供基本的分離條件。

1.2 毛細(xì)管電泳(CE)

毛細(xì)管電泳技術(shù)具有很高的分離效能,可對單細(xì)胞內(nèi)復(fù)雜組分實現(xiàn)高效分離。由于毛細(xì)管電泳的進(jìn)樣體積與細(xì)胞體積相當(dāng),并可以與電化學(xué)、激光誘導(dǎo)熒光、質(zhì)譜等檢測技術(shù)聯(lián)用,使之成為單細(xì)胞分析的有力工具[7,8]。Wightman等[9]將毛細(xì)管電泳和快速循環(huán)伏安法相結(jié)合,可以對單個細(xì)胞所釋放的神經(jīng)遞質(zhì)進(jìn)行檢測。Nemes等[10]利用CE-ESI-MS技術(shù),對海蝸牛神經(jīng)細(xì)胞中50種內(nèi)源化合物進(jìn)行了分離鑒定,并對6種神經(jīng)元細(xì)胞代謝物的相似度進(jìn)行評價。隨后,Nemes等[11]又采用CE-ESI-MS (TOF)平臺對海蝸牛和小鼠神經(jīng)元細(xì)胞中的300種代謝物進(jìn)行分離鑒定,充分揭示了不同類型神經(jīng)元細(xì)胞間的代謝物差異。此方法還可應(yīng)用于細(xì)胞器內(nèi)的代謝物定量分析。隨后Sweedler研究組[12]又利用CE-ESI-MS平臺對海蝸牛神經(jīng)元細(xì)胞中的15種內(nèi)生核酸及其衍生物分離后進(jìn)行定量檢測。此方法對于三磷酸腺苷等物質(zhì)具有良好的分離重現(xiàn)性和較高的靈敏度。Dovichi研究組[13]采用二維電泳對單個小鼠巨噬細(xì)胞中的多種蛋白質(zhì)實現(xiàn)了快速分離,對相關(guān)蛋白質(zhì)的檢出限達(dá)zmol,并揭示了細(xì)胞間組分表達(dá)的差異。微流控芯片與電泳技術(shù)結(jié)合,可以將單細(xì)胞樣品前處理步驟包括細(xì)胞的獲取、進(jìn)樣、融膜、電泳分離集成于一個微小的芯片上,極大地提高了單細(xì)胞分析的自動化操控水平[14]。Mellors等[15]發(fā)展了一種自動化的單細(xì)胞分析芯片,將其與ESI-MS相結(jié)合,從血紅細(xì)胞中成功分離出血紅素和α、β亞基,檢測通量可以達(dá)到12細(xì)胞/min。Zare等[16]所制作的微流控芯片可以對哺乳動物單細(xì)胞內(nèi)蛋白實現(xiàn)單分子計數(shù),也可對單個藍(lán)藻細(xì)胞中的β2腎上腺素能受體進(jìn)行定量分析。毛細(xì)管電泳與質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的進(jìn)一步發(fā)展,也將為單細(xì)胞內(nèi)組分鑒定帶來促進(jìn)作用[17,18]。毛細(xì)管電泳技術(shù)在20世紀(jì)90年代開始被用于單細(xì)胞分析,但由于其重現(xiàn)性較差,因此發(fā)展較慢。將此技術(shù)與微流控芯片相結(jié)合可以極大地提高分析的重現(xiàn)性和分析通量。有些高度集成化的微流控芯片可以連續(xù)實現(xiàn)單細(xì)胞篩選、捕獲、標(biāo)記、分離與檢測等操作。但芯片上的毛細(xì)管電泳柱分離柱效是有限的,所以,將芯片與傳統(tǒng)毛細(xì)管電泳結(jié)合可有效解決實際樣品分析問題[19]。

2 檢測技術(shù)

單細(xì)胞中目標(biāo)物質(zhì)的絕對量通常很低,一般在fg以下,甚至是zg水平。因此,高靈敏檢測是單細(xì)胞分析的必要條件。其中,激光誘導(dǎo)熒光、質(zhì)譜、電化學(xué)檢測最為常見。

2.1 激光誘導(dǎo)熒光檢測技術(shù)

激光誘導(dǎo)熒光(LIF)具有極高的靈敏度,是特殊搭建的高靈敏檢測裝置,其檢測極限可達(dá)單分子水平[20],但是多數(shù)科研級LIF的檢測下限是30～100個熒光分子,且搭建高靈敏度激光誘導(dǎo)熒光檢測器的成本較高。Deng等[21]構(gòu)建了毛細(xì)管電泳-激光誘導(dǎo)熒光檢測(CE-LIF)分析系統(tǒng),用于探究單個癌細(xì)胞對阿霉素(DOX)的吸收行為,研究結(jié)果表明:細(xì)胞群體內(nèi)單個細(xì)胞對DOX的吸收含量存在較大差異性,RSD值在24.0%～61.1%之間。Yang等[22]采用CE-LIF技術(shù)對單細(xì)胞所釋放的一氧化氮進(jìn)行檢測,檢出限可達(dá)42 amol。Wang等[23]利用CE-LIF分析細(xì)胞中的脂質(zhì)代謝物,對于熒光標(biāo)記的鞘脂類和多磷酸肌醇化合物的檢出限可達(dá)到10-18～10-20mol,并且該方法顯示了較高的重現(xiàn)性。Zhang等[24]用抗原-異硫氰酸熒光素復(fù)合物對細(xì)胞中的干擾素進(jìn)行標(biāo)記,利用CE-LIF進(jìn)行分離檢測,能夠定量檢測單個自然殺傷細(xì)胞(natural killer cell)中的兩種干擾素,檢出限達(dá)zmol。隨著衍生化試劑和光學(xué)檢測系統(tǒng)的不斷完善,LIF將具有更高的靈敏度和更加廣闊的應(yīng)用空間。

2.2 質(zhì)譜檢測

質(zhì)譜作為一種非標(biāo)記檢測技術(shù)在單細(xì)胞分析方面發(fā)揮著重大作用。特別是質(zhì)譜成像在近年來飛速發(fā)展,已被用于單細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)、多肽、脂質(zhì)、糖類、代謝物、藥物等的空間分布研究[25]。目前,基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF-MS)和二次粒子質(zhì)譜(SIMS)成像是最常用的單細(xì)胞質(zhì)譜分析技術(shù)。Boggio等[26]利用MALDI成像對真核細(xì)胞實現(xiàn)了10 μm的空間分辨率。為了進(jìn)一步提高質(zhì)譜成像的分辨率,Zavalin等[27]設(shè)計了一款可幾何轉(zhuǎn)換的真空離子源,用于樣品的多向激光照射,成功實現(xiàn)了細(xì)胞和組織在亞細(xì)胞尺度的空間分辨。隨后,他們又利用MALDI成像技術(shù)對HEK-293細(xì)胞內(nèi)的脂質(zhì)實現(xiàn)了亞微米級的空間分辨,并且獲得了人胰島細(xì)胞內(nèi)多肽的亞細(xì)胞輪廓。SIMS單細(xì)胞分析主要集中在疾病診斷[28]、細(xì)胞膜上膽固醇和脂質(zhì)分布、哺乳動物細(xì)胞內(nèi)RNA的亞細(xì)胞分布監(jiān)測[29]。最近,Steinhauser等[30]將多同位素質(zhì)譜成像和nanoSIMS技術(shù)相結(jié)合,對細(xì)胞內(nèi)DNA進(jìn)行成像,為細(xì)胞分裂過程中DNA的隨機(jī)分配提供可靠的實驗數(shù)據(jù)。但對細(xì)胞中含量極低且離子化效率比較低的分子,無法依靠質(zhì)譜來檢測;另外,單細(xì)胞質(zhì)譜直接分析技術(shù)的時間和空間分辨率還比較有限。但是,隨著質(zhì)譜的空間分辨率和靈敏度的不斷提高,其在單細(xì)胞研究中將會發(fā)揮更大的作用。

2.3 電化學(xué)檢測

電化學(xué)檢測(ECD)靈敏度高(fmol),電極尺寸小(亞微米),時間分辨率高(毫秒),特別適合單細(xì)胞微環(huán)境實時監(jiān)測[31]。Zhang等[32]采用ECD方法測定了單個鼠細(xì)胞中多巴胺的釋放情況。檢測到不同細(xì)胞釋放的多巴胺的含量在0.29～1.28 fmol之間,揭示了相同培養(yǎng)條件下不同細(xì)胞表達(dá)的差異性。納米尺寸電極可將其對單細(xì)胞的擾動降至最低[33]。Li等[34]在2015年發(fā)展了一種非常靈敏的電化學(xué)檢測方法,將納米電極插入PC 12細(xì)胞中,精確測得了細(xì)胞囊泡中游離兒茶酚胺的濃度,并證明兒茶酚胺在囊泡內(nèi)部的濃度要高于囊泡外部的濃度。Li等[35]將納米電極插入突觸間隙中,用于神經(jīng)元的胞外分泌和動力學(xué)研究。實驗檢測到突觸內(nèi)部所釋放的神經(jīng)遞質(zhì)遠(yuǎn)比突觸外部復(fù)雜。電化學(xué)還可用于檢測單個囊泡釋放的兒茶酚胺、5-羥色胺、胰島素等物質(zhì)[36,37]。目前,高分辨電化學(xué)成像得以快速發(fā)展。Katemann等[38]將掃描電化學(xué)顯微鏡與掃描離子電導(dǎo)顯微鏡相結(jié)合,實現(xiàn)對雙功能探針的遠(yuǎn)程控制,對神經(jīng)元細(xì)胞進(jìn)行成像研究。但是,電化學(xué)檢測的選擇性和抗干擾性能依然有待提高,電極的長期穩(wěn)定性和重復(fù)性也是需要解決的問題。

3 成像技術(shù)

光學(xué)成像是一種非接觸式的分析技術(shù),非常適合對單細(xì)胞進(jìn)行連續(xù)、實時、無損監(jiān)控[39]。

3.1 超分辨熒光顯微成像

超分辨顯微鏡將生物學(xué)研究帶入納米時代,也加深了人們對微觀世界的理解,如觀察活細(xì)胞內(nèi)生物大分子與細(xì)胞器微結(jié)構(gòu),以及細(xì)胞的動態(tài)變化,對于闡明細(xì)胞功能表達(dá)、理解生理過程和疾病病理具有重要意義。2008年莊小威研究組[40]發(fā)展了三維超分辨成像技術(shù),橫向分辨率可以達(dá)到20～30 nm,軸向分辨率可以達(dá)到50～60 nm,實驗中成功觀測到腎細(xì)胞的微管結(jié)構(gòu)。2011年,該研究組[41]又利用此技術(shù)對活體大腸桿菌細(xì)胞的擬核相關(guān)蛋白質(zhì)進(jìn)行了跟蹤觀察,提出H-NS在染色體重組過程中所發(fā)揮的重要作用,并揭示細(xì)菌遺傳物質(zhì)的組織機(jī)制。2012年,該研究組[42]將此技術(shù)的橫向分辨率減小至10 nm以下,軸向分辨率小于20 nm,獲得了更加清晰的圖像,進(jìn)一步揭示了細(xì)胞骨架的超微結(jié)構(gòu)。2015年,該研究組[43]結(jié)合了單分子成像和計算學(xué)方法,可以同時監(jiān)測一個細(xì)胞中大約1 000種不同類型的RNA分子的分布情況。隨著高分辨顯微成像及相關(guān)技術(shù)的發(fā)展,使得研究者能夠更加清晰地看到細(xì)胞內(nèi)部各種動態(tài)變化,有益于各種微觀生化反應(yīng)的機(jī)理研究。在單細(xì)胞成像技術(shù)不斷發(fā)展的過程中,如何做到無損成像也一直是科學(xué)家們在思考的問題。2016年Li等[44]創(chuàng)建了結(jié)構(gòu)光照明顯微技術(shù)。在高時空分辨的情況下,可將光源對細(xì)胞的傷害降到最低,并可對細(xì)胞進(jìn)行“終身監(jiān)控”。該技術(shù)采用超高數(shù)值孔徑和內(nèi)全反射技術(shù),獲得了84 nm以下的分辨率,可對細(xì)胞內(nèi)吞和肌動蛋白細(xì)胞骨架的重構(gòu)過程進(jìn)行連續(xù)成像。隨后又采用光控開關(guān)探針對網(wǎng)格蛋白質(zhì)小窩實現(xiàn)45～62 nm的分辨率,用于描述激動蛋白和網(wǎng)格蛋白之間的相互作用,并闡明它在細(xì)胞內(nèi)吞過程中所起的作用。隨著超分辨顯微鏡價格的降低和性能的提高,此技術(shù)將會在單細(xì)胞形態(tài)觀測和熒光成像檢測方面發(fā)揮重要作用。但熒光探針和熒光標(biāo)記技術(shù)的滯后限制了超分辨顯微成像技術(shù)的快速發(fā)展,所以亟須發(fā)展出顏色豐富且對細(xì)胞毒性較小的熒光染料。此外,多種目標(biāo)物同時檢測也是一個重要的發(fā)展方向。

3.2 拉曼光譜成像

拉曼光譜可以對非熒光活性分子進(jìn)行成像,具有選擇性高、無需復(fù)雜的樣品前處理等優(yōu)勢,是熒光顯微成像的重要補(bǔ)充。其中,基于納米探針的表面增強(qiáng)拉曼光譜具有單分子靈敏度,可追蹤活細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)組成、分布及其變化[45]。Syme等[46]將4-巰基苯甲酸與銀粒子所組成的SERS納米探針采用被動吸收的方式引入細(xì)胞,利用納米探針在細(xì)胞內(nèi)的運動軌跡可以對細(xì)胞的分裂過程進(jìn)行追蹤。是一種快捷、高效、無損、高靈敏度的檢測手段。但是,由于探針的引入會改變細(xì)胞的狀態(tài),科學(xué)家也一直追求一種無需標(biāo)記的成像技術(shù),以期在細(xì)胞自然生長狀態(tài)下對細(xì)胞進(jìn)行研究。近年來相干拉曼散射技術(shù)不斷發(fā)展,已可用于脂質(zhì)存儲、新陳代謝、細(xì)胞分裂和凋亡、軸突的髓鞘再生、藥物細(xì)胞吞噬等方面的觀測研究[47]。2011年,Fu等[48]將受激拉曼散射技術(shù)與傅里葉變換技術(shù)相結(jié)合,用于微藻細(xì)胞中油類、色素和蛋白質(zhì)的同時檢測,實現(xiàn)了多種物質(zhì)的非標(biāo)記快速定量研究。隨后,Zhang等[49]又將此技術(shù)用于單個果蠅和哺乳動物細(xì)胞中核酸、脂質(zhì)、蛋白質(zhì)以及細(xì)胞分裂時期DNA縮合過程的成像分析。但是,目前的各種拉曼光譜成像技術(shù)的檢測下限還比較高,只能觀測數(shù)千個以上聚集成團(tuán)的同類分子簇。

4 總結(jié)

本文只對幾種代表性的單細(xì)胞分析技術(shù)進(jìn)行綜述。但我們并不能忽視其他技術(shù)在單細(xì)胞分析方面所做的貢獻(xiàn),如單細(xì)胞測序技術(shù)使得單細(xì)胞基因分析成為可能[50]、流式細(xì)胞術(shù)極大地提高了單細(xì)胞檢測的分析通量。成像技術(shù)可在不破壞細(xì)胞的前提下,快速、連續(xù)的監(jiān)測細(xì)胞的動態(tài)變化。另外,單細(xì)胞成像分析與單細(xì)胞分離檢測是互補(bǔ)關(guān)系,前者研究可標(biāo)記分子在細(xì)胞內(nèi)的分布和細(xì)胞的形態(tài),后者則研究細(xì)胞內(nèi)特定區(qū)域里所含分子的種類和數(shù)量。因此,進(jìn)一步提高單細(xì)胞的在線樣品處理能力、無損失分離能力和超高靈敏度檢測能力是單細(xì)胞分離檢測技術(shù)的發(fā)展方向。

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Latest developments of single cell analysis

SHI Meng1,2, SONG Zhihua1,2, GENG Xuhui1, WU Dapeng1, GUAN Yafeng1*
(1.KeyLaboratoryofSeparationScienceforAnalyticalChemistry,DalianInstituteofChemicalPhysics,ChineseAcademyofSciences,Dalian116023,China; 2.UniversityofChineseAcademyofSciences,Beijing100049,China)

Single cell analysis can reveal the cellular components and physiological behavior diversity. It is on the cutting-edge of bio-analytical chemistry. Challenges on detection limit, resolution, and precise manipulation of cells are really tougher than ever before. This review includes the developments of several main techniques about separation, detection and imaging. At last, the future developments in separation and detection are discussed.

single-cell; separation; detection; imaging; review

10.3724/SP.J.1123.2016.08039

2016-08-31

國家自然科學(xué)基金項目(21405157);中國科學(xué)院重點部署項目(KFZD-SW-203,SW-203-03).

Foundation item: National Natural Science Foundation of China (No. 21405157); Key Program of the Chinese Academy of Sciences (Nos. KFZD-SW-203, SW-203-03).

O658

:A

:1000-8713(2017)01-0105-05

*通訊聯(lián)系人.Tel:(0411)84379590,E-mail:guanyafeng@dicp.ac.cn.