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    基于分子對接的獨(dú)活寄生湯治痿和治痹藥效物質(zhì)基礎(chǔ)研究

    2017-04-05 21:59:08鄭春松嚴(yán)培晶付長龍葉蕻芝吳廣文
    關(guān)鍵詞:獨(dú)活寄生湯分子對接骨關(guān)節(jié)炎

    鄭春松+嚴(yán)培晶+付長龍+葉蕻芝+吳廣文+李西海+劉獻(xiàn)祥

    【摘 要】目的:探索獨(dú)活寄生湯治痿和治痹的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)。方法:構(gòu)建獨(dú)活寄生湯化學(xué)成分分子數(shù)據(jù)庫,運(yùn)用分子對接技術(shù),探討其與軟骨退變靶點(diǎn)基質(zhì)金屬蛋白酶-13(MMP-13)、炎癥靶點(diǎn)環(huán)氧化酶-2(COX-2)受體的相互作用。結(jié)果:獨(dú)活寄生湯的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)含有25個(gè)化合物,主要為苷類、黃酮類化合物,其中,16個(gè)化合物能與MMP-13有較好的作用,14個(gè)化合物能與COX-2有較好的作用,5個(gè)化合物對MMP-13和COX-2均有作用效應(yīng)。結(jié)論:獨(dú)活寄生湯可通過MMP-13和COX-2的有效成分群分別起到治痿、治痹或痿痹同治的作用,為其在骨關(guān)節(jié)炎中的臨床運(yùn)用提供新依據(jù)。

    【關(guān)鍵詞】 骨關(guān)節(jié)炎;獨(dú)活寄生湯;治痿;治痹;藥效物質(zhì)基礎(chǔ);分子對接

    Molecular Docking Research on Pharmacodynamic Material Basis of Duhuo Jisheng Tang(獨(dú)活寄生湯)Treating Flaccidity and Bi

    ZHENG Chun-song,YAN Pei-jing,F(xiàn)U Chang-long,YE Hong-zhi,WU Guang-wen,LI Xi-hai,LIU Xian-xiang

    【ABSTRACT】Objective:To explore the pharmacodynamic material basis of Duhuo Jisheng Tang(獨(dú)活

    寄生湯)treating flaccidity and Bi.Methods:A molecular database of the chemical constituents of Duhuo Jisheng

    Tang was established.Molecular docking technology was used to explore its interaction with MMP-13 and COX-2.Results:The material basis for the efficacy of Duhuo Jisheng Tang contained 25 compounds,mainly including glycosides and flavonoids,among which 16 compounds could have a better interaction with MMP-13,

    14 compounds could have a better interaction with COX-2,and 5 compounds had interactions with MMP-13 and COX-2.Conclusion:Duhuo Jisheng Tang treats flaccidity and bi by effective components of MMP-13 and COX-2,

    which can provide a new basis for its clinical use in osteoarthritis.

    【Keywords】 osteoarthritis;Duhuo Jisheng Tang(獨(dú)活寄生湯);treating flaccidity;treating bi;pharmacodynamic

    material basis;molecular docking

    骨關(guān)節(jié)炎(osteoarthritis,OA)屬中醫(yī)學(xué)“骨痹”“膝痹”范疇,中醫(yī)藥及其相關(guān)治療方法已經(jīng)成為國內(nèi)治療OA的主要手段[1]。筆者前期課題組基于陳可冀學(xué)術(shù)思想之骨關(guān)節(jié)炎研究,提出了本痿標(biāo)痹為OA的核心病機(jī),開展了基于本痿標(biāo)痹核心病機(jī)的OA系列研究,形成了從本治痿、從標(biāo)治痹的OA治療理念,該成果獲2015年福建省科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)[2]。但是,具體的治痿、治痹藥效物質(zhì)基礎(chǔ)研究甚少。

    獨(dú)活寄生湯出自唐代醫(yī)家孫思邈的《備急千金要方》,由獨(dú)活、桑寄生、牛膝和細(xì)辛等組成,既能祛風(fēng)濕、止痹痛,又能益肝腎和補(bǔ)氣血[3],臨床上可用于治療OA的痹證和痿證[4],已被實(shí)驗(yàn)證實(shí)其具有抗炎鎮(zhèn)痛和延緩關(guān)節(jié)軟骨退變的作

    用[5-6]。為此,筆者以獨(dú)活寄生湯為研究對象,借助計(jì)算機(jī)模擬之分子對接方法[7-9],尋找獨(dú)活寄生湯中治痹和治痿療效發(fā)揮的物質(zhì)基礎(chǔ),從分子層面為OA“本痿標(biāo)痹”核心病機(jī)的中藥治療提供理論支持,也為名方的二次開發(fā)和OA的精準(zhǔn)治療提供新依據(jù)。

    1 材料與設(shè)備

    1.1 實(shí)驗(yàn)材料 獨(dú)活寄生湯分子集;OA治痹、治痿靶標(biāo)。

    1.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)備 使用北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院計(jì)算機(jī)模擬實(shí)驗(yàn)室的Discovery Studio(DS)軟件進(jìn)行計(jì)算,該軟件的運(yùn)行環(huán)境:DS 2.0圖形工作站和Microsoft Windows XP Professional,SP 2操作系統(tǒng)。計(jì)算模擬過程中所用的參數(shù)除非特別指明,否則,均為缺省值。

    2 方 法

    2.1 獨(dú)活寄生湯分子數(shù)據(jù)庫的建立 從北京大學(xué)中草藥有效成分三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、中藥原植物化學(xué)成分手冊和文獻(xiàn)[10-12],檢索獨(dú)活寄生湯組成藥物(獨(dú)活、桑寄生、牛膝、細(xì)辛、秦艽、茯苓、肉桂、防風(fēng)、川芎、當(dāng)歸、地黃、杜仲、人參、白芍和甘草)的化學(xué)成分(包括代謝成分),經(jīng)過排重,共計(jì)566個(gè)中藥化學(xué)成分。利用美國MDL信息系統(tǒng)公司的ISIS/DRAW 2.5軟件繪制其二維結(jié)構(gòu),輸出為mol格式文件。在DS 2.0上加氫,轉(zhuǎn)化為三維結(jié)構(gòu),應(yīng)用Ligand Minimination模塊對化學(xué)成分三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行默克公司開發(fā)的分子力場(MMFF)優(yōu)化,保存為sd文件(DHJSD-bank.sd),建立獨(dú)活寄生湯分子數(shù)據(jù)庫。

    2.2 治痹、治痿靶標(biāo)的選擇 根據(jù)OA的發(fā)病機(jī)制[13-16]、治療靶數(shù)據(jù)庫(TTD)[17]、軟骨退變臨床表現(xiàn)為痿、骨質(zhì)增生臨床表現(xiàn)為痹[2],確定與抗炎鎮(zhèn)痛密切相關(guān)的治痹靶標(biāo)環(huán)氧化酶-2(COX-2),以及與延緩軟骨退變密切相關(guān)的治痿靶標(biāo)基質(zhì)金屬蛋白酶-13(MMP-13)。在RCSB Protein Data Bank上[18],下載COX-2和MMP-13

    的蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu),其代碼分別為3MQE和3I7I,見圖1。

    2.3 分子對接 獨(dú)活寄生湯分子集配體與OA靶標(biāo)的對接工作在DS 2.0中的LigandFit模塊進(jìn)

    行[19-20]。對接中,蛋白結(jié)構(gòu)去溶劑、去配體、加氫處理后,以其所含的活性原配體來確定活性位

    點(diǎn);在“Input Ligands”中輸入DHJSD-bank.sd文件。使用蒙特卡羅方法對獨(dú)活寄生湯化學(xué)成分配體進(jìn)行構(gòu)象采樣、Dreiding力場下進(jìn)行打分,保留得分最高的構(gòu)象。對對接成功配體化合物的DOCK-SCORE進(jìn)行排序[9],尋找比原配體DOCK-SCORE高的化合物,視為獨(dú)活寄生湯的藥效成

    分[21-22],從而得到獨(dú)活寄生湯中治痹和治痿藥效物質(zhì)基礎(chǔ)。

    3 結(jié) 果

    3.1 基于MMP-13和COX-2的分子對接 在DS的Ligandfit模塊中,遵循能量互補(bǔ)、幾何互補(bǔ)以及化學(xué)環(huán)境互補(bǔ)等原則,得到各自最佳的DOCK-SCORE。以已知的配體抑制劑DOCK-SCORE為閾值,發(fā)現(xiàn)獨(dú)活寄生湯潛在的活性成分25個(gè),其中,與MMP-13結(jié)合較好的化合物16個(gè),分別為異洋丁香酚苷、新異甘草苷、甘草寧E、朝鮮連翹苷、烏拉爾寧、異芒果花苷、異甘草苷、葉酸、烏拉爾醇-3-甲基醚、烏拉爾醇、綠原酸甲酯、西北甘草異黃酮、綠原酸、烏拉爾甘草皂苷B、烏拉爾甘草皂苷A和4'-O-甲基光甘草定;與COX-2結(jié)合較好的化合物14個(gè),分別為新西蘭牡荊苷Ⅱ、烏拉爾寧、異槲皮苷、烏拉爾醇-3-甲基醚、烏拉爾醇、異甘草黃酮醇、京尼平苷酸、甘草香豆精、烏拉爾甘草皂苷A、烏拉爾甘草皂苷B、芍藥苷、芍藥吉酮、烏拉爾甘草皂苷A甲基正丁酯和3'-甲氧基光甘草定。

    3.2 獨(dú)活寄生湯化學(xué)成分治痿和治痹的綜合評價(jià) 以比原配體DOCK-SCORE高的化合物視為獨(dú)活寄生湯的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)。以MMP-13為靶點(diǎn)的治痿藥效物質(zhì)基礎(chǔ)與以COX-2為靶點(diǎn)的治痹藥效物質(zhì)基礎(chǔ)主要由苷類、黃酮類成分組成。其中,有5個(gè)化合物能同時(shí)作用MMP-13和COX-2,但有11個(gè)化合物僅能跟MMP-13存在作用效應(yīng),有9個(gè)化合物僅能跟COX-2存在作用效應(yīng)。說明獨(dú)活寄生湯藥效物質(zhì)基礎(chǔ)在一定程度上顯示出治痿和治痹既有各自獨(dú)立的藥效成分,又有共同的藥效成分。獨(dú)活寄生湯化學(xué)成分治痿和治痹的綜合評價(jià)見表1。

    4 討 論

    目前,國內(nèi)科研人員常采用活性追蹤分離法從中藥中篩選活性化合物;但往往分離到的物質(zhì)越

    純,其藥效活性越弱,難以追蹤到藥效物質(zhì),相應(yīng)的作用靶點(diǎn)也難以闡明[23]。近年來,隨著結(jié)構(gòu)生物學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)、計(jì)算化學(xué)及分子模擬等學(xué)科的發(fā)展,開展計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(CADD),已經(jīng)成為一種國際上熱點(diǎn)的研究領(lǐng)域。其方法已被國內(nèi)外許多制藥公司、研究機(jī)構(gòu)用于新藥、中藥的研究與開發(fā),并取得了極大的成功[24-25]。其中,CADD中的分子對接,是中藥復(fù)方藥效物質(zhì)基礎(chǔ)的高效快速虛擬篩選最常見的技術(shù)之一[26-27]。因此,本文將分子對接方法用于獨(dú)活寄生湯復(fù)方藥效物質(zhì)基礎(chǔ)的研究。

    OA是以關(guān)節(jié)軟骨的變性、破壞及骨質(zhì)增生為特征的一種慢性關(guān)節(jié)病,是導(dǎo)致中老年人疼痛和殘疾的最常見原因[28]。其治療目的是緩解關(guān)節(jié)疼痛,改善功能并重建受損的軟骨及骨的結(jié)構(gòu)。其中,緩解關(guān)節(jié)疼痛常用COX-2抑制劑,其作用機(jī)制是通過抑制COX-2的活性,阻斷花生四烯酸和緩激肽等致痛物質(zhì)的代謝,防止血管性前列腺素的合成達(dá)到抗炎鎮(zhèn)痛的作用[29]。另外,已有研究表明,OA軟骨細(xì)胞外基質(zhì)的降解超過其合成,導(dǎo)致軟骨基質(zhì)凈含量的降低,進(jìn)而造成關(guān)節(jié)軟骨的部分甚至完全損耗,是關(guān)節(jié)軟骨破壞的主要病理表現(xiàn)[30]。而MMP-13可使Ⅱ型膠原變性裂解,對關(guān)節(jié)軟骨細(xì)胞外基質(zhì)具有降解作用,引起關(guān)節(jié)軟骨腫脹,抗外力作用下降,最終導(dǎo)致關(guān)節(jié)軟骨進(jìn)行性破壞[31]。因此,COX-2和MMP-13已成為緩解疼痛和延緩軟骨退變的重要靶點(diǎn)。

    筆者課題組認(rèn)為,OA以關(guān)節(jié)軟骨退變?yōu)樵l(fā)、骨質(zhì)增生為繼發(fā)的病理特點(diǎn),關(guān)節(jié)軟骨退變臨床表現(xiàn)為痿,骨質(zhì)增生臨床表現(xiàn)為痹,本痿標(biāo)痹為OA的核心病機(jī)[2]。治療上應(yīng)本著整體觀念和病證結(jié)合的原則,客觀地辨證分析。從本治痿,從標(biāo)治痹,急則治痹痛,緩則治痿證,久則痿痹同治。這里的治痹、治痿與緩解疼痛、延緩軟骨退變相互對應(yīng)起來。而且,從中醫(yī)角度看,OA的“本痿標(biāo)痹”是以肝腎虧虛為本,以風(fēng)寒濕為標(biāo)[32]。說明祛風(fēng)濕、益肝腎作為治療OA的根本法則,且具有祛風(fēng)濕、止痹痛、益肝腎和補(bǔ)氣血功效的獨(dú)活寄生湯可起到治痿和治痹的作用。王愛武等[33]進(jìn)行了獨(dú)活寄生湯抗炎、鎮(zhèn)痛的藥效學(xué)研究,進(jìn)一步證實(shí)了其治痹作用。原巧寧等[34]進(jìn)行獨(dú)活寄生湯治療大鼠膝OA軟骨病理學(xué)分析,證實(shí)了其能延緩關(guān)節(jié)軟骨的退行性病變,即具有治痿作用。因此,筆者分別以MMP-13和COX-2為治痿、治痹靶點(diǎn),以獨(dú)活寄生湯為研究對象,借助分子對接平臺,開展其治痿和治痹的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)研究。

    本實(shí)驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn),獨(dú)活寄生湯中黃酮類(烏拉爾寧、甘草寧E等)、苷類(新異甘草苷、異甘草苷等)、有機(jī)酸類(葉酸和綠原酸)等化合物可能通過抑制MMP-13活性達(dá)到延緩軟骨退變治痿的目的;黃酮類(異槲皮苷、異甘草黃酮醇等)、苷類(新異甘草苷、異甘草苷等)、有機(jī)酸類(京尼平苷酸)等化合物可能通過抑制COX-2活性達(dá)到抗炎治痹的目的。文獻(xiàn)已報(bào)道,葉酸可以降低MMPs的活性,綠原酸對高強(qiáng)度跳躍運(yùn)動(dòng)引發(fā)的膝關(guān)節(jié)軟骨損傷具有一定的保護(hù)作用,異槲皮苷和京尼平苷酸具有抗炎的作用等[35-38]。提示獨(dú)活寄生湯治痿和治痹的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)均是有效成分群。由于中藥具有多靶點(diǎn)的作用特點(diǎn)[21],本研究也發(fā)現(xiàn)烏拉爾寧、烏拉爾醇-3-甲基醚、烏拉爾醇、烏拉爾甘草皂苷A和烏拉爾甘草皂苷B既能作用于COX-2,又能作用于MMP-13。這些潛在的“混雜藥物”顯示出獨(dú)活寄生湯痿、痹同治的特點(diǎn)。上述為獨(dú)活寄生湯治療OA提供了依據(jù)。

    總之,分子對接的方法用于獨(dú)活寄生湯治痿和治痹的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)研究是一個(gè)有益的嘗試。如何在這方面進(jìn)行更廣、更深的研究,如構(gòu)建治痿和治痹的中藥治療網(wǎng)絡(luò)等,是未來值得我們思索的問題。相信CADD之分子對接有助于推動(dòng)OA的中藥現(xiàn)代化進(jìn)程。

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    收稿日期:2016-09-12;修回日期:2016-11-16

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