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    精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究相關(guān)信息資源的發(fā)現(xiàn)與匯聚

    2017-03-21 08:44:02,,,
    關(guān)鍵詞:異構(gòu)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)

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    精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究從疾病預(yù)防、診斷、治療等方面改變傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的研究模式,基因組學(xué)、藥物組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組等各類(lèi)數(shù)據(jù)也隨著各項(xiàng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究的開(kāi)展和推進(jìn)逐漸豐富。發(fā)現(xiàn)與匯聚精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)信息資源,探討適合的知識(shí)服務(wù)模式與結(jié)構(gòu),實(shí)現(xiàn)已有資源、成果的有效存儲(chǔ)、流通和再利用,滿足醫(yī)生、科研人員、產(chǎn)業(yè)發(fā)展等多方面的需求,是精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究的重要組成部分。

    繼2015年美國(guó)提出精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究計(jì)劃和英國(guó)持續(xù)投入資金推動(dòng)其“10萬(wàn)人基因組計(jì)劃”后,我國(guó)于 2016年公布了“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”相關(guān)的重大科研計(jì)劃和政策舉措,并將其列為國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃之一。

    本文圍繞國(guó)家科技創(chuàng)新和醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展的需求,借助數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)、數(shù)據(jù)過(guò)濾與解析等異構(gòu)資源整合技術(shù),開(kāi)展精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)資源的采集、存儲(chǔ)、加工、組織與分析。圍繞國(guó)際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃,發(fā)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域科學(xué)數(shù)據(jù),整合其前沿資訊、研究進(jìn)展、企業(yè)動(dòng)態(tài)等,為醫(yī)藥衛(wèi)生領(lǐng)域科研人員提供集成性、綜合性、有效性和多元化的[1]數(shù)據(jù)資源和科研支撐與知識(shí)服務(wù),促進(jìn)科技創(chuàng)新和健康產(chǎn)業(yè)發(fā)展。

    1 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)信息資源的發(fā)現(xiàn)

    本文重點(diǎn)對(duì)美國(guó)和英國(guó)的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)項(xiàng)目產(chǎn)生的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行掃描。

    1.1 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究計(jì)劃及其相關(guān)資訊資源

    1.1.1 美國(guó)All of Us /Precision Medicine Initiative

    2015年1月30日,美國(guó)政府宣布了其精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃(Precision Medicine Initiative,PMI)[2],即通過(guò)分析100萬(wàn)名志愿者的基因信息,更好地了解疾病形成機(jī)理,為開(kāi)發(fā)相應(yīng)藥物、實(shí)現(xiàn)“個(gè)性化醫(yī)療”“個(gè)性化用藥”奠定基礎(chǔ)。

    2015年9月,美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(National Institutes of Health,NIH)組織專(zhuān)家成立了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)咨詢委員會(huì),并對(duì)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃的實(shí)施進(jìn)行了詳細(xì)解讀[3]。

    2016年,美國(guó)聯(lián)邦政府從財(cái)政預(yù)算中為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃劃撥2.15億美元經(jīng)費(fèi)。2017年2月,NIH將項(xiàng)目名稱改名為“All of Us”[4],同時(shí)撥出500萬(wàn)美元用于社區(qū)和衛(wèi)生保健部門(mén)招募志愿者,以準(zhǔn)確、全面地繪制美國(guó)人群基因地圖。該項(xiàng)目的資源類(lèi)型有公告/報(bào)告、新聞、會(huì)議、研究進(jìn)展等,每日更新。

    1.1.2 英國(guó)Precision Medicine Catapult

    2012年末,英國(guó)啟動(dòng)10萬(wàn)人基因組計(jì)劃(The 100,000 Genomes Project)(https://www.genomicsengland.co.uk/the-100000-genomes-project/),計(jì)劃于2017年前對(duì)包含癌癥和罕見(jiàn)病在內(nèi)的10萬(wàn)人進(jìn)行基因組測(cè)序,使英國(guó)的生命科學(xué)研究處于全球現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的前沿。

    2015年4月,由英國(guó)技術(shù)戰(zhàn)略委員會(huì)(Innovate UK)資助的Precision Medicine Catapult (PMC)項(xiàng)目啟動(dòng),該項(xiàng)目旨在連接政府、企業(yè)、研究機(jī)構(gòu)以及領(lǐng)域?qū)W者,共同發(fā)展英國(guó)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究,推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。該項(xiàng)目的資源類(lèi)型有新聞、博客,每日更新。

    1.2 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)

    精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域涉及的數(shù)據(jù)類(lèi)型眾多,疾病、藥物、基因、通路等均屬于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域范疇。為了更好地實(shí)現(xiàn)資源掃描和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)異構(gòu)數(shù)據(jù)整合,為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)知識(shí)服務(wù)奠定基礎(chǔ),本文調(diào)研了DrugBank、CTD、TTD等幾個(gè)有代表性的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。

    1.2.1 DrugBank

    DrugBank(https://www.DrugBank.ca/)是2006年加拿大衛(wèi)生研究院(Canadian Institutes of Health Research)、阿爾伯塔省創(chuàng)新健康研究計(jì)劃(Alberta Innovates -Health Solutions)和代謝組學(xué)創(chuàng)新中心(The Metabolomics Innovation Centre,TMIC)共同資助創(chuàng)建的。數(shù)據(jù)庫(kù)整合了藥物的化學(xué)結(jié)構(gòu)、藥理作用、作用蛋白靶點(diǎn)、作用的生理通路、藥物間相互作用等信息,包含了6 432類(lèi)藥物、2 350類(lèi)靶標(biāo)物質(zhì)及它們之間12 715條相互作用關(guān)系的信息。

    1.2.2 CTD

    CTD(Comparative Toxicogenomics Database,http://ctdbase.org/)是2002年由北卡州立大學(xué)(North Carolina State University,NCSU)開(kāi)發(fā)的,主要描述化合物、基因、疾病及其相互關(guān)系,同時(shí)還包涵了基因本體(Gene Ontology,GO)、通路和暴露組等相關(guān)內(nèi)容。

    1.2.3 TTD

    TTD(Therapeutic Target Database,http://bidd.nus.edu.sg/BIDD-Databases/TTD/TTD.asp)是2002年新加坡國(guó)立大學(xué)(National University of Singapore)生物信息學(xué)和藥物創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)(Bioinformatics and Drug Design Group)創(chuàng)建的,提供已知或正在探索的可用作治療的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)和核苷酸靶點(diǎn)的信息及其對(duì)應(yīng)的靶疾病、靶通路和相應(yīng)的藥物/配體信息,同時(shí)包括這些靶點(diǎn)在其他數(shù)據(jù)庫(kù)中的相關(guān)鏈接,如靶點(diǎn)的功能、序列、3D結(jié)構(gòu)、配體結(jié)合性質(zhì)、酶的命名以及相關(guān)文獻(xiàn)等信息的鏈接。

    1.2.4 Pathway Commons

    Pathway Commons(http://www.pathwaycommons.org)是由多倫多大學(xué)(University of Toronto)創(chuàng)建的,并與計(jì)算生物信息中心(cBio Center for Information Biology)、哈佛醫(yī)學(xué)院(Harvard Medical School)、俄勒岡健康與科學(xué)大學(xué)(Oregon Health & Science University)共同參與維護(hù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了來(lái)自22個(gè)數(shù)據(jù)資源的化學(xué)通路信息,包括生物體內(nèi)一系列生物化學(xué)分子(如基因,基因產(chǎn)物以及化合物等)通過(guò)各種生化級(jí)聯(lián)反應(yīng)來(lái)完成某一具體的生物學(xué)過(guò)程所涉及的蛋白質(zhì)、DNA、RNA、生物小分子等多種物質(zhì)。數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了4.2萬(wàn)條通路信息,135萬(wàn)條相互作用關(guān)系[5]。

    1.2.5 COSMIC

    COSMIC(Catalogue of somatic mutations in cancer,COSMIC,http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic)是創(chuàng)建于2004年的人類(lèi)癌癥相關(guān)體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù),是世界上最大的癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù),由Wellcome Trust Sanger Institute開(kāi)發(fā)和維護(hù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)收錄專(zhuān)家審編數(shù)據(jù)和全基因組數(shù)據(jù),截至2016年9月,數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了123萬(wàn)腫瘤樣本、2.8萬(wàn)全基因組數(shù)據(jù)、400萬(wàn)突變數(shù)據(jù)等[6]。

    2 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)信息資源匯聚與整合

    精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)知識(shí)服務(wù)是在資源掃描的基礎(chǔ)上,完成資源的采集、分析和重組,幫助用戶獲取多來(lái)源的領(lǐng)域知識(shí),更有效地支持相關(guān)工作人員的知識(shí)應(yīng)用和知識(shí)創(chuàng)新。為了實(shí)現(xiàn)不同系統(tǒng)間的信息資源共享,需要整合各種分布雜亂的資源。實(shí)現(xiàn)信息資源整合的關(guān)鍵在于遵循標(biāo)準(zhǔn)化的規(guī)范體系[7]。根據(jù)上文對(duì)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資訊和科學(xué)數(shù)據(jù)的掃描,我們構(gòu)建了統(tǒng)一的元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),將多來(lái)源的異構(gòu)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)到本地,并以知識(shí)服務(wù)的形式提供資源的共享和再利用。精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)異構(gòu)資源發(fā)現(xiàn)與整合的方案見(jiàn)圖1。

    2.1 資源發(fā)現(xiàn)與采集

    對(duì)美國(guó)All of Us計(jì)劃和英國(guó)Precision Medicine Catapult進(jìn)行精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資源掃描,發(fā)現(xiàn)了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究進(jìn)展、項(xiàng)目動(dòng)態(tài)、會(huì)議報(bào)道、人員招募等資訊類(lèi)數(shù)據(jù)。這兩個(gè)項(xiàng)目資源類(lèi)型及分布見(jiàn)表1。同時(shí)整合了國(guó)際先進(jìn)的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)集,數(shù)據(jù)內(nèi)容涵蓋藥物、疾病、基因、通路等多種類(lèi)型,為用戶提供精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)服務(wù)。數(shù)據(jù)采集情況見(jiàn)表2。

    2.2 元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)描述

    針對(duì)資訊類(lèi)和科學(xué)數(shù)據(jù)兩類(lèi)資源的特性,分別設(shè)計(jì)了通用的資源元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)(表3、表4),為實(shí)現(xiàn)異構(gòu)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資源的整合奠定基礎(chǔ)。為了優(yōu)化用戶對(duì)資源的檢索,系統(tǒng)利用MeSH醫(yī)學(xué)主題詞表對(duì)所有資源進(jìn)行了知識(shí)標(biāo)注,支持用戶根據(jù)自己的需要選擇搜索路徑,同時(shí)為實(shí)現(xiàn)資源間的語(yǔ)義關(guān)聯(lián)做好鋪墊。

    表1 美英兩國(guó)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資源類(lèi)型及采集數(shù)量

    表2 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)采集

    表3 資訊類(lèi)數(shù)據(jù)的元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)

    表4 科學(xué)數(shù)據(jù)的元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)

    2.3 資源解析與整合

    常見(jiàn)的異構(gòu)資源整合方式包括模式集成和數(shù)據(jù)復(fù)制。模式集成是指在數(shù)字資源整合過(guò)程中將來(lái)源于不同數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)視圖集成為全局模式,以幫助用戶無(wú)限制地訪問(wèn)各數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)字資源[8];數(shù)據(jù)復(fù)制則是通過(guò)對(duì)各數(shù)據(jù)庫(kù)的異構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)字資源的整合,為用戶提供一站式服務(wù),滿足用戶的信息需求,提升用戶瀏覽和獲取信息資源的體驗(yàn)[9],其代表技術(shù)是數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)技術(shù)(Extract-Transform-Load,ETL)。比較以上兩種模式的特點(diǎn),數(shù)據(jù)復(fù)制能夠?qū)悩?gòu)數(shù)據(jù)本地化,為用戶提供集成化的數(shù)據(jù)服務(wù),用戶只需要進(jìn)行一次身份驗(yàn)證便可以無(wú)障礙地檢索和獲取眾多數(shù)據(jù)庫(kù)中的資源[9],可大大提升訪問(wèn)效率和用戶體驗(yàn)。

    在資源分類(lèi)和對(duì)應(yīng)元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)的基礎(chǔ)上,本文采用了數(shù)據(jù)復(fù)制的異構(gòu)資源整合方式,以滿足用戶對(duì)數(shù)據(jù)集成服務(wù)的需求。對(duì)于資訊類(lèi)數(shù)據(jù),通過(guò)網(wǎng)絡(luò)爬蟲(chóng)工具對(duì)資源相關(guān)內(nèi)容的文章列表頁(yè)面進(jìn)行爬取、解析,獲得文章內(nèi)容頁(yè)面的URL列表;然后對(duì)文章內(nèi)容頁(yè)面進(jìn)行爬取,通過(guò)正則表達(dá)式工具解析頁(yè)面內(nèi)容,根據(jù)設(shè)計(jì)的元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)獲取相應(yīng)字段項(xiàng)的內(nèi)容,存儲(chǔ)到本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)中;最終獲取項(xiàng)目的實(shí)施方案、最新動(dòng)態(tài)、研究進(jìn)展及報(bào)告等類(lèi)型資源。對(duì)于資源本身帶有的附件如PDF等,我們將其下載到本地,通過(guò)唯一ID關(guān)聯(lián)到資源本身,再呈現(xiàn)在知識(shí)服務(wù)系統(tǒng)中。對(duì)于可開(kāi)放獲取的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù),根據(jù)藥物、基因、疾病等類(lèi)型分別下載,然后依據(jù)科學(xué)數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)解析出相關(guān)數(shù)據(jù)項(xiàng)和對(duì)數(shù)據(jù)集的MeSH主題歸類(lèi)進(jìn)行標(biāo)注。

    在此基礎(chǔ)上,繼續(xù)開(kāi)展數(shù)據(jù)過(guò)濾、解析及整合工作。采用數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)技術(shù)(Extract-Transform-Load,ETL),完成對(duì)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)異構(gòu)數(shù)據(jù)的提取、數(shù)據(jù)類(lèi)型與正規(guī)性檢查、數(shù)據(jù)的清洗、數(shù)據(jù)的解析和準(zhǔn)備[10]等工作。根據(jù)兩類(lèi)資源元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),規(guī)范數(shù)據(jù)格式,實(shí)現(xiàn)異構(gòu)數(shù)據(jù)之間的轉(zhuǎn)換,最終加載到精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)中。借助數(shù)據(jù)整合系統(tǒng)的反饋層,完成對(duì)數(shù)據(jù)整合流程的反饋控制、資源調(diào)度和系統(tǒng)優(yōu)化,不斷增強(qiáng)數(shù)據(jù)整合層的運(yùn)行效率。同時(shí)設(shè)計(jì)基礎(chǔ)管理模塊,對(duì)用戶日志、數(shù)據(jù)訪問(wèn)以及系統(tǒng)使用過(guò)程中的緩存和異常等問(wèn)題進(jìn)行管理。

    3 精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)知識(shí)服務(wù)及資源利用效果評(píng)估

    隨著互聯(lián)網(wǎng)、云計(jì)算等信息技術(shù)的快速發(fā)展,醫(yī)學(xué)知識(shí)服務(wù)已從傳統(tǒng)的文獻(xiàn)檢索向圍繞數(shù)據(jù)資源、科學(xué)數(shù)據(jù)等展開(kāi)的新型知識(shí)服務(wù)模式轉(zhuǎn)變。在知識(shí)服務(wù)模式轉(zhuǎn)變的初期,產(chǎn)生并積累了大量的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)資源,形成了諸如DrugBank、OMIM、Disease Ontology等一系列的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。這些資源的結(jié)構(gòu)、存儲(chǔ)方式、組織方式、管理方式等各不相同,并且處于分散和無(wú)序的狀態(tài),利用效率不高[11]。通過(guò)信息整合,將原本分散、異構(gòu)和分布的資源組織成一個(gè)整體,才能支撐知識(shí)服務(wù)的開(kāi)展。由此可見(jiàn),資源的匯聚與整合在知識(shí)服務(wù)中起著極為重要的作用。

    為了促進(jìn)知識(shí)共享,國(guó)內(nèi)外醫(yī)學(xué)情報(bào)機(jī)構(gòu)積極探索醫(yī)學(xué)領(lǐng)域集成化的知識(shí)服務(wù)。高東平等構(gòu)建的重大疾病臨床樣本生命組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),集成不同來(lái)源、不同尺度、不同維度、不同粒度、不同質(zhì)量的臨床數(shù)據(jù)和組學(xué)數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)了臨床樣本生命組學(xué)大數(shù)據(jù)共享與利用服務(wù)[12];林煒煒等在采集醫(yī)院阿爾茲海默癥病理基本信息、臨床信息、影像信息等的基礎(chǔ)上,連接生物標(biāo)本組學(xué)(基因組學(xué)、代謝組學(xué)、表觀遺傳組學(xué)等)數(shù)據(jù)庫(kù),構(gòu)建了醫(yī)療數(shù)據(jù)及生物樣本數(shù)據(jù)平臺(tái)、隨訪數(shù)據(jù)平臺(tái)及健康數(shù)據(jù)平臺(tái)[13];Linda Huang等人設(shè)計(jì)并構(gòu)建了癌癥基因組學(xué)的Precision Medicine Knowledge Base(PMKB),對(duì)COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)中的癌癥相關(guān)基因變異和注釋信息進(jìn)行結(jié)構(gòu)化整合,并允許用戶對(duì)知識(shí)庫(kù)的條目進(jìn)行編輯[14]。綜上所述,目前國(guó)內(nèi)外對(duì)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)共享和知識(shí)服務(wù)還僅限于科學(xué)數(shù)據(jù)的集成服務(wù),圍繞科學(xué)數(shù)據(jù)并繼續(xù)整合相應(yīng)領(lǐng)域的前沿資訊、最新研究進(jìn)展、科學(xué)文獻(xiàn)等的服務(wù)還相對(duì)較少。

    本文在設(shè)計(jì)完成精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資訊和科學(xué)數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)的基礎(chǔ)上,圍繞領(lǐng)域熱點(diǎn)構(gòu)建了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)專(zhuān)題知識(shí)服務(wù)。通過(guò)對(duì)美英等國(guó)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資源的掃描,獲取國(guó)外精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的前沿資訊、研究報(bào)告、最新研究進(jìn)展,實(shí)現(xiàn)信息匯聚;基于DrugBank、CTD、TTD等發(fā)布的數(shù)據(jù)資源,實(shí)現(xiàn)對(duì)疾病、藥物、基因等知識(shí)的提取,完成數(shù)據(jù)資源的采集、整合、存儲(chǔ)、加工,并對(duì)外提供科學(xué)數(shù)據(jù)的公開(kāi)瀏覽和下載;匯集華大基因、諾禾致源等國(guó)內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)的企業(yè)動(dòng)態(tài),實(shí)現(xiàn)全面的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)知識(shí)服務(wù)。

    該項(xiàng)知識(shí)服務(wù)已經(jīng)在中國(guó)工程科技知識(shí)中心醫(yī)藥衛(wèi)生專(zhuān)業(yè)知識(shí)服務(wù)系統(tǒng)中上線并投入使用。通過(guò)對(duì)平臺(tái)訪問(wèn)日志進(jìn)行后分析發(fā)現(xiàn),自精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)專(zhuān)題知識(shí)服務(wù)模塊上線以后,有20%的用戶關(guān)注并瀏覽過(guò)該模塊相關(guān)內(nèi)容。用戶較為關(guān)注(訪問(wèn)次數(shù)較多)的內(nèi)容包括前沿資訊中關(guān)于政府推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究的相關(guān)舉措、精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃的實(shí)施和推動(dòng)過(guò)程,科學(xué)數(shù)據(jù)中DrugBank、CTD相應(yīng)的數(shù)據(jù)集,下載量約為3人次/天。此外,有8%的用戶在訪問(wèn)并下載了科學(xué)數(shù)據(jù)之后,繼續(xù)在最新研究進(jìn)展中查詢利用科學(xué)數(shù)據(jù)開(kāi)展的相關(guān)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)研究。精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)專(zhuān)題知識(shí)服務(wù)面向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域科技人員,提供多維度的科研支撐服務(wù),為領(lǐng)域決策者制定精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究的宏觀策略提供全面、開(kāi)放、智能的知識(shí)資源和戰(zhàn)略決策服務(wù)。該服務(wù)匯聚、整合精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的前沿資訊、研究進(jìn)展、科學(xué)數(shù)據(jù)、企業(yè)動(dòng)態(tài)等資源,提供精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)資源的集成化服務(wù),不但可以滿足用戶對(duì)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)資訊獲取、信息查詢和數(shù)據(jù)下載的一站式集成式服務(wù)需求,還能提高用戶工作效率。

    4 結(jié)論與展望

    本文掃描與匯聚精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域數(shù)據(jù)資源,借助數(shù)據(jù)倉(cāng)儲(chǔ)、數(shù)據(jù)過(guò)濾與解析等技術(shù),設(shè)計(jì)了異構(gòu)資源發(fā)現(xiàn)與整合框架,可實(shí)現(xiàn)不同來(lái)源、不同類(lèi)型數(shù)據(jù)之間的整合與共享,構(gòu)建不同類(lèi)型科學(xué)數(shù)據(jù)的知識(shí)服務(wù),為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域相關(guān)人員提供最新資訊、研究報(bào)告、會(huì)議動(dòng)態(tài)、科學(xué)數(shù)據(jù)等數(shù)據(jù)資源和多維度的科研支撐服務(wù)。

    為了進(jìn)一步達(dá)到輔助知識(shí)創(chuàng)新的目的,下一步我們將圍繞精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的資源主題開(kāi)展關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)、語(yǔ)義技術(shù)等技術(shù)的應(yīng)用與深入探索,從語(yǔ)義層面上實(shí)現(xiàn)信息資源的組織和聚合[15],構(gòu)建一個(gè)資源組織和深度聚合的整體框架體系,實(shí)現(xiàn)真正意義上的從資源發(fā)現(xiàn)到知識(shí)發(fā)現(xiàn)[16]。具體工作包括開(kāi)展精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)與科技文獻(xiàn)及中國(guó)工程科技知識(shí)中心醫(yī)藥衛(wèi)生知識(shí)服務(wù)系統(tǒng)中其他領(lǐng)域各類(lèi)異構(gòu)資源的深度關(guān)聯(lián),構(gòu)建領(lǐng)域知識(shí)圖譜,開(kāi)展對(duì)已有資源和數(shù)據(jù)的深度標(biāo)注,提升資源的揭示粒度,為平臺(tái)的知識(shí)發(fā)現(xiàn)關(guān)聯(lián)提供技術(shù)支持。

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