單克隆抗體依那西普融合蛋白的活性結(jié)構(gòu)保護(hù)

潘　琦，李代禧，郭柏松，楊春生，楊　智

( 1.上海理工大學(xué)食品科學(xué)與工程研究所，上海200093;2.上海東富龍科技股份有限公司凍干工藝研究室，上海201108)

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單克隆抗體依那西普融合蛋白的活性結(jié)構(gòu)保護(hù)

潘琦1，李代禧1，郭柏松2，楊春生2，楊智2

( 1.上海理工大學(xué)食品科學(xué)與工程研究所，上海200093;
2.上海東富龍科技股份有限公司凍干工藝研究室，上海201108)

摘要采用拉伸模擬和傘狀采樣的方法，利用Gromacs軟件和Amber99sb-ildn分子力場(chǎng)研究了不同濃度的海藻糖體系和海藻糖-甘露醇復(fù)合體系中單克隆依那西普融合蛋白二聚體的解離過程.結(jié)果表明，海藻糖能顯著增強(qiáng)依那西普二聚體活性結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性，且海藻糖-甘露醇的復(fù)合保護(hù)優(yōu)于海藻糖的單一保護(hù);保護(hù)劑的種類及其選擇性吸附保護(hù)的特定位置對(duì)依那西普蛋白二聚體活性結(jié)構(gòu)保護(hù)效果的影響顯著.

關(guān)鍵詞依那西普;拉伸模擬;傘狀采樣;海藻糖

依那西普( Etanercept)是1998年由美國(guó)食品藥品監(jiān)管局( FDA)批準(zhǔn)用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎［1］、銀屑病性關(guān)節(jié)炎［2］、強(qiáng)直性脊柱炎［3］和幼年慢性關(guān)節(jié)炎［4］等疾病的抗體藥物.該藥物是以中國(guó)倉(cāng)鼠細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng)產(chǎn)生的人腫瘤壞死因子( TNF-α)受體P75與IgG Fc段結(jié)合的二聚體融合蛋白，由931個(gè)氨基酸組成，相對(duì)分子質(zhì)量為1. 5×105［5］.其作用機(jī)制是通過與TNF-α競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合，抑制其生物活性，從而阻斷TNF-α介導(dǎo)的細(xì)胞反應(yīng)［6］.

市售的依那西普一般為無菌、白色、不含防腐劑的凍干粉末，其儲(chǔ)存溫度為2～8℃，溶解后應(yīng)立即使用;如果未立即使用，應(yīng)將溶解后的依那西普注射液貯存于2～8℃，最長(zhǎng)可保存6 h.依那西普抗體蛋白復(fù)溶后的穩(wěn)定性差，容易分解成單體.

在惡劣條件下，為穩(wěn)定抗體藥物分子的活性結(jié)構(gòu)，通常會(huì)加入一些糖類保護(hù)劑，如海藻糖( THL)、蔗糖( SUC)、甘露醇( MAN)和山梨醇( SOR)等作為輔料［7］，但保護(hù)機(jī)理尚不清楚.為此，本文以依那西普為研究對(duì)象，以海藻糖和甘露醇為保護(hù)劑，研究了低溫下保護(hù)劑對(duì)單克隆抗體融合蛋白活性結(jié)構(gòu)的保護(hù)作用與規(guī)律，分析了不同保護(hù)劑的保護(hù)效果和作用機(jī)理，以期為抗體蛋白輔料配方的篩選和優(yōu)化提供技術(shù)支持.

1　實(shí)驗(yàn)部分

1.1結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備

采用上海理工大學(xué)計(jì)算生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的五舟高性能服務(wù)器集群作為高性能并行計(jì)算的計(jì)算平臺(tái).集群共有24個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)，每個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)有2顆Intel XeonE5-2650處理器( 2. 0 GHz，每顆8核心).

選擇依那西普晶體結(jié)構(gòu)( PDB ID: 2DTQ)溶劑化后的模型作為保護(hù)體系的初始模型.其晶體結(jié)構(gòu)由X射線衍射分析得到，分辨率為0. 2 nm，獲取地址為http: / /www.rcsb.org/pdb/files/2dtq.pdb.結(jié)構(gòu)［圖1( A)］尾部2個(gè)單體由3個(gè)二硫鍵相連，通常二硫鍵易發(fā)生可逆氧化還原反應(yīng)，屬于氧化還原保護(hù).因此，在建模處理時(shí)剔除了二硫鍵相連的部分.保護(hù)劑海藻糖［圖1( B)］和甘露醇［圖1( C)］的晶體結(jié)構(gòu)采用Gaussion09軟件包在B3LYP/6-31G*方法下進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)為最終結(jié)構(gòu)［8］.

Fig.1　Sketch of monoclonal antibody fusion protein etanercept( A) and the structure of trehalose( B) and mannitol( C)

1.2計(jì)算過程

利用Gromacs4.6生物大分子模擬軟件［9］采用拉伸模擬( SMD)［10～12］和傘狀采樣( US)［13，14］方法，在恒溫恒容條件下完成保護(hù)劑對(duì)依那西普融合蛋白的保護(hù)過程.在研究海藻糖單一保護(hù)時(shí)，不同體系中的海藻糖按線性增加的趨勢(shì)添加，而復(fù)合保護(hù)中保護(hù)劑的比例參考糖和多元醇結(jié)合的依那西普穩(wěn)定配方專利［15］，每個(gè)體系的組成如表1所示.其中依那西普采用Amber99sb-ildn分子力場(chǎng)［16］，海藻糖和甘露醇采用Amber通用分子力場(chǎng)［17］，水分子采用TIP3P模型［18］.范德華力和靜電相互作用的截距分別設(shè)為1. 4和1. 0 nm，為了修正范德華力的遠(yuǎn)程相互作用，將鄰近作用半徑設(shè)為1. 0～1. 4 nm.另外，在模擬中采用Particle Mesh Ewald( PME)方法［19］用于靜電相互作用的修正.

Table 1　Models for simulation and the detail components

首先，建立20. 2825 nm×10. 2579 nm×7. 8697 nm的周期性體系.每個(gè)體系分別進(jìn)行0. 2 ns的結(jié)構(gòu)最小化，再以LINear Constraint Solver( LINCS)方法［20］限制所有化學(xué)鍵的鍵長(zhǎng)，利用Maxwell分布方法［21］設(shè)置體系各原子的初始速度，并通過Velocity-rescale方法［22］控制體系的溫度為300 K，耦合常數(shù)為0. 1，同時(shí)采用Berendsen方法［23］設(shè)定體系的壓強(qiáng)耦合常數(shù)為0. 5.對(duì)水溶液體系進(jìn)行0. 5 ns升溫模擬［24］和5 ns的預(yù)平衡，再平衡40 ns，得到均勻穩(wěn)定的依那西普融合蛋白的水溶液體系.然后設(shè)定時(shí)間步長(zhǎng)為1 fs，拉伸速率為0. 5 nm/ns，簡(jiǎn)諧力常數(shù)為1000 kJ/( mol·nm2)，在恒溫恒容條件下進(jìn)行x軸方向的拉伸解離.根據(jù)拉伸解離的軌跡，每隔0. 1 nm提取1個(gè)體系構(gòu)象，每個(gè)體系提取100個(gè)體系構(gòu)象.針對(duì)每個(gè)構(gòu)象分別進(jìn)行傘狀采樣模擬，利用加權(quán)直方圖分析方法( WHAM)［25］得到依那西普融合蛋白二聚體的合理Potential of Mean Force( PMF)解離自由能［26］.

2　結(jié)果與討論

2.1海藻糖和甘露醇在依那西普蛋白表面的吸附作用

海藻糖是一種優(yōu)良的生物活性穩(wěn)定劑.從溶液結(jié)構(gòu)上看，在添加有依那西普融合蛋白的海藻糖均勻溶液中，經(jīng)過系統(tǒng)平衡后，海藻糖分子會(huì)自動(dòng)吸附在依那西普抗體的蛋白表面，以實(shí)現(xiàn)其穩(wěn)定和保護(hù)蛋白活性結(jié)構(gòu)的功能.

通常，形成有效氫鍵的最大距離是0. 35 nm，能夠發(fā)生較強(qiáng)分子間庫(kù)侖作用和范德華力的最長(zhǎng)距離分別是1. 00和1. 40 nm.基于此，分別統(tǒng)計(jì)了各體系中距離依那西普蛋白表面0. 35，1. 00和1. 40 nm范圍內(nèi)吸附的保護(hù)劑分子數(shù)目，如圖2所示.

在海藻糖單一保護(hù)體系中，厚度為0. 35 nm保護(hù)劑層內(nèi)的保護(hù)劑分子與蛋白表面有直接作用，其吸附效果和數(shù)目對(duì)蛋白藥物活性結(jié)構(gòu)的保護(hù)起著重要作用.由統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)可知，各模擬體系中保護(hù)層內(nèi)保護(hù)劑的數(shù)目變化不大，平均吸附分子個(gè)數(shù)僅為16個(gè).這說明大部分蛋白表面直接被水分子占據(jù).而在復(fù)合保護(hù)體系中，該層吸附海藻糖分子10個(gè)，甘露醇分子17個(gè)，共27個(gè)保護(hù)劑分子與蛋白表面直接作用.復(fù)合保護(hù)體系中直接吸附的保護(hù)劑分子數(shù)目和蛋白表面都明顯增加，致使復(fù)合保護(hù)效果得到有效提高.

Fig.2　Numbers of protection in different thickness of protective layer around atanercept in each systema-f respectively represents the etanercept solvation systems with 50，100，150，200，250 and 300 molecular numbers of trehalose.g-t and g-m respectively represents trehalose and mannitol in complex protection system.

在厚度為1. 00 nm保護(hù)層內(nèi)的保護(hù)劑分子數(shù)目隨著保護(hù)劑的添加呈現(xiàn)先增大后穩(wěn)定的趨勢(shì);而在厚度為1. 40 nm保護(hù)層內(nèi)的保護(hù)劑分子數(shù)目隨著保護(hù)劑添加數(shù)量的增加而增大.此結(jié)果表明，不同厚度的保護(hù)層可容納的保護(hù)劑分子數(shù)目有限.

在海藻糖-甘露醇復(fù)合保護(hù)體系中，距離依那西普蛋白1. 00～1. 40 nm范圍內(nèi)的2種保護(hù)劑的吸附量基本相當(dāng)，海藻糖和甘露醇分子的平均吸附個(gè)數(shù)分別是81和91.復(fù)合保護(hù)體系中，120個(gè)海藻糖分子和112個(gè)甘露醇分子的總吸附量比加入250個(gè)海藻糖分子單一保護(hù)體系的吸附量多，進(jìn)一步表明復(fù)合保護(hù)的優(yōu)勢(shì).

在不同保護(hù)劑濃度的依那西普溶液體系中，保護(hù)劑分子對(duì)抗體蛋白表面的選擇性吸附情況如圖3所示.可知，大量的保護(hù)劑分子可以直接或間接地吸附在依那西普抗體的蛋白表面.在海藻糖單一保護(hù)的體系中，隨著海藻糖的添加，保護(hù)劑分子對(duì)抗體蛋白的吸附面積逐漸增加［圖3( A)～( D)］.當(dāng)添加的海藻糖較多時(shí)，海藻糖分子會(huì)在抗體蛋白部分表面產(chǎn)生聚集［圖3( E)和( F)］，而不是全面吸附和覆蓋在整個(gè)蛋白表面.說明保護(hù)劑在蛋白藥物分子表面的吸附保護(hù)是有區(qū)域選擇性的.

Fig.3　Regional selective adsorption of protectant onto the surface of etanercept in different systems( A)—( F) represent the etanercept solvation systems with 50，100，150，200，250 and 300 molecular numbers of trehalose.( G) is trehalose and mannitol complex protection system.Closed electrostatic potential surface: etanercept; green: trehalose; cyan: mannitol.In order to show clearly，the molecular of water in systems is removed.

當(dāng)用海藻糖和甘露醇對(duì)依那西普進(jìn)行復(fù)合保護(hù)時(shí)，由于2種保護(hù)劑在蛋白表面的選擇性吸附區(qū)域不同，會(huì)交叉協(xié)同地吸附在蛋白表面［圖3( G)］，因此吸附面積更大，分子間的相互作用會(huì)更強(qiáng)，實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明其保護(hù)效果也更好［27］.

2.2依那西普融合蛋白二聚體在不同體系中的穩(wěn)定性

依那西普融合蛋白二聚體在不同溶液體系中解離時(shí)2個(gè)單體間拉力隨著解離時(shí)間的變化曲線見圖4，2個(gè)單體間最大拉力的柱形圖見圖5.由圖5可知，與未加保護(hù)劑的體系相比，在加入保護(hù)劑的溶液體系中依那西普蛋白解離所需的最大拉力明顯增大.這表明添加的海藻糖對(duì)依那西普蛋白二聚體活性結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性起到了保護(hù)效果.在海藻糖單一保護(hù)的溶液體系中，隨著海藻糖的加入，2個(gè)單體解離所需的最大拉力增加，表明抗體蛋白的穩(wěn)定性隨著保護(hù)劑的增加而增大.在加入200個(gè)海藻糖保護(hù)劑分子(即海藻糖的質(zhì)量分?jǐn)?shù)為6. 86%)之后，2個(gè)單體解離所需的最大拉力不再明顯增加，這一趨勢(shì)與厚度為1. 00 nm保護(hù)層內(nèi)的保護(hù)劑分子吸附個(gè)數(shù)隨著保護(hù)劑添加量的變化趨勢(shì)一致.此結(jié)果表明，海藻糖保護(hù)劑的添加基本達(dá)到了保護(hù)效果的上限，繼續(xù)添加海藻糖不能提升保護(hù)效果.

Fig.4　Curves of the pull force for dissociating etanercept dimer in different systems

Fig.5　Maximum pull force for dissociating etanercept dimer in different systems.THL-0; a.THL-50; b.THL-100; c.THL-150; d.THL-200; e.THL-250; f.THL-300; g.THL-MAN.

將海藻糖單一保護(hù)與海藻糖-甘露醇復(fù)合保護(hù)相比，依那西普蛋白二聚體在復(fù)合保護(hù)體系中解離所需的最大拉力明顯高于單一保護(hù)體系，表明復(fù)合保護(hù)效果要優(yōu)于單一保護(hù)效果.這是因?yàn)樵诤Ｔ逄菃我槐Ｗo(hù)時(shí)，與抗體蛋白有效作用范圍內(nèi)的保護(hù)劑分子數(shù)目有限所致.當(dāng)保護(hù)劑與蛋白表面殘基的直接保護(hù)作用達(dá)到飽和時(shí)，繼續(xù)增加保護(hù)劑的數(shù)目，保護(hù)劑則會(huì)在抗體蛋白部分表面聚集，使保護(hù)劑層增厚，保護(hù)劑對(duì)抗體蛋白的間接保護(hù)作用開始顯現(xiàn)，但保護(hù)效果不再明顯提高.但是在復(fù)合保護(hù)時(shí)，2種保護(hù)劑的分子結(jié)構(gòu)和大小存在差異，保護(hù)劑會(huì)交叉和協(xié)同地吸附在抗體蛋白表面，選擇性吸附的面積同樣增大，保護(hù)劑與抗體蛋白表面直接作用的殘基數(shù)增加，因而復(fù)合保護(hù)效果明顯強(qiáng)于單一保護(hù)效果.

2.3依那西普蛋白二聚體在不同保護(hù)體系中的PMF解離自由能

依那西普蛋白二聚體在不同保護(hù)體系中的PMF解離自由能變化圖和平均PMF解離自由能分別示于圖6和表2.

Fig.6　PMF free energy of etanercept dimer during dissociation in different systems

由圖6可知，在海藻糖單一保護(hù)體系中，隨著海藻糖的添加，依那西普蛋白二聚體的解離自由能逐漸提高，與解離所需最大拉力的變化趨勢(shì)一致，但是在超過了150個(gè)海藻糖分子添加量的體系中(即海藻糖保護(hù)劑的濃度為5. 16%)，依那西普抗體的PMF解離自由能出現(xiàn)一個(gè)平臺(tái)，這表明海藻糖對(duì)于依那西普抗體的有效保護(hù)存在最佳濃度范圍.

由表2可知，添加海藻糖保護(hù)的依那西普的PMF解離自由能明顯高于參照體系，表明海藻糖能顯著提高依那西普蛋白二聚體的熱力學(xué)穩(wěn)定性，起到保護(hù)依那西普活性結(jié)構(gòu)的效果.而從復(fù)合保護(hù)體系的PMF解離自由能來看，復(fù)合保護(hù)的依那西普蛋白二聚體的熱力學(xué)穩(wěn)定性反而降低，這可能是由于在復(fù)合保護(hù)中，在有效保護(hù)范圍內(nèi)的保護(hù)劑中約1/2為甘露醇，并且甘露醇對(duì)依那西普蛋白二聚體的熱力學(xué)穩(wěn)定性的影響作用不大.

Table 2　Average PMF free energies and errors in etanercept dissociation in different systems

在添加了200個(gè)海藻糖分子的單一保護(hù)體系中，依那西普蛋白二聚體的解離自由能反而明顯下降，可能由于保護(hù)劑在依那西普蛋白二聚體分子表面的吸附位置不同所致.

2.4保護(hù)劑的吸附位置對(duì)依那西普蛋白二聚體解離自由能的影響

為了探究依那西普蛋白二聚體在添加了200個(gè)海藻糖分子的溶液體系中解離自由能不增反降的原因，進(jìn)一步分析了保護(hù)劑的吸附位置對(duì)依那西普蛋白二聚體解離自由能的影響.在海藻糖單一保護(hù)體系和海藻糖-甘露醇復(fù)合保護(hù)體系中，保護(hù)劑在距離依那西普抗體表面0. 35 nm范圍內(nèi)的吸附情況如圖7所示.可見，每個(gè)體系中保護(hù)劑可以吸附在抗體蛋白2個(gè)單體相互接觸的界面處或吸附在抗體蛋白單體分子表面.當(dāng)保護(hù)劑吸附在2個(gè)單體相互接觸的界面處時(shí)，對(duì)二聚體穩(wěn)定性影響最佳.在添加200個(gè)海藻糖分子的體系中海藻糖雖然吸附在抗體蛋白的表面，但并未有效吸附在2個(gè)單體之間接觸的部位［圖7( D)］，導(dǎo)致其PMF解離自由能無明顯提高.

Fig.7　Adsorption of protectant within the range of 0. 35 nm from etanercept dimer surface( A)—( F) represent the etanercept solvation systems with 50，100，150，200，250 and 300 molecular numbers of trehalose.( G) is trehalose and mannitol complex protection system.Dimer with scarlet and indigo: etanercept; green: trehalose; cyan: mannitol.In order to show clearly，the molecular of water in systems is removed.

另外設(shè)計(jì)了200個(gè)海藻糖保護(hù)體系，在此體系中依那西普2個(gè)單體之間的交界處有海藻糖的吸附，并通過相同計(jì)算加以驗(yàn)證.將海藻糖吸附在2個(gè)單體的界面處［圖8( A)］，其平均解離自由能得到明顯提高［708. 85 kJ/mol，見圖7( B)］.比第一個(gè)體系( 333. 20 kJ/mol)提高約375. 65 kJ/mol.可見，保護(hù)劑的吸附位置顯著影響依那西普抗體蛋白的熱力學(xué)穩(wěn)定性.

Fig.8　Effect of trehalose adsorptive location on the structural stability of etanercept dimer( A) Adsorption of trehalose within the range of 0. 35 nm from the etanercept dimer surface;( B) PMF free energy of etanercept dissociation in new system.

在海藻糖-甘露醇復(fù)合保護(hù)體系中，在吸附依那西普抗體2個(gè)單體相接觸界面上較多的保護(hù)劑是甘露醇而不是海藻糖［圖7( G)］.為考察在關(guān)鍵吸附位置保護(hù)劑的種類對(duì)依那西普抗體蛋白熱力學(xué)穩(wěn)定性的影響，將依那西普抗體2個(gè)單體交界處換為海藻糖［圖9( A)］，用相同方法計(jì)算得到新復(fù)合保護(hù)體系中依那西普的平均解離自由能值為593. 97 kJ/mol［圖8( B)］.與未更換保護(hù)劑種類前相比( 518. 97 kJ/mol，表2)，解離自由能提高約75 kJ/mol.在厚度為0. 35 nm的吸附保護(hù)層中，海藻糖與甘露醇的吸附分子數(shù)目分別是11和18個(gè)，與第一個(gè)復(fù)合保護(hù)體系相比，海藻糖與甘露醇的吸附數(shù)目均有所增加.這表明保護(hù)劑的種類和在抗體蛋白表面的吸附位置對(duì)蛋白藥物活性結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的保護(hù)效果具有重要影響.

Fig.9　Effect of adsorptive location on the structural stability of etanercept dimer( A) Adsorption of protectant within the range of 0. 35 nm from the etanercept dimer surface;( B) the PMF free energy of etanercept dissociation in new complex system.

采用拉伸模擬和傘狀采樣方法研究不同保護(hù)體系中依那西普二聚體的解離過程可以直觀有效及定量地揭示保護(hù)劑數(shù)目、種類和吸附位置對(duì)抗體蛋白活性結(jié)構(gòu)熱力學(xué)穩(wěn)定性的影響.相對(duì)于解離自由能，最大解離拉力更能有效地判斷蛋白藥物活性結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性.動(dòng)力學(xué)比熱力學(xué)更能有效地判斷活性結(jié)構(gòu)保護(hù)劑對(duì)蛋白藥物的保護(hù)作用.同時(shí)，該理論研究結(jié)果和前期依那西普穩(wěn)定配方專利［15］的實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致.上述結(jié)果表明，運(yùn)用拉伸模擬和傘狀采樣方法研究結(jié)果綜合判定活性結(jié)構(gòu)保護(hù)劑的保護(hù)效果是可行的.

3　結(jié)　論

將拉伸模擬和傘狀采樣方法相結(jié)合研究了不同數(shù)量的海藻糖單一保護(hù)體系和海藻糖-甘露醇復(fù)合保護(hù)體系中依那西普蛋白二聚體的解離過程.結(jié)果表明，海藻糖能保護(hù)依那西普二聚體活性結(jié)構(gòu)，且海藻糖-甘露醇復(fù)合保護(hù)的效果優(yōu)于海藻糖單一保護(hù);活性結(jié)構(gòu)保護(hù)劑對(duì)蛋白藥物的保護(hù)作用是通過對(duì)特定關(guān)鍵部分的選擇性非親和弱吸附作用的體現(xiàn);動(dòng)力學(xué)比熱力學(xué)更能直接和有效地評(píng)價(jià)與判斷活性結(jié)構(gòu)保護(hù)劑對(duì)蛋白藥物的保護(hù)作用.

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Active Structure Protection of Monoclonal Antibody Fusion Protein Etanercept?

PAN Qi1，LI Daixi1*，GUO Baisong2，YANG Chunsheng2，YANG Zhi2
( 1.Institute of Food Science and Engineering，University of Shanghai for Science and Technology，Shanghai 200093，China;
2.Institute of Freeze-drying Technology，Shanghai Tofflon Science and Technology Co，Ltd.，Shanghai 201108，China)

Abstract The thermodynamic stability of etanercept in different concentrations of the protective agent was investigated.The approaches of umbrella sampling and steered molecular dynamic simulation were adopted to study the dissociation of dimer etanercept with Gromacs software and amber99sb-ildn united atomic force field.The results indicated that the trehalose has ability to enhance the stability of dimer etanercept，and the protective effect of etanercept with trehalose and mannitol is better than with pure trehalose.In addition，the type of protective agent and alternative specific adsorption position can impact the effect of protecting active structure of etanercept observably.

Keywords Etanercept; Steered molecular dynamic; Umbrella sampling; Trehalose

( Ed.: P，H，S，K)

?Supported by the National Natural Science Foundation of China( No.51076108)，the National Science Foundation of Shanghai，China ( No.12ZR1420400)，the Innovation Funds for International Cooperation of the Shanghai Committee of Science and Technology，China ( No.12430702000) and the Alliance Program in Shanghai，China.

基金項(xiàng)目:國(guó)家自然科學(xué)基金(批準(zhǔn)號(hào): 51076108)、上海市自然科學(xué)基金(批準(zhǔn)號(hào): 12ZR1420400)、上海市“創(chuàng)新行動(dòng)計(jì)劃”國(guó)際科技合作項(xiàng)目(批準(zhǔn)號(hào): 12430702000)和上海市聯(lián)盟計(jì)劃項(xiàng)目資助.

收稿日期:2015-09-08.網(wǎng)絡(luò)出版日期: 2016-01-13.

doi:10.7503/cjcu20150695

中圖分類號(hào)O629; Q341

文獻(xiàn)標(biāo)志碼A

聯(lián)系人簡(jiǎn)介:李代禧，男，博士，副教授，主要從事計(jì)算生物學(xué)方面的研究.E-mail: dxli75@ 126.com