頂層本體GFO在中醫(yī)藥領(lǐng)域本體構(gòu)建中的應(yīng)用展望

龍?！≠Z李蓉　朱玲　朱彥

摘要：論述中醫(yī)藥頂層本體構(gòu)建的必要性及研究現(xiàn)狀，并探討其構(gòu)建的難點(diǎn)和復(fù)雜性.通過(guò)比較分析主流頂層本體的特點(diǎn)和區(qū)別，闡述了頂層本體GFO（general formal ontology，通用形式化本體）在中醫(yī)藥頂層（領(lǐng)域）本體的構(gòu)建過(guò)程中的獨(dú)特優(yōu)勢(shì)，并提出基于GFO構(gòu)建中醫(yī)藥頂層本體的倡議，展望未來(lái)可能研究的思路和方向。

關(guān)鍵詞：本體：頂層本體：通用形式化本體：中醫(yī)藥本體：中醫(yī)藥

中圖分類(lèi)號(hào)：R2-03 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編號(hào)：2095-5707（2016）01-0015-06

近年來(lái)，對(duì)于傳統(tǒng)中醫(yī)藥領(lǐng)域的頂層本體理論、知識(shí)庫(kù)建模以及相關(guān)應(yīng)用的研究工作開(kāi)展得越來(lái)越多。如何以頂層本體為框架，來(lái)構(gòu)建中醫(yī)藥領(lǐng)域本體，業(yè)內(nèi)討論也很多，但一直存在著一些不同的觀點(diǎn)和看法，在基礎(chǔ)理論、技術(shù)實(shí)現(xiàn)等方面都面臨著一些難點(diǎn)有待突破。本文提出基于GFO（general formal ontology，通用形式化本體）構(gòu)建中醫(yī)藥頂層本體的倡議，并展望未來(lái)可能的研究思路和方向。

1中醫(yī)藥頂層本體現(xiàn)狀

1.1中醫(yī)藥頂層本體構(gòu)建的必要性

傳統(tǒng)的中醫(yī)學(xué)理論有著獨(dú)特的體系架構(gòu)，其知識(shí)背景，無(wú)論是哲學(xué)起源，還是中醫(yī)藥術(shù)語(yǔ)的語(yǔ)義和語(yǔ)境，都與西醫(yī)的知識(shí)體系有著極大的差異。如果按照西醫(yī)理論去詮釋中醫(yī)藥概念和術(shù)語(yǔ)，不顧及其發(fā)展規(guī)律和特殊性，在建立基于某個(gè)頂層本體的中醫(yī)藥本體知識(shí)庫(kù)的時(shí)候，很容易產(chǎn)生語(yǔ)義表達(dá)的二義性的問(wèn)題。另一方面，正如高成勉等所指出的，學(xué)術(shù)界在建設(shè)本體的過(guò)程中始終存在著一種“閉門(mén)造車(chē)，各自為戰(zhàn)”的傾向，這種傾向?qū)τ谥R(shí)共享和互通原則背道而馳，對(duì)于在構(gòu)建本體過(guò)程中通向概念模型的形式化和規(guī)范化的目標(biāo)也是極為不利的。所以，若以中醫(yī)藥領(lǐng)域的本體研究為出發(fā)點(diǎn)，并考慮現(xiàn)存于中醫(yī)藥學(xué)語(yǔ)言系統(tǒng)（TCMLS）中的有待解決或改進(jìn)的熱點(diǎn)問(wèn)題，應(yīng)很有必要對(duì)不同的頂層本體理論加以比較和討論，從中甄別出最適合中醫(yī)藥領(lǐng)域的頂層本體模式，以便將來(lái)更好地構(gòu)建中醫(yī)藥知識(shí)庫(kù)的領(lǐng)域本體，使之更能適應(yīng)和滿(mǎn)足來(lái)自各個(gè)方面的實(shí)際需求，比如提升文獻(xiàn)關(guān)鍵字的搜索效率或測(cè)試解決概念本身存在的歧義性問(wèn)題。

1.2中醫(yī)藥頂層本體構(gòu)建現(xiàn)狀

在整個(gè)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)領(lǐng)域中，一體化醫(yī)學(xué)語(yǔ)言系統(tǒng)（UMLS）是最早建立的術(shù)語(yǔ)本體，其語(yǔ)義網(wǎng)絡(luò)（semantic network，SN）框架被很多本體采納為頂層的語(yǔ)義框架。但是由于該語(yǔ)義網(wǎng)絡(luò)主要用于對(duì)不同來(lái)源的術(shù)語(yǔ)分類(lèi)提供頂層的語(yǔ)義框架，沒(méi)有遵循嚴(yán)格的本體原理來(lái)構(gòu)建，也沒(méi)有使用語(yǔ)義Web的標(biāo)準(zhǔn)格式OWL DL作為形式化的表達(dá)語(yǔ)言，在本體的共享、重用及邏輯推理能力上存在先天不足?，F(xiàn)有的生物醫(yī)學(xué)本體大都基于基本形式本體（basicformal ontology，BFO），并遵循開(kāi)放的生物學(xué)本體工場(chǎng)（open biological ontologies foundry，OBOFoundry）框架來(lái)構(gòu)建。OBO規(guī)定了一套本體構(gòu)建和共享原則，能有效解決在不同的領(lǐng)域本體之間進(jìn)行映射和本體復(fù)用。目前OBO本體集中了150多個(gè)本體，大部分是術(shù)語(yǔ)本體，如基因本體（gene ontology，GO）、解剖實(shí)體本體（anatomical entity ontology，AEO）等。但BFO是一個(gè)主要面向生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的頂層本體，在它創(chuàng)建的過(guò)程當(dāng)中并沒(méi)有考慮到中醫(yī)藥領(lǐng)域的特殊要求和實(shí)際需求，并且它的本體范疇的體系架構(gòu)也相對(duì)簡(jiǎn)單，是一種二維平面型架構(gòu)。而其他的頂層本體或多或少也存在這樣的問(wèn)題，這不利于對(duì)中醫(yī)藥領(lǐng)域的知識(shí)庫(kù)進(jìn)行本體建模。

在中醫(yī)藥領(lǐng)域，已有少數(shù)學(xué)者對(duì)頂層本體的構(gòu)建進(jìn)行了探索性研究。中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥信息研究所開(kāi)發(fā)的UTCMLS，借鑒本體論方法，對(duì)中醫(yī)藥概念、術(shù)語(yǔ)進(jìn)行研究梳理與完善；借鑒UMLS方法，根據(jù)中醫(yī)藥語(yǔ)言特點(diǎn)，建立大型語(yǔ)料數(shù)據(jù)庫(kù)及語(yǔ)義網(wǎng)絡(luò)，將語(yǔ)言學(xué)與中醫(yī)藥學(xué)知識(shí)體系有機(jī)結(jié)合在一起。高成勉等提出構(gòu)建中醫(yī)頂層本體的原則及構(gòu)建中醫(yī)頂層本體時(shí)整合和取舍的方法，并基于頂層本體SUMO（suggested upper mergedontology，推薦上層合并本體）和中醫(yī)藥語(yǔ)言系統(tǒng)的語(yǔ)義網(wǎng)絡(luò)框架，在中醫(yī)頂層本體的構(gòu)建上做出了初步探索。

在考慮采用某個(gè)頂層本體作為領(lǐng)域本體的上層框架時(shí)，需要考察其兼容性、結(jié)構(gòu)化程度、形式化程度、成熟度及開(kāi)放性程度等方面，以期達(dá)到更好地在領(lǐng)域內(nèi)進(jìn)行知識(shí)共享和重用的目的。正如高誠(chéng)勉等指出，中醫(yī)頂層本體必須包括一般科學(xué)的概念接口、一般生物醫(yī)學(xué)的概念接口及中醫(yī)的最高層的抽象概念。筆者通過(guò)對(duì)已有主流頂層本體進(jìn)行比較分析，認(rèn)為GFO較好地滿(mǎn)足了上述要求。

2中醫(yī)藥頂層本體構(gòu)建的復(fù)雜性和難點(diǎn)

2.1中醫(yī)藥學(xué)的復(fù)雜性

中醫(yī)藥學(xué)與中國(guó)傳統(tǒng)文化有著密不可分的關(guān)系。一方面，中國(guó)古代哲學(xué)如陰陽(yáng)五行、精氣學(xué)說(shuō)等，不僅奠定了中醫(yī)理論的哲學(xué)基礎(chǔ)，還直接構(gòu)成了中醫(yī)的理論和概念；中醫(yī)學(xué)還受到儒、道、佛等哲學(xué)思想的影響。另一方面，中醫(yī)藥理論不但研究構(gòu)成和維持人體生命活動(dòng)的基本物質(zhì)和運(yùn)行模式，還包括人與外界環(huán)境（包括自然環(huán)境和社會(huì)環(huán)境）的統(tǒng)一性。中醫(yī)藥學(xué)不但涉及多個(gè)自然科學(xué)的學(xué)科（如天文、氣象、地理、物候、數(shù)學(xué)等），還涉及相關(guān)的社會(huì)科學(xué)和人文科學(xué)。要建立中醫(yī)藥頂層本體，首先要?jiǎng)澓眠吔?，厘清與其他學(xué)科的關(guān)系；其次，還要對(duì)陰陽(yáng)五行精氣等哲學(xué)范疇進(jìn)行本體化探索和表達(dá)；最后，還要兼顧自然、社會(huì)和人文三大領(lǐng)域。顯然，這是需要多領(lǐng)域的相關(guān)專(zhuān)家相互配合、逐步完成的一項(xiàng)巨大工程。

2.2思維方式的本質(zhì)差異

與西方基于實(shí)證主義、推理的方法不同，中國(guó)傳統(tǒng)文化的主流是直覺(jué)認(rèn)知，使用天人合一、整體觀的思想來(lái)認(rèn)識(shí)事物。中國(guó)人從整體上認(rèn)識(shí)復(fù)雜事物，而不是把復(fù)雜事物分割成一個(gè)個(gè)單元來(lái)認(rèn)識(shí)，找出這些基本單元的規(guī)律，再用邏輯通過(guò)這些基本單元推出整個(gè)復(fù)雜系統(tǒng)的規(guī)律。中國(guó)古代哲學(xué)對(duì)待物質(zhì)本原與西方不同，不是向內(nèi)尋找構(gòu)成世界的物質(zhì)元素，而在于研究物質(zhì)世界表露于外的動(dòng)態(tài)品性和行為功能，即所謂“象”。由此產(chǎn)生中醫(yī)藥理論之取類(lèi)比象、整體觀念、辨證論治等，都體現(xiàn)了這種思維方式。使用通用的形式化語(yǔ)言對(duì)中醫(yī)獨(dú)特的思維和觀念進(jìn)行表達(dá)，無(wú)疑是巨大的挑戰(zhàn)。

2.3與其他本體的兼容問(wèn)題

構(gòu)建本體的主要目的是為了實(shí)現(xiàn)知識(shí)共享和重用，頂層本體的主要意義更在于此。目前，業(yè)內(nèi)已構(gòu)建了不少領(lǐng)域本體，但是還未出臺(tái)相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)。為適應(yīng)本體交換時(shí)的規(guī)范化要求，在本體構(gòu)建過(guò)程中需要參考大量本領(lǐng)域和其他領(lǐng)域本體的表示方法。即對(duì)中醫(yī)藥領(lǐng)域的頂層本體的構(gòu)建而言，一方面，需要參考大量已有的下層領(lǐng)域本體，保證向下向后兼容，使得以后新建的下層領(lǐng)域本體能順利繼承和重用頂層本體，而已有的本體也能方便地進(jìn)行重構(gòu)，完成與頂層本體的映射；然而目前開(kāi)放可獲得的中醫(yī)藥領(lǐng)域本體非常少，將會(huì)給頂層本體的構(gòu)建帶來(lái)素材收集上的困難。另一方面，目前生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域雖然已有大量可供參考的、成熟的、公開(kāi)的本體，但由于其構(gòu)建基礎(chǔ)、思維和觀念的差異，其參考價(jià)值大打折扣，要進(jìn)行知識(shí)上的重用和映射則非常困難。

2.4本體構(gòu)建具體操作中的困難

一方面，在概念和術(shù)語(yǔ)的捕獲上，中醫(yī)藥領(lǐng)域存在的語(yǔ)義表達(dá)的多義性、模糊性更為普遍，帶來(lái)了概念術(shù)語(yǔ)標(biāo)準(zhǔn)化上的困難；用自然語(yǔ)言描述時(shí)的多義性與用形式化語(yǔ)言描述的確定性之間需要平衡，需要領(lǐng)域?qū)＜覍?duì)知識(shí)的準(zhǔn)確理解和內(nèi)涵外延的精確把握。另一方面，在概念體系構(gòu)建方面，中醫(yī)基礎(chǔ)理論的概念體系是由陰陽(yáng)、五行、臟象、經(jīng)絡(luò)、氣血津液、體質(zhì)、病因、養(yǎng)生、預(yù)防、治則和五運(yùn)六氣等組成，每一學(xué)說(shuō)都有相對(duì)獨(dú)立的概念體系，各種學(xué)說(shuō)的概念之間的關(guān)系，尚未形成完整統(tǒng)一的清晰的層級(jí)化結(jié)構(gòu)。相比較具體的領(lǐng)域本體，中醫(yī)藥頂層本體涉及的概念往往更為抽象，如氣、陰陽(yáng)等概念的內(nèi)涵和外延在學(xué)界尚未達(dá)成共識(shí)。所以，中醫(yī)藥領(lǐng)域頂層本體的構(gòu)建面臨的困難和問(wèn)題將更為復(fù)雜。

3 GFO的獨(dú)特優(yōu)勢(shì)

3.1整合現(xiàn)實(shí)主義和多元文化認(rèn)識(shí)論

據(jù)德國(guó)學(xué)者Heinrich Herrell31的觀點(diǎn)，GFO頂層本體所主張的整合現(xiàn)實(shí)主義（integral realism）和張東蓀主張的多元文化認(rèn)識(shí)論（pluralisticepistemology?；蚍Q(chēng)為多元交互主義，pluralisticinteractionism）在思想上是一脈相承的。即GFO是致力于建立一個(gè)博采中西之所長(zhǎng)、兼收并蓄的頂層本體，這為將來(lái)的中西文化匯通及中西醫(yī)的匯通提供了可能性。經(jīng)歸納總結(jié)，兩者至少具有以下3個(gè)方面的共同點(diǎn)。（1）都假設(shè)真實(shí)世界的存在是與主體無(wú)關(guān)的。（2）GFO主張物質(zhì)（material）應(yīng)該被理解成是某種結(jié)構(gòu)而不是某種實(shí)質(zhì)（essence），現(xiàn)實(shí)世界的某種物質(zhì)對(duì)象可以被看作是一種隨著時(shí)空產(chǎn)生的可變化的過(guò)程，在張氏的多元認(rèn)識(shí)論中，這被稱(chēng)之為外界條理的連續(xù)性，在GFO中，被定義為在某個(gè)時(shí)間邊界（time boundary）完整呈現(xiàn)出來(lái)的即時(shí)體（presential），作為某個(gè)持續(xù)體（persistant）的一個(gè)實(shí)例，也體現(xiàn)了張氏所主張的外界條理的原子性原則。（3）從認(rèn)識(shí)論的觀點(diǎn)，兩者都主張對(duì)外在客觀的認(rèn)識(shí)應(yīng)該從現(xiàn)實(shí)的不同層面來(lái)加以研究分析。GFO將某種特定范疇的元.范疇稱(chēng)之為本體層（ontological layer），分為層次（stratum）和層面（level）。層次分為物質(zhì)層、精神層、社會(huì)層；層面是某個(gè)層次的一部分，分別是意識(shí)層面、生物層面、化學(xué)層面、人格層面及物理層面（見(jiàn)圖1）。GFO認(rèn)為，世界上的每個(gè)實(shí)體都參與到不同的層次和層面，人們對(duì)外界范疇的認(rèn)識(shí)也發(fā)生在這些不同的層次和層面，這些層次和層面之間是相互作用和相互依賴(lài)的關(guān)系。這正好和張氏的多元交互主義遙相呼應(yīng)，張氏主張知識(shí)來(lái)自于感相與格式以及設(shè)準(zhǔn)等“合并的產(chǎn)物”，知識(shí)雖是“投外的造成者”（projective constructs），但它必有所據(jù)，所據(jù)被稱(chēng)之為“所與”（given），但是又不僅是由所據(jù)造成，而是另外有外部因素對(duì)它施加影響。張氏認(rèn)為，知識(shí)又是與文化相互影響的，知識(shí)受到文化的限制。知識(shí)與文化每個(gè)層面里面又各自包含多個(gè)交互作用，其一是知識(shí)以?xún)?nèi)的感覺(jué)、知覺(jué)與概念及外在的架構(gòu)四者互相影響；其二是文化后面的言語(yǔ)、邏輯、哲學(xué)及社會(huì)政治思想等四者互相影響（見(jiàn)圖2）。由此也可以看出，兩者在關(guān)于認(rèn)識(shí)論方面的契合度是非常高的。筆者認(rèn)為，一個(gè)具備多元或多層次認(rèn)識(shí)理論的頂層本體，在實(shí)現(xiàn)跨學(xué)科和跨領(lǐng)域的兼容性方面無(wú)疑有著更好的適應(yīng)性。

3.2 GFO“過(guò)程”本體性分析在中醫(yī)藥領(lǐng)域的建模優(yōu)勢(shì)

GFO的構(gòu)建過(guò)程是汲取了中西方各家流派的思想，整合到一起，形成的獨(dú)特的頂層本體理論。通過(guò)筆者對(duì)Heinrich Here教授的多次訪(fǎng)談和采訪(fǎng)，歸納整理，GFO具備以下4個(gè)理論特點(diǎn)。（1）GFO的世界觀（Weltanschanung）呈現(xiàn)是受到英國(guó)懷特海的有機(jī)哲學(xué)的很大影響。（2）邏輯方法論傾向于黑格爾的辯證法思想2.0版的GFO會(huì)嘗試將陰陽(yáng)（辨證）思想融合進(jìn)去，進(jìn)而實(shí)現(xiàn)東西方思辨哲學(xué)的理論統(tǒng)一，以解決傳統(tǒng)的邏輯學(xué)所不能解決的一些理論難點(diǎn)。（3）時(shí)空觀是采納德國(guó)哲學(xué)家FranzBrenntano的觀點(diǎn)，他認(rèn)為時(shí)間不能做無(wú)限地劃分（理解上類(lèi)似于實(shí)數(shù)模型），而是假設(shè)兩點(diǎn)能致密相連（理解上強(qiáng)調(diào)兩點(diǎn)之間無(wú)空隙），即假設(shè)兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)可以同時(shí)發(fā)生但卻又有所不同（coincidence或meeting），中間沒(méi)有間隔，如此可以解決一些邏輯方面困擾已久的有關(guān)時(shí)空的悖論問(wèn)題。（4）在形上學(xué)（本體論）和認(rèn)識(shí)論方面則主要是受德國(guó)哲學(xué)家Nicolai Hartmann和波蘭哲學(xué)家Roman Ingarden的影響。所以，從理論層面上來(lái)說(shuō)，GFO作為一種頂層本體，無(wú)論是其世界觀，還是方法論，在對(duì)其進(jìn)行理解和詮釋的時(shí)候，都與中醫(yī)藥學(xué)領(lǐng)域的知識(shí)有著某種天然的紐帶關(guān)系。

當(dāng)我們構(gòu)建中醫(yī)藥學(xué)領(lǐng)域本體時(shí)，經(jīng)常要考慮到對(duì)過(guò)程性的事件進(jìn)行分析和描述，比如中草藥的炮制、中醫(yī)診斷等。這就要求其頂層本體必須具有完備的關(guān)于各種“事件”的描述和分類(lèi)以供參考。這正是GFO獨(dú)到之處。GFO是一個(gè)包含抽象范疇和個(gè)體（實(shí)例）的頂層本體，它既反映了事物的普遍性，也反映了事物的特殊性。在對(duì)客觀世界的有關(guān)過(guò)程性的概念進(jìn)行本體分析時(shí)，GFO當(dāng)中的過(guò)程結(jié)構(gòu)（processual 專(zhuān)門(mén)用來(lái)描述一切關(guān).structure）于過(guò)程性（4D）的概念。在過(guò)程結(jié)構(gòu)這個(gè)實(shí)體下面劃分了發(fā)生體（occurent?；蜃g作事件體）和過(guò)程（process）兩大范疇，見(jiàn)圖3。

其中，發(fā)生體包括幾個(gè)可以由過(guò)程推導(dǎo)出來(lái)的主要范疇，例如歷史（history）、事件（event）、變化（change），見(jiàn)圖4。

而process下面被劃分為連續(xù)的過(guò)程（continuous process）、

離散的過(guò)程（discrete process）、過(guò)程的角色（processualrole）、狀態(tài)（state）等4個(gè)子類(lèi)，見(jiàn)圖5。

歷史：

是一些由一個(gè)過(guò)程和眾多即時(shí)體（presentials）所形成的過(guò)程結(jié)構(gòu)，其中即時(shí)體是過(guò)程邊界的組成部分。

變化：是一對(duì)過(guò)程邊界，是一種結(jié)構(gòu)，分為連續(xù)的變化和離散的變化。

連續(xù)的變化（continuous change）：指的是某種過(guò)程當(dāng)中發(fā)生的漸進(jìn)式的變化（量變）。例如發(fā)炎的過(guò)程。

離散的變化（discrete change）：指的是在某個(gè)重合的時(shí)間邊界發(fā)生的變化（質(zhì)變），它的前后兩段有可識(shí)別的明顯不同的范疇存在。例如一個(gè)學(xué)生的新學(xué)期注冊(cè)過(guò)程，注冊(cè)前非學(xué)生，注冊(cè)后是學(xué)生。

過(guò)程：過(guò)程在時(shí)間里直接發(fā)生和展開(kāi)，它的特征不能從它的某一時(shí)間邊界上來(lái)理解，也就是說(shuō)它具有內(nèi)在的連貫性。

離散的過(guò)程：具有一個(gè)可以區(qū)分的離散變化和狀態(tài)的變化部分。

連續(xù)的過(guò)程：能被刻畫(huà)成一個(gè)具有連續(xù)變化和狀態(tài)的過(guò)程，這些狀態(tài)和變化可以投射到一個(gè)共同的參考范疇。

狀態(tài)：一個(gè)過(guò)程是一個(gè)涉及到某種范疇的狀態(tài)，且如果它的每一個(gè)過(guò)程邊界都能實(shí)例化這個(gè)范疇。

復(fù)雜過(guò)程（conliguroid構(gòu)型體）：由不同的物質(zhì)構(gòu)造過(guò)程和屬性過(guò)程所組成的整體。

通過(guò)以上分析比較得出，GFO頂層本體在中醫(yī)藥領(lǐng)域知識(shí)建模方面有著獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)，并且可以以該框架為基礎(chǔ)，建立起關(guān)于中醫(yī)藥科學(xué)各個(gè)研究領(lǐng)域，特別是與過(guò)程相關(guān)的系統(tǒng)化的知識(shí)庫(kù)模型。

3.3 GFO與其他生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域本體的連接整合

GFO-Bio作為以GFO為基礎(chǔ)的生物學(xué)頂層（核心）本體，致力于整合其他的生物學(xué)領(lǐng)域本體，它已經(jīng)具有了2個(gè)現(xiàn)成的組件gfo-bio.owl和gfo-bio-meta.owl（后者是擴(kuò)展組件）。一般而言，大多數(shù)生物領(lǐng)域本體，例如，BioTop和SBUO（分別由BFO和DOCLE所派生出來(lái)的生物核心本體）只包含一些簡(jiǎn)單范疇，即通過(guò)個(gè)體來(lái)實(shí)例化的范疇。而GFO具有前者所不具備的一些適用于生物學(xué)領(lǐng)域本體建模的高階范疇，例如符號(hào)（symb01）和序列（sequence），而且還提供了一套現(xiàn)成的上層范疇系統(tǒng)，例如細(xì)胞、有機(jī)組織、植物、生物過(guò)程等，這些都可以供OBO本體對(duì)齊使用。另一方面，gfo-bio-meta.owl組件提供了一整套的方法，可以用于對(duì)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的本體進(jìn)行元一本體分析和分類(lèi)。所以，將來(lái)或可參照GFO-Bio的2個(gè)組件來(lái)構(gòu)建中醫(yī)藥領(lǐng)域本體，以及與其他知識(shí)領(lǐng)域本體的對(duì)齊和共享。

3.4團(tuán)隊(duì)優(yōu)勢(shì)

ONTO-MED研究團(tuán)隊(duì)一直致力于構(gòu)建一個(gè)涵蓋東西方科學(xué)領(lǐng)域和文化領(lǐng)域各個(gè)學(xué)科的、同時(shí)具備抽象性和兼容性的上層本體，這對(duì)于中醫(yī)藥領(lǐng)域而言具有重要意義。一般的上層本體，在它們構(gòu)建過(guò)程中，并沒(méi)有很好地考慮到主流學(xué)科之外的領(lǐng)域進(jìn)行對(duì)接的可能性，例如中醫(yī)藥學(xué)和其他傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)。如果將其強(qiáng)行套用在中醫(yī)藥領(lǐng)域中，會(huì)給本領(lǐng)域的本體研究和應(yīng)用帶來(lái)諸多不便和困擾。ON7O-MED研究團(tuán)隊(duì)所關(guān)注和從事的是在形式化本體領(lǐng)域當(dāng)中的基礎(chǔ)研究，為構(gòu)建和管理本體設(shè)計(jì)形式化工具，開(kāi)發(fā)上層本體以及關(guān)于醫(yī)學(xué)、生物醫(yī)學(xué)和生物學(xué)的領(lǐng)域本體和核心本體，這些開(kāi)發(fā)也會(huì)涉及到其他領(lǐng)域。ONTO-MED團(tuán)隊(duì)運(yùn)用的是一種跨學(xué)科的方式，并結(jié)合了邏輯學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、哲學(xué)和認(rèn)知語(yǔ)言學(xué)的各種方法，將形式化本體視為一門(mén)發(fā)展中的科學(xué)，其中涉及到系統(tǒng)化的可演化的公理化理論，可用來(lái)描述形式、結(jié)構(gòu)，以及在抽象和顆粒度的不同層面上的存在模式。所以，將這種新的本體研究方法和技術(shù)結(jié)合到中醫(yī)藥科研當(dāng)中，結(jié)合國(guó)內(nèi)中醫(yī)藥領(lǐng)域眾多專(zhuān)家的成功經(jīng)驗(yàn)和最新研究進(jìn)展，一定會(huì)結(jié)出更為豐碩的成果。

4展望

基于GFO構(gòu)建中醫(yī)藥頂層本體，要重視以下3個(gè)方面的研究。

4.1頂層抽象概念的本體構(gòu)建研究

針對(duì)中醫(yī)藥學(xué)與中國(guó)傳統(tǒng)文化的密切關(guān)系，要?jiǎng)澓眠吔纭⒗迩迮c其他學(xué)科的關(guān)系，還要對(duì)陰陽(yáng)五行精氣等哲學(xué)范疇進(jìn)行本體化探索和表達(dá)。

4.2對(duì)現(xiàn)有本體進(jìn)行回顧與重構(gòu)

對(duì)已建好的領(lǐng)域本體，盡量遵循GFO對(duì)現(xiàn)實(shí)世界建模的視角，重新進(jìn)行審視，進(jìn)行重構(gòu)和整合。對(duì)于暫時(shí)不能完全納入的，可以考慮先建立本體間的映射，以完成初步的知識(shí)共享和融合。

4.3與其他生物醫(yī)學(xué)本體的映射與融合

目前生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域已有大量成熟公開(kāi)的本體，也存在一些投入應(yīng)用的中醫(yī)藥領(lǐng)域本體，克服這些本體在構(gòu)建基礎(chǔ)、思維和觀念上的差異，在某種程度上實(shí)現(xiàn)他們之間的映射和對(duì)齊，還有待于進(jìn)一步研究和深入探討。