呼雪慶,陳 健,陳啟龍,陸奕宇,蘇式兵
(上海中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)復(fù)雜系統(tǒng)研究中心 上海 201203)
慢性乙型肝炎和肝硬化“異病同證”的全基因組甲基化分析*
呼雪慶,陳 健,陳啟龍,陸奕宇,蘇式兵**
(上海中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)復(fù)雜系統(tǒng)研究中心 上海 201203)
目的:本文從全基因組DNA甲基化的角度探討慢性乙型肝炎(慢乙肝)和慢乙肝后肝硬化(肝硬化)濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證和肝腎陰虛證異病同證的生物學(xué)基礎(chǔ)。方法:采取慢乙肝及肝硬化濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證和肝腎陰虛證患者和健康志愿者外周血樣本,提取DNA進(jìn)行HumanMethylation450K芯片檢測(cè)及分析。結(jié)果:慢乙肝和肝硬化異病同證濕熱內(nèi)蘊(yùn)證特異性差異甲基化位點(diǎn)有9個(gè),覆蓋9個(gè)基因;肝郁脾虛證有30個(gè),覆蓋20個(gè)基因;肝腎陰虛證有22個(gè),覆蓋14個(gè)基因。其中,與正常組相比,濕熱內(nèi)蘊(yùn)證中KCTD2和NAV1,肝郁脾虛證中LGR6和SH2D4B及肝腎陰虛證中CYP2E1、PCSK6、DEXI、HIST1H3B和SULT1C2的差異位點(diǎn)甲基化程度變化較大(|Delta Beta|>0.15)。結(jié)論:慢乙肝與肝硬化基因甲基化可能與其濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證和肝腎陰虛證的形成有關(guān)。
DNA甲基化 慢性乙型肝炎 肝硬化 證候 異病同證
中醫(yī)證候是中醫(yī)學(xué)理論體系指導(dǎo)下,一定階段的臨床癥狀與體征所反應(yīng)的病理實(shí)質(zhì)的概括。中醫(yī)證候具有相兼性、動(dòng)態(tài)性和復(fù)雜性,且缺乏微觀(guān)層次的認(rèn)識(shí)和辨證方法,為證候的客觀(guān)化,即證候形成和演變機(jī)制及證候診斷標(biāo)準(zhǔn)帶來(lái)了挑戰(zhàn)。不同疾病,其發(fā)病及轉(zhuǎn)歸機(jī)制可能存在相同或相似點(diǎn),即異病同證。不同疾病的患者可能有相似的物質(zhì)群變化,可采取異病同治。異病同證的深入研究為現(xiàn)代個(gè)體化診療和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展提供依據(jù),為疾病發(fā)病機(jī)制探索和治療提供參考[1]。
全球約有2.4億慢性乙型肝炎(慢乙肝)患者,其發(fā)病機(jī)制主要涉及機(jī)體免疫和炎癥反應(yīng)[2]。慢乙肝的形成因素包括HBV基因多型性、機(jī)體免疫相關(guān)基因多態(tài)性以及宿主免疫細(xì)胞的功能失調(diào)。慢乙肝后肝硬化(肝硬化)由慢乙肝發(fā)展形成,長(zhǎng)期持續(xù)的炎癥反應(yīng)激活肝星狀細(xì)胞(Hepatic Stellate Cell,HSCs),肝內(nèi)結(jié)締組織異常增生,肝內(nèi)彌漫性細(xì)胞外基質(zhì)(Extracellular Matrix,ECM)過(guò)度沉淀,最終導(dǎo)致肝硬化。宿主感染HBV后,通過(guò)上調(diào)甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNA Methyltransferase,DNMT)對(duì)病毒基因組進(jìn)行甲基化修飾,抑制其復(fù)制,另一方面,DNMT的升高也使宿主某些基因高甲基化,而利于病毒復(fù)制,甚至激活HSC和促進(jìn)肝硬化的發(fā)展[3]。HBV感染的急、慢性階段及肝硬化中均存在差異甲基化基因[4-6]。本文從全基因組DNA甲基化的角度探討慢乙肝及肝硬化異病同證(濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證和肝腎陰虛證)的生物學(xué)基礎(chǔ),為證候的客觀(guān)化及慢乙肝和肝硬化的個(gè)體化診療提供依據(jù)。
1.1 研究對(duì)象
實(shí)驗(yàn)組慢乙肝及肝硬化患者各15例,正常組健康志愿者6例均來(lái)自上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬曙光醫(yī)院,包括慢乙肝和肝硬化的濕熱內(nèi)蘊(yùn)證各5例、脾虛濕盛證各5例和肝腎陰虛證各5例。患者就診時(shí)由主治醫(yī)生辨證,并通過(guò)證候問(wèn)卷表采集患者證候相關(guān)臨床信息,交由3名正高職稱(chēng)的中醫(yī)肝病專(zhuān)家確定證候類(lèi)型,兩次辨證一致的患者納入本研究。采集患者和健康者空腹外周靜脈血,置入抗凝管內(nèi)后,及時(shí)分離血漿和血細(xì)胞,分別速凍于-80℃冰箱,血細(xì)胞用于提取DNA。
1.2 診斷標(biāo)準(zhǔn)、納入標(biāo)準(zhǔn)和排除標(biāo)準(zhǔn)
慢乙肝的診斷標(biāo)準(zhǔn)參照2005年12月中華醫(yī)學(xué)會(huì)肝病學(xué)分會(huì)、感染病學(xué)分會(huì)制訂的《慢性乙型肝炎防治指南》[7],其證候診斷標(biāo)準(zhǔn)參照《病毒性肝炎中醫(yī)辨證標(biāo)準(zhǔn)(試行)》[8]。肝炎后肝硬化診斷標(biāo)準(zhǔn)參照《病毒性肝炎防治方案》[9],其證候診斷標(biāo)準(zhǔn)參照《肝硬化臨床診斷,中西辨證和療效評(píng)定標(biāo)準(zhǔn)(試行方案)》[10]。納入標(biāo)準(zhǔn):①符合慢乙肝及肝硬化疾病診斷標(biāo)準(zhǔn);②中醫(yī)辨證為濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、脾虛濕盛證和肝腎陰虛證;③年齡18-65歲;④簽署知情同意書(shū)。排除標(biāo)準(zhǔn):①年齡<18歲或>65歲;②合并其它嗜肝病毒感染、脂肪肝、自身免疫性疾病等肝臟疾??;③慢性重型肝炎、肝硬化失代償;④伴有心、腎、肺、內(nèi)分泌血液、代謝及胃腸道嚴(yán)重原發(fā)??;⑤精神病患者、孕婦或哺乳期婦女。
1.3 DNA提取和全基因組甲基化檢測(cè)
采用血液基因組DNA提取試劑盒TIANamp Blood DNA Kit(北京天根生化科技有限公司,貨號(hào):DP318)提取DNA。采用HumanMethylation450K芯片技術(shù)檢測(cè)全基因組甲基化,委托上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司實(shí)施。該芯片檢測(cè)485、577個(gè)甲基化位點(diǎn),覆蓋96%的已知CpG島和99%的NCBI參考序列基因。
1.4 全基因組甲基化分析
將原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入Genomestudio(美國(guó)Illunina公 司,版 本:genomestudio software 2011.1)進(jìn) 行BMIQ標(biāo)準(zhǔn)化。CpG位點(diǎn)的甲基化程度由Beta值衡量,Illunina甲基化芯片針對(duì)每一個(gè)CpG位點(diǎn)設(shè)計(jì)兩種探針,用雙色熒光信號(hào)signalB和signalA來(lái)檢測(cè)甲基化和非甲基化的等位基因。Beta值即為signal B強(qiáng)度與signal A,Signal B強(qiáng)度之和比值。Beta值的取值范圍為0到1,0表示該位點(diǎn)無(wú)甲基化,1表示該位點(diǎn)完全甲基化。組間甲基化差異統(tǒng)計(jì)采用One-Way ANOVA計(jì)算方法。差異甲基化位點(diǎn)的判斷標(biāo)準(zhǔn)為Diffscore值小于-13或大于13,且Beta差值大于0.1或小于-0.1。將差異甲基化位點(diǎn)所在的基因?qū)隓AVID基因功能分析平臺(tái)** https://david.ncifcrf.gov,進(jìn)行Gene ontology(GO)功能和KEGG通路分析。
2.1 慢乙肝和肝硬化患者證候與健康者臨床資料
慢乙肝和肝硬化濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證、肝腎陰虛證及正常組7組的年齡、性別在統(tǒng)計(jì)學(xué)上無(wú)差異。在ALT水平上,慢乙肝,肝硬化和正常組三組間有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.035)。各證候在慢乙肝與肝硬化間無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。在AST水平上,慢乙肝,肝硬化和正常組三組間無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.079)。各證候在慢乙肝與肝硬化間無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。在ALb水平上,組別之間都無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(表1)。
表1 慢乙肝和肝硬化患者證候與正常組的臨床資料(±s)
表1 慢乙肝和肝硬化患者證候與正常組的臨床資料(±s)
正常組 — 6 40.00±11.49 2/4 16.17±2.19 20.83±5.43 42.17±3.29
2.2 慢乙肝和肝硬化異病同證證候特異性差異甲基化基因
慢乙肝和肝硬化濕熱內(nèi)蘊(yùn)證特異性差異甲基化位點(diǎn)有9個(gè),覆蓋9個(gè)基因;肝郁脾虛證有30個(gè),覆蓋20個(gè)基因;肝腎陰虛證有22個(gè),覆蓋14個(gè)基因(圖1)。慢乙肝和肝硬化與正常組相比,在同一證型中,差異甲基化位點(diǎn)的甲基化變化方向一致,即同為高甲基化或低甲基化。同一基因可能會(huì)出現(xiàn)多個(gè)差異甲基化位點(diǎn),分布于基因的不同區(qū)域及CpG島相關(guān)區(qū)域,且同一基因的不同甲基化位點(diǎn)的甲基化變化方向一致。如肝郁脾虛證中,慢乙肝和肝硬化在GREM2基因上存在4個(gè)差異甲基化位點(diǎn),與正常組相比,均發(fā)生了去甲基化,其中有3個(gè)位點(diǎn)位于基因body區(qū),1個(gè)位點(diǎn)位于3’UTR。2個(gè)位點(diǎn)位于CpG島上,另外2個(gè)位點(diǎn)位于CpG島的shore區(qū)域。又如,肝腎陰虛證中,慢乙肝和肝硬化在CYP2E1基因上存在8個(gè)差異甲基化位點(diǎn),與正常組相比,均發(fā)生了高甲基化,8個(gè)差異甲基化位點(diǎn)都分布在基因Body區(qū),其中,4個(gè)位點(diǎn)位于CpG島上,另外4個(gè)位點(diǎn)位于CpG島的shore區(qū)域。慢乙肝和肝硬化與正常組相比,|DeltaBeta|>0.15的差異甲基化基因信息如表2。
圖1 慢乙肝和肝硬化濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證和肝腎陰虛證差異甲基化位點(diǎn)VENN分析
慢乙肝和肝硬化濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、肝郁脾虛證和肝腎陰虛證差異高甲基化位點(diǎn)比例均低于低甲基化位點(diǎn)(濕熱內(nèi)蘊(yùn)證:30%/70%;肝郁脾虛證:22%/78%;肝腎陰虛證:45%/55%)。濕熱內(nèi)蘊(yùn)證和肝郁脾虛證的差異甲基化位點(diǎn)主要位于1號(hào)染色體,分別占11.11%和30.00%,而在肝腎陰虛證中,差異甲基化位點(diǎn)主要位于10號(hào)染色,占31.82%。各證型差異甲基化位點(diǎn)主要存在于基因Body區(qū)(分別占44.44%,43.33%和77.27%),TSS200(分 別 占22.22%,23.33%和4.55%)和TSS1500(分 別 占22.22%,3.33%和9.09%),3個(gè)證型基因區(qū)域構(gòu)成比差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(圖2)。慢乙肝和肝硬化與正常組相比,以|Delta Beta|>0.15為閥值,濕熱內(nèi)蘊(yùn)證中,KCTD2在兩疾病中甲基化程度均較高,NAV1甲基化程度均為最低。肝郁脾虛證中,LGR6基因4個(gè)位點(diǎn)及SH2D4B基因1個(gè)位點(diǎn)在兩疾病中的甲基化程度均較高。肝腎陰虛證中,CYP2E1的7個(gè)位點(diǎn)和PCSK6的1個(gè)位點(diǎn)在兩疾病中的甲基化程度均較高。DEXI、HIST1H3B和SULT1C2在兩疾病中的甲基化程度均較低(表2)。
表2 慢乙肝和肝硬化異病同證主要差異甲基化基因的分布和甲基化程度
圖2 慢乙肝和肝硬化異病同證全基因組差異甲基化位點(diǎn)區(qū)域分布
2.3 慢乙肝和肝硬化證候特異性差異甲基化基因GO功能和KEGG通路分析
慢乙肝和肝硬化不同證候的差異甲基化基因參與不同的GO功能及KEEG通路。如圖3所示,慢乙肝和肝硬化的濕熱內(nèi)蘊(yùn)證差異甲基化基因主要參與一些代謝過(guò)程,比如喹啉代謝,二羧酸代謝和類(lèi)維生素A代謝等以及脂肪酸的氧化作用和降解過(guò)程等;肝郁脾虛證的差異甲基化基因主要參與免疫調(diào)節(jié)相關(guān)生物學(xué)過(guò)程,如免疫反應(yīng),刺激反應(yīng)和信號(hào)調(diào)控,以及移植物抗宿病、甲狀腺癌和哮喘等與免疫相關(guān)的疾病;肝腎陰虛證的差異甲基化基因參與免疫反應(yīng)及一些代謝過(guò)程,如對(duì)刺激的細(xì)胞反應(yīng),信號(hào)調(diào)控,以及亞油酸代謝和類(lèi)固醇激素的合成等過(guò)程。
圖3 慢乙肝和肝硬化證候特異性差異甲基化基因GO功能和KEGG通路分析
表觀(guān)遺傳學(xué)和中醫(yī)學(xué)存在理論上的共性,如表觀(guān)遺傳修飾水平受環(huán)境、情緒和飲食的影響與中醫(yī)整體觀(guān)、七情致病理論存在共性。表觀(guān)遺傳DNA序列不變,表達(dá)水平可變與中醫(yī)“同病異證”和“異病同證”存在相似之處[11,12]。DNA甲基化是表觀(guān)遺傳學(xué)最重要的修飾方式之一。導(dǎo)致DNA甲基化的不同途經(jīng)可形成不同的證候特征[13,14]。
近年來(lái),從DNA甲基化角度探索中醫(yī)證候?qū)嵸|(zhì)的研究有了初步進(jìn)展,如急性骨髓性白血病患者中,與氣陰兩虛證相比,血瘀痰凝證和熱毒蘊(yùn)結(jié)證ID4基因甲基化程度較高[15]。我們之前的研究發(fā)現(xiàn)HLA-DRB1和ADAMTS9,NUDT1和YES1,APOA5和PRKCZ等基因的差異甲基化可能分別與乙肝后肝硬化濕熱內(nèi)蘊(yùn)證,脾虛濕盛證和肝腎陰虛證證候的形成有關(guān)[16]。目前從DNA甲基化分子機(jī)制研究證候的生物學(xué)基礎(chǔ)仍在初始階段,且大多局限于單個(gè)或幾個(gè)基因與證候間的關(guān)系,缺乏從全基因組甲基化層面闡釋異病同證實(shí)質(zhì)的研究。本研究從全基因組DNA甲基化的角度探討慢乙肝及肝硬化異病同證的生物學(xué)基礎(chǔ)。
本課題組研究發(fā)現(xiàn),慢乙肝和肝硬化的同一證型存在共同的差異甲基化基因,濕熱內(nèi)蘊(yùn)證特異性差異甲基化位點(diǎn)有9個(gè),覆蓋9個(gè)基因;肝郁脾虛證有30個(gè),覆蓋20個(gè)基因;肝腎陰虛證有22個(gè),覆蓋14個(gè)基因。同一基因上可能存在幾個(gè)差異甲基化位點(diǎn),且不同疾病在同一差異位點(diǎn)上的甲基化方向一致,如肝郁脾虛證中的GREM2上有4個(gè)差異甲基化位點(diǎn),且在慢乙肝和肝硬化中都發(fā)生了去甲基化。LGR6上4個(gè)差異甲基化位點(diǎn)在兩疾病中都呈高甲基化。肝腎陰虛證中CYP2E1上8個(gè)差異甲基化位點(diǎn)均呈高甲基化。差異甲基化位點(diǎn)分布于基因不同區(qū)域(主要集中于基因Body區(qū)域)及不同染色體上。其中,濕熱內(nèi)蘊(yùn)證和肝郁脾虛證的差異甲基化位點(diǎn)主要分布于1號(hào)染色體,肝腎陰虛證主要分布于10號(hào)染色體。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)慢乙肝和肝硬化的濕熱內(nèi)蘊(yùn)證特異性差異甲基化基因主要參與某些代謝過(guò)程;肝脾脾虛證主要參與免疫相關(guān)過(guò)程;而肝腎陰虛的差異甲基化基因同時(shí)參與代謝過(guò)程及免疫反應(yīng)。研究提示不同疾病相同證候可能存在共同的差異甲基化基因和差異甲基化位點(diǎn),并具有類(lèi)似的生物學(xué)過(guò)程。
濕熱內(nèi)蘊(yùn)證證候特異性甲基化基因中,KCTD2在慢乙肝和肝硬化中甲基化程度均較高,KCTD2參與cAMP依賴(lài)性蛋白激酶(PKA)及神經(jīng)性疼痛信號(hào)通路。研究表明,KCTD2的基因多態(tài)性與阿爾茨海默病的發(fā)生有關(guān)[17]。NAV1在兩個(gè)疾病中均發(fā)生了去甲基化,NAV1參與神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育和再生及神經(jīng)元遷移[18]。目前尚未查到KCTD2和NAV1與中醫(yī)證候或其甲基化研究的相關(guān)報(bào)道。肝郁脾虛證證候特異性甲基化基因中,慢乙肝和肝硬化在LGR6的4個(gè)位點(diǎn)和SH2D4B的1個(gè)位點(diǎn)上呈現(xiàn)高甲基化。LGR6抑制Wnt信號(hào)通路的激活,LGR6是指甲干細(xì)胞,表皮干細(xì)胞的標(biāo)記[19,20],也有報(bào)道稱(chēng)LGR6是一個(gè)潛在的抑癌基因[21]。SH2D4B與淋巴細(xì)胞性血管炎有關(guān),也是T細(xì)胞特異性的適應(yīng)蛋白之一,參與細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)[22]。肝腎陰虛證證候特異性甲基化基因中,慢乙肝和肝硬化在CYP2E1的7個(gè)位點(diǎn)及PCSK6呈高甲基化,DEXI、HIST1H3B和SULT1C2均發(fā)生了去甲基化。CYP2E1參與膽固醇、類(lèi)固醇等脂質(zhì)的合成,其基因多態(tài)性可能與的鼻咽癌、肺癌等疾病的發(fā)生有關(guān)[23,24]。研究發(fā)現(xiàn),胎兒肝中,CYP2E1基因的不表達(dá)可能與其5’UTR的甲基化有關(guān)[25],人體肺、腎及足月胎盤(pán)中,CYP2E1基因第一個(gè)外顯子及第一個(gè)內(nèi)含子的甲基化影響其表達(dá)水平[26],人胚胎干細(xì)胞源性肝細(xì)胞中,CYP2E1的低表達(dá)與其第一個(gè)內(nèi)含子的CpG位點(diǎn)的高甲基化有關(guān)[27]。另有研究指出,CYP2E1基因啟動(dòng)子區(qū)的甲基化程度與甲苯暴露及吸煙有關(guān)[28]。PCSK6的高表達(dá)與風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、鱗狀上皮細(xì)胞癌和骨關(guān)節(jié)炎疼痛等有關(guān)[29-31]。DEXI基因功能不明確,研究稱(chēng)CLEC16A基因的多態(tài)性通過(guò)影響鄰近基因DEXI的表達(dá),介導(dǎo)1型糖尿病及多發(fā)性硬化的發(fā)生[32,33]。結(jié)直腸癌及胃癌中,DEXI呈高甲基化狀態(tài),且可能參與對(duì)化療藥喜樹(shù)堿的耐藥過(guò)程[34]。HIST1H3B編碼組蛋白,彌漫性的內(nèi)源性腦干膠質(zhì)瘤中常出現(xiàn)HIST1H3B基因突變[35]。SULT1C2編碼的蛋白屬磺基轉(zhuǎn)移酶,磺基轉(zhuǎn)移酶催化激素、神經(jīng)傳遞素,外源性物質(zhì)等的硫酸鹽共軛。膽固醇生物合成中間體會(huì)影響大鼠原代肝細(xì)胞中SULT1C2的表達(dá)[36]。
上述基因甲基化與參與證候形成的具體機(jī)制仍需進(jìn)一步探索。目前關(guān)于甲基化的研究,主要集中于其參與調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄水平,從而影響疾病的發(fā)生發(fā)展。一般認(rèn)為,基因啟動(dòng)子區(qū)CpG位點(diǎn)的甲基化通常抑制轉(zhuǎn)錄,而去甲基化通常促進(jìn)轉(zhuǎn)錄。近年來(lái),關(guān)于基因其它區(qū)域的CpG位點(diǎn)的甲基化所與轉(zhuǎn)錄關(guān)系的研究增多,研究稱(chēng)基因Body區(qū)域的甲基化能促進(jìn)轉(zhuǎn)錄[37],也有研究表明基因Body區(qū)域甲基化程度極高或極低能夠抑制轉(zhuǎn)錄,而中等水平的甲基化程度則促進(jìn)轉(zhuǎn)錄[38-41]?;虻谝粋€(gè)外顯子上的甲基化與轉(zhuǎn)錄抑制有關(guān)[42]。因此,基因甲基化也可能通過(guò)調(diào)控其轉(zhuǎn)錄水平,參與證候的形成。
綜上,濕熱內(nèi)蘊(yùn)證中KCTD2和NAV1,肝郁脾虛證中LGR6和SH2D4B及肝腎陰虛證中CYP2E1、PCSK6、DEXI、HIST1H3B和SULT1C2的甲基化程度的改變可能與其相應(yīng)證候的形成有關(guān),其機(jī)制之一可能是通過(guò)影響基因轉(zhuǎn)錄,從而影響其生物學(xué)過(guò)程,參與證候形成,具體機(jī)制還需進(jìn)一步的研究。該研究因樣本量較少,存在一定的局限性,基因的甲基化程度需后續(xù)大樣本的驗(yàn)證。
參考文獻(xiàn)
1 陳健,陳啟龍,蘇式兵.中醫(yī)藥精準(zhǔn)醫(yī)療的思考與探索.世界科學(xué)技術(shù)-中醫(yī)藥現(xiàn)代化,2016,18(4):557-562.
2 Ott J J, Stevens G A, Groeger J, et al. Global epidemiology of hepatitis B virus infection: new estimates of age-specific HBsAg seroprevalence and endemicity. Vaccine, 2012, 30(12): 2212-2219.
3 凌青霞,陳明泉,施光峰. DNA甲基化修飾在乙肝病毒持續(xù)感染相關(guān)肝病中的研究現(xiàn)狀.肝臟,2014,19(5):362-364.
4 張旻.慢性乙型肝炎患者PD-1啟動(dòng)子區(qū)域甲基化狀態(tài)的研究.長(zhǎng)沙:中南大學(xué)博士學(xué)位論文,2012.
5 李鳳彩.慢加急性重型乙型病毒性肝炎患者血清IFN-γ水平及其啟動(dòng)子甲基化狀態(tài)研究.濟(jì)南:山東大學(xué)碩士學(xué)位論文,2010.
6 Zhao Y, Xue F, Sun J, et al. Genome-wide methylation profiling of the different stages of hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma development in plasma cell-free DNA reveals potential biomarkers for early detection and high-risk monitoring of hepatocellular carcinoma. Clin Epigenetics, 2014, 6(1): 30.
7 中華醫(yī)學(xué)會(huì)肝病學(xué)分會(huì)、感染病學(xué)分會(huì).慢性乙型肝炎防治指南.中華肝臟病雜志,2005,13(12):881-891.
8 中國(guó)中醫(yī)藥學(xué)會(huì)內(nèi)科肝病志業(yè)委員會(huì).病毒性肝炎中醫(yī)辨證標(biāo)準(zhǔn)(試行).中醫(yī)雜志,1992(5):39-40.
9 中華醫(yī)學(xué)會(huì)傳染病與寄生蟲(chóng)病學(xué)分會(huì)、肝病學(xué)分會(huì).病毒性肝炎防治方案.中華肝臟病雜志,2000,8(6):324-329.
10 張育軒,危北海.肝硬化臨床診斷、中醫(yī)辨證和療效評(píng)定標(biāo)準(zhǔn)(試行方案).新消化病雜志,1994,2(2):126.
11 成細(xì)華,饒春梅,喻嶸,等.表觀(guān)遺傳學(xué)在中醫(yī)藥研究中的應(yīng)用.中國(guó)中醫(yī)藥信息雜志,2016,23(1):134-136.
12 蘇式兵,許錦文.生命科學(xué)前沿技術(shù)與中醫(yī)藥研究.上海浦江教育出版社,2013:145-177.
13 牟新.中醫(yī)證候?qū)嵸|(zhì)與表觀(guān)遺傳學(xué)相關(guān)性初探.浙江中西醫(yī)結(jié)合雜志,2013,23(6):443-446.
14 玄麗娜.不同中醫(yī)證型骨髓增生異常綜合征RIZ1、ID4基因甲基化異常表達(dá)及臨床意義.山東中醫(yī)藥大學(xué)碩士學(xué)位論文,2012.
15 劉菲,徐瑞榮.急性髓系白血病中醫(yī)證型與ID4基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化相關(guān)性研究.中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合雜志,2012,32(4):471-473.
16 呼雪慶,蘇式兵.基于全基因組甲基化的乙肝后肝硬化典型證候生物學(xué)基礎(chǔ)觀(guān)察.中華中醫(yī)藥雜志,2016,31(5):1868-1873.
17 Boada M, Antunez C, Ramirez-Lorca R, et al. ATP5H/KCTD2 locus is associated with Alzheimer's disease risk. Mol Psychiatry, 2014, 19(6): 682-687.
18 Martinez-Lopez M J, Alcantara S, Mascaro C, et al. Mouse neuron navigator 1, a novel microtubule-associated protein involved in neuronal migration. Mol Cell Neurosci, 2005, 28(4): 599-612.
19 Lehoczky J A, Tabin C J. Lgr6 marks nail stem cells and is required for digit tip regeneration. Proc Natl Acad Sci U S A, 2015, 112(43): 13249-13254.
20 Snippert H J, Haegebarth A, Kasper M, et al. Lgr6 marks stem cells in the hair follicle that generate all cell lineages of the skin. Science, 2010, 327(5971): 1385-1389.
21 Gong X, Carmon K S, Lin Q, et al. LGR6 is a high affinity receptor of R-spondins and potentially functions as a tumor suppressor. PLoS One, 2012, 7(5): e37137.
22 Lapinski P E, Oliver J A, Bodie J N, et al. The T-cell-specific adapter protein family: TSAd, ALX, and SH2D4A/SH2D4BJ. Immunol Rev, 2009, 232(1):240-254.
23 Ben C A, Abaza H, Douik H, et al. Genetic polymorphism of cytochrome P450 2E1 and the risk of nasopharyngeal carcinoma. Bull Cancer, 2015, 102(12): 967-972.
24 Shen Z T, Wu X H, Li B, et al. CYP2E1 Rsa Iota/Pst Iota polymorphism and lung cancer susceptibility: A meta-analysis involving 10,947 subjects. J Cell Mol Med, 2015, 19(9): 2136-2142.
25 Jones S M, Boobis A R, Moore G E, et al. Expression of CYP2E1 during human fetal development: methylation of the CYP2E1 gene in human fetal and adult liver samples. Biochem Pharmacol, 1992, 43(8):1876-1879.
26 Vieira I, Pasanen M, Raunio H, et al. Expression of CYP2E1 in human lung and kidney during development and in full-term placenta: A differential methylation of the gene is involved in the regulation process. Pharmacol Toxicol, 1998, 83(5):183-187.
27 Park H J, Choi Y J, Kim J W, et al. Differences in the epigenetic regulation of cytochrome P450 genes between human embryonic stem cell-derived hepatocytes and primary hepatocytes. PLoS One, 2015, 10(7): e132992.
28 Jimenez-Garza O, Baccarelli A A, Byun H M, et al. CYP2E1 epigenetic regulation in chronic, low-level toluene exposure: Relationship with oxidative stress and smoking habit. Toxicol Appl Pharmacol, 2015, 286(3): 207-215.
29 Wang F, Wang L, Jiang H, et al. Inhibition of PCSK6 may play a protective role in the development of rheumatoid arthritis. J Rheumatol, 2015, 42(2):161-169.
30 Bassi D E, Cenna J, Zhang J, et al. Enhanced aggressiveness of benzopyrene-induced squamous carcinomas in transgenic mice overexpressing the proprotein convertase PACE4 (PCSK6). Mol Carcinog, 2015, 54(10): 1122-1131.
31 Malfait A M, Seymour A B, Gao F, et al. A role for PACE4 in osteoarthritis pain: Evidence from human genetic association and null mutant phenotype. Ann Rheum Dis, 2012, 71(6):1042-1048.
32 Tomlinson M T, Pitsillides A, Pickin R, et al. Fine mapping and functional studies of risk variants for type 1 diabetes at chromosome 16p13.13. Diabetes, 2014, 63(12): 4360-4368.
33 Leikfoss I S, Mero I L, Dahle M K, et al. Multiple sclerosis-associated single-nucleotide polymorphisms in CLEC16A correlate with reduced SOCS1 and DEXI expression in the thymus. Genes Immun, 2013, 14(1): 62-66.
34 Miyaki Y, Suzuki K, Koizumi K, et al. Identification of a potentepigenetic biomarker for resistance to camptothecin and poor outcome to irinotecan-based chemotherapy in colon cancer. Int J Oncol, 2012, 40(1):217-226.
35 Reyes-Botero G, Giry M, Mokhtari K, et al. Molecular analysis of diffuse intrinsic brainstem gliomas in adults. J Neurooncol, 2014, 116(2):405-411.
36 Rondini E A, Pant A, Kocarek T A. Transcriptional regulation of cytosolic sulfotransferase 1C2 by intermediates of the cholesterol biosynthetic pathway in primary cultured rat hepatocytes. J Pharmacol Exp Ther, 2015, 355(3):429-441.
37 Yang X, Han H, De Carvalho D D, et al. Gene body methylation can alter gene expression and is a therapeutic target in cancer. Cancer Cell, 2014, 26(4):577-590.
38 Zhang X, Yazaki J, Sundaresan A, et al. Genome-wide high-resolution mapping and functional analysis of DNA methylation in arabidopsis. Cell, 2006, 126(6):1189-1201.
39 Zilberman D, Gehring M, Tran R K, et al. Genome-wide analysis of Arabidopsis thaliana DNA methylation uncovers an interdependence between methylation and transcription. Nat Genet, 2007, 39(1):61-69.
40 Li X, Zhu J, Hu F, et al. Single-base resolution maps of cultivated and wild rice methylomes and regulatory roles of DNA methylation in plant gene expression. BMC Genomics, 2012, 13: 300.
41 Zemach A, McDaniel I E, Silva P, et al. Genome-wide evolutionary analysis of eukaryotic DNA methylation. Science, 2010, 328(5980): 916-919.
42 Brenet F, Moh M, Funk P, et al. DNA methylation of the first exon is tightly linked to transcriptional silencing. PLoS One, 2011, 6(1): e14524.
Genome-Wide Methylation Analysis in the Same Syndrome Between the Chronic Hepatitis B and Hepatitis B-Related Cirrhosis
Hu Xueqing, Chen Jian, Lu Yiyu, Su Shibing
(Research Center for Traditional Chinese Medicine Complexity System, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai 201203, China)
This study aimed to explore the biological basis of the same syndrome of Traditional Chinese Medicine (TCM) in different diseases, involving dampness and heat excess (DH) syndrome, liver stagnation and spleen deficiency (LSSD) syndrome and liver- and kidney-yin deficiency (LKYD) syndrome in chronic hepatitis B (CHB) and hepatitis B-related cirrhosis (LC). The CHB and LC patients with DHS, LSSDS and LKYDS (10 cases apiece) and healthy volunteers (6 cases) were enrolled. Blood samples were prepared and DNAs were extracted for HumanMethylaiton450K detection and analyses. As a result, 9 loci (covering 9 genes) were specifically and differently methylated in DH syndrome in both the two diseases, while 30 loci (covering 20 genes) in LSSD syndrome and 22 loci (covering 14 genes) in LKYD syndrome. Among the genes, KCTD2 and NAV1 in DH syndrome, LGR6 and SH2D4B in LSSD syndrome, and CYP2E1, PCSK6, DEXI, HIST1H3B and SULT1C2 in LKYD syndrome were significantly differently methylated compared with the healthy group (|Delta Beta| > 0.15). In conclusion, methylation level alternation may involve in the formation of DH, LSSD and LKYD syndromes in CHB and LC.
DNA methylation, chronic hepatitis B, cirrhosis, TCM syndrome, the same TCM syndrome in different diseases?
10.11842/wst.2016.09.004
R2-031
A
(責(zé)任編輯:朱黎婷,責(zé)任譯審:朱黎婷)
2016-07-12
修回日期:2016-08-25
* 國(guó)家自然科學(xué)基金委重點(diǎn)項(xiàng)目(81330084):基于系統(tǒng)生物學(xué)的原發(fā)性肝癌和大腸癌“異病同證”和“異病同治”的研究,負(fù)責(zé)人:蘇式兵。
** 通訊作者:蘇式兵,本刊編委,教授,博士生導(dǎo)師,主要研究方向:中醫(yī)藥系統(tǒng)生物學(xué)。