GetData Graph Digitizer軟件在生存分析中的應(yīng)用*

王媛媛秦 剛汪徐林張 建何 書沈 毅△

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GetData Graph Digitizer軟件在生存分析中的應(yīng)用*

王媛媛1秦 剛2汪徐林1張 建1何 書1沈 毅1△

1.南通大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)教研室（226001）

2.南通市南通大學(xué)附屬第三人民醫(yī)院

在生存資料的meta分析中，個(gè)體原始資料的提取一直以來(lái)都是異常棘手卻備受關(guān)注的問(wèn)題。本研究以某篇生存分析為例，介紹GetData Graph Digitizer軟件（以下簡(jiǎn)稱GetData軟件）的基本功能及其在生存分析曲線圖中獲取數(shù)據(jù)的方法。

資料和方法

1.從網(wǎng)址http：/ / getdata-graph-digitizer.com/ download.php下載GetData軟件，安裝后雙擊圖標(biāo)即可打開軟件主界面。

2.以Chen等［1］發(fā)表在BMC Cancer上的文獻(xiàn)中關(guān)于口腔癌患者3年生存率亞組分析的數(shù)據(jù)提取過(guò)程為例，詳細(xì)說(shuō)明GetData軟件的使用步驟和數(shù)據(jù)提取過(guò)程。

結(jié) 果

1.圖像的生成與導(dǎo)入：先將要獲取數(shù)據(jù)的圖片利用截圖軟件截出，并保存為GetData軟件支持的格式，如JPEG、TIFF、BMC和PCX格式。本例截取文獻(xiàn)［2］中的figure 3B，打開GetData軟件，點(diǎn)擊“File-＞Open Image”，選擇要處理的圖像文件。

2.選定坐標(biāo)：選擇軟件左上方按鈕Set the scale分別設(shè)定X最小值=0、最大值=300，Y最小值=0、最大值=1。

3.獲取數(shù)據(jù)：在“Operations”菜單下有三種提取數(shù)據(jù)的方法，本例采用“Digitize area”過(guò)程。點(diǎn)擊“Operations-＞Digitize area”啟動(dòng)“Digitize area”，進(jìn)一步選擇“Rectangular area”，界面中的dx值控制曲線上提取點(diǎn)的密度，dx值越大，所提取到的點(diǎn)越稀疏，本例設(shè)置為3。設(shè)置好“Rectangular area”后鼠標(biāo)變?yōu)楹谏^，用之拖出一個(gè)矩形區(qū)域，區(qū)域內(nèi)部的曲線就會(huì)被自動(dòng)提取，因本例要提取36個(gè)月的生存率，故拖出的矩形區(qū)域在36附近。這種方法的好處是簡(jiǎn)單的一次操作即可提取出所有的數(shù)據(jù)點(diǎn)。

4.數(shù)據(jù)的輸出與保存：按照以上步驟提取的數(shù)據(jù)在軟件右側(cè)會(huì)以表格的形式自動(dòng)顯示出來(lái)，直接選擇File菜單下的“Export data”即可輸出數(shù)據(jù)，輸出格式包括TXT、XLS、DXF、EPS四種。數(shù)據(jù)保存可以選擇File菜單下的“Save Workspace”。本例中提取的兩組數(shù)據(jù)是（36，0.5467）和（36，0.7867）。

5.GetData軟件的準(zhǔn)確性檢驗(yàn)：由于meta分析中的這篇文獻(xiàn)沒有提供原始數(shù)據(jù)，無(wú)法對(duì)GetData軟件提取數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性進(jìn)行驗(yàn)證，因此我們選擇了Qin等［3］發(fā)表在Medicine（Baltimore）上的文獻(xiàn)對(duì)GetData軟件所提取的數(shù)據(jù)與真實(shí)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較。采用Get-Data軟件提取到該文獻(xiàn)圖figure 2B中第一年和第二年ALSS組的生存率分別為50%和45.10%，對(duì)照組的生存率分別為37.75%和32.84%；而通過(guò)該文獻(xiàn)提供的原始數(shù)據(jù)計(jì)算第一、二年ALSS組生存率分別為50%、46.15%，對(duì)照組的為38.46%、33.85%，與Get-Data軟件提取的生存率數(shù)據(jù)近似程度均在95%以上，說(shuō)明GetData軟件提取數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性較高。

討 論

在Chen等人的meta分析實(shí)例中，由于亞組分析的文獻(xiàn)只提供了總生存曲線圖，沒有提及3年生存率，無(wú)法進(jìn)行亞組分析。通過(guò)GetData軟件在生存曲線中提取相關(guān)數(shù)據(jù)，最終完成了口腔癌3年生存率的亞組分析。因此，GetData軟件可以提取基于時(shí)間點(diǎn)的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)提取準(zhǔn)確性高。

與有些研究使用過(guò)的提取生存數(shù)據(jù)的Engauge Digitizer軟件相比，GetData軟件有很多優(yōu)勢(shì)。首先，提取數(shù)據(jù)的方法多種多樣，既有簡(jiǎn)單易學(xué)的“抓點(diǎn)法”（point capture mode），又有一次提取多個(gè)數(shù)據(jù)的“數(shù)字化區(qū)域法”（digitize area）；其次，GetData還可以設(shè)定生存曲線的顏色，如果生存曲線圖中存在多條曲線，而研究只需提取其中一條曲線的數(shù)據(jù)，則可以將其他曲線的顏色設(shè)置為底色而不受干擾，而Engauge Digitizer軟件只能識(shí)別灰度圖，彩色線條的生存曲線圖必須經(jīng)過(guò)圖片處理軟件調(diào)整為黑白圖片才可以進(jìn)一步提取數(shù)據(jù)；GetData軟件還可在“Settings→language”中更改界面的語(yǔ)言，適合不同語(yǔ)種人的使用，所以GetData軟件比Engauge Digitizer軟件的應(yīng)用更加普遍。

總之，GetData軟件可以補(bǔ)充不同時(shí)點(diǎn)的生存數(shù)據(jù)，提取過(guò)程簡(jiǎn)單，所得結(jié)果準(zhǔn)確，但目前應(yīng)用還不是特別廣泛，其主要原因是該軟件在國(guó)內(nèi)缺乏推廣，很多人甚至都沒有聽說(shuō)過(guò)這個(gè)軟件，本研究旨在為研究者提供一個(gè)簡(jiǎn)單實(shí)用的軟件進(jìn)行生存曲線中獨(dú)立患者數(shù)據(jù)（individual patient data，IPD）的提取，從而使沒有提供IPD的亞組生存資料meta分析成為可能。

參考文獻(xiàn)

［1］Chen J，Zhou J，Lu J，et al.Significance of CD44 expression in head and neck cancer：a systemic review and meta-analysis.BMC Cancer，2014，14（15）：2-9.

［2］Kosunen A，Pirinen R，Ropponen K，et al.CD44 expression and its relationship with MMP-9，clinicopathological factors and survival in oral squamous cell carcinoma.Oral Oncol，2007，43（1）：51-59.

［3］Qin G，Shao JG，Wang B，et al.Artificial liver support system improves short-and long-term outcomes of patients with HBV-associated acute-on-chronic liver failure：a single-center experience.Medicine （Baltimore），2014，93（28）：e338.

（責(zé)任編輯：郭海強(qiáng)）

·專題研究·

*基金項(xiàng)目：國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目（81370520），江蘇省自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目（BK2012653）；南通市科技計(jì)劃項(xiàng)目（MS12015004）

通信作者：△沈毅，E-mail address：sunny@ ntu.edu.cn