D19S433基因座稀有等位基因4的發(fā)現(xiàn)與確認

張懷才，丁少成，李佑英

（杭州市公安局刑事科學(xué)技術(shù)研究所，杭州 310004）

D19S433基因座稀有等位基因4的發(fā)現(xiàn)與確認

張懷才，丁少成，李佑英

（杭州市公安局刑事科學(xué)技術(shù)研究所，杭州 310004）

在檢案過程中發(fā)現(xiàn)D19S433基因座有一個超出ladder最小范圍的稀有基因，分別采用Identifiler Plus及AGCU17+1試劑盒對提取產(chǎn)物進行擴增及電泳分析，經(jīng)測序確認該等位基因為4。查詢STRbase數(shù)據(jù)庫，等位基因4尚未見報道，為新發(fā)現(xiàn)的稀有等位基因。本文對確認類似OL基因提供了參考方案。

法醫(yī)遺傳學(xué)；STR分型；D19S433基因座；off-ladder等位基因；稀有等位基因

短串聯(lián)序列重復(fù)序列（short tandem repeat，STR）重復(fù)單位僅2～6 bp，其長度多態(tài)性來源于重復(fù)單位拷貝數(shù)的個體差異。PCR-STR分型技術(shù)具有高靈敏度、高鑒別能力和標(biāo)準(zhǔn)化自動分型等特征［1］。在STR檢測中，有些樣本的某個等位基因因偏離ladder無法命名，標(biāo)記為off-ladder（OL），通過重復(fù)實驗可排除擴增及檢測過程造成的漂移，確定稀有基因［2］。稀有基因是由于等位基因突變中核酸的缺失、插入或核苷酸的改變所產(chǎn)生的，屬于微變異［3］，主要有兩種類型［4］：一是出現(xiàn)在一個基因座內(nèi)兩個等位基因之間的稀有基因，此類分型可通過漂移校正計算確定分型；二是超出基因座ladder范圍的稀有基因，此類分型確定較為復(fù)雜，首先必須確定該稀有基因來源基因座，對偏離ladder相應(yīng)基因座最小或者最大等位基因較近的稀有基因，可以通過漂移校正得到準(zhǔn)確分型，但如果偏離較遠，則常常不能得到準(zhǔn)確的分型，需要測序確認。筆者檢案過程中在D19S433基因座發(fā)現(xiàn)一個超出ladder最小范圍的稀有基因，經(jīng)測序檢測，確認該等位基因為4。

1 檢驗方法

樣本為一口腔拭子，采用Chelex-100法提取DNA，使用AmpF?STR?Identifiler?Plus試劑盒（美國AB公司）和AGCU17+1熒光檢測試劑盒（中德美聯(lián)公司）擴增，3130XL型遺傳分析儀電泳， GeneMapper ID-X v1.4基因分析軟件分析。委托中德美聯(lián)公司對其CSF1PO及D19S433基因座等位基因進行測序檢測。

2 結(jié)果與討論

2.1 STR檢測結(jié)果

Identifiler?Plus試劑盒檢測結(jié)果見圖1，樣本在CSF1PO基因座有兩個等位基因，為9/13；vWA基因座有兩個等位基因，為14/17；在D19S433基因座中有兩個等位基因，其中一個等位基因為14，另一個等位基因在該基因座ladder范圍之前，命名為OL，這兩個等位基因峰面積與vWA基因座雜合子等位基因相近，該樣本在D19S433基因座應(yīng)為雜合子可能性大，分型為OL/14。

AGCU17+1試劑盒檢測結(jié)果見圖2，CSF1PO基因座內(nèi)有兩個峰，為等位基因9與OL，兩者峰面積比例懸殊（1:3），不符合雜合子表現(xiàn)。且該OL峰峰高為1639，接近CSF1PO基因座等位基因9（峰高536）與D19S433基因座等位基因14（峰高1044）的峰高之和。在D19S433基因座內(nèi)，只有一個等位基因14，結(jié)合Identifiler?Plus試劑盒檢測圖譜，CSF1PO基因座分型為9/13，分析該OL峰應(yīng)為CSF1PO中等位基因13及D19S433基因座另一個等位基因的疊加。

圖1 Identifi ler?Plus試劑盒檢測結(jié)果Fig.1 STR profi le using Identifi ler? Plus Kit

圖2 AGCU17+1試劑盒檢測結(jié)果Fig.2 STR profi le using AGCU17+1 Kit

2.2 測序結(jié)果

測序結(jié)果顯示，該樣本在CSF1PO基因座的核心序列TATC重復(fù)次數(shù)為13次，按命名原則，將該等位基因命名為13；在D19S433基因座的核心序列AAGG重復(fù)次數(shù)為4次，該等位基因命名為4。AGCU17+1試劑盒檢測中CSF1PO基因座內(nèi)的OL峰應(yīng)為CSF1PO基因座等位基因13與D19S433基因座等位基因的疊加。查詢STRbase數(shù)據(jù)庫收錄的D19S433基因座最小等位基因為5.2，等位基因4尚未見報道，應(yīng)為新發(fā)現(xiàn)的稀有基因。目前，該等位基因信息已被STRbase數(shù)據(jù)庫收錄。

綜上所述，在STR分型檢測中，若遇到OL峰，首先應(yīng)該通過重復(fù)實驗的方式排除擴增及檢測過程造成的漂移等情況，然后才能確定為稀有基因。最后根據(jù)稀有基因的類型經(jīng)過漂移校正確定分型，如果偏離較遠，不能得到準(zhǔn)確的分型，則需要通過測序才能確認。

［1］ 任賀，劉芳，陳沖，等.STR分型中無效等位基因的分析研究［J］.刑事技術(shù)， 2014（6）:50.

［2］ 徐志成，陳新星，劉煒彬.11250個無關(guān)個體中罕見等位基因及其頻率［J］.刑事技術(shù)，2011（3）:53.

［3］ Butler JM.Forensic DNA typing: biology， technology， and genetics of STR markers ［M］.Burlington: Elsevier Academic Press， 2005， 477.

［4］ Crouse CA，Rogers S，Amiott E，et al.Analysis and interpretation of short tandem repeat microvariants and three banded allele patterns using multiple allele detection systems ［J］.J Forensic Sci， 1999，44（1）:87-94.

引用本文格式：張懷才， 丁少成， 李佑英.D19S433基因座稀有基因4的發(fā)現(xiàn)與確認 ［J］.刑事技術(shù)， 2015，40（5）:426-427.

Discovery and Confi rmation of the Rare Allele 4 in the Locus D19S433

ZHANG Huaicai，DING Shaocheng，LI Youying
（Institute of Criminal Science and Technology， Hangzhou Public Security Bureau， Hangzhou 310004， China）

When an off-ladder （OL） peak was encountered in STR typing， it should be subjected to repeated detection to determine whether it is really a rare allele with the prior exclusion of a drifting one caused by/in amplifi cation or detection.If true， its typing should be confi rmed with the drift correction in advance.In case the deviation is too far to get accurate typing，to sequence it is essential for confi rmation.Through this strategy， locus D19S433 was discovered to have a rare allele that is smaller than the minimum one in the ladder for control when a case tested.By CSF1P0 and D19S433 having been sequenced，the obtained OL was confi rmed as allele 4.Since the minimum allele of D19S433 loci included in the STRbase bank is 5.2， the allele 4， not yet reported before， can be regarded as a newly discovered rare allele.Currently， it has been enclosed in STRbase bank.The validation process for confi rming the allele 4 here reported may provide a reference for analysis of similar OL gene.

forensic genetics； STR typing； D19S433 locus； off-ladder allele； rare allele

DF795.2

B

1008-3650（2015）05-0426-02

10.16467/j.1008-3650.2015.05.020

張懷才（1984—），男，四川樂山人，主檢法醫(yī)師，本科，研究方向為法醫(yī)物證檢驗。 E-mail: 8725673@qq.com

2014-02-13