核酸染色劑SYBR－Gold染色特性分析

金 磊

（徐州醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物化學(xué)與分子生物學(xué)教學(xué)實(shí)驗(yàn)中心，江蘇徐州221002）

核酸染色劑SYBR－Gold染色特性分析

金 磊

（徐州醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物化學(xué)與分子生物學(xué)教學(xué)實(shí)驗(yàn)中心，江蘇徐州221002）

目的檢測(cè)SYBR－Gold前染色與后染色的優(yōu)缺點(diǎn)。方法采用前染色、后染色的方法使用SYBR－Gold對(duì)雙鏈DNA進(jìn)行染色檢測(cè)，EB染色作為參照，瓊脂糖凝膠電泳為檢測(cè)手段，凝膠成像系統(tǒng)拍照觀察。結(jié)果SYBRGold其前染色與后染色對(duì)于雙鏈DNA檢測(cè)能力均強(qiáng)于EB染色，但是SYBR－Gold預(yù)混凝膠前染色其分辨效果及DNA遷移速度受到DNA濃度的影響；SYBR－Gold預(yù)混樣品的前染色方式對(duì)于目的基因的判讀誤差較大。結(jié)論SYBR－Gold不適合預(yù)混樣品前染色，DNA樣品濃度過(guò)大（大于250ng）不適合預(yù)混凝膠前染色，SYBR－Gold后染色是理想的染色方式。

SYBR－Gold；溴化乙錠；核酸染色劑；瓊脂糖凝膠電泳

（Chin J Lab Diagn，2015，19：0194）

核酸染色在基因工程領(lǐng)域應(yīng)用非常廣泛，結(jié)合瓊脂糖凝膠電泳可以分離、鑒定DNA片段大小，對(duì)于DNA濃度也可以根據(jù)熒光激發(fā)強(qiáng)度進(jìn)行半定量［1］。目前，對(duì)于凝膠染色的核酸染色劑，溴化乙錠（Ethidium bromide、EB）仍然占據(jù)主導(dǎo)地位，EB可以結(jié)合雙鏈DNA、單鏈DNA以及RNA，EB結(jié)合雙鏈DNA后熒光強(qiáng)度激發(fā)比游離凝膠中的EB發(fā)出的熒光強(qiáng)度大20－25倍［2］，具備優(yōu)越的DNA檢測(cè)能力，在瓊脂糖凝膠及聚丙烯酰胺凝膠中可分別檢測(cè)痕量的雙鏈DNA。但是EB具有致突變性，對(duì)于環(huán)境安全有一定影響［3］。

隨著對(duì)核酸染色劑研究的深入以及化學(xué)合成技術(shù)的發(fā)展，出現(xiàn)了一些經(jīng)過(guò)改進(jìn)的花青類(lèi)核酸染色劑，相對(duì)于EB具有染色靈敏度高、環(huán)保、對(duì)核酸的結(jié)合具有選擇性等特點(diǎn)。比如SYBR GreenⅠ結(jié)合雙鏈DNA能力遠(yuǎn)強(qiáng)于單鏈DNA及RNA，因此可以作為實(shí)時(shí)定量PCR的核酸染色劑，SYBR－Gold可以結(jié)合雙鏈DNA、單鏈DNA及RNA，在結(jié)合雙鏈DNA后具有2個(gè)熒光激發(fā)峰，一個(gè)位于300nm處，另一個(gè)位于495nm處，且對(duì)于核酸的檢測(cè)能力均高于EB及其他SYBR系列的染色劑［4］。而且安全、環(huán)保，已有文獻(xiàn)報(bào)到SYBR Gold在Ames實(shí)驗(yàn)中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)至突變性［5］。但是SYBR－Gold試劑價(jià)格要遠(yuǎn)高于EB，為了降低使用成本，使用SYBRGold做前染色的優(yōu)勢(shì)報(bào)道越來(lái)越多［6］，尤其是使用SYBR－Gold染色樣品的前染色方式會(huì)極大的節(jié)約試劑的用量［7，8］，而另有文獻(xiàn)報(bào)道這種染色方式會(huì)使得DNA遷移速度發(fā)生滯后［4］。因此本文使用EB作為參照，使用后染色及前染色兩種染色方式評(píng)估SYBR－Gold在檢測(cè)雙鏈DNA的靈敏度以及染色特點(diǎn)，給選擇使用SYBR－Gold以及適合這種染色劑的染色方式提供參考。

1 材料與方法

1.1 質(zhì)粒與菌株原核表達(dá)載體pXMCB－B2及菌種JM101為為本實(shí)驗(yàn)室保存

1.2 主要試劑PCR體系、分析級(jí)瓊脂糖凝膠、質(zhì)粒提取試劑盒購(gòu)自Promega公司、凝膠純化試劑盒購(gòu)自生工（上海）生物工程有限公司、1kbDNA ladder、100bpDNA ladder、Gel loading Dye 6x購(gòu)自NEB公司，SYBR－Gold in DMSO購(gòu)自invitrogen公司；EB、DMSO購(gòu)自Sigma公司，1xTBE緩沖液（final concentrations of 45mmol／L Tris－Boric Acid，2mmol／L EDTA PH：8.3）為實(shí)驗(yàn)室配置。

1.3 前染色及1%凝膠配置稱取0.6g瓊脂糖溶于60ml 1xTBE緩沖液中，使用65℃水浴加熱待瓊脂糖全部融化，量筒分別量取30ml凝膠共2份，分別加入SYBR－Gold（10000x）3μl、EB（0.5μg／ml）3μl混勻后分別灌至6x6cm膠槽中，然后放置于室溫約1小時(shí)待其凝固。后染色凝膠配置同前染色，但是凝膠中不加染色劑。

1.4 后染色電泳結(jié)束后將不含染色劑凝膠放入1xTBE緩沖液的容器中，使凝膠完全侵入緩沖液，緩沖液中分別含SYBR－Gold：10000x、EB：0.5μg／ml，搖床低速染色40min。

1.5 電泳將無(wú)染色劑凝膠放入同一電泳槽，含染色劑凝膠使用單獨(dú)電泳槽在同一條件下分別電泳。電壓1.5V／cm2，時(shí)間60min。

1.6 目的基因的擴(kuò)增與純化使用實(shí)驗(yàn)室保存質(zhì)粒為模板，使用特異性上游、下游引物擴(kuò)增長(zhǎng)度為711 bp的目的基因，PCR反應(yīng)程序?yàn)?4℃預(yù)變性2min、94℃變性1min、58℃退火1min、72℃延伸1min；變性、退火、延伸共計(jì)25個(gè)循環(huán)；最后72℃延伸5min。測(cè)序正確后使用凝膠純化系統(tǒng)進(jìn)行純化。

1.7 PCR產(chǎn)物的濃度測(cè)定取2μl的PCR產(chǎn)物，使用Thermo公司的NanoDrop2000系統(tǒng)進(jìn)行DNA濃度測(cè)定，然后將DNA稀釋至25ng／μl凍存?zhèn)溆谩?/p>

1.8 DNA ladder濃度與SYBR－Gold濃度稀釋1kb DNA ladder按照每6μl 8ng、16ng、35ng、63ng、125 ng、250ng、500ng的濃度稀釋配置備用；其中500ng從0.5kb到10kb每條帶對(duì)應(yīng)質(zhì)量為42ng、42ng、36ng、48ng、125ng、33ng、42ng、50ng、42ng、42ng，其余濃度按照稀釋倍數(shù)類(lèi)推。SYBR－Gold按照1∶167、1∶333、1∶667、1∶1 000稀釋于60%DMSO中，染色樣品后SYBR－Gold被稀釋6倍，其終濃度為：1∶1 000 1∶2 000 1∶4 000 1∶6 000。

2 結(jié)果

2.1 EB與SYBR－Gold預(yù)混凝膠前染色特性分析

如圖A、B分別為EB與SYBR－Gold前染色，1－7上樣量分別為：8ng、16ng、32ng、63ng、125ng、250ng、500ng電泳在同一條件下進(jìn)行，電泳結(jié)束后立即拍照，我們發(fā)現(xiàn)：1、EB與SYBR－Gold對(duì)于雙鏈DNA最小檢測(cè)量能力與DNA片段大小相關(guān)，對(duì)于0.5kb的DNA片段EB最小檢測(cè)量約為5ng（第4列），而SYBR－Gold最小檢測(cè)量約為0.6ng（第7列），隨著DNA片段的增大，兩種染色劑的檢測(cè)能力均有所增強(qiáng)，3－10kb的DNA片段EB的最小檢測(cè)量約為0.6ng（第1列），而SYBR－Gold染色至第一列仍然較清晰，因此SYBR－Gold的前染色的最小檢測(cè)量應(yīng)小于0.6ng。2、EB染色較SYBR－Gold染色分辨效果好，SYBR－Gold前染色的分辨效果與DNA濃度相關(guān)，當(dāng)DNA總濃度為250ng以上時(shí)（第6列），3－10kb的DNA條帶不能分辨。3、SYBR－Gold染色當(dāng)濃度為250ng以上時(shí)，3－10kb的DNA條帶其遷移速度明顯增加。因此SYBRGold預(yù)混凝膠前染色不適合檢測(cè)濃度超過(guò)250ng的DNA品。

圖1 A：EB前染色，B：SYBR－Gold前染色，1－7樣品質(zhì)量為：8 ng、16 ng、35 ng、63 ng、125 ng、250 ng、500 ng，從0.5 kb至10 kb相應(yīng)DNA條帶為0.5 kb、1 kb、1.5 kb、，2 kb、3 kb、4 kb、5 kb、6 kb、8 kb、10kb。

2.2 EB與SYBR－Gold后染色特性分析

凝膠后染色是電泳完畢后再進(jìn)行單獨(dú)染色，因此DNA條帶在介質(zhì)中移動(dòng)不受染色劑干擾，對(duì)于目的基因判斷更準(zhǔn)確，DNA也不易產(chǎn)生彎曲、變形、拖尾等現(xiàn)象。后染色使用的樣品DNA、上樣量、電泳條件與前染色完全一致，電泳結(jié)束后將凝膠分別放入含有EB（0.5μg／ml）與SYBR－Gold（10000x）的1xTBE緩沖液中進(jìn)行后染色，如圖2，A為EB后染色，B為SYBR－Gold后染色。結(jié)果顯示：后染色檢測(cè)雙鏈DNA的效果較前染色更有優(yōu)勢(shì)，EB后染色對(duì)于0.5kb的雙鏈DNA片段最小檢測(cè)量約為2.7ng（第3列），而3kb之后的雙鏈DNA片段最小檢測(cè)量至少為0.6ng（第1列），而SYBR－Gold后染色每條DNA條帶都清晰可見(jiàn)，由此可見(jiàn)SYBRGold后染色對(duì)于雙鏈DNA檢測(cè)的靈敏度優(yōu)于EB染色及SYBR－Gold前染色。

圖2 A：EB后染色，B：SYBR－Gold后染色，1－7樣品質(zhì)量為：8 ng、16 ng、35 ng、63 ng、125 ng、250 ng、500 ng，從0.5 kb至10 kb相應(yīng)DNA條帶為0.5 kb、1 kb、1.5 kb、，2 kb、3 kb、4 kb、5 kb、6 kb、8 kb、10 kb。

圖3 SYBR－Gold預(yù)混樣品前染色，1－4 SYBR－Gold稀釋倍數(shù)為1∶1000 1∶2000 1∶4000 1∶6000。

2.3 SYBR－Gold預(yù)混樣品前染色特性分析

有報(bào)道稱染樣品法的前染色可以極大的節(jié)省染色劑的用量［7，8］，SYBR－Gold是否適合此種染色方法，我們進(jìn)行檢測(cè)，如圖3，1－4分別是將SYBR－Gold按照1∶1 000、1∶2 000、1∶4 000、1∶6 000的終濃度染色250ng的DNA樣品，并在避光的環(huán)境中靜止15分鐘，然后進(jìn)行電泳。我們發(fā)現(xiàn)隨著SYBRGold濃度的稀釋，不僅DNA條帶的熒光強(qiáng)度發(fā)生衰減，而且DNA的遷移速度也逐漸增快。這種現(xiàn)象說(shuō)明SYBR－Gold稀釋濃度會(huì)影響DNA的遷移速度。另外有文獻(xiàn)報(bào)道，SYBR－Gold預(yù)混樣品前染色其遷移速度也會(huì)受到DNA濃度影響［9］。

2.4 SYBR－Gold預(yù)混樣品對(duì)目的基因判斷的影響

通過(guò)上述實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)SYBR－Gold預(yù)混樣品的染色方式中，其稀釋濃度會(huì)影響DNA的遷移速度，這種現(xiàn)象對(duì)于使用分子量標(biāo)準(zhǔn)DNA來(lái)判斷目的基因片段大小是否會(huì)發(fā)生顯著影響，我們進(jìn)一步檢測(cè)，。如圖4－A，1－8為按照比例稀釋在DMSO中的SYBR－Gold同時(shí)染色目的基因（711bp）與分子量標(biāo)準(zhǔn)DNA（100bp DNA ladder，NEB），SYBR－Gold的終濃度為1∶1 000、1∶2 000、1∶4 000、1∶6 000，在避光環(huán)境中放置15分鐘后電泳檢測(cè)，我們發(fā)現(xiàn)不同濃度稀釋的SYBR－Gold對(duì)目的基因的判斷不盡相同，圖中分子量標(biāo)準(zhǔn)DNA在0.5kb與1kb之間依次為0.6kb、0.7kb、0.8kb、0.9kb，相同目的基因樣品（711bp），其大小在各濃度稀釋的SYBRGold染色的情況下依次為：約1kb（1∶1 000）、約0.95kb（1∶2 000）、約0.85kb（1∶4 000）、約0.95 kb（1∶6 000）。圖4－B為SYBR－Gold后染色作為參照?？梢?jiàn)在每種SYBR－Gold濃度稀釋情況下目的基因的判讀與其實(shí)際大小均不符，最接近實(shí)際大小的0.85bp仍然誤差約140bp（約20%），無(wú)法達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求，因此我們認(rèn)為SYBR－Gold不適合預(yù)混樣品的前染色方式。

圖4 A：SYBR－Gold預(yù)混樣品前染色，SYBR－Gold稀釋倍數(shù)為1∶1000（1、2）1∶2000（3、4）1∶4000（5、6）1∶6000（7、8），目的基因大小711 bp。B：SYBR－Gold后染色。

3 討論

基于熒光信號(hào)為基礎(chǔ)的核酸染色劑仍然是檢測(cè)核酸的重要手段，通常結(jié)合凝膠電泳的方法來(lái)鑒定分析核酸片段大小，也可根據(jù)熒光強(qiáng)度對(duì)核酸濃度進(jìn)行半定量，傳統(tǒng)染色劑對(duì)于單鏈DNA的檢測(cè)能力要弱很多，在一些實(shí)際工作中，比如以RNA為模板構(gòu)建cDNA基因文庫(kù)，EB對(duì)于核酸的檢測(cè)能力往往不能滿足需求，一些新型核酸染色劑的問(wèn)世大大提高了核酸的檢測(cè)能力，PicoGreen是一種很靈敏的雙鏈DNA定量試劑，在熒光儀上可檢測(cè)雙鏈DNA的最低濃度為25pg／ml，檢測(cè)精度比傳統(tǒng)方法提高100倍，另外PicoGreen定量檢測(cè)不會(huì)受到單鏈DNA及RNA的干擾［10］。一些新技術(shù)的建立也提高了核酸的檢測(cè)能力，比如使用堿性品紅在聚丙烯酰胺凝膠中可以檢測(cè)10－20pg的DNA［11］，競(jìng)爭(zhēng)逆轉(zhuǎn)錄PCR結(jié)合SYBR－Gold染色可以對(duì)mRNA進(jìn)行定量分析［12］。另外在凝膠成像系統(tǒng)中適當(dāng)延長(zhǎng)曝光時(shí)間也可以提高核酸的檢測(cè)能力，因此，即便是相同的核酸染色劑，合理的使用不同的檢測(cè)方法可以提高核酸的檢測(cè)水平。在本文中，兩種核酸染色劑使用后染色的方式對(duì)于雙鏈DNA的檢測(cè)能力均強(qiáng)于前染色。SYBR－Gold在這方面尤為明顯，雖然SYBR－Gold在前染色方面易受到諸多因素的干擾，但是其優(yōu)異的后染色能力、在Ames實(shí)驗(yàn)中無(wú)至突變性、環(huán)保、用量很少等優(yōu)勢(shì)使SYBR－Gold越來(lái)越多的被廣大科研人員接受。

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The Characterization of SYBR Gold nucleic acid dye

JIN Lei.（Experimental center for Medical Biochemistry and

Molecular Biology Teaching.Xuzhou Medical College，Xuzhou，Jiangsu221002，China）

ObjectiveIt is analyse two method for staining DNA fragments in agarosewith SYBR－Gold.MethodsIt used poststaining and prestaining to dye double strand DNA in agarose gel electrophoresis.The same way is used to stain DNA with EB as a control.And we analysed the results by the gel imaging system.ResultsWe found SYBR－Gold was much more sensitive than EB to detect double strand DNA.But the effect of resolution and the mobility of DNA fragments were affiliated to the concentration of the samples in precasting SYBR－Gold in gels.And it was low accurate in measuring the size of DNA fragments through the agarose gel with adding SYBR－Gold in loading buffer.ConclusionWe do not recommend that you stain the sample with SYBR－Gold before agarose gel electrophoresis.It is also not suitable to precast SYBR－Gold in gels when the concentration of samples is too high.However，the poststain with SYBR－Gold is an ideal method.

SYBR－Gold、EB、nucleic acid dye、agarose gel electrophoresis

R392.3

A

2014－08－16）

1007－4287（2015）02－0194－05

國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（81100852）