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    山羊睪丸和附睪頭β防御素家族的表達(dá)譜及生物信息學(xué)分析

    2015-03-22 07:18:59張春香杜海燕張彩霞鄭亞琳任有蛇姜玉鎖
    畜牧獸醫(yī)學(xué)報 2015年7期

    張春香,杜海燕,張彩霞,鄭亞琳,任有蛇,姜玉鎖

    (山西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院,太谷 030801)

    山羊睪丸和附睪頭β防御素家族的表達(dá)譜及生物信息學(xué)分析

    張春香#,杜海燕#,張彩霞,鄭亞琳,任有蛇,姜玉鎖*

    (山西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院,太谷 030801)

    為探明山羊睪丸和附睪頭β防御素家族基因表達(dá)特點及其蛋白的特性。利用3只7日齡羔羊睪丸和3只成年種公羊睪丸和附睪頭的Illumina HiSeqTM2000高通量轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),篩選出β防御素家族基因并進(jìn)行差異表達(dá)基因比較分析,利用生物信息學(xué)對β防御素家族蛋白特性進(jìn)行預(yù)測。結(jié)果顯示:在山羊7日齡睪丸、成年睪丸和附睪頭中分別表達(dá)7、12和33種β防御素,其表達(dá)量最高的分別是gDB123、gDB119和gDB124,成年睪丸中特異性表達(dá)是gDB33,附睪頭中特異表達(dá)有21種β防御素。山羊β防御素分子量在6.89~13.85 ku,為小分子、極性、帶正電荷、疏水性的強堿性多肽。山羊β防御素也是含高度保守6個半胱氨酸的空間構(gòu)象,基本結(jié)構(gòu)-C-X2-45-C-X3-6-C-X3-13-C-X4-7-CC-,其中24種β防御素結(jié)構(gòu)為-C-X5,6-C-X3,4-C-X9-C-X5,6-CC-。有16種β防御素是分泌型糖蛋白,除gDB126無磷酸化位點外,其余的β防御素蛋白均有磷酸化位點。山羊附睪頭特異性高度表達(dá)有豐富β防御素,它們是一類抗微生物的陽離子肽,在精子成熟過程中形成精子膜上糖被,或精子運動獲得的過程中發(fā)揮重要作用;也可作為信號分子,某些信號通路中發(fā)揮作用。

    β防御素家族;表達(dá)譜;生物信息、睪丸;附睪;公山羊

    β防御素(beta-defensin,DB)是一種重要的內(nèi)源性抗菌肽,作為新型的抗生素替代品,其功能的研究及其體外提純對畜產(chǎn)品的安全生產(chǎn)具有重要意義。在雄性生殖器官中,免疫處于相對抑制狀態(tài),因此,在其中必須有一套可替代的有效保護(hù)機制,以保證生殖系統(tǒng)能夠不受侵害。β防御素家族正是起到這種保護(hù)作用,雄性生殖器官表達(dá)有30多種β防御素,不僅保護(hù)精子免受微生物的侵襲[1-2],而且對附睪中精子成熟和貯存也有重要作用[3-4]。研究表明有35種β防御素在大鼠生殖器官中表達(dá),僅大鼠附睪頭中就有29種表達(dá)[1],有38種β防御素在男性睪丸和附睪中表達(dá)[2],29種公豬β防御素中有14種是在睪丸中表達(dá)[5]。F.Narciandi等[6]發(fā)現(xiàn),牛13號染色體上編碼的19種β防御素均在成年公牛生殖器官中表達(dá),在6周齡公犢生殖器官中表達(dá)有10種。比較前人的研究發(fā)現(xiàn)哺乳動物(人、牛、豬)和嚙齒類(大鼠、小鼠)生殖器官中β防御素表達(dá)差異很大,這種差異不僅體現(xiàn)在表達(dá)量上,而且也表現(xiàn)在種類上。然而有關(guān)山羊β防御素的研究報道很少,僅有E.Bagnicka等[7]克隆了山羊舌頭β防御素1和β防御素2基因,并比較了其在幾個山羊品種間的變異。目前山羊生殖器官β防御素的表達(dá)特性尚未見報道。本研究利用7日齡和成年山羊睪丸、成年山羊附睪頭組織的高通量轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,分析了公羊繁殖器官中表達(dá)β防御素家族表達(dá)特點,利用生物信息學(xué)分析對附睪頭表達(dá)的β防御素進(jìn)行分類,為山羊附睪頭生物學(xué)功能的研究提供寶貴的基因組數(shù)據(jù);為研究β防御素功能、表達(dá)特性和體外表達(dá)生產(chǎn)等提供依據(jù)。

    1 材料與方法

    1.1 試驗樣品采集及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)獲得

    試驗動物為7日齡,2歲太行青山羊((47.8±2.5)kg)公羊各3只。采用手術(shù)去勢采集其睪丸和附睪頭,液氮保存后,干冰包裹凍存管后送深圳華大基因科技有限公司進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)獲取及分析方法參照張春香等[8]基于高通量轉(zhuǎn)錄組測序的睪丸和附睪差異基因分析。注釋后總Unigene分為兩部分,一部分是singletons(以Unigene開頭),另一部分是clusters(以CL開頭)。將獲取部分β防御素的序列整理后遞交NCBI數(shù)據(jù)庫(KJ508072-KJ508084)。

    1.2 生物信息學(xué)分析

    利用EditSeq程序(DNAStar Lasergene V5.02)預(yù)測山羊β防御素的氨基酸數(shù)量、組成和蛋白質(zhì)分子量;應(yīng)用在線軟件InterProScan預(yù)測β防御素的結(jié)構(gòu)域和功能區(qū)域。通過NetOGlyc 3.1和NetNGlyc 1.0預(yù)測β防御素潛在O、N糖基化位點。用在線Scansite網(wǎng)站中motif Scan軟件預(yù)測潛在磷酸化位點;在線網(wǎng)站PSORT上進(jìn)行β防御素蛋白的信號肽預(yù)測和亞細(xì)胞定位;應(yīng)用在線軟件protscale程序預(yù)測山羊β防御素的疏水性(Hydrophobic constants derived from HPLC peptide retention times);利用在線iTOL軟件(Version 2.1)構(gòu)建人、牛、豬和山羊β防御素系統(tǒng)進(jìn)化樹[9-10]。

    2 結(jié) 果

    2.1 山羊附睪頭和睪丸β防御素種類及表達(dá)特點

    山羊附睪頭和睪丸中表達(dá)的無可變剪接的β防御素(Goat beta-defensin,gDB)種類及表達(dá)特點見表1,7日齡山羊睪丸中表達(dá)的有6種:gDB123>gDB104>gDB114>gDB120>gDB108>gDB107;在成年山羊睪丸中表達(dá)的有7種,其表達(dá)量順序:gDB119>gDB123>gDB120>gDB15>gDB104>gDB29>gDB107;7日齡和成年山羊睪丸中β防御素表達(dá)的種類和表達(dá)量不同。成年山羊附睪頭中表達(dá)的有25種,表1中β防御素順序按照附睪頭中由高到低的排列,從表1可以看出附睪頭特異表達(dá)有16種:gDB124、gDB109、gDB110 like、gDB116、gDB121、gDB132、gDB118、gDB130、gDB134、gDB126、gDB127、gDB131、gDB103B、gDB117、gDB115和SPAG11V。在這些β防御素中表達(dá)量最高的是在附睪頭中特異性表達(dá)的gDB124,其片段長度494 bp;其次是gDB109,長度611 bp。表達(dá)量排名第3的是在7日齡山羊睪丸和附睪頭中均表達(dá)的gDB108,長度483 bp,其在附睪頭的表達(dá)量分別是7日齡山羊睪丸的表達(dá)量10 875倍。成年公羊睪丸中僅有g(shù)DB119和gDB123的表達(dá)量顯著高于附睪頭。

    表1 山羊睪丸和附睪頭中β防御素基因(單一)表達(dá)量 (FPKM值a)

    山羊睪丸和附睪頭中表達(dá)有可變剪接的β防御素種類及表達(dá)特點見表2。在成年公羊睪丸和附睪頭中共有9種有可變剪切的β防御素。在7日齡公羔睪丸中有g(shù)DB128的2個轉(zhuǎn)錄本和gDB112的1個轉(zhuǎn)錄本,其表達(dá)量均較低,F(xiàn)PKM值<1。在成年公羊睪丸中表達(dá)有5種可變剪接的β防御素,其中g(shù)DB122的2個轉(zhuǎn)錄本,為睪丸最高表達(dá)量,有可變剪接的β防御素;gDB33轉(zhuǎn)錄本1和2是成年睪丸中特異性表達(dá)的;除此之外,還有g(shù)DB128的轉(zhuǎn)錄本1、gDB112的轉(zhuǎn)錄本2和gDB105的轉(zhuǎn)錄本5。在成年公羊附睪頭中有8種可變剪切的β防御素,其中可變轉(zhuǎn)錄本gDB122a的表達(dá)量最高,是成年睪丸中表達(dá)量的54倍。在附睪頭中特異性表達(dá)的有g(shù)DB108l的3個轉(zhuǎn)錄本、gDB112的轉(zhuǎn)錄本1、gDB105的轉(zhuǎn)錄本1~5、gDB30的2個轉(zhuǎn)錄本、gDB110的2個轉(zhuǎn)錄本和SPAG11E的2個轉(zhuǎn)錄本。

    表2 山羊睪丸和附睪頭中β防御素基因(可變剪切)表達(dá)量

    2.2 山羊β防御素家族生物信息學(xué)分析

    2.2.1 山羊β防御素蛋白的理化性質(zhì)分析 從表3可以看出,山羊附睪頭中β防御素為小分子、極性和疏水性蛋白,分子量在6.89~13.85 ku,其中分子量最高的是gBD112,分子量最低的是gBD121。除gBD134和gBD108ltr3為酸性AA外,其余的β防御素均為堿性AA,其中堿性最強的AA是gBD129,等電點9.729。當(dāng)pH=7.0時,gBD117帶電量最大11.855(正電荷);其次是gBD129,帶電量11.617;gBD110tr2帶電量最低(正電荷)0.898。gBD108tr3和gBD134是帶負(fù)電荷,帶電量分別為-1.928和-1.296。

    2.2.2 β防御素家族系統(tǒng)發(fā)育分析 將從NCBI數(shù)據(jù)庫中獲取的37個人β防御素(Human defensins,hDBs)、28個牛β防御素(Cattle defensins,cDBs)、14個豬β防御素(Pig defensins,pDBs)和山羊附睪頭中38個β防御素(包括轉(zhuǎn)錄本)(gDBs)共117個蛋白質(zhì)序列用在線構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(圖1)。從進(jìn)化樹分析可以看出,4個物種的β防御素蛋白被劃分為類群A-類群H共8個類群,β防御素129、123和132單獨形成進(jìn)化支。其中類群A和E成員數(shù)較少,類群A包含β防御素123和122;類群E包含β防御素117、118和125。類群G包含15種共19個β防御素:8種牛β防御素聚為一個次級分支,人和豬的β防御素1、2和103各聚一個次級分支,人β防御素136和137聚為一個次級分支。大多數(shù)進(jìn)化樹未端分支是不同物種的同一種類β防御素,說明β防御素種間保守性較強。從基因組家族進(jìn)化歷史分析,最先β防御素129,其次是β防御素123和132,類群由A~H發(fā)生歷史越來越晚。

    表3 山羊睪丸和附睪頭中β防御素蛋白理化性質(zhì)

    2.2.3 β防御素蛋白的結(jié)構(gòu)特點及其功能區(qū)域 從表4可以看出山羊的無可變剪切的單一β防御素蛋白都具有6個半胱氨酸殘基(陰影區(qū)域),其結(jié)構(gòu)為-C-Xn-C-Xn-C-Xn-C-Xn-CC-。除gBD112為-C-X45-C-X6-C-X3-C-X7-CC-,gBD114為-C-X14-C-X3-C-X13-C-X6-CC-,gBD107為-C-X6-C-X3-C-X9-C-X7-CC-,gBD130為-C-X2-C-X5-C-X4-C-X5-CC-外,其余β防御素蛋白均為C-X6-C-X3-C-X9-C-X5-CC-。

    從表5可以看出山羊可變剪切β防御素蛋白具有2~8個半胱氨酸殘基(陰影區(qū)域)。其中g(shù)BD105轉(zhuǎn)錄本2和gBD110轉(zhuǎn)錄本1僅含有2個半胱氨酸殘基;gBD128tr 1和gBD105tr1含有3個半胱氨酸殘基;

    圖1 人、牛、豬和山羊β防御素家族的進(jìn)化樹 (NJ法,自展值>80)Fig.1 A phylogenic analysis of beta-defensin genes among humans,cattle,pigs and goats (Neighbor joining method,Bootstrap>80)

    gBD105tr3和4的結(jié)構(gòu)特殊,有8個半胱氨酸殘基:-C-X17-C-X2-C-X6-C-X3-C-X9-C-X5-CC-,gBD108ltr3為-C-X2-C-X8-C-X6-C-X3-C-X9-C-X5-CC-;SPAG11Etr 2有5個半胱氨酸殘基,結(jié)構(gòu)為-C-X9-C-X9-C--X6-CC-。其余β防御素均為-C-X5,6-C-X3,4-C-X9-C-X5,6-CC-。

    InterProScan預(yù)測除gBD105tr1和tr2、gBD110tr1、gBD128tr1外,其余β防御素蛋白的功能區(qū)域在6個半胱氨酸殘基的區(qū)域內(nèi),具有β防御素抗微生物的三級結(jié)構(gòu)特征。

    2.2.4 山羊附睪頭β防御素蛋白糖基化位點和磷酸化分析 從表6可知,gDB117、gDB116、gDB129、gDB112、gDB118、gDB127、gDB131、gDB134、gDB126和gDB108ltr3均有N糖基化位點。除gDB107、gDB114、gDB120~124、gDB131、gDB134、gDB105tr4、gDB1101、gDB110tr2、gDB119trl和gDB122trl無O糖基化位點,其余的14個β防御素蛋白均含有O糖基化位點。從N和O糖基化位點的情況看,gDB107、gDB114、gDB119~124和gDB105tr4既無N糖基化位點,也無O糖基化位點,推測其不是糖蛋白。其余16個β防御素蛋白均可能是糖蛋白。除gDB126無磷酸化位點外,其余的β防御素蛋白磷酸化位點。2.2.5 山羊附睪頭β防御素蛋白信號肽預(yù)測及亞細(xì)胞定位 表6結(jié)果顯示,gDB104、gDB120、gDB121、gDB126、gDB105tr4、gDB108ltr3、gDB110tr2和gDB122tr1有信號肽,亞細(xì)胞定位到細(xì)胞外,是分泌蛋白。gDB117、gDB123和 gDB131也有信號肽,亞細(xì)胞定位在細(xì)胞核內(nèi)。gDB118、 gDB124和gDB109tr1也有信號肽,亞細(xì)胞定位在線粒體內(nèi)。gDB108、gDB112、gDB116、gDB127、gDB129、 gDB119tr1、 gDB128tr2和SPAG 11Etr2均定位在細(xì)胞核內(nèi)。gDB107、gDB114、gDB132、gDB134和gDB110like定位在細(xì)胞質(zhì)中。PSORT預(yù)測結(jié)果還顯示在gDB107、gDB112、gDB129、gDB131、gDB134和gDB122tr1蛋白的C端有ER膜保留信號(ER Membrane Retention Signals):KKXX-like 元件,而gDB119tr1 和gDB109tr1蛋白不僅C端有ER膜保留信號KKXX-like 元件,N端還有ER膜保留信號XXRR-like 元件,因此,這些β防御素有可能是內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜的分子伴侶。

    表4 山羊睪丸和附睪頭中β防御素(單一序列)蛋白序列

    表5 山羊睪丸和附睪頭中β防御素(可變剪切)蛋白序列

    表6 山羊β防御素蛋白修飾及亞細(xì)胞定位

    3 討 論

    3.1 附睪頭和睪丸β防御素種類及表達(dá)特點

    在雄性生殖器官內(nèi)β防御素發(fā)揮雙重功能,它們不僅是內(nèi)源性抗微生物肽而且還對精子的成熟發(fā)揮重要作用[3-4,11-12]。S.H.Hall等研究顯示表達(dá)在男性生殖器官中β防御素有38種之多[1],其中高度表達(dá)的有19種:hDB120、hDB133、hDB104、hDB111、hDB118、SPAG11E、hDB105、hDB119、hDB107、hDB121、hDB108、hDB125、hDB126、hDB127、hDB128、hDB129、hDB132、hDB122p和hDB123。J.S.Zhang等[13]用RT-PCR檢測男性附睪13種β防御素中,其中附睪頭中hDB104、hDB118和hDB119表達(dá)量較高,hDB107、hDB108、hDB123和hDB1是在附睪頭中特異表達(dá)的。在大鼠生殖器官中β防御素有35種[14],RT-PCR檢測結(jié)果顯示在睪丸中表達(dá)有7種,表達(dá)量順序由高到低是:rDB24、rDB14、rDB33、rDB27、rDB37、rDB29和rDB36;附睪頭有29種,其中特異性表達(dá)的有rSPAG11E、rDB12、rDB17和rDB18,高度表達(dá)的有rDB39、rDB44、rDB25和rDB29[2]。家鼠附睪頭表達(dá)β防御素種類與大鼠基本相同,大多數(shù)β防御素的表達(dá)部位和表達(dá)量也相同,僅有mDB15和rDB15、mDB1和rDB1、mDB44和rDB44的表達(dá)部位和表達(dá)量不同[15],還有研究表明mDB11和mDB12是家鼠附睪頭特異性表達(dá)的[16]。M.K.Choi等[5]用RT-PCR方法檢測到2周齡公豬睪丸中表達(dá)有12種β防御素,表達(dá)量順序由高到低是:pDB4、pDB119、pDB104、pDB122、pDB115、pDB108、pDB128、pDB112、pDB129、pDB124、pDB116和pDB118,其表達(dá)β防御素種類多于本研究7日齡公羔睪丸中8種gDB123、gDB104、gDB114、gDB120、gDB108、gDB107、gDB128和gDB112。B.Guyonnet等在公豬附睪中發(fā)現(xiàn)了7種β防御素,在附睪頭中高度表達(dá)的有pDB109、pDB111、pSPAG11B、pDB121和pDB113(按照由高到低排序),僅pDB129在附睪頭中沒有檢測到[17]?,F(xiàn)研究發(fā)現(xiàn)在荷斯坦奶牛和挪威紅牛的公牛附睪頭中表達(dá)有位于13號染色體上19種β防御素,其中cDB142、cDB120、cDB122a、cDB116、cDB119和cDB117表達(dá)量最高,其次是cDB124、cDB122和cDB118,然后是cDB127、cDB128、cDB129、cDB115、cDB121和cDB123,表達(dá)量最低的是cDB132、cDB126、cDB125和cDB125a[6]。本研究轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)成年公羊附睪頭中表達(dá)25種單一β防御素和8種有可變剪切β防御素(共22個轉(zhuǎn)錄本),其種類較男性生殖器官38種少,這可能是本研究沒有檢測附睪體和附睪尾而引起的種類上差異。與公牛附睪頭中β防御素相比,除沒有檢測到DB142、DB125和DB125a,其余16種均在公羊附睪頭中檢測到,但表達(dá)量高低有較大的差異,除了品種差異外,所檢測的年齡階段(18、24月齡公羊)差異也有可能引起表達(dá)的差異。

    3.2 山羊β防御素的生物信息學(xué)分析

    3.2.1 β防御素的理化性質(zhì) β防御素是一類陽離子肽,分子量4~10 ku[18-20]。山羊睪丸和附睪頭β防御素的理化性質(zhì)分析結(jié)果顯示當(dāng)pH 7.0時,除gBD108tr3(-1.928)和gBD134(-1.296)是帶負(fù)電荷,其余均是帶正電荷,說明山羊β防御素是帶陽離子短鏈多肽,均為堿性;山羊β防御素分子量在6.89~13.85 ku,高于人、鼠上報道的β防御素的分子量,這可能是種間差異引起的。

    3.2.2 β防御素的結(jié)構(gòu)特點 A.A.Patil等[2]研究發(fā)現(xiàn)人、大鼠、小鼠和狗β防御素都有由6個半胱氨酸構(gòu)成的高度保守的空間模式,基本模式:-C-X5-8-C-X3-7-C-X5-13-C-X4-7-CC-,由此形成了嚴(yán)格的3個反平行β折疊[21-23],這種結(jié)構(gòu)有利于形成可與細(xì)胞膜相互作用的低聚體,使其通透性增加[24],使β防御素具有了抗微生物的活性。本研究中山羊無可變剪切的單一β防御素蛋白也都具有6個半胱氨酸殘基,基本結(jié)構(gòu)為-C-X2-45-C-X3-6-C-X3-13-C-X4-7-CC-。除gBD112 、gBD114、gBD105和gBD130外,其余β防御素蛋白均為C-X6-C-X3-C-X9-C-X5-CC-,該模式與現(xiàn)人、大鼠、小鼠和狗β防御素的基本結(jié)構(gòu)一致,gBD112的N端比較長,這可能會增強本身的免疫功能[21]。對于有可變剪切g(shù)BD105轉(zhuǎn)錄本3和4、gBD108l有8個半胱氨酸殘基,SPAG11E有5個半胱氨酸殘基,這種現(xiàn)象在人β防御素也有,例如hDB105、hDB133等,半胱氨酸超出或缺失是否會引起三級空間結(jié)構(gòu)的變化目前還尚待進(jìn)一步研究。

    3.2.3 β防御素蛋白修飾與功能 現(xiàn)已報道的大鼠rDB22和獼猴β防御素126是糖蛋白[3-4,25],在精子整個表面形成糖基化外殼,可以與抗精子的抗體結(jié)合,使其不受免疫識別[26-27]。大鼠rDB15是包被精子頭部頂體部分,該基因敲除后精子運動能力下降,受精率降低[13]。任有蛇等[28]研究結(jié)果顯示gDB104a也是糖蛋白,包被在山羊精子的頂體部分和精子中段的線粒體上。在山羊睪丸和附睪頭發(fā)現(xiàn)的β防御素有16種可能是糖蛋白,有些是N糖基化位點,有些是O糖基化位點,還有一部分既有N糖基化位點也有O糖基化位點。山羊gDB126有10個O糖基化位點,推測其功能與獼猴β防御素126相似[29]。除gDB126無磷酸化位點外,其余的β防御素蛋白磷酸化位點,這說明β防御素蛋白可能還是信號分子[30-31],大鼠Bin 1可與未成熟精子質(zhì)膜Ca2+離子通道結(jié)合,激活Ca2+離子通道促進(jìn)了Ca2+吸收,使精子獲得了運動能力[12]。人附睪中高度表達(dá)hDB29通過與趨化因子受體CCR6的作用促進(jìn)精子運動及其親CCL20的趨化運動[32]。hDB3通過CCR6作用激活caspases 1 and 4、 Smad3、MAPKs 和NF-κB的通路增加皮膚角質(zhì)細(xì)胞的IL-37的表達(dá)[33]。已有研究顯示hDB5行使細(xì)胞信號的功能[34]。山羊附睪頭中β防御素的功能還有待進(jìn)一步深入研究。

    4 結(jié) 論

    山羊7日齡睪丸、成年睪丸和附睪頭中分別表達(dá)有7、12和33種β防御素,表達(dá)量最高的β防御素依次是gDB123、gDB119和gDB124。成年睪丸中特異性表達(dá)是gDB33,附睪頭中特異表達(dá)有21種β防御素。山羊β防御素分子量在6.89~13.85 ku,為小分子、極性、帶正電荷的、疏水性的強堿性多肽。β防御素結(jié)構(gòu)-C-X2-45-C-X3-6-C-X3-13-C-X4-7-CC-。有16種β防御素是糖蛋白,除gDB126外其余β防御素具有磷酸化位點,可作為信號分子。這些β防御素在精子成熟和母畜生殖道內(nèi)運輸過程中發(fā)揮重要作用。

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    (編輯 程金華)

    Expression Profiles and Bioinformatics Analysis of beta-defensin Family Genes in the Testes and Epididymal Caput of Bucks

    ZHANG Chun-xiang#,DU Hai-yan#,ZHANG Cai-xia,ZHENG Ya-lin,REN You-she,JIANG Yu-suo*

    (CollegeofAnimalScienceandVeterinaryMedicine,ShanxiAgriculturalUniversity,Taigu030801,China)

    The study was conducted to investigate the expression characteristics and bioinformatics analysis of beta-defensin family genes in the testes and epididymal caput of bucks.The data were from the transcriptomes of three testes of 7-day-old kids,testes and epididymal caput of three adult bucks of known fertility analyzed by Illumina HiSeqTM2000 high-throughput RNA sequencing.All beta-defensin family genes were sorted out according to annotation of unigenes and contigs for analysis of different expression.Protein profile of beta-defensins was analyzed by bioinformatics methods.The results showed that a total of 7,12 and 33 β-defensins were discovered in testes of 7-day-old kids,testes and epididymal caput of adult bucks respectively,whilegDB123,gDB119 andgDB124 were the highest expression in the testes of 7-day-old kids,testes and epididymal caput of adult bucks respectively.gDB33 was specifically expressed in testes of adult bucks.Twenty-one β-defensins were specifically expressed in epididymal caput of adult bucks.The molecular weight of β-defensins was from 6.89 to 13.85 ku.The bioinformatics analysis showed that goat β-defensins protein were small molecular,polar,hydrophobicity and basic polypeptide with positive charge.A high degrees of conservation in spacing pattern was 6 cysteines in peptides sequence of β-defensins,which consensus pattern was -C-X2-45-C-X3-6-C-X3-13-C-X4-7-CC-.However,the pattern of 24 β-defensins was -C-X5,6-C-X3,4-C-X9-C-X5,6-CC-.A total of 16 β-defensins were secreted glycoprotein.Except forgDB126,the rest of 24 β-defensins had the phosphorylation sites.The goat β-defensins family protein were also the antimicrobial cationic peptides.The rich specific-epididymis β-defensins were expressed in epididymal caput,which could coat sperm plasma membrane with glycocalyx in sperm maturation and play a vital role in making sperm motion.And β-defensins maybe were cell signal in some pathways.

    β-defensins family;expression profiles;bioinformatics;testis;epididymal caput;bucks

    10.11843/j.issn.0366-6964.2015.07.007

    2015-01-23

    山西省科技攻關(guān)計劃項目(20110311029;20130311025-2)

    張春香(1972-),女,山西侯馬人,副教授,博士,主要從事動物遺傳育種與繁殖研究,Tel:0354-6285990,E-mail:zhchx66@126.com。杜海燕(1978-),女,山西偏關(guān)人,博士生,主要從事動物遺傳育種與繁殖研究,E-mail:dhy782@126.com。張春香與杜海燕為并列第一作者

    *通信作者:姜玉鎖,教授,主要從事動物遺傳育種與繁殖研究,Tel:0354-6285990,E-mail:jiangys_001 @126.com

    S827.2

    A

    0366-6964(2015)07-1122-12

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