5株北極微藻藻際環(huán)境的細(xì)菌多樣性

苗 禎，杜宗軍，李會(huì)榮，樓妍穎，羅 瑋,*

1 山東大學(xué)(威海)海洋學(xué)院，威海 264209 2 中國極地研究中心，國家海洋局極地科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海 200136

5株北極微藻藻際環(huán)境的細(xì)菌多樣性

苗 禎1,2，杜宗軍1，李會(huì)榮2，樓妍穎2，羅 瑋2,*

1 山東大學(xué)(威海)海洋學(xué)院，威海 264209 2 中國極地研究中心，國家海洋局極地科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海 200136

對5株北極微藻，如脆桿藻(Fragilariopsissp.)、微單胞藻(Micromonassp.)、四棘藻(Attheyaseptentrionalis)、海鏈藻(Thalassiosirasp.)和小球藻(Chlorellasp.)的不同生長時(shí)期的粘附細(xì)菌和游離細(xì)菌的16S rRNA基因進(jìn)行PCR-DGGE分析，研究藻際環(huán)境的細(xì)菌多樣性。結(jié)果表明，5株微藻具有不同的藻際微生物群落結(jié)構(gòu)組成，其中微單胞藻、脆桿藻、四棘藻和海鏈藻的藻際細(xì)菌主要由Cyanobacteria(藻藍(lán)細(xì)菌)、α-Proteobacteria(α-變形菌綱)和γ-Proteobacteria(γ-變形菌綱)組成，僅微單胞藻和脆桿藻檢測出CFB(Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides，噬纖維菌-屈撓桿菌-擬桿菌)。小球藻由Cyanobacteria、CFB、α-Proteobacteria和β-Proteobacteria(β-變形菌綱)組成。微單胞藻的藻際菌群結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，不同生長時(shí)期的游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌組成差異不明顯。3株硅藻-脆桿藻、四棘藻和海鏈藻的游離細(xì)菌主要由γ-Proteobacteria組成，小球藻的游離細(xì)菌主要為β-Proteobacteria，而5株微藻的粘附細(xì)菌主要由Cyanobacteria組成。從DGGE圖譜來看，在脆桿藻生長的延滯期、指數(shù)期和穩(wěn)定期，其藻際游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌的16S rRNA基因擴(kuò)增條帶數(shù)量和位置均有明顯差異，但優(yōu)勢擴(kuò)增條帶較穩(wěn)定；其他4株藻粘附細(xì)菌和游離細(xì)菌的擴(kuò)增條帶比較穩(wěn)定，說明藻際關(guān)聯(lián)菌群結(jié)構(gòu)較穩(wěn)定。藻菌種間特異性關(guān)系為不同微藻藻株提供了重要的線索，同時(shí)也帶來更多的隱藏在藻際環(huán)境中的信息。

北極微藻; 藻際環(huán)境; 關(guān)聯(lián)菌群; 16S rRNA; DGGE

微藻分泌的胞外產(chǎn)物對細(xì)菌食物鏈具有重要作用，形成了自微藻細(xì)胞向外至一定距離的對細(xì)菌生長有刺激作用的區(qū)域，類似于陸上的根際環(huán)境，這個(gè)區(qū)域被命名為“藻際環(huán)境”(phycosphere)[1]。有研究表明藻際環(huán)境的游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)是不同的[2- 3]，F(xiàn)andino等研究表明在腰鞭毛藻赤潮期間游離細(xì)菌主要屬于α-Proteobacteria和γ-Proteobacteria，粘附細(xì)菌主要以CFB菌群占優(yōu)勢[3]。Sch?fer 等研究了6種不同的藻株附著不同的“衛(wèi)星”細(xì)菌群落，而且基因指紋顯示這種“衛(wèi)星”附著關(guān)系較為穩(wěn)定。所有藻株附著類群的共同點(diǎn)就是均歸屬于α-Proteobacteria和CFB其中的某一個(gè)支系[4]。也有研究表明海洋藻際環(huán)境中細(xì)菌群落和海洋中的游離細(xì)菌群落在系統(tǒng)發(fā)育上有著明顯的區(qū)別，說明兩種不同生存環(huán)境下的細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)組成由不同的選擇性壓力所影響[5- 6]。更多的生態(tài)調(diào)查研究表明在浮游植物赤潮過程中細(xì)菌群落組成與浮游植物的組成、生長和生理狀態(tài)相關(guān)[4- 5,7- 8]。特定藻類能吸引不同細(xì)菌附生群落，顯示浮游植物-細(xì)菌相互作用具有種間特異性[4,6,9]，而菌群對某些微藻的表現(xiàn)出“溶藻”[10]或者“共促”機(jī)理[11]都證明了藻、菌關(guān)聯(lián)之間的特異性。

北極地區(qū)是受全球變化影響最深的地區(qū)，極地海洋系統(tǒng)易于受到周圍環(huán)境等因子的影響，已經(jīng)引起科學(xué)家對這些極端區(qū)域海洋微生物的多樣性和生態(tài)學(xué)作用的極大興趣。目前極地海洋微生物多樣性研究多以海冰、海水和近岸沉積物微生物群落為研究對象，對北極海域浮游細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育多樣性的研究表明，浮游細(xì)菌主要分布在α-、γ-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、ε-Proteobacteria、CFB類群、綠色非硫細(xì)菌和Verrucomicrobia這7個(gè)大的類群。這些克隆序列跟多數(shù)非培養(yǎng)的環(huán)境序列存在高度同源性[12]。人們利用傳統(tǒng)培養(yǎng)技術(shù)和分子生物學(xué)技術(shù)開展了對北極楚科奇海、弗拉姆海峽、斯匹次卑爾根島嶼附近峽灣海冰樣品的細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育多樣性分析。海冰細(xì)菌主要屬于α、γ-Proteobacteria、CFB、低G+C含量革蘭氏陽性菌群和高G+C含量革蘭氏陽性菌群[13- 15]。而極區(qū)微藻也是常見的浮游植物類群，是重要的初級生產(chǎn)力類群，北極海域的主要優(yōu)勢種類為青綠藻和硅藻。它們同樣在北冰洋生態(tài)系統(tǒng)的碳固定過程中起著重要的作用。目前人們熱衷于極地快速變化環(huán)境下的特定種群(浮游植物，浮游細(xì)菌，浮游動(dòng)物等)的生態(tài)學(xué)調(diào)查，而在這種迅速變化的生境中的生態(tài)系統(tǒng)反饋和應(yīng)對機(jī)理需要更多的摸索和一些全新的理解。在此背景下，展開針對北極獲得的幾株優(yōu)勢微藻藻際環(huán)境中藻菌關(guān)聯(lián)的機(jī)理的研究。

基于對北極的優(yōu)勢浮游植物-細(xì)菌相互作用機(jī)制的探索為目的，從北極各生境中分離出的具重要生態(tài)地位的微藻，并對與這些微藻緊密關(guān)聯(lián)的微生物群落多樣性進(jìn)行研究，將對認(rèn)識北極海域微食物環(huán)以及其中的各個(gè)生態(tài)學(xué)角色有了更深入的認(rèn)知。

1 材料與方法

1.1 藻種來源及培養(yǎng)

本研究中的5株北極微藻，信息見表1。海洋微藻微單胞藻(Micromonassp.)、脆桿藻(Fragilariopsissp.)、四棘藻(Attheyaseptentrionalis)和海鏈藻(Thalassiasirasp.)購自美國國家海洋藻類和微生物中心(NCMA, Maine, USA)，淡水藻小球藻(Lw 2006/68)采自2006年中國第3次北極黃河站考察，北極斯匹次卑爾根群島黃河站(78°55′N, 11°56′E)附近的夏季冰川融水坑，樣品低溫((6±0.5) ℃)保存回國，在實(shí)驗(yàn)室分離純化并保存于中國極地研究中心藻種庫。

表1 本研究中使用的微藻Table 1 Microalgae strains used in this study

微藻培養(yǎng)在光照培養(yǎng)箱中進(jìn)行，溫度為(6±0.5) ℃，光強(qiáng)為2000 lx，光照周期為光∶暗=12 h∶12 h。所有藻株的培養(yǎng)基參照表1，海水均采自北極海域，將海水通過0.45 μm的膜過濾，121 ℃，20 min進(jìn)行滅菌。維生素溶液通過0.2 μm濾器進(jìn)行除菌。

1.2 微藻生長曲線的測定

微藻計(jì)數(shù)主要采用光學(xué)顯微鏡細(xì)胞計(jì)數(shù)[16]。取100 μL混勻的藻液均勻加入細(xì)胞計(jì)數(shù)板中，光學(xué)顯微鏡(Olympus)(10×40)觀察計(jì)數(shù)。計(jì)數(shù)從第0天開始，每2 d計(jì)數(shù)1次。

1.3 藻際環(huán)境的細(xì)菌采樣

取不同生長期的藻液10 mL直接通過0.2 μm的聚碳酸膜(Whatman)過濾，獲得游離和粘附的總細(xì)菌。取不同生長期的藻液10 mL，先經(jīng)膜過濾，獲得微藻細(xì)胞的粘附細(xì)菌(Attached)；其中Micromonassp.由于細(xì)胞約為2.0—3.0 μm，選用孔徑為2.0 μm的濾膜，其他藻株選用3.0 μm濾膜。將濾液再通過0.2 μm的濾膜，獲得藻液中的游離細(xì)菌。濾膜及樣于冰箱-80 ℃保存。

1.4 DNA提取

DNA提取參照Zhou等[17]的方法進(jìn)行。

1.5 16S rRNA基因全長序列 PCR

參照 Bosshard 等[18]的方法進(jìn)行。16S rRNA基因引物序列如下：27F (5′-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG - 3′) 和1492R (5′-GGT TAC CTT GTT ACG ACT T - 3′)。PCR 反應(yīng)條件為 94 ℃變性 4 min, 然后在 94 ℃ 45 s,50 ℃ 45 s, 72 ℃ 1 min 循環(huán)30次, 72 ℃延伸10 min。

1.6 16S rRNA 基因V3 區(qū)的PCR擴(kuò)增

采用Shabir等[19]的方法進(jìn)行。引物的序列如下：341F (5′-CGC CCG CCG CGC GCG GCG GGC GGG GCG GGG GCA CGG GGG GCC TAG GGG AGG CAG CAG- 3′) 和534R (5′-ATT ACC GCG GCT GCT GG- 3′)，下劃線處為GC鉗序列。PCR擴(kuò)增在Veriti Thermal Cycler(ABI)上進(jìn)行。以 1 μL 16S rRNA全長序列 PCR 產(chǎn)物作為模板，PCR反應(yīng)條件：94 ℃預(yù)變性4 min，然后是30循環(huán)(94 ℃變性30 s, 58 ℃退火30 s, 72 ℃延伸1 min)，最后72 ℃延伸10 min。

1.7 變性梯度凝膠電泳(DGGE)

800 ng—1 μg 16S rRNA基因V3區(qū)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行DGGE分離。用D-code System電泳儀(Bio-Rad公司)進(jìn)行DGGE電泳分離。制備變性梯度凝膠，使PAGE膠濃度為8%，變性梯度40%—60%(7 mol/L尿素和40%甲酰胺為100%變性)，電泳緩沖液為1×TAE，PCR產(chǎn)物在60 ℃，200 V條件下電泳6 h。電泳完畢，用GelRedTM(Biotium)染色45—60 min。DGGE圖譜通過Gel Doc 2000凝膠成像系統(tǒng) (Bio-Rad, Hercules, CA, USA)獲得。

將聚丙烯酰胺凝膠中在同一個(gè)水平位置的條帶割下，放在PCR小管中，并加入20 μL MilliQ水，放在4 ℃冰箱過夜，以此為模板，進(jìn)行16S rRNA V3 區(qū) PCR擴(kuò)增，實(shí)驗(yàn)條件同上。

1.8 DNA序列測序和分析

按照pMD18-T載體試劑盒(Takara，大連)說明進(jìn)行操作。將16S rRNA基因V3區(qū)擴(kuò)增產(chǎn)物分別同pMD18-T載體連接，連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)入大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞中。涂布至含有氨芐青霉素SOC平板上，37 ℃培養(yǎng)12 h。每個(gè)平板挑取克隆，接入500 μL SOC液體培養(yǎng)基37 ℃培養(yǎng)，經(jīng) T 載體引物 PCR 擴(kuò)增篩選陽性克隆，擴(kuò)增引物為 M13+(5′-GTA AAA CGA CGG CCA G - 3′)和 M13-(5′- CAG GAA ACA GCT ATG AC - 3′)，送去(南方基因測試中心)測序。測序獲得的16S rRNA序列進(jìn)行BLAST比對(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)，應(yīng)用CLUSTALX1.8(多重序列比對程序)進(jìn)行匹配比對，后用PHYLIP 3.67(進(jìn)化樹分析)構(gòu)建進(jìn)化樹[20]。

1.9 聚類分析

根據(jù)電泳條帶的有無，運(yùn)用圖像分析軟件Quantity One(4.6.2)分析DGGE圖譜，采用UPGMA法進(jìn)行聚類分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 生長曲線測定結(jié)果

5株微藻的生長曲線見圖1。從圖1中可以看出，5株微藻的生長周期約為30 d。小球藻的3個(gè)生長階段不明顯，將小球藻3個(gè)生長階段大致劃分，延滯期約為7 d，隨后進(jìn)入指數(shù)生長期，在21 d達(dá)到最大密度，隨后略微下降并穩(wěn)定生長。其他4株微藻的生長階段較明顯，脆桿藻、四棘藻、海鏈藻和微單胞藻的延滯期分別為前9 d、5 d、12 d和9 d，在16 d、14 d、27 d和16 d達(dá)到最大生長密度，隨后進(jìn)入穩(wěn)定生長期。藻液分別取自各個(gè)藻株的生長延滯期、指數(shù)期和穩(wěn)定期(圖1)。

圖1 5種不同微藻的生長曲線Fig.1 The growth curve of five different microalgae involved into this study

2.2 藻際微生物多樣性分析

從DGGE電泳圖譜(圖2A，圖3A，圖4A，圖5A，圖6A)可以看出，5株微藻藻際細(xì)菌群落的條帶的數(shù)目和位置有所區(qū)別，說明不同藻株的藻際細(xì)菌群落組成不同。5種藻際細(xì)菌群落的優(yōu)勢種均十分明顯，分別對應(yīng)于DGGE圖譜中的亮條帶。較微弱DGGE條帶所對應(yīng)的細(xì)菌類群的數(shù)量可能相對較低。

基于5株微藻藻際細(xì)菌的DGGE圖譜主要條帶，共獲得59條克隆序列(其中一條測序失敗)，它們的測序結(jié)果經(jīng)BLAST比對顯示(表2)，5株微藻藻際細(xì)菌種群與數(shù)據(jù)庫中的已知序列的相似性為87%—100%，包括： Cyanobacteria、CFB菌群、α-Proteobacteria、β-Proteobacteria、γ-Proteobacteria(圖7)。由表2和系統(tǒng)進(jìn)化樹

(圖7)可以看出,從5株微藻培養(yǎng)液獲得的細(xì)菌數(shù)量和類群有所不同。微單胞藻、脆桿藻、四棘藻和海鏈藻的藻際細(xì)菌中，主要由Cyanobacteria、α-Proteobacteria和γ-Proteobacteria組成，僅微單胞藻和脆桿藻檢測出CFB菌群。淡水藻株小球藻是由Cyanobacteria、CFB菌群、α-Proteobacteria、β-Proteobacteria，而無γ-Proteobacteria。無論是哪種微藻，群落的優(yōu)勢種都十分明顯，它們分別對應(yīng)于DGGE泳道中的亮條帶。從DGGE圖和系統(tǒng)進(jìn)化樹中可以看出，微單胞藻藻際優(yōu)勢菌群為Cyanobacteria和γ-Proteobacteria(圖7中M表示)；脆桿藻藻際優(yōu)勢菌群為Cyanobacteria、CFB和γ-Proteobacteria(圖7中F表示)；小球藻藻際優(yōu)勢類群為Cyanobacteria和β-Proteobacteria(圖7中C表示)；四棘藻藻際優(yōu)勢類群為Cyanobacteria(圖7中A表示)；海鏈藻藻際優(yōu)勢類群為Cyanobacteria和γ-Proteobacteria(圖7中T表示)。可以發(fā)現(xiàn)Cyanobacteria和γ-Proteobacteria在這幾株微藻的藻際環(huán)境中廣泛存在。

圖2 脆桿藻藻際細(xì)菌群落的16S rRNA基因V3區(qū)的DGGE圖譜和聚類分析圖(T: 總細(xì)菌;A: 粘附細(xì)菌;F:游離細(xì)菌)Fig.2 DGGE patterns and cluster analysis of 16S rRNA gene V3 region amplification fragments of bacteria community in the phycosphere of Fragilariopsis sp.

脆桿藻藻際細(xì)菌測序的DGGE條帶有14條(圖2A)，屬于γ-Proteobacteria和Cyanobacteria的序列各有5條，屬于α-Proteobacteria和CFB的序列各有2條。其中α-Proteobacteria的序列屬于紅細(xì)胞科的亞硫酸鹽桿菌屬(Sulfitobacter)，γ-Proteobacteria的序列屬于海洋桿菌屬、希瓦菌屬和假交替單胞菌科的交替假單胞菌屬(Pseudoalteromonas)等屬，CFB的序列屬于奧文氏菌屬(Owenweeksia)，Cyanobacter的序列屬于鹽螺旋菌屬(Halospirulina)。亮度較高的條帶為Band_17、 Band_18、Band_19、Band_23和Band_24。Band_17屬于奧文氏菌屬，與香港牛尾海分離獲得香港奧文氏菌(Owenweeksiahongkongensis)相似性為95%，與普拉姆島沿岸未培養(yǎng)擬桿菌細(xì)菌克隆PI_4b12a相似性為99%。Band_18，Band_19屬于Chroococcales目，與Halospirulinatapeticola相似度為91%，與墨西哥灣沿岸海水中未培養(yǎng)Cyanobacterium克隆CM01187X1E11相似性分別為99%和100%。Band_23屬于海洋桿菌屬，與北極海冰中的嗜冷海桿菌相似性為99%。Band_24屬于Chromatiaceae綱，與海洋沉積物中加拿大希瓦菌(Shewanellacanadensis)的相似性為93%，與來自密歇根湖近岸的未培養(yǎng)的Chromatiaceae綱的細(xì)菌克隆 Gap- 2- 29相似性為95%。

從四棘藻獲得的DGGE條帶有12條(圖3A)，與γ-Proteobacteria相似的序列有6條，與α-Proteobacteria和Cyanobacteria相似的序列各有3條。其中α-Proteobacteria的序列屬于陸丹式菌屬(Loktanella)，γ-Proteobacteria中的序列屬于交替單胞菌科海洋桿菌屬和冰居桿菌屬、假交替單胞菌科的交替假單胞菌屬、甲基球形菌屬(Methylosphaera)和寡養(yǎng)單胞菌屬(Stenotrophomonas)等，Cyanobacteria的序列屬于鹽螺旋菌屬。亮度較高的條帶Band_39 、Band_40均屬于Chroococcales目，與已鑒定的Halospirulinatapeticola相似度為91%,與來自墨西哥灣沿岸海水未培養(yǎng)Cyanobacterium克隆PI_4g9g相似性為100%。

海鏈藻DGGE主要條帶有13條(圖4A)，與γ-Proteobacteria相似的序列有7條，與α-Proteobacteria相似的序列有2條，與Cyanobacter相似的序列有4條。其中α-Proteobacteria中的序列屬于紅細(xì)胞科的亞硫酸鹽桿菌屬和赫夫勒氏菌屬(Hoeflea)，γ-Proteobacteria中的序列屬于假單胞菌科的假單胞菌屬(Pseudomonas)和鐵還原單胞菌屬(Ferrimonas)，Cyanobacteria中的序列屬于Rubidibacter屬和原綠球菌屬。亮度較高的條帶有5條，分別是Band_49、Band_51和Band_55 屬于γ-Proteobacteria，Band_54 、 Band_56 屬于Cyanobacteria。Band_49、Band_51和Band_55與鐵還原單胞菌屬相似性最高，與日本灣Ferrimonaskyonanensis相似性分別為95%、94%和95%，Band_49與來自東部熱帶北太平洋的未培養(yǎng)γ-Proteobacteria克隆JL-ETNP-R18相似性為96%。Band_51和Band_55與來自墨西哥灣深海的未培養(yǎng)γ-Proteobacteria克隆OV01102/03和H10- 120相似性分別為95%和96%。Band_54與Rubidibacter屬相似性最高，與來自西太平洋楚克環(huán)礁海水Rubidibacterlacunae相似性為91%，與低鹽度潮汐沉積物的未培養(yǎng)Cyanobacteria的克隆D05RT35相似性為100%。Band_56與海洋原綠球菌(Prochlorococcusmarinus)相似性為87%，與海洋環(huán)境中未培養(yǎng)的Cyanobacterium克隆SGPW483相似性為97%。

微單胞藻藻際細(xì)菌測序的DGGE條帶為12條(圖5A)，分別屬于α-Proteobacteria(1條)、γ-Proteobacteria(6條)、 Cyanobacter(3條)和CFB(2條)，其中α-Proteobacteria的序列屬于紅細(xì)胞科的十八桿菌屬(Octadecabacter)，γ-Proteobacteria的序列屬于海洋桿菌(Marinobacter)、希瓦菌屬(Shewanella)、嗜冷單胞菌屬(Psychromonas)、深海彎菌屬(Thalassolituus)和倫黑墨氏菌屬(Rheinheimera)等屬，CFB的序列屬于Leadbetterella屬，Cyanobacter的序列屬于原綠球菌(Prochlorococcus)屬。亮度較高的Band_4 、Band_5 、Band_8和Band_9 均屬于γ-Proteobacteria。其中Band_4和Band_8與希瓦菌屬(Shewanella)相似性最高，與海洋沉積物獲得的加拿大希瓦菌(Shewanellacanadensis)相似性分別為92%和94%，Band_4與Norweigian深海水環(huán)境的未培養(yǎng)細(xì)菌克隆Kwat47相似性為98%。Band_8與來自密歇根湖近岸的未培養(yǎng)細(xì)菌克隆Gap- 2- 29相似性為95%。Band_5與海洋原綠球菌(Prochlorococcusmarinus)相似性為87%，與南極冰川附近海水未培養(yǎng)的細(xì)菌克隆IB0346E7相似性為100%。 Band_9為海洋桿菌屬(Marinobacter)，與來北極海冰嗜冷海桿菌(Marinobacterpsychrophilus)相似性為100%。

小球藻藻際細(xì)菌測序的DGGE條帶有7條(圖6A)，屬于α-、β-Proteobacteria和Cyanobacteria的序列各有2條，僅1條屬于CFB。α-Proteobacteria中的序列屬于中間根瘤菌屬(Mesorhizobium)和短波單胞菌屬(Brevundimonas)，β-Proteobacteria中的序列屬于Herminiimonas屬，CFB中的序列屬于比自歐式屬(Bizionia)，Cyanobacteria中的序列屬于鹽螺旋菌屬。亮度較高的條帶Band_29、Band_30和Band_31，Band_29屬于Herminiimonas屬，與來自瓶裝礦物水的Herminiimonasfonticola相似性為99%。Band_30、Band_31屬于Chroococcales目，與Halospirulinatapeticola相似性為91%,與來自墨西哥灣沿岸海水的未培養(yǎng)Cyanobacterium克隆Gap- 3- 60相似性分別為100%和99%。

Cyanobacteria和α-Proteobacteria在5株微藻藻際環(huán)境中均有發(fā)現(xiàn)。脆桿藻、小球藻和四棘藻藻際細(xì)菌Cyanobacteria的條帶相同(均為Halospirulinatapeticola)，而微單胞藻和海鏈藻藻際細(xì)菌Cyanobacteria是有相同的條帶，相同條帶為Prochlorococcusmarinus，與其他3株的Cyanobacteria不同。脆桿藻和海鏈藻藻際環(huán)境均有α-Proteobacteria的Sulfitobacter屬的細(xì)菌。β-Proteobacteria只在淡水的小球藻中存在。除小球藻，其他海洋微藻均有γ-Proteobacteria存在。其中微單胞藻、脆桿藻和四棘藻藻際環(huán)境中，均有Shewanella屬的細(xì)菌。而在脆桿藻、四棘藻和海鏈藻中有Pseudoalteromonas屬的細(xì)菌。Marinobacter屬的細(xì)菌在微單胞藻和脆桿藻的藻際環(huán)境中存在。

2.3 不同微藻藻際粘附細(xì)菌和游離細(xì)菌多樣性

微單胞藻藻際細(xì)菌16S rRNA基因DGGE電泳圖譜聚類分析(圖5B)顯示游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌分別各自聚為一簇，但是兩者之間的相似性指數(shù)達(dá)到80%以上，說明微單胞藻藻際游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌無顯著變化。

脆桿藻、四棘藻、海鏈藻和小球藻聚類分析(圖2B、圖3B、圖4B、圖6B)顯示游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌各自聚為一簇，相似性分別為45%、68%、56%和60%，說明游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌多樣性顯著不同。根據(jù)圖2—圖4、圖6和表2也可以看出，脆桿藻中游離細(xì)菌由CFB和γ-Proteobacteria組成，粘附細(xì)菌由Cyanobacteria組成；小球藻游離細(xì)菌由β-Proteobacteria組成，粘附細(xì)菌由Cyanobacteria組成；四棘藻的游離細(xì)菌由γ-Proteobacteria組成，粘附細(xì)菌由Cyanobacteria組成；海鏈藻的游離細(xì)菌由α-Proteobacteria和γ-Proteobacteria，粘附細(xì)菌由Cyanobacteria和α-Proteobacteria組成。

2.4 不同生長期的藻際細(xì)菌多樣性

脆桿藻藻際細(xì)菌聚類分析(圖2B)顯示游離細(xì)菌在脆桿藻生長的延滯期(F9)、指數(shù)期(F16)與穩(wěn)定期(F23)相似性在75%以上，與F0的相似性為53%，說明游離細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)在脆桿藻不同生長期無明顯變化，只是與脆桿藻剛培養(yǎng)時(shí)的細(xì)菌群落發(fā)生了明顯變化。在延滯期時(shí)游離細(xì)菌的DGGE條帶有5條，而在穩(wěn)定期游離細(xì)菌的條帶有8條(圖2A)。粘附細(xì)菌中，相似度最高的是穩(wěn)定期(A23)和A0，為67%，與延滯期(A9)相似度最低，為50%，說明粘附細(xì)菌在脆桿藻的不同生長時(shí)期的多樣性不同，在延滯期時(shí)粘附細(xì)菌的條帶僅有4條，而到了穩(wěn)定期粘附細(xì)菌的條帶達(dá)到11條(圖2A)，γ-Proteobacteria和CFB多樣性增加，并且α-Proteobacteria也被檢測到。生長初期游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌的多樣性有明顯差異，且游離細(xì)菌多樣性較為豐富。到了生長末期，游離和粘附細(xì)菌群落組成更加豐富。

四棘藻藻際細(xì)菌聚類分析(圖3B)顯示游離細(xì)菌在四棘藻生長的延滯期(F5)與剛培養(yǎng)時(shí)(F0)相似度在80%以上，而F5和F0與指數(shù)期(F14)聚在一起，相似度在70%以上，而這3個(gè)時(shí)期的游離細(xì)菌與穩(wěn)定期的相似度最低，僅為25%。粘附細(xì)菌中指數(shù)期(A14)和穩(wěn)定期(A23)相似度在90%以上，與延滯期(A5)的相似度也在85%以上，說明游離細(xì)菌或粘附細(xì)菌多樣性在四棘藻各個(gè)生長期并沒有太大的變化。Band_39、Band_40微藻各個(gè)生長階段的粘附狀態(tài)的豐度比游離狀態(tài)的多。

圖3 四棘藻藻際細(xì)菌群落的16S rRNA基因V3區(qū)的DGGE圖譜和聚類分析圖(T: 總細(xì)菌;A: 粘附細(xì)菌;F:游離細(xì)菌)Fig.3 DGGE patterns and cluster analysis of 16S rRNA gene V3 region amplification fragments of bacteria community in the phycosphere of Attheya septentrionalis

海鏈藻藻際細(xì)菌聚類分析(圖4B)顯示，粘附細(xì)菌中，指數(shù)期(A19)和延滯期(A9)相似度為95%，這兩個(gè)時(shí)期與穩(wěn)定期的相似度為75%。游離細(xì)菌中，穩(wěn)定期(F29)和指數(shù)期(F19)相似度為85%，與延滯期的相似度也在73%。說明粘附細(xì)菌和游離細(xì)菌的多樣性在整個(gè)生長周期無明顯變化。DGGE圖譜(圖4A)顯示了豐富的海鏈藻藻際細(xì)菌的多樣性，優(yōu)勢關(guān)聯(lián)菌群在整個(gè)生長周期無明顯變化。其中主要關(guān)聯(lián)菌群如(Band_49，Band_56)粘附狀態(tài)的豐度比游離狀態(tài)的少，而Band_51， Band_54， Band_55作為粘附狀態(tài)的豐度則比游離狀態(tài)的多。

圖4 海鏈藻藻際細(xì)菌群落的16S rRNA基因V3區(qū)的DGGE圖譜和聚類分析圖(T: 總細(xì)菌;A: 粘附細(xì)菌;F:游離細(xì)菌)Fig.4 DGGE patterns and cluster analysis of 16S rRNA gene V3 region amplification fragments of bacteria community in the phycosphere of Thalassiosira sp.

微單胞藻藻際細(xì)菌聚類分析(圖5B)顯示游離細(xì)菌在微單胞藻生長的延滯期(F9)、指數(shù)期(F19)和穩(wěn)定期(F27)相似度在85%以上，粘附細(xì)菌在微單胞藻生長延滯期(A9)和穩(wěn)定期(A27)相似度為93%，而微單胞藻延滯期和穩(wěn)定期的粘附細(xì)菌與指數(shù)期(A19)相似度最低。說明微單胞藻整個(gè)生長周期中，游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌結(jié)構(gòu)穩(wěn)定。

小球藻藻際細(xì)菌聚類分析(圖6B)顯示游離細(xì)菌在小球藻生長的穩(wěn)定期(F27)和指數(shù)期(F19)相似度最高，為86%，然后小球藻生長的延滯期和穩(wěn)定期的游離細(xì)菌與延滯期(F7)聚在一起，相似度也在80%以上。粘附細(xì)菌在小球藻生長的延滯期(A7)和穩(wěn)定期(A27)聚在一起，相似度為93%，小球藻在這兩個(gè)時(shí)期的粘附細(xì)菌與指數(shù)期(A19)相似度最低，為49%。說明小球藻整個(gè)生長周期的關(guān)聯(lián)菌群多樣性和優(yōu)勢關(guān)聯(lián)菌群均較為穩(wěn)定，無顯著變化，但是粘附細(xì)菌和游離細(xì)菌的多樣性和優(yōu)勢菌群則明顯不一致(圖6A)。

圖5 微單胞藻藻際細(xì)菌群落的16S rRNA基因V3區(qū)的DGGE圖譜和聚類分析圖(T: 總細(xì)菌;A: 粘附細(xì)菌;F:游離細(xì)菌)Fig.5 DGGE patterns and cluster analysis of 16S rRNA gene V3 region amplification fragments of bacteria community in the phycosphere of Micromonas sp.

圖6 小球藻藻際細(xì)菌群落的16S rRNA基因V3區(qū)的DGGE圖譜和聚類分析圖(T: 總細(xì)菌;A: 粘附細(xì)菌;F:游離細(xì)菌)Fig.6 DGGE patterns and cluster analysis of 16S rRNA gene V3 region amplification fragments of bacteria community in the phycosphere of Chlorella sp.

表2 北極微藻藻際細(xì)菌16S rRNA基因DGGE條帶鑒定結(jié)果Table 2 DGGE bands of bacterial populations from Arctic microalgae identified by partial 16S rRNA gene analysis

續(xù)表

續(xù)表

**條帶最亮; *條帶比較亮

3 討論

3.1 不同微藻藻際細(xì)菌多樣性

采用PCR-DGGE方法對北極不同生境的5株微藻藻際環(huán)境微生物多樣性進(jìn)行了序列系統(tǒng)發(fā)育分析。研究表明，5株北極微藻藻際細(xì)菌具有顯著的種間特異性，每個(gè)藻株的主要附生微生物群落差異顯著。Sch?fer等通過PCR-DGGE的方法對6株海洋硅藻的附生細(xì)菌群落進(jìn)行分析，6株硅藻具有不同的附生細(xì)菌群落，在6株硅藻中檢測出的主要類型都是特有的，只有少數(shù)類型在多個(gè)硅藻中共同存在[4]。不同微藻藻際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的不同預(yù)示著微藻提供為這些細(xì)菌提供了特異性的生存條件，從而對細(xì)菌進(jìn)行選擇。研究的3株硅藻藻際細(xì)菌γ-Proteobacteria占優(yōu)勢，α-Proteobacteria占少數(shù)，在四棘藻中沒有檢測出CFB，這與Sch?fer等研究的硅藻(雙尾藻、威氏海鏈藻、冰河擬星桿藻、聚生角毛藻和圓篩藻)的藻際細(xì)菌主要由α-Proteobacteria和CFB占優(yōu)勢不同，預(yù)示著盡管是相同綱的藻株，其藻際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)差異明顯。

根據(jù)表2和圖5可以看出，微單胞藻藻際細(xì)菌為α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria、Cyanobacteria和CFB菌群四類。β-Proteobacteria通常在淡水環(huán)境中的非常豐富，多數(shù)情況下在海洋樣品中的含量是很低或者是無法檢測出來的，因此β-Proteobacteria不是典型的海洋浮游細(xì)菌[21- 22]。從淡水藻小球藻藻際細(xì)菌發(fā)現(xiàn)β-Proteobacteria存在，但是無γ-Proteobacteria。Fisher等對3株淡水綠藻Desmidiumgrevillii、Hyalothecadissiliens和Spondylosiumpulchrum研究顯示克隆的序列中存在β-Proteobacteria[23]。這些結(jié)果說明β-Proteobacteria在淡水環(huán)境中廣泛存在，γ-Proteobacteria是典型的海洋細(xì)菌，盡管在海洋中大量存在，但是在本研究中的小球藻藻際環(huán)境中沒有檢測到，預(yù)示了γ-Proteobacteria可能在小球藻-細(xì)菌間的相互作用并不重要。

Grossart等研究圓海鏈藻和骨條藻這兩株硅藻藻際細(xì)菌多樣性，發(fā)現(xiàn)細(xì)菌主要屬于α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria 和CFB菌群3類，并且α-Proteobacteria的Roseobacter在這兩株硅藻都有存在[5]。在本研究中Cyanobacteria、α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria在3株硅藻：脆桿藻、四棘藻和海鏈藻藻際環(huán)境中均有分布，CFB菌群僅在脆桿藻中存在。多種藻類藻際細(xì)菌的系統(tǒng)發(fā)育分析反映了α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria和CFB廣泛存在。

在5株微藻藻際環(huán)境中都檢測到Cyanobacteria。在多數(shù)極地環(huán)境中Cyanobacteria不僅在光合自養(yǎng)微生物占優(yōu)勢地位，而且構(gòu)成了微生物生態(tài)系統(tǒng)的生物量。有報(bào)道在北極海洋存在Cyanobacteria，但是很少是浮游植物的主要成員[24]。

3.2 不同微藻藻際粘附細(xì)菌和游離細(xì)菌多樣性

微單胞藻細(xì)菌結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)組成差異并不明顯，幾乎由相同的種類組成，僅在豐度上存在細(xì)微的差異(游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌的一些條帶在亮度上有差異，如條帶4在微單胞藻指數(shù)期時(shí)的條帶)。從圖5A中可以看到，各個(gè)條帶在游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌中均存在，說明在微藻培養(yǎng)液中，細(xì)菌菌群在游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌中都沒有明顯的差異。

脆桿藻、小球藻、四棘藻和海鏈藻游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)組成不同，游離細(xì)菌主要由α-Proteobacteria和γ-Proteobacteria，而粘附細(xì)菌主要由Cyanobacteria組成。該結(jié)果與Fandino和Grossart研究結(jié)果一致[3,5]。在腰鞭毛藻藻際環(huán)境中，游離細(xì)菌主要由α-和γ-Proteobacteria組成，而粘附細(xì)菌則由CFB構(gòu)成[3]，在硅藻藻際環(huán)境中，游離細(xì)菌由α-Proteobacteria組成，粘附細(xì)菌由CFB構(gòu)成[5]，說明至少在這兩類微藻中游離細(xì)菌、粘附細(xì)菌的組成是相似的。并且也有研究表明不同藻種來源的藻際細(xì)菌也是不同的。在海洋環(huán)境中，硅藻藻際粘附細(xì)菌主要由γ-Proteobacteria和CFB組成[25]，在湖泊與河流中，硅藻藻際粘附細(xì)菌則主要由β-Proteobacteria組成[26- 27]。因此，推測微藻藻際環(huán)境中的細(xì)菌類群可能與所處的環(huán)境相關(guān)。

3.3 不同生長期藻際細(xì)菌多樣性

微單胞藻、小球藻、四棘藻和海鏈藻各生長期藻際微生物的DGGE圖譜比較穩(wěn)定，說明微生物多樣性變化不大，主要差別僅為游離細(xì)菌和粘附細(xì)菌豐度上有所不同。該結(jié)果與Sch?fer的研究結(jié)果較一致，Sch?fer發(fā)現(xiàn)藻際微生物的DGGE圖譜在整個(gè)生長期非常穩(wěn)定，僅發(fā)現(xiàn)2株硅藻海鏈藻(Thalassiosiraweissflogii)和角毛藻(Chaetocerossocialis)存在的微小差異，在不同的時(shí)間條帶亮度不同。

脆桿藻藻際細(xì)菌的研究結(jié)果則顯示粘附細(xì)菌的多樣性在延滯期、指數(shù)期和穩(wěn)定期有顯著不同；游離細(xì)菌只是在接種時(shí)不同，在延滯期、指數(shù)期和穩(wěn)定期細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)無明顯差異。在延滯期時(shí)，脆桿藻粘附細(xì)菌的條帶僅有4條，游離細(xì)菌的條帶有5條，而到了穩(wěn)定期粘附細(xì)菌的條帶達(dá)到11條，游離細(xì)菌的條帶有8條，在穩(wěn)定生長期新出現(xiàn)了α-Proteobacteria的Sulfitobacter屬和γ-Proteobacteria的Shewanella屬細(xì)菌。Riemann等在研究由海鏈藻主導(dǎo)的硅藻赤潮時(shí)發(fā)現(xiàn)，在赤潮到達(dá)頂峰時(shí)細(xì)菌的3種主要種群消失，隨后新的種群出現(xiàn)，主要是由特化的α-Proteobacteria和CFB相關(guān)細(xì)菌組成，其中α-Proteobacteria主要是玫瑰桿菌屬(Roseobacter)的細(xì)菌，而CFB則分布在Flexibacter屬、Cytophaga屬和勒溫氏菌屬(Lewinella)[7]。Grossart等對圓海鏈藻的藻際細(xì)菌多樣性研究表明，藻際指數(shù)期和穩(wěn)定期的細(xì)菌多樣性顯著不同，在穩(wěn)定期檢測到細(xì)菌數(shù)量明顯最多，α-Proteobacteria主要由Roseobacter組成，第二大類CFB則主要有Brumimicrobium屬和極地桿菌屬(Polaribacter)。α-Proteobacteria的數(shù)量在指數(shù)生長期由22%增長到31%，而在穩(wěn)定生長期進(jìn)一步增長至41%[5]。說明海鏈藻的藻際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)相似，主要的關(guān)聯(lián)群落主要是α-Proteobacteria和CFB組成，而脆桿藻的藻際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)則明顯不同。楊曉茹對塔瑪亞歷山大藻的微生物多樣性研究也表明指數(shù)期的細(xì)菌多樣性遠(yuǎn)低于延滯期和穩(wěn)定期[8]。這些研究均與本研究一致，在微藻從剛開始培養(yǎng)至穩(wěn)定期的轉(zhuǎn)變過程中，微藻釋放的有機(jī)物發(fā)現(xiàn)了變化，從而導(dǎo)致游離和粘附細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)均發(fā)生了變化。α-Proteobacteria的多樣性和數(shù)量在穩(wěn)定生長期增長，預(yù)示了α-Proteobacteria更能適應(yīng)穩(wěn)定期的微藻藻際環(huán)境。

致謝：感謝中國極地研究中心張瑾實(shí)驗(yàn)員對研究的幫助。

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Analysis of bacterial diversity in the phycosphere of five Arctic microalgae

MIAO Zhen1,2, DU Zongjun1, LI Huirong2, LOU Yanying2, LUO Wei2,*

1MarineCollege,ShandongUniversity(Weihai),Weihai264209,China2StateOceanicAdministrationKeyLaboratoryforPolarScience,PolarResearchInstituteofChina,Shanghai200136,China

As an important primary producer in the marine ecosystem, phytoplankton cells excrete organic compounds. These include high proportions of carbohydrates, amino acids and organic acids, including glycolic acid which forms the base of the marine microbial food web, and affects bacterial growth. Bacteria can live free in the phycosphere and also attached to the surface of algal cells, consuming extracellular products and consequently participate in biogeochemical cycling. Phytoplankton-bacteria interactions range from symbiotic to parasitic interactions, which play an important part in the microbial loop. However, research into phytoplankton-bacterium interactions is limited and yet to be published. The object of this study was to determine the specific associations between dominant algae and associated bacteria in the North Polar Region. We analyzed bacterial diversity in the phycosphere of four Arctic marine microalgae isolates (Micromonassp.,Fragilariopsissp.,AttheyaseptentrionalisandThalassiosirasp.) and one glacial isolate,Chlorellasp..Fragilariopsissp.,Attheyaseptentrionalis, andThalassiosirasp. belong to Bacillariophyta, whileChlorellasp. andMicromonassp. belong to Chlorophyta. The 16S rRNA gene of the attached and free bacteria related to these five microalgae during different growth phases was analyzed by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis. The associated bacterial diversity based on DGGE profiles was rich. These bacteria were clustered into Cyanobacteria, CFB, α-Proteobacteria, β-Proteobacteria, and γ-Proteobacteria. Bacteria in the phycosphere of marine isolatesMicromonassp.,Fragilariopsissp.,AttheyaseptentrionalisandThalassiosirasp. mainly belonged to cyanobacteria, α-Proteobacteria and γ-Proteobacteria. CFB was detected only in the phycosphere ofMicromonassp. andFragilariopsissp. With regard to the only glacial isolateChlorellasp., cyanobacteria, CFB, α-Proteobacteria, and β-Proteobacteria were detected in the majority. Differences in the dominant bacterial species of each microalgae, were distinguished. Cyanobacteria and α-Proteobacteria were detected in the phycosphere of these microalgae. Cyanobacteria bands fromFragilariopsissp.,AttheyaseptentrionalisandChlorellasp. differed from those ofMicromonassp. andThalassiosirasp.Sulfitobacterof α-Proteobacteria coexisted with bothFragilariopsissp. andThalassiosirasp. β-Proteobacteria was traced only from the glacial isolateCholrellasp. γ-Proteobacteria was commonly detected in the four marine microalgal cultures except the glacial isolateChlorellasp..Shewanellawas found closely associated withMicromonassp.,AttheyaseptentrionalisandFragilariopsissp., whilePseudoalteromonaswas associated withAttheyaseptentrionalisandFragilariopsissp. andThalassiosirasp. DGGE profiles and clustering analysis showed that the attached and free bacteria associated withFragilariopsissp. during the lag phase, exponential phase and stationary phase varied, except that the dominant bacteria was constant. Free bacteria in the phycosphere of the three diatom strains were claded into γ-Proteobacteria, while free bacteria associated withChlorellasp. was clustered into β-Proteobacteria. Meanwhile, attached bacteria associated with these four microalgae were comprised mainly of cyanobacteria. However, the attached and free bacteria from the other four microalgae strains were invariable, indicating stability of the bacterial community structure in the phycosphere, except for a slight variation in the abundance of the dominant bacteria. The associated bacterial community related to the Arctic microalgae isolations was analyzed and it would help us recognize the mechanism of phytoplankton-bacteria interaction and their coexisting contribution in the Arctic ecosystem.

arctic microalgae; phycosphere; associated bacteria; 16S rRNA; DGGE

國家863計(jì)劃項(xiàng)目(2012AA021706,2013AA065805);南北極環(huán)境綜合考察與評估專項(xiàng)(CHINARE2012- 02- 01)

2013- 05- 07;

日期:2014- 04- 17

10.5846/stxb201305070961

*通訊作者Corresponding author.E-mail: luowei@pric.org.cn

苗禎，杜宗軍，李會(huì)榮，樓妍穎，羅瑋.5株北極微藻藻際環(huán)境的細(xì)菌多樣性.生態(tài)學(xué)報(bào),2015,35(5):1587- 1600.

Miao Z, Du Z J, Li H R, Lou Y Y, Luo W.Analysis of bacterial diversity in the phycosphere of five Arctic microalgae.Acta Ecologica Sinica,2015,35(5):1587- 1600.