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      擬南芥GA2ox基因家族啟動子分析

      2013-11-14 07:10:30段秋紅趙小英賀熱情劉德榮唐冬英劉選明
      生物信息學(xué) 2013年4期
      關(guān)鍵詞:模體擬南芥元件

      段秋紅,趙小英,賀熱情,郭 明,劉德榮,唐冬英,劉選明

      (湖南大學(xué)生物學(xué)院,湖南長沙410082)

      赤霉素(Gibberellin,GA)是一類雙萜物質(zhì),是常見植物激素之一。目前已發(fā)現(xiàn)赤霉素類物質(zhì)136種[1-3]。其中少數(shù) GA 具有生物活性,如 GA1、GA4等,其他生物形態(tài)的GA只是在赤霉素的合成過程中起著中間產(chǎn)物的作用,其本身并沒有太大功能[4-5]。具有生物活性的 GAs影響植物的整個生命周期,如影響種子的萌發(fā)、莖的生長、花的發(fā)育和果實(shí)的成熟[6]。GA2-氧化酶(GA2-oxidase),作用于有生物活性的GA1和GA4,使兩者在C-2位羥基化轉(zhuǎn)變成無活性的GA8和GA34,通過減少GAs的水平來調(diào)節(jié)植物的生長,如使植物矮化、節(jié)間縮短[7-8]。擬南芥GA2ox是由8個(GA2ox1-8)成員編碼的雙加氧酶,每個基因所參與的調(diào)控不同。一些GA2ox編碼的蛋白參與植物光形態(tài)建成,光通過誘導(dǎo)GA2ox基因的表達(dá)降低植物體內(nèi)有生物活性的GA4而促進(jìn)光形態(tài)建成[9-11];部分編碼的蛋白具有催化植物激素(如吲哚乙酸、水楊酸等)與氨基酸聯(lián)結(jié)的功能[12-13],可能參與植物體內(nèi)的激素代謝和逆境脅迫響應(yīng)過程。

      真核基因的表達(dá)與調(diào)控是涉及多個基因、多條信號途徑及多基因產(chǎn)物的復(fù)雜過程。從轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平、翻譯及翻譯后水平、蛋白質(zhì)加工水平對基因的表達(dá)進(jìn)行精細(xì)調(diào)控[14],首先是由啟動子與轉(zhuǎn)錄因子在轉(zhuǎn)錄水平上的表達(dá)調(diào)控,因此啟動子的作用十分關(guān)鍵。本研究提取了擬南芥GA2ox基因家族的啟動子以及蛋白質(zhì)序列,利用生物信息學(xué)分析軟件構(gòu)建進(jìn)化樹,對蛋白模體和順式元件進(jìn)行分析,探討基因定位、進(jìn)化關(guān)系、蛋白模體同源性以及順式元件的保守性,了解高保守順式元件與GA2ox基因表達(dá)調(diào)控的相關(guān)性,詳細(xì)分析了各類激素如何調(diào)控GA2ox基因的表達(dá),為后續(xù)GA2ox基因表達(dá)調(diào)控的研究提供了依據(jù)。

      1 材料與方法

      1.1 蛋白質(zhì)與啟動子序列的確定

      從TAIR網(wǎng)站獲得GA2ox基因家族的全基因組序列、CDS序列和蛋白質(zhì)序列,并取得染色體、外顯子、內(nèi)含子信息,同時獲取翻譯起始密碼子上游1 500 bp序列,用于對GA2ox基因家族的啟動子分析。

      1.2 蛋白模體獲取與進(jìn)化樹構(gòu)建

      利用MEME在線分析GA2ox蛋白模體,設(shè)置模體長度最大為300、最小為6,模體最多設(shè)為10。將獲得的GA2ox氨基酸序列構(gòu)建進(jìn)化樹,其聚類結(jié)果利用 MEGA5繪制進(jìn)化樹[15]。

      1.3 順式元件分析

      從PLACE在線分析GA2ox基因上游1 500 bp啟動子序列,獲取GA2ox基因高同源性以及特異性的順式元件。利用DMB序列局部比對分析軟件,設(shè)置上游元件長度最大為12 nt、最小為5 nt,每個長度尋找元件最多設(shè)為15,分析選擇EM2模式,對105個模體進(jìn)行分析[16]。利用 Plant CARE分析與PLACE以及DMB共同的保守元件。

      1.4 基因芯片分析

      利用 BAR HeatMapper tool、AtGenExpress Visual-ization Tool、PLEXdb以及 NCBI網(wǎng)站,獲取 GA2ox基因家族的各個組織器官的表達(dá)量以及不同激素處理下GA2ox表達(dá)量的變化。

      2 結(jié)果和分析

      2.1 AtGA2ox基因家族染色體定位、內(nèi)含子和外顯子分布

      在擬南芥中有 8個完整的 GA2ox基因,因GA2ox5為假基因,所以只對7個GA2ox基因進(jìn)行染色體定位分析,結(jié)果表明,該家族五個基因定位在1號染色體上,GA2ox3分布在4號染色體上,GA2ox8分布在2號染色體上(見圖1c)。外顯子和內(nèi)含子分析顯示GA2ox基因具有相似的內(nèi)含子和外顯子結(jié)構(gòu),均為2個內(nèi)含子和3個外顯子,且外顯子的長度變化較小(見圖1a、b)。GA2ox基因染色體定位與外顯子、內(nèi)含子結(jié)構(gòu)分布的保守性,可能存在某些功能的相似性。

      2.2 AtGA2ox基因家族進(jìn)化關(guān)系

      根據(jù)擬南芥GA2ox基因氨基酸序列構(gòu)建進(jìn)化樹,并對蛋白模體進(jìn)行比對分析(見圖2)。擬南芥GA2ox基因家族可以分為兩亞類:一類作用于C19-GAs的 AtGA2ox1-6,AtGA2ox1-3的親緣關(guān)系較近,而AtGA2ox4,6與前3條序列親緣關(guān)系較遠(yuǎn);另一類作用于C20-GAs的AtGA2ox7-8[8],說明擬南芥中同時存在2種具有不同特異性的GA2-氧化酶。蛋白模體分析表明,GA2ox基因家族10個蛋白模體結(jié)構(gòu)基本類似,預(yù)示該家族在進(jìn)化上可能具有一定的保守性,同時進(jìn)化關(guān)系越相近的亞類,其模體同源性越高,且模體結(jié)構(gòu)位置分布更接近,這些差異也說明為什么GA2ox基因家族兩個亞類具有不同功能。

      2.3 AtGA2ox基因家族啟動子順式元件特性

      2.3.1 保守順式元件

      利用DMB分析GA2ox基因家族得到105個保守序列,出現(xiàn)頻率大于70%(在5條以上序列中出現(xiàn))的保守序列共有38個,約占36%。有21個保守序列可在PLACE數(shù)據(jù)庫中找到相應(yīng)的順式元件(見表1),諸多保守元件是與組織或器官特異性表達(dá)相關(guān),調(diào)控基因在根、莖、葉、花、種及胚中的表達(dá)。其中NODCON1GM是與根瘤菌有關(guān)的特異性保守序列,在植物細(xì)胞被感染后對基因轉(zhuǎn)錄起調(diào)節(jié)作用;ARRlAT和CPBCSPOR與細(xì)胞分裂素有關(guān),參與細(xì)胞分裂素的應(yīng)答調(diào)節(jié)[17-18];DOFCOREZM 能與 Dof蛋白結(jié)合,參與碳代謝途徑[19];GT1CONSENSUS具有能與GT-1結(jié)合的保守序列,是典型的植物光調(diào)控元件;IBOXCORE元件可能參與光信號調(diào)控途徑;ANAER-O1CONSENSUS位于厭氧應(yīng)答基因上游調(diào)控區(qū),可 能 參 與 厭 氧 基 因 的 表 達(dá) 調(diào) 控[20];MYB1CORE能被植物抗旱元件MYB識別,且參與植物的苯丙素代謝以及植物生長發(fā)育的調(diào)控[21-24];WBOXATNPR1是與傷害防御相關(guān)的元件;而BIHD1OS、CCAATBOX1 是與脅迫響應(yīng)相關(guān)的元件[25]。

      圖1 擬南芥AtGA2ox基因家族的染色體定位以及外顯子、內(nèi)含子分布圖Fig.1 The chromosome and exon-intron location of AtGA2ox gene family

      圖2 擬南芥AtGA2ox基因家族的進(jìn)化樹以及蛋白模體分布Fig.2 Phylogenetic tree and protein motifs location of AtGA2ox gene family

      Plant CARE分析結(jié)果表明GA2ox基因上游啟動子除TATA-box、CAAT-box等真核生物啟動子結(jié)構(gòu)元件外,還存在諸多保守元件(見圖3),與DMB和PLACE軟件分析一致。綜上所述,GA2ox基因啟動子存在光、耐旱、耐低溫、防御元件以及增強(qiáng)基因的轉(zhuǎn)錄活性相關(guān)元件;還存在脫落酸(Abscisic acid,ABA)、水楊酸(Salicylic acid,SA)、茉莉酸(Jasmonate,JA)、乙烯(Ethyl-ene,ET)、生長素(Auxin,IAA)、赤霉素等激素以及生物鐘響應(yīng)元件等。

      2.3.2 與光相關(guān)的順式元件

      由圖3可知,GA2ox家族每個基因中至少存在8個光順式作用元件,且均勻分布在上游1 500bp啟動子調(diào)控區(qū)。所有基因中都存在著一些典型的光元件,如:G-box與GT1,此類元件對于維持啟動子功能與調(diào)控GA2ox基因轉(zhuǎn)錄是起非常重要的作用。一部分光元件僅存在于進(jìn)化關(guān)系相近的GA2ox基因家族中,如:分布在 C19-GAs亞類的 SP1,僅存在于GA2ox1-3啟動子中的 ATCT-motif、LS7、chs-CMA1a 以及BoxⅡ。部分光元件(如G-box)必須和其它的光元件組合才能使啟動子具有光調(diào)節(jié)特性,且類型和數(shù)量不同的光元件具有不同光調(diào)控特性[26],因此GA2ox基因家族光元件種類、數(shù)量及與彼此之間的距離,可能影響各個基因的轉(zhuǎn)錄造成不同光調(diào)控 特性。

      表1 AtGA2ox基因家族啟動子保守順式元件統(tǒng)計(jì)Table 1 Conservative cis-elements statistics of AtGA2ox gene family

      圖3 AtGA2ox基因家族啟動子保守順式元件分布Fig.3 Conservative cis-elements location of AtGA2ox gene family

      2.3.3 與植物激素和脅迫相關(guān)的順式元件

      除諸多光保守元件外,在GA2ox基因啟動子序列中還發(fā)現(xiàn)許多與激素和脅迫相關(guān)的元件,如表2和圖3所示。現(xiàn)從中選取較為典型的順式元件進(jìn)行分析。由表2可知分布較廣的為ABA、IAA和ET響應(yīng)元件,所有基因均存在ET和IAA響應(yīng)元件,共分布 11個 ERELEE4,而 GA2ox3則含有 4個ERELEE4;6個GA2ox基因家族中存在11個ABA元件ABRELATE-RD1,其中GA2ox2和GA2ox7含有3個此元件;GA2ox基因家族有5個成員含GA和JA響應(yīng)元件,且JA元件達(dá)到14個。同時脅迫響應(yīng)元件MYB、Wbox等存在于所有基因中。有研究發(fā)現(xiàn)植物體內(nèi)激素可以作為“逆境激素”[27],在植物抗鹽、抗旱和抗寒的生理過程中起作用,因此,當(dāng)植物處于高鹽、干旱和低溫脅迫下,誘導(dǎo)啟動子脅迫響應(yīng)元件的表達(dá),同時也可能誘導(dǎo)激素響應(yīng)元件,共同調(diào)控GA2ox的表達(dá)。

      2.3.4 其他順式元件

      在研究GA2ox基因順式元件與該家族的進(jìn)化關(guān)系時,發(fā)現(xiàn)除光元件以外,其它順式元件在進(jìn)化關(guān)系選擇上也具有一定規(guī)律性。如:與溫度調(diào)控相關(guān)的元件LTR僅存在于GA2ox1-2以及GA2ox8啟動子中;CTAG-motif元件僅分布在 GA2ox1和 GA2ox3中;真菌誘導(dǎo)響應(yīng)元件Box-W1僅出現(xiàn)在GA2ox4和GA2ox6中。同時,GA20x基因各自存在一些獨(dú)特的功能元件,如:GA2ox1的 ACE元件;GA2ox6的MRE、HD-Zip1以及HD-Zip2元件;GA2ox3的P-box元件等。因此,GA2ox啟動子既存在諸多保守元件,又具有自身特異性元件,說明啟動子部分區(qū)域序列呈現(xiàn)多態(tài)性,在基因進(jìn)化選擇時也可能因特異啟動子調(diào)控基因的表達(dá)模式不同而出現(xiàn)差異。

      2.4 AtGA2ox基因家族表達(dá)譜

      利用基因芯片對AtGA2ox基因家族的分析表明(見圖4),GA2ox各個基因在種子、根、葉、花以及果莢中都有表達(dá),其中GA2ox1、GA2ox3和GA2ox4在花和果莢中表達(dá)量高,GA2ox2在老葉中表達(dá)量較高,GA2ox6、GA2ox8在根、葉中表達(dá)量較高,而GA2ox7在下胚軸中表達(dá)量高。數(shù)據(jù)表明,GA2ox基因在不同發(fā)育階段以及不同組織部位的表達(dá)均可能受到嚴(yán)格的控制,且與GA2ox存在大量的組織器官順式元件分析結(jié)果保持一致(見表1)。

      圖4 擬南芥AtGA2ox基因家族組織器官相對表達(dá)量Fig.4 Tissue and organ-specific expression of AtGA2ox genefamily

      表2 AtGA2ox基因家族啟動子中與激素相關(guān)的元件Table 2 The phytohormone cis-elments of AtGA2ox gene family promoter

      為研究GA2ox大量的激素響應(yīng)元件是如何調(diào)控基因的表達(dá),我們選取了芯片數(shù)據(jù)庫10 μM ABA、ACC以及1 μM GA、MJ、IAA分別處理擬南芥野生型0 h、0.5 h、1 h、3 h 的 GA2ox表達(dá)數(shù)據(jù)(見圖5),結(jié)果顯示,GA2ox8和GA2ox6在IAA處理后上調(diào)表達(dá),而其他基因在處理后均下調(diào),其中對IAA最敏感的是含有2個生長素響應(yīng)元件的GA2ox6,而不含生長素響應(yīng)元件的GA2ox3其表達(dá)也下調(diào),這說明IAA誘導(dǎo)生長素響應(yīng)元件的表達(dá)對植物生長的重要性,同時也可能存在其他未被鑒定的生長素響應(yīng)元件。

      ABA上調(diào)GA2ox6和GA2ox7基因的表達(dá),而下調(diào)其他基因。除GA2ox3,茉莉酸合成前體茉莉酸甲酯(MJ)和乙烯合成前體 1-氨基環(huán)丙烷-1-羧酸(ACC)均能降低GA2ox基因的表達(dá)。在GA處理下,所有GA2ox表達(dá)降低,但隨著處理時間延長,其表達(dá)微升。在外源赤霉素的處理下,會促進(jìn)有生物活性的GA1和GA4積累,而使GA失活的GA2ox基因表達(dá)會降低,但持續(xù)處理下,植物體內(nèi)復(fù)雜的負(fù)反饋調(diào)控機(jī)制可能會起作用,因此致使大部分GA2ox在3 h出現(xiàn)一定的上調(diào)。

      在各類激素處理后,GA2ox基因家族表達(dá)量均受到不同程度的影響,這與啟動子中含有ABA、GA、IAA、JA和ET響應(yīng)元件的分布結(jié)果基本相吻合。

      3 討論

      擬南芥GA2ox基因家族集中分布在1號染色體上,內(nèi)含子和外顯子的結(jié)構(gòu)分布具有高相似性,蛋白序列具有高保守性,其進(jìn)化關(guān)系較近的模體結(jié)構(gòu)分布位置基本相同。GA2ox基因上游啟動子區(qū)域內(nèi)存在大量光響應(yīng)元件,但一部分光元件僅分布在進(jìn)化關(guān)系相近的基因中,同時各個基因都具有自身特異性的順式元件。這說明GA2ox無論是蛋白還是啟動子都具有高保守性,預(yù)示基因功能可能具有相似性;同時特異順式元件調(diào)控不同基因的表達(dá)對揭示其進(jìn)化關(guān)系也將提供有價值的線索。

      圖5 AtGA2ox基因表達(dá)對吲哚乙酸、脫落酸、ACC、茉莉酸甲酯和赤霉素處理的響應(yīng)Fig.5 Expression of AtGA2ox in response to IAA,ABA,ACC,MJ and GA treatments

      由GA2ox基因家族表達(dá)譜可知,在各類激素條件處理后,GA2ox表達(dá)量均受到不同的程度的影響。這些影響說明GA2ox不僅僅是赤霉素代謝途徑中的關(guān)鍵酶[11],同時涉及激活水楊酸、吲哚乙酸和脫落酸信號途徑,并響應(yīng)茉莉酸以及乙烯元件的調(diào)控。在相同激素處理下,GA2ox基因家族成員所受調(diào)控不同,如在ABA、IAA處理后,GA2ox6基因的表達(dá)上調(diào),但下調(diào)GA2ox1-4,這說明GA2ox的順式元件不但可以作為正調(diào)控元件,在環(huán)境脅迫下,誘導(dǎo)GA2ox家族部分基因的表達(dá),而且還能作為負(fù)調(diào)控元件,抑制其他基因的表達(dá)[27]。

      除各類激素元件外,GA2ox啟動子區(qū)還存在各種響應(yīng)生物及非生物脅迫的順式元件,如光、耐鹽、耐旱、溫度、傷害防御等相關(guān)元件。當(dāng)植物抵抗生物脅迫和非生物脅迫時,會涉及多個信號途徑,并且會形成一套完整的防御機(jī)制,而這套完整的機(jī)制可能因生物和非生物脅迫響應(yīng)元件的不同調(diào)控起作用[26-30]。有研究者發(fā)現(xiàn) IAA 元件需要 G-box和TGA-box等協(xié)同作用[31];ABA元件兩側(cè)都存在影響其活性的G-box[32];而光元件G-box必須和其他元件相互作用才能發(fā)揮其特性[26];與植物抗逆反應(yīng)相關(guān)的ABA、SA 元件[33],需要在 MYB、BIHD1OS 等元件的協(xié)調(diào)下,才能作為“逆境激素”起作用[27,34-35]。因此,在環(huán)境信號刺激下,各類順式元件協(xié)同起作用,特異性地調(diào)控GA2ox基因在植物體內(nèi)的表達(dá),提高植物對環(huán)境脅迫的適應(yīng)能力,同時各類順式元件的互作也說明GA2ox基因表達(dá)調(diào)控的復(fù)雜性。

      此外,部分?jǐn)M南芥GA2ox基因家族成員,在啟動子區(qū)并未預(yù)測到含有某類激素應(yīng)答元件,但在相應(yīng)激素處理后其表達(dá)也受到調(diào)控。如不含IAA和ABA元件的GA2ox3,在這兩類激素處理下,其表達(dá)量均下調(diào),這可能由于GA2ox3上游啟動子存在其他未被鑒定的激素元件,或是由于GA2ox3啟動子元件的種類、數(shù)量及彼此之間的距離對GA2ox3轉(zhuǎn)錄影響的結(jié)果[14],同時也可能是GA2ox基因家族各成員的啟動子存在相互調(diào)控或是結(jié)合多個轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)果[26],具體弄清GA2ox基因啟動子的調(diào)控機(jī)制,還需大量的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。

      保守順式元件調(diào)控基因的表達(dá)和啟動子元件的多元化,以及與啟動子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子的多樣性,決定了啟動子的作用機(jī)制是一個十分復(fù)雜的過程[26]。而GA2ox基因啟動子中的生物脅迫和非生物脅迫響應(yīng)元件具體是如何行使其功能的?是獨(dú)立還是互作?若是互作,與其互作的轉(zhuǎn)錄因子是什么?GA2ox基因啟動子序列的保守性與特異性在進(jìn)化選擇上具體起什么作用?這些問題都是目前研究的關(guān)鍵,有關(guān)GA2ox基因啟動子響應(yīng)逆境脅迫的許多問題還需要繼續(xù)探索。

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