基于Portal技術(shù)的實驗室信息管理系統(tǒng)研究

楊博

摘要：Lims（實驗室信息管理系統(tǒng)，Laboratory Information Management System）是對實驗室產(chǎn)生的各種信息進行管理的軟件系統(tǒng)。通過該系統(tǒng)可以切實提高實驗室管理工作效率，大大減輕實驗室人員工作負擔，從而提升服務(wù)水平，充分發(fā)揮實驗室各種資源的作用，通順實驗室及其相關(guān)工作的業(yè)務(wù)流程。該文介紹的就是一個基于portal技術(shù)上的Lims系統(tǒng)。

關(guān)鍵詞：Lims；Browser/Server；Portal/Portlet；快速構(gòu)建；粗粒度；細粒度

中圖分類號：TP393文獻標識碼：A文章編號：1009-3044(2012)16-3786-03

Research of The Laboratory Information Management System

YANG Bo

(Shanghai Center For Bioinformation Technology, Shanghai 2012515, China)

Abstract：Lims (Laboratory Information Management System) is a software for a variety of laboratory information management sys? tem. The use of this system can improve the efficiency of laboratory management, reduce the burden on laboratory staff, improve service levels, give full play to the role of laboratory resources and smooth the laboratory work and related business processes. This article studies a portal-based technology Lims system.

Key words：Lims; Browser/Server; Portal/Portlet; Channel; Coarse-grained; Fine-gained

隨著我國對基礎(chǔ)研究重視程度的增加以及資源投入的加大，越來越多的實驗室涌現(xiàn)出來，隨之而來的就是實驗室類型多樣化，繁雜化。在這種情況下，而對實驗室的管理就顯得尤為重要，實驗室信息管理系統(tǒng)正是為了解決這一難題應(yīng)運而生的。[1]

該文所介紹的就是這樣一款軟件，用戶可以根據(jù)自身需求快速搭建功能平臺，添加所需求的各種功能，根據(jù)自己實驗室的特點和組織類型設(shè)置權(quán)限和組織框架。不同的實驗室數(shù)據(jù)既可以相互獨立，也可以根據(jù)實驗室組的不同劃分來實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享。

1實驗室信息管理系統(tǒng)的特點及其解決問題

這個系統(tǒng)主要針了對以下幾個較為突出的問題：

1)使用的便攜性和簡便性：整個系統(tǒng)使用B/S架構(gòu)，作為用戶，僅需通過web瀏覽器，便可登錄系統(tǒng)來處理各項任務(wù)以及調(diào)用各種系統(tǒng)資源。這樣就可以隨時隨地查詢?yōu)g覽處理業(yè)務(wù)，實現(xiàn)移動工作。從而使得業(yè)務(wù)擴展和維護更為簡便，只需通過修改網(wǎng)頁就可以實現(xiàn)功能的升級和改變。

2)分級的用戶組織模型，支持各種類型的組織：系統(tǒng)中的用戶可被分為三級進行組織：system用戶、organization用戶和location用戶。例如，當system是一個研究所時，organization即為所里的一個實驗室，而location則是實驗室下的一個子實驗室，這樣能使系統(tǒng)去支持各種類型的組織結(jié)構(gòu)，既適用于組織復雜的結(jié)構(gòu)也適用于中小實驗室。每一個用戶都可以唯一的被定為此三級結(jié)構(gòu)中的某一級，用戶關(guān)系明確。

3)自定義系統(tǒng)的功能與內(nèi)容:基于系統(tǒng)提供的核心平臺，用戶可以根據(jù)自己的需求自由的選擇功能模塊構(gòu)建系統(tǒng)，給系統(tǒng)“瘦身”，使系統(tǒng)簡明而不冗余，令資源的應(yīng)用更加合理有效。同時在已有功能模塊不能滿足用戶需求的情況下也可以快速的為用戶構(gòu)建新的功能模塊。系統(tǒng)僅需通過鼠標的簡單點擊，即可實現(xiàn)裁剪或添加功能模塊。通過鼠標拖拽和簡單的鍵盤輸入，即可實現(xiàn)系統(tǒng)整體結(jié)構(gòu)和頁面布局的改變。而合適的系統(tǒng)外觀則可以在系統(tǒng)預定義的幾套界面與顏色之間選擇。

2 Portal/Portlet概述

2.1 Portal基本概念

Portal的組成可以分為三部份：1) Portal Server；2) Portlet Container；3) Portlet。

1) Portal Server的定義。一個Portal（門戶網(wǎng)站）就是指一個Web-based的系統(tǒng)，通常都會提供個人化設(shè)置、單一登陸、以及由各種不同來源或不同網(wǎng)站取得各式各樣的信息，并且將這些信息放在網(wǎng)頁之中組合而成的呈現(xiàn)平臺，門戶網(wǎng)站會有精巧的個人化設(shè)置去提供定制的網(wǎng)頁，當不同等級的使用者來瀏覽該頁面將獲得不同的信息內(nèi)容。

2) Portlet Container的定義。Portlet Container是提供Portlets執(zhí)行的環(huán)境，包含了許多Portlets并且管理它們的生命周期，同時也會永遠保存著Portlets的喜好設(shè)置，一個Portlet Container接收到來自Portal的請求后，會將這個請求傳遞給存在container的portlet執(zhí)行。Portlet Container沒有義務(wù)去組合portlets產(chǎn)生的信息內(nèi)容，因此這個工作必須由Portal來處理。Portal和Portlet Container可以放在一起視為同一個系統(tǒng)的組件，也可分開成為兩個獨立的組件。

3）Portlet的定義。一個Portlet是以Java技術(shù)為技術(shù)的Web組件，由Portlet Container所管理，專門處理客戶的request以及產(chǎn)生各種動態(tài)的信息內(nèi)容。Portlets為可插式( pluggable )的客界面組件，提供呈現(xiàn)層成為一個信息系統(tǒng)。

這些由Portlet產(chǎn)生的內(nèi)容也被稱為片段(fragment)，所謂片段是具有一些規(guī)則的Markup( HTML、XHTML、WML )，而且可以和其他片段組合成一個復雜文件。一般來說，Portlet中的內(nèi)容是與其他Portlet內(nèi)容聚合而成為一個Portal網(wǎng)頁。而其生命周期是被Portlet Container所管理控制的。

3基于Portlet的Lims系統(tǒng)

3.1事件流程

用戶訪問Portal頁面的主要事件流如下。

客戶端在驗證后向Portal發(fā)http請求。Portal接收請求后Portal判定是否有包含請求，并請求包含的動作指向的Portlet是和這個Portal頁面相關(guān)聯(lián)的。假如含有動作的目標Portlet，Portal發(fā)請求給Portlet容器去執(zhí)行相應(yīng)的Portlet的動作。Portal通過Portlet Con? tainer調(diào)用Portlets，去獲得內(nèi)容片斷，這個片斷可以包含在Portal頁面中。Portal集合Portlets的輸出內(nèi)容到1個Portal頁面中，并把頁面返回客戶端。Portlet產(chǎn)生標記片斷。Portal通常給Portlet產(chǎn)生的標記片斷加了標題，控制按鈕和其他的裝飾，這個新的片斷叫Portlet窗口。然后Portal整合Portlet窗口到完整的Portal頁面，整個結(jié)構(gòu)如圖1所示[3]。

圖1 Portal頁面的基本結(jié)構(gòu)

Portlets運行在Portlet Container內(nèi)。Portlet Container接收Portlets產(chǎn)生的內(nèi)容。典型的，Portlet Container把Portlet內(nèi)容傳到Por? tal。Portal server根據(jù)Portlet產(chǎn)生的內(nèi)容創(chuàng)建Portal頁面，并傳送給客戶端，由客戶端顯示。[4]整個傳送的過程如圖2所示。圖2 portal頁面的產(chǎn)生過程3.2模塊簡介

1)組會管理

組會管理模塊能讓用戶添加組會，填寫組會的詳細信息，并且能夠讓系統(tǒng)在特定的時間發(fā)送提醒郵件給系統(tǒng)內(nèi)想要通知的用戶。在組會管理中，可以進行如下操作：①組會的添加，編輯，刪除功能；②設(shè)置組會的提醒時間；③編輯管理組會的提醒用戶名單。

2)基本技術(shù)

前臺的列表頁面用的是SearchContaner，其封裝了自動排序，分頁，搜索，刪除，添加等功能。在這里面開發(fā)人員可以輕松將需要的數(shù)據(jù)封裝成一個SearchContainer類型，只需要將要的數(shù)據(jù)存放進去即可簡單有效的顯示出來。

組會里定時發(fā)郵件的功能是通過OpenSymphony的quartz項目來實現(xiàn)的，Quartz允許開發(fā)人員根據(jù)時間間隔（或天）來調(diào)度作業(yè)。它實現(xiàn)了作業(yè)和觸發(fā)器的多對多關(guān)系，同時能把多個作業(yè)與不同的觸發(fā)器關(guān)聯(lián)。整合了Quartz的應(yīng)用程序可以重用來自不同事件的作業(yè)，也可以為一個事件組合多個作業(yè)。在組會管理這個功能模塊中，用quartz實現(xiàn)了組會的發(fā)起者可以在組會開始前1~10天發(fā)送郵件給所選的提醒名單中的成員。下面這個圖即為組會管理的顯示頁面，詳情見圖3所示。

該文主要介紹了在Portal基礎(chǔ)上實現(xiàn)的一個可以自己輕松定制輕松組合功能模塊的實驗室管理系統(tǒng)。簡單介紹了其功能和實現(xiàn)基礎(chǔ)。希望能將這個系統(tǒng)更好的與實驗室相結(jié)合，更快更好的開發(fā)出更多的功能模塊來豐富這個產(chǎn)品。

[1]楊夢婷,李智浩.簡述企業(yè)事務(wù)信息管理系統(tǒng)的設(shè)計[J].中小企業(yè)管理與科技,2009(5).

[2]孟凡一.Portal技術(shù)在B2E應(yīng)用模式的信息集成應(yīng)[D].長春:吉林大學,2006.

[3] Shum J,Chow A,Ferrer J.LiferayPortal4－CustomizationGuid[EB/OL].http://www.liferay.com.

[4] Shum J,Chow A, MarR,et al.LiferayPortal4－Content ManagementSystemGuide[EB/OL].http://www.liferay.com.