廖永紅,任文雅,孫寶國,徐 瑾,沈 晗,金志剛
(北京工商大學(xué),化學(xué)與環(huán)境工程學(xué)院,北京100037)
米醋沉淀中Bacillus subtilis DNA提取及RIC-RCR體系條件優(yōu)化
廖永紅,任文雅,孫寶國*,徐 瑾,沈 晗,金志剛
(北京工商大學(xué),化學(xué)與環(huán)境工程學(xué)院,北京100037)
利用稀釋平板法從米醋沉淀中分離獲得細(xì)菌,通過對其進(jìn)行16S rDNA分子鑒定,表明該細(xì)菌為枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)。以該菌為實驗材料,研究了細(xì)菌基因組DNA的提取方法,并將ERIC-PCR法首次應(yīng)用于醋液菌種,對此反應(yīng)體系的主要因素進(jìn)行了優(yōu)化,最終建立了適合于本實驗室的ERIC-PCR體系。結(jié)果表明,采用改良的傳統(tǒng)細(xì)菌基因組DNA提取方法,所提取的DNA質(zhì)量較高,能夠滿足ERIC-PCR反應(yīng)的需要;建立的反應(yīng)體系為:25μL反應(yīng)體積10×擴增緩沖液(含 Mg2+)2.5μL,20pmol/μL ERIC-PCR 引物 E1 1.0μL,20pmol/μL ERIC-PCR 引物 E2 1.0μL,DNA模板 2μL,2.5mmol/L dNTPs混合液 1.6μL,taq聚合酶 0.9μL,雙蒸水補齊;PCR 反應(yīng)程序為:94℃ 變性4min,1 個循環(huán);94℃變性 30s,58℃退火 40s,72℃延伸 1min,30 個循環(huán);72℃延伸 4min。
細(xì)菌,分離,DNA 提取,ERIC-PCR,優(yōu)化
食醋在生產(chǎn)過程中需要添加大曲、麥曲、酶母菌及醋酸菌等,各種帶菌的原料和工具因操作問題會帶來細(xì)菌的污染。雖然產(chǎn)品加熱滅菌時,一些不耐熱的微生物菌體殘留在食醋中造成混濁沉淀,一些耐熱的芽孢桿菌潛伏在醋中[1],在適當(dāng)?shù)臏囟群蜖I養(yǎng)條件下會緩慢生長,影響著米醋的風(fēng)味及產(chǎn)品的質(zhì)量??莶菅挎邨U菌(Bacillus subtilis)是一種嗜溫性的好氧產(chǎn)芽孢的革蘭氏陽性桿狀細(xì)菌,能夠產(chǎn)生耐熱、耐旱、抗紫外線和有機溶劑的內(nèi)生孢子。且枯草芽孢桿菌具有生長快、營養(yǎng)簡單以及產(chǎn)生耐熱、抗逆芽孢等突出特征。ERIC-PCR(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,腸細(xì)菌基因間共有重復(fù)序列)技術(shù)是在隨機引物PCR(RAPD)的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的[2-4]。ERIC-PCR 的原理[5-6]是:許多革蘭陰性桿菌中存在一段長度為126bp,以多拷貝形式存在的反向重復(fù)序列。這段序列分布于基因組中,具有高度的保守性,在不同種間僅有拷貝數(shù)和位置變化。依據(jù)此重復(fù)序列設(shè)計引物,提取細(xì)菌基因組的總DNA,并對其進(jìn)行PCR擴增,其保守、獨特的位置使這種PCR能產(chǎn)生多種獨特的擴增產(chǎn)物(50~3000bp)。擴增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分離形成DNA指紋圖譜(DNA遷移帶),可根據(jù)這些電泳條帶來區(qū)分細(xì)菌的株(型)。在一定范圍內(nèi),DNA遷移帶的大小和多少代表著此重復(fù)序列間的距離和重復(fù)次數(shù)。因此,基因組DNA的差異可清晰顯示在指紋圖譜上。這樣,對混合微生物群落結(jié)構(gòu)的分析就轉(zhuǎn)化為對其DNA指紋圖譜的分析。本實驗以某企業(yè)提供的米醋為材料,進(jìn)行分離純化,獲得純菌株進(jìn)行基因組DNA提取方法的研究和ERIC-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化。
米醋 企業(yè)提供的瓶裝米醋,肉眼觀察有明顯沉淀;培養(yǎng)基 土豆、麥芽汁、細(xì)菌、營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基、LB 液體培養(yǎng)基[7-8]。
T6型新世紀(jì)紫外-可見分光光度計,DK-S22型數(shù)顯恒溫水浴鍋,130s超凈工作臺,LRH-250型生化培養(yǎng)箱,Anymicro Dss顯微鏡,安萊Alphalmager Hp紫外凝膠成像系統(tǒng),Dyc-33A型電泳槽,TC-XP-G型PCR熱循環(huán)儀。
無菌條件下,將米醋瓶蓋打開,混合均勻后,定量采取實驗醋樣,離心收集沉淀。用生理鹽水將沉淀打散,選取適宜的稀釋度后,以涂布平板法分別涂于土豆、麥芽汁、細(xì)菌和營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基平板上,37℃培養(yǎng)48h,檢查菌落出現(xiàn)情況。取單菌落,用接種針挖掘一小塊菌體移植于另一平板培養(yǎng)基上,37℃培養(yǎng),再從長有單菌落的平板中選取典型的細(xì)菌菌落,取菌體制成懸液,涂布培養(yǎng)、用革蘭氏染色法對細(xì)菌染色,在顯微鏡下觀察其形態(tài)、顏色,并照相,重復(fù)培養(yǎng)2~3次以分離純化菌種。將純化了的細(xì)菌轉(zhuǎn)接到營養(yǎng)瓊脂斜面上培養(yǎng),待生長完好后置于4℃冰箱中保存。
1.3.1 3種提取基因組DNA的方法比較 方法一:取單菌落接種于5mL相應(yīng)的培養(yǎng)基中,在合適的溫度下培養(yǎng)。根據(jù)細(xì)菌的生長率不同,培養(yǎng)時間可由幾小時到幾天不等。
a.取1.0mL菌液置于1.5mL離心管中,13000r/min離心2min,棄上清。沉淀重懸于1.0mL 0.85%NaCl中,用槍頭吸打菌體使之混勻,散開。室溫13000r/min離心2min,棄上清。沉淀重懸于550μL 1×TE中。
b.加8μL 蛋白酶 K(20mg/mL),顛倒混勻,37℃溫育30min。加40μL 10%SDS,顛倒混勻,37℃溫育30min,應(yīng)為澄清的。加100μL 5mol/L NaCl充分混勻。加 80μLCTAB/NaCl溶 液,混 勻,65℃ 水浴10min。
c.加等體積(0.7~0.8mL)氯仿/異戊醇(24∶1),輕輕振蕩混勻。室溫,14000r/min離心12min(可看到分三層)。將上清液轉(zhuǎn)移到一支新的1.5mL離心管中,加入等體積酚/氯仿/異戊醇(25∶24∶1)輕輕振蕩混勻。14000r/min離心10min。
d.將上清液轉(zhuǎn)移到一支新的1.5mL離心管中,加入等體積氯仿/異戊醇(24∶1)輕輕振蕩混勻。14000r/min離心10min。將上清液轉(zhuǎn)移到一新的1.5mL離心管中,加入2倍體積預(yù)冷的無水乙醇,顛倒混勻后,-20℃靜置30min。室溫14000r/min離心8~10min。棄上清,加500μL70%乙醇,輕輕顛倒數(shù)次(洗鹽)。
e.室溫14000r/min離心3min。棄上清,倒置離心管,干燥 DNA沉淀10~15min。DNA沉淀溶于60μL ddH2O 中,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
方法二:在方法一的基礎(chǔ)上改進(jìn)而成,即在步驟b和 c之間增加下述步驟,加入8μL 10mg/mL的Rnase,于37℃溫浴1h。其余步驟與方法一相同。
方法三:a.取1.0mL菌液于 1.5mL離心管中,13000r/min離心2min,棄上清。沉淀重懸于1.0mL 0.85%NaCl中,用槍頭吸打菌體使之混勻,散開。室溫13000r/min離心 2min,棄上清。沉淀重懸于550μL 1×TE 中。b.加20μL溶菌酶(100mg/mL),顛倒混勻,37℃溫育 30min。c.加 40μL 10%SDS和8μL 10mg/mL 的 Rnase,顛倒混勻,37℃ 溫浴 1h。d.細(xì)胞勻漿再用8μL蛋白酶K(20mg/mL)消化,37℃溫育30min。其余步驟與方法一相同。
1.3.2 DNA質(zhì)量檢測 a.瓊脂糖凝膠電泳檢測:將所得DNA樣品進(jìn)行0.8%瓊脂糖凝膠電泳,采用100V電壓,電泳1h,EB染色后,用紫外凝膠成像系統(tǒng)拍照。b.DNA純度、濃度及提取率檢測:取少量DNA樣品稀釋100倍,用紫外分光光度計測定波長在260、280nm處的吸光光度值。DNA純度的定性檢測,通過A260/A280的比值可以檢測所提DNA的純度。通常純DNA樣品 A260/A280≈1.8。若 A260/A280>1.9,可能有RNA污染;若A260/A280<1.6,可能有蛋白質(zhì)污染。DNA濃度的計算:
濃度(μg·mL-1)=A260×50 ×稀釋倍數(shù)
注:1OD 值相當(dāng)于50μg·mL-1雙螺旋 DNA。
選取菌種的基因組DNA和ERIC-PCR的通用引物后進(jìn)行PCR反應(yīng)體系的建立和優(yōu)化實驗,分別從對TaqDNA聚合酶、dNTPs、引物、退火溫度、循環(huán)數(shù)幾個方面做單因素實驗,找出各自適合的條件,而且每個合適的條件確定以后都被作為后續(xù)研究的一個條件。通過各個因子的組合對ERIC-PCR反應(yīng)體系的條件進(jìn)行篩選優(yōu)化。各個因素的梯度設(shè)置見表1。
表1 影響ERIC-PCR反應(yīng)因素的優(yōu)化梯度設(shè)置
PCR結(jié)束后點樣于1%的瓊脂糖凝膠中電泳,根據(jù)條帶的有無以及清晰程度和特異性來確定影響因素的最終濃度。ERIC-PCR的程序如下:94℃ 3min;94℃ 30s,58℃ 40s,72℃ 1min,30 個循環(huán);72℃4min;4℃保存。
利用1.2的方法將分離得到的菌種進(jìn)行16S rDNA分子生物學(xué)鑒定。
a.利用LB培養(yǎng)基培養(yǎng)3mL新鮮細(xì)菌菌液,提取細(xì)菌DNA。
b.細(xì)菌16S rDNA序列擴增:利用細(xì)菌16S rDNA擴增通用引物27F和1492R引物擴增細(xì)菌16S rDNA序列。引物信息:27F:5′-GTGCTGCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′
149 2R:5′- CACGGATCCTACGGGTACCTTGTTACGACTT-3′
c.細(xì)菌16S rDNA序列測定:利用引物27F和1492R對細(xì)菌16S rDNA序列進(jìn)行雙向測序。測序完成后,對其序列進(jìn)行拼接。
d.細(xì)菌16S rDNA序列比對:登陸NCBI網(wǎng)站,利用Blast軟件對細(xì)菌16S rDNA序列進(jìn)行序列比對,獲得其最相似細(xì)菌,確定樣品細(xì)菌的種屬信息,部分測序工作由北京基諾萊普生物技術(shù)有限公司完成。
將滅菌后的醋液和未滅菌的醋液分別取0.1mL涂布于土豆、麥芽汁、細(xì)菌、營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基上進(jìn)行好氧和厭氧培養(yǎng),結(jié)果發(fā)現(xiàn),菌種在有氧條件下生長狀態(tài)優(yōu)于無氧情況,從營養(yǎng)瓊脂和土豆培養(yǎng)基上分離到所要細(xì)菌,經(jīng)過反復(fù)純化后的菌種用于基因組DNA的提取。
枯草桿菌是芽孢桿菌屬的一種。無莢膜,全身鞭毛,能活動。橢圓到柱狀,位于菌體中央或稍偏,芽孢形成后菌體不膨大。菌落表面粗糙不透明,污白色或微黃色、在液體培養(yǎng)基中生長時,常形成皺醭,需氧菌。菌種的顯微鏡照片見圖1。
圖1 100倍2#菌種顯微鏡圖
基因組DNA的提取是進(jìn)行ERIC-PCR反應(yīng)的第一步,是進(jìn)行ERIC-PCR反應(yīng)的基礎(chǔ)條件,所提取的基因組DNA的質(zhì)量直接關(guān)系著ERIC-PCR擴增能否產(chǎn)生清晰和重復(fù)性較好的條帶。因此,在進(jìn)行PCR之前有必要對菌種DNA提取方法進(jìn)行優(yōu)化。本實驗比較了3種細(xì)菌基因組提取方法。用紫外分光光度計檢測,結(jié)果見表2。從DNA提取結(jié)果來看,方法一其A260/A280值為1.77。而方法二是在方法一的基礎(chǔ)上進(jìn)行了改進(jìn),即多加了Rnase,去除了RNA的干擾,所提取的DNA的質(zhì)量較高,其A260/A280值為1.81,而且其濃度大小比較適中,能夠滿足ERIC-PCR的DNA模板的需要。
表2 不同提取方法的DNA濃度及吸光度比值
方法三為溶菌酶方法,溶菌酶可以作用于細(xì)菌的細(xì)胞壁,具有降解其肽聚糖的作用。從結(jié)果上可以看出,方法三A260/A280值為1.46,說明有蛋白的存在,另外此方法所用的時間比較長,而且實驗成本也較高,從實際應(yīng)用的角度上來說并不是最佳的DNA提取方法。所以,綜合考慮,方法二為少量提取細(xì)菌DNA的最佳方法。
采用方法二提取的基因組DNA經(jīng)過0.8%的瓊脂糖電泳檢測,結(jié)果如圖2所示。
圖2 菌種總DNA的凝膠電泳圖譜
由圖2可以看出,此方法所提取的DNA質(zhì)量較好而且沒有RNA雜帶,同時也沒有蛋白質(zhì)和糖類的污染。此基因組DNA可以用于接下來的ERIC-PCR實驗。
ERIC-PCR技術(shù)的擴增結(jié)果受到很多因素的影響。一般能影響PCR擴增的因素均可影響到ERIC-PCR的擴增結(jié)果。如Taq聚合酶、dNTPs、引物、退火溫度以及循環(huán)次數(shù)等。因此本實驗對以上五個因素進(jìn)行了單因素優(yōu)化,建立起適合本實驗室的ERIC-PCR體系。
2.4.1 Taq酶的優(yōu)化 Taq酶的活性與用量直接關(guān)系到PCR擴增的成敗,是ERIC-PCR反應(yīng)體系的前提因素。酶量過多易發(fā)生非特異反應(yīng),而且可能增加突變的機率,尤其在進(jìn)行高保真擴增時,應(yīng)盡量減少酶量,但酶量過少時反應(yīng)性能會下降。Taq酶的濃度如果太低,則合成的產(chǎn)物量減少;如果濃度過高,可能引起非特異性擴增。Taq酶選擇的量為0.3、0.5、0.7、0.9、1.1μL,其擴增結(jié)果電泳如圖 3 所示,由圖 3可以看出,Taq酶的量為0.9μL時沒有非特異性條帶,特征條帶在1000bp以下。
2.4.2 三磷酸脫氧核苷酸的影響 dNTP濃度的變化對于ERIC-PCR條帶的數(shù)量和強弱影響明顯,當(dāng)dNTP濃度不足時,擴增產(chǎn)物減少;而當(dāng)dNTP濃度過高時,會使擴增錯誤配對的幾率大大增加,過高的dNTP可與Mg2+結(jié)合,使得反應(yīng)體系中Mg2+總量下降,Taq活性受到影響。dNTPs加入量為1.6、1.8、2.0、2.2、2.4μL,其擴增電泳如圖 3 所示,可以看出dNTP的量為1.6μL時比較好。2.4.3 引物添加量對ERIC-PCR的影響 引物濃度主要影響擴增產(chǎn)物的特異性,引物濃度變化實質(zhì)上是改變引物與模板之間的配比幾率,從而影響擴增效率。引物濃度如果偏低,就會受到競爭的抑制,引物和模板結(jié)合的幾率下降,有可能擴增不出來,或者造成條帶過淺、缺失等現(xiàn)象。引物濃度過高會引起錯誤和非特異性產(chǎn)物增加,同時增加引物之間形成二聚體的幾率,也可能造成擴增產(chǎn)物的缺失。
本實驗采用通用引物進(jìn)行擴增,梯度設(shè)置如下:0.6、1、1.4、1.8、2.2μL,擴增產(chǎn)物電泳結(jié)果如圖 3 所示,由圖3可以看出引物的量為1μL時比較好。
圖3 ERIC-PCR條件優(yōu)化電泳圖
2.4.4 退火溫度對ERIC-PCR的影響 退火溫度是影響PCR反應(yīng)的重要因素之一,決定著PCR產(chǎn)物擴增的特異性,溫度高特異性強,但溫度過高則引物不能與模板牢固結(jié)合,DNA擴增效率下降;溫度低產(chǎn)量高,但過低可造成引物與模板錯配,非特異性產(chǎn)物增加,合適的退火溫度一般在45~68℃之間。實驗設(shè)置的溫度梯度為:55、56.2、58.0、60.6、63℃,擴增產(chǎn)物電泳結(jié)果見圖4,由圖可以看出,退火溫度升高,會減少雜帶的產(chǎn)生,但是過高的溫度又會造成條帶的缺失,所以經(jīng)過反復(fù)的實驗后得出最佳退火溫度為58℃。
圖4 ERIC-PCR退火溫度優(yōu)化電泳圖
2.4.5 循環(huán)次數(shù)對ERIC-PCR的影響 循環(huán)次數(shù)的設(shè)定可根據(jù)模板DNA的量、擴增片段的大小和擴增產(chǎn)物的下步應(yīng)用等因素,設(shè)定30~40個循環(huán)。循環(huán)次數(shù)太少,擴增量不足,如果循環(huán)次數(shù)太多,錯配幾率會增加,非特異性背景嚴(yán)重。所以,在保證產(chǎn)物得率的前提下,應(yīng)盡量減少循環(huán)次數(shù)。本實驗設(shè)計的循環(huán)次數(shù)為20、25、30個循環(huán),經(jīng)實驗確定30個循環(huán)為最佳循環(huán)數(shù)。
經(jīng)過對影響ERIC-PCR反應(yīng)的各個因素的優(yōu)化,建立了適合于本實驗室的 PCR反應(yīng)體系:在25μL的反應(yīng)體積中 ERIC-PCR反應(yīng)體系成分為:25μL反應(yīng)體積 10×擴增緩沖液(含 Mg2+)2.5μL,20pmol/μL ERIC-PCR 引物 E1 1.0μL,20pmol/μL ERIC-PCR 引物 E2 1.0μL,DNA 模板 2μL,2.5mmol/L dNTPs混合液 1.6μL,taq聚合酶 0.9μL,雙蒸水補齊;ERIC-PCR反應(yīng)程序為:94℃變性4min,1個循環(huán);94℃變性 30s,58℃退火 40s,72℃延伸 1min,30 個循環(huán);72℃延伸4min。
登陸 NCBI網(wǎng)站,利用 Blast軟件對細(xì)菌16S rDNA序列進(jìn)行序列比對,獲得其最相似細(xì)菌,確定樣品細(xì)菌為枯草芽孢桿菌。NCBI登錄號為AL009126,相似度為96%。
基因組DNA的質(zhì)量對ERIC-PCR反應(yīng)有著重要的影響,它決定了PCR的成功與否。而提取的DNA的方法因?qū)嶒灢牧系牟煌灿兴鶇^(qū)別,本實驗比較了3種提取DNA的方法,基本上是傳統(tǒng)方法和溶菌酶方法的比較,溶菌酶的方法提取的DNA的總量很高但是純度不高。方法二是在傳統(tǒng)方法上進(jìn)行了改進(jìn),在中間的過程中加入了Rnase降解步驟,基本上解決了RNA污染的問題,是提取蠟狀芽孢桿菌的最適合方法。方法三加入了Rnase和溶菌酶,但是由于成本比較高和時間相對長而受到限制。
ERIC-PCR技術(shù)具有DNA樣品需要量少,引物價格便宜,成本較低、操作技術(shù)簡單等特點。但由于其使用的是通用引物,所以合適的PCR條件是決定成功與否的關(guān)鍵性因素。擴增條件的變化會對ERIC-PCR圖譜產(chǎn)生很大的影響,從而影響ERIC-PCR分析的準(zhǔn)確性。而條帶的準(zhǔn)確性是進(jìn)行PCR分析的重要前提條件。在PCR反應(yīng)中由于反應(yīng)體系不適宜則會出現(xiàn)兩種極端的現(xiàn)象,一種是非特異性擴增嚴(yán)重,產(chǎn)生許多不確定的產(chǎn)物甚至無目的條帶,另一種是擴增不到任何產(chǎn)物。這時需要通過改變Taq酶的用量、dNTP濃度、引物用量、Mg2+濃度、退火溫度、循環(huán)次數(shù)等加以優(yōu)化。本實驗采用了單因素遞進(jìn)篩選法,以上一輪篩選出的值用于下一個因素的篩選,層層遞進(jìn)的方式,經(jīng)過比較和分析,建立穩(wěn)定且適合該菌種的ERIC-PCR體系為:25μL反應(yīng)體積10×擴增緩沖液(含 Mg2+)2.5μL,20pmol/μL ERIC-PCR 引物E1 1.0μL,20pmol/μL ERIC- PCR 引物 E2 1.0μL,DNA 模板 2μL,2.5mmol/L dNTPs混合液 1.6μL,taq聚合酶0.9μL,雙蒸水補齊;ERIC-PCR反應(yīng)程序為:94℃變性 4min,1 個循環(huán);94℃ 變性 30s,58℃ 退火40s,72℃延伸 1min,30 個循環(huán);72℃延伸4min。
[1]王先秀.食醋細(xì)菌性渾濁問題的探討[J].中國釀造,1997(1):6-8.
[2]Sharples GJ.Nucleic Acids Res[J],1990,18:6503-6508.
[3]Hulton CS.Mol Microbiol[J],1991(5):825-834.
[4]Versalovic J,Koeuth T.Distribution ofreptitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacteria genomes[J].Nucleic Acids Res,1991,19(24):6823-6831.
[5]Giovanni D I,Lidia S,Watrud RJ,et al.Fingerprinting of mixed bacterial strains and BOILOG gramnegative(GN)substrate communities bentero bacterial repetitive intergenic consensus sequence-PCR(ERIC-PCR)[J].Cur Microbiol,1999,38:217-223.
[6]Gillings M,Holley M.Repetitive element PCR fingerprinting(REP-PCR)using enterobacterial repetitive intergenic consensus(ERIC)primers is not necessarily directed at ERIC elements[J].Lett Appl Microbiol,1997,25(1):17-21.
[7]杜連祥.工業(yè)微生物學(xué)實驗技術(shù)[M].天津:天津科學(xué)技術(shù)出版社,1992:236-237.
[8]陳天壽.微生物培養(yǎng)基的制造與應(yīng)用[M].北京:中國農(nóng)業(yè)出版社,1995:67-70.
[9]王先秀.食醋細(xì)菌性渾濁問題的探討[J].中國釀造,1997(1):6-8.
[10]陸正清,王艷.食醋的混濁及其防治[J].江蘇調(diào)味副食品,2003(4):14-17.
[11]張宗舟,張海林,陳志梅.發(fā)酵工藝對食醋渾濁影響的研究[J].中國釀造,2006(1):12-13.
[12]賈莉.應(yīng)用酶技術(shù)解決山西老陳醋渾濁沉淀的研究[D].山西:山西農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士論文,2003:9-10.
Genomic DNA extraction from Bacillus subtilis in vinegar precipitation and the optimization of the system of ERIC-PCR
LIAO Yong-h(huán)ong,REN Wen-ya,SUN Bao-guo*,XU Jin,SHEN Han,JIN Zhi-gang
(College of Chemical and Environmental Engineering,Beijing Technology and Business University,Beijing 100037,China)
Bacillus subtilis were isolated by streak platemethod.It was identified that was Bacillus subtilis by using the 16S rDNA gene.Bacillus strains were used as experimental materials.The method of genomic DNA extraction was studied in Bacillus and the conditions of ERIC-PCR.Finally,ERIC-PCR reaction system was suitable for our lab was established.The results showed that high-grade genomic DNA which could meet the requirements of PCR reaction was obtained by the modified methods.The established ERIC-PCR reaction system was as follows:10×Buffer(Mg2+)2.5μL,20pmol/μL primer E1 1μL,20pmol/μL primer E2 1μL,DNA template 2μL,2.5mmol/L dNTPs 1.6μL,Taq polymerase 0.9μL,ddH2O 16μL,25μL reaction volume.The reaction program of PCR was devised as follows:4min degeneration at 94℃(one cycle),then 30s degeneration at 94℃,40s annealing at 58℃,and 1min extension at 72℃(30 cycles),and then 4min final extension at 72℃.
bacillus;isolation;DNA extraction;enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR(ERICPCR);optimization
TS201.3
A
1002-0306(2011)06-0212-05
2010-05-06 *通訊聯(lián)系人
廖永紅(1965-),女,副教授,主要從事有關(guān)食品發(fā)酵工程方面的教學(xué)和科研工作。
國家“十一五”科技支撐項目。