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    酶動力學(xué)中的擬穩(wěn)態(tài)定律介紹

    2010-05-28 08:52:58李邦河沈躍峰
    關(guān)鍵詞:定律復(fù)合物底物

    李邦河, 李 博,2, 沈躍峰,2

    (1.中國科學(xué)院 數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院,北京 100190;2.中國科學(xué)院 研究生院,北京 100049)

    生命系統(tǒng)中幾乎所有的化學(xué)反應(yīng)都有酶這種生物催化劑的參與,對酶進(jìn)行研究可以幫助人們更好地理解生命過程,現(xiàn)在已知的大部分酶都是蛋白質(zhì).與其他化學(xué)催化劑相似,酶是通過降低反應(yīng)物和產(chǎn)物之間的自由能壁壘來提高化學(xué)反應(yīng)速度的.但是,酶與一般化學(xué)催化劑又有著明顯的不同:它們擁有比一般無機(jī)化學(xué)反應(yīng)高出好幾個數(shù)量級的催化能力;可以在更加溫和的環(huán)境下(如常溫、常壓和近乎中性的條件下)進(jìn)行催化反應(yīng);具有更高的反應(yīng)專一性,這點(diǎn)使得酶催化反應(yīng)幾乎沒有副產(chǎn)物.此外,酶的催化能力可以受非底物物質(zhì)濃度的調(diào)節(jié)[1-2].

    酶動力學(xué)是研究酶催化反應(yīng)速率的學(xué)科,并通過對催化速率及其在不同條件下的變化規(guī)律的研究來推斷反應(yīng)機(jī)制.這是一種最古老并且仍然被認(rèn)為是最重要的推斷催化機(jī)制的方法.早在1892年,Brown研究了有酵母存在的蔗糖發(fā)酵過程,發(fā)現(xiàn)當(dāng)蔗糖濃度高于酶濃度時,反應(yīng)速率反倒與蔗糖濃度無關(guān)[3];1902年,他提出這一現(xiàn)象可以由反應(yīng)過程中形成了酶與底物的符合物來解釋[4].在高底物濃度下,由于酶的供給相對較少,此時的酶都是以復(fù)合物的形式存在的.因此,進(jìn)一步增加底物濃度并不能再增加復(fù)合物.而產(chǎn)物的生成速率與復(fù)合物的濃度有關(guān),因而底物濃度的增加幾乎不會影響反應(yīng)物的生成速率.這一推斷被認(rèn)為是酶動力學(xué)的開端,即首次利用化學(xué)反應(yīng)速率的性質(zhì)推導(dǎo)出反應(yīng)機(jī)制.關(guān)于Brown提出的模型及其后來的發(fā)展,可參閱文獻(xiàn)[5].幾乎在同一時期,Henri提出了2個單底物S單產(chǎn)物P反應(yīng)機(jī)制模型[6].在每個模型中,酶E與底物S都形成了復(fù)合物C.本文將著重介紹其中研究最廣泛的一個,即后來以Michaelis-Menten命名的模型.另一個模型的簡介可以參閱文獻(xiàn)[7].這些模型均以化學(xué)動力學(xué)中的質(zhì)量作用定律(Law of Mass Action)為基礎(chǔ),因此先簡單介紹一下質(zhì)量作用定律.

    1 質(zhì)量作用定律

    一個化學(xué)反應(yīng)過程可以通過一系列的基本反應(yīng)(elementary reaction)而發(fā)生,而基本反應(yīng)則是指只經(jīng)過1個暫態(tài)(transtion state)的反應(yīng).Guldberg和Wagge在前人的基礎(chǔ)上,于1864年提出了化學(xué)反應(yīng)速率與反應(yīng)物的有效質(zhì)量成正比[8],即質(zhì)量作用定律,其中有效質(zhì)量實(shí)際是指濃度.實(shí)際上,質(zhì)量作用定律只對基本反應(yīng)成立.用現(xiàn)在通行的名詞來描述,該定律為:恒溫下,基本反應(yīng)的速率同反應(yīng)物濃度冪次的積成正比,冪次的大小等于該反應(yīng)物在化學(xué)反應(yīng)中參與一次碰撞的分子個數(shù).

    2 酶作用的Michaelis-Menten模型

    Michaelis-Menten模型描述的是一個單底物單產(chǎn)物的酶催化過程,即酶(E)催化底物(S)轉(zhuǎn)化成產(chǎn)物(P)的過程.這一過程可以分解為2個基本反應(yīng),第1個簡單反應(yīng)是可逆過程,第2個簡單反應(yīng)是不可逆的.反應(yīng)機(jī)制如下:

    (1)

    式(1)中:k1和k-1是形成復(fù)合物C的正向和逆向反應(yīng)速率常數(shù);k2是復(fù)合物C分解成產(chǎn)物的速率常數(shù).該模型是酶動力學(xué)中最簡單的模型.對其進(jìn)行深入研究,有助于理解酶的催化機(jī)制;同時給更復(fù)雜的模型研究提供一些思路.

    根據(jù)質(zhì)量作用定律,各反應(yīng)物濃度滿足以下微分方程[9]:

    dS(t)/dt=-k1S(t)E(t)+k-1C(t);

    (2)

    dE(t)/dt=-k1S(t)E(t)+(k-1+k2)C(t);

    (3)

    dC(t)/dt=k1S(t)E(t)-(k-1+k2)C(t);

    (4)

    dP(t)/dt=k2C(t).

    (5)

    給定初始條件

    (S(0),E(0),C(0),P(0))=(S0,E0,0,0).

    (6)

    式(2)~式(6)中,E(t),S(t),C(t)以及P(t)分別表示反應(yīng)時刻t時的酶、底物、酶底物復(fù)合物以及產(chǎn)物的濃度.由物質(zhì)守恒定律得:

    E(t)+C(t)=E0;

    (7)

    S(t)+C(t)+P(t)=S0.

    (8)

    方程(5)~方程(8)等價于以下2個方程:

    dS(t)/dt=-k1S(t)E(t)+k-1(E0-E(t));

    (9)

    dE(t)/dt=-k1S(t)E(t)+(k-1+k2)(E0-E(t)).

    (10)

    給定初始條件(S(0),E(0))=(S0,E0).方程(9)和方程(10)不是顯式可解的,生物學(xué)家們?yōu)榱诉M(jìn)一步的研究,作了一些假設(shè)來簡化問題.

    1913年,德國生化學(xué)家Michaelis和他的加拿大助手Menten在Henri工作的基礎(chǔ)上,提出了平衡假設(shè)(assumption of equilibrium)[10].假設(shè)k-1?k2,第1步反應(yīng)相對于第2步快速達(dá)到平衡.在平衡狀態(tài)時,

    (11)

    式(11)中,K為酶反應(yīng)第1步的解離常數(shù).根據(jù)這一假設(shè),產(chǎn)物的生成速率可以表示為

    (12)

    在此基礎(chǔ)上可以研究酶的動力學(xué)性質(zhì).

    注意到,平衡假設(shè)只有當(dāng)?shù)?步反應(yīng)速度相對于第1步反應(yīng)很慢(體現(xiàn)在k-1?k2),而且第2步反應(yīng)不會干擾到第1步反應(yīng)時才成立.實(shí)際上,這些條件在通常生理條件下往往是不能達(dá)到的,因此這一假設(shè)有很大的局限性.

    3 擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)

    1925年,Briggs和Haldane指出平衡假設(shè)中酶、底物和復(fù)合物之間的快速平衡不一定總存在,因此提出了一個更通用的假設(shè),即穩(wěn)態(tài)假設(shè)[11].在此直接引用著名生物化學(xué)教科書中的描述[2]:

    在通常生理條件下,當(dāng)?shù)孜餄舛冗h(yuǎn)超過酶濃度時(S0?E0),除反應(yīng)起始階段外,該階段一般在E和S混和的幾μs之內(nèi),C(t)保持近似常數(shù),直至底物幾乎耗盡.因而C合成的速率,在反應(yīng)的大部分歷程中必定與其消耗的速率相等,亦即C保持穩(wěn)態(tài),C(t)可以當(dāng)作常數(shù)來處理

    dC(t)/dt=0.

    (13)

    由于在反應(yīng)中,復(fù)合物濃度C(t)保持近似常數(shù),即

    dC(t)/dt≈0,

    (14)

    所以后來常常稱這個假設(shè)為擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)(quasi-steady state assumption)[12].

    由該假設(shè)知,當(dāng)方程(13)成立時,有

    k1S(t)E(t)-(k-1+k2)C(t)=0.

    (15)

    將方程(15)代入方程(7),整理可得

    (16)

    (17)

    記反應(yīng)進(jìn)入穩(wěn)態(tài)時的產(chǎn)物生成速度為v0,而此時的S(t)幾乎等于S0,于是

    (18)

    式(18)中,Vmax=k2E0.在之前的文獻(xiàn)中稱Vmax為最大速度,這是因為

    (19)

    實(shí)際上這一速度是個上界,永遠(yuǎn)也達(dá)不到.

    由于方程(17)的形式與方程(12)相同,為了承認(rèn)和紀(jì)念Michaelis和Menten的貢獻(xiàn),方程(18)被稱為米氏(Michaelis-Menten)方程,這是酶動力學(xué)的基本方程.

    繼Briggs和Haldane的工作后,擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)便成了酶動力學(xué)中的基本假設(shè).圍繞著這一假設(shè)及米氏方程,生化學(xué)家們做了大量卓有成效的工作.人們找到了微分方程(9)和(10)的一些近似解析解[13].Lineweaver和Burk發(fā)現(xiàn)米氏方程的倒數(shù)形式可以用來估計反應(yīng)常數(shù)Vmax和KM[14].這樣,k2便可以由Vmax=k2E0求出來.事實(shí)上,該倒數(shù)形式給出了1/v0,1/S和1/Vmax的線性關(guān)系,所以只需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行簡單的線性回歸就可以估計Vmax和KM.當(dāng)然這一方法有很大的局限性,它給出的估測值準(zhǔn)確度并不高[15],但因其使用簡單、較直觀,且由它給出的解在沒有計算機(jī)的時代已經(jīng)相當(dāng)不錯了,因此很多教科書還是會花一定的篇幅去介紹它[1,16-17].除此方法外,一些更精確的基于擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)米氏方程的方法也被提了出來[18-20].

    擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)不但可以應(yīng)用在酶動力學(xué)中,還可以應(yīng)用到任何有類似動力方程的生化過程中,用以簡化復(fù)雜的系統(tǒng).實(shí)際上,這一假設(shè)已被用于系統(tǒng)生物學(xué)中的代謝過程及基因調(diào)控過程[21].

    研究酶動力學(xué)的所有實(shí)驗也都表明,在底物濃度遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于酶濃度時,擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)及米氏方程給出了酶催化反應(yīng)一個高度近似的描述[22].在單分子層面上,單個酶分子與溶劑分子發(fā)生不間斷的碰撞,在溶液中隨機(jī)游動并與底物發(fā)生相互作用[23-24].對單分子酶催化的隨機(jī)行為進(jìn)行的統(tǒng)計分析表明,米氏方程仍然成立[22,24-26],即擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)不只在宏觀角度上成立,在微觀單分子層面上也是高度符合的.

    4 擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)的合理性研究

    盡管很多生化學(xué)家都利用擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)來減少復(fù)雜生化反應(yīng)系統(tǒng)中的方程數(shù)量,但對擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)的合理性和適用范圍的理論研究卻很少.事實(shí)上,擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)存在著錯誤地亂用[27].

    第1個討論擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)的是Laidler[28],他認(rèn)為S0?E0是一個很關(guān)鍵的條件.1988年,Segel通過估計反應(yīng)中相關(guān)的時間尺度,提出了確保穩(wěn)態(tài)假設(shè)合理的條件[29].他認(rèn)為,擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)成立須滿足以下條件:

    1)經(jīng)過一個初始時間段tC(在這段時間內(nèi)幾乎全部酶與底物充分結(jié)合形成飽和態(tài)的酶-底物復(fù)合物),復(fù)合物的濃度C(t)保持近似常數(shù).在初始時間段內(nèi),底物濃度幾乎不變.

    2)底物濃度顯著變化的時間段tS要遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于tC.

    根據(jù)Segel的第1個條件,當(dāng)時間t

    (20)

    在初始值C(0)=0的解為

    (21)

    (22)

    底物濃度顯著變化的時間段tS則可以由總的底物濃度除以底物濃度的最大變化速率得到,即

    (23)

    由于底物的消耗速度在時間t>tC時等于產(chǎn)物的生成速度,所以由方程(17)可得

    (24)

    于是

    (25)

    根據(jù)Segel的第2個條件tS?tC,可以得到

    (26)

    由方程(22)和方程(26)可知,條件

    E0?KM+S0

    (27)

    可以保證擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)近似描述單底物酶催化反應(yīng)的動力學(xué)過程.

    最近,Hanson等發(fā)現(xiàn)初始瞬間(t

    5 反擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)和總擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)

    生物有機(jī)體內(nèi)的擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)條件在某些時候是不能成立的[31],這種情況下運(yùn)用擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)得到的結(jié)果準(zhǔn)確度非常差[32-33],故一些新的假設(shè)被提了出來.E0?S0是一種極端情形,反向于擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)條件,即高酶濃度的反應(yīng)動力學(xué).從生物直覺上考慮,所有底物分子會迅速與酶分子結(jié)合在一起,也即可以認(rèn)為反應(yīng)過程中沒有底物分子的存在.那么,可以認(rèn)為除了反應(yīng)起始階段外,直到反應(yīng)結(jié)束,dS(t)/dt≈0[33].這一假設(shè)被稱為反擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)(reverse quasi-steady-state assumption).Schnell和Maini研究了這一假設(shè),認(rèn)為要使此假設(shè)成立,應(yīng)滿足k2?k1[E]0或者S0?[E]0.基于此,產(chǎn)物的生成速率可以表示為

    (28)

    注意到,這一結(jié)果竟然與平衡假設(shè)得到的結(jié)果相同[34],其中的深刻關(guān)系還值得進(jìn)一步研究.

    (29)

    (30)

    同樣,他們給出了總擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)近似成立的條件為

    E0+S0?k2/k1或者k-1?k2或者KM+S0?E0.

    (31)

    最近,Pedersen等將總擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)應(yīng)用到更復(fù)雜的系統(tǒng)中[36].

    6 擬穩(wěn)態(tài)定律

    筆者研究擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)的合理性和擴(kuò)展它的適用范圍都是基于穩(wěn)態(tài)假設(shè),給出了假設(shè)成立的必要條件和反應(yīng)在某些階段的近似解,但都沒有直接從擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)的條件出發(fā),嚴(yán)格地驗證假設(shè)的正確性.從數(shù)學(xué)的嚴(yán)格性來看,這些問題的處理都比較模糊.

    基于上述考慮,把擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)相應(yīng)地用數(shù)學(xué)語言重新表述為如下2個版本:

    擬穩(wěn)態(tài)定律1給定任意小的正數(shù)ε,存在一個正數(shù)U,使得當(dāng)S0>U時,C(t)將在小于ε的時間內(nèi),從0增加到E0-ε,然后C(t)一直保持在區(qū)間[E0-ε,E0]內(nèi),直到S(t)/S0<ε.

    文獻(xiàn)[37]證明了在S0>U時,擬穩(wěn)態(tài)定律1和擬穩(wěn)態(tài)定律2對于任意正的速率常數(shù)k1,k2和k-1都成立.這也就是稱其為定律的原因.當(dāng)然,U的選擇與E0,ε和速率常數(shù)有關(guān).

    擬穩(wěn)態(tài)定律1的證明是通過研究方程(9)和方程(10)確定的S-E相平面的動力學(xué)性質(zhì)得到的.平面S-E的第一象限可以被分成5個部分,其中感興趣的是:

    實(shí)際上,L1和L2分別是雙曲線-k1S(t)E(t)+(k-1+k2)(E0-E(t))=0和-k1S(t)E(t)+k-1(E0-E(t))=0在S(t)≥0的部分,它們相交于點(diǎn)(0,E0).易知:

    (32)

    (33)

    (34)

    (35)

    這樣可以很容易證明以下幾個引理,通過這些引理,擬穩(wěn)態(tài)定律1便可以得到證明.

    引理1方程(9)和方程(10)滿足初始條件(S(0),E(0))=(S0,E0)的解(S(t),E(t))將在某個時刻T0>0到達(dá)曲線L1.

    引理3酶濃度E(t)和底物濃度S(t)將下降,直到(S(t),E(t))到達(dá)曲線L1,然后它水平穿過L1,進(jìn)入?yún)^(qū)域R2并永遠(yuǎn)保持在該區(qū)域中.在R2中,S(t)將不斷下降,而E(t)不斷增加.最后,(S(t),E(t))將趨向于點(diǎn)(0,E0).

    引理4給定酶的初始濃度E0和任意小的正數(shù)ε,總存在一個正數(shù)U0,如果初始底物濃度S0>U0,則E(t)將在時間ε內(nèi)下降到小于ε的水平.

    擬穩(wěn)態(tài)定律2的證明則相對復(fù)雜許多,需要研究如下方程組的動力學(xué)性質(zhì):

    (36)

    初值條件為(C(0),V(0))=(0,k1S0E0).有興趣的讀者可參閱文獻(xiàn)[37].

    7 研究方向探索

    酶動力學(xué)是一個充滿活力的學(xué)科,有大量問題值得深入探討.這是生物學(xué)與數(shù)學(xué)的一個很好的接口.酶動力學(xué)中有很多方面需要數(shù)學(xué),需要用數(shù)學(xué)的語言將一些模糊的地方精確化,基本的數(shù)學(xué)參考書是文獻(xiàn)[38-39].筆者在閱讀酶動力學(xué)方面的文獻(xiàn)時發(fā)現(xiàn),該領(lǐng)域還有大量的東西需要嚴(yán)格表述,如反擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)、總擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)等等.生物學(xué)家們往往有很好的直覺,但他們給出的很多結(jié)論都是描述性的.同樣,在數(shù)學(xué)的推導(dǎo)過程中也可以啟發(fā)一些新的想法.例如,最近我們提出了一種新的方法用以測量Michaelis-Menten模型中所有的參數(shù)[40],這便是一個很好的例子.再者,這些誘導(dǎo)出來的數(shù)學(xué)問題本身也有數(shù)學(xué)上的趣味,如最近Calder和Siegel的研究結(jié)果[41].我們注意到,方程(9)和方程(10)可以確定一個多項式組,那么一些相關(guān)的問題可以用代數(shù)幾何的方法來解決.事實(shí)上,本文的部分結(jié)果就是利用代數(shù)幾何的方法得到的,但是為了使文章易于理解,最后寫出來的方法都只用到了分析學(xué)的工具.2009年5月,來自里爾大學(xué)的Francois Boulier在數(shù)學(xué)機(jī)械化國際會議上(ICMM’09)作了題為《On Applications of differential elimination to modeling problems in Biology》的報告,他利用計算代數(shù)幾何中的微分消去法研究了擬穩(wěn)態(tài)假設(shè)相關(guān)問題.由此可見,這一領(lǐng)域可以用很多工具來研究.

    本文只是簡單回顧了酶動力學(xué)中Michaelis-Menten模型的發(fā)展歷程,并介紹了我們在這一方向上的新成果,希望能以此激發(fā)數(shù)學(xué)工作者的研究興趣.

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