生物化學(xué)與分子生物學(xué)名詞

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生物化學(xué) biochemistry 簡稱“生化”。用化學(xué)的原理和方法，研究生命現(xiàn)象的學(xué)科。通過研究生物體的化學(xué)組成、代謝、營養(yǎng)、酶功能、遺傳信息傳遞、生物膜、細胞結(jié)構(gòu)及分子病等闡明生命現(xiàn)象。

分子生物學(xué) molecular biology 從分子水平上研究生命現(xiàn)象物質(zhì)基礎(chǔ)的學(xué)科領(lǐng)域。研究細胞成分的物理、化學(xué)的性質(zhì)和變化，以及這些性質(zhì)和變化與生命現(xiàn)象的關(guān)系，如遺傳信息的傳遞、基因的結(jié)構(gòu)、復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯、表達調(diào)控和表達產(chǎn)物的生理功能，以及細胞信號的轉(zhuǎn)導(dǎo)等。

蛋白質(zhì)組學(xué) proteomics 闡明生物體各種生物基因組在細胞中表達的全部蛋白質(zhì)的表達模式及功能模式的學(xué)科。其包括鑒定蛋白質(zhì)的表達、存在方式或修飾形式、結(jié)構(gòu)、功能和相互作用等。

RNA組學(xué) RNomics 又稱“RNA功能基因組學(xué)”。研究RNA組的學(xué)科，主要是直接鑒定生物體中非信使小RNA（snmRNA）在特定條件和不同狀態(tài)下的種類、功能、差異及其與蛋白質(zhì)的相互作用，是基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究的擴充、發(fā)展和延伸。

糖組學(xué) glycomics 從分析和破解一個生物體或細胞全部糖鏈所含信息入手，研究糖鏈的分子結(jié)構(gòu)、表達調(diào)控、功能多樣性以及與疾病的關(guān)系的學(xué)科。

糖生物學(xué) glycobiology 研究糖類及其衍生物的結(jié)構(gòu)、代謝以及生物功能，在以糖鏈為生物信息的水平上闡明生命現(xiàn)象的學(xué)科。

一級結(jié)構(gòu) primary structure 由多個單體以共價鍵組成的生物大分子中不同單體的排列順序。包括結(jié)構(gòu)單元（單體、亞基）的化學(xué)結(jié)構(gòu)、立體化學(xué)構(gòu)型和構(gòu)象，結(jié)構(gòu)單元之間的鍵接和序列等。就蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)而言，是指氨基酸的序列，此外還包括共價連接的非肽組成，即指蛋白質(zhì)中所有組成的共價連接方式。

二級結(jié)構(gòu) secondary structure 多肽鏈或多核苷酸鏈沿分子的一條軸所形成的旋轉(zhuǎn)和折疊等，主要是由分子內(nèi)的氫鍵維系的局部空間排列，如蛋白質(zhì)的α螺旋、β折疊、β轉(zhuǎn)角，“無規(guī)”卷曲及DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)。

超二級結(jié)構(gòu) supersecondary structure 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)之間的一個過渡性結(jié)構(gòu)層次，在肽鏈折疊過程中，因一些二級結(jié)構(gòu)的構(gòu)象單位彼此相互作用組合而成。典型的超二級結(jié)構(gòu)有羅斯曼折疊模式βαβ、4股α螺旋形成的四螺旋束等。

三級結(jié)構(gòu) tertiary structure 生物大分子在二級、超二級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上進一步盤繞形成的高級結(jié)構(gòu)。如多肽鏈和多核苷酸鏈所形成的不規(guī)則三維折疊。三級結(jié)構(gòu)產(chǎn)生于肽鏈上氨基酸側(cè)鏈之間或多核苷酸鏈上堿基與堿基（或核糖）之間的相互作用。

四級結(jié)構(gòu) quaternary structure 蛋白質(zhì)的層次結(jié)構(gòu)中的第四個層次，特指組成蛋白質(zhì)的各個亞基通過非共價鍵相互作用（包括疏水相互作用、氫鍵和鹽鍵等）排列組裝而成的立體結(jié)構(gòu)。

五級結(jié)構(gòu) quinary structure 蛋白質(zhì)之間、蛋白質(zhì)與生物表面之間的相互作用后產(chǎn)生的特定結(jié)構(gòu)。目前極少使用。

受體 receptor （1）細胞膜上或細胞內(nèi)能特異識別生物活性分子并與之結(jié)合，進而引起生物學(xué)效應(yīng)的特殊蛋白質(zhì)，個別的是糖脂。（2）生物體內(nèi)接受特殊刺激的部位。如化學(xué)感受器、滲透壓感受器、光感受器等。

接納體 acceptor （1）在化學(xué)反應(yīng)中接受電子、原子、原子基團、離子或分子的化學(xué)物質(zhì)。(2)tRNA三葉草模型中負責接納對應(yīng)氨基酸的片段。（3）蛋白質(zhì)生物合成時核糖體上與新的氨酰tRNA相結(jié)合的部位，即A位。（4）糖鏈合成時作為糖基轉(zhuǎn)移酶的兩個底物之一而接納糖基的部位。

域 domain （1）限定在一定范圍內(nèi)以及（或）在獨特的控制下的拓撲學(xué)區(qū)域。（2）蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)中的緊密球狀的折疊區(qū)。（3）分子結(jié)構(gòu)未知時，根據(jù)功能而限定的蛋白質(zhì)分子的一定區(qū)域。如催化區(qū)和跨膜區(qū)。（4）在細胞膜內(nèi)由一類組分（如脂質(zhì)）構(gòu)成的區(qū)域。（5）DNA中的含有易被DNA酶降解的表達基因的一段序列。

模體 motif 構(gòu)成任意一種特征序列或結(jié)構(gòu)的基本單位。

克羅莫結(jié)構(gòu)域 chromodomain 染色質(zhì)結(jié)構(gòu)修飾結(jié)構(gòu)域（chromatin organization modifier domain）的縮寫。真核生物蛋白質(zhì)模體之一，高度保守，含30～50個氨基酸，常結(jié)合甲基化氨基酸殘基，存在于動物、植物細胞核內(nèi)參與調(diào)節(jié)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的若干蛋白質(zhì)中。

布羅莫結(jié)構(gòu)域 bromodomain 真核生物蛋白質(zhì)模體，果蠅brm基因表達產(chǎn)物，存在于參與染色質(zhì)活化或具有促有絲分裂信號作用的核蛋白，含61～63（或～110）個保守的氨基酸殘基，結(jié)合于核小體組蛋白N端乙酰賴氨酸，介導(dǎo)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用，募集重要的功能復(fù)合體。

環(huán) loop （1）一種蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)，指連接α螺旋和（或）β片層的肽段，通常由5～16個氨基酸殘基組成，比β轉(zhuǎn)角更長，且其末端的兩個氨基酸殘基的距離較小。（2）核酸分子結(jié)構(gòu)中的單鏈區(qū)。如RNA的莖環(huán)結(jié)構(gòu)中的環(huán)。

亮氨酸拉鏈 leucine zipper 一種蛋白質(zhì)中常見的結(jié)構(gòu)模體，由一組（通常是4～5個）重復(fù)片段組成，每個重復(fù)片段的第七個氨基酸殘基均為亮氨酸，兩條含有此模體的多肽鏈可形成卷曲螺旋結(jié)構(gòu)，最初發(fā)現(xiàn)于DNA結(jié)合蛋白，但也可存在于其他類型蛋白質(zhì)。

鋅指 zinc finger 一些蛋白質(zhì)中的模體，主要存在于作為轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域模體中，通常由約20多個氨基酸殘基組成，可形成指形的環(huán)，其中有2個半胱氨酸和2個組氨酸（或4個半胱氨酸）殘基螯合鋅離子。

EF手形 EF hand 蛋白質(zhì)模體之一，廣泛存在于鈣離子結(jié)合蛋白。首次發(fā)現(xiàn)于鯉魚肌肉中的小清蛋白，其鈣離子結(jié)合位點由E、F螺旋和其之間的1個環(huán)組成，形成螺旋-環(huán)-螺旋結(jié)構(gòu)。

折疊模式 fold 又稱“結(jié)構(gòu)模體”。在生物化學(xué)和分子生物學(xué)中，指天然蛋白質(zhì)分子三維結(jié)構(gòu)的詳細構(gòu)象模式，勾畫肽鏈/二級結(jié)構(gòu)構(gòu)象單元的走向。

羅斯曼折疊模式 Rossman fold 由兩個相鄰的βαβ單位組成的超二級結(jié)構(gòu)，經(jīng)常出現(xiàn)在帶有輔酶的氧化還原酶，以及一些與核苷酸結(jié)合的蛋白質(zhì)中。

三環(huán)結(jié)構(gòu)域 Kringle domain 一個約85個氨基酸殘基組成的保守的結(jié)構(gòu)域，通過3對內(nèi)部的二硫鍵形成特征的三維結(jié)構(gòu)，其命名源于其外形和北歐的一種食品模板相似。最初在凝血酶原中發(fā)現(xiàn)，也存在于組織纖溶酶原激活劑等蛋白質(zhì)中。

希臘鑰匙模體 Greek key motif 蛋白質(zhì)立體結(jié)構(gòu)模體中的一種，由4股β折疊鏈組成，因其肽段走向的形狀如同在希臘花瓶上經(jīng)常見到的一種圖案而得名。

硒代半胱氨酸 selenocysteine 在天然蛋白質(zhì)中罕見的第21種由三聯(lián)體密碼編碼的La氨基酸。正常情況UGA是終止密碼子，如果其附近有特定的堿基序列，則由特殊的轉(zhuǎn)移核糖核酸攜帶絲氨酸，然后此絲氨酸被轉(zhuǎn)換為硒代半胱氨酸。

吡咯賴氨酸 pyrrolysine 第22個基因編碼的氨基酸，其三聯(lián)體密碼子與終止密碼子UAG相同。

外顯肽 extein 曾稱“蛋白質(zhì)外顯子（protein exon）”。某些蛋白質(zhì)前體中經(jīng)自我剪接后保存下來的一些肽段。其重新連接成為成熟的蛋白質(zhì)，與被切除的內(nèi)含肽相對應(yīng)。

內(nèi)含肽 intein 曾稱“蛋白質(zhì)內(nèi)含子（protein intron）”。存在于某些蛋白質(zhì)前體肽鏈內(nèi)部的一些肽段。在轉(zhuǎn)變?yōu)槌墒斓鞍踪|(zhì)時，通過非酶促的轉(zhuǎn)肽反應(yīng)被切除，與其對應(yīng)的是保留于成熟蛋白質(zhì)中的外顯肽。這些肽段具有核酸酶活性。

絲切蛋白 cofilin 一種與肌動蛋白絲的一側(cè)結(jié)合的蛋白質(zhì)（19 kD）。能切割肌動蛋白，對pH敏感，與原肌動球蛋白共享F肌動蛋白結(jié)合域的13個氨基酸殘基。

細胞絨毛蛋白 cytovillin 又稱“埃茲蛋白（ezrin）”。參與連接細胞骨架和質(zhì)膜的蛋白質(zhì)。特異的生長因子受體被激活后，作為質(zhì)膜?細胞骨架銜接者參與壁細胞頂端微絨毛的組裝。與胃酸分泌的調(diào)節(jié)有關(guān)。最初是由位于Ezra的實驗室分離得到。

整聯(lián)蛋白 integrin 一類質(zhì)膜上的、作為細胞黏著分子受體的蛋白質(zhì)。為α和β兩種亞基組成的異源二聚體，其性質(zhì)決定了細胞所能結(jié)合的黏著分子的類型。

泛素 ubiquitin 曾稱“遍在蛋白質(zhì)”。一個高度保守的蛋白質(zhì)，由76個氨基酸殘基組成。幾乎存在于所有的物種中，但已發(fā)現(xiàn)的差別不超過兩個氨基酸。參與短半壽期蛋白質(zhì)的快速降解。以多蛋白質(zhì)的形式被合成，在翻譯后加工過程中，被切割成多個泛素分子。

酶 enzyme 催化特定化學(xué)反應(yīng)的蛋白質(zhì)、RNA或其復(fù)合體。是生物催化劑。能通過降低反應(yīng)的活化能加快反應(yīng)速度，但不改變反應(yīng)的平衡點。絕大多數(shù)酶的化學(xué)本質(zhì)是蛋白質(zhì)。具有催化效率高、專一性強、作用條件溫和等特點。

固氮酶 nitrogenase 編號：EC 1.18.6.1。催化分子氮還原為氨，總反應(yīng)為：N2+8H++8e+16MgATP=2NH3+H2+16MgADP+16Pi 。固氮酶含兩個組分：固氮酶組分1和固氮酶組分2。

引發(fā)酶 primase 又稱“DNA引發(fā)酶（DNA primase）”。一種依賴于DNA的RNA聚合酶，其功能是在DNA復(fù)制過程中先合成一段RNA引物，在這引物上延伸新合成的DNA片段。不同于在DNA轉(zhuǎn)錄中起作用的RNA聚合酶。

頂體蛋白酶 acrosomal protease 編號：EC 3.4.21.10。一種絲氨酸蛋白水解酶，不受胰蛋白酶α1抑制劑的抑制。位于精子頭部頂體內(nèi)層漿膜上，屬于膜結(jié)合性酶。以酶原（PA）的形式存在。隨著精子在體外獲能而活化?；罨捻旙w酶一方面溶解頂體膜基質(zhì)；另一方面作用于主要靶器官卵子透明帶。在受精過程中起重要的作用。

胱天蛋白酶 caspase 編號：EC 3.4.22.。屬巰基蛋白酶，其活性部位含半胱氨酸。切割天冬氨酸羧基側(cè)的肽鍵。在細胞凋亡中起關(guān)鍵作用。迄今為止，哺乳動物中已發(fā)現(xiàn)14種胱天蛋白酶。通常以無活性的胱天蛋白酶原形式在細胞內(nèi)合成和分泌，包括一個Ｎ末端前結(jié)構(gòu)域及大、小兩個亞單位。

凝乳酶 chymosin 編號：EC 3.4.23.4。一種天冬氨酸蛋白酶，存在于新生牛的皺胃，以無活性的酶原形式分泌到胃里，在胃液的酸性環(huán)境中被活化?？蓪Ｒ坏厍懈瞀湿怖业鞍椎腜he105Met106之間的肽鍵，從而使牛奶凝集。用于奶酪的生產(chǎn)。1890年至20世紀前期英文曾用“rennin”，因與“renin（血管緊張肽原酶）”僅一個字母之差，易被混淆。1978年國際生化協(xié)會名詞委員會建議采用“chymosin”。

同尾酶 isocaudarner 一類識別DNA分子中不同核苷酸序列，但能酶切產(chǎn)生相同黏性末端的限制性內(nèi)切酶。

同切點酶 isoschizomer 全稱“同切點限制性核酸內(nèi)切酶”。從不同生物體分離出的一組限制性核酸內(nèi)切酶，識別相同的DNA堿基序列，但不一定在該序列的相同部位切斷DNA。

抗體酶 abzyme 通過改變抗體中與抗原結(jié)合的微環(huán)境，并在適當?shù)牟课灰胂鄳?yīng)的催化基團，所產(chǎn)生的具有催化活性的抗體?？捎蓛煞N途徑獲得抗體酶：①采用過渡態(tài)的底物類似物誘導(dǎo)；②在現(xiàn)有的抗體基礎(chǔ)上，通過化學(xué)修飾或通過蛋白質(zhì)工程向其配體結(jié)合部位導(dǎo)入催化基團。

非核糖體多肽合成酶 nonribosomal peptide synthetase， NRPS 在細菌和真菌中，繞開核糖體、利用氨基酸及其他化合物（如水楊酸、吡啶羧酸等）、不以mRNA為模板，也不需tRNA為攜帶工具的特殊多肽合成系統(tǒng)中起關(guān)鍵作用的一類特殊的酶。通常由一系列組件順序排列組成，每個組件負責一個反應(yīng)循環(huán)，包括對選擇性底物的識別并將其活化成相應(yīng)的腺苷酸化合物、共價中間物的固定和肽鍵的形成。這種順序排列的組件即構(gòu)成了該酶所合成多肽的一種模板。一些藥物如環(huán)胞菌素、博萊霉素等就是微生物體內(nèi)非核糖體多肽合成酶合成的產(chǎn)物。

雙庫尼茨抑制劑 bikunin 又稱“間α胰蛋白酶抑制劑”。分子中含有兩個庫尼茨（Kunitz）型的胰蛋白酶抑制劑結(jié)構(gòu)域，即一個抑制劑分子可以結(jié)合二分子的胰蛋白酶。是一種含有硫酸軟骨素糖鏈的蛋白聚糖。

絲酶抑制蛋白 serpin 一類絲氨酸蛋白酶抑制劑（serine proteinase inhibitor）的英文字頭縮寫。最初發(fā)現(xiàn)于血漿中，此后發(fā)現(xiàn)是一個超家族，成員已超過500個，多數(shù)是由300-500個氨基酸殘基組成的糖蛋白，有特定的立體結(jié)構(gòu)，中間為保守的結(jié)構(gòu)域，而兩端肽鏈的長度各不相同。多數(shù)成員抑制絲氨酸蛋白酶，有些成員能抑制抑制絲氨酸蛋白酶和巰基蛋白酶，如卵白蛋白-絲酶抑制蛋白；有的甚至不抑制酶的活性，在體內(nèi)發(fā)揮其他功能（如血管緊張肽原），但因其在進化上、結(jié)構(gòu)上與其他成員有相關(guān)性，故歸屬于此該超家族。

假尿苷 pseudouridine 尿嘧啶的5-位碳原子與核糖中的1-位碳原子通過β糖苷鍵連接形成的化合物。在核糖核酸（RNA），特別是轉(zhuǎn)移核糖核酸中發(fā)現(xiàn)的稀有成分。人尿中含量較高。符號：ψ。

適配體 aptamer 能與蛋白質(zhì)或代謝物等配體特異和高效結(jié)合的RNA或DNA片段。通常用體外篩選方法（如SELEX法）制備得到。

缺口 gap 雙鏈DNA或RNA的一條鏈上一個或多個核苷酸缺失，造成另一條鏈上的單鏈區(qū)域。

切口 nick 雙鏈核酸分子中一條單鏈上的斷裂部位。不涉及核苷酸的缺失或雙鏈的斷開。

無義介導(dǎo)的mRNA衰變 nonsensemediated mRNA decay， NMD 又稱“無義介導(dǎo)的mRNA降解”。真核生物細胞質(zhì)中廣泛存在的、保守的mRNA質(zhì)量監(jiān)視系統(tǒng)。降解異常的mRNA，如含有提前終止密碼子（無義突變）、移碼突變、剪接不完全（含部分內(nèi)含子）、3′非翻譯區(qū)過長的mRNA，避免產(chǎn)生異常蛋白質(zhì)。

RNA干擾 RNA interference， RNAi 與靶基因同源的雙鏈RNA誘導(dǎo)的特異轉(zhuǎn)錄后基因沉默現(xiàn)象。其作用機制是雙鏈RNA被特異的核酸酶降解，產(chǎn)生干擾小RNA，這些siRNA與同源的靶RNA互補結(jié)合，特異性酶降解靶RNA，從而抑制、下調(diào)基因表達。